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   1 Simulated Annealing
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   4 The well known simulated annealing (SA) protocol is supported in
   5 |Gromacs|, and you can even couple multiple groups of atoms separately
   6 with an arbitrary number of reference temperatures that change during
   7 the simulation. The annealing is implemented by simply changing the
   8 current reference temperature for each group in the temperature
   9 coupling, so the actual relaxation and coupling properties depends on
  10 the type of thermostat you use and how hard you are coupling it. Since
  11 we are changing the reference temperature it is important to remember
  12 that the system will NOT instantaneously reach this value - you need to
  13 allow for the inherent relaxation time in the coupling algorithm too. If
  14 you are changing the annealing reference temperature faster than the
  15 temperature relaxation you will probably end up with a crash when the
  16 difference becomes too large.
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  18 The annealing protocol is specified as a series of corresponding times
  19 and reference temperatures for each group, and you can also choose
  20 whether you only want a single sequence (after which the temperature
  21 will be coupled to the last reference value), or if the annealing should
  22 be periodic and restart at the first reference point once the sequence
  23 is completed. You can mix and match both types of annealing and
  24 non-annealed groups in your simulation.