docs/manual/monster.bib

   1 @String{BTacr   = "Acc. Chem. Res."}
   2 @String{BTacb   = "Act. Cryst. B."}
   3 @String{BTacd   = "Act. Cryst. D."}
   4 @String{BTacp   = "Adv. Chem. Phys."}
   5 @String{BTang   = "Angew. Chemie"}
   6 @String{BTarbb  = "Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct."}
   7 @String{BTarbbc = "Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem."}
   8 @String{BTarbc  = "Annu. Rev. Biochem."}
   9 @String{BTarbp  = "Annu. Rev. Biophys."}
  10 @String{BTarpc  = "Annu. Rev. Phys. Chem."}
  11 @String{BTarp   = "Annu. Rev. Physiol."}
  12 @String{BTarchbb= "Arch. Bioch. Bioph."}
  13 @String{BTbba   = "Biochim. Biophys. Acta"}
  14 @String{BTbcb   = "Biochem. Cell. Biol."}
  15 @String{BTbbpc  = "Ber. Bunsenges. Phys. Chem."}
  16 @String{BTbbrc  = "Biochem. Biophys. Res. Comm."}
  17 @String{BTbioch = "Biochemistry"}
  18 @String{BTbiopc = "Bioph. Chem."}
  19 @String{BTbj    = "Biophys. J."}
  20 @String{BTbiop  = "Biopolymers"}
  21 @String{BTbi    = "Bioch. Int."}
  22 @String{BTbmbi  = "Biochem. Mol. Biol. Int."}
  23 @String{BTcb    = "Curr. Biol."}
  24 @String{BTcosb  = "Curr. Opin. Struct. Biol."}
  25 @String{BTcpc   = "Comp. Phys. Comm."}
  26 @String{BTcpl   = "Chem. Phys. Lett."}
  27 @String{BTcp    = "Chem. Phys."}
  28 @String{BTcr    = "Chem. Rev."}
  29 @String{BTcsr   = "Chem. Soc. Rev."}
  30 @String{BTejb   = "Eur. J. Biochem."}
  31 @String{BTebj   = "Eur. Biophys. J."}
  32 @String{BTfaseb = "FASEB J."}
  33 @String{BTfebs  = "FEBS Lett."}
  34 @String{BTijqc  = "Int. J. Quant. Chem."}
  35 @String{BTijpp  = "Int. J. Pept. Prot. Res."}
  36 @String{BTisrjc = "Isr. J. Chem."}
  37 @String{BTjacs  = "J. Am. Chem. Soc."}
  38 @String{BTjapl  = "J. Appl. Crystallogr."}
  39 @String{BTjaplp = "J. Appl. Phys."}
  40 @String{BTjbc   = "J. Biol. Chem."}
  41 @String{BTjbnmr = "J. Biomol. NMR"}
  42 @String{BTjbsd  = "J. Biomol. Struct. Dyn."}
  43 @String{BTjcaid = "J. Comp. Aid. Mol. Design"}
  44 @String{BTjcc   = "J. Comp. Chem."}
  45 @String{BTjced  = "J. Chem. Eng. Data"}
  46 @String{BTjcomp = "J. Comp. Phys."}
  47 @String{BTjcp   = "J. Chem. Phys."}
  48 @String{BTjcsft = "J. Chem. Soc. Far. Trans."}
  49 @String{BTjctc  = "J. Chem. Theory Comput."}
  50 @String{BTjmb   = "J. Mol. Biol."}
  51 @String{BTjmag  = "J. Magn. Reson."}
  52 @String{BTjmagb = "J. Magn. Reson. Ser. B"}
  53 @String{BTjmm   = "J. Mol. Mod."}
  54 @String{BTjmst  = "J. Mol. Struct. (THEOCHEM)"}
  55 @String{BTjms   = "J. Mol. Struct."}
  56 @String{BTjpa   = "J. Phys. A."}
  57 @String{BTjpc   = "J. Phys. Chem."}
  58 @String{BTjpca  = "J. Phys. Chem. A."}
  59 @String{BTjpcb  = "J. Phys. Chem. B."}
  60 @String{BTlang  = "Langmuir"}
  61 @String{BTmph   = "Mol. Phys."}
  62 @String{BTmcb   = "Mol. Cell. Bioch."}
  63 @string{BTmie   = "Methods in Enyzmology"}
  64 @String{BTmsim  = "Mol. Sim."}
  65 @String{BTnature= "Nature"}
  66 @String{BTnsb   = "Nature Struct. Biol."}
  67 @String{BTpeng  = "Prot. Eng."}
  68 @String{BTpnas  = "Proc. Natl. Acad. Sci. USA"}
  69 @String{BTpr    = "Phys. Rev."}
  70 @String{BTpra   = "Phys. Rev. {\bf A}"}
  71 @String{BTprb   = "Phys. Rev. {\bf B}"}
  72 @String{BTpre   = "Phys. Rev. {\bf E}"}
  73 @String{BTprl   = "Phys. Rev. Lett."}
  74 @String{BTprot  = "PROTEINS: Struct. Funct. Gen."}
  75 @String{BTpsci  = "Prot. Sci."}
  76 @String{BTsci   = "Science"}
  77 @String{BTstr   = "Structure"}
  78 @String{BTtchim = "Theor. Chim. Acta."}
  79 @String{BTtibs  = "Trends Biochem. Sci."}
  80 @String{BTtibtech= "Trends Biotech."}
  81
  82 @Article{AWang95,
  83   author =       {A. C. Wang and A. Bax},
  84   title =        {Reparametrization of the {K}arplus Relation for
  85                   {$^3$J(H$\alpha$-N)} and {$^3$J(H$^N$-C')} in
  86                   Peptides from Uniformly {$^{13}$C$^{15}$N}-Enriched
  87                   Human Ubiquitin},
  88   journal =      BTjacs,
  89   year =         1995,
  90   volume =       117,
  91   pages =        {1810--1813}
  92 }
  93
  94 @Article{Aalten95,
  95   author =       "D. M. F. van Aalten and A. Amadei and A. B. M. Linssen
  96                  and V. G. H. Eijsink and H. J. C. Berendsen",
  97   title =        "The Essential Dynamics of Thermolysin: Confirmation of
  98                  the Hinge-Bending Motion and Comparison of Simulations
  99                  in Vacuum and Water",
 100   journal =      BTProt,
 101   year =         "1995",
 102   volume =       "22",
 103   pages =        "45--54",
 104 }
 105
 106 @Article{Ahlstrom89,
 107   author =       "P. Ahlstr{\"o}m and A. Wallqvist and S. Engstr{\"o}m
 108                  and B. J{\"o}nsson",
 109   title =        "A molecular dynamics study of polarizable water",
 110   journal =      BTmph,
 111   year =         "1989",
 112   volume =       "68",
 113   pages =        "563--581",
 114 }
 115
 116 @Article{Abad87,
 117   author =       "C. Abad-Zapatero and J. P. Griffith and J. L. Sussman
 118                  and M. G. Rossmann",
 119   title =        "Refined Crystal Structure of {M4} Dogfish Apo-Lactate
 120                  Dehydrogenase",
 121   journal =      BTjmb,
 122   year =         "1987",
 123   volume =       "198",
 124   pages =        "445--467",
 125 }
 126
 127 @Book{Abragam61,
 128   author =       {A. Abragam},
 129   title =        {Principles of Nuclear Magnetism},
 130   publisher =    {Oxford University Press},
 131   year =         1961,
 132   address =      {Oxford, UK}
 133 }
 134
 135 @Article{Adams79,
 136   author =       {D. J. Adams and E. M. Adams and G. J. Hills},
 137   title =        {The computer simulation of polar liquids},
 138   journal =      BTmph,
 139   year =         1979,
 140   volume =       38,
 141   pages =        {387--400}
 142 }
 143
 144 @Article{Agmon96,
 145   author =       {N. Agmon},
 146   title =        {Tetrahedral Displacement: The molecular mechanism
 147                   behind the {D}ebye relaxation in water},
 148   journal =      BTjpc,
 149   year =         1996,
 150   volume =       100,
 151   pages =        {1072--1080},
 152   annote =       {The arguments for and against a single-molecule
 153                   rotation mechanism for dielectric relaxation of
 154                   water are surveyed. It is concluded that two
 155                   distinct molecular mechanisms are operative in water}
 156 }
 157
 158 @Article{Zhu97a,
 159   author =       {C. Zhu and R. H. Byrd and J. Nocedal},
 160   title =        {{L-BFGS-B}: Algorithm 778: {L-BFGS-B}, {FORTRAN} routines for large scale bound constrained optimization},
 161   journal =      {ACM Trans. Math. Softw.},
 162   year =         1997,
 163   volume =       23,
 164   pages =        {550--560}}
 165
 166 @Article{Byrd95a,
 167   author =       {R. H. Byrd and P. Lu and J. Nocedal},
 168   title =        {A Limited Memory Algorithm for Bound Constrained Optimization},
 169   journal =      {SIAM J. Scientif. Statistic. Comput.},
 170   year =         1995,
 171   volume =       16,
 172   pages =        {1190--1208}}
 173
 174 @Article{Alexandrov93,
 175   author =       "Nickolai Alexandrov",
 176   title =        "Structural arguments for {N}-terminal initiation of
 177                  protein folding",
 178   journal =      BTpsci,
 179   year =         "1993",
 180   volume =       "2",
 181   pages =        "1989--1991",
 182 }
 183
 184 @Book{Allen87,
 185   author =       "M. P. Allen and D. J. Tildesley",
 186   title =        "Computer Simulations of Liquids",
 187   publisher =    "Oxford Science Publications",
 188   address =      "Oxford",
 189   year =         "1987",
 190 }
 191
 192 @Article{Astrand91,
 193   author =       "P. -O. {{\AA}}strand and A. Wallqvist and G.
 194                  Karlstr{\"o}m and P. Linse",
 195   title =        "Properties of urea-water solvation calculated from a
 196                  new ab initio polarizable intermolecular potential",
 197   journal =      BTjcp,
 198   year =         "1991",
 199   volume =       "95",
 200   pages =        "8419--8429",
 201 }
 202
 203 @Article{Astrand94a,
 204   author =       "P. -O. {{\AA}}strand and A. Wallqvist and G.
 205                  Karlstr{\"o}m",
 206   title =        "Non-empirical potentials for Urea-Water systems",
 207   journal =      BTjcp,
 208   year =         "1994",
 209   volume =       "100",
 210   pages =        "1262--1273",
 211 }
 212
 213 @Article{Astrand94b,
 214   author =       "P. -O. {{\AA}}strand and A. Wallqvist and G.
 215                  Karlstr{\"o}m",
 216   title =        "Molecular dynamics simulations of 2{M} aqueous urea
 217                  solution",
 218   journal =      BTjpc,
 219   year =         "1994",
 220   volume =       "98",
 221   pages =        "8224--8233",
 222 }
 223
 224 @Article{Alley83,
 225   author =       {W. E. Alley and B. J. Alder and S. Yip},
 226   title =        {The neutron scattering function for hard spheres},
 227   journal =      BTpra,
 228   year =         1983,
 229   volume =       27,
 230   pages =        {3174--3186}
 231 }
 232
 233 @Article{Allinger76,
 234   author =       "N. L. Allinger \and J. Kao",
 235   title =        "Conformational Analysis-{CXIV} Molecular Mechanics
 236                  Studies of Sulfoxides",
 237   journal =      "Tetrahedron",
 238   year =         "1976",
 239   volume =       "32",
 240   pages =        "529",
 241 }
 242
 243 @Article{Alper89,
 244   author =       {H. E. Alper and R. M. Levy},
 245   title =        {Computer simulations of the dielectric properties of
 246                   water: Studies of the simple point charge and
 247                   transferrable intermolecular potential models},
 248   journal =      BTjcp,
 249   year =         1989,
 250   volume =       91,
 251   pages =        {1242--1251}
 252 }
 253
 254 @Article{Amadei93,
 255   author =       "Andrea Amadei and Antonius B. M. Linssen and Herman J.
 256                  C. Berendsen",
 257   title =        "Essential Dynamics of Proteins",
 258   journal =      BTprot,
 259   year =         "1993",
 260   volume =       "17",
 261   pages =        "412--425",
 262 }
 263
 264 @Article{Amadei96,
 265   author =       {A. Amadei and A. B. M. Linssen and B. L. de Groot and
 266                   D. M. F.van Aalten and H. J. C. Berendsen},
 267   title =        {An Efficient Method for Sampling the Essential
 268                   Subspace of Proteins},
 269   journal =      BTjbsd,
 270   year =         1996,
 271   volume =       13,
 272   pages =        {615--626}
 273 }
 274
 275 @Article{Andersen80,
 276   author =       {H. C. Andersen},
 277   title =        {Molecular dynamics simulations at constant pressure and/or temperature},
 278   journal =      BTjcp,
 279   year =         1980,
 280   volume =       72,
 281   pages =        {2384}
 282 }
 283
 284 @Article{Anderson87,
 285   author =       {J. Anderson and J. J. Ullo and S. Yip},
 286   title =        {Molecular dynamics simulation of dielectric
 287                   properties of water},
 288   journal =      BTjcp,
 289   year =         1987,
 290   volume =       87,
 291   pages =        {1726--1732}
 292 }
 293
 294 @Article{Anfinsen73,
 295   author =       "Christian B. Anfinsen",
 296   title =        "Principles that Govern the Folding of Protein Chains",
 297   journal =      BTsci,
 298   year =         "1973",
 299   volume =       "181",
 300   pages =        "223--230",
 301 }
 302
 303 @Article{Angel83,
 304   author =       {C. A. Angell},
 305   title =        {Supercooled Water},
 306   journal =      BTarpc,
 307   year =         1983,
 308   volume =       34,
 309   pages =        {593--630}
 310 }
 311
 312 @Article{Aqvist93,
 313   author =       "J. {{\AA}}qvist and A. Warshel",
 314   title =        "Simulation of Enzyme Reactions Using Valence Bond
 315                  Force Fields and Other Hybrid Quantum-Classical
 316                  Approaches",
 317   journal =      BTcr,
 318   year =         "1993",
 319   volume =       "93",
 320   pages =        "2523--2544",
 321 }
 322
 323 @Book{Arfken70,
 324   author =       {G. Arfken},
 325   title =        {Mathematical methods for physicists},
 326   publisher =    {Academic Press},
 327   year =         1970,
 328   address =      {New York}
 329 }
 330
 331 @book{Atkins90,
 332   author =       {P. W. Atkins},
 333   title =        {Physical Chemistry},
 334   publisher =    {Oxford University Press},
 335   year =         1990,
 336   address =      {Oxford, UK},
 337   edition =      {Fourth Edition}
 338 }
 339
 340 @Article{Auffinger95a,
 341   author =       {P. Auffinger and D. L. Beveridge},
 342   title =        {A simple test for evaluating the truncation effects
 343                   in simulations involving charged groups},
 344   journal =      BTcpl,
 345   year =         1995,
 346   volume =       234,
 347   pages =        {413--415}
 348 }
 349
 350 @Article{Axelsen91,
 351   author =       {P. H. Axelsen and E. Gratton and F. G. Prendergast},
 352   title =        {Experimentally Verifying Molecular Dynamics
 353                   Simulations through Fluorescence Anisotropy Measurements},
 354   journal =      BTbioch,
 355   year =         1991,
 356   volume =       30,
 357   pages =        {1173--1179}
 358 }
 359
 360 @Article{BBrooks83,
 361   author =       "B. R. Brooks and R. E. Bruccoleri and B. D. Olafson
 362                  and D. J. States and S. Swaminathan and M. Karplus",
 363   title =        "{CHARMM}: a Program for Macromolecular Energy,
 364                  Minimization, and Dynamics Calculation",
 365   journal =      BTjcc,
 366   year =         "1983",
 367   volume =       "4",
 368   pages =        "187--217",
 369 }
 370
 371 @Article{BBrooks83b,
 372   author =       {B. Brooks and M. Karplus},
 373   title =        {Harmonic dynamics of proteins: Normal modes and
 374                   fluctuations in Bovine pancreatic trypsin inhibitor},
 375   journal =      BTpnas,
 376   year =         1983,
 377   volume =       80,
 378   pages =        {6571--6575}
 379 }
 380
 381 @Article{Babu88,
 382   author =       "Y. Sudhakar Babu and Charles E. Bugg and William J.
 383                  Cook",
 384   title =        "Structure of Calmodulin Refined at 2.2{{\AA}}",
 385   journal =      BTjmb,
 386   year =         "1988",
 387   volume =       "204",
 388   pages =        "191--204",
 389 }
 390
 391 @Article{Bacon88,
 392   author =       "D. J. Bacon and W. F. Anderson",
 393   title =        "A Fast Algorithm for Rendering Space-Filling Molecule
 394                  Pictures.",
 395   journal =      "J. Molec. Graph.",
 396   year =         "1988",
 397   volume =       "6",
 398   pages =        "219--220",
 399 }
 400
 401 @Article{Baez94,
 402   author =       {L. A. B{\'a}ez and P. Clancy},
 403   title =        {Existence of a density maximum in extended simple
 404                   point charge water},
 405   journal =      BTjcp,
 406   year =         1994,
 407   volume =       101,
 408   pages =        {9837--9840}
 409 }
 410
 411 @Article{Baker92,
 412   author =       "P. J. Baker and K. L. Britton and D. W. Rice and A.
 413                  Rob T. J. Stillman",
 414   title =        "Structural Consequences of Sequence Patterns in the
 415                  Fingerprint Region of the Nucleotide Binding Fold",
 416   journal =      BTjmb,
 417   year =         "1992",
 418   volume =       "228",
 419   pages =        "662--671",
 420 }
 421
 422 @InCollection{Bala92,
 423   author =       "P. Bala and B. Lesyng and T. N. Truong and J. A.
 424                  McCammon",
 425   booktitle =    "Molecular Aspects of Biotechnology: Computational
 426                  Models and Theories",
 427   title =        "Ab Initio Studies and Quantum-Classical Molecular
 428                  Dynamics Simulations for Proton Transfer Processes in
 429                  Model Systems and in Enzymes",
 430   publisher =    "Kluwer",
 431   year =         "1992",
 432   editor =       "J. Bertran",
 433   pages =        "299--326",
 434   address =      "Dordrecht",
 435 }
 436
 437 @Article{Bala94,
 438   author =       "P. Bala and B. Lesyng and J. A. McCammon",
 439   title =        "Applications of Quantum-Classical and
 440                  Quantum-Stochastic Molecular Dynamics Simulations for
 441                  Proton Transfer Processes",
 442   journal =      BTcp,
 443   year =         "1994",
 444   volume =       "180",
 445   pages =        "271--285",
 446 }
 447
 448 @Article{Baldwin95,
 449   author =       "R. L. Baldwin",
 450   title =        "The nature of protein folding pathways: The classical
 451                  versus the new view",
 452   journal =      BTjbnmr,
 453   year =         "1995",
 454   volume =       "5",
 455   pages =        "103--109",
 456 }
 457
 458 @Article{Baldwin96a,
 459   author =       {R. L. Baldwin},
 460   title =        {Why is Protein Folding so Fast ?},
 461   journal =      BTpnas,
 462   year =         1996,
 463   volume =       93,
 464   pages =        {2627--2628}
 465 }
 466
 467 @Article{Balsera96,
 468   author =       {M. A. Balsera and W. Wriggers and Y. Oono and K. Schulten},
 469   title =        {Principle Component Analysis and Long Time Protein Dynamics},
 470   journal =      BTjpc,
 471   year =         1996,
 472   volume =       100,
 473   pages =        {2567--2572}
 474 }
 475
 476 @Article{Ban94,
 477   author =       "C. Ban and B. Ramakrishnan and K. -Y. Ling and C. Kung
 478                  and M. Sundaralingam",
 479   title =        "Crystal structure of recombinant {P}aramecium
 480                  {T}etraurelia calmodulin at 1.68 {\AA} resolution",
 481   journal =      BTacd,
 482   year =         "1994",
 483   volume =       "50",
 484   pages =        "50--63",
 485 }
 486
 487 @Article{Banci92,
 488   author =       {L. Banci and I. Bertini and P. Carloni and
 489                   C. Luchinat and P. L. Oriolo},
 490   title =        {Molecular Dynamics Simulations on {HiPIP} from {\em
 491                   {C}hromatium vinosum} and Comparison with {NMR} Data},
 492   journal =      BTjacs,
 493   year =         1992,
 494   volume =       114,
 495   pages =        {10683--10689}
 496 }
 497
 498 @Article{Bancroft67,
 499   author =       "J. B. Bancroft and E. Hiebert",
 500   title =        "Formation of an infectious nucleoprotein from protein
 501                  and nucleic acid isolated from a small spherical
 502                  virus.",
 503   journal =      "Virology",
 504   year =         "1967",
 505   volume =       "32",
 506   pages =        "354--356",
 507 }
 508
 509 @Article{Barbato92,
 510   author =       "G. Barbato and M. Ikura and L. E. Kay and R. W. Pastor
 511                  and A. Bax",
 512   title =        "Backbone Dynamics of Calmodulin Studied by {$^{15}$N}
 513                  Relaxation Using Inverse Detected {NMR} Spectroscopy:
 514                  The Central Helix is Flexible",
 515   journal =      BTbioch,
 516   year =         "1992",
 517   volume =       "31",
 518   pages =        "5269--5278",
 519 }
 520
 521 @Article{Barth95a,
 522   author =       {E. Barth and K. Kuczera and B. Leimkuhler and R. D. Skeel},
 523   title =        {Algorithms for Constrained Molecular Dynamics},
 524   journal =      BTjcc,
 525   year =         1995,
 526   volume =       16,
 527   pages =        {1192--1209}
 528 }
 529
 530 @Article{Barthel90,
 531   author =       "J. Barthel and K. Bachhuber and R. Buchner and
 532                   H. Hetzenauer",
 533   title =        "Dielectric Spectra of some Common Solvents in the
 534                   Microwave Region, Water and Lower Alcohols",
 535   journal =      BTcpl,
 536   year =         "1990",
 537   volume =       "165",
 538   OPTnumber =    "4",
 539   pages =        "369--373",
 540   OPTmonth =     "",
 541   OPTremark =    "Water, 25 C.
 542                   It was found, that the relaxation behaviour
 543                   up to at last 60 GHz is governed by a single
 544                   exponential (\epsilon = 78.36, \tau = 8.27ps,
 545                   \epsilon_infty = 5.16). Below 40 GHz, only the
 546                   assumption of an additional exponential (\tau_2 =
 547                   1.02 ps) yields a satisfactory result.",
 548   OPTfolder =    "Dielectric relaxation",
 549 }
 550
 551 @Article{Basu94,
 552   author =       "Gautam Basu and Akio Kitao and Fumio Hirata and
 553                  Nobuhiro G{$\bar{\rm o}$}",
 554   title =        "A Collective Motion Description of the
 555                  3{$_{10}$}/{$\alpha$}-Helix Transition: Implications
 556                  for a Natural Reaction Coordinate",
 557   journal =      BTjacs,
 558   year =         "1994",
 559   volume =       "116",
 560   pages =        "6307--6315",
 561 }
 562
 563 @Article{Bayley69,
 564   author =       {P. M. Bayley and E. B. Nielsen and J. A. Schellman},
 565   title =        {The Rotary Properties of Molecules Containing Two
 566                   Peptide Groups: Theory},
 567   journal =      BTjpc,
 568   year =         1969,
 569   volume =       73,
 570   pages =        {228--243}
 571 }
 572
 573 @Article{Bayley92,
 574   author =       "P. M. Bayley and S. R. Martin",
 575   title =        "The {\ahcal} content of calmodulin is increased by
 576                  solution conditions favouring protein crystallisation",
 577   journal =      BTbba,
 578   year =         "1992",
 579   volume =       "1160",
 580   pages =        "16--21",
 581 }
 582
 583 @Article{Becke93,
 584   author =       "A. D. Becke",
 585   title =        "Density-functional thermochemistry. {III.} {T}he role
 586                  of exact exchange",
 587   journal =      BTjcp,
 588   year =         "1993",
 589   volume =       "98",
 590   pages =        "5648--5652",
 591 }
 592
 593 @MastersThesis{Bekker87,
 594   author =       "H. Bekker",
 595   title =        "Ontwerp van een special-purpose computer voor
 596                  Moleculaire Dynamica Simulaties",
 597   school =       "RuG",
 598   year =         "1987",
 599 }
 600
 601 @InCollection{Bekker92,
 602   author =       "H. Bekker and E. J. Dijkstra and H. J. C. Berendsen",
 603   booktitle =    "Parallel Computing: From Theory to Sound Practice",
 604   title =        "Mapping molecular dynamics simulation calculations on
 605                  a ring architecture",
 606   publisher =    "IOS Press",
 607   pages =        "268--279",
 608   editor =       "P. T. Wu and E. Milgrom",
 609   year =         "1992",
 610   address =      "Amsterdam",
 611 }
 612
 613 @InProceedings{Bekker93a,
 614   author =       "H. Bekker and H. J. C. Berendsen and E. J. Dijkstra
 615                  and S. Achterop and R. van Drunen and D. van der Spoel
 616                  and A. Sij\-bers and H. Keegstra and B. Reitsma and M.
 617                  K. R. Renardus",
 618   title =        "Gromacs: {A} Parallel Computer for Molecular Dynamics
 619                  Simulations",
 620   editor =       "R. A. de Groot and J. Nadrchal",
 621   pages =        "252--256",
 622   booktitle =    "Physics Computing 92",
 623   year =         "1993",
 624   publisher =    "World Scientific",
 625   address =      "Singapore",
 626 }
 627
 628 @Article{Brunne93,
 629   author =       "R. M. Brunne and W. F. van Gunsteren and R.
 630                  Br{\"u}schweiler and Richard R. Ernst",
 631   title =        "Molecular Dynamics simulation of the proline
 632                  conformational equilibrium and Dynamics in Antamanide
 633                  using the {GROMOS} force field",
 634   journal =      BTjacs,
 635   year =         "1993",
 636   pages =        "4764--4768",
 637 }
 638
 639 @Article{Bundi79,
 640   author =       "A. Bundi and K. W{\"u}thrich",
 641   title =        "{$^1$H-NMR} Parameters of the Common Amino Acid
 642                  Residues Measured in Aqueous Solutions of the Linear
 643                  Tetrapeptides {H}-{Gly}-{Gly}-{X}-{L-Ala}-{OH}",
 644   journal =      BTbiop,
 645   year =         "1979",
 646   volume =       "18",
 647   pages =        "285--297",
 648 }
 649
 650 @InProceedings{Bekker93b,
 651   author =       "H. Bekker and H. J. C. Berendsen and E. J. Dijkstra
 652                  and S. Achterop and R. v. Drunen and D. v. d. Spoel and
 653                  A. Sij\-bers and H. Keegstra and B. Reitsma and M. K.
 654                  R. Renardus",
 655   title =        {{Gromacs Method of Virial Calculation Using a Single
 656                  Sum}},
 657   editor =       "R. A. de Groot and J. Nadrchal",
 658   pages =        "257--261",
 659   booktitle =    "Physics Computing 92",
 660   year =         "1993",
 661   publisher =    "World Scientific",
 662   address =      "Singapore",
 663 }
 664
 665 @Article{Bekker95,
 666   author =       {H. Bekker and E. J. Dijkstra and M. K. R. Renardus and H. J. C. Berendsen},
 667   title =        {An Efficient, Box Shape Independent Non-Bonded Force and Virial
 668           Algorithm for Molecular Dynamics},
 669   journal =      BTmsim,
 670   year =         1995,
 671   volume =       14,
 672   pages =        {137--152}
 673 }
 674
 675 @Article{Bera94,
 676   author =       "Aloke Kumar Bera and Biswadip Das and Subrata
 677                  Chattapahyay and Chanchal Dasgupta",
 678   title =        "Refolding of Denatured Restriction Endonucleases with
 679                  Ribosomal Preparations from Methanosarcina barkeri",
 680   journal =      BTbbrc,
 681   year =         "1994",
 682   volume =       "32",
 683   pages =        "315--323",
 684 }
 685
 686 @InCollection{Berendsen81,
 687   author =       "H. J. C. Berendsen and J. P. M. Postma and W. F. van
 688                  Gunsteren and J. Hermans",
 689   booktitle =    "Intermolecular Forces",
 690   title =        "Interaction Models for Water in Relation to Protein
 691                  Hydration",
 692   editor = "B. Pullman",
 693   publisher =    "D. Reidel Publishing Company",
 694   address =      "Dordrecht",
 695   year =         "1981",
 696   pages =        "331--342",
 697 }
 698
 699 @Article{Berendsen84,
 700   author =       "H. J. C. Berendsen and J. P. M. Postma and A. Di{N}ola
 701                  and J. R. Haak",
 702   title =        "Molecular dynamics with coupling to an external bath",
 703   journal =      BTjcp,
 704   year =         "1984",
 705   volume =       "81",
 706   pages =        "3684--3690",
 707 }
 708
 709 @InCollection{Berendsen84b,
 710   author =       {H. J. C. Berendsen and W. F. van Gunsteren},
 711   title =        {Molecular Dynamics Simulations: Techniques and Approaches},
 712   booktitle =    {Molecular Liquids-Dynamics and Interactions},
 713   publisher =    {Reidel},
 714   year =         1984,
 715   address =      {Dordrecht, The Netherlands},
 716   editor =       {A. J. Barnes et al.},
 717   series =       {NATO ASI C 135},
 718   pages =        {475--500}
 719 }
 720
 721 @Proceedings{Berendsen86a,
 722   title =        "Molecular-Dynamics Simulations of
 723                  Statistical-Mechanical Systems",
 724   year =         "1986",
 725   editor =       "G. Ciccotti and W. G. Hoover",
 726   publisher =    "North-Holland",
 727   organization = "Internat. School of Physics Enrico Fermi",
 728   address =      "Amsterdam",
 729 }
 730
 731 @InProceedings{Berendsen86b,
 732   author =       "H. J. C. Berendsen and W. F. van Gunsteren",
 733   title =        "Practical Algorithms for Dynamics Simulations",
 734   year =         "1986",
 735 }
 736
 737 @Article{Berendsen87,
 738   author =       "H. J. C. Berendsen and J. R. Grigera and T. P.
 739                  Straatsma",
 740   title =        "The missing term in effective pair potentials",
 741   journal =      BTjpc,
 742   year =         "1987",
 743   volume =       "91",
 744   pages =        "6269--6271",
 745 }
 746
 747 @InCollection{Berendsen91,
 748   author =       "H. J. C. Berendsen",
 749   booktitle =    "Computer Simulations in Material Science",
 750   title =        "Transport properties computed by linear response
 751                  through weak coupling to a bath",
 752   publisher =    "Kluwer",
 753   year =         "1991",
 754   editor =       "M. Meyer and V. Pontikis",
 755   pages =        "139--155",
 756 }
 757
 758 @InCollection{Berendsen93a,
 759   author =       "H. J. C. Berendsen",
 760   booktitle =    "Computer Simulation of Biomolecular Systems",
 761   title =        "Electrostatic interactions",
 762   publisher =    "ESCOM",
 763   year =         "1993",
 764   editor =       "W. F. van Gunsteren and P. K. Weiner and A. J.
 765                  Wilkinson",
 766   pages =        "161--181",
 767   address =      "Leiden",
 768 }
 769
 770 @Article{Berendsen93b,
 771   author =       "H. J. C. Berendsen and J. Mavri",
 772   title =        "Quantum Simulation of Reaction Dynamics by Density
 773                  Matrix Evolution",
 774   journal =      BTjpc,
 775   year =         "1993",
 776   volume =       "97",
 777   pages =        "13464--13468",
 778 }
 779
 780 @InCollection{Berendsen94,
 781   author =       "Herman J. C. Berendsen and David van der Spoel",
 782   booktitle =    "Aspects of Computational Science",
 783   title =        "Molecular Dynamics simulations",
 784   publisher =    "National Computing Facilities Foundation",
 785   address =      "P.O. Box 93120, 2509 AC Den Haag, The Netherlands",
 786   year =         "1994",
 787   editor =       "Aad van der Steen",
 788 }
 789
 790 @Article{Berendsen95a,
 791   author =       "Herman J. C. Berendsen and David van der Spoel and
 792                  Rudi van Drunen",
 793   title =        "{GROMACS}: {A} message-passing parallel molecular
 794                  dynamics implementation",
 795   journal =      BTcpc,
 796   year =         "1995",
 797   volume =       "91",
 798   pages =        "43--56",
 799 }
 800
 801 @InCollection{Caflisch94,
 802   author =       "Amadeo Caflisch and Martin Karplus",
 803   booktitle =    "The Protein Folding Problem and Tertiary Structure
 804                  Prediction",
 805   title =        "Molecular Dynamics Studies of Protein and Peptide
 806                  Folding and Unfolding",
 807   publisher =    "Birkh{\"a}user",
 808   year =         "1994",
 809   editor =       "Kenneth M. {Merz Jr.} and Scott M. {Le Grand}",
 810   pages =        "193--230",
 811   address =      "Boston",
 812 }
 813
 814 @Article{Berendsen95b,
 815   author =       "H. J. C. Berendsen and J. Mavri",
 816   title =        "Approach to Nonadiabatic Transitions by Density Matrix
 817                  Evolution and Molecular Dynamics Simulations",
 818   journal =      "Int. J. Quant. Chem.",
 819   year =         "1996",
 820   volume =       "57",
 821   pages =        "975--984",
 822 }
 823
 824 @Article{Berndt96a,
 825   author =       {K. D. Berndt and P. G{\"u}nthert and K. W{\"u}trich},
 826   title =        {Conformational Sampling by {NMR} Solution Structures
 827                   Calculated with the Program {DIANA} Evaluated by
 828                   Comparison With Long-Time Molecular Dynamics
 829                   Calculations in Explicit Water},
 830   journal =      BTprot,
 831   year =         1996,
 832   volume =       24,
 833   pages =        {304--313}
 834 }
 835
 836 @Article{Besler90,
 837   author =       "Brent H. Besler and Kenneth M. {Merz Jr.} and Peter A.
 838                  Kollman",
 839   title =        "Atomic Charges Derived from Semiempirical Methods",
 840   journal =      BTjcc,
 841   year =         "1990",
 842   volume =       "11",
 843   pages =        "431--439",
 844 }
 845
 846 @Article{Bieze93,
 847   author =       "T. W. N. Bieze and J. R. C. van der Maarel and
 848                   J. C. Leyte",
 849   title =        "The intramolecular {OH} bond length of water in a
 850                   concentrated poly(ethyleneoxide) solution. {A}n
 851                   {NMR} relaxation study",
 852   journal =      BTcpl,
 853   year =         "1993",
 854   volume =       "216",
 855   OPTnumber =    "1,2",
 856   pages =        "56--62",
 857   OPTmonth =     "",
 858   OPTremark =    "Water, 298 K
 859                   \tau_{OH} = 2.0 ps, \tau_O 1.97 ps",
 860   OPTfolder =    "NMR",
 861 }
 862
 863 @Article{Bjelkmar10,
 864   author =       "P. Bjelkmar and P. Larsson and M. A. Cuendet and B. Hess and E. Lindahl",
 865   title =        "Implementation of the {CHARMM} Force Field in {GROMACS}: Analysis of Protein Stability Effects from Correction Maps, Virtual Interaction Sites, and Water Models",
 866   journal =  BTjctc,
 867   year =         "2010",
 868   volume =       "6",
 869   pages =        "459--466",
 870 }
 871
 872 @Article{Blaber93,
 873   author =       "M. Blaber and X. Zhang and B. W. Matthews",
 874   title =        "Structural Basis of {A}mino Acid {\ahx} Propensity",
 875   year =         BTsci,
 876   volume =       "260",
 877   pages =        "1637--1640",
 878 }
 879
 880 @Article{Blanco93,
 881   author =       "Francisco J. Blanco and M. Angeles Jimenez and
 882                  Jos{\`e} Herranz and Manuel Rico and Jos{\`e} Santoro
 883                  and Jos{\`e} L. Nieto",
 884   title =        "{NMR} evidence of a short linear peptide that folds
 885                  into a {$\beta$}-hairpin in aqueous solution",
 886   journal =      BTjacs,
 887   year =         "1993",
 888   volume =       "115",
 889   pages =        "5887--5888",
 890 }
 891
 892 @Article{Blanco94,
 893   author =       "Francisco J. Blanco and M. Angeles Jimenez and Antonio
 894                  Pineda and Manuel Rico and Jorge Santoro and Jos{\`e}
 895                  L. Nieto",
 896   title =        "{NMR} solution structure of the isolated {N}-terminal
 897                  fragment of protein-{G} {B$_1$} domain; Evidence of
 898                  trifluoroethanol induced native-like {$\beta$}-hairpin
 899                  formation",
 900   journal =      BTbioch,
 901   year =         "1994",
 902   volume =       "33",
 903   pages =        "6004--6014",
 904 }
 905
 906 @Article{Bodkin96,
 907   author =       {M. J. Bodkin and J. M. Goodfellow},
 908   title =        {Hydrophobic Solvation in Aqueous Trifluoroethanol Solution},
 909   journal =      BTbiop,
 910   year =         1996,
 911   volume =       39,
 912   pages =        {43--50}
 913 }
 914
 915 @Article{Boek92,
 916   author =       "E. S. Boek and W. J. Briels and J. van Eerden and D.
 917                  Feil",
 918   title =        "Molecular-dynamics simulations of interfaces betwee
 919                  water and crystalline urea",
 920   journal =      BTjcp,
 921   year =         "1992",
 922   volume =       "96",
 923   pages =        "7010",
 924 }
 925
 926 @Article{Boek93,
 927   author =       "E. S. Boek and W. J. Briels",
 928   title =        "Molecular-dynamics simulations of aqueous urea
 929                  solutions: Study of dimer stability and solution
 930                  structure and calculation of the total nitrogen radial
 931                  distribution function Gn(r)",
 932   journal =      BTjcp,
 933   year =         "1993",
 934   volume =       "98",
 935   pages =        "1422",
 936 }
 937
 938 @Article{Bossemeyer94,
 939   author =       "Dirk Bossemeyer",
 940   title =        "The glycine-rich sequence of protein kinases: a
 941                  multifunctional element",
 942   journal =      BTtibs,
 943   year =         "1994",
 944   volume =       "19",
 945   pages =        "201--205",
 946 }
 947
 948 @Article{Braxenthaler95,
 949   author =       "M. Braxenthaler and F. Avbelj and J. Moult",
 950   title =        "Structure, Dynamics and Energetics of Initiation Sites
 951                  in Protein Folding: {I}. {A}nalysis of a 1 ns Molecular
 952                  Dynamics Trajectory of an Early Folding Unit in Water:
 953                  The Helix {I}/Loop {I}-Fragment of Barnase",
 954   journal =      BTjmb,
 955   year =         "1995",
 956   volume =       "250",
 957   pages =        "239--257",
 958 }
 959
 960 @Article{Brodsky96,
 961   author =       {A. Brodsky},
 962   title =        {Is there predictive value in water computer simulations?},
 963   journal =      BTcpl,
 964   year =         1996,
 965   volume =       261,
 966   pages =        {563--568}
 967 }
 968
 969 @Article{Brunne95,
 970   author =       {R. M. Brunne and K. D. Berndt and P. G{\"u}ntert and
 971                   K. W{\"u}thrich and W. F. van Gunsteren},
 972   title =        {Structure and Internal Dynamics of the Bovine
 973                   Pancreatic Trypsin Inhibitor in Aqueous Solution
 974                   From Long-Time Molecular Dynamics Simulation},
 975   journal =      BTprot,
 976   year =         1995,
 977   volume =       23,
 978   pages =        {49--62}
 979 }
 980
 981 @Article{Brusch92,
 982   author =       {R. Br{\"u}schweiler and B. Roux and M. Blackledge
 983                   and C. Griesinger and M. Karplus and R. R. Ernst},
 984   title =        {Influence of Rapid Intramolecular Motion on {NMR}
 985                   Cross-Relaxation Rates. A Molecular Dynamics Study
 986                   of Antamanide in Solution},
 987   journal =      BTjacs,
 988   year =         1992,
 989   volume =       114,
 990   pages =        {2289--2302}
 991 }
 992
 993 @Article{Bryngelson95,
 994   author =       {J. D. Bryngelson and J. N. Onuchic and N. D. Socci
 995                   and P. G. Wolynes},
 996   title =        {Funnels, Pathways, and the Energy Landscape of
 997                   Protein Folding},
 998   journal =      BTprot,
 999   year =         1995,
1000   volume =       21,
1001   pages =        {167--195}
1002 }
1003
1004 @Article{Burg94,
1005   author =       "B. van den Burg and B. W. Dijkstra and G. Vriend and
1006                  B. van der Vinne and G. Venema",
1007   title =        "Protein Stabilization by Hydrophobic Interactions at
1008                  the Surface",
1009   journal =      BTejb,
1010   year =         "1994",
1011   volume =       "220",
1012   pages =        "981--985",
1013 }
1014
1015 @Article{Burley86,
1016   author =       "S. K. Burley and G. A. Petsko",
1017   title =        "Amino-aromatic interactions in proteins",
1018   journal =      BTjmb,
1019   year =         "1986",
1020   volume =       "203",
1021   pages =        "139--143",
1022 }
1023
1024 @Article{Burley89,
1025   author =       "S. K. Burley and G. A. Petsko",
1026   title =        "Electrostatic interactions in aromatic oligopeptides
1027                  contribute to protein stability",
1028   journal =      BTtibtech,
1029   year =         "1989",
1030   volume =       "7",
1031   pages =        "354--359",
1032 }
1033
1034 @Article{Buuren93a,
1035   author =       "A. R. van Buuren and H. J. C. Berendsen",
1036   title =        {{Molecular Dynamics simulation of the stability of a 22
1037                  residue alpha-helix in water and 30\%
1038                  trifluoroethanol}},
1039   journal =      BTbiop,
1040   year =         "1993",
1041   volume =       "33",
1042   pages =        "1159--1166",
1043 }
1044
1045 @Article{Buuren93b,
1046   author =       "A. R. van Buuren and S. J. Marrink and H. J. C.
1047                  Berendsen",
1048   title =        "A Molecular Dynamics Study of the Decane/Water
1049                  Interface",
1050   journal =      BTjpc,
1051   year =         "1993",
1052   volume =       "97",
1053   pages =        "9206--9212",
1054 }
1055
1056 @Manual{Buuren94a,
1057   author =       "Aldert R. van Buuren and Herman J. C. Berendsen",
1058   title =        "Video: Monolayer surfactant dynamics (1994)",
1059   address =      "BIOMOS bv. Nij\-enborgh 4, 9747 AG Groningen, the
1060                  Netherlands",
1061   organization = "A copy of this video (VHS, PAL or NTSC) can be
1062                  obtained for 40 US\$",
1063 }
1064
1065 @Proceedings{Buuren94b,
1066   author =       "Aldert R. van Buuren and Herman J. C. Berendsen",
1067   title =        "Crossing Over in Chemistry: {\em proceedings of the
1068                  2$^{nd}$ annual advanced research workshop}",
1069   year =         "1994",
1070   editor =       "A. R. van Buuren",
1071   organization = "Biophysical Chemistry, University of Groningen",
1072   address =      "Groningen, the Netherlands",
1073   note =         "ISBN 90-367-0432-4",
1074 }
1075
1076 @Article{Buuren94c,
1077   author =       "A. R. van Buuren and H. J. C. Berendsen",
1078   title =        "Molecular dynamics simulations of carbohydrate based
1079                  surfactants in surfactant/water/oil systems",
1080   journal =      "Langmuir",
1081   year =         "1994",
1082   volume =       "10",
1083   pages =        "1703--1713",
1084 }
1085
1086 @Article{Buuren95a,
1087   author =       "Aldert R. van Buuren and Siewert Jan Marrink and
1088                  Herman J. C. Berendsen",
1089   title =        "Characterisation of aqueous interfaces with different
1090                  hydrophobicities by molecular dynamics",
1091   journal =      "{\em Colloids and Surfaces. A: Physicochemical and
1092                  Engineering Aspects}",
1093   volume =       "102",
1094   year =         "1995",
1095   pages =        "143--158",
1096 }
1097
1098 @Article{Buuren95b,
1099   author =       "Aldert R. van Buuren and Jacob de Vlieg and Herman J.
1100                  C. Berendsen",
1101   title =        "Structural Properties of 1,2-Diacyl-{\em sn}-glycerol
1102                  in Bulk and at the Water Interface by Molecular
1103                  Dynamics",
1104   journal =      BTlang,
1105   year =         "1995",
1106   volume =       "11",
1107   pages =        "2957--2965",
1108 }
1109
1110 @Article{Bystrov76,
1111   author =       {V. F. Bystrov},
1112   title =        {Spin-spin coupling and the conformational states of
1113                   peptide systems},
1114   journal =      {Progr. {NMR} Spectr.},
1115   year =         1976,
1116   volume =       10,
1117   pages =        {41--81}
1118 }
1119
1120 @Unpublished{CB96,
1121   author =       "C. L. {Brooks III}",
1122   title =        "",
1123   note =         "(personal communication)",
1124   OPTcrossref =  "",
1125   OPTkey =       "",
1126   OPTyear =      "",
1127   OPTmonth =     "",
1128   OPTannote =    "",
1129 }
1130
1131 @Article{CBrooks93a,
1132   author =       "Charles L. {Brooks III}",
1133   title =        "Molecular Simulations of peptide and protein
1134                  unfolding: in quest of a molten globule",
1135   journal =      BTcosb,
1136   year =         "1993",
1137   volume =       "3",
1138   pages =        "92--98",
1139 }
1140
1141 @Article{CBrooks93b,
1142   author =       "C. L. {Brooks III} and L. Nilsson",
1143   title =        "Promotion of Helix Formation in Peptides Dissolved in
1144                  Alcohol and Water-Alcohol Mixtures",
1145   journal =      BTjacs,
1146   year =         "1993",
1147   volume =       "115",
1148   pages =        "11034--11035",
1149 }
1150
1151 @Article{CBrooks93c,
1152   author =       "C. L. {Brooks III} and D. A. Case",
1153   title =        "Simulations of Peptide Conformational Dynamics and
1154                  Thermodynamics",
1155   journal =      BTcr,
1156   year =         "1993",
1157   volume =       "93",
1158   pages =        "2487--2502",
1159 }
1160
1161 @Article{CChen93,
1162   author =       {C. Chen and Y. Feng and J. H. Short and A. J. Wand},
1163   title =        {The Main Chain Dynamics of a Peptide bound to Calmodulin},
1164   journal =      BTarchbb,
1165   year =         1993,
1166   volume =       306,
1167   pages =        {510--514}
1168 }
1169
1170 @Article{CXWang94,
1171   author =       {C. X. Wang and R. Douillard and V. Tran},
1172   title =        {Evaluation of the hydrophilic behaviour of a
1173                   $\beta$-casein peptide by molecular dynamics simulation},
1174   journal =      BTbba,
1175   year =         1994,
1176   volume =       189,
1177   pages =        {511--521}
1178 }
1179
1180 @Article{Eastwood2010,
1181   author =       "Michael P. Eastwood and Kate A. Stafford and Ross A. Lippert and Morten \O. Jensen and  Paul Maragakis and Cristian Predescu and  Ron O. Dror and David E. Shaw",
1182   title =        "Equipartition and the Calculation of Temperature in Biomolecular Simulations",
1183   journal =      BTjctc,
1184   year =         "2010",
1185   volume =       "ASAP",
1186   pages =        "DOI: 10.1021/ct9002916",
1187 }
1188
1189
1190
1191 % J. Chem. Theory Comput., Articles ASAP (As Soon As Publishable)
1192 % Publication Date (Web): May 24, 2010 (Article)
1193 % DOI: 10.1021/ct9002916
1194
1195
1196 @Article{Eder92,
1197   author =       "J{\"o}rg Eder and Kasper Kirsch\-ner",
1198   title =        "Stable Substructures of Eightfold
1199                  {$\beta\alpha$}-Barrel Proteins: Fragment
1200                  Complementation of Phosphoribosylanthranilate
1201                  Isomerase",
1202   journal =      BTbioch,
1203   year =         "1992",
1204   volume =       "31",
1205   pages =        "3617--3625",
1206 }
1207
1208 @Article{Caldwell90,
1209   author =       "J. Caldwell and L. X. Dang and P. A. Kollman",
1210   title =        "Implementation of Nonnadditive Intermolecular
1211                   Potentials by Use of Molecular Dynamics: Development
1212                   of a Water-Water Potential and Water-Ion Cluster
1213                   Interactions",
1214   journal =      BTjacs,
1215   year =         "1990",
1216   volume =       "112",
1217   pages =        "9144--9147"
1218 }
1219
1220 @Article{Case94a,
1221   author =       "D. A. Case and H. J. Dyson and P. E. Wright",
1222   title =        "Use of Chemical Shifts and Coupling Constants in
1223                  Nuclear Magnetic Resonance Structural Studies on
1224                  Peptides and Proteins",
1225   journal =      BTmie,
1226   year =         "1994",
1227   volume =       "239",
1228   pages =        "392--415",
1229 }
1230
1231 @Article{Eigen55,
1232   author =       "M. Eigen and L. de Maeyer",
1233   title =        "Untersuchungen {\"u}ber die {K}inetik der
1234                  {N}eutralisation. {I}",
1235   journal =      "Zeitschrift f{\"u}r Elektrochemie",
1236   year =         "1955",
1237   volume =       "59",
1238   pages =        "986--993",
1239 }
1240
1241 @Article{Case94b,
1242   author =       {D. A. Case},
1243   title =        {Normal mode analysis of protein dynamics},
1244   journal =      BTcosb,
1245   year =         1994,
1246   volume =       4,
1247   pages =        {285--290}
1248 }
1249
1250 @Article{Case95a,
1251   author =       {D. A. Case},
1252   title =        {Calibration of ring-current effects in proteins and
1253                   nucleic acids},
1254   journal =      BTjbnmr,
1255   year =         1995,
1256   volume =       6,
1257   pages =        {341--346}
1258 }
1259
1260 @Article{Celda95,
1261   author =       {B. Celda and C. Biamonti and M. J. Arnau and
1262                   R. Tejero and G. T. Montelione},
1263   title =        {Combined use of {$^{13}$C} chemical shifts and
1264                   {$^1$H$^{\alpha}$}-{$^{13}$C$^{\alpha}$}
1265                   heteronuclear {NOE} data in monitoring a protein
1266                   {NMR} structure refinement},
1267   journal =      BTjbnmr,
1268   year =         1995,
1269   volume =       5,
1270   pages =        {161--172}
1271 }
1272
1273
1274 @Article{FMP91,
1275   author =       "Florian M{\"u}ller-Plathe and David Brown",
1276   title =        "Multi-colour algorithms in molecular simulation:
1277                  vectorisation and parallelisation of internal forces
1278                  and constraints",
1279   journal =      BTcpc,
1280   year =         "1991",
1281   volume =       "64",
1282   pages =        "7--14",
1283 }
1284
1285 @Article{FMP93,
1286   author =       "Florian M{\"u}ller-Plathe",
1287   title =        "{YASP}: {A} molecular simulation package",
1288   journal =      BTcpc,
1289   year =         "1993",
1290   volume =       "78",
1291   pages =        "77--94",
1292 }
1293
1294 @Article{Chakra95,
1295   author =       "A. Chakrabartty and R. L. Baldwin",
1296   title =        "Stability of {$\alpha$}-helices",
1297   journal =      "Adv. Prot. Chem.",
1298   year =         "1995",
1299   volume =       "46",
1300   pages =        "141--176",
1301 }
1302
1303 @Article{Chandler78,
1304   author =       {D. Chandler},
1305   title =        {Statistical Mechanics of Isomerization Dynamics in
1306                   Liquids and the Transition State Approximation},
1307   journal =      BTjcp,
1308   year =         1978,
1309   volume =       68,
1310   pages =        {2959--2970}
1311 }
1312
1313 @Article{Chatfield95,
1314   author =       "David C. Chatfield and Bernard R. Brooks",
1315   title =        "{HIV}-1 Protease Cleavage Mechanism Elucidated with
1316                  Molecular Dynamics Simulation",
1317   journal =      BTjacs,
1318   year =         "1995",
1319   volume =       "117",
1320   pages =        "5561--5572",
1321 }
1322
1323 @Article{Chatto92,
1324   author =       "R. Chattopadhyaya and W. E. Meador and A. R. Means and
1325                  F. A. Quiocho",
1326   title =        "Calmodulin Structure refined at 1.7{{\AA}}
1327                  resolution",
1328   journal =      BTjmb,
1329   year =         "1992",
1330   volume =       "228",
1331   pages =        "1177",
1332 }
1333
1334 @Article{Chen92,
1335   author =       "Ping Chen and Ursula Schulze-Gahmen and Enrico A.
1336                  Stura and James Inglese and Dana L. Johnson and Ariane
1337                  Marolewski and Stephen J. Benkovic and Ian A. Wilson",
1338   title =        "Crystal Structure of Glycinamide Ribonucleotide
1339                  Transformylase from {E}scherichia Coli at 3.0{{\AA}}
1340                  Resolution",
1341   journal =      BTjmb,
1342   year =         "1992",
1343   volume =       "227",
1344   pages =        "283--292",
1345 }
1346
1347 @Article{Cheney88,
1348   author =       "J. Cheney and B. V. Cheney and W. G. Richards",
1349   title =        "Calculation of {NH}-{$\Pi$} hydrogen bond energies in
1350                  basic pancreatic trypsin inhibitor",
1351   journal =      BTbba,
1352   year =         "1988",
1353   volume =       "954",
1354   pages =        "137--139",
1355 }
1356
1357 @Article{Cheung77,
1358   author =       {P. S. Y. Cheung},
1359   title =        {On the calculation of specific heats, thermal
1360                   pressure coefficients and compressibilities in
1361                   molecular dynamics simulations},
1362   journal =      BTmph,
1363   year =         1977,
1364   volume =       33,
1365   pages =        {517--526}
1366 }
1367
1368 @Article{Chialvo96a,
1369   author =       {A. A. Chialvo},
1370   title =        {On the realism of the re-engineered simple point
1371                   charge water model},
1372   journal =      BTjcp,
1373   year =         1996,
1374   volume =       104,
1375   pages =        {5240--5243}
1376 }
1377
1378 @Article{Chialvo96b,
1379   author =       {A. A. Chialvo and P. T. Cummings},
1380   title =        {Engineering a simple polarizable model for the
1381                   molecular simulation of water applicable over wide
1382                   ranges of state conditions},
1383   journal =      BTjcp,
1384   year =         1996,
1385   volume =       105,
1386   pages =        {8274--8281}
1387 }
1388
1389 @Article{Chipot94,
1390   author =       {C. Chipot and C. Milot and B. Maigret and P. A. Kollman},
1391   title =        {Molecular dynamics free energy simulations:
1392                   Influence of the truncation of lang-range nonbonded
1393                   electrostatic interactions on free energy
1394                   calculations of polar molecules},
1395   journal =      BTjcp,
1396   year =         1994,
1397   volume =       101,
1398   pages =        {7953--7962}
1399 }
1400
1401 @Article{Chodera2011,
1402   author =       "J. D. Chodera and M. R. Shirts",
1403   title =        {Replica exchange and expanded ensemble simulations as Gibbs sampling: Simple improvements for enhanced mixing},
1404   journal =      BTjcp,
1405   year =         2011,
1406   volume =       135,
1407   pages =        "194110"
1408 }
1409
1410
1411 @Article{Chothia92,
1412   author =       "Cyrus Chothia",
1413   title =        "One thousand families for the molecular biologist",
1414   journal =      BTnature,
1415   year =         "1992",
1416   volume =       "357",
1417   pages =        "543--544",
1418 }
1419
1420 @Article{Chou74,
1421   author =       "P. Y. Chou and G. D. Fasman",
1422   title =        "Conformational Parameters for Amino Acids in Helical,
1423                  {$\beta$}-Sheet, and Random Coil Regions Calculated
1424                  from Proteins",
1425   journal =      BTbioch,
1426   year =         "1974",
1427   volume =       "13",
1428   pages =        "211--221",
1429 }
1430
1431 @MastersThesis{Chung93,
1432   author =       {J. W. Chung},
1433   title =        {Force field optimisation using coupling theory},
1434   school =       {University of Groningen},
1435   year =         1993
1436 }
1437
1438 @Article{Cieplak90a,
1439   author =       "P. Cieplak and P. A. Kollman and T. Lybrand",
1440   title =        "A new water potential including polarization:
1441                   Application to gas-phase, liquid, and crystal
1442                   properties of water",
1443   journal =      BTjcp,
1444   year =         "1990",
1445   volume =       "92",
1446   pages =        "6755--6760",
1447 }
1448
1449 @Article{Clarage94,
1450   author =       "J. B. Clarage and G. N. {Philips Jr}",
1451   title =        "Cross-Validation Tests of Time-Averaged Molecular
1452                  Dynamics Refinements for Determination of Protein
1453                  Structures by {X}-Ray Crystallography",
1454   journal =      BTacd,
1455   year =         "1994",
1456   volume =       "50",
1457   pages =        "24--36",
1458 }
1459
1460 @Article{Clore90,
1461   author =       {G. M. Clore and A. Szabo and A. Bax and L. E. Kay
1462                   and P. C. Driscoll and A. M. Gronenborn},
1463   title =        {Deviations from the simple two-parameter model-free
1464                   approach to the interpretation of nitrogen-15
1465                   nuclear magnetic relaxation of proteins},
1466   journal =      BTjacs,
1467   year =         1990,
1468   volume =       112,
1469   pages =        {4989--4991}
1470 }
1471
1472 @Article{Clore93a,
1473   author =       "G. M. Clore and A. Bax and M. Ikura and A. M.
1474                  Gronenborn",
1475   title =        "Structure of calmodulin-target peptide complexes",
1476   journal =      BTcosb,
1477   year =         "1993",
1478   volume =       "3",
1479   pages =        "838--845",
1480 }
1481
1482 @Article{Cobos93,
1483   author =       "J. {Hern{\'a}ndez-Cobos} and I. {Ortega-Blake} and M.
1484                  {Bonilla-Mar{\'\i}n} and M. {Moreno-Bello}",
1485   title =        "A refined monte carlo study of aqueous urea
1486                  solutions",
1487   journal =      BTjcp,
1488   year =         "1993",
1489   volume =       "99",
1490   pages =        "9122--9134",
1491 }
1492
1493 @Article{Collins96,
1494   author =       {N. Collins and J. L. Flippen-Anderson and
1495                   R. C. Haaseth and J. R. Deschamps and C. George and
1496                   K. K{\"o}ver and V. J. Hruby},
1497   title =        {Conformational Determinants of Agonist versus
1498                   Antagonist Properties of
1499                   [{D-Pen$^2$},{D-Pen$^5$}]Enkephalin ({DPDPE}) Analogs
1500                   at Opioid Receptors. Comparison of {X}-ray
1501                   Crystallographic Structure, Solution $^1${H} {NMR}
1502                   Data, and Molecular Dynamics Simulations of
1503                   [{L-Ala$^3$}]{DPDPE} and [{D-Ala$^3$}]{DPDPE}},
1504   journal =      BTjacs,
1505   year =         1996,
1506   volume =       118,
1507   pages =        {2143--2152}
1508 }
1509
1510 @Article{Cook94,
1511   author =       "W. J. Cook and L. J. Walter and M. R. Walter",
1512   title =        "Drug binding by calmodulin: crystal structure of a
1513                  calmodulin-trifluoperazine complex",
1514   journal =      BTbioch,
1515   year =         "1994",
1516   volume =       "33",
1517   pages =        "15259",
1518 }
1519
1520 @Article{Cooke2008,
1521   author =       "Ben Cooke and Scott J. Schmidler",
1522   title  =       {{Preserving the Boltzmann ensemble in replica-exchange molecular dynamics}},
1523   journal =      BTjcp,
1524   year =         "2008",
1525   volume =       "129",
1526   pages =        "164112",
1527 }
1528 @Article{Creighton94,
1529   author =       "Thomas E. Creighton",
1530   title =        "The energetic ups and downs of protein folding",
1531   journal =      BTnsb,
1532   year =         "1994",
1533   volume =       "1",
1534   pages =        "135--138",
1535 }
1536
1537 @Article{Crivici95,
1538   author =       "A. Crivici and M. Ikura",
1539   title =        "Molecular and structural basis of target recognition
1540                  by calmodulin",
1541   journal =      BTarbb,
1542   year =         "1995",
1543   volume =       "24",
1544   pages =        "85--116",
1545 }
1546
1547 @Article{DESmith94,
1548   author =       "D. E. Smith and L. X. Dang",
1549   title =        "Computer simulations of {N}a{C}l association in
1550                   polarizable water",
1551   journal =      BTjcp,
1552   year =         "1994",
1553   volume =       "100",
1554   pages =        "3757--3766"
1555 }
1556
1557 @Article{Daggett92a,
1558   author =       "Valerie Daggett and Michael Levitt",
1559   title =        "A model of the molten globule state from molecular
1560                  dynamics simulations",
1561   journal =      BTpnas,
1562   year =         "1992",
1563   volume =       "89",
1564   pages =        "5142--5146",
1565 }
1566
1567 @Article{Daggett92b,
1568   author =       "V. Daggett and M. Levitt",
1569   title =        "Molceular Dynamics Simulations of Helix Denaturation",
1570   journal =      BTjmb,
1571   year =         "1992",
1572   volume =       "223",
1573   pages =        "1121--1138",
1574 }
1575
1576 @Article{Daggett93,
1577   author =       "V. Daggett and M. Levitt",
1578   title =        {{Realistic Simulations of Native-Protein Dynamics}},
1579   journal =      BTarbb,
1580   year =         "1993",
1581   volume =       "22",
1582   pages =        "353--380",
1583 }
1584
1585 @Article{Dang92,
1586   author =       "L. X. Dang",
1587   title =        "The nonadditive intermolecular potential for water
1588                   revised",
1589   journal =      BTjcp,
1590   year =         "1992",
1591   volume =       "97",
1592   pages =        "2659--2660",
1593 }
1594
1595 @Article{Darden93,
1596   author =       {T. Darden and D. York and L. Pedersen},
1597   title =        {{Particle mesh Ewald: An N$\bullet$log(N) method for
1598                   Ewald sums in large systems}},
1599   journal =      BTjcp,
1600   year =         1993,
1601   volume =       98,
1602   pages =        {10089--10092}
1603 }
1604
1605 @Article{Das92,
1606   author =       "Biswadip Das and Subrata Chattopadhyay and Chanchal
1607                  Das Gupta",
1608   title =        "Reactivation of denatured fungal glucose 6-phosphate
1609                  dehydrogenase and {E. } coli alkaline phosphatase with
1610                  {E. } coli ribosome",
1611   journal =      BTbbrc,
1612   year =         "1992",
1613   volume =       "183",
1614   pages =        "774--780",
1615 }
1616
1617 @Article{Dasgupta82,
1618   author =       "R. Dasgupta and P. Kaesberg",
1619   title =        "Complete nucleotide sequence of the coat protein
1620                  messenger {RNA}s of brome mosaic virus and cowpea
1621                  chlorotic mottle virus",
1622   journal =      "Nucl. Acid. Res.",
1623   year =         "1982",
1624   volume =       "10",
1625   pages =        "703--713",
1626 }
1627
1628 @Article{Dasgupta94,
1629   author =       "S. Dasgupta and K. A. Smith and W. A. {Goddard III}",
1630   title =        "Polyoxymethylene: The Hessian Biased Force Field for
1631                  Molecular Dynamics Simulations",
1632   journal =      BTjpc,
1633   year =         "1993",
1634   volume =       "97",
1635   number =       "42",
1636   pages =        "10891--10902",
1637 }
1638
1639 @Article{Daura96,
1640   author =       {X. Daura and B. Oliva and E. Querol and
1641                   F. X. Avil{\'e}s and O. Tapia},
1642   title =        {On the sensitivity of {MD} trajectories to Changes
1643                   in Water-Protein Interaction Parameters: The Potato
1644                   Carboxypeptidase Inhibitor in Water as a Test Case
1645                   for the {GROMOS} force field},
1646   journal =      BTprot,
1647   year =         1996,
1648   volume =       25,
1649   pages =        {89--103}
1650 }
1651
1652 @Article{DeBolt93,
1653   author =       "Stephen E. DeBolt and Peter A. Kollman",
1654   title =        "{AMBERCUBE} {MD}, Parallelization of {AMBER}'s
1655                  Molecular Dynamics Module for Distributed-Memory
1656                  Hypercube Computers",
1657   journal =      BTjcc,
1658   year =         "1993",
1659   volume =       "14",
1660   pages =        "312--329",
1661 }
1662
1663 @Article{DeMarco78,
1664   author =       {A. De{M}arco and M. Llinas and K. W{\"u}thrich},
1665   title =        {Analysis of the {$^1$H-NMR} Spectra of Ferrichrome
1666                   Peptides. I. The Non-Amide Proteins},
1667   journal =      BTbiop,
1668   year =         1978,
1669   volume =       17,
1670   pages =        {617--636}
1671 }
1672
1673 @Article{Degroot96a,
1674   author =       "B. L. de ~Groot and A. ~Amadei and D. M. F. van ~Aalten
1675                   and H. J. C. ~Berendsen",
1676   title =        "Towards an exhaustive sampling of the
1677                   configurational spaces of the two forms of the
1678                   peptide hormone guanylin",
1679   journal =      "J. Biomol. Str. Dyn.",
1680   year =         "1996",
1681   volume =       "13",
1682   number =       "5",
1683   pages =        "741--751",
1684 }
1685
1686 @Article{Degroot96b,
1687   author =       {B. L. de ~Groot and A. Amadei and R. M. ~Scheek and
1688                   N. A. J. van ~Nuland and H. J. C. ~Berendsen},
1689   title =        {{An extended sampling of the configurational space of
1690                   HPr from \emph{E. coli}}},
1691   year =         {1996},
1692   journal =      {PROTEINS: Struct. Funct. Gen.},
1693   volume =       {26},
1694   pages =        {314--322},
1695 }
1696
1697 @Article{Dehle95,
1698   author =       {F. J. Dehle and J. W. Finley and P. J. Stephens and
1699                   M. J. Frisch},
1700   title =        {Ab initio Calculation of Vibrational Absorption and
1701                   Circular Dichroism Spectra Using Density Functional
1702                   Force Fields: A Comparison of Local, Nonlocal, and
1703                   Hybrid Density Functionals},
1704   journal =      BTjpc,
1705   year =         1995,
1706   volume =       99,
1707   pages =        {16883--16902}
1708 }
1709
1710 @Article{Desmet92,
1711   author =       {J. Desmet and M. de Maeyer and B. Hazes and I. Lasters},
1712   title =        {The dead-end elimination theorem and its use in
1713                   protein side-chain positioning},
1714   journal =      BTnature,
1715   year =         1992,
1716   volume =       356,
1717   pages =        {539--542}
1718 }
1719
1720 @InCollection{Desmet94,
1721   author =       {J. Desmet and M. De Mayer and I. Lasters},
1722   title =        {The {"Dead-End Elimination"} Theorem: A New Approach
1723                   to the Side-Chain Packing Problem},
1724   booktitle =    {The Protein Folding Problem and Tertiary Structure Prediction},
1725   publisher =    {Birkh{\"a}user},
1726   year =         1994,
1727   editor =       {K. M. {Merz Jr.} and S. M. {Le Grand}},
1728   address =      {Boston}
1729 }
1730
1731 @Article{DiCapua90,
1732   author =       "Frank M. DiCapua and S. Swaminathan and D. L.
1733                  Beveridge",
1734   title =        "Theoretical Evidence for destabilization of an
1735                  {$\alpha$} helix by water insertion: Molecular Dynamics
1736                  of Hydrated Decaalanine",
1737   journal =      BTjacs,
1738   year =         "1990",
1739   volume =       "112",
1740   pages =        "6768--6771",
1741 }
1742
1743 @Article{Dill93a,
1744   author =       "Ken A. Dill and Klaus M. Fiebig and Hue Sun Chan",
1745   title =        "Cooperativity in protein-folding kinetics",
1746   journal =      BTpnas,
1747   year =         "1993",
1748   volume =       "90",
1749   pages =        "1942--1946",
1750 }
1751
1752 @Article{Dill93b,
1753   author =       {K. A. Dill},
1754   title =        {Folding proteins: finding a needle in a haystack},
1755   journal =      BTcosb,
1756   year =         1993,
1757   volume =       3,
1758   pages =        {99--103}
1759 }
1760
1761 @Article{Dios95,
1762   author =       "A. C. de Dios and J. G. Pearson and E. Oldfield",
1763   title =        "Secondary and Tertiary Structural Effects on Protein
1764                  {NMR} Chemical Shifts: An ab Initio Approach",
1765   journal =      BTsci,
1766   year =         "1995",
1767   volume =       "260",
1768   pages =        "1491--1496",
1769 }
1770
1771 @Article{Dobson94,
1772   author =       "C. M. Dobson and P. A. Evans and S. E. Radford",
1773   title =        "Understanding how proteins fold: The Lysozyme story so
1774                  far",
1775   journal =      BTtibs,
1776   year =         "1994",
1777   volume =       "19",
1778   pages =        "31--37",
1779 }
1780
1781 @Article{Doi94,
1782   author =       {M. Doi and A. Ishibe and H. Shinozaki and H. Urata
1783                   and M. Inoue and T. Ishida},
1784   title =        {Conserved and novel structural characteristics of
1785                   enantiomorphic {L}eu-enkephalin},
1786   journal =      BTijpp,
1787   year =         1994,
1788   volume =       43,
1789   pages =        {325--331}
1790 }
1791
1792 @Article{Dolinsek94,
1793   author =       "J. Dolin\v{s}ek and B. Zalar and R. Blinc",
1794   title =        "{O-D ... O} deuteron intra- and interbond exchange and
1795                  frequency-dependent order parameter in deuteron glasses
1796                  studied by two-dimensional exchange {NMR}",
1797   journal =      BTprb,
1798   year =         "1994",
1799   volume =       "50",
1800   pages =        "805--821",
1801 }
1802
1803 @Book{Drenth94,
1804   author =       {J. Drenth},
1805   title =        {Principles of Protein X-ray Crystallography},
1806   publisher =    {Springer},
1807   year =         1994,
1808   address =      {New York}
1809 }
1810
1811 @Article{Drift90,
1812   author =       "A. C. M. van der Drift and J. M. van Noort and J.
1813                  Kruse",
1814   title =        "Catheptic processing of protein antigens: enzymic and
1815                  molecular aspects",
1816   journal =      "Seminars in Immunology",
1817   year =         "1990",
1818   volume =       "2",
1819   pages =        "255",
1820 }
1821
1822 @Article{Duffy93a,
1823   author =       "Erin M. Duffy and Daniel L. Severance and W. L.
1824                  Jorgensen",
1825   title =        "Urea: Potential Function, log {P} and Free energy of
1826                  Hydration",
1827   journal =      BTisrjc,
1828   year =         "1993",
1829   volume =       "33",
1830   pages =        "323--330",
1831 }
1832
1833 @Article{Duffy93b,
1834   author =       "E. M. Duffy and P. J. Kwalczyk and W. L. Jorgensen",
1835   title =        "Do Denaturants interact with aromatica hydrocarbons in
1836                  water ?",
1837   journal =      BTjacs,
1838   year =         "1993",
1839   volume =       "115",
1840   pages =        "9271--9275",
1841 }
1842
1843 @Article{Duffy94,
1844   author =       "Erin M. Duffy and W. L. Jorgensen",
1845   title =        "Structure and Binding for Complexes of {R}ebek's
1846                  Acridine Diacid with Pyrazine, Quinoxaline, and
1847                  Pyridine from Monte Carlo Simulations with an All-Atom
1848                  Force Field",
1849   journal =      BTjacs,
1850   year =         "1994",
1851   volume =       "116",
1852   pages =        "6337--6343",
1853 }
1854
1855 @Article{Dyson91,
1856   author =       "H. J. Dyson and P. E. Wright",
1857   title =        "Defining Solution Conformations of Small Linear
1858                  Peptides",
1859   journal =      BTarbbc,
1860   year =         "1991",
1861   volume =       "20",
1862   pages =        "519--538",
1863 }
1864
1865 @Article{Dyson93,
1866   author =       "H. Jane Dyson and Peter E. Wright",
1867   title =        "Peptide conformation and protein folding",
1868   journal =      BTcosb,
1869   year =         "1993",
1870   volume =       "3",
1871   pages =        "60--65",
1872 }
1873
1874 @Unpublished{Dyson95,
1875   note =         "According to Jane Dyson, this is not necessary when
1876                  the samples are not exposed to air, which may be
1877                  accomplished by keeping them under Argon",
1878 }
1879
1880 @Article{Efimov84,
1881   author =       "A. V. Efimov",
1882   title =        "A novel super-secondary structure of proteins and the
1883                  relation between structure and the amino-acid
1884                  sequence",
1885   journal =      BTfebs,
1886   year =         "1984",
1887   volume =       "166",
1888   pages =        "33--38",
1889 }
1890
1891 @Article{Egberts94,
1892   author =       "E. Egberts and S. J. Marrink and H. J. C. Berendsen",
1893   title =        "Molecular dynamics simulation of a phospholipid
1894                  membrane",
1895   journal =      "Eur. Biophys. J.",
1896   year =         "1994",
1897   volume =       "22",
1898   pages =        "423--436",
1899 }
1900
1901 @Article{Elofsson93,
1902   author =       "A. Elofsson and L. Nilsson",
1903   title =        "How Consistent are Molecular Dyanamics Simulations ?",
1904   journal =      BTjmb,
1905   year =         "1993",
1906   volume =       "233",
1907   pages =        "766--780",
1908 }
1909
1910 @Article{Engels95,
1911   author =       {M. Engels and D. Bashford and M. R. Ghadiri},
1912   title =        {Structure and Dynamics of Self-Assembling Peptide
1913                   Nanotubes and the Channel-Mediated Water
1914                   Organization and Self-Diffusion. A Molecular
1915                   Dynamics Study},
1916   journal =      BTjacs,
1917   year =         1995,
1918   volume =       117,
1919   pages =        {9151--9158}
1920 }
1921
1922 @Article{Englander92,
1923   author =       "S. Walter Englander and Leland Mayne",
1924   title =        "Protein Folding Studied Using Hydrogen-Exchange
1925                  Labeling and Two-Dimensional {NMR}",
1926   journal =      BTarbp,
1927   year =         "1992",
1928   volume =       "21",
1929   pages =        "243--265",
1930 }
1931
1932 @Article{Erickson90,
1933   author =       "J. Erickson and D. J. Neidhart and J. VanDrie and D.
1934                  J. Kempf and X. C. Wang and D. W. Norbeck and J. C.
1935                  Plattner and J. W. Rittenhouse and M. Turon and N.
1936                  Wideburg and W. E. Kohlbrenner and R. Simmer and R.
1937                  Helfrich and D. A. Paul and M. Knigge",
1938   title =        "Design, Activity, and 2.8{{\AA}} Crystal Structure of
1939                  a {C2} Symmetric Inhibitor Complexed to {HIV}-1
1940                  Protease",
1941   journal =      BTsci,
1942   year =         "1990",
1943   volume =       "249",
1944   pages =        "527--533",
1945 }
1946
1947 @Article{Eriksson93,
1948   author =       {M. A. L. Eriksson and H. Berglund and T. H{\"a}rd
1949                   and L. Nilsson},
1950   title =        {A Comparison of {$^{15}$N NMR} Relaxation
1951                   Measurements With a Molecular Dynamics Simulation:
1952                   Backbone Dynamics of the Glucocorticod Receptor
1953                   {DNA}-Binding Domain} ,
1954   journal =      BTprot,
1955   year =         1993,
1956   volume =       17,
1957   pages =        {375--390}
1958 }
1959
1960 @Book{Ernst87,
1961   author =       {R. R. Ernst and G. Bodenhausen and A. Wokaun},
1962   title =        {Principles of nuclear magnetic resonance in one and two dimensions},
1963   publisher =    {Clarendon Press},
1964   year =         1987,
1965   address =      {Oxford}
1966 }
1967
1968 @Article{Essmann95,
1969   author =       {Ulrich Essmann and Lalith Perera and Max L. Berkowitz and
1970                   Tom Darden and Hsing Lee and Lee G. Pedersen},
1971   title =        {A smooth particle mesh Ewald potential},
1972   journal =      BTjcp,
1973   year =         1995,
1974   volume =       103,
1975   pages =        {8577--8592}
1976 }
1977
1978 @Article{Ewald21,
1979   author =       {P. P. Ewald},
1980   title =        {Die {B}erechnung optischer und elektrostatischer
1981                   {G}itterpotentiale},
1982   journal =      {Ann. Phys.},
1983   year =         1921,
1984   volume =       64,
1985   pages =        {253--287}
1986 }
1987
1988 @InCollection{FSchmid92,
1989   author =       {F. X. Schmid},
1990   title =        {Kinetics of Unfolding and Refolding of Single-Domain
1991                   Proteins},
1992   booktitle =    {Protein Folding},
1993   publisher =    {Freeman},
1994   year =         1992,
1995   editor =       {T. E. Creighton},
1996   pages =        {197--241}
1997 }
1998
1999 @Article{Fedorov92,
2000   author =       "Alexey N. Fedorov and Bertrand Friguet and Lisa
2001                  Djavadi-Ohaniance and Yuli B. Alakhov and Michel E.
2002                  Goldberg",
2003   title =        "Folding on the Ribosome of {E}scherichia coli
2004                  Tryptophan Synthase $\beta$ Subunit Nascent Chains
2005                  Probed with a Conformation-dependent Monoclonal
2006                  Antibody",
2007   journal =      BTjmb,
2008   year =         "1992",
2009   volume =       "228",
2010   pages =        "351--358",
2011 }
2012
2013 @Article{Fedorov95,
2014   author =       "A. N. Fedorov and T. O. Baldwin",
2015   title =        "Contribution of cotranslational folding to the rate of
2016                  formation of native protein structure",
2017   journal =      BTpnas,
2018   year =         "1995",
2019   volume =       "92",
2020   pages =        "1227--1231",
2021 }
2022
2023 @Article{Fennen95,
2024   author =       "J. Fennen and A. E. Torda and W. F. van Gunsteren",
2025   title =        "Structure refinement with molecular Dynamics and
2026                  {B}oltzmann-weighted ensemble",
2027   journal =      BTjbnmr,
2028   year =         "1995",
2029   volume =       "6",
2030   pages =        "163--170",
2031 }
2032
2033 @Article{Fincham87,
2034   author =       "D. Fincham",
2035   title =        "Parallel Computers and Molecular Simulation",
2036   journal =      BTmsim,
2037   year =         "1987",
2038   volume =       "1",
2039   pages =        "1",
2040 }
2041
2042 @Article{Finn95,
2043   author =       "B. E. Finn and S. Fors{\'e}n",
2044   title =        "The evolving model of calmodulin structure, function
2045                  and activation",
2046   journal =      BTstr,
2047   year =         "1995",
2048   volume =       "3",
2049   pages =        "7--11",
2050 }
2051
2052 @Article{Finney88,
2053   author =       "J. L. Finney and J. Turner",
2054   title =        "Neutron Scattering Studies of Molecular Hydration in
2055                  Solution",
2056   journal =      "Electrochimica Acta",
2057   year =         "1988",
2058   volume =       "33",
2059   pages =        "1183",
2060 }
2061
2062 @Article{Fleischhauer94,
2063   author =       "J. Fleischhauer and J. Groetzinger and B. Kramer and
2064                  P. Krueger and A. Wollmer and R. W. Woody and E.
2065                  Zobel",
2066   title =        "Calculation of the circular dichroism spectrum of
2067                  cyclo({L}-tyr-{L}-tyr) based on a molecular dynamics
2068                  simulation",
2069   journal =      BTbiopc,
2070   year =         "1994",
2071   volume =       "49",
2072   pages =        "141--152",
2073 }
2074
2075 @Article{Fraaije93,
2076   author =       {J. G. E. M. Fraaije},
2077   title =        {Dynamic density functional theory for microphase
2078                   separation kinetics of block copolymer melts  },
2079   journal =      BTjcp,
2080   year =         1993,
2081   volume =       99,
2082   pages =        {9202--9212}
2083 }
2084
2085 @Article{Frauenfelder94,
2086   author =       {H. Frauenfelder and P. G. Wolynes},
2087   title =        {Biomolecules: Where the physics of complexity and
2088                   simplicity meet},
2089   journal =      {Physics Today},
2090   year =         1994,
2091   volume =       47,
2092   pages =        {58--64}
2093 }
2094
2095 @Article{Friesner96,
2096   author =       {R. A. Friesner and J. R. Gunn},
2097   title =        {Computational Studies of Protein Folding},
2098   journal =      BTarbb,
2099   year =         1996,
2100   volume =       25,
2101   pages =        {315--342}
2102 }
2103
2104 @Article{Fry85,
2105   author =       "David C. Fry and Stephen A. Kuby and Albert S.
2106                  Mildvan",
2107   title =        "{NMR} studies of the {MgATP} binding site of adenylate
2108                  kinase and of a 45-residue peptide fragment of the
2109                  enzyme",
2110   journal =      BTbioch,
2111   year =         "1985",
2112   volume =       "24",
2113   pages =        "4630--4694",
2114 }
2115
2116 @Article{Fry88,
2117   author =       "David C. Fry and D. Michael Byler and Heino Susi and
2118                  Eleanor M. Brown and Stephen A. Kuby and Albert S.
2119                  Mildvan",
2120   title =        "Solution Structure of the 45-Residue {MgATP}-Binding
2121                  Peptide of Adenylate Kinase As Examined by {2D-NMR},
2122                  {FTIR}, and {CD} Spectroscopy",
2123   journal =      BTbioch,
2124   year =         "1988",
2125   volume =       "27",
2126   pages =        "3588--3598",
2127 }
2128
2129 @Article{Kortenaar86,
2130   author =       "P. B. W. ten Kortenaar and J. Kr{\"u}se and M. A.
2131                  Hemminga and G. I. Tesser",
2132   title =        "Synthesis of an arginine rich fragment of a viral coat
2133                  protein using guanidium functions exclusively",
2134   journal =      BTijpp,
2135   year =         "1986",
2136   volume =       "27",
2137   pages =        "401--413",
2138 }
2139
2140 @Article{Frydman94,
2141   author =       {J. Frydman and E. Nimmesgern and K. Ohtsuka and
2142                   F. U. Hartl},
2143   title =        {Folding of nascent polypetide chains in a high
2144                   molecular mass assembly with molecular chaperones},
2145   journal =      BTnature,
2146   year =         1994,
2147   volume =       370,
2148   pages =        {111--117}
2149 }
2150
2151 @Article{Gabdoulline96a,
2152   author =       {R. R. Gabdoulline and C. Zheng},
2153   title =        {Effects of the cutoff center on the mean potential
2154                   and pair distribution functions in liquid water},
2155   journal =      BTjcc,
2156   year =         1996,
2157   volume =       16,
2158   pages =        {1428--1433}
2159 }
2160
2161 @Article{Garbay77,
2162   author =       {C. Garbay-Jaureguiberry and B. P. Roques and
2163                   R. Oberlin and M. Anteunis and S. Combrisson and
2164                   J. Y. Lallemand},
2165   title =        {$^1${H} and $^{13}${C} {NMR} Studies of
2166                   Conformational Behaviour of {L}eu-Enkephalin},
2167   journal =      BTfebs,
2168   year =         1977,
2169   volume =       76,
2170   pages =        {93--98}
2171 }
2172
2173 @Article{Garcia92,
2174   author =       "A. E. Garcia",
2175   title =        "Large-Amplitude Nonlinear Motions in Proteins",
2176   journal =      BTprl,
2177   year =         "1992",
2178   volume =       "68",
2179   pages =        "2696--2699",
2180 }
2181
2182 @Article{Gauss93,
2183   author =       {J. Gauss},
2184   title =        {Effects of electron correlation in the calculation
2185                   of nuclear magnetic resonance chemical shifts},
2186   journal =      BTjcp,
2187   year =         1993,
2188   volume =       99,
2189   pages =        {3629--3643}
2190 }
2191
2192 @Article{Gauss95,
2193   author =       {J. Gauss},
2194   title =        {Accurate Calculation of {NMR} Chemical Shifts},
2195   journal =      BTbbpc,
2196   year =         1995,
2197   volume =       99,
2198   pages =        {1001--1008}
2199 }
2200
2201 @Article{Gero87,
2202   author =       {I. P. Gerothanassis and T. Karayannis and
2203                   M. Sakarellis-Daitsiotis and C. Sakarellos and M. Marraud},
2204   title =        {Nitrogen-14 Nuclear Magnetic Resonance of the Amino
2205                   Terminal Group of {L}eu-Enkephalin in Aqueous Solution},
2206   journal =      BTjmag,
2207   year =         1987,
2208   volume =       75,
2209   pages =        {513--516}
2210 }
2211
2212 @Article{Gero92,
2213   author =       {I. P. Gerothanassis and N. Birlirakis and
2214                   T. Karayannis and V. Tsikaris and
2215                   M. Sakarellos-Daitsiotis and C. Sakarellos and
2216                   B. Vitous and M. Marraud},
2217   title =        {$^{17}${O} {NMR} and {FT-IR} study of the ionization
2218                   state of peptides in aprotic solvents},
2219   journal =      BTfebs,
2220   year =         1992,
2221   volume =       298,
2222   pages =        {188--190}
2223 }
2224
2225 @Article{Gibbs76,
2226   author =       "N. E. Gibbs and W. G. Poole and P. K. Stockmeyer",
2227   title =        "An algorithm for reducing the bandwidth and profile of
2228                  a sparse matrix",
2229   journal =      "SIAM. Numerical Analysis",
2230   year =         "1976",
2231   volume =       "0",
2232   pages =        "0",
2233 }
2234
2235 @Article{Girg83a,
2236   author =       "Rainer Girg and Rainer Rudolph and Rainer Jaenicke",
2237   title =        "The dimeric intermediate on the pathway of
2238                  reconstitution of lactate dehydrogenase is
2239                  enzymatically active",
2240   journal =      BTfebs,
2241   year =         "1983",
2242   volume =       "163",
2243   pages =        "132--135",
2244 }
2245
2246 @Article{Liu95,
2247   author =       "H. Liu and F. M{\"u}ller-Plathe and W. F. van
2248                  Gunsteren",
2249   title =        "A Force Field for Liquid Dimethyl Sulfoxide and Liquid
2250                  Proporties of Liquid Dimethyl Sulfoxide Calculated
2251                   Using Molecular Dynamics Simulation",
2252   journal =      BTjacs,
2253   year =         "1995",
2254   volume =       "117",
2255   pages =        "4363--4366",
2256 }
2257
2258 @Article{Girg83b,
2259   author =       "Rainer Girg and Rainer Jaenicke and Rainer Rudolph",
2260   title =        "Dimers of porcine skeletal muscle lactate
2261                  dehydrogenase produced by limited proteolysis during
2262                  reassociation are enzymatically active in the presence
2263                  of stabilizing salt",
2264   journal =      BTbi,
2265   year =         "1983",
2266   volume =       "7",
2267   pages =        "433--441",
2268 }
2269
2270 @Article{Glasser88,
2271   author =       {L. Glasser and H. A. Scheraga},
2272   title =        {Calculations on Crystal Packing of a Flexible
2273                   Molecule, {L}eu-Enkephalin},
2274   journal =      BTjmb,
2275   year =         1988,
2276   volume =       199,
2277   pages =        {513--524}
2278 }
2279
2280 @Article{Go83,
2281   author =       {Nobuhiro G{$\bar{\rm o}$} and T. Noguti and T. Nishikawa},
2282   title =        {Dynamics of a small globular protein in terms of
2283                   low-frequency vibrational modes},
2284   journal =      BTpnas,
2285   year =         1983,
2286   volume =       80,
2287   pages =        {3696--3700}
2288 }
2289
2290 @Article{Golic92,
2291   author =       "S. Goli\v{c} Grdadolnik and J. Mavri and J. Kidri\v{c}
2292                  and D. Had\v{z}i",
2293   title =        "Cis-trans isomerism of the amide bond in
2294                  Et{O}-Ac-{L}-Ala-{L}-Glu",
2295   journal =      BTjms,
2296   year =         "1992",
2297   volume =       "267",
2298   pages =        "73--78",
2299 }
2300
2301 @Article{Gordon92,
2302   author =       {H. L. Gordon and H. C. Jarrell and A. G. Szabo and
2303                   K. J. Wills and R. L. Somorjai},
2304   title =        {Molecular Dynamics Simulations of the Conformational
2305                   Dynamics of Tryptophan},
2306   journal =      BTjpc,
2307   year =         1992,
2308   volume =       96,
2309   pages =        {1915--1921}
2310 }
2311
2312 @Article{Graaf91a,
2313   author =       "Marinette van der Graaf and Marcus A. Hemminga",
2314   title =        "Conformational studies on a peptide representing the
2315                  {RNA}-binding {N}-terminus of a viral coat protein
2316                  using circular dichroism and {NMR} spectroscopy",
2317   journal =      BTejb,
2318   year =         "1991",
2319   volume =       "201",
2320   pages =        "489--494",
2321 }
2322
2323 @Article{Graaf91b,
2324   author =       "Marinette van der Graaf and Gerard J. A. Kroon and
2325                  Marcus A. Hemminga",
2326   title =        "Conformation and Mobility of the {RNA}-binding
2327                  {N}-Terminal part of the intact coat protein of Cowpea
2328                  Chlorotic Mottle Virus. {A} Two dimensional {N}uclear
2329                  {M}agnetice {R}esonance Study",
2330   journal =      BTjmb,
2331   year =         "1991",
2332   volume =       "220",
2333   pages =        "701--709",
2334 }
2335
2336 @Article{Graaf92,
2337   author =       "Marinette van der Graaf and Ruud M. Scheek and
2338                  Catharina C. van der Linden and Marcus A. Hemminga",
2339   title =        "Conformation of a Pentacosapeptide Representing the
2340                  {RNA}-binding {N}-Terminus of Cowpea Chlorotic Mottle
2341                  Virus Coat Protein in the presence of Oligophosphates:
2342                  {A} Two-Dimensional Proton {N}uclear {M}agnetic
2343                  {R}esonance and Distance Geometry Study.",
2344   journal =      BTbioch,
2345   year =         "1992",
2346   volume =       "31",
2347   pages =        "9177--9182",
2348 }
2349
2350 @PhdThesis{Graaf92b,
2351   author =       "M. van der Graaf",
2352   title =        "Conformation of the {RNA}-binding {N}-terminus of the
2353                  coat protein of cowpea chlorotic mottle virus",
2354   school =       "Wageningen Agricultural University",
2355   year =         "1992",
2356   address =      "Wageningen, The Netherlands",
2357 }
2358
2359 @Article{Graham92,
2360   author =       {W. H. Graham and E. S. {Carter II} and R. P. Hicks},
2361   title =        {Conformational Analysis of {M}et-Enkephalin in Both
2362                   Aqueous Solution and in the Presence of Sodium
2363                   Dodecyl Sulfate Micelles using Multidimensionl {NMR}
2364                   and Molecular Modelling},
2365   journal =      BTbiop,
2366   year =         1992,
2367   volume =       32,
2368   pages =        {1755--1764}
2369 }
2370
2371 @Article{Greengard87,
2372   author =       {L. Greengard and V. Rokhlin},
2373   title =        {A fast algorithm for particle simulation},
2374   journal =      {J. Comp. Phys.},
2375   year =         1987,
2376   volume =       73,
2377   pages =        {325--348}
2378 }
2379
2380 @Article{Gregory97,
2381   author =       {J. K. Gregory and D. C. Clary and K. Liu and
2382                   M. G. Brown and R. J. Saykally},
2383   title =        {The water dipole moment in water clusters},
2384   journal =      BTscience,
2385   year =         1997,
2386   volume =       275,
2387   pages =        {814--817}
2388 }
2389
2390 @Article{Martyna1992,
2391   author =       {G. J. Martyna and M. L. Klein and M. E. Tuckerman},
2392   title =        {{Nos\'{e}-Hoover chains: The canonical ensemble via continuous dynamics}},
2393   journal =      BTjcp,
2394   year =         1992,
2395   volume =       97,
2396   pages =        {2635--2643}
2397 }
2398
2399 @Article{Martyna1996,
2400   author =       {G. J. Martyna and M. E. Tuckerman and D. J. Tobias and M. L. Klein},
2401   title =        {Explicit reversible integrators for extended systems dynamics },
2402   journal =      BTmph,
2403   year =         1996,
2404   volume =       87,
2405   pages =        {1117--1157}
2406 }
2407
2408 @Article{Mavri90b,
2409   author =       "J. Mavri and M. Hodo\v{s}\v{c}ek and D. Had\v{z}i",
2410   title =        "Ab-initio {SCF} and {M}{\"o}ller-{P}lesset
2411                  calculations on the hydrogen bond in hydrogen malonate.
2412                  {E}ffects of neighbour ions and polarizable medium",
2413   journal =      BTjmst,
2414   year =         "1990",
2415   volume =       "209",
2416   pages =        "421--431",
2417 }
2418
2419 @Article{Gunsteren77,
2420   author =       "W. F. van Gunsteren and H. J. C. Berendsen",
2421   title =        "Algorithms for macromolecular dynamics and constraint
2422                  dynamics",
2423   journal =      BTmph,
2424   year =         "1977",
2425   volume =       "34",
2426   pages =        "1311--1327",
2427 }
2428
2429 @Article{Gunsteren78,
2430   author =       {W. F. van Gunsteren and H. J. C. Berendsen and
2431                   J. A. C. Rullmann},
2432   title =        {Inclusion of Reaction Fields in Molecular Dynamics:
2433                   Application to liquid water},
2434   journal =      {Disc. Faraday Soc.},
2435   year =         1978,
2436   volume =       66,
2437   pages =        {58--70}
2438 }
2439
2440 @Article{Gunsteren81,
2441   author =       {W. F. van Gunsteren and M. Karplus},
2442   title =        {Effect of constraints, solvent and crystal
2443                   environment on protein dynamics},
2444   journal =      BTnature,
2445   year =         1981,
2446   volume =       293,
2447   pages =        {677--678}
2448 }
2449
2450 @Article{Gunsteren82,
2451   author =       {Wilfred F. van Gunsteren and Martin Karplus},
2452   title =        {Effect of Constraints on the Dynamics of Macromolecules},
2453   journal =      {Macromolecules},
2454   year =         1982,
2455   volume =       15,
2456   pages =        {1528--1544}
2457 }
2458
2459 @Article{Gunsteren88,
2460   author =       {W. F. van Gunsteren and H. J. C. Berendsen},
2461   title =        {A Leap-Frog Algorithm for Stochastic Dynamics},
2462   journal =      BTmsim,
2463   year =         1988,
2464   volume =       1,
2465   pages =        {173--185}
2466 }
2467
2468 @Article{Gunsteren90,
2469   author =       "W. F. van Gunsteren and H. J. C. Berendsen",
2470   title =        "Computer Simulation of Molecular Dynamics:
2471                  Methodology, Applications, and Perspectives in
2472                  Chemistry",
2473   journal =      "Angew. Chem. Int. Ed. Engl.",
2474   year =         "1990",
2475   volume =       "29",
2476   pages =        "992--1023",
2477 }
2478
2479 @Article{Gunsteren92,
2480   author =       {W. F. van Gunsteren and A. E. Mark},
2481   title =        {On the interpretation of biochemical data by
2482                   molecular dynamics simulation},
2483   journal =      BTejb,
2484   year =         1991,
2485   volume =       204,
2486   pages =        {947--961}
2487 }
2488
2489 @Article{Gunsteren93,
2490   author =       "W. F. van Gunsteren",
2491   title =        "Molecular Dynamics Studies of Proteins",
2492   journal =      BTcosb,
2493   year =         "1993",
2494   volume =       "3",
2495   pages =        "277--281",
2496 }
2497
2498 @Booklet{Gunsteren94a,
2499   title =        {Molecular Dynamics of Simple Systems},
2500   author =       {W. F. van Gunsteren and H. J. C. Berendsen},
2501   howpublished = {Practicum Handleiding voor MD Practicum},
2502   address =      {Nijenborgh 4, 9747 AG, Groningen, The Netherlands},
2503   year =         1994
2504 }
2505
2506 @Article{Gupta86,
2507   author =       {G. Gupta and M. H. Sarma and R. H. Sarma and M. M. Dhingra},
2508   title =        {{NOE} data at 500 {MHz} reveal the proximity of
2509                   phenyl and tyrosine rings in enkephalin},
2510   journal =      BTfebs,
2511   year =         1986,
2512   volume =       198,
2513   pages =        {245--250}
2514 }
2515
2516 @Article{Hadzi88,
2517   author =       "D. Had\v{z}i",
2518   title =        "Proton Transfer in Biological Mechanisms",
2519   journal =      BTjms,
2520   year =         "1988",
2521   volume =       "177",
2522   pages =        "1--21",
2523 }
2524
2525 @Article{Hadzi90,
2526   author =       "D. Had\v{z}i and J. Kidri\v{c} and J. Koller and J.
2527                  Mavri",
2528   title =        "The role of hydrogen bonding in drug-receptor
2529                  interactions",
2530   journal =      BTjms,
2531   year =         "1990",
2532   volume =       "237",
2533   pages =        "139--150",
2534 }
2535
2536 @Article{Halle81,
2537   author =       {B. Halle and H. Wennerstr{\"o}m},
2538   title =        {Interpretation of magnetic resonance data from
2539                   water nuclei in heterogeneous systems},
2540   journal =      BTjcp,
2541   year =         1981,
2542   volume =       75,
2543   pages =        {1928--1943}
2544 }
2545
2546 @Article{Meador92,
2547   author =       "W. E. Meador and A. R. Means and F. A. Quiocho",
2548   title =        "Target Enzyme Recognition by Calmodulin:
2549                  2.4 {{\AA}}ngstr{\"o}m Structure of a Calmodulin-Peptide
2550                  Complex",
2551   journal =      BTsci,
2552   year =         "1992",
2553   volume =       "257",
2554   pages =        "1251",
2555 }
2556
2557 @Article{Hammes94,
2558   author =       "S. Hammes-Schiffer and J. C. Tully",
2559   title =        "Proton Transfer in Solution : Molecular Dynamics with
2560                  Quantum Transitions",
2561   journal =      BTjcp,
2562   year =         "1994",
2563   volume =       "101",
2564   pages =        "4657--4667",
2565 }
2566
2567 @Article{Hammes95,
2568   author =       "S. Hammes-Schiffer and J. C. Tully",
2569   title =        "Vibrationally Enhanced Proton Transfer",
2570   journal =      BTjpc,
2571   year =         "1995",
2572   volume =       "99",
2573   pages =        "5793--5797",
2574 }
2575 @Article{Han80,
2576   author =       {S. L. Han and E. R. Stimson and F. R. Maxfield and
2577                   S. J. Leach and H. A. Scheraga},
2578   title =        {Study of the state of ionization of
2579                   [{L}eu5]-enkephalin in the crystal and in solution},
2580   journal =      BTijpp,
2581   year =         1980,
2582   volume =       16,
2583   pages =        {183--190}
2584 }
2585
2586 @Book{Handbook,
2587   author =       {R. C. Weast},
2588   title =        {Handbook of Chemistry and Physics},
2589   publisher =    {CRC Press},
2590   year =         1977,
2591   address =      {Cleveland, Ohio}
2592 }
2593
2594 @Book{Hansen90,
2595   author =       {J. P. Hansen and I. R. {McD}onald},
2596   title =        {Theory of Simple Liquids},
2597   publisher =    {Academic Press},
2598   year =         1990,
2599   address =      {London, UK},
2600   edition =      {Second}
2601 }
2602
2603 @Article{Harb91,
2604   author =       "V. Harb and J. Mavri and J. Kidri\v{c} and D.
2605                  Had\v{z}i",
2606   title =        "Solution Conformation of the Immunomodulator Muramyl
2607                  Dipeptide: Restrained Molecular Dynamics based on
2608                  Nuclear Magnetic Resonance Data and Semiempirical {MO}
2609                  Study",
2610   journal =      "Croat. Chem. Acta",
2611   year =         "1991",
2612   volume =       "64",
2613   number =       "3",
2614   pages =        "551--559",
2615 }
2616
2617 @Article{Harrison94,
2618   author =       "R. W. Harrison and I. T. Weber",
2619   title =        "Molecular dynamics simulations of {HIV}-1 protease
2620                  with peptide",
2621   journal =      BTpeng,
2622   year =         "1994",
2623   volume =       "7",
2624   pages =        "1353--1363",
2625 }
2626
2627 @Article{Hata89,
2628   author =       "Akiko Hata-Tamaka and Gota Kawai and Kazuhiko Yamasaki
2629                  and Yutaka Ito and Hiroko Kajiura and Jong-Myung Ha and
2630                  Tatsuo Miyazawa and Shigeyuki Yokoyama and Susumu
2631                  Nishimura",
2632   title =        "Spin-Labeling Proton {NMR} study on aromatic Amino
2633                  Acid Residues in the Guanine Nucleotide Binding Site of
2634                  Human c-{Ha}-ras(1-171) protein",
2635   journal =      BTbioch,
2636   year =         "1989",
2637   volume =       "28",
2638   pages =        "9550--9556",
2639 }
2640
2641 @Article{Hayward92,
2642   author =       "Steven Hayward and Joan F. Collins",
2643   title =        "Limits on {$\alpha$}-Helix Prediction With Neural
2644                  Network Models",
2645   journal =      BTprot,
2646   year =         "1992",
2647   volume =       "14",
2648   pages =        "372--381",
2649 }
2650
2651 @Article{Hayward93,
2652   author =       "Steven Hayward and Akio Kitao and Fumio Hirata and
2653                  Nobuhiro G{$\bar{\rm o}$}",
2654   title =        "Effect of Solvent on Collective Motions in Globular
2655                  Proteins",
2656   journal =      BTjmb,
2657   year =         "1993",
2658   volume =       "234",
2659   pages =        "1207--1217",
2660 }
2661
2662 @Article{Hayward95a,
2663   author =       "Steven Hayward and Akio Kitao and Nobuhiro G{$\bar{\rm
2664                  o}$}",
2665   title =        "Harmonicity and Anharmonicity in Protein Dynamics: {A}
2666                  Normal Mode Analysis and Principal Component Analysis",
2667   journal =      BTprot,
2668   volume =       "23",
2669   year =         "1995",
2670   pages =        "177--186",
2671 }
2672
2673 @Article{Hayward95b,
2674   author =       "Steven Hayward and Nobuhiro G{$\bar{\rm o}$}",
2675   title =        "Collective Variable Description of Native Protein
2676                  Dynamics",
2677   journal =      BTarpc,
2678   volume =       "46",
2679   year =         "1995",
2680   pages =        "223--250",
2681 }
2682
2683 @Article{Heidorn88,
2684   author =       "D. B. Heidorn and J. Trewhella",
2685   title =        "Comparison of the Crystal and Solution Structures of
2686                  Calmodulin and Troponin {C}",
2687   journal =      BTbioch,
2688   year =         "1988",
2689   volume =       "27",
2690   pages =        "909--915",
2691 }
2692
2693 @Article{Heiner92,
2694   author =       "A. P. Heiner and H. J. C. Berendsen and W. F. van
2695                  Gunsteren",
2696   title =        "{MD} Simulation of Subtilisin {BPN}' in a Crystal
2697                  Environment",
2698   journal =      BTprot,
2699   year =         "1992",
2700   volume =       "14",
2701   pages =        "451--464",
2702 }
2703
2704 @Article{Heiner93,
2705   author =       "A. P. Heiner and H. J. C. Berendsen and W. F. van
2706                  Gunsteren",
2707   title =        "Structure Prediction of Subtilisin {BPN}' mutants
2708                  using molecular dynamics methods",
2709   journal =      BTpeng,
2710   year =         "1993",
2711   volume =       "6",
2712   pages =        "397--408",
2713 }
2714
2715 @Article{Heller1,
2716   author =       "H. Heller and H. Grubmuller and K Schulten",
2717   title =        "Molecular Dynamics Simulation on a Parallel Computer",
2718   journal =      BTmsim,
2719   year =         "1989",
2720   volume =       "0",
2721   pages =        "000",
2722 }
2723
2724 @Article{Heringa91,
2725   author =       "J. Heringa and P. Argos",
2726   title =        "Side-chain Clusters in Protein Structures and Their
2727                  Role in Protein Folding",
2728   journal =      BTjmb,
2729   year =         "1991",
2730   pages =        "151--171",
2731 }
2732
2733 @Article{Hermans84,
2734   author =       {J. Hermans and H. J. C. Berendsen and W. F. van
2735                   Gunsteren and J. P. M. Postma},
2736   title =        {A consistent Empirical Potential for Water-Protein
2737                   interactions},
2738   journal =      BTbiop,
2739   year =         1984,
2740   volume =       23,
2741   pages =        {1513--1518}
2742 }
2743
2744 @Article{Hermans93,
2745   author =       "Jan Hermans",
2746   title =        "Molecular dynamics simulations of helix and turn
2747                  propensities in model peptides",
2748   journal =      BTcosb,
2749   year =         "1993",
2750   volume =       "3",
2751   pages =        "270--276",
2752 }
2753
2754 @Article{Higashi79,
2755   author =       {T. Higashijima and J. Kobayashi and T. Miyazawa},
2756   title =        {Nuclear Magnetic Resonance Study on {M}et-enkephalin
2757                   and {M}et-enkephalinamide},
2758   journal =      BTejb,
2759   year =         1979,
2760   volume =       97,
2761   pages =        {43--57}
2762 }
2763
2764 @Article{Osapay91,
2765   author =       "K. {\"O}sapay and D. A. Case",
2766   title =        "A New Analysis of Proton Chemical Shifts",
2767   journal =      BTjacs,
2768   year =         "1991",
2769   volume =       "113",
2770   pages =        "9436--9444",
2771 }
2772
2773 @Article{Osapay94a,
2774   author =       "K. {\"O}sapay and Y. Theriault and P. E. Wright and D.
2775                  A. Case",
2776   title =        "Solution Structure of Carbonmonoxy Myoglobin
2777                  Determined from Nuclear Magnetic Resonance Distance and
2778                  Chemical Shift Constraints",
2779   journal =      BTjmb,
2780   year =         "1994",
2781   volume =       "244",
2782   pages =        "183--197",
2783 }
2784
2785 @Article{Osapay94b,
2786   author =       "K. {\"O}sapay and D. A. Case",
2787   title =        "Analysis of proton chemical shifts in regular
2788                  secondary structure of proteins",
2789   journal =      BTjbnmr,
2790   year =         "1994",
2791   volume =       "4",
2792   pages =        "215--230",
2793 }
2794
2795 @Article{Hinds95,
2796   author =       "D. A. Hinds and M. Levitt",
2797   title =        "Simulation of protein-folding pathways: lost in
2798                  (conformational) space",
2799   journal =      BTtibtech,
2800   year =         "1995",
2801   volume =       "13",
2802   pages =        "23--27",
2803 }
2804
2805 @Article{Hirst94,
2806   author =       "J. D. Hirst and C. L. {Brooks III}",
2807   title =        {{Helicity, Circular Dichroism and Molecular Dynamics of
2808                  Proteins}},
2809   journal =      BTjmb,
2810   year =         "1994",
2811   volume =       "243",
2812   pages =        "173--178",
2813 }
2814
2815 @Article{Hirst95,
2816   author =       "J. D. Hirst and C. L. {Brooks III}",
2817   title =        {{Molecular Dynamics Simulations of Isolated Helices of
2818                  Myoglobin}},
2819   journal =      BTbioch,
2820   year =         "1995",
2821   volume =       "34",
2822   pages =        "7614--7621",
2823 }
2824
2825 @Article{Hockney74,
2826   author =       "R. W. Hockney and S. P. Goel and J.W. Eastwood",
2827   title =        {{Quiet High Resolution Computer Models of a Plasma}},
2828   journal =      BTjcomp,
2829   year =         "1974",
2830   volume =       "14",
2831   pages =        "148--158",
2832 }
2833
2834 @Book{Hockney81,
2835   author =       "R. W. Hockney and J. W. Eastwood",
2836   title =        "Computer simulation using particles",
2837   publisher =    "McGraw-Hill",
2838   year =         "1981",
2839   address =      "New York",
2840 }
2841
2842
2843 @Article{Hoover85,
2844   author =       "W. G. Hoover",
2845   title =        "Canonical dynamics: equilibrium phase-space distributions",
2846   journal =      BTpra,
2847   year =         "1985",
2848   volume =       "31",
2849   pages =        "1695--1697",
2850 }
2851
2852 @Article{Hughes75,
2853   author =       {J. Hughes and T. W. Smith and H. W. Kosterlitz and
2854                   L. A. Fothergill and B. A. Morgan and H. R. Morris},
2855   title =        {Identification of two related pentapeptides from the
2856                   brain with potent opiate agonist activity},
2857   journal =      BTnature,
2858   year =         1975,
2859   volume =       258,
2860   pages =        {577--579}
2861 }
2862
2863 @Article{Hunenberger95,
2864   author =       {P. H. H{\"u}nenberger and A. E. Mark and W. F. van
2865                   Gunsteren},
2866   title =        {Fluctuation and Cross-correlation Analysis of
2867                   Protein Motions Observed in Nanosecond Molecular
2868                   Dynamics Simulations},
2869   journal =      BTjmb,
2870   year =         1995,
2871   volume =       252,
2872   pages =        {492--503}
2873 }
2874
2875 @Article{Hwang91,
2876   author =       "J. K. Hwang and Z. T. Chu and A. Warshel",
2877   title =        "Simulations of Quantum Mechanical Corrections for Rate
2878                  Constants of Hydride-Transfer Reactions in Enzymes and
2879                  Solutions",
2880   journal =      BTjpc,
2881   year =         "1991",
2882   volume =       "95",
2883   pages =        "8445--8448",
2884 }
2885
2886 @Article{IChandra92,
2887   author =       {I. Chandrasekhar and G. M. Clore and A. Szabo and
2888                   A. M. Gronenborn and B. R. Brooks},
2889   title =        {A 500 ps Molecular Dynamics Simulation Study of
2890                   Interleukin-1$\beta$ in Water},
2891   journal =      BTjmb,
2892   year =         1992,
2893   volume =       226,
2894   pages =        {239--250}
2895 }
2896
2897 @Article{Ikura91,
2898   author =       "M. Ikura and S. Spera and G. Barbato and L. E. Kay and
2899                  M. Krinks and A. Bax",
2900   title =        "Secondary Structure and Side-Chain $^1${H} and
2901                  $^{13}${C} Resonance Assignments of Calmodulin in
2902                  Solution by Heteronuclear Multidimensional {NMR}
2903                  Spectroscopy",
2904   journal =      BTbioch,
2905   year =         "1991",
2906   volume =       "30",
2907   pages =        "9216--9228",
2908 }
2909
2910 @Article{Ikura92a,
2911   author =       "M. Ikura and G. M. Clore and A. M. Gronenborn and G.
2912                  Zhu and C. B. Klee and A. Bax",
2913   title =        "Solution structure of a calmodulin-target peptide
2914                  complex by multidimensional {NMR}",
2915   journal =      BTsci,
2916   year =         "1992",
2917   volume =       "256",
2918   pages =        "632",
2919 }
2920
2921 @Article{Ikura96a,
2922   author =       {M. Ikura},
2923   title =        {Calcium binding and conformational response in
2924                   {EF}-hand proteins},
2925   journal =      BTtibtech,
2926   year =         1996,
2927   volume =       21,
2928   pages =        {14--17}
2929 }
2930
2931 @Article{Isogai77,
2932   author =       {Y. Isogai and G. Nemethy and H. A. Scheraga},
2933   title =        {Enkephalin: Conformational analysis by means of
2934                   empirical energy calculations},
2935   journal =      BTpnas,
2936   year =         1977,
2937   volume =       74,
2938   pages =        {414--418}
2939 }
2940
2941 @Article{Roder88,
2942   author =       "Heinrich Roder and G{\"u}lner A. El{\"o}ve and S.
2943                  Walter Englander",
2944   title =        "Structural characterization of folding intermediates
2945                  in cytochrome c by {H}-exchange labeling and proton
2946                  {NMR}",
2947   journal =      BTnature,
2948   year =         "1988",
2949   volume =       "335",
2950   pages =        "700--704",
2951 }
2952
2953 @Article{Jaenicke91a,
2954   author =       "Rainer Jaenicke",
2955   title =        "Protein Stability and Molecular Adaptation to Extreme
2956                  Condition",
2957   journal =      BTejb,
2958   year =         "1991",
2959   volume =       "202",
2960   pages =        "715--728",
2961 }
2962
2963
2964 @Article{Jaenicke91b,
2965   author =       "Rainer Jaenicke",
2966   title =        "Protein Folding: Local Structures, Domains, Subunits
2967                  and Assemblies",
2968   journal =      BTbioch,
2969   year =         "1991",
2970   volume =       "30",
2971   pages =        "3147--3161",
2972 }
2973
2974 @Article{Jaenicke93,
2975   author =       "R. Jaenicke",
2976   title =        "What does protein refolding in vitro tell us about
2977                  protein folding in the cell?",
2978   journal =      "Phil. Trans. R. Soc. Lond",
2979   year =         "1993",
2980   volume =       "339",
2981   pages =        "287--295",
2982 }
2983
2984 @Article{Jecht94,
2985   author =       "Monika Jecht and Andrea Tomschy and Kasper Kirschner
2986                  and Rainer Jaenicke",
2987   title =        "Autonomous folding of the excised coenzyme-binding
2988                  domain of an {D}-glyceraldehyde 3-phosphate
2989                  dehydrogenase from Thermotoga maritima",
2990   journal =      BTpsci,
2991   year =         "1994",
2992   volume =       "3",
2993   pages =        "411--418",
2994 }
2995
2996 @Article{Jimenez93,
2997   author =       "M. Angeles Jimenez and Marta Bruix and Carlos Gonzalez
2998                  and Francisco J. Blanco and Jos{\`e} L. Nieto and
2999                  Jos{\`e} Herranz and Manuel Rico",
3000   title =        "{CD} and {$^1$H-NMR} studies on the conformational
3001                  properties of peptide fragments from the {C}-terminal
3002                  domain of thermolysin",
3003   journal =      BTejb,
3004   year =         "1993",
3005   volume =       "211",
3006   pages =        "569--581",
3007 }
3008
3009 @Article{Johnson93,
3010   author =       "L. N. Johnson and D. Barford",
3011   title =        "The effect of phosphorylation on the structure and
3012                  function of proteins",
3013   journal =      BTarbb,
3014   year =         "1993",
3015   volume =       "22",
3016   pages =        "199--232",
3017 }
3018
3019 @Article{Jonas76,
3020   author =       {J. Jonas and T. {DeF}ries and D. J. Wilbur},
3021   title =        {Molecular Motions in Compressed Liquid Water},
3022   journal =      BTjcp,
3023   year =         1976,
3024   volume =       65,
3025   pages =        {582--588}
3026 }
3027
3028 @Article{Jordan95,
3029   author =       "P. C. Jordan and P. J. van Maaren and J. Mavri and D.
3030                  van der Spoel and H. J. C. Berendsen",
3031   title =        "Towards Phase Transferable Potential Functions:
3032                  Methodology and Application to Nitrogen",
3033   journal =      BTjcp,
3034   volume =       "103",
3035   pages =        "2272--2285",
3036   year =         "1995",
3037 }
3038
3039 @Article{Jorgensen83,
3040   author =       "W. L. Jorgensen and J. Chandrasekhar and J. D. Madura
3041                  and R. W. Impey and M. L. Klein",
3042   title =        "Comparison of simple potential functions for
3043                  simulating liquid water",
3044   journal =      BTjcp,
3045   year =         "1983",
3046   volume =       "79",
3047   pages =        "926--935",
3048 }
3049
3050 @Article{Jorgensen2005a,
3051   author =       {William L. Jorgensen and Julian Tirado-Rives},
3052   title =        {Potential energy functions for atomic-level simulations of water and organic and biomolecular systems},
3053   journal =      BTpnas,
3054   year =         2005,
3055   volume =       102,
3056   pages =        {6665--6670 }
3057 }
3058
3059
3060 @Article{Jorgensen88,
3061   author =       "W. L. Jorgensen and J. Tirado-Rives",
3062   title =        "The {OPLS} Potential Functions for Proteins. Energy
3063                  Minimizations for Crystals of Cyclic Peptides and
3064                  Crambin",
3065   journal =      BTjacs,
3066   year =         "1988",
3067   volume =       "110",
3068   pages =        "1657--1666",
3069 }
3070
3071 @Article{Jorgensen90,
3072   author =       "William L. Jorgensen and Daniel L. Severance",
3073   title =        "Aromatic-Aromatic Interactions: Free Energy Profiles
3074                  for the Benzene Dimer in Water, Chloroform and Liquid
3075                  Benzene",
3076   journal =      BTjacs,
3077   year =         "1990",
3078   volume =       "112",
3079   pages =        "4768--4774",
3080 }
3081
3082 @Article{Schmidt93,
3083   author =       "J{\"u}rgen M. Schmidt and Rafael Br{\"u}schweiler and
3084                  Richard R. Ernst and Roland L. {Dunbrack Jr. } and
3085                  Diane Joseph and Martin Karplus",
3086   title =        "Molecular Dynamics simulation of the proline
3087                  conformational equilibrium and Dynamics in Antamanide
3088                  using the {CHARMM} force field",
3089   journal =      BTjacs,
3090   year =         "1993",
3091   pages =        "8747--8756",
3092 }
3093
3094 @Article{Kaatze89,
3095   author =       "Udo Kaatze",
3096   title =        "Complex Permittivity of Water as a Function of
3097                   Frequency and Temperature",
3098   journal =      BTjced,
3099   year =         "1989",
3100   volume =       "34",
3101   OPTnumber =    "",
3102   pages =        "371--374",
3103   OPTmonth =     "",
3104   OPTremark =    "Water
3105                   T (C) \epsilon(0)  \epsilon(\infty) \tau(ps)
3106                   20     80.21+/-0.2   5.6+/-0.2      9.36+/-0.05
3107                   25     78.36+/-0.05  5.2+/-0.1      8.27+/-0.02
3108                   30     76.56+/-0.2   5.2+/-0.4      7.28+/-0.05",
3109   OPTfolder =    "Dielectric relaxation",
3110 }
3111
3112 @Article{Kaatze93,
3113   author =       "U. Kaatze",
3114   title =        "Dielectric relaxation of {$H_2O/D_2O$} mixtures",
3115   journal =      BTcpl,
3116   year =         "1993",
3117   volume =       "203",
3118   OPTnumber =    "1",
3119   pages =        "1--4",
3120   OPTmonth =     "",
3121   OPTremark =    "For water same as kaatze89, more info on heavy water",
3122   OPTfolder =    "Dielectric relaxation",
3123 }
3124
3125 @Article{Kabsch83,
3126   author =       "W. Kabsch and C. Sander",
3127   title =        "Dictionary of Protein Secondary Structure: Pattern
3128                  Recognition of Hydrogen-Bonded and Geometrical
3129                  Features",
3130   journal =      BTbiop,
3131   year =         "1983",
3132   volume =       "22",
3133   pages =        "2577--2637",
3134 }
3135
3136 @Article{Kalk76,
3137   author =       {A. Kalk and H. J. C. Berendsen},
3138   title =        {Proton Magnetic Relaxation and Spin Diffusion in Proteins},
3139   journal =      BTjmag,
3140   year =         1976,
3141   volume =       24,
3142   pages =        {343--366}
3143 }
3144
3145 @Article{Kaminski94,
3146   author =       "George Kaminski and Erin M. Duffy and Tooru Matsui and
3147                  William L. Jorgensen",
3148   title =        "Free Energies of Hydration and Pure Liquid Properties
3149                  of Hydrocarbons from the {OPLS} All-Atom Model",
3150   journal =      BTjpc,
3151   year =         "1994",
3152   volume =       "98",
3153   pages =        "13077--13082",
3154 }
3155
3156 @Article{Karoslaw92,
3157   author =       {J. Karoslaw and H. A. Scheraga},
3158   title =        {Application of the diffusion equation method for
3159                   global optimization to oligopeptides},
3160   journal =      BTjpc,
3161   year =         1992,
3162   volume =       96,
3163   pages =        {7442--7449}
3164 }
3165
3166 @Article{Karpeisky92,
3167   author =       "M. Ya. Karpeisky and V. A. Ilyin",
3168   title =        "Analysis of Non-polar Regions in Proteins",
3169   journal =      BTjmb,
3170   year =         "1992",
3171   volume =       "224",
3172   pages =        "629--638",
3173 }
3174
3175 @Article{Karplus59,
3176   author =       {M. Karplus},
3177   title =        {Contact Electron-Spin Coupling of Nuclear Magnetic Moments},
3178   journal =      BTjcp,
3179   year =         1959,
3180   volume =       30,
3181   pages =        {11--15}
3182 }
3183
3184 @InCollection{Karplus92,
3185   author =       {M. Karplus and E. Shakhnovich},
3186   title =        {Protein Folding: Theoretical Studies of
3187                   Thermodynamics and Dynamics},
3188   booktitle =    {Protein Folding},
3189   publisher =    {Freeman},
3190   year =         1992,
3191   editor =       {T. E. Creighton},
3192   pages =        {127--196}
3193 }
3194
3195 @Article{Kataoka96,
3196   author =       {M. Kataoka and A. Persechini and F. Tokunaga and
3197                   R. H. Kretsinger},
3198   title =        {The linker of Calmodulin Lacking {G}lu84 is
3199                   elongated in Solution, Although it is bent in the Crystal},
3200   journal =      BTprot,
3201   year =         1996,
3202   volume =       25,
3203   pages =        {335--341}
3204 }
3205
3206 @Article{Kazmirski95,
3207   author =       "S. L. Kazmirski and D. O. V. Alonso and F. E. Cohen
3208                  and S. B. Prusiner and V. Daggett",
3209   title =        "Theoretical Studies of sequence effects on the
3210                  conformational properties of a fragment of the prion
3211                  protein: implications for scrapie formation",
3212   journal =      BTcb,
3213   year =         "1995",
3214   volume =       "2",
3215   pages =        "305--315",
3216 }
3217
3218 @Article{Kearly94,
3219   author =       "G. J. Kearly and F. Fillaux and M. H. Baron and S.
3220                  Bennington and J. Tomkinson",
3221   title =        "A New look at Proton Transfer Dynamics Along the
3222                  Hydrogen Bonds in Amides and Peptides",
3223   journal =      BTsci,
3224   year =         "1994",
3225   volume =       "264",
3226   pages =        "1285--1289",
3227 }
3228
3229 @Article{Kell75,
3230   author =       {G. S. Kell},
3231   title =        {Density, Thermal Exapnsivity, and Compressibility of
3232                   Liquid Water from 0{$^o$} to 150{$^o$C}:
3233                   Correlations and Tables for atmospheric pressure and
3234                   saturation reviewed and expressed on 1968
3235                   temperature scale},
3236   journal =      {J. Chem. Eng. Data},
3237   year =         1975,
3238   volume =       20,
3239   pages =        {97--105}
3240 }
3241
3242 @Article{Kemmink93a,
3243   author =       "Johan Kemmink and Carlo P. M. van Mierlo and Ruud M.
3244                  Scheek and Thomas E. Creighton",
3245   title =        "Local Structure Due to an Aromatic-Amide Interaction
3246                  Observed by {$^1$H}-Nuclear Magnetic Resonance
3247                  Spectroscopy in Peptides Related to the {N} Terminus of
3248                  Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor",
3249   journal =      BTjmb,
3250   year =         "1993",
3251   volume =       "230",
3252   pages =        "312--322",
3253 }
3254
3255 @Article{Kemmink93b,
3256   author =       "Johan Kemmink and Thomas E. Creighton",
3257   title =        "Local Conformation of Peptides Representing the Entire
3258                  Sequence of Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor and
3259                  Their Roles in Folding",
3260   journal =      BTjmb,
3261   year =         "1993",
3262   volume =       "234",
3263   pages =        "861--878",
3264 }
3265
3266 @Article{Kemmink95a,
3267   author =       "J. Kemmink and T. E. Creighton",
3268   title =        "The physical properties of local interactions of
3269                  Tyrosine residues in peptides and unfolded proteins",
3270   journal =      BTjmb,
3271   year =         "1995",
3272   volume =       "245",
3273   pages =        "251--260",
3274 }
3275
3276 @Article{Kemmink95b,
3277   author =       {J. Kemmink and R. M. Scheek},
3278   title =        {Dynamic Modelling of a helical peptide in solution
3279                   using {NMR} data: Multiple conformations and
3280                   multi-spin effects},
3281   journal =      BTjbnmr,
3282   year =         1995,
3283   volume =       6,
3284   pages =        {33--40}
3285 }
3286
3287 @Article{Khaled77,
3288   title =        {Conformational States of Enkephalins in Solution},
3289   author =       {M. A. Khaled and M. M. Long and W. D. Thompson and
3290                   R. J. Bradley and G. B. Brown and D. W. Urry},
3291   journal =      BTbbrc,
3292   year =         1977,
3293   volume =       76,
3294   pages =        {224--231}
3295 }
3296
3297 @Article{Kidric90,
3298   author =       "J. Kidri\v{c} and J. Mavri and M. Podobnik and D.
3299                  Had\v{z}i",
3300   title =        "Intramolecular hydrogen bonding in acid malonates.
3301                  Infrared {NMR} and ab initio {MO} investigations",
3302   journal =      BTjms,
3303   year =         "1990",
3304   volume =       "237",
3305   pages =        "265--271",
3306 }
3307
3308 @Article{Kim84,
3309   author =       "Peter S. Kim and Robert L. Baldwin",
3310   title =        "A helix stop signal in the isolated {S}-Peptide of
3311                  Ribonuclease {A}",
3312   journal =      BTnature,
3313   year =         "1984",
3314   volume =       "307",
3315   pages =        "329--334",
3316 }
3317
3318 @Article{Kim90,
3319   author =       "Peter S. Kim and Robert L. Baldwin",
3320   title =        "Intermediates in the folding reactions of small
3321                  proteins",
3322   journal =      BTarbc,
3323   year =         "1990",
3324   volume =       "60",
3325   pages =        "631--660",
3326 }
3327
3328 @Article{Kindt96,
3329   author =       "J. T. Kindt and C. A. Schmuttenmaer",
3330   title =        "Far-{I}nfrared Dielectric Properties of Polar
3331                   Liquids Probed by Femtoseconf Terahertz Pulse Spectroscopy",
3332   journal =      BTjpc,
3333   year =         "1996",
3334   volume =       "100",
3335   OPTnumber =    "24",
3336   pages =        "10373--10379",
3337   OPTmonth =     "",
3338   OPTremark =    "Water ?? C.
3339                   \epsilon_s = 78.36, \tau_1 = 8.24ps, \epsilon_infty = 3.48
3340                   \epsilon_2 = 4.93, \tau_2 = 0.18ps",
3341   OPTfolder =    "Dielectric relaxation",
3342 }
3343
3344 @Unpublished{King93,
3345   author =       "Paul M. King and Alan E. Mark and W. F. van
3346                  Gunsteren",
3347   title =        "Re-Parameterization of Aromatic Interactions in the
3348                  {GROMOS} Force-Field",
3349   note =         "Private Communication",
3350   year =         "1993"
3351 }
3352
3353 @Article{Kini94,
3354   author =       "R. M. Kini and H. J. Evans",
3355   title =        "Comparison of Protein Models Minimized by the All-Atom
3356                  and United Atom Models in the {AMBER} Force Field:
3357                  Correlation of {RMS} deviation with the
3358                  Crystallographic {R} Factor and Size",
3359   journal =      BTjbsd,
3360   year =         "1992",
3361   volume =       "10",
3362   number =       "2",
3363   pages =        "265--279",
3364 }
3365
3366 @Article{Kirshenbaum95a,
3367   author =       "K. Kirshenbaum and V. Daggett",
3368   title =        "{pH}-Dependent Conformations of the Amyloid
3369                  {$\beta$}(1-28) Peptide Fragment Explored Using
3370                  Molecular Dynamics",
3371   journal =      BTbioch,
3372   year =         "1995",
3373   volume =       "34",
3374   pages =        "7629--7639",
3375 }
3376
3377 @Article{Kirshenbaum95b,
3378   author =       "K. Kirshenbaum and V. Daggett",
3379   title =        "Sequence Effects on the Conformational Properties of
3380                  the Amyloid {$\beta$}(1-28) Peptide: Testing a Proposed
3381                  Mechanism for tha {$\alpha \rightarrow \beta$}
3382                  Transition",
3383   journal =      BTbioch,
3384   year =         "1995",
3385   volume =       "34",
3386   pages =        "7640--7647",
3387 }
3388
3389 @Article{Kitao91a,
3390   author =       "Akio Kitao and Nobuhiro G{$\bar{\rm o}$}",
3391   title =        "Conformational Dynamics of Polypeptides and Proteins
3392                  in the Dihedral Angle Space and in the Cartesian
3393                  Coordinate Space: Normal Mode Analysis of
3394                  Deca-Alanine",
3395   journal =      BTjcc,
3396   year =         "1991",
3397   volume =       "12",
3398   pages =        "359--368",
3399 }
3400
3401 @Article{Kitao91b,
3402   author =       "Akio Kitao and Fumio Hirata and Nobuhiro G{$\bar{\rm
3403                  o}$}",
3404   title =        "The effects of solvent on the conformation and the
3405                  collective motions of protein: normal mode analysis and
3406                  molecular dynamics simulations of mellitin in water and
3407                  in vacuum",
3408   journal =      BTcp,
3409   year =         "1991",
3410   volume =       "158",
3411   pages =        "447--472",
3412 }
3413
3414 @Article{Kneller90,
3415   author =       "D. G. Kneller and F. E. Cohen and R. Langridge",
3416   title =        "Improvements in Protein Secondary Structure Prediction
3417                  by an Enhanced Neural Network",
3418   journal =      BTjmb,
3419   year =         "1990",
3420   volume =       "214",
3421   pages =        "171--182",
3422 }
3423
3424 @Article{Kordel92,
3425   author =       {J. K{\"o}rdel and O. Telemann},
3426   title =        {Backbone Dynamics of Calbindin {D$_{9K}$}:
3427                   Comparison of Molecular Dynamics Simulations and
3428                   {$^{15}$N NMR} Relaxation Measurements},
3429   journal =      BTjacs,
3430   year =         1992,
3431   volume =       114,
3432   pages =        {4934--4936}
3433 }
3434
3435 @Article{Kovacs95,
3436   author =       "H. Kovacs and A. E. Mark and J. Johansson and W. F.
3437                  van Gunsteren",
3438   title =        "The effect of environment on the stability of an
3439                  integral membrane helix: Molecular Dynamics Simulations
3440                  of Surfactant Protein {C} in Chloroform, Methanol and
3441                  Water",
3442   journal =      BTjmb,
3443   year =         "1995",
3444   volume =       "247",
3445   pages =        "808--822",
3446 }
3447
3448 @Article{Krash89,
3449   author =       "I. A. Krasheninnikov and A. A. Komar and I. A.
3450                  Adzhubei",
3451   title =        "Frequencies of Utilization of Codons in m{RNA} and
3452                  Coding of the Domain Structure of Proteins",
3453   journal =      "Dokl. Akad. Nauk. SSSR",
3454   year =         "1989",
3455   volume =       "305",
3456   pages =        "1006--1012",
3457 }
3458
3459 @Article{Kraulis91,
3460   author =       "Per J. Kraulis",
3461   title =        "{MOLSCRIPT:} a program to produce both detailed and
3462                  schematic plots of protein structures",
3463   journal =      "J. Appl. Cryst.",
3464   year =         "1991",
3465   volume =       "24",
3466   pages =        "946--950",
3467 }
3468
3469 @Article{Kretsinger92,
3470   author =       "R. H. Kretsinger and S. Raghunathan and R. J.
3471                  Chandross and A. Persechini",
3472   title =        "The linker of des-{Glu84} calmodulin is bent as seen
3473                  in the crystal structure",
3474   journal =      BTbj,
3475   year =         "1992",
3476   volume =       "61",
3477   pages =        "403",
3478 }
3479
3480 @Article{Krynicki78,
3481   author =       {K. Krynicki and C. D. Green and D. W. Sawyer},
3482   title =        {Pressure and Temperature Dependence of
3483                   Self-diffusion in Water},
3484   journal =      {Disc. Faraday Soc.},
3485   year =         1978,
3486   volume =       66,
3487   pages =        {199--208}
3488 }
3489
3490 @Article{Kuboniwa95,
3491   author =       "H. Kuboniwa and N. Tjandra and S. Grzesiek and H. Ren
3492                  and C. B. Klee and A. Bax",
3493   title =        "Solution structure of calcium-free calmodulin",
3494   journal =      BTnsb,
3495   year =         "1995",
3496   volume =       "2",
3497   pages =        "768--776",
3498 }
3499
3500 @Article{Kungl94,
3501   author =       {A. J. Kungl and M. Breitenbach and H. F. Kauffmann},
3502   title =        {Molecular Dynanamics simulation of the rare amino
3503                   acid {LL}-dityrosine and dityrosine-containing
3504                   peptide: comparison with time resolved fluorescence},
3505   journal =      BTbba,
3506   year =         1994,
3507   volume =       1201,
3508   pages =        {345--352}
3509 }
3510
3511 @Article{Kusalik91,
3512   author =       {P. G. Kusalik},
3513   title =        {On the computer simulation of highly polar fluids
3514                   using large systems},
3515   journal =      BTmph,
3516   year =         1991,
3517   volume =       73,
3518   pages =        {1349--1363}
3519 }
3520
3521 @Article{Kuszewski95a,
3522   author =       {J. Kuszewski and J. Qin and A. M. Gronenborn and
3523                   G. M. Clore},
3524   title =        {The impact of direct refinement against
3525                   {$^{13}$C$^{\alpha}$} and {$^{13}$C$^{\beta}$}
3526                   chemical shifts on protein structure determination
3527                   by {NMR}},
3528   journal =      BTjmagb,
3529   year =         1995,
3530   volume =       106,
3531   pages =        {92--96}
3532 }
3533
3534 @Article{Kuszewski95b,
3535   author =       {J. Kuszewski and A. M. Gronenborn and
3536                   G. M. Clore},
3537   title =        {The impact of direct refinement against proton
3538                   chemical shifts on protein structure determination
3539                   by {NMR}},
3540   journal =      BTjmagb,
3541   year =         1995,
3542   volume =       107,
3543   pages =        {293--297}
3544 }
3545
3546 @Article{Kuwajima89,
3547   author =       "Kunihiro Kuwajima",
3548   title =        "The molten globule state as a clue for understanding
3549                  the folding and cooperativity of globular-protein
3550                  structure",
3551   journal =      BTprot,
3552   year =         "1989",
3553   volume =       "6",
3554   pages =        "87--103",
3555 }
3556
3557 @Article{LSmith91,
3558   author =       {L. J. Smith and M. J. Sutcliffe and C. Redfield and
3559                   C. M. Dobson},
3560   title =        {Analysis of $\phi$ and $\chi_1$ torsion angles for
3561                   Hen lysozyme in Solution from {$^1$H NMR} Spin-Spin
3562                   Coupling Constants},
3563   journal =      BTbioch,
3564   year =         1991,
3565   volume =       30,
3566   pages =        {986--996}
3567 }
3568
3569 @Article{LSmith95,
3570   author =       "L. J. Smith and A. E. Mark and C. M. Dobsson and W. F.
3571                  van Gunsteren",
3572   title =        "Comparison of {MD} simulations and {NMR} experiments
3573                  for hen lysozyme. Analysis of local fluctuations,
3574                  cooperative motions and global changes",
3575   journal =      BTbioch,
3576   year =         "1995",
3577   volume =       34,
3578   pages =        "10918--10931"
3579 }
3580
3581 @Article{LSmith96,
3582   author =       {L. J. Smith and K. A. Bolin and H. Schwalbe and
3583                   M. W. Mac{A}rthur and J. M. Thornton and C. M. Dobson},
3584   title =        {{Analysis of Main Chain Torsion Angles in Proteins:
3585                   Prediction of NMR Coupling Constants for Native
3586                   and Random Coil Conformations}},
3587   journal =      BTjmb,
3588   year =         1996,
3589   volume =       255,
3590   pages =        {494--506}
3591 }
3592
3593 @Article{LWang95a,
3594   author =       {L. Wang and J. Hermans},
3595   title =        {Reaction Field Molecular Dynamics Simulation with
3596                   {F}riedman's Image Charge Method},
3597   journal =      BTjpc,
3598   year =         1995,
3599   volume =       99,
3600   pages =        {12001--12007}
3601 }
3602
3603 @Article{Lankhorst82,
3604   author =       "D. Lankhorst and J. Schreiver and J. C. Leyte",
3605   title =        {Determination of the Rotational Correlation Time of
3606                   Water by Proton {NMR} Relaxation in {H$_2~^{17}$O}
3607                   and Some Related Results},
3608   journal =      BTbbpc,
3609   year =         "1982",
3610   volume =       "86",
3611   OPTnumber =    "",
3612   pages =        "215--221",
3613   OPTmonth =     "",
3614   OPTremark =    "Water, 25 C
3615                   \tau_r = 2.44 (r_{OH}=0.101 nm, ice),
3616                   \tau_r = 1.71 (r_{OH}=0.0958 nm, gas)",
3617   OPTfolder =    "NMR",
3618 }
3619
3620 @Article{Lathrop96,
3621   author =       {R. H. Lathrop and T. F. Smith},
3622   title =        {Global Optimum Protein Threading with Gapped
3623                   Alignment and Empirical Pair Score Functions},
3624   journal =      BTjmb,
3625   year =         1996,
3626   volume =       255,
3627   pages =        {641--666}
3628 }
3629
3630 @Article{Lee82,
3631   author =       "W. K. Lee and E. W. Prohofsky",
3632   title =        "A molecular dynamics study of the solvation of a
3633                  sodium ion bound to dihydrogen phosphate ion",
3634   journal =      BTcpl,
3635   year =         "1982",
3636   volume =       "85",
3637   pages =        "98--102",
3638 }
3639
3640 @Article{Lee88,
3641   author =       "C. Lee and W. Yang and R. G. Parr",
3642   title =        "Development of the Colle-Salvetti correlation-energy
3643                  formula into a functional of the electron density",
3644   journal =      BTprb,
3645   year =         "1988",
3646   volume =       "37",
3647   pages =        "785--789",
3648 }
3649
3650 @Article{Levinthal68,
3651   author =       {C. Levinthal},
3652   title =        {Are there pathways for protein folding ?},
3653   journal =      {J. Chim. Phys.},
3654   year =         1968,
3655   volume =       65,
3656   pages =        {44--45}
3657 }
3658
3659 @Article{Levitt75,
3660   author =       {M. Levitt and A. Warshel},
3661   title =        {Computer simulation of protein folding},
3662   journal =      BTnature,
3663   year =         1975,
3664   volume =       253,
3665   pages =        {694--698}
3666 }
3667
3668 @Article{Levitt76,
3669   author =       "Michael Levitt and Cyrus Chothia",
3670   title =        "Structural Patterns in Globular Proteins",
3671   journal =      BTnature,
3672   year =         "1976",
3673   volume =       "261",
3674   pages =        "552--558",
3675 }
3676
3677 @Article{Levitt83,
3678   author =       {M. Levitt and C. Sander and P. S. Stern},
3679   title =        {The normal modes of a Protein: Native Bovine
3680                   pancreatic trypsin inhibitor},
3681   journal =      {Int. J. Quant. Chem: Quant. Biol. Symp.},
3682   year =         1983,
3683   volume =       10,
3684   pages =        {181--199}
3685 }
3686
3687 @Article{Li87,
3688   author =       {Z. Li and H. A. Scheraga},
3689   title =        {Monte Carlo-minimization approach to the multiple
3690                   minima problem in protein folding},
3691   journal =      BTpnas,
3692   year =         1987,
3693   volume =       84,
3694   pages =        {6611--6615}
3695 }
3696
3697 @Article{Lins95,
3698   author =       "L. Lins and R. Brasseur",
3699   title =        "The Hydrophobic Effect in Protein Folding",
3700   journal =      "FASEB J.",
3701   year =         "1995",
3702   volume =       "9",
3703   pages =        "535--540",
3704 }
3705
3706 @Article{Lipari82a,
3707   author =       {G. Lipari and A. Szabo and R. M. Levy},
3708   title =        {Protein Dynamics and {NMR} relaxation: comparison of
3709                   simulations with experiment},
3710   journal =      BTnature,
3711   year =         1982,
3712   volume =       300,
3713   pages =        {197--198}
3714 }
3715
3716 @Article{Lipari82b,
3717   author =       {G. Lipari and A. Szabo},
3718   title =        {Model-Free Approach to the Interpretation of Nuclear
3719                   Magnetic Resonance Relaxation in
3720                   Macromolecules. 1. Theory and Range of Validity},
3721   journal =      BTjacs,
3722   year =         1982,
3723   volume =       104,
3724   pages =        {4546--4559}
3725 }
3726
3727 @Article{Liu92,
3728   author =       {Z-P. Liu and L. M. Gierasch},
3729   title =        {Combined Use of Molecular Dynamics Simulations and
3730                   {NMR} to Explore Peptide Bond Isomerization and
3731                   Multiple Intramolecular Hydrogen-Bonding
3732                   Possibilites in a Cyclic pentapeptide,
3733                   cyclo(Gly-Pro-{D}-Phe-Gly-Val)},
3734   journal =      BTbiop,
3735   year =         1992,
3736   volume =       32,
3737   pages =        {1727--1739}
3738 }
3739
3740 @Article{Loof92,
3741   author =       "Hans de Loof and Lennart Nilsson and Rudolf Rigler",
3742   title =        "Molecular Dynamics Simulations of Galanin in Aqueous
3743                  and Nonaqueous Solution",
3744   journal =      BTjacs,
3745   year =         "1992",
3746   volume =       "114",
3747   pages =        "4028--4035",
3748 }
3749
3750 @Article{Ludvigsen91,
3751   author =       {S. Ludvigsen and K. V. Andersen and F. M. Poulsen},
3752   title =        {Accurate Measurements of Coupling Constants from
3753                   Two-dimensional Nuclear Magnetic Resonance Spectra
3754                   of Proteins and Determination of $\phi$-Angles},
3755   journal =      BTjmb,
3756   year =         1991,
3757   volume =       217,
3758   pages =        {731--736}
3759 }
3760
3761 @Article{Ludwig95,
3762   author =       "R. Ludwig",
3763   title =        "{NMR} relaxation studies in water-alcohol mixtures:
3764                   the water-rich region",
3765   journal =      BTcp,
3766   year =         "1995",
3767   volume =       "195",
3768   OPTnumber =    "",
3769   pages =        "329--337",
3770   OPTmonth =     "",
3771   OPTremark =    "Rotational correlation time of the OH group from NMR
3772                   at 298 K. \tau_c = 1.95 ps",
3773   OPTfolder =    "NMR",
3774 }
3775
3776 @Article{Luty94,
3777   author =       "Brock A. Luty and Malcolm E. Davies and Ilario G.
3778                  Tironi and Wilfred F. van Gunsteren",
3779   title =        "A Comparison of Particle-Particle, Particle-Mesh and
3780                  Ewald Methods for Calculating Electrostatic
3781                  Interactions in Periodic Molecular Systems",
3782   journal =      BTMsim,
3783   year =         "1994",
3784   volume =       "14",
3785   pages =        "11--20",
3786 }
3787
3788 @Article{Luty95a,
3789   author =       "Brock A. Luty and Ilario G. Tironi and Wilfred F. van
3790                  Gunsteren",
3791   title =        "Lattice-sum methods for calculating electrostatic
3792                  interactions in molecular simulations",
3793   journal =      BTjcp,
3794   year =         "1995",
3795   volume =       "103",
3796   pages =        "3014--3021",
3797 }
3798
3799 @Article{Lyubartsev1992,
3800    author = {A. P. Lyubartsev and A. A. Martsinovski and S. V. Shevkunov and P. N. Vorontsov-Velyaminov},
3801    title = {New approach to {Monte Carlo} calculation of the free energy: Method of expanded ensembles},
3802    journal = BTjcp,
3803    year = {1992},
3804    volume = {96},
3805    pages = "1776--1783",
3806 }
3807
3808 @Article{Luty96a,
3809   author =       "Brock A. Luty and Wilfred F. van Gunsteren",
3810   title =        "Calculating Electrostatic Interactions using the
3811                  Particle-Particle, Particle-Mesh Method with
3812                  Non-Periodic Long-Range Interactions",
3813   journal =      BTjpc,
3814   year =         "1996",
3815   volume =       "",
3816   pages =        "",
3817 }
3818
3819 @Article{MBuck95a,
3820   author =       {M. Buck and J. Boyd and C. Redfield and
3821                   D. A. Mac{K}enzie and D. J. Jeenes and D. B. Archer
3822                   and C. M. Dobson},
3823   title =        {Structural Determinants of Protein Dynamics:
3824                   Analysis of {$^{15}$N NMR} Relaxation Measurements
3825                   for Main-Chain and Side-Chain Nuclei of Hen Egg
3826                   White Lysozyme},
3827   journal =      BTbioch,
3828   year =         1995,
3829   volume =       34,
3830   pages =        {4041--4055}
3831 }
3832
3833 @Article{Maarel85,
3834   author =       "J. R. C. van der Maarel and D. Lankhorst and J. de
3835                   Bleijser and J. C. Leyte",
3836   title =        "On the single-molecule dynamics of water from
3837                   proton, deuterium and oxygen-17 nuclear magnetic relaxation",
3838   journal =      BTcpl,
3839   year =         "1985",
3840   volume =       "122",
3841   OPTnumber =    "6",
3842   pages =        "541--544",
3843   OPTmonth =     "",
3844   OPTremark =    "Water, 298 K
3845                   \tau_{OH} = 1.95+/-0.08 ps, \tau_O = 1.96+/-0.11 ps,
3846                   r_{OH}=0.98 A",
3847   OPTfolder =    "NMR",
3848 }
3849
3850 @Article{Macura80,
3851   author =       {S. Macura and R. R. Ernst},
3852   title =        {Elucidation of cross relaxation in liquids by
3853                   two-dimensional {NMR} spectroscopy},
3854   journal =      BTmph,
3855   year =         1980,
3856   volume =       41,
3857   pages =        {95--117}
3858 }
3859
3860 @Article{Manning89,
3861   author =       {M. C. Manning and R. W. Woody},
3862   title =        {Theoretical Study of the Contribution of Aromatic
3863                   Side Chains to the Circular Dichroism of Basic
3864                   Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor},
3865   journal =      BTbioch,
3866   year =         1989,
3867   volume =       28,
3868   pages =        {8609--8613}
3869 }
3870
3871 @Article{Manning91,
3872   author =       {M. C. Manning and R. W. Woody},
3873   title =        {Theoretical {CD} Studies of Polypeptide Helices:
3874                   Examination of Important Electronic and Geometric Factors},
3875   journal =      BTbiop,
3876   year =         1991,
3877   volume =       31,
3878   pages =        {569--586}
3879 }
3880
3881 @Article{Marconi95,
3882   author =       {G. Marconi and S. Monti and B. Mayer and G. K{\"o}hler},
3883   title =        {Cicular Dichroism of Methylated Phenols Included in
3884                   $\beta$-Cyclodextrin. An Experimental and
3885                   Theoretical Study},
3886   journal =      BTjpc,
3887   year =         1995,
3888   volume =       99,
3889   pages =        {3943--3950}
3890 }
3891
3892 @Article{Mark92,
3893   author =       "Alan E. Mark and Wilfred F. van Gunsteren",
3894   title =        "Simulation of the thermal denaturation of Hen Egg
3895                  White Lysozym: Trapping the molten globule state",
3896   journal =      BTbioch,
3897   year =         "1992",
3898   volume =       "31",
3899   pages =        "7745--7748",
3900 }
3901
3902 @Article{Mark94,
3903   author =       "Alan E. Mark and Steven P. van Helden and Paul E.
3904                  Smith and Lambert H. M. Janssen and Wilfred F. van
3905                  Gunsteren",
3906   title =        "Convergence properties of free energy calculations:
3907                  $\alpha$-Cyclodextrin complexes as a case study",
3908   journal =      BTjacs,
3909   year =         "1994",
3910   volume =       "116",
3911   pages =        "6293--6302",
3912 }
3913
3914 @Article{Marlow93,
3915   author =       "G. E. Marlow and J. S. Perkyns and B. M. Pettitt",
3916   title =        "Salt Effects in Peptide Solutions: Theory and
3917                  Simulation",
3918   journal =      BTcr,
3919   year =         "1993",
3920   volume =       "93",
3921   pages =        "2503--2521",
3922 }
3923
3924 @Article{Marrink93a,
3925   author =       "S. J. Marrink and M. Berkowitz and H. J. C.
3926                  Berendsen",
3927   title =        "Molecular dynamics simulation of a membrane water
3928                  interface: origin of the hydration forces",
3929   journal =      "Langmuir",
3930   year =         "1993",
3931   volume =       "9",
3932   pages =        "3122--3131",
3933 }
3934
3935 @Manual{Marrink93b,
3936   author =       "Siewert Jan Marrink and Herman J. C. Berendsen",
3937   title =        "Video: the real face of membranes (1993)",
3938   address =      "BIOMOS bv. Nij\-enborgh 4, 9747 AG Groningen, the
3939                  Netherlands",
3940   organization = "A copy of this video (VHS, PAL or NTSC) can be
3941                  obtained for 40 US\$",
3942 }
3943
3944 @Article{Marrink94a,
3945   author =       "S. J. Marrink and H. J. C. Berendsen",
3946   title =        "Simulation of Water Transport through a Lipid
3947                  Membrane",
3948   journal =      BTjpc,
3949   year =         "1994",
3950   volume =       "98",
3951   pages =        "4155--4168",
3952 }
3953
3954 @PhdThesis{Marrink94b,
3955   author =       "S. J. Marrink",
3956   title =        "Permeation of small molecules across lipid membranes.
3957                  {A} molecular dynamics study",
3958   school =       "University of Groningen, the Netherlands",
3959   year =         "1994",
3960 }
3961
3962 @Article{Mavri89,
3963   author =       "J. Mavri and F. Avbelj and D. Had\v{z}i",
3964   title =        "Conformation of {N}-acetyl-{L}-Pro-{D}-Ala-{N}'-methyl
3965                  tripeptide empirical, semi-empirical {MO} and ab-initio
3966                  {MO} calculations",
3967   journal =      BTjmst,
3968   year =         "1989",
3969   volume =       "187",
3970   pages =        "307--315",
3971 }
3972
3973 @Article{Mavri90a,
3974   author =       "J. Mavri and D. Had\v{z}i",
3975   title =        "Tautomerism, protonation, and interaction with
3976                  formiate, of phenyliminoimidazoline and
3977                  benzylimidazolidine. {AM1} and ab-initio 4-31{G}
3978                  calculations",
3979   journal =      BTjmst,
3980   year =         "1990",
3981   volume =       "224",
3982   pages =        "285--296",
3983 }
3984
3985 @Article{Mavri91,
3986   author =       "J. Mavri and D. Had\v{z}i",
3987   title =        "Ab initio calculations on structure and hydrogen
3988                  bonding in hydrogen diformate using various basis
3989                  sets",
3990   journal =      "J. Mol. Struct. (THEOCHEM)",
3991   year =         "1991",
3992   volume =       "235",
3993   pages =        "57--65",
3994 }
3995
3996 @InCollection{Mavri92a,
3997   author =       "J. Mavri and D. Had\v{z}i",
3998   booktitle =    "Proton Transfer in Hydrogen-Bonded Systems",
3999   title =        "Interactions between acetic acid and methylamine in
4000                  water. Molecular dynamics and ab initio {MO} studies",
4001   publisher =    "Elsevier Science Publishers",
4002   year =         "1992",
4003   editor =       "T. Bountis",
4004   series =       "NATO ASI",
4005   address =      "Amsterdam",
4006 }
4007
4008 @Article{Mavri92b,
4009   author =       "J. Mavri and D. Had\v{z}i",
4010   title =        "Proton transfer between acetic acid and methylamine in
4011                  aqueous solution. Ab-initio and {MD} study of free
4012                  energies of hydration",
4013   journal =      BTjmst,
4014   year =         "1992",
4015   volume =       "270",
4016   number =       "247",
4017 }
4018
4019 @Article{Mavri93a,
4020   author =       "J. Mavri and J. Koller and D. Had\v{z}i",
4021   title =        "Ab initio and {AM}1 calculations on model systems of
4022                  acetylcholine binding: complexes of tetramethylammonium
4023                  with aromatics, neutral and ionic formic acid",
4024   journal =      BTjmst,
4025   year =         "1993",
4026   volume =       "283",
4027   pages =        "305--312",
4028 }
4029
4030 @Article{Mavri93b,
4031   author =       "J. Mavri and H. J. C. Berendsen and W. F. van
4032                  Gunsteren",
4033   title =        "Influence of Solvent on Intramolecular Proton Transfer
4034                  in Hydrogen Malonate. {M}olecular Dynamics Simulation
4035                  Study of Tunneling by Density Matrix Evolution and
4036                  Nonequilibrium Solvation",
4037   journal =      BTjpc,
4038   year =         "1993",
4039   volume =       "97",
4040   pages =        "13469--13476",
4041 }
4042
4043 @Article{Mavri94a,
4044   author =       "J. Mavri and H. J. C. Berendsen",
4045   title =        "Treatment of Nonadiabatic Transitions by Density
4046                  Matrix Evolution and Molecular Dynamics Simulations",
4047   journal =      "J. Mol. Struct.",
4048   year =         "1994",
4049   volume =       "322",
4050   pages =        "1--7",
4051 }
4052
4053 @Article{Mavri94b,
4054   author =       "J. Mavri and H. J. Vogel",
4055   title =        "Ion Pair Formation Involving Methylated Lysine Side
4056                  Chains : {A} Theoretical Study",
4057   journal =      BTprot,
4058   year =         "1994",
4059   volume =       "18",
4060   pages =        "381--389",
4061 }
4062
4063 @Article{Mavri94c,
4064   author =       "J. Mavri and H. J. C. Berendsen",
4065   title =        "Dynamical Simulation of a Quantum Harmonic Oscillator
4066                  in a Noble Gas Bath by Density Matrix Evolution",
4067   journal =      BTpre,
4068   year =         "1994",
4069   volume =       "50",
4070   pages =        "198--204",
4071 }
4072
4073 @Article{Mavri94d,
4074   author =       "J. Mavri and M. Lensink and H. J. C. Berendsen",
4075   title =        "Treatment of Inelastic Collisions of a Particle with a
4076                  Quantum Harmonic Oscillator by Density Matrix
4077                  Evolution",
4078   journal =      "Molec. Phys.",
4079   year =         "1994",
4080   volume =       "82",
4081   pages =        "1249--1257",
4082 }
4083
4084 @Article{Mavri95a,
4085   author =       "J. Mavri and H. J. C. Berendsen",
4086   title =        "Calculation of the Proton Transfer Rate Using Density
4087                  Matrix Evolution and Molecular Dynamics Simulations :
4088                  Inclusion of Proton Excited States",
4089   journal =      BTjpc,
4090   year =         "1995",
4091   volume =       "99",
4092   pages =        "12711--12717",
4093 }
4094
4095 @Book{McQuarrie76,
4096   author =       "D. A. McQuarrie",
4097   title =        "Statistical Mechanics",
4098   publisher =    "Harper \& Row",
4099   year =         "1976",
4100   address =      "New York",
4101 }
4102
4103 @Article{Meador93,
4104   author =       "W. E. Meador and A. R. Means and F. A. Quiocho",
4105   title =        "Modulation of calmodulin plasticity in molecular
4106                  recognition on the basis of {X}-ray structures",
4107   journal =      BTsci,
4108   year =         "1993",
4109   volume =       "262",
4110   pages =        "1718",
4111 }
4112
4113 @Article{Meden95,
4114   author =       "A. Meden and J. Mavri and M. Bele and S. Pejovnik",
4115   title =        "On the Dissolution of Boron in Lithium Melt",
4116   journal =      BTjpc,
4117   year =         "1995",
4118   volume =       "99",
4119   pages =        "4252--4260",
4120 }
4121
4122 @Article{Mehler91,
4123   author =       "E. L. Mehler and J. L. Pascual-Ahuir and H.
4124                  Weinstein",
4125   title =        "Structural dynamics of calmodulin and troponin {C}",
4126   journal =      BTpeng,
4127   year =         "1991",
4128   volume =       "4",
4129   pages =        "625--637",
4130 }
4131
4132 @Article{Meiro94,
4133   author =       {H. Meirovitch and E. Meirovitch and A. Michel and
4134                   M. V{\'a}squez},
4135   title =        {A Simple and Effective Procedure for Conformational
4136                   Search of Macromolecules: Application to {M}et- and
4137                   {L}eu-Enkephalin},
4138   journal =      BTjpc,
4139   year =         1994,
4140   volume =       98,
4141   pages =        {6241--6243}
4142 }
4143
4144 @Article{Merritt94,
4145   author =       "E. A. Merritt and M. E. P. Murphy",
4146   title =        "Raster3{D} Version 2.0: {A} Program for Photorealistic
4147                  Molecular Graphics",
4148   journal =      BTacd,
4149   year =         "1994",
4150   volume =       "50",
4151   pages =        "869--873",
4152 }
4153
4154 @Article{Merutka95,
4155   author =       "G. Merutka and H. J. Dyson and P. E. Wright",
4156   title =        "'{R}andom Coil' {$^1$H} Chemical Shifts obtained as a
4157                  function of temperature and trifluoroethanol
4158                  concentration for the peptide series {GGXGG}",
4159   journal =      BTjbnmr,
4160   year =         "1995",
4161   volume =       "5",
4162   pages =        "14--24",
4163 }
4164
4165 @Article{Mierke91,
4166   author =       "D. F. Mierke and H. Kessler",
4167   title =        "Molecular Dynamics with Dimethyl Sulfoxide as a
4168                  Solvent. Conformation of a Cyclic Hexapeptide.",
4169   journal =      BTjacs,
4170   year =         "1991",
4171   volume =       "113",
4172   pages =        "9446",
4173 }
4174
4175 @Article{Mierke93,
4176   author =       "Dale F. Mierke and Horst Kessler",
4177   title =        "Improved Molecular Dynamics Simulations for the
4178                  Determination of Peptide Structures",
4179   journal =      BTbiop,
4180   year =         "1993",
4181   volume =       "33",
4182   pages =        "1003--1017",
4183 }
4184
4185 @Article{Mierlo91a,
4186   author =       {C. P. M. van Mierlo and N. J. Darby and D. Neuhaus
4187                   and T. E. Creighton},
4188   title =        {(14-38, 30-51) Double-disulphide Intermediate in
4189                   Folding of Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor: A
4190                   Two-dimensional $^1${H} Nuclear Magnetic Resonance Study},
4191   journal =      BTjmb,
4192   year =         1991,
4193   volume =       222,
4194   pages =        {353--371}
4195 }
4196
4197 @InCollection{Miklavc89,
4198   author =       "A. Miklavc and D. Kocjan and D. Had\v{z}i and J. Mavri
4199                  and J. Koller",
4200   booktitle =    "QSAR: Quantitative Structure-Activity Relationships in
4201                  Drug Design",
4202   title =        "Binding of agonists and antagonists to beta-adrenergic
4203                  receptor",
4204   publisher =    "Alan R. Liss",
4205   year =         "1989",
4206   editor =       "J. L. Fauchere",
4207   pages =        "275--280",
4208   address =      "New York",
4209 }
4210
4211 @Article{Miklavc90,
4212   author =       "A. Miklavc and D. Kocjan and J. Mavri and J. Koller
4213                  and D. Had\v{z}i",
4214   title =        "On the fundamental difference in thermodynamics of
4215                  agonists and antagonists interactions with
4216                  beta-adrenergic receptor and the mechanism of
4217                  entropy-driven binding",
4218   journal =      "Biochem. Pharmacol.",
4219   year =         "1990",
4220   volume =       "40",
4221   number =       "4",
4222   pages =        "663--669",
4223 }
4224
4225
4226 @Article{Miller96,
4227   author =       {R. T. Miller and D. T. Jones and J. M. Thronton},
4228   title =        {Protein fold recognition by sequence threading:
4229                   Tools and assessment techniques},
4230   journal =      BTfaseb,
4231   year =         1996,
4232   volume =       10,
4233   pages =        {171--177}
4234 }
4235
4236 @Article{Minard89,
4237   author =       "Philippe Minara and Len Hall and Jean-Michel Betton
4238                  and Dominique Missiakis and Jeannine M. Yon",
4239   title =        "Efficient expression and characterization of isolated
4240                  structural domains of yeast phosphateglycerate kinase
4241                  genrated by site-directed mutagenesis",
4242   journal =      BTpeng,
4243   year =         "1989",
4244   volume =       "3",
4245   pages =        "55--60",
4246 }
4247
4248 @Article{Mitchell94,
4249   author =       {J. B. O. Mitchell and C. L. Nandi and I. K. McDonald
4250                   and J. M. Thornton and S. L. Price},
4251   title =        {Amino/Aromatic Interactions in Proteins: Is the
4252                   Evidence Stacked Against Hydrogen Bonding?},
4253   journal =      BTjmb,
4254   year =         1994,
4255   volume =       239,
4256   pages =        {315--331}
4257 }
4258
4259 @Article{Berweger95,
4260   author =       "C. D. Berweger and W. F. van Gunsteren and
4261                   F. M{\"u}ller-Plathe",
4262   title =        {Force field parametrization by weak
4263                   coupling. Re-engineering {SPC} water},
4264   journal =      BTcpl,
4265   year =         1995,
4266   volume =       232,
4267   pages =        {429--436}
4268 }
4269
4270 @Article{Miyamoto92,
4271   author =       {S. Miyamoto and P. A. Kollman},
4272   title =        {{SETTLE}: {An} Analytical Version of the {SHAKE} and
4273                   {RATTLE} Algorithms for Rigid Water Models},
4274   journal =      BTjcc,
4275   year =         1992,
4276   volume =       13,
4277   pages =        {952--962}
4278 }
4279
4280 @Article{Monera94,
4281   author =       "Oscar D. Monera and Cyril M. Kay and Robert S.
4282                  Hodges",
4283   title =        "Electrostatic interactions control the parallel and
4284                  antiparallel orientation of {$\alpha$}-helical chains
4285                  in two stranded {$\alpha$}-helical coiled coils",
4286   journal =      BTbioch,
4287   year =         "1994",
4288   volume =       "33",
4289   pages =        "3862--3871",
4290 }
4291
4292 @Article{Moore80,
4293   author =       {P. B. Moore},
4294   title =        {Small-angle Scattering. Information Content and
4295                   Error Analysis},
4296   journal =      BTjapl,
4297   year =         1980,
4298   pages =        {168--175}
4299 }
4300
4301 @Article{Moras92,
4302   author =       "Dino Moras",
4303   title =        "Structural and functional relationships between
4304                  aminoacyl-{tRNA} synthetases",
4305   journal =      BTtibs,
4306   year =         "1992",
4307   volume =       "17",
4308   pages =        "159--164",
4309 }
4310
4311 @Article{Moret90,
4312   author =       {E. Moret and I. P. Gerothanassis and R. N. Hunston
4313                   and J. Lauterwein},
4314   title =        {Does a 2 {$\leftarrow$} 5 $\beta$-turn structure
4315                   exist in enkephalins?},
4316   journal =      BTfebs,
4317   year =         1990,
4318   volume =       262,
4319   pages =        {173--175}
4320 }
4321
4322 @Article{Morikami94,
4323   author =       {K. Morikami and M. Saito},
4324   title =        {Molecular Dynamics study on the stability of ions
4325                   around human lysozyme in the crystal condition},
4326   journal =      BTcpc,
4327   year =         1994,
4328   volume =       225,
4329   pages =        {196--201}
4330 }
4331
4332 @Article{Motta87a,
4333   author =       {A. Motta and D. Picone and T. Tancredi and P. A. Temussi},
4334   title =        {{NOE} Measurements on Linear Peptides in
4335                   Cryoprotective Aqueous Mixtures},
4336   journal =      BTjmag,
4337   year =         1987,
4338   volume =       75,
4339   pages =        {364--370}
4340 }
4341
4342 @Article{Motta87b,
4343   author =       {A. Motta and T. Tancredi and P. A. Temussi},
4344   title =        {Nuclear Overhauser effects in linear peptides},
4345   journal =      BTfebs,
4346   year =         1987,
4347   volume =       215,
4348   pages =        {215--218}
4349 }
4350
4351 @Article{Motta88,
4352   author =       {A. Motta and D. Picone and T. Tancredi and P. A. Temussi},
4353   title =        {Low Temperature {NMR} Studies of {L}eu-Enkephalins
4354                   in cryoprotective solvents},
4355   journal =      {Tetrahedron},
4356   year =         1988,
4357   volume =       44,
4358   pages =        {975--990}
4359 }
4360
4361 @Article{Munoz95,
4362   author =       "V. Mu{\~n}oz and L. Serrano and M. A. Jimenez and M.
4363                  Rico",
4364   title =        "Structural Analysis of Peptides Encompassing All
4365                  {$\alpha$}-helices of three {$\alpha$/$\beta$} Parallel
4366                  Proteins: Che-{Y}, Flavodoxin and {P21}-Ras:
4367                  Implications for {$\alpha$}-helix stability and the
4368                  folding of {$\alpha$/$\beta$} Parallel Proteins",
4369   journal =      BTjmb,
4370   year =         "1995",
4371   volume =       "247",
4372   pages =        "648--669",
4373 }
4374
4375 @Article{Nabokov88,
4376   author =       {O. A. Nabokov and Yu. A. Lubimov},
4377   title =        {The dielectric relaxation and the percolation model
4378                   of water},
4379   journal =      BTmph,
4380   year =         1988,
4381   volume =       65,
4382   pages =        {1473--1482}
4383 }
4384
4385 @Article{Nakamure96,
4386   author =       {H. Nakamura},
4387   title =        {Roles of Electrostatic Interactions in Proteins},
4388   journal =      {Quarterly Rev. Biophys.},
4389   year =         1996,
4390   volume =       29,
4391   pages =        {1--90}
4392 }
4393
4394 @Article{Nayeem91,
4395   author =       {A. Nayeem and J. Villa and H. A. Scheraga},
4396   title =        {A comparative study of the simulated-annealing and
4397                   Monte Carlo-with-minimization approaches to the
4398                   minimum-energy structures of polypeptides:
4399                   [{M}et]-enkephalin},
4400   journal =      BTjcc,
4401   year =         1991,
4402   volume =       12,
4403   pages =        {594--605}
4404 }
4405
4406 @article{RMNeumann1980a,
4407   author =       {R. M. Neumann},
4408   title =        {{Entropic approach to Brownian Movement}},
4409   journal =      {Am. J. Phys.},
4410   year =         1980,
4411   volume =       48,
4412   pages =        {354-357}
4413 }
4414
4415 @Article{Neumann80,
4416   author =       {M. Neumann and O. Steinhauser},
4417   title =        {The influence of boundary conditions used in machine
4418                   simulations on the structure of polar systems},
4419   journal =      BTmph,
4420   year =         1980,
4421   volume =       39,
4422   pages =        {437--454}
4423 }
4424
4425 @Article{Neumann83a,
4426   author =       {M. Neumann},
4427   title =        {Dipole moment fluctuation formulas in computer
4428                   simulations of polar system},
4429   journal =      BTmph,
4430   year =         1983,
4431   volume =       50,
4432   pages =        {841--858}
4433 }
4434
4435 @Article{Neumann83b,
4436   author =       {M. Neumann and O. Steinhauser},
4437   title =        {On the calculation of the frequency-dependent
4438                   dielectric constant in computer simulations},
4439   journal =      BTcpl,
4440   year =         {1983},
4441   OPTkey =       {},
4442   volume =       {102},
4443   OPTnumber =    {6},
4444   OPTmonth =     {},
4445   pages =        {508--513},
4446   OPTnote =      {},
4447   OPTannote =    {equation for relating relaxation time to Debye time}
4448 }
4449
4450 @Article{Neumann84,
4451   author =       {M. Neumann and O. Steinhauser and G. S. Pawley},
4452   title =        {Consistent calculation of the static and
4453                   frequency-dependent dielectric constant in computer
4454                   simulations},
4455   journal =      BTmph,
4456   year =         1984,
4457   volume =       52,
4458   pages =        {97--113}
4459 }
4460
4461 @Article{Neumann85,
4462   author =       "M. Neumann",
4463   title =        {The dielectric constant of water. Computer
4464                   simulation with the {MCY} potential},
4465   journal =      BTjcp,
4466   year =         "1985",
4467   volume =       "82",
4468   number =       "12",
4469   pages =        "5663--5672",
4470   OPTmonth =     "june",
4471   OPTabstract =  "",
4472 }
4473
4474 @Article{Neumann86a,
4475   author =       {M. Neumann},
4476   title =        {Computer simulation and the dielectric constant at
4477                   finite wavelength},
4478   journal =      BTmph,
4479   year =         1986,
4480   volume =       57,
4481   pages =        {97--121}
4482 }
4483
4484 @Article{Neumann86b,
4485   author =       {M. Neumann},
4486   title =        {Dielectric relaxation in water. Computer simulations
4487                   with the TIP4P potential},
4488   journal =      BTjcp,
4489   year =         1986,
4490   volume =       85,
4491   pages =        {1567--1580}
4492 }
4493
4494 @Article{Nilges88,
4495   author =       "M. Nilges and G. M. Clore and A. M. Gronenborn",
4496   title =        "Determination of Three-Dimensional Structures of
4497                  Proteins from Interproton Distance Data by Dynamical
4498                  Simulated Annealing from a Random Array of Atoms",
4499   journal =      BTfebs,
4500   year =         "1988",
4501   volume =       "239",
4502   pages =        "129--136",
4503 }
4504
4505 @Article{Nishikawa87,
4506   author =       "Tetsuo Nishikawa and Nobuhiro G{\bar{\rm o}}",
4507   title =        "Normal Modes of Vibration in Bovine Pancreatic Trypsin
4508                  Inhibitor and Its Mechanical Property",
4509   journal =      BTprot,
4510   year =         "1987",
4511   volume =       "2",
4512   number =       "308-329",
4513 }
4514
4515 @Article{Njo95,
4516   author =       {Swie Lan Njo and Wilfred F.van Gunsteren and Florian
4517                   M{\"u}ller-Plathe},
4518   title =        {Determination of force field parameters for
4519                   molecular simulation by molecular simulation: An
4520                   application of the weak-coupling method},
4521   journal =      BTjcp,
4522   year =         1995,
4523   volume =       102,
4524   pages =        {6199--6207}
4525 }
4526
4527 @Article{No95,
4528   author =       "Kyoung Tai No and Oh Young Kwon and Su Yeon Kim and
4529                  Kwang Hwi Cho and Chang No Yoon and Young Kee Kang and
4530                  Kenneth D. Gibson and Mu Shik Jhon and Harold A.
4531                  Scheraga",
4532   title =        "Determination of Nonbonded Potential Parameters for
4533                  Peptides",
4534   journal =      BTjpc,
4535   year =         "1995",
4536   volume =       "99",
4537   pages =        "13019--13027",
4538 }
4539
4540 @Article{Nose83,
4541   author =       "S. Nos\'{e} and M. L. Klein",
4542   title =        "Constant pressure molecular dynamics for molecular systems",
4543   journal =      BTmph,
4544   year =         "1983",
4545   volume =       "50",
4546   pages =        "1055--1076",
4547 }
4548
4549
4550 @Article{Nose84,
4551   author =       "S. Nos\'{e}",
4552   title =        "A Molecular dynamics method for simulations in the canonical ensemble",
4553   journal =      BTmph,
4554   year =         "1984",
4555   volume =       "52",
4556   pages =        "255--268",
4557 }
4558
4559 @Article{Nuland94a,
4560   author =       "N. van Nuland and I. W. Hangyi and R. C. van Schaik
4561                  and H. J. C. Berendsen and W. F. van Gunsteren and R.
4562                  M. Scheek and G. T. Robillard",
4563   title =        "THE HIGH-RESOLUTION STRUCTURE OF THE
4564                  HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN
4565                  {HP}r FROM {E}SCHERICHIA COLI DETERMINED BY
4566                  RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS FROM {NMR}
4567                  NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT DATA",
4568   journal =      BTjmb,
4569   year =         "1994",
4570   volume =       "237",
4571   pages =        "544--559",
4572 }
4573
4574 @Article{Nuland96,
4575   author =       "Nico A. J. van Nuland and  Jonna A. Wiersma and
4576                   David van der Spoel and Bert L. de Groot and Ruud M. Scheek and George T. Robillard",
4577   title =        "Phosphorylation-induced torsion-angle strain in the
4578                   active center of {HP}r, detected by {NMR} and restrained
4579                   molecular dynamics refinement.",
4580   journal =      BTpsci,
4581   volume =       5,
4582   year =         1996,
4583   pages =        {442--446}
4584 }
4585
4586 @Article{Ohgushi83,
4587   author =       "Mikio Ohgushi and Akiyoshi Wada",
4588   title =        "'{M}olten-globule state': a compact form of globular
4589                  proteins with mobile side-chains",
4590   journal =      BTfebs,
4591   year =         "1983",
4592   volume =       "164",
4593   pages =        "21--24",
4594 }
4595
4596 @Article{Olejni84a,
4597   author =       {E. T. Olejniczak and C. M. Dobson and M. Karplus and
4598                   R. M. Levy},
4599   title =        {Motional Averaging of Proton Nuclear Overhauser
4600                   Effects in Proteins. Predictions from a Molecular
4601                   Dynamics Simulation of Lysozyme},
4602   journal =      BTjacs,
4603   year =         1984,
4604   volume =       106,
4605   pages =        {1923--1930}
4606 }
4607
4608 @Article{Opitz87,
4609   author =       "Ulrich Opitz and Rainer Rudolph and Rainer Jaenicke
4610                  and Lowell Ericsson and Hans Neurath",
4611   title =        "Proteolytic Dimers of Porcine Muscle Lactate
4612                  Dehydrogenase: Characterisation, Folding, and
4613                  Reconstitution of the Truncated and Nicked Polypeptide
4614                  Chain",
4615   journal =      BTbioch,
4616   year =         "1987",
4617   volume =       "26",
4618   pages =        "1399--1406",
4619 }
4620
4621 @Article{Parrinello81,
4622   author =       "M. Parrinello and A. Rahman",
4623   title =        "Polymorphic transitions in single crystals:
4624                   A new molecular dynamics method",
4625   journal =      BTjaplp,
4626   year =         "1981",
4627   volume =       "52",
4628   pages =        "7182--7190",
4629 }
4630
4631 @Article{Pham2011,
4632   author =       "T. T. Pham and M. R. Shirts",
4633   title =        "Identifying Low Variance Pathways for Free Energy Calculations of Molecular Transformations in Solution Phase",
4634   journal =      BTjcp,
4635   year =         "2011",
4636   volume =       "135",
4637   pages =        "034114",
4638 }
4639
4640 @Article{Pham2012,
4641   author =       "T. T. Pham and M. R. Shirts",
4642   title =        "Optimal pairwise and non-pairwise alchemical pathways for free energy calculations of molecular transformation in solution phase",
4643   journal =      BTjcp,
4644   year =         "2012",
4645   volume =       "136",
4646   pages =        "124120",
4647 }
4648
4649 @Article{PSmith91a,
4650   author =       "Paul E. Smith and B. Montgomery Pettitt",
4651   title =        "Peptides in ionic solutions: {A} comparison of the
4652                  Ewald and switching function techniques.",
4653   journal =      BTjcp,
4654   year =         "1991",
4655   volume =       "95",
4656   pages =        "8430--8441",
4657 }
4658
4659 @Article{PSmith91b,
4660   author =       "Paul E. Smith and B. Montgomery Pettitt",
4661   title =        "Effects of Salt on the structure and dynamics of the
4662                  Bis(penicillamine) Enkaphalin Zwitterion: {A}
4663                  simulation study",
4664   journal =      BTjacs,
4665   year =         "1991",
4666   volume =       "113",
4667   pages =        "6029--6037",
4668 }
4669
4670 @Article{PSmith93,
4671   author =       "Paul E. Smith and Gail E. Marlow and B. M. Pettitt",
4672   title =        "Peptides in ionic solutions: {A} simulation study of a
4673                  Bis(penicillamine) Enkaphalin in Sodium Acetate
4674                  Solution",
4675   journal =      BTjacs,
4676   year =         "1993",
4677   volume =       "115",
4678   pages =        "7493--7498",
4679 }
4680
4681 @Article{PSmith94a,
4682   author =       {P. E. Smith and W. F. van Gunsteren},
4683   title =        {Translational and Rotational Diffusion of Proteins},
4684   journal =      BTjmb,
4685   year =         1994,
4686   volume =       236,
4687   pages =        {629--636}
4688 }
4689
4690 @Article{PSmith94b,
4691   author =       {P. E. Smith and W. F. van Gunsteren},
4692   title =        {Consistent Dielectric Properties of the simple point
4693                   charge and extended simple point charge water models
4694                   at 277 and 300 K},
4695   journal =      BTjcp,
4696   year =         1994,
4697   volume =       100,
4698   pages =        {3169--3174}
4699 }
4700
4701 @Article{PSmith95a,
4702   author =       {P. E. Smith and R. C. van Schaik and T. Szyperski
4703                   and K. W{\"u}thrich and W. F. van Gunsteren},
4704   title =        {{Internal Mobility of the Basic Pancreatic Trypsin
4705                   Inhibitor in Solution: A Comparison of NMR Spin
4706                   Relaxation Measurements and Molecular Dynamics Simulations}},
4707   journal =      BTjmb,
4708   year =         1995,
4709   volume =       246,
4710   pages =        {356--365}
4711 }
4712
4713 @Article{PSmith95b,
4714   author =       {P. E. Smith and W. F. van Gunsteren},
4715   title =        {{Reaction Field Effects on the Simulated Properties
4716                   of Liquid Water}},
4717   journal =      BTmsim,
4718   year =         1995,
4719   volume =       15,
4720   pages =        {233--245}
4721 }
4722
4723 @Article{Paci96,
4724   author =       {E. Paci and M. Marchi},
4725   title =        {{Constant-Pressure Molecular Dynamics Techniques
4726                   Applied to Complex Molecular Systems and Solvated Proteins}},
4727   journal =      BTjpc,
4728   year =         1996,
4729   volume =       100,
4730   pages =        {4314--4322}
4731 }
4732
4733 @Article{Paine85,
4734   author =       {G. H. Paine and H. A. Scheraga},
4735   title =        {Prediction of the native conformation of a
4736                   polypeptide by a statistical-mechanical
4737                   procedure. {I}. {B}ackbone structure of enkephalin},
4738   journal =      BTbiop,
4739   year =         1985,
4740   volume =       24,
4741   pages =        {1391--1346}
4742 }
4743
4744 @Article{Paine86,
4745   author =       {G. H. Paine and H. A. Scheraga},
4746   title =        {Prediction of the native conformation of a
4747                   polypeptide by a statistical-mechanical
4748                   procedure. {II}. {A}verage backbone structure of enkephalin},
4749   journal =      BTbiop,
4750   year =         1986,
4751   volume =       25,
4752   pages =        {1547--1563}
4753 }
4754
4755 @Article{Paine87,
4756   author =       {G. H. Paine and H. A. Scheraga},
4757   title =        {Prediction of the native conformation of a
4758                   polypeptide by a statistical-mechanical
4759                   procedure. {III}. {P}robable and average conformations
4760                   of enkephalin},
4761   journal =      BTbiop,
4762   year =         1987,
4763   volume =       26,
4764   pages =        {1125--1162}
4765 }
4766
4767 @Article{Palmer92,
4768   author =       {A. G. {Palmer III} and D. A. Case},
4769   title =        {Molecular Dynamics Analysis of {NMR} Relaxation in a
4770                   Zinc-Finger Peptide},
4771   journal =      BTjacs,
4772   year =         1992,
4773   volume =       114,
4774   pages =        {9059--9067}
4775 }
4776
4777 @Article{Pardi84,
4778   author =       {A. Pardi and M. Billeter and K. W{\"u}thrich},
4779   title =        {Calibration of the Angular Dependence of the Amide
4780                   Proton-{C$\alpha$} Proton Coupling Constants
4781                   {$^3$J$_{HN\alpha}$}, in a GLobular Protein},
4782   journal =      BTjmb,
4783   year =         1984,
4784   volume =       180,
4785   pages =        {741--751}
4786 }
4787
4788 @Article{Parker96,
4789   author =       {W. Parker and J. J. Stezowski},
4790   title =        {The surface of $\beta$-sheet proteins contains
4791                   amphiphilic regions which may provide clues about
4792                   protein folding},
4793   journal =      BTprot,
4794   year =         1996,
4795   volume =       25,
4796   pages =        {253--260}
4797 }
4798
4799 @Article{Pastor89,
4800   author =       {R. W. Pastor and M. Karplus},
4801   title =        {Inertial effects in butane stochastic dynamics},
4802   journal =      BTjcp,
4803   year =         1989,
4804   volume =       91,
4805   pages =        {211--218}
4806 }
4807
4808 @Article{Pearson95,
4809   author =       "J. G. Pearson and J. -F. Wang and J. L. Markley and H.
4810                  -B. Le and E. Oldfield",
4811   title =        "Protein Structure Refinement Using Carbon-13 Nuclear
4812                  Magnetic Resonance Spectroscopic Chemical Shifts and
4813                  Quantum Chemistry",
4814   journal =      BTjacs,
4815   year =         "1995",
4816   volume =       "117",
4817   pages =        "8823--8829",
4818 }
4819
4820 @Article{Peng92a,
4821   author =       "J. W. Peng and G. Wagner",
4822   title =        "Mapping of the Spectral Densities of {N-H} Bond
4823                  Motions in Eglin c Using Heteronuclear Relaxation
4824                  Experiments",
4825   journal =      BTbioch,
4826   year =         "1992",
4827   volume =       "31",
4828   pages =        "8571--8586",
4829 }
4830
4831 @Article{Peng92b,
4832   author =       {J. W. Peng and G. Wagner},
4833   title =        {Mapping of Spectral Density Functions Using
4834                   Heteronuclear {NMR} Relaxation Measurements},
4835   journal =      BTjmag,
4836   year =         1992,
4837   volume =       98,
4838   pages =        {308--332}
4839 }
4840
4841 @Article{Perez92,
4842   author =       {J. J. Perez and G. H. Loew and H. O. Villar},
4843   title =        {Conformational Study of Met-Enkephalin in Its
4844                   Zwitterionic Form},
4845   journal =      BTijqc,
4846   year =         1992,
4847   volume =       44,
4848   pages =        {263--275}
4849 }
4850
4851 @Article{Perrin94,
4852   author =       "C. L. Perrin",
4853   title =        "Symmetries of Hydrogen Bonds in Solution",
4854   journal =      BTsci,
4855   year =         "1994",
4856   volume =       "266",
4857   pages =        "1665--1668",
4858 }
4859
4860 @Article{Persechini88,
4861   author =       "A. Persechini and R. H. Kretsinger",
4862   title =        "The central helix of Calmodulin functions as a
4863                  flexible tether",
4864   journal =      BTjbc,
4865   year =         "1988",
4866   volume =       "263",
4867   pages =        "12175--12178",
4868 }
4869
4870 @Article{Petersen95,
4871   author =       {H. G. Petersen},
4872   title =        {Accuracy and efficiency of the particle mesh {E}wald method},
4873   journal =      BTjcp,
4874   year =         1995,
4875   volume =       103,
4876   pages =        {3668--3679}
4877 }
4878
4879 @Article{Picone90,
4880   author =       {D. Picone and A. {D'Ursi} and A. Motta and
4881                   T. Tancredi and P. A. Temussi},
4882   title =        {Conformational Preferences of [{Leu}$^5$]enkephalin in
4883                   biomimetic media},
4884   journal =      BTejb,
4885   year =         1990,
4886   volume =       192,
4887   pages =        {433--439}
4888 }
4889
4890 @Article{Post92,
4891   author =       {C. B. Post},
4892   title =        {Internal Motional Averaging and Three-dimensional
4893                   Structure Determination by Nuclear Magnetic Resonance},
4894   journal =      BTjmb,
4895   year =         1992,
4896   volume =       224,
4897   pages =        {1087--1101}
4898 }
4899
4900 @PhdThesis{Postma85,
4901   author =       "J. P. M. Postma",
4902   title =        "A Molecular Dynamics study of water",
4903   school =       "University of Groningen",
4904   year =         "1985",
4905 }
4906
4907 @Article{Pristovsek93,
4908   author =       "P. Pristov\v{s}ek and J. Kidri\v{c} and J. Mavri and
4909                  D. Had\v{z}i",
4910   title =        "{NMR} and Molecular Dynamics Study of Four Carbocyclic
4911                  Muramyl Dipeptide Analogues",
4912   journal =      BTbiop,
4913   year =         "1993",
4914   volume =       "33",
4915   pages =        "1149--1157",
4916 }
4917
4918 @InCollection{Privalov92,
4919   author =       {P. L. Privalov},
4920   title =        {Physical Basis of the Stability of Folded
4921                   Conformations of Proteins},
4922   booktitle =    {Protein Folding},
4923   publisher =    {Freeman},
4924   year =         1992,
4925   editor =       {T. E. Creighton},
4926   pages =        {83--126}
4927 }
4928
4929 @Article{Privalov96,
4930   author =       {P. L. Privalov},
4931   title =        {Intermediate states in protein folding},
4932   journal =      BTjmb,
4933   year =         1996,
4934   volume =       258,
4935   pages =        {707--725}
4936 }
4937
4938 @Article{Ptitsyn90,
4939   author =       "O. B. Ptitsyn and R. H. Pain and G. V. Semisotnov and
4940                  E. Zerovnik and O. I Razgulyaev",
4941   title =        "Evidence for a molten globule state as a general
4942                  intermediate in protein folding",
4943   journal =      BTfebs,
4944   year =         "1990",
4945   volume =       "262",
4946   pages =        "20--24",
4947 }
4948
4949 @Article{Pugliese95,
4950   author =       "L. Pugliese and M. Pr{\'e}vost and S. J. Wodak",
4951   title =        "Unfolding Simulations of the 85-102 $\beta$-Hairpin of
4952                  Barnase",
4953   journal =      BTjmb,
4954   year =         "1995",
4955   volume =       "251",
4956   pages =        "432--447",
4957 }
4958
4959 @Article{Radnai89,
4960   author =       "T. Radnai and S. Ishiguro and H. Ohtaki",
4961   title =        "Intramolecular and Liquid structure of
4962                  2,2,2-Trifluoroethanol by {X}-Ray diffraction",
4963   journal =      "J. Sol. Chem.",
4964   year =         "1989",
4965   volume =       "18",
4966   pages =        "771--784",
4967 }
4968
4969 @Article{Raine89,
4970   author =       "A. R. C. Raine and D. Fincham and W. Smith",
4971   title =        "Systolic loop methods for molecular dynamics
4972                  simulation",
4973   journal =      BTcpc,
4974   year =         "1989",
4975   volume =       "55",
4976   pages =        "13--30",
4977 }
4978
4979 @Article{Raine91,
4980   author =       "A. R. C. Raine",
4981   title =        "Systolic loop methods for molecular dynamics
4982                  simulation, generalised for macromolecules",
4983   journal =      "Personal Communications",
4984   year =         "1991",
4985   volume =       "0",
4986   pages =        "0",
4987 }
4988
4989 @Article{Rao93,
4990   author =       "S. T. Rao and S. Wu and K. A. Satyshur and K. -Y. Ling
4991                  and C. Kung and M. Sundaralingam",
4992   title =        "Structure of {P}aramecium {T}etraurelia calmodulin at
4993                  1.8 {\AA} resolution",
4994   journal =      BTpsci,
4995   year =         "1993",
4996   volume =       "2",
4997   pages =        "436",
4998 }
4999
5000 @Article{Rao94,
5001   author =       "B. G. Rao and M. A. Murcko",
5002   title =        "Reversed Stereochemical Preference in Binding of {Ro}
5003                  31-8959 to {HIV}-1 Proteinase : {A} Free Energy
5004                  Perturbation Analysis",
5005   journal =      BTjcc,
5006   year =         "1994",
5007   volume =       "15",
5008   pages =        "1241--1253",
5009 }
5010
5011 @InCollection{Richards,
5012   author =       "F. M. Richards",
5013   title =        "Protein Folding",
5014   chapter =      "1",
5015   publisher =    "Freeman",
5016   year =         "1992",
5017   address =      "New York",
5018 }
5019
5020 @Article{Roberts95,
5021   author =       "J. E. Roberts and J. Schnitker",
5022   title =        "Boundary Conditions in Simulations of Aqueous Ionic
5023                   Solutions: A Systematic Study ",
5024   journal =      BTjpc,
5025   year =         "1995",
5026   volume =       "99",
5027   pages =        "1322--1331"
5028 }
5029
5030 @Article{Rose93,
5031   author =       "G. D. Rose and R. Wolfenden",
5032   title =        "Hydrogen bonding and hydrophobicity, packing and
5033                  protein folding",
5034   journal =      BTarbb,
5035   year =         "1993",
5036   volume =       "22",
5037   pages =        "381--415",
5038 }
5039
5040 @Article{Rossmann74,
5041   author =       "Michael G. Rossmann and Dino Moras and Kenneth W.
5042                  Olsen",
5043   title =        "Chemical and biological evolution of a
5044                  nucleotide-binding protein",
5045   journal =      BTnature,
5046   year =         "1974",
5047   volume =       "250",
5048   pages =        "194--199",
5049 }
5050
5051 @Article{Rudolph76,
5052   author =       "Rainer Rudolph and Rainer Jaenicke",
5053   title =        "Kinetics of Reassociation and Reactivation of
5054                  pig-muscle lactic dehydrogenase after acid
5055                  dissociation",
5056   journal =      BTejb,
5057   year =         "1976",
5058   volume =       "63",
5059   pages =        "409--417",
5060 }
5061
5062 @Article{Ryckaert77,
5063   author =       "J. P. Ryckaert and G. Ciccotti and H. J. C.
5064                  Berendsen",
5065   title =        "Numerical Integration of the Cartesian Equations of
5066                  Motion of a System with Constraints; Molecular Dynamics
5067                  of n-Alkanes",
5068   journal =      BTjcomp,
5069   year =         "1977",
5070   volume =       "23",
5071   pages =        "327--341",
5072 }
5073
5074 @Article{Ryckaert78,
5075   author =       "J. P. Ryckaert and A. Bellemans",
5076   title =        "Molecular dynamics of liquid alkanes",
5077   journal =      "Far. Disc. Chem. Soc.",
5078   year =         "1978",
5079   volume =       "66",
5080   pages =        "95--106",
5081 }
5082
5083 @Article{Sakarellos89,
5084   author =       {C. Sakarellos and I. P. Gerothanassis and
5085                   N. Birlirakis and T. Karayannis and
5086                   M. Sakarellos-Daitsiotis},
5087   title =        {$^{17}${O}-{NMR} Studies of the Conformational and
5088                   Dynamics Properties of Enkephalins in Aqueous and
5089                   Organic Solutions Using Selective Labeled Analogues},
5090   journal =      BTbiop,
5091   year =         1989,
5092   volume =       28,
5093   pages =        {15--26}
5094 }
5095
5096 @Article{Santis96,
5097   author =       {A. {De Santis} and D. Rocca},
5098   title =        {Evidence of nonadditive many-body terms in the water
5099                   potential},
5100   journal =      BTjcp,
5101   year =         1996,
5102   volume =       105,
5103   pages =        {7227--7230}
5104 }
5105
5106 @Article{Saraste90,
5107   author =       "Matti Saraste and Peter R. Sibbald and Alfred
5108                  Wittinghofer",
5109   title =        "The {P}-loop - a common motif in {ATP} and {GTP}
5110                  binding proteins",
5111   journal =      BTtibs,
5112   year =         "1990",
5113   volume =       "15",
5114   pages =        "430--434",
5115 }
5116
5117 @Article{Schafmeister93,
5118   author =       "Christian E. Schafmeister and Larry J. W. Miercke and
5119                  Robert M. Stroud",
5120   title =        "Structure at 2.5 {{\AA}} of a Designed Peptide That
5121                  Maintains Solubility of Membrane Proteins",
5122   journal =      BTsci,
5123   year =         "1993",
5124   volume =       "262",
5125   pages =        "734--738",
5126 }
5127
5128 @Article{Schaik93,
5129   author =       "R. C. van Schaik and H. J. C. Berendsen and A. E.
5130                  Torda and W. F. van Gunsteren",
5131   title =        "A structure refinement method based on molecular
5132                  dynamics in 4 spatial dimensions",
5133   journal =      BTjmb,
5134   year =         "1993",
5135   volume =       "234",
5136   pages =        "751--762",
5137 }
5138
5139 @InCollection{Scheek91,
5140   author =       "R. M. Scheek and A. E. Torda and J. Kemmink and W. F.
5141                  van Gunsteren",
5142   title =        "Structure determination by {NMR}: the modeling of
5143                  {NMR} parameters as ensemble averages",
5144   booktitle =    "Computational Aspects of the Study of Biological
5145                  Macromolecules by Nuclear Magnetic Resonance",
5146   publisher =    "Plenum Press",
5147   year =         "1991",
5148   editor =       "J. Hoch and F. M. Poulsen and C. Redfield",
5149   pages =        "209--217",
5150   address =      "New York",
5151 }
5152
5153 @Article{Schellman94,
5154   author =       "John. A. Schellman",
5155   title =        "The thermodynamics of solvent exchange",
5156   journal =      BTbiop,
5157   year =         "1994",
5158   volume =       "34",
5159   pages =        "1015--1026",
5160 }
5161
5162 @Book{Schmidt69,
5163   author =       {E. Schmidt},
5164   title =        {Properties of Water and Steam in {SI}-Units},
5165   publisher =    {Springer-Verlag},
5166   year =         1969,
5167   address =      {Berlin}
5168 }
5169
5170 @Article{Schreuder89,
5171   author =       "Herman A. Schreuder and Peter A. J. Prick and Rik K.
5172                  Wierenga and Gerrit Vriend and Keith S. Wilson and Wim
5173                  G. J. Hol and Jan Drenth",
5174   title =        "Crystal Structure of the p-Hydroxybenzoate
5175                  Hydroxylase-Substrate Complex Refined at 1.9 {{\AA}}
5176                  Resolution",
5177   journal =      BTjmb,
5178   year =         "1989",
5179   volume =       "208",
5180   pages =        "679--696",
5181 }
5182
5183 @Book{Schulz78,
5184   author =       "G. E. Schulz and R. H. Schirmer",
5185   title =        "Principles of Protein structure",
5186   publisher =    "Springer Verlag",
5187   address =      "New York",
5188   year =         "1978",
5189   pages =        "16--17",
5190 }
5191
5192 @Article{Schulz92,
5193   author =       "George E. Schulz",
5194   title =        "Binding of Nucleotides by proteins",
5195   journal =      BTcosb,
5196   year =         "1992",
5197   volume =       "2",
5198   pages =        "61--67",
5199 }
5200
5201 @Article{Serrano92a,
5202   author =       "Luis Serrano and Andreas Matouschek and Alan R.
5203                  Fersht",
5204   title =        "The Folding of an Enzyme. {VI}. The Folding Pathway of
5205                  Barnase: Comparison with Theoretical Models",
5206   journal =      BTjmb,
5207   year =         "1992",
5208   volume =       "224",
5209   pages =        "847--859",
5210 }
5211
5212 @Article{Shin93a,
5213   author =       "Hang-Cheol Shin and Gene Merutka and Jonathan P.
5214                  Waltho and H. Jane Dyson and Peter E. Wright",
5215   title =        "Peptide Models of Protein Folding Initiation Sites. 2.
5216                  The {G-H} Turn Region of Myoglobin acts as a Helix Stop
5217                  Signal",
5218   journal =      BTbioch,
5219   year =         "1993",
5220   volume =       "32",
5221   pages =        "6348--6355",
5222 }
5223
5224 @Article{Shin93b,
5225   author =       "Hang-Cheol Shin and Gene Merutka and Jonathan P.
5226                  Waltho and Linda L. Tennant and H. Jane Dyson and Peter
5227                  E. Wright",
5228   title =        "Peptide Models of Protein Folding Initiation Sites. 3.
5229                  The {G-H} Helical Hairpin of Myoglobin",
5230   journal =      BTbioch,
5231   year =         "1993",
5232   volume =       "32",
5233   pages =        "6356--6364",
5234 }
5235
5236 @Article{Sicheri95,
5237   author =       "F. Sicheri and D. S. C. Yang",
5238   title =        "Ice-binding structure and mechanism of an antifreeze
5239                  protein from winter flounder",
5240   journal =      BTnature,
5241   year =         "1995",
5242   volume =       "375",
5243   pages =        "427--431",
5244 }
5245
5246 @Article{Siivari95,
5247   author =       "K. Siivari and M. Zhang and A. G. {Palmer III} and H.
5248                  J. Vogel",
5249   title =        "{NMR} studies of the methionine methyl groups in
5250                  calmodulin",
5251   journal =      BTfebs,
5252   year =         "1995",
5253   volume =       "366",
5254   pages =        "104--108",
5255 }
5256
5257 @Article{Sijpkes93,
5258   author =       "A. H. Sijpkes and G. van der Kleut and S. C. Gill",
5259   title =        "Urea-diketopiperazine interactions: {A} model for urea
5260                  induced denaturation of proteins",
5261   journal =      BTbiopc,
5262   year =         "1993",
5263   volume =       "46",
5264   pages =        "171",
5265 }
5266
5267 @Article{Simonin90,
5268   author =       "Fr\'ed\'eric Simonin and Josiane {M\'enissier-de
5269                  Murcia} and Olivier Poch and Sylviane Muller and
5270                  G\'erard Gradwohl and Miguel Molinete and Carol Penning
5271                  and G\'erard Keith and Gilbert de Murcia",
5272   title =        "Expression and Site-directed Mutagenesis of the
5273                  Catalytic Domain of Human Poly({ADP}-ribose)polymerase
5274                  in {E}scherichia Coli",
5275   journal =      BTjbc,
5276   year =         "1990",
5277   volume =       "265",
5278   pages =        "19249--19256",
5279 }
5280
5281 @Article{Singh90,
5282   author =       "B. G. Rao \and U. C. Singh",
5283   title =        "A Free Energy Perturbation Study of Solvation in
5284                  Methanol and Dimethyl Sulfoxide",
5285   journal =      BTjacs,
5286   year =         "1990",
5287   volume =       "112",
5288   pages =        "3803",
5289 }
5290
5291 @Article{Sjolin90,
5292   author =       "L. Sjolin and L. A. Svensson and E. Prince and S.
5293                  Sundell",
5294   title =        "Phase improvement in the structure interpretation of
5295                  fragment {2C} from bull testis calmodulin using
5296                  combined entropy maximization and solvent flattening",
5297   journal =      BTacb,
5298   year =         "1990",
5299   volume =       "46",
5300   pages =        "209",
5301 }
5302
5303 @PhdThesis{Sok94,
5304   author =       "R. M. Sok",
5305   title =        "Permeation of small molecules across a polymer
5306                  membrane: a computer simulation study",
5307   school =       "University of Groningen, the Netherlands",
5308   year =         "1994",
5309 }
5310
5311 @Article{Soman91,
5312   author =       {K. V. Soman and A. Karimi and D. A. Case},
5313   title =        {Unfolding of an $\alpha$-helix in water},
5314   journal =      BTbiop,
5315   year =         1991,
5316   volume =       31,
5317   pages =        {1351--1361}
5318 }
5319
5320 @Article{Soman93,
5321   author =       "Kizhake V. Soman and Afshin Karimi and David A. Case",
5322   title =        "Molecular Dynamics Analysis of a Ribonuclease
5323                  {C}-Peptide Analogue",
5324   journal =      BTbiop,
5325   year =         "1993",
5326   volume =       "33",
5327   pages =        "1567--1580",
5328 }
5329
5330 @Article{Soper86,
5331   author =       {A. K. Soper and M. G. Phillips},
5332   title =        {A new determination of the structure of water at
5333                   25{$^o$C}},
5334   journal =      BTcp,
5335   year =         1986,
5336   volume =       107,
5337   pages =        {47--60}
5338 }
5339
5340 @Article{Soper97,
5341   author =       {A. K. Soper and F. Bruni and M. A. Ricci},
5342   title =        {Site-site pair correlation functions of water from
5343                   25 to 400$^o$ C: Revised analysis of new and old data},
5344   journal =      BTjcp,
5345   year =         1997,
5346   volume =       106,
5347   pages =        {247--254}
5348 }
5349
5350 @Article{Sosnick94,
5351   author =       "T. R. Sosnick and L. Mayne and R. Hiller and S. W.
5352                  Englander",
5353   title =        "The barriers in protein folding",
5354   journal =      BTnsb,
5355   year =         "1994",
5356   volume =       "1",
5357   pages =        "149--156",
5358 }
5359
5360 @Article{Speir95,
5361   author =       "Jeffrey A. Speir and Sanjeev Munshi and Guoji Wang and
5362                  Timothy S. Baker and John E. Johnson",
5363   title =        "Structures of the native and swollen forms of cowpea
5364                  chlorotic mottle virus determined by {X}-ray
5365                  crystallography and cryo-electron microscopy.",
5366   journal =      "Structure",
5367   year =         "1995",
5368   volume =       "3",
5369   pages =        "63--78",
5370 }
5371
5372 @Article{Spera91a,
5373   author =       "S. Spera and M. Ikura and A. Bax",
5374   title =        "Measurements of the exchange rates of rapidly
5375                  exchanging amide protons: Application to the study of
5376                  calmodulin and its complex with a myosin light chain
5377                  kinase fragment",
5378   journal =      BTjbnmr,
5379   year =         "1991",
5380   volume =       "1",
5381   pages =        "155--165",
5382 }
5383
5384 @Article{Spera91b,
5385   author =       "S. Spera and A. Bax",
5386   title =        "Empirical Correlation between Protein Backbone
5387                  Conformation and {C$_{\alpha}$} and {C$_{\beta}$}
5388                  $^{13}${C} Nuclear Magnetic Resonance Chemical Shifts",
5389   journal =      BTjacs,
5390   year =         "1991",
5391   volume =       "113",
5392   pages =        "5490--5492",
5393 }
5394
5395 @InCollection{Spoel95a,
5396   author =       "David van der Spoel and Herman J. C. Berendsen",
5397   title =        "Determination of proton transfer rate constants using
5398                  ab initio, molecular dynamics and density matrix
5399                  evolution calculations",
5400   editor =       "L. Hunter and T. Klein",
5401   pages =        "634--648",
5402   booktitle =    "Pacific Symposium on Biocomputing 1996",
5403   year =         "1995",
5404   publisher =    "World Scientific",
5405   address =      "Singapore",
5406 }
5407
5408 @Article{Spoel96a,
5409   author =       {David van der Spoel and Bert L. de
5410                   Groot and Steven Hayward and Herman J. C. Berendsen
5411                   and Hans J. Vogel},
5412   title =        {Bending of the Calmodulin Central Helix: A
5413                   Theoretical Study},
5414 journal =        BTpsci,
5415 year    =        1996,
5416 volume = 5,
5417 pages = {2044--2053}
5418 }
5419
5420 @Article{Spoel96b,
5421   author =       {David van der Spoel and Hans J. Vogel and Herman
5422                   J. C. Berendsen},
5423   title =        {Molecular Dynamics Simulations of {N}-terminal Peptides from a Nucleotide Binding Protein},
5424   journal =      BTprot,
5425   year =         1996,
5426   volume =       24,
5427   pages =        {450--466}
5428 }
5429
5430 @article{Spoel96c,
5431   author =       "David van der Spoel and Aldert R.  van Buuren and
5432                   D.  Peter Tieleman and Herman J. C.  Berendsen",
5433   title =        "Molecular Dynamics Simulations of Peptides from
5434                   {BPTI}: A Closer Look at Amide-Aromatic
5435                   Interactions.",
5436   year =         1996,
5437   journal =      BTjbnmr,
5438   volume =        8,
5439   pages =       {229--238}
5440 }
5441
5442 @Article{Spoel96d,
5443   author =       "David van der Spoel and K. Anton Feenstra and Marcus
5444                   A. Hemminga and Herman J. C. Berendsen",
5445   title =        "Molecular Modelling of the {RNA} Binding
5446                   {N}-terminal part of {CCMV} coat protein in Solution
5447                   with Phosphate Ions",
5448   journal = BTbj,
5449   year     = 1996,
5450   volume   = 71,
5451   pages    = {2920-2932}
5452 }
5453
5454 @PhdThesis{Spoel96t,
5455   author =       {David van der Spoel},
5456   title =        {Structure and dynamics of peptides: theoretical
5457                   aspects of protein folding},
5458   school =       {University of Groningen},
5459   year =         1996
5460 }
5461
5462 @Article{Spoel97a,
5463   author  =      {D. van der Spoel and H. J. C. Berendsen},
5464   title   =      {Molecular Dynamics Simulations of {Leu}-Enkephalin in
5465                   water and {DMSO}},
5466   year    = 1997,
5467   journal = BTbj,
5468   volume  = 72,
5469   pages   = {2032-2041}
5470 }
5471
5472 @Article{Srini95,
5473   author =       {R. Srinivasan and G. D. Rose},
5474   title =        {{LINUS}: A hierarchic procedure to predict the fold
5475                   of a protein},
5476   journal =      BTprot,
5477   year =         1995,
5478   volume =       22,
5479   pages =        {81--99}
5480 }
5481
5482 @Article{Staib95,
5483   author =       "A. Staib and D. Borgis and J. T. Hynes",
5484   title =        "Proton Transfer in Hydrogen-bonded acid-base complexes
5485                  in polar solvents",
5486   journal =      BTjcp,
5487   year =         "1995",
5488   volume =       "102",
5489   pages =        "2487--2505",
5490 }
5491
5492 @Article{Stanton95,
5493   author =       "R. V. Stanton and K. M. {Merz Jr.}",
5494   title =        "Density functional study of symmetric proton
5495                  transfers",
5496   journal =      BTjcp,
5497   year =         "1995",
5498   volume =       "101",
5499   pages =        "6658--6665",
5500 }
5501
5502 @Article{Steinhauser92,
5503   author =       {O. Steinhauser and H. Schreiber},
5504   title =        {Taming cut-off induced artifacts in molecular
5505                   dynamics studies of solvated polypeptides, the
5506                   reaction field method},
5507   journal =      BTjmb,
5508   year =         1992,
5509   volume =       228,
5510   pages =        {909--923}
5511 }
5512
5513 @Article{Stimson79,
5514   author =       {E. R. Stimson and Y. C. Meinwald and H. A. Scheraga},
5515   title =        {Solution Conformation of Enkephalin. A Nuclear
5516                   Magnetic Resonance Study of $^{13}${C}-Enriched
5517                   Carbonyl Carbons in [{Leu}$^5$]-enkephalin},
5518   journal =      BTbioch,
5519   year =         1979,
5520   volume =       18,
5521   pages =        {1661--1671}
5522 }
5523
5524 @Article{Stockli90,
5525   author =       "A. Stockli and B. H. Meier and R. Kreis and R. Meyer
5526                  and R. R. Ernst",
5527   title =        "Hydrogen bond dynamics in isotopically substituted
5528                  benzoic acid dimers",
5529   journal =      BTjcp,
5530   year =         "1990",
5531   volume =       "93",
5532   pages =        "1502--1520",
5533 }
5534
5535 @Article{Storch95,
5536   author =       "E. M. ~Storch and V. ~Daggett",
5537   title =        "Molecular Dynamics Simulation of Cytochrome b5:
5538                   Implications  for Protein-Protein Recognition",
5539   journal =      "Biochemistry",
5540   year =         "1995",
5541   volume =       "34",
5542   pages =        "9682--9693",
5543 }
5544
5545 @PhdThesis{Straatsma87,
5546   author =       "T. P. Straatsma",
5547   title =        "Free energy evaluation by Molecular Dynamics
5548                  Simulations",
5549   school =       "Rijks Universiteit Groningen",
5550   year =         "1987",
5551 }
5552
5553 @Article{Straatsma88,
5554   author =       "T. P. Straatsma and H. J. C. Berendsen",
5555   title =        "Free energy of ionic hydration: Analysis of a
5556                  thermodynamic integration technique to evaluate free
5557                  energy differences by molecular dynamics simulation",
5558   journal =      BTjcp,
5559   year =         "1988",
5560   volume =       "89",
5561   pages =        "5876--5886",
5562 }
5563
5564 @Article{Stroup90,
5565   author =       "Adam N. Stroup and Lila M. Gierasch",
5566   title =        "Reduced tendency to form a {$\beta$} Turn in Peptides
5567                  from the {P22} Tailspike protein correlates with a
5568                  temperature-sensitive folding defect",
5569   journal =      BTbioch,
5570   year =         "1990",
5571   volume =       "29",
5572   pages =        "9765--9771",
5573 }
5574
5575 @Article{Struis87,
5576   author =       "R. P. W. J. Struis and J. de Bleijser and J. C. Leyte",
5577   title =        "Dynamic Behavior and Some of the Molecular
5578                   Properties of Water molecules in Pure Water and in
5579                   {MgCl$_2$} Solutions",
5580   journal =      BTjpc,
5581   year =         "1987",
5582   volume =       "91",
5583   OPTnumber =    "",
5584   pages =        "1639--1645",
5585   OPTmonth =     "",
5586   OPTremark =    "Water, 25 C
5587                   \tau_{HO} = 1.96 ps, \tau_O = 2.03 (with r_{HO}=0.98 A)
5588                   \tau_{HO} = 1.94 ps, \tau_O = 1.93 (with \tau_{HO}=\tau_D)",
5589   OPTfolder =    "NMR",
5590 }
5591
5592 @InBook{Stryer88,
5593   author =       "L. Stryer",
5594   title =        "Biochemistry",
5595   pages =        "211",
5596   publisher =    "Freeman",
5597   year =         "1988",
5598   volume =       "1",
5599   address =      "New York",
5600   edition =      "3",
5601 }
5602
5603 @Article{Strynadka88,
5604   author =       "N. C. J. Strynadka and M. N. G. James",
5605   title =        "Two trifluoperazine-binding sites on calmodulin
5606                  predicted from comparative molecular modelling with
5607                  troponin-{C}",
5608   journal =      BTprot,
5609   year =         "1988",
5610   volume =       "3",
5611   pages =        "1",
5612 }
5613
5614
5615 @Article{Sun94,
5616   author =       "H. Sun and J. Mumby and J. R. Maple and A. T. Hagler",
5617   title =        "An ab Initio {CFF}93 All-Atom Force Field for
5618                  Polycarbonates",
5619   journal =      BTjacs,
5620   year =         "1994",
5621   volume =       "116",
5622   pages =        "2978--2987",
5623 }
5624
5625 @Article{Sung96,
5626   author =       {S-S. Sung and X-W. Wu},
5627   title =        {Molecular Dynamics Simulations of Synthetic Peptide Folding},
5628   journal =      BTprot,
5629   year =         1996,
5630   volume =       25,
5631   pages =        {202--214}
5632 }
5633
5634 @Article{Surewicz88,
5635   author =       {W. K. Surewicz and H. H. Mantsch},
5636   title =        {Solution and Membrane Structure of Enkephalins as
5637                   Studied by Infrared Spectroscopy},
5638   journal =      BTbbrc,
5639   year =         1988,
5640   volume =       150,
5641   pages =        {245--251}
5642 }
5643
5644 @Article{Svishchev93,
5645   author =       {I. M. Svishchev and P. G. Kusalik},
5646   title =        {Proton Chemical Shift of Water in the Liquid State:
5647                   Computer Simulation Results},
5648   journal =      BTjacs,
5649   year =         1993,
5650   volume =       115,
5651   pages =        {8270--8274}
5652 }
5653
5654 @Article{Svishchev94,
5655   author =       {I. M. Svishchev and P. G. Kusalik},
5656   title =        {Dynamics in Liquid {H$_2$O}, {D$_2$O} and {T$_2$O}:
5657                   A comparitive simulation study},
5658   journal =      BTjpc,
5659   year =         1994,
5660   volume =       98,
5661   pages =        {728--733}
5662 }
5663
5664 @article{Swope82,
5665         author = {Swope, W. C. and Andersen, H. C. and Berens, P. H. and Wilson, K. R.},
5666         title = {A computer-simulation method for the calculation of equilibrium-constants for the formation of physical clusters of molecules: Application to small water clusters},
5667         journal = BTjcp,
5668         volume = 76,
5669         pages = {637--649},
5670         year = 1982
5671 }
5672
5673 @Article{Takano77,
5674   author =       "T. Takano",
5675   title =        "Structure of Myoglobin at 2.0{{\AA}} Resolution. {I}.
5676                  Crystallographic Refinement of Metmyoglobin from Sperm
5677                  Whale",
5678   journal =      BTjmb,
5679   year =         "1977",
5680   volume =       "110",
5681   pages =        "537--568",
5682 }
5683
5684 @Article{Taylor91,
5685   author =       "D. A. Taylor and J. S. Sack and J. F. Maune and K.
5686                  Beckingham and F. A. Quiocho",
5687   title =        "Structure of a recombinant calmodulin from
5688                  {D}rosophila {M}elanogaster refined at 2.2 {{\AA}}
5689                  resolution",
5690   journal =      BTjbc,
5691   year =         "1991",
5692   volume =       "266",
5693   pages =        "21375",
5694 }
5695
5696 @Article{Teixeira85,
5697   author =       {J. Teixeira and {M.-C.} Bellissent-Funel and
5698                   S. H. Chen and A. J. Dianoux},
5699   title =        {Experimental determination of the nature of
5700                   diffusive motions of water molecules at low temperatures},
5701   journal =      BTpra,
5702   year =         1985,
5703   volume =       31,
5704   pages =        {1913--1917}
5705 }
5706
5707 @Article{Terwilliger82,
5708   author =       "T. C. Terwilliger and D. Eisenberg",
5709   title =        "The structure of melittin. {I}. {S}tructure
5710                  determination and partial refinement.",
5711   journal =      BTjbc,
5712   year =         "1982",
5713   volume =       "257",
5714   pages =        "6010--6015",
5715 }
5716
5717 @Article{Thayer93,
5718   author =       "M. M. Thayer and R. C. Haltiwanger and V. S. Allured
5719                  and S. C. Gill and S. J. Gill",
5720   title =        "Peptide-urea interactions as observed in
5721                  diketopiperazine-urea cocrystal",
5722   journal =      BTbiopc,
5723   year =         "1993",
5724   volume =       "46",
5725   pages =        "165",
5726 }
5727
5728 @Article{Thole83,
5729   author =       "B. T. Thole and P. Th. van Duijnen",
5730   title =        "A General Population Analysis Preserving the Dipole
5731                  Moment",
5732   journal =      BTtchim,
5733   year =         "1983",
5734   volume =       "63",
5735   pages =        "209",
5736 }
5737
5738 @InCollection{Thompson95,
5739   author =       {M. A. Thompson and G. K. Schenter},
5740   title =        {Excited States of the Chromophores of the
5741                   Photosynthetic reaction center from {\em
5742                   Rhodopseudomonas Viridis}. A {QM/MM} study that
5743                   includes {MM} polarization},
5744   booktitle =    {Pacific Symposium on Biocomputing 1996},
5745   publisher =    {World Scientific},
5746   year =         1995,
5747   editor =       {L. Hunter and T. E. Klein},
5748   address =      {Singapore},
5749   pages =        {754--755}
5750 }
5751
5752 @InCollection{Thornton92,
5753   author =       {J. M. Thornton},
5754   title =        {Protein Structures: The End Point of the Folding Pathway},
5755   booktitle =    {Protein Folding},
5756   publisher =    {Freeman},
5757   year =         1992,
5758   editor =       {T. E. Creighton},
5759   pages =        {59--81}
5760 }
5761
5762 @Article{Tieleman96,
5763   author =       {D. P. Tieleman and H. J. C. Berendsen},
5764   title =        {Molecular Dynamics Simulations of a fully hydrated
5765                   dipalmitoylphosphatidylcholine bilayer with
5766                   different macroscopic conditions and parameters},
5767   journal =      BTjcp,
5768   year =         1996,
5769   volume =       105,
5770   pages =        {4871--4880}
5771 }
5772
5773 @Article{Timasheff92,
5774   author =       "S. N. Timasheff",
5775   title =        "Solvent effects on protein stability",
5776   journal =      BTcosb,
5777   year =         "1992",
5778   volume =       "2",
5779   pages =        "35--39",
5780 }
5781
5782 @Article{Tirado91,
5783   author =       "Julian Tirado-Rives and W. L. Jorgensen",
5784   title =        "Molecular Dynamics Simulations of the Unfolding of an
5785                  {$\alpha$}-Helical Analogue of Ribonuclease {A}
5786                  {S}-Peptide in Water",
5787   journal =      BTbioch,
5788   year =         "1991",
5789   volume =       "30",
5790   pages =        "3864--3871",
5791 }
5792
5793 @Article{Tirado93,
5794   author =       "Julian Tirado-Rives and William L. Jorgensen",
5795   title =        "Molecular Dynamics Simulations of the Unfolding of
5796                  Apomyoglobin in Water",
5797   journal =      BTbioch,
5798   year =         "1993",
5799   volume =       "33",
5800   pages =        "4175--4184",
5801 }
5802
5803 @Article{Tironi94,
5804   author =       "I. G. Tironi and W. F. van Gunsteren",
5805   title =        "A Molecular Dynamics Study of Chloroform",
5806   journal =      BTmph,
5807   year =         "1994",
5808   volume =       "83",
5809   pages =        "381--403",
5810 }
5811
5812 @Article{Tironi95,
5813   author =       "I. G. Tironi and R. Sperb and P. E. Smith and W. F.
5814                  van Gunsteren",
5815   title =        "A generalized reaction field method for molecular
5816                  dynamics simulations",
5817   journal =      BTjcp,
5818   year =         "1995",
5819   volume =       "102",
5820   pages =        "5451--5459",
5821 }
5822
5823 @Article{Tisi95,
5824   author =       "L. C. Tisi and P. A. Evans",
5825   title =        "Conserved Structural Features on Protein Surfaces:
5826                  Small Exterior Hydrophobic Clusters",
5827   journal =      BTjmb,
5828   year =         "1995",
5829   volume =       "249",
5830   pages =        "251--258",
5831 }
5832
5833 @Article{Tissen94a,
5834   author =       "J. T. W. M. Tissen and J. G. E. M. Fraaije and J.
5835                  Drenth and H. J. C. Berendsen",
5836   title =        "Mesoscopic theories for protein crystal growth",
5837   journal =      "Acta Crystallographica",
5838   year =         "1994",
5839   volume =       D50,
5840   pages =        "569",
5841 }
5842
5843 @Article{Tissen94b,
5844   author =       "J. T. W. M. Tissen and J. Drenth and H. J. C.
5845                  Berendsen and J. G. E. M. Fraaije",
5846   title =        "Microhydrodynamics simulation of protein
5847                  crystallization. {I}. Static calculations",
5848   journal =      "Biophys. J.",
5849   year =         "1994",
5850   volume =       "67",
5851   pages =        "1801--1805",
5852 }
5853
5854 @Article{TitlesOn,
5855   author =       "Jan",
5856   title =        "Een title",
5857   journal =      BTjmb,
5858   year =         "1",
5859   volume =       "1",
5860   pages =        "1--2",
5861 }
5862
5863 @Article{Tjandra95,
5864   author =       "N. Tjandra and H. Kuboniwa and H. Ren and A. Bax",
5865   title =        "Rotational dynamics of calcium-free calmodulin studied
5866                  by $^{15}${N-NMR} relaxation measurements",
5867   journal =      BTejb,
5868   year =         "1995",
5869   volume =       "230",
5870   pages =        "1014--1024",
5871 }
5872
5873
5874 @Article{Tobias91,
5875   author =       "Douglas J. Tobias and John E. Mertz and Charles L.
5876                  {Brooks III}",
5877   title =        "Nanosecond timescale folding dynamics of a
5878                  pentapaptide in water",
5879   journal =      BTbioch,
5880   year =         "1991",
5881   volume =       "30",
5882   pages =        "6054--6058",
5883 }
5884
5885 @Article{Tobias92,
5886   author =       "D. J. Tobias and S. F. Sneddon and C. L. {Brooks
5887                  III}",
5888   title =        "Stability of a Model $\beta$-sheet in Water",
5889   journal =      BTjmb,
5890   year =         "1992",
5891   volume =       "227",
5892   pages =        "1244--1252",
5893 }
5894
5895 @Article{Torda89,
5896   author =       "A. E. Torda and R. M. Scheek and W. F. van Gunsteren",
5897   title =        "Time-dependent distance restraints in molecular
5898                  dynamics simulations",
5899   journal =      BTcpl,
5900   year =         "1989",
5901   volume =       "157",
5902   pages =        "289--294",
5903 }
5904
5905 @Article{Torda90,
5906   author =       {A. E. Torda and R. M. Scheek and W. F. van Gunsteren},
5907   title =        {Time-averaged Nuclear Overhauser Effect Distance
5908                   Restraints Applied to Tendamistat},
5909   journal =      BTjmb,
5910   year =         1990,
5911   volume =       214,
5912   pages =        {223--235}
5913 }
5914
5915 @Article{Torda93,
5916   author =       {A. E. Torda and R. M. Brunne and T. Huber and
5917                   H. Kessler and W. F. van Gunsteren},
5918   title =        {Structure refinement using time-averaged
5919                   {J}-coupling constant restraints},
5920   journal =      BTjbnmr,
5921   year =         1993,
5922   volume =       3,
5923   pages =        {55--66}
5924 }
5925
5926 @Article{Torda94,
5927   author =       "A. E. Torda and W. F. van Gunsteren",
5928   title =        "Algorithms for Clustering Molecular Dynamics
5929                  Configurations",
5930   journal =      BTjcc,
5931   year =         "1994",
5932   volume =       "15",
5933   number =       "12",
5934   pages =        "1331--1340",
5935 }
5936
5937 @Article{Torok92,
5938   author =       {K. T{\"o}r{\"o}k and A. N. Lane and S. R. Martin and
5939                   J. {-M}. Janot and P. M. Bayley},
5940   title =        {Effects of Calcium Binding on the Internal Dynamics
5941                   Properties of Bovine Brain Calmodulin Studied by
5942                   {NMR} and Optical Spectroscopy},
5943   journal =      BTbioch,
5944   year =         1992,
5945   volume =       31,
5946   pages =        {3452--3462}
5947 }
5948
5949 @Article{Tropp80,
5950   author =       {J. Tropp},
5951   title =        {Dipolar Relaxation and Nuclear Overhauser effects in
5952                   nonrigid molecules: The effect of fluctuating
5953                   internuclear distances},
5954   journal =      BTjcp,
5955   year =         1980,
5956   volume =       72,
5957   pages =        {6035--6043}
5958 }
5959
5960 @Article{Tropscha92,
5961   author =       "A. Tropscha and J. Hermans",
5962   title =        "{HIV}-1 protease complex with inhibitor, {TI} study",
5963   journal =      BTpeng,
5964   year =         "1992",
5965   volume =       "5",
5966   pages =        "29--33",
5967 }
5968
5969 @Article{Tsou88,
5970   author =       "Chen-Lu Tsou",
5971   title =        "Folding of the Nascent Peptide Chain into a
5972                  biologically Active Protein",
5973   journal =      BTbioch,
5974   year =         "1988",
5975   volume =       "27",
5976   pages =        "1807--1812",
5977 }
5978
5979 @Article{Tuchsen87,
5980   author =       {E. T{\"u}chsen and C. Woodward},
5981   title =        {Assignment of Asparagine-44 Side-Chain Primary Amide
5982                   $^1${H} {NMR} Resonance and the Peptide Amide
5983                   {N}$^1${H} Resonance of Glycine-37 in Basic
5984                   Pancreatic Trypsin Inhibitor},
5985   journal =      BTbioch,
5986   year =         1987,
5987   volume =       26,
5988   pages =        {1918--1925}
5989 }
5990
5991 @Article{Tuckerman2006,
5992   author =       "M. E Tuckerman and J. Alejandre and R. L\'{o}pez-Rend\'{o}n and A. L. Jochim and G. J. Martyna",
5993   title =        {{A Liouville-operator derived measure-preserving integrator for molecular dynamics simulations in the isothermal-isobaric ensemble}},
5994   journal =      BTjpa,
5995   year =         "2006",
5996   volume =       "59",
5997   pages =        " 5629--5651",
5998 }
5999
6000 @Article{Tweedy90,
6001   author =       "Neil B. Tweedy and Mark R. Hurle and Boris A. Chrunyk
6002                  and C. Robert Matthews",
6003   title =        "Multiple Replacements at Position 211 in the
6004                  {$\alpha$} subunit of Tryptophan synthase as a probe of
6005                  the folding unit association reaction",
6006   journal =      BTbioch,
6007   year =         "1990",
6008   volume =       "29",
6009   pages =        "1539--1545",
6010 }
6011
6012 @Article{Udgaonkar88,
6013   author =       "Jayant B. Udgaonkar and Robert L. Baldwin",
6014   title =        "{NMR} evidence for an early framework intermediate on
6015                  the folding pathway of ribonuclease {A}",
6016   journal =      BTnature,
6017   year =         "1988",
6018   volume =       "335",
6019   pages =        "694--699",
6020 }
6021
6022
6023 @Article{Verlet67,
6024   author =       "L. Verlet.",
6025   title =        {{Computer experiments on classical fluids. I. Thermodynamical properties of Lennard-Jones molecules}},
6026   journal =      "Phys. Rev.",
6027   year =         "1967",
6028   volume =       "159",
6029   pages =        "98--103",
6030 }
6031
6032 @Article{Vesterman89,
6033   author =       {B. Vesterman and J. Saulitis and J. Betins and
6034                   E. Liepins and G. V. Nikiforovich},
6035   title =        {{Dynamic Space Structure of the Leu-Enkephalin
6036                   molecule in DMSO Solution}},
6037   journal =      BTbba,
6038   year =         1989,
6039   volume =       998,
6040   pages =        {204--209}
6041 }
6042
6043 @Article{Vieth94a,
6044   author =       {M. Vieth and A. Kolinski and C. L. {Brooks III} and
6045                   J. Skolnick},
6046   title =        {Prediction of the Folding Pathways and Structure of
6047                   the {GCN}4 Leucine Zipper},
6048   journal =      BTjmb,
6049   year =         1994,
6050   volume =       237,
6051   pages =        {361--367}
6052 }
6053
6054 @Article{Vogel94a,
6055   author =       "H. J. Vogel",
6056   title =        "Calmodulin: a versatile calcium mediator protein",
6057   journal =      BTbcb,
6058   year =         "1994",
6059   volume =       "72",
6060   pages =        "357--376",
6061 }
6062
6063 @Article{Vogel95a,
6064   author =       "H. J. Vogel and M. Zhang",
6065   title =        "Protein engineering and {NMR} studies of calmodulin",
6066   journal =      BTmcb,
6067   year =         "1995",
6068   volume =       "149/150",
6069   pages =        "3--15",
6070 }
6071
6072 @Article{Vorherr92,
6073   author =       "T. Vorherr and O. Kessler and A. Mark and E.
6074                  Carafoli",
6075   title =        "Construction and molecular dynamics simulation of
6076                  calmodulin in the extended and in a bent conformation",
6077   journal =      BTejb,
6078   year =         "1992",
6079   volume =       "204",
6080   pages =        "931--937",
6081 }
6082
6083 @Article{Vrielink91,
6084   author =       "Alice Vrielink and Lesley F. Lloyd and David M. Blow",
6085   title =        "Crystal Structure of Cholesterol Oxidase from
6086                  Brevibacterium sterolicum Refined at 1.8 {{\AA}}
6087                  Resolution",
6088   journal =      BTjmb,
6089   year =         "1991",
6090   volume =       "219",
6091   pages =        "533--554",
6092 }
6093
6094 @Article{Vriend81,
6095   author =       "G. Vriend and M. A. Hemminga and B. J. M. Verduin and
6096                  J. L. de Wit and T. J. Schaafsma",
6097   title =        "Segmental Mobility Involved in Protein-{RNA}
6098                  Interaction in Cowpea Chlorotic Mottle Virus",
6099   journal =      BTfebs,
6100   year =         "1981",
6101   volume =       "134",
6102   pages =        "167--171",
6103 }
6104
6105 @Article{Vriend82,
6106   author =       "G. Vriend and B. J. M. Verduin and M. A. Hemminga and
6107                  T. J. Schaafsma",
6108   title =        "Mobility involved in protein-{RNA} interaction in
6109                  spherical plant viruses, studied by nuclear magnetic
6110                  resonance spectroscopy",
6111   journal =      BTfebs,
6112   year =         "1982",
6113   volume =       "145",
6114   pages =        "49--52",
6115 }
6116
6117 @Article{Vriend86,
6118   author =       "G. Vriend and B. J. M. Verduin and M. A. Hemminga",
6119   title =        "Role of the {N}-terminal Part of the Coat Protein in
6120                  the Assembly of Cowpea Chlorotic Mottle Virus",
6121   journal =      BTjmb,
6122   year =         "1986",
6123   volume =       "191",
6124   pages =        "453--460",
6125 }
6126
6127 @Article{Vuister92,
6128   author =       "G. W. Vuister and F. Delaglio and A. Bax",
6129   title =        "An Empirical Correlation between
6130                  {$^1$J$_{{C\alpha}{H\alpha}}$} and Protein Backbone
6131                  Conformation",
6132   journal =      BTjacs,
6133   year =         "1992",
6134   volume =       "114",
6135   pages =        "9674--9675",
6136 }
6137
6138 @Article{Vuister93,
6139   author =       {G. W. Vuister and A. Bax},
6140   title =        {Quantitative {J} Correlation: A New Approach for
6141                   Measuring Homonuclear Three-Bond
6142                   {J(H$^N$-H$^{\alpha}$)} Coupling Constants in
6143                   {$^{15}$N}-Enriched Proteins},
6144   journal =      BTjacs,
6145   year =         1993,
6146   volume =       115,
6147   pages =        {7772--7777}
6148 }
6149
6150 @Article{Wagner93a,
6151   author =       "G. Wagner",
6152   title =        "{NMR} relaxation and protein mobility",
6153   journal =      BTcb,
6154   year =         "1993",
6155   volume =       "3",
6156   pages =        "748--754",
6157 }
6158
6159 @Article{Wall92,
6160   author =       "C. G. Wall and E. F. Healy and M. A. Fox",
6161   title =        "Peptide Conformational Analysis Using the {TRIPOS}
6162                  Force Field",
6163   journal =      BTijqc,
6164   year =         "1992",
6165   volume =       "44",
6166   pages =        "543--548",
6167 }
6168
6169 @Article{Wallqvist91,
6170   author =       {A. Wallqvist and O. Teleman},
6171   title =        {Properties of flexible water models},
6172   journal =      BTmph,
6173   year =         1991,
6174   volume =       74,
6175   pages =        {515--533}
6176 }
6177
6178 @Article{Walse96,
6179   author =       {B. Walse and M. Ullner and C. Lindbladh and
6180                   L. B{\"u}low and T. Drakenberg and O. Teleman},
6181   title =        {Structure of a cyclic peptide with a catalytic
6182                   triad, determined by computer simulation and {NMR}
6183                   spectroscopy},
6184   journal =      BTjcaid,
6185   year =         1996,
6186   volume =       10,
6187   pages =        {11--22}
6188 }
6189
6190 @Article{Waltho93,
6191   author =       "Jonathan P. Waltho and Victoria A. Feher and Gene
6192                  Merutka and H. Jane Dyson and Peter E. Wright",
6193   title =        "Peptide Models of Protein Folding Initiation Sites. 1.
6194                  Secondary Structure Formation by Peptides Corresponding
6195                  to the {G}- and {H}-Helices of Myoglobin",
6196   journal =      BTbioch,
6197   year =         "1993",
6198   volume =       "32",
6199   pages =        "6337--6347",
6200 }
6201
6202 @Article{Watanabe89,
6203   author =       {K. Watanabe and M. L. Klein},
6204   title =        {Effective pair potentials and the properties of water},
6205   journal =      BTcp,
6206   year =         1989,
6207   volume =       131,
6208   pages =        {157--167}
6209 }
6210
6211 @Article{Watts74,
6212   author =       {R. O. Watts},
6213   title =        {Monte Carlo Studies of Liquid Water},
6214   journal =      BTmph,
6215   year =         1974,
6216   volume =       28,
6217   pages =        {1069--1083}
6218 }
6219
6220 @Article{Wei89,
6221   author =       {D. Wei and G. N. Patey},
6222   title =        {Rotational Motion in molecular liquids},
6223   journal =      BTjcp,
6224   year =         1989,
6225   volume =       91,
6226   pages =        {7113--7129}
6227 }
6228
6229 @Article{Weiner86,
6230   author =       "S. J. Weiner and P. A. Kollman and D. T. Nguyen and
6231                   D. A. Case",
6232   title =        "An All Atom Force Field for Simulation of Proteins
6233                   and Nucleic Acids",
6234   journal =      BTjcc,
6235   year =         "1986",
6236   volume =       "7",
6237   pages =        "230--252",
6238 }
6239
6240 @Article{Weingartner82,
6241   author =       {H. Weing{\"a}rtner},
6242   title =        {Self diffusion in Liquid Water. A Reassessment},
6243   journal =      {Zeit. Phys. Chem. Neue Folge},
6244   year =         1982,
6245   volume =       132,
6246   pages =        {129--149}
6247 }
6248
6249 @Article{Weinstein94,
6250   author =       "H. Weinstein and E. L. Mehler",
6251   title =        "Ca$^{2+}$-binding and structural dynamics in the
6252                  functions of calmodulin",
6253   journal =      BTarp,
6254   year =         "1994",
6255   volume =       "56",
6256   pages =        "213--236",
6257 }
6258
6259 @Article{Weissman95,
6260   author =       "J. S. Weissman",
6261   title =        "All roads lead to Rome? The multiple pathways of
6262                  protein folding",
6263   journal =      BTcb,
6264   year =         "1995",
6265   volume =       "2",
6266   pages =        "255--260",
6267 }
6268
6269 @Article{Wennberg13,
6270   author =       "C. L. Wennberg and T. Murtola and B. Hess and E. Lindahl ",
6271   title =        {{Lennard-Jones Lattice Summation in Bilayer Simulations Has
6272                  Critical Effects on Surface Tension and Lipid Properties}},
6273   journal =      BTjctc,
6274   year =         "2013",
6275   volume =       "9",
6276   pages =        "3527--3537",
6277 }
6278
6279 @Article{Widmalm92,
6280   author =       {G. Widmalm and R. W. Pastor},
6281   title =        {{Comparison of Langevin and Molecular Dynamics Simulations}},
6282   journal =      BTjcsft,
6283   year =         1992,
6284   volume =       88,
6285   pages =        {1747--1754}
6286 }
6287
6288 @Article{Widom63,
6289   author =       "B. Widom",
6290   title =        "{I} Forgot",
6291   journal =      BTjcp,
6292   year =         "1963",
6293   volume =       "39",
6294   pages =        "2808--2812",
6295 }
6296
6297 @Article{Wierenga85,
6298   author =       "R. K. Wierenga and M. C. H. de Maeyer and W. G. J.
6299                  Hol",
6300   title =        "Interaction of Phosphate Moieties with
6301                  {$\alpha$}-helices in Dinucleotide Binding Proteins",
6302   journal =      BTbioch,
6303   year =         "1985",
6304   volume =       "24",
6305   pages =        "1346--1357",
6306 }
6307
6308 @Article{Wierenga86,
6309   author =       "R. K. Wierenga and P. Terpstra and W. G. J. Hol",
6310   title =        "Prediction of the occurence of the {ADP}-binding
6311                  $\beta\alpha\beta$-fold in Proteins, Using an Amino
6312                  Acid Sequence Fingerprint",
6313   journal =      BTjmb,
6314   year =         "1986",
6315   volume =       "187",
6316   pages =        "101--107",
6317 }
6318
6319 @Article{Williams96,
6320   author =       {S. Williams and T. P. Casgrove and R. Gilmanshin and
6321                   K. S. Fang and R. H. Callender and W. H. Woodruff
6322                   and R. B. Dyer},
6323   title =        {Fast Events in Protein Folding: Helix Melting and
6324                   Formation in a Small Peptide},
6325   journal =      BTbioch,
6326   year =         1996,
6327   volume =       35,
6328   pages =        {691--697}
6329 }
6330
6331 @Article{Williamson92,
6332   author =       "M. P. Williamson and J. P. Waltho",
6333   title =        "Peptide Structure from {NMR}",
6334   journal =      BTcsr,
6335   year =         "1992",
6336   volume =       "0",
6337   pages =        "227--236",
6338 }
6339
6340 @Article{Williamson93a,
6341   author =       "M. P. Williamson and T. Asakura",
6342   title =        "Empirical Comparisons of Models for Chemical-Shift
6343                  Calculation in Proteins.",
6344   journal =      BTjmagb,
6345   year =         "1993",
6346   volume =       "101",
6347   pages =        "63--71",
6348 }
6349
6350 @Article{Wishart94a,
6351   author =       "D. S. Wishart and B. D. Sykes",
6352   title =        "Chemical Shifts as a Tool for Structure
6353                  Determination",
6354   journal =      BTmie,
6355   year =         "1994",
6356   volume =       "239",
6357   pages =        "363--391",
6358 }
6359
6360 @Article{Wlodawer87,
6361   author =       "A. Wlodawer and J. Nadchman and G. L. Gilliland and W.
6362                  Gallagher and C. Woodward",
6363   title =        "Structure of Form {III} Crystals of bovine pancreatic
6364                  trypsin inhibitor",
6365   journal =      BTjmb,
6366   year =         "1987",
6367   volume =       "198",
6368   pages =        "469--480",
6369 }
6370
6371 @Article{Woody95,
6372   author =       "R. W. Woody",
6373   title =        "Cicular Dichroism",
6374   journal =      BTmie,
6375   year =         "1995",
6376   volume =       "246",
6377   pages =        "34--70",
6378 }
6379
6380 @Article{Worth95,
6381   author =       {G. A. Worth and R. C. Wade},
6382   title =        {The Aromatic-(i+2) Amine Interaction in Peptides},
6383   journal =      BTjpc,
6384   year =         1995,
6385   volume =       99,
6386   pages =        {17473--17482}
6387 }
6388
6389 @Article{Wright88,
6390   author =       "Peter E. Wright and H. Jane Dyson and Richard A.
6391                  Lerner",
6392   title =        "Conformation of peptide fragments of proteins in
6393                  aqueous solution: Implications for initiation of
6394                  protein folding",
6395   journal =      BTbioch,
6396   year =         "1988",
6397   volume =       "27",
6398   pages =        "7167--7175",
6399 }
6400
6401 @Article{Wubs,
6402   author =       "F. W. Wubs and E. D. de Goede",
6403   title =        "An explicit-implicit method for a class of
6404                  time-dependent partial differential equations",
6405   journal =      "Applied Numerical Mathematics",
6406   year =         "1992",
6407   volume =       "9",
6408   pages =        "157",
6409 }
6410
6411 @Article{YKim90,
6412   author =       {Y. Kim and J. H. Prestegard},
6413   title =        {Refinement of {NMR} Structures for Acyl Carrier
6414                   Protein With Scalar Coupling Data},
6415   journal =      BTprot,
6416   year =         1990,
6417   volume =       8,
6418   pages =        {377--385}
6419 }
6420
6421 @Article{YWang96,
6422   author =       {Y. Wang and K. Kuczera},
6423   title =        {Molecular Dynamics Simulations of Cyclic and Linear
6424                   {DPDPE}: Influence of the Disulfide Bond on Peptide
6425                   Flexibility},
6426   journal =      BTjpc,
6427   year =         1996,
6428   volume =       100,
6429   pages =        {2555--2563}
6430 }
6431
6432 @Article{YZhang94,
6433   author =       {Y. Zhang and R. W. Pastor},
6434   title =        {A Comparison of Methods for Computing Transition
6435                   Rates From Molecular Dynamics Simulation},
6436   journal =      BTmsim,
6437   year =         1994,
6438   volume =       13,
6439   pages =        {25--38}
6440 }
6441
6442 @Article{Yamamoto60,
6443   author =       "T. Yamamoto",
6444   title =        "",
6445   journal =      BTjcp,
6446   year =         "1960",
6447   volume =       "33",
6448   pages =        "281",
6449 }
6450
6451 @Article{Yoneya,
6452   author =       "M. Yoneya and H. J. C. Berendsen and K. Hirasawa",
6453   title =        "A non-iterative matrix method for constraint molecular
6454                  dynamics simulations",
6455   journal =      BTmsim,
6456   year =         "1994",
6457   volume =       "13",
6458   pages =        "395--405",
6459 }
6460
6461 @Article{Yoneya94,
6462   author =       "M. Yoneya and H. J. C. Berendsen and K. Hirasawa",
6463   title =        "A non-iterative matrix method for constraint molecular
6464                  dynamics simulations",
6465   journal =      BTmsim,
6466   year =         "1994",
6467   volume =       "13",
6468   pages =        "395--405",
6469 }
6470
6471 @Article{Young95,
6472   author =       "W. S. Young and C. L. {Brooks III}",
6473   title =        "Dynamic Load Balancing Algorithms for Replicated Data
6474                  Molecular Dynamics",
6475   journal =      BTjcc,
6476   year =         "1995",
6477   volume =       "16",
6478   pages =        "715--722",
6479 }
6480
6481 @Article{Yu2010,
6482   author =       "T.-Q. Yu and J. Alejandre and R. Lopez-Rendon and G. J. Martyna and M. E. Tuckerman",
6483   title =        "Measure-preserving integrators for molecular dynamics in the isothermal-isobaric ensemble derived from the Liouville operator",
6484   journal =      BTcp,
6485   year =         "2010",
6486   volume =       "370",
6487   pages =        "294--305",
6488 }
6489
6490 @Article{Zettlmeissl83,
6491   author =       "Gerd Zettlmeissl and Rainer Rudolph and Rainer
6492                  Jaenicke",
6493   title =        "Rate-determining folding and association reactions on
6494                  the reconstitution pathway of porcine skeletal muscle
6495                  lactic dehydrogenase after denaturation by guanidine
6496                  hydrochloride",
6497   journal =      BTbioch,
6498   year =         "1982",
6499   volume =       "21",
6500   pages =        "3946--3950",
6501 }
6502
6503 @Article{Zhang93a,
6504   author =       "Mingjie Zhang and Tao Yuan and Hans J. Vogel",
6505   title =        "A peptide analog of the calmodulin-binding domain of
6506                  myosin light chain kinase adopts an $\alpha$-helical
6507                  structure in aqueous trifluoroethanol",
6508   journal =      BTpsci,
6509   year =         "1993",
6510   volume =       "2",
6511   pages =        "1931--1937"
6512 }
6513
6514 @Article{Zhang94a,
6515   author =       "M. Zhang and H. Fabian and H. H. Mantsch and H. J.
6516                  Vogel",
6517   title =        "Isotope-Edited Fourier Transform Infrared Spectroscopy
6518                  Studies of Calmodulin's Interaction Interaction with
6519                  its Target Peptides",
6520   journal =      BTbioch,
6521   year =         "1994",
6522   volume =       "33",
6523   pages =        "10883--10888",
6524 }
6525
6526 @Article{Zhang94b,
6527   author =       {M. Zhang and H. J. Vogel},
6528   title =        {Two Dimensional {NMR} Studies of Selenomethionine
6529                   Calmodulin},
6530   journal =      BTjmb,
6531   year =         1994,
6532   volume =       234,
6533   pages =        {545--554}
6534 }
6535
6536 @Article{Zhang94c,
6537   author =       "M. Zhang and H. J. Vogel",
6538   title =        "Characterization of the Calmodulin binding domain of
6539                   cerebrellar nitric oxide synthase",
6540   journal =      BTjbc,
6541   year =         1994,
6542   volume =       269,
6543   pages =        "981--985"
6544 }
6545
6546 @Article{Zhang95a,
6547   author =       "M. Zhang and T. Tanaka and M. Ikura",
6548   title =        "Calcium-induced conformational transition revealed by
6549                  the solution structure of apo calmodulin",
6550   journal =      BTnsb,
6551   year =         "1995",
6552   volume =       "2",
6553   pages =        "758--767",
6554 }
6555
6556 @Article{Zhorov94,
6557   author =       {B. S. ZhoBerendsen {\etal} also derived
6558 values for
6559
6560
6561 Since $\dEdq \approx$
6562
6563 therefore $\xi$ should be about three orders of magnitude
6564 larger than the expected deviation from the reference value. For
6565 energies, where the deviation is on the order of 1000 {\kjm},
6566 $\xi$ should be on the order of 10$^6$.
6567 The sign of $\xi$ is important for proper functioning of the
6568 algorithm. Usually the sign can be determined intuitively
6569 by drawing a graph of the dependence of property with respect to
6570 the parameter, for example:
6571 $\frac{\partial P}{\partial C_{12}} > 0,
6572 \frac{\partial E}{\partial C_6}    < 0$ and
6573 $\frac{\partial E}{\partial q}     < 0$.
6574 It is also possible to test the dependence of observable on
6575 force field property by performing a short {\gct} simulation and testing the
6576 convergence of the observable to the target value.
6577 rov and V. S. Ananthanarayanan},
6578   title =        {Similarity of {Ca$^{2+}$}-bound conformations of
6579                   morphine and {M}et-Enkephalin: a computational study},
6580   journal =      BTfebs,
6581   year =         1994,
6582   volume =       354,
6583   pages =        {131--134}
6584 }
6585
6586 @Article{Zhu91b,
6587   author =       "S.-B. Zhu and S. Yao and J.-B. Zhu and S. Singh and
6588                   G. W. Robinson",
6589   title =        "A flexible/polarizable simple point charge water model",
6590   journal =      BTjpc,
6591   year =         "1991",
6592   volume =       "95",
6593   pages =        "6211--6217"
6594 }
6595
6596 @Article{Zhu93a,
6597   author =       {S. -B. Zhu and C. F. Wong},
6598   title =        {Sensitivity analysis of water thermodynamics},
6599   journal =      BTjcp,
6600   year =         1993,
6601   volume =       98,
6602   pages =        {8892--8899}
6603 }
6604
6605 @Article{Zhu93b,
6606   author =       {S. -B. Zhu and C. F. Wong},
6607   title =        {Sensitivity analysis of distribution functions of
6608                   liquid water},
6609   journal =      BTjcp,
6610   year =         1993,
6611   volume =       99,
6612   pages =        {9047--9053}
6613 }
6614
6615 @Article{Zhu94,
6616   author =       {S-B. Zhu and S. Singh and G. W. Robinson},
6617   title =        {Field-Perturbed Water},
6618   journal =      BTacp,
6619   year =         1994,
6620   volume =       85,
6621   pages =        {627--731}
6622 }
6623
6624 @Article{Zimmerman91,
6625   author =       "K. Zimmerman",
6626   title =        "All purpose molecular mechanics simulator and energy
6627                  minimizer",
6628   journal =      BTjcc,
6629   year =         "1991",
6630   volume =       "12",
6631   pages =        "310--319",
6632 }
6633
6634 @Manual{biomos,
6635   author =       "W. F. van Gunsteren and H. J. C. Berendsen",
6636   title =        "Gromos-87 manual",
6637   year =         "1987",
6638   address =      "Nij\-enborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands",
6639   organization = "Biomos BV",
6640 }
6641
6642 @Manual{g92,
6643   title =        "Gaussian 92/{DFT}, Revision {G}. 1",
6644   author =       "M. J. Frisch and G. W. Trucks and H. B. Schlegel and
6645                  P. M. W. Gill and B. G. Johnson and M. W. Wong and J.
6646                  B. Foresman and M. A. Robb and M. Head-Gordon and E. S.
6647                  Replogle and R. Gomperts and J. L. Andres and K.
6648                  Raghavachari and J. S. Binkley and C. Gonzalez and R.
6649                  L. Martin and D. J. Fox and D. J. Defrees and J. Baker
6650                  and J. J. P. Stewart and J. A. Pople",
6651   organization = "Gaussian, Inc.",
6652   address =      "Pittsburgh PA",
6653   year =         "1993",
6654 }
6655
6656
6657 @Manual{g94,
6658   title =        "Gaussian 94, Revision {A.1}",
6659   author =       "M. J. Frisch and G. W. Trucks and H. B. Schlegel and
6660                  P. M. W. Gill and B. G. Johnson and M. A. Robb and
6661                   J. R. Cheeseman and T. A. Keith and G. A. Petersson
6662                   and J. A. Montgomery and K. Raghavachari and
6663                   M. A. Al-Laham and V. G. Zakrzewski and J. V. Ortiz
6664                   and J. B. Foresman and J. Ciosloswki and
6665                   B. B. Stefanof and A. Nanayakkara and M. Challacombe
6666                   and C. Y. Peng and P. Y. Ayala and W. Chen
6667                  and M. W. Wong and J. L. Andres and E. S.
6668                  Replogle and R. Gomperts and R. L. Martin and
6669                   D. J. Fox and J. S. Binkley and D. J. Defrees and
6670                   J. Baker and J. P. Stewart
6671                   and M. Head-Gordon  and
6672                   C. Gonzalez  and J. A. Pople",
6673   organization = "Gaussian, Inc.",
6674   address =      "Pittsburgh PA",
6675   year =         "1995",
6676 }
6677
6678 @Manual{gmx,
6679   title =        "Gromacs {U}ser {M}anual",
6680   author =       "David van der Spoel and Herman J. C. Berendsen and
6681                  Aldert R. van Buuren and Emile Apol and Pieter J.
6682                  Meulenhoff and Alfons L. T. M. Sij\-bers and Rudi van
6683                  Drunen",
6684   address =      "Nij\-enborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands.
6685                  Internet: {\tt http://rugmd0.chem.rug.nl/{\TILDE}gmx}",
6686   year =         "1995",
6687 }
6688
6689 @Manual{gmx2,
6690   title =        "Gromacs {U}ser {M}anual version 1.3",
6691   author =       "David van der Spoel and Aldert R. van Buuren and Emile
6692                  Apol and Pieter J. Meulenhoff and D. Peter Tieleman and
6693                  Alfons L. T. M. Sij\-bers and Rudi van Drunen and
6694                  Herman J. C. Berendsen",
6695   address =      "Nij\-enborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands.
6696                  Internet: {\tt http://rugmd0.chem.rug.nl/{\TILDE}gmx}",
6697   year =         "1996"
6698 }
6699
6700 @Manual{gmx3,
6701   title =        "Gromacs {U}ser {M}anual version 1.5",
6702   author =       "David van der Spoel and Aldert R. van Buuren and Emile
6703                  Apol and Pieter J. Meulenhoff and D. Peter Tieleman and
6704                  Alfons L. T. M. Sij\-bers and Rudi van Drunen and
6705                  Herman J. C. Berendsen",
6706   address =      "Nij\-enborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands.
6707                  Internet: {\tt http://rugmd0.chem.rug.nl/{\TILDE}gmx}",
6708   year =         "1997"
6709 }
6710
6711 @Article{iupac70,
6712   author =       {{IUPAC-IUB Commission on Biochemical Nomenclature}},
6713   title =        {{Abbreviations and Symbols for the Description of the
6714                  Conformation of Polypeptide Chains. Tentative Rules
6715                  (1969)}},
6716   journal =      BTbioch,
6717   year =         "1970",
6718   volume =       "9",
6719   pages =        "3471--3478",
6720 }
6721
6722 @Manual{pvm3,
6723   title =        "{PVM} 3 User's guide and reference manual",
6724   author =       "A. Geist and A. Beguelin and J. Dongarra and W. Jiang
6725                  and R. Manchek and V. Sunderam",
6726   organization = "Oak Ridge National Laboratory",
6727   address =      "Oak Ridge, Tennessee 37381",
6728   year =         "1994",
6729 }
6730
6731
6732 @Manual{quanta,
6733   title =        "{QUANTA} 3.0",
6734   author =       "MSI",
6735   address =      "York, United Kingdom",
6736   year =         "1994",
6737   organization = "Molecular Simulations Incorporated",
6738 }
6739
6740 @Article{whatif,
6741   author =       "G. Vriend",
6742   title =        "{WHAT} {IF}: a molecular modeling and drug design
6743                  program",
6744   journal =      "J. Mol. Graph.",
6745   year =         "1990",
6746   volume =       "8",
6747   pages =        "52--56",
6748 }
6749
6750 @Book{xplor,
6751   author =       {A. T. Br{\"u}nger},
6752   title =        {{X-PLOR}, Version 3.1. A System for {X}-ray
6753                   Crystallography and {NMR}},
6754   publisher =    {Yale University Press},
6755   year =         1992,
6756   address =      {New Haven}
6757 }
6758
6759 @Article{JSmith86,
6760   author =       "J. L. Smith and W. A. Hendrickson and R. B. Honzatko
6761                   and S. Sheriff",
6762   title =        "Structural heterogeneity in protein crystals",
6763   journal =      BTbioch,
6764   year =         1986,
6765   volume =       25,
6766   pages =        "5018--5027"
6767 }
6768
6769 @Article{Bonvin96,
6770   author =       "A. M. J. J. Bonvin and A. T. Br{\"u}nger",
6771   title =        "Do {NOE} distances contain enough information to
6772                   assess the relative populations of multi-conformer
6773                   structures?",
6774   journal =      BTjbnmr,
6775   year =         1996,
6776   volume =       7,
6777   pages =        "72--76"
6778 }
6779
6780 @Article{McGregor87,
6781   author =       "M. J. McGregor and S. A. Islam and M . J. E. Sternberg",
6782   title =        "Analysis of the relationship between side-chain
6783                   conformation and secondary structure in globular proteins",
6784   journal =      BTjmb,
6785   year =         1987,
6786   volume =       198,
6787   pages =        "295--310"
6788 }
6789
6790 @Article{Gelin79,
6791   author =       "B. R. Gelin and M. Karplus",
6792   title =        "Side-chain torsion potentials:  effect of dipeptide,
6793                   protein and solvent environment",
6794   journal =      BTbioch,
6795   year =         1979,
6796   volume =       18,
6797   pages =        "1256--1268"
6798 }
6799
6800
6801 @Article{Zvelebil93,
6802   author =       "M. J. J. M. Zvelebil and J. M. Thornton",
6803   title =        "Peptide-protein interactions: an overview",
6804   journal =      "Quart. Rev. Biophys.",
6805   year =         1993,
6806   volume =       26,
6807   pages =        "333--363"
6808 }
6809
6810 @Article{Shirley97,
6811   author =       "W. A. Shirley and C. L. {Brooks III}",
6812   title =        {Curious structure in ``Canonical'' Alanine based peptides},
6813   journal =      BTprot,
6814   year =         1997,
6815   volume =       28,
6816   pages =        "59--71"
6817 }
6818
6819 @Article{Shirts2008,
6820   author =       "M. R. Shirts and J. D. Chodera",
6821   title =        {Statistically optimal analysis of multiple equilibrium simulations},
6822   journal =      BTjcp,
6823   year =         2008,
6824   volume =       129,
6825   pages =        "124105"
6826 }
6827
6828 @Article{Young96,
6829   author =       "W. S. Young and C. L. {Brooks III}",
6830   title =        "A Microscopic view of Helix propagation: {N} and
6831                   {C}-terminal helix growth in alanine helices",
6832   journal =      BTjmb,
6833   year =         1996,
6834   volume =       259,
6835   pages =        "560--572"
6836 }
6837
6838 @Article{Kemp96,
6839   author =       "D. S. Kemp and T. J. Allen and S. L. Oslick and
6840                   J. G. Boyd",
6841   title =        "The structure and energetics of Helix FOrmation by
6842                   Short templated peptides in aqueous
6843                   solution. 2. Characterization of the helical
6844                   structure of {Ac}-{Hel$_1$}-{Ala$_6$}-{OH}",
6845   journal =      BTjacs,
6846   year =         1996,
6847   volume =       118,
6848   pages =        "4240--4248"
6849 }
6850
6851 @Article{Gerstein93a,
6852   author =       "M. Gerstein and G. Schulz and C. Chothia",
6853   title =        "Domain Closure in Adenylate Kinase Joints on either
6854                   side of two helices close like neighboring fingers",
6855   journal =      BTjmb,
6856   year =         1993,
6857   volume =       229,
6858   pages =        "494--501"
6859 }
6860
6861 @Article{Gerstein93b,
6862   author =       "M. Gerstein and B. F. Anderson and G. E. Norris and
6863                   E. N. Baker and A. M. Lesk and C. Chothia",
6864   title =        "Domain Closure in Lactoferrin. Two hinges produce a
6865                   See-saw maotion between alternative close-packed interiors",
6866   journal =      BTjmb,
6867   year =         1993,
6868   volume =       234,
6869   pages =        "357--372"
6870 }
6871
6872 @Article{Gerstein94a,
6873   author =       "M. Gerstein and A. M. Lesk and C. Chothia",
6874   title =        "Structural Mechanisms for Domain Movements in Proteins",
6875   journal =      BTbioch,
6876   year =         1994,
6877   volume =       33,
6878   pages =        "6739--6749"
6879 }
6880
6881 @Article{DYang96,
6882   author =       "D. Yang and L. E. Kay",
6883   title =        "Contributions to conformational entropy arising from
6884                   bond vector fluctuations measured from NMR derived
6885                   order parameters: Application to protein folding",
6886   journal =      BTjmb,
6887   year =         1996,
6888   volume =       263,
6889   pages =        "369--382"
6890 }
6891
6892 @Article{Widmer86a,
6893   author =       "H. Widmer and K. W{\"u}thrich",
6894   title =        "Simulation of Two-Dimensional {NMR} Experiments
6895                   using numerical density matrix calculations",
6896   journal =      BTjmag,
6897   year =         1986,
6898   volume =       70,
6899   pages =        "270--279"
6900 }
6901
6902 @Article{Widmer87a,
6903   author =       "H. Widmer and K. W{\"u}thrich",
6904   title =        "Simulated Two-Dimensional {NMR} Cross-Peak Fine
6905                   Structures for $^1${H} spin systems in polypeptides
6906                   and polydeoxynucleotides",
6907   journal =      BTjmag,
6908   year =         1987,
6909   volume =       74,
6910   pages =        "316--336"
6911 }
6912
6913 @ARTICLE{Palmer94a,
6914         author      = {B. J. Palmer},
6915         title       = {Transverse-current autocorrelation-function
6916           calculations of the shear viscosity for molecular liquids},
6917         journal     = {Phys. Rev. E},
6918         year        = {1994},
6919         volume      = {49},
6920         pages       = {359-366}
6921 }
6922
6923 @Article{Palmer96a,
6924   author =       "A. G. {Palmer III} and J. Williams and A. {McDermott}",
6925   title =        "Nuclear magnetic resonance studies of biopolymer dynamics",
6926   journal =      BTjpc,
6927   year =         1996,
6928   volume =       100,
6929   pages =        "13293--13310"
6930 }
6931
6932 @Article{Tabernero97,
6933   author =       "L. Tabernero and D. A. Taylor and R. J. CHandross
6934                   and M. F. A. {van Berkum} and A. R. Means and
6935                   F. A. Quiocho and J. S. Sack",
6936   title =        "The structure of a calmodulin mutant with a
6937                   deleteion in the central helix: implications for
6938                   molecular recognition and protein binding",
6939   journal =      BTstr,
6940   year =         1997,
6941   volume =       5,
6942   pages =        "613--622"
6943 }
6944
6945 @Article{Montigiani96,
6946   author =       "S. Montigiani and G. Neri and P. Neri and D. Neri",
6947   title =        "Alanine substitutions in Calmodulin-binding peptides
6948                   result in unexpected affinity enhancements",
6949   journal =      BTjmb,
6950   year =         1996,
6951   volume =       258,
6952   pages =        "6--13"
6953 }
6954
6955 @Article{Wishart95a,
6956   author =       "D. Wishart and C. G. Bigam and A. Holm and R. S.
6957                   Hodges and D. Sykes",
6958   title =        "{$^1$H}, {$^{13}$C} and {$^{15}$N} random coil {NMR}
6959                   chemical shifts of the common amino acids. {I.}
6960                   {I}nvestigation of nearest-neighbor effects",
6961   journal =      BTjbnmr,
6962   year =         1995,
6963   volume =       5,
6964   pages =        "67--81"
6965 }
6966
6967 @Article{Barone94,
6968   author =       "G. Barone and G. {Della Gatta} and P. {Del Vecchio}
6969                   and C. Giancola and G. Graziano",
6970   title =        "Hydration enthalpy of model peptides: N-acetyl amino acids",
6971   journal =      BTbiopc,
6972   year =         1994,
6973   volume =       51,
6974   pages =        "193--202"
6975 }
6976
6977 @Article{Meirovitch94,
6978   author =       "H. Meirovitch and S. C. Koerber and J. E. Rivier and
6979                   A. T. Hagler",
6980   title =        "Computer simulation of the free energy of Peptides
6981                   with the local states method: Analogues of
6982                   Gonadotropin releasing hormones in the random coil
6983                   and stable states",
6984   journal =      BTbiop,
6985   year =         1994,
6986   volume =       34,
6987   pages =        "815--839"
6988 }
6989
6990 @Article{Dalgarno83,
6991   author =       "D. C. Dalgarno and B. A. Levine and R. J. P. Williams",
6992   title =        "Structural information from {NMR} secondary chemical
6993                   shifts of peptide $\alpha${C-H} protons in proteins",
6994   journal =      "Biosci. Rep.",
6995   year =         1983,
6996   volume =       3,
6997   pages =        "443--452"
6998 }
6999
7000 @Article{Williamson90a,
7001   author =       "M. P. Williamson",
7002   title =        "Secondary-structure dependent chemical shifts in Proteins",
7003   journal =      BTbiop,
7004   year =         1990,
7005   volume =       29,
7006   pages =        "1423--1431"
7007 }
7008
7009 @Article{Pardi83,
7010   author =       "A. Pardi and G. Wagner and K. W{\"u}thrich",
7011   title =        "Protein conformation and proton nuclear-magnetic
7012                   resonance chemical shifts",
7013   journal =      BTejb,
7014   year =         1983,
7015   volume =       137,
7016   pages =        "445--454"
7017 }
7018
7019 @Article{Saito86,
7020   author =       "H. Saito",
7021   title =        "Conformation-dependant {$^{13}$C} chemical shifts: A
7022                   New means of conformational characterization as
7023                   obtained by High-resolution solid-state {$^{13}$C} {NMR}",
7024   journal =      "Magn. Res. Chem.",
7025   year =         1986,
7026   volume =       24,
7027   pages =        "835--852"
7028 }
7029
7030 @Article{Szilagyi89,
7031   author =       "L. Szil{'a}gyi and O. Jardetzky",
7032   title =        "{$\alpha$}-{P}roton chemical shifts and secondary
7033                   structure in proteins",
7034   journal =      BTjmag,
7035   year =         1989,
7036   volume =       83,
7037   pages =        "441--449"
7038 }
7039
7040 @Article{Gross88,
7041   author =       "K-H. Gross and H. R. Kalbitzer",
7042   title =        "Distribution of chemical shifts in {$^1$H} nuclear
7043                   magnetic resonance spectra of proteins",
7044   journal =      BTjmag,
7045   year =         1988,
7046   volume =       76,
7047   pages =        "87--99"
7048 }
7049
7050 @Article{MLee92,
7051   author =       "M. S. Lee and A. G. {Palmer III} and P. E. Wright",
7052   title =        "Relationship between {$^1$H} and {$^{13}$C} {NMR}
7053                   chemical shifts and the secondary and tertiary
7054                   structure of a zinc finger peptide",
7055   journal =      BTjbnmr,
7056   year =         1992,
7057   volume =       2,
7058   pages =        "307--322"
7059 }
7060
7061 @Article{Jia96a,
7062   author =       {Z. Jia and C. I. {DeLuca} and H. Chao and P. L. Davies},
7063   title =        {Structural basis for the binding of a globular
7064                   antifreeze protein to ice},
7065   journal =      BTnature,
7066   year =         1996,
7067   volume =       384,
7068   pages =        {285--288}
7069 }
7070
7071 @InCollection{PSmith93b,
7072   author =       "P. E. Smith and W. F. van Gunsteren",
7073   booktitle =    "Computer Simulation of Biomolecular Systems",
7074   title =        "Methods for the evaluation of long range
7075                   electrostatic forces in computer simulations of
7076                   molecular systems",
7077   editor =       "W. F. van Gunsteren and P. K. Weiner and A. J. Wilkinson",
7078   publisher =    "Escom",
7079   address =      "Leiden",
7080   year =         "1993",
7081   volume =       "2",
7082   pages =        "182--213",
7083 }
7084
7085 @Article{Ni92,
7086   author =       {X. Ni and R. M. Fine},
7087   title =        {Determination of the dielectric constant of the
7088                   water model {TIP4P} by free energy perturbation and
7089                   induced polarization},
7090   journal =      BTjpc,
7091   year =         {1992},
7092   volume =       {96},
7093   OPTnumber =    {},
7094   OPTmonth =     {},
7095   pages =        {2718},
7096 }
7097
7098 @Article{Guissani93,
7099   author =       {Y. Guissani and B. J. Guillot},
7100   title =        {A computer simulation study of the liquid-vapor
7101                   coexistence curve of water},
7102   journal =      BTjcp,
7103   year =         {1993},
7104   volume =       {98},
7105   OPTnumber =    {},
7106   OPTmonth =     {},
7107   pages =        {8221--8235},
7108 }
7109
7110 @Article{Teleman87,
7111   author =       {O. Teleman and B. J{\"o}nsson and Engstr{\"o}m},
7112   title =        {A molecular dynamics simulation of a water model
7113                   with intramolecular degrees of freedom},
7114   journal =      BTmph,
7115   year =         {1987},
7116   volume =       {60},
7117   OPTnumber =    {},
7118   OPTmonth =     {},
7119   pages =        {193--203},
7120 }
7121
7122 @Article{Strauch89,
7123   author =       {H. J. Strauch and P. T. Cummings},
7124   title =        {Computer simulation of the dielectric properties of
7125                   liquid water},
7126   journal =      BTmsim,
7127   year =         {1989},
7128   volume =       {2},
7129   OPTnumber =    {},
7130   OPTmonth =     {},
7131   pages =        {89--104},
7132 }
7133
7134 @Article{Belle92,
7135   author =       {D. van Belle and M. Froeyen and G. Lippenns and
7136                   S. J. Wodak},
7137   title =        {Molecular dynamics simulation of polarizable water
7138                   by an extended {L}agrangian method},
7139   journal =      BTmph,
7140   year =         {1992},
7141   volume =       {77},
7142   OPTnumber =    {},
7143   OPTmonth =     {},
7144   pages =        {239--255},
7145 }
7146
7147 @Article{Barrat90,
7148   author =       {J.-L. Barrat and I. R. McDonald},
7149   title =        {The role of molecular flexibility in simulations of
7150                   water},
7151   journal =      BTmph,
7152   year =         {1990},
7153   volume =       {70},
7154   OPTnumber =    {},
7155   OPTmonth =     {},
7156   pages =        {535--539},
7157 }
7158
7159 @Article{Reddy87,
7160   author =       {M. R. Reddy and M. Berkowitz},
7161   title =        {Structure and dynamics of high-pressure {TIP4p}
7162                   water},
7163   journal =      BTjcp,
7164   year =         {1987},
7165   volume =       {87},
7166   OPTnumber =    {11},
7167   OPTmonth =     {December},
7168   pages =        {6682--6686},
7169 }
7170
7171 @Article{Heyes94,
7172   author =       {D. M. Heyes},
7173   title =        {Physical Properties of Liquid Water by Molecular
7174                   Dynamics Simulations},
7175   journal =      BTjcsft,
7176   year =         {1994},
7177   volume =       {90},
7178   OPTnumber =    {20},
7179   OPTmonth =     {},
7180   pages =        {3039--3049},
7181 }
7182
7183 @Article{Bernardo94,
7184   author =       {D. N. Bernardo and Y. Ding and K. Krogh-Jespersen
7185                   and R. M. Levy},
7186   title =        {An Anisotropic Polarizable Water Model:
7187                   {I}ncorporation of All-Atom Polarizabilities into
7188                   Molecular Mechanics Force Fields},
7189   journal =      BTjpc,
7190   year =         {1994},
7191   volume =       {98},
7192   OPTnumber =    {15},
7193   OPTmonth =     {},
7194   OPTremarks =   {Contains dimer info for the SPC model},
7195   pages =        {4180--4187},
7196 }
7197
7198 @Article{Hermans97a,
7199   author =       {J. Hermans},
7200   title =        {Insight via simulations: publishing results and methods},
7201   journal =      BTprot,
7202   year =         1997,
7203   volume =       27,
7204   pages =        {i}
7205 }
7206
7207 @Article{Yamasaki95a,
7208   author =       {K. Yamasaki and M. Saito M. Oobatake and S. Kanaya},
7209   title =        {Characterization of the internal motions of
7210                   {E}scheria Coli Ribonuclease {HI} by a combination
7211                   of $^{15}${N-NMR} relaxation analysis and molecular
7212                   dynamics simulation: examination of dynamic models},
7213   journal =      BTbioch,
7214   year =         1995,
7215   volume =       34,
7216   pages =        {6587--6601}
7217 }
7218
7219 @Article{Akke93a,
7220   author =       {M. Akke and R. Br{\"u}schweiler and A. G. {Palmer III}},
7221   title =        {{NMR} order parameters and free energy: an
7222                   analytical approach and its application to
7223                   cooperative {Ca$^{2+}$} binding by calbindin {D$_{9K}$}},
7224   journal =      BTjacs,
7225   year =         1993,
7226   volume =       115,
7227   pages =        {9832--9833}
7228 }
7229
7230 @Article{Dzakula92b,
7231   author =       {Z. D{\~z}akula and A. S. Edison and W. M. Westler
7232                   and J. L. Markley},
7233   title =        {Analysis of $\chi_1$ rotamer populations from {NMR}
7234                   data by the {CUPID} method},
7235   journal =      BTjacs,
7236   year =         1992,
7237   volume =       114,
7238   pages =        {6200--6207}
7239 }
7240
7241 @Article{Dzakula92a,
7242   author =       {Z. D{\~z}akula and W. M. Westler and A. S. Edison
7243                   and J. L. Markley},
7244   title =        {The {CUPID} method for calculating the continuous
7245                   probability distribution of rotamers from {NMR} data},
7246   journal =      BTjacs,
7247   year =         1992,
7248   volume =       114,
7249   pages =        {6195--6199}
7250 }
7251
7252 @Article{Dzakula96a,
7253   author =       {Z. D{\~z}akula and W. M. Westler and J. L. Markley},
7254   title =        {Continuous probability distribution ({CUPID})
7255                   analysis of potentials for internal rotations},
7256   journal =      BTjmagb,
7257   year =         1996,
7258   volume =       111,
7259   pages =        {109--126}
7260 }
7261
7262 @Article{Doig95a,
7263   author =       {A. J. Doig and M. J. Sternberg},
7264   title =        {Side-chain conformational entropy in protein folding},
7265   journal =      BTpsci,
7266   year =         1995,
7267   volume =       4,
7268   pages =        {2247--2251}
7269 }
7270
7271
7272 @Article{Ponder87,
7273   author =       {J. W. Ponder and F. M. Richards},
7274   title =        {Tertiary templates for proteins},
7275   journal =      BTjmb,
7276   year =         1987,
7277   volume =       193,
7278   pages =        {775--791}
7279 }
7280
7281 @Article{Hyberts87,
7282   author =       {S. G. Hyberts and W. M{\"a}rk and G. Wagner},
7283   title =        {Stereospecific assignments of side-chain protons and
7284                   characterization of torsion angles in {E}glin C},
7285   journal =      BTejb,
7286   year =         1987,
7287   volume =       164,
7288   pages =        {625--635}
7289 }
7290
7291 @Article{Wishart94b,
7292   author =       {D. S. Wishart and B. D. Sykes},
7293   title =        {The $^{13}${C} chemical-shift index: a simple method
7294                   for the identification of protein secondary
7295                   structure using $^{13}${C} chemical-shift data},
7296   journal =      BTjbnmr,
7297   year =         1994,
7298   volume =       4,
7299   pages =        {171--180}
7300 }
7301
7302 @Book{Debye29,
7303   author =       {P. Debye},
7304   title =        {Polar molecules},
7305   publisher =    {Chemical Catalog},
7306   year =         {1929},
7307   address =      {New York}
7308 }
7309
7310 @Article{Degroot97a,
7311   author =       {B. L. de Groot and D. M. F. van Aalten and
7312                   R. M. Scheek and A. Amadei and G. Vriend and
7313                   H. J. C. Berendsen},
7314   title =        {{Prediction of Protein Conformational Freedom From
7315                   Distance Constraints}},
7316   journal =      BTprot,
7317   year =         1997
7318 }
7319
7320 @article{Hess97,
7321   author =       {B. Hess and H. Bekker and H. J. C. Berendsen and
7322                   J. G. E. M. Fraaije},
7323   title =        {{LINCS}: A Linear Constraint Solver for Molecular Simulations},
7324   journal =      BTjcc,
7325   year =         1997,
7326   volume =       18,
7327   pages =        {1463--1472}
7328 }
7329
7330 @Article{Hess2000,
7331   author =       {B. Hess},
7332   title =        {Similarities between principal components of protein
7333                   dynamics and random diffusion},
7334   journal =      BTpre,
7335   year =         2000,
7336   volume =       62,
7337   pages =        {8438--8448}
7338 }
7339
7340 @Article{Hess2002a,
7341   author =       {B. Hess},
7342   title =        {Determining the Shear Viscosity of Model Liquids
7343                   from Molecular Dynamics},
7344   journal =      BTjcp,
7345   year =         2002,
7346   volume =       116,
7347   pages =        {209--217}
7348 }
7349
7350 @Article{Hess2002b,
7351   author =       {B. Hess},
7352   title =        {Convergence of sampling in protein simulations},
7353   journal =      BTpre,
7354   year =         2002,
7355   volume =       65,
7356   pages =        {031910}
7357 }
7358 @Article{Hess2002c,
7359   author =       {B. Hess and H. Saint-Martin and H. J. C. Berendsen},
7360   title =        {Flexible constraints: an adiabatic treatment of
7361                   quantum degrees of freedom, with application to the
7362                   flexible and polarizable MCDHO model for water},
7363   journal =      BTjcp,
7364   year =         2002,
7365   volume =       116,
7366   pages =        {9602}
7367 }
7368
7369 @Article{Hess2003,
7370   author =       {B. Hess and R. M. Scheek},
7371   title =        {Orientation restraints in molecular dynamics simulations using time and ensemble averaging},
7372   journal =      BTjmag,
7373   year =         2003,
7374   volume =       164,
7375   pages =        {19--27}
7376 }
7377
7378 @Article{Balasubramanian96,
7379   author =       {S. Balasubramanian and C. J. Mundy and M. L. Klein},
7380   title =        {Shear viscosity of polar fluids: Miolecular dynamics
7381                   calculations of water},
7382   journal =      BTjcp,
7383   year =         {1996},
7384   volume =       {105},
7385   OPTnumber =    {24},
7386   OPTmonth =     {December},
7387   OPTremarks =   {SPC/E},
7388   pages =        {11190--11195},
7389 }
7390 @Article{Gunsteren98a,
7391   author =       "W. F. van Gunsteren and A. E. Mark",
7392   title =        "Validation of molecular dynamics simulations",
7393   journal =      BTjcp,
7394   year =         1998,
7395   volume =       108,
7396   pages =        "6109--6116"
7397 }
7398 @Article{PSmith93c,
7399   author =       {P. E. Smith and W. F. van Gunsteren},
7400   title =        {{The Viscosity of SPC and SPC/E Water}},
7401   journal =      BTcpc,
7402   year =         1993,
7403   volume =       215,
7404   pages =        {315--318}
7405 }
7406
7407 @Article{Resat93,
7408   author =       {H. Resat and M. Mezel},
7409   title =        {Studies on free energy calculations. {I}. {T}hermodynamic integration using a polynomial path},
7410   journal =      BTjcp,
7411   year =         1993,
7412   volume =       99,
7413   pages =        {6052--6061}
7414 }
7415
7416 @Book{numrec,
7417   author =       "W. H. Press and S. A. Teukolsky and W. T. Vetterling
7418                   and B. P. Flannery",
7419   title =        "Numerical Recipes in {C}",
7420   publisher =    "Cambridge University Press",
7421   year =         1992
7422 }
7423 @Article{Morse29,
7424   author =       {P. M. Morse},
7425   title =        {Diatomic molecules according to the wave mechanics. {II}. Vibrational levels.},
7426   journal =      {Phys. Rev.},
7427   year =         1929,
7428   volume =       34,
7429   pages =        {57--64}
7430 }
7431
7432 @Article{         spoel98a,
7433   author        = {D. van der Spoel and P. J. van Maaren and H. J. C.
7434                   Berendsen},
7435   title         = {A systematic study of water models for molecular
7436                   simulation},
7437   year          = 1998,
7438   journal       = BTjcp,
7439   volume        = 108,
7440   pages         = {10220-10230}
7441 }
7442
7443 @Book{gromos96,
7444   author =       {W. F. van Gunsteren and S. R. Billeter and A. A. Eising and P. H. H{\"u}nenberger and P. Kr{\"u}ger and A. E. Mark and W. R. P. Scott and I. G. Tironi},
7445   title =        {Biomolecular Simulation: The {GROMOS96} manual and user guide},
7446   publisher =    {Hochschulverlag {AG} an der {ETH} {Z}{\"u}rich },
7447   year =         1996,
7448   address =      {Z{\"u}rich, Switzerland}
7449 }
7450
7451 @Article{feenstra99,
7452   author =       {K. Anton Feenstra and Berk Hess and Herman
7453                   J. C. Berendsen},
7454   title =        {Improving Efficiency of Large Time-scale Molecular
7455                   Dynamics Simulations of Hydrogen-rich Systems},
7456   journal =      BTjcc,
7457   year =         1999,
7458   volume =       20,
7459   pages =        {786--798},
7460 }
7461
7462 @article{Ferguson95,
7463   author =       {D. M. Ferguson},
7464   title =        {Parametrization and Evaluation of a Flexible Water Model},
7465   journal =      BTjcc,
7466   year =         1995,
7467   volume =       16,
7468   pages =        {501--511}
7469 }
7470
7471 @Article{Lindahl2001a,
7472   author =       {E. Lindahl and B. Hess and D. van der Spoel},
7473   title =        {{GROMACS} 3.0: A package for molecular simulation and trajectory analysis},
7474   year =         2001,
7475   journal =      BTjmm,
7476   volume =       7,
7477   pages =        {306--317}
7478 }
7479
7480 @Article{Dick58,
7481   author =       {B. G. Dick and A. W. Overhauser},
7482   title =        {Theory of the dielectric constants of alkali halide crystals},
7483   journal =      BTpr,
7484   year =         1958,
7485   volume =       112,
7486   pages =        {90--103}
7487 }
7488
7489 @Article{Maaren2001a,
7490   author =       {P. J. van Maaren and D. van der Spoel},
7491   title =        {Molecular dynamics simulations of a water with a novel shell-model potential},
7492   journal =      BTjpcb,
7493   year =         2001,
7494   volume =       105,
7495   pages =        {2618--2626}
7496 }
7497
7498 @Article{Geman84,
7499   author =       {S. Geman and D. Geman},
7500   title =        {{Stochastic relaxation, Gibbs distributions and the Bayesian restoration of images}},
7501   journal =      {IEEE Trans. Patt. Anal. Mach. Int.},
7502   year =         1984,
7503   volume =       6,
7504   pages =        721
7505 }
7506
7507 @Article{Lawrence2003b,
7508   author =       {C. P. Lawrence and J. L. Skinner},
7509   title =        {{Flexible TIP4P model for molecular dynamics simulation of liquid water}},
7510   journal =      BTcpl,
7511   year =         {2003},
7512   volume =       {372},
7513   pages =        {842--847},
7514   OPTabstract =  {We have developed a flexible version of the TIP4P model for molecular dynamics simulations. The model does a reasonable job of reproducing the experimental peak frequencies and widths of the bend and stretch peaks in the infrared spectra for both liquid H2O and D2O.},
7515   OPTnote =      {},
7516   OPTannote =    {}
7517 }
7518
7519 @Article{Sugita99,
7520   author =       {Yuji Sugita and Yuko Okamoto},
7521   title =        {Replica-exchange molecular dynamics method for protein folding},
7522   journal =      BTcpl,
7523   year =         1999,
7524   volume =       314,
7525   pages =        {141--151}
7526 }
7527
7528 @Article{Warner72,
7529   author =       {Harold R. {Warner Jr.}},
7530   title =        {Kinetic Theory and Rheology of Dilute Suspensions of Finitely Extendible Dumbbells},
7531   journal =      {Ind. Eng. Chem. Fundam.},
7532   year =         1972,
7533   volume =       11,
7534   number =       3,
7535   pages =        {379--387}
7536 }
7537
7538 @Article{Mahoney2000a,
7539   author =       {M. W. Mahoney and W. L. Jorgensen},
7540   title =        {A five-site model for liquid water and the reproduction of the density anomaly by rigid, nonpolarizable potential functions},
7541   journal =      BTjcp,
7542   year =         2000,
7543   volume =       112,
7544   pages =        {8910--8922}
7545 }
7546
7547 @Article{Lamoureux2003a,
7548   author =       {G. Lamoureux and B. Roux},
7549   title =        {Modeling induced polarization with classical Drude oscillators: Theory and molecular dynamics simulation algorithm},
7550   journal =      BTjcp,
7551   year =         2003,
7552   volume =       119,
7553   pages =        {3025--3039}
7554 }
7555
7556 @Article{Lamoureux2003b,
7557   author =       {G. Lamoureux and A. D. MacKerell and B. Roux},
7558   title =        {A simple polarizable model of water based on classical Drude oscillators},
7559   journal =      BTjcp,
7560   year =         2003,
7561   volume =       119,
7562   pages =        {5185--5197}
7563 }
7564
7565 @Article{Okabe2001a,
7566   author =       {T. Okabe and M. Kawata and Y. Okamoto and M. Mikami},
7567   title =        {Replica-exchange {M}onte {C}arlo method for the isobaric-isothermal ensemble},
7568   journal =      BTcpl,
7569   year =         2001,
7570   volume =       335,
7571   pages =        {435--439}
7572 }
7573
7574 @Article{Hukushima96a,
7575   author =       {K. Hukushima and K. Nemoto},
7576   title =        {{Exchange Monte Carlo Method and Application to Spin Glass Simulations}},
7577   journal =      {J. Phys. Soc. Jpn.},
7578   year =         1996,
7579   volume =       65,
7580   pages =        {1604--1608}
7581 }
7582
7583 @Article{Noskov2005a,
7584         author      = {S. Y. Noskov and G. Lamoureux and B. Roux},
7585         title       = {Molecular dynamics study of hydration in ethanol-water
7586           mixtures using a polarizable force field},
7587         journal     = BTjpcb,
7588         year        = {2005},
7589         volume      = {109},
7590         pages       = {6705-6713}
7591 }
7592
7593 @Article{Thole81,
7594   author =       {B. T. Thole},
7595   title =        {Molecular polarizabilities with a modified dipole interaction},
7596   journal =      BTcp,
7597   year =         1981,
7598   volume =       59,
7599   pages =        {341--345}
7600 }
7601
7602 @Article{Seibert2005a,
7603   author =       {M. Seibert and A. Patriksson and B. Hess and D. van der Spoel},
7604   title =        {Reproducible polypeptide folding and structure prediction using molecular dynamics simulations},
7605   journal =      BTjmb,
7606   year =         2005,
7607   volume =       354,
7608   pages =        {173--183}
7609 }
7610
7611 @Article{Spoel2005a,
7612   author =       {David van der Spoel and Erik Lindahl and Berk Hess and Gerrit Groenhof and Alan E. Mark and Herman J. C. Berendsen},
7613   title =        {{GROMACS}: {F}ast, {F}lexible and {F}ree},
7614   journal =      BTjcc,
7615   year =         2005,
7616   volume =       26,
7617   pages =        {1701--1718},
7618 }
7619
7620 @Article{Spoel2006a,
7621   author =       {D. van der Spoel and P. J. van Maaren},
7622   title =        {The Origin of Layer Structure Artifacts in
7623                   Simulations of Liquid Water },
7624   journal =      BTjctc,
7625   year =         2006,
7626   volume =       2,
7627   pages =        {1--11},
7628   OPTabstract =  {},
7629   OPTnote =      {},
7630   OPTurl =       {http://dx.doi.org/10.1021/ct0502256}
7631 }
7632
7633 @Article{Spoel2006b,
7634   author =       {D. van der Spoel and P. J. van Maaren and P. Larsson and N. Timneanu},
7635   title =        {Thermodynamics of hydrogen bonding in hydrophilic and
7636 hydrophobic media},
7637   journal =      BTjpcb,
7638   year =         2006,
7639   volume =       110,
7640   pages =        {4393--4398}
7641 }
7642
7643
7644
7645 @Article{Beutler94,
7646   author =       {Thomas C. Beutler and Alan E. Mark and Ren{\'e} C. van Schaik and Paul R. Greber and Wilfred F. van Gunsteren},
7647   title =        {Avoiding singularities and numerical instabilities in free energy calculations based on molecular simulations},
7648   journal =      BTcpl,
7649   year =         1994,
7650   volume =       222,
7651   pages =        {529--539}
7652 }
7653
7654 @Article{Luzar2000a,
7655   author =       {A. Luzar},
7656   title =        {Resolving the hydrogen bond dynamics conundrum},
7657   journal =      BTjcp,
7658   year =         2000,
7659   volume =       113,
7660   pages =        {10663--10675},
7661   OPTabstract =  {This paper analyzes dynamic properties of hydrogen bonds in liquid water. We use molecular dynamics simulation to calculate different probability densities that govern the time evolution of the formation and rupture of hydrogen bonds. We provide analytical connections between these functions. Excellent agreement with our simulation results is observed. We prove transition state theory rate constant to be identical to the inverse of the associated mean first passage time (hydrogen bond lifetime). Hence, the analysis establishes its Arrhenius temperature dependence. We give the explicit relation between reactive flux correlation function for the relaxation dynamics of hydrogen bonds, and their first passage time probability densities. All the different observations in the existing literature, associated with various estimates of hydrogen bonding times in liquid water that are affected (or not affected) by particular bond criteria, as well as by different definitions of hydrogen bond lifetimes applied in simulation, can be easily reconciled within the framework of reactive flux correlation function approach.},
7662   OPTnote =      {}
7663 }
7664
7665 @Article{Luzar96b,
7666   author =       {A. Luzar and D. Chandler},
7667   title =        {Hydrogen-bond kinetics in liquid water},
7668   journal =      BTnature,
7669   year =         1996,
7670   volume =       379,
7671   pages =        {55--57}
7672 }
7673
7674 @Article{mopac,
7675   author =       {M. J. S. Dewar},
7676   title =        {{Development and status of MINDO/3 and MNDO}},
7677   journal =      {J. Mol. Struct.},
7678   year =         1983,
7679   volume =       100,
7680   pages =        41
7681 }
7682
7683 @Article{gamess-uk,
7684   author =       {M. F. Guest and R. J. Harrison and J. H. van Lenthe and L. C. H. van Corler},
7685   title =        {{Computational chemistry on the FPS-X64 scientific computers - Experience on single- and multi-processor systems}},
7686   journal =      {Theor. Chim. Act.},
7687   year =         1987,
7688   volume =       71,
7689   pages =        117
7690 }
7691
7692 @misc{g03,
7693 author = {M. J. Frisch and G. W. Trucks and H. B. Schlegel and G. E. Scuseria and
7694 M. A. Robb and J. R. Cheeseman and Montgomery, Jr., J. A. and T. Vreven and
7695 K. N. Kudin and J. C. Burant and J. M. Millam and S. S. Iyengar and J. Tomasi and
7696 V. Barone and B. Mennucci and M. Cossi and G. Scalmani and N. Rega and
7697 G. A. Petersson and H. Nakatsuji and M. Hada and M. Ehara and K. Toyota and
7698 R. Fukuda and J. Hasegawa and M. Ishida and T. Nakajima and Y. Honda and O. Kitao and
7699 H. Nakai and M. Klene and X. Li and J. E. Knox and H. P. Hratchian and J. B. Cross and
7700 V. Bakken and C. Adamo and J. Jaramillo and R. Gomperts and R. E. Stratmann and
7701 O. Yazyev and A. J. Austin and R. Cammi and C. Pomelli and J. W. Ochterski and
7702 P. Y. Ayala and K. Morokuma and G. A. Voth and P. Salvador and J. J. Dannenberg and
7703 V. G. Zakrzewski and S. Dapprich and A. D. Daniels and M. C. Strain and
7704 O. Farkas and D. K. Malick and A. D. Rabuck and K. Raghavachari and
7705 J. B. Foresman and J. V. Ortiz and Q. Cui and A. G. Baboul and S. Clifford and
7706 J. Cioslowski and B. B. Stefanov and G. Liu and A. Liashenko and P. Piskorz and
7707 I. Komaromi and R. L. Martin and D. J. Fox and T. Keith and M. A. Al-Laham and
7708 C. Y. Peng and A. Nanayakkara and M. Challacombe and P. M. W. Gill and
7709 B. Johnson and W. Chen and M. W. Wong and C. Gonzalez and J. A. Pople},
7710 title = {Gaussian 03, \uppercase{R}evision \uppercase{C}.02},
7711 note = {\uppercase{G}aussian, Inc., Wallingford, CT, 2004},
7712 }
7713
7714 @Article{Car85a,
7715   author =       {R. Car and M. Parrinello},
7716   title =        {Unified Approach for Molecular Dynamics and Density-Functional Theory},
7717   journal =      BTprl,
7718   year =         1985,
7719   volume =       55,
7720   pages =        {2471--2474}
7721 }
7722
7723 @Article{Field90a,
7724   author =       {M. Field and P. A. Bash and M. Karplus},
7725   title =        {A combined quantum mechanical and molecular mechanical potential for molecular dynamics simulation},
7726   journal =      BTjcc,
7727   year =         1990,
7728   volume =       11,
7729   pages =        700
7730 }
7731
7732 @Article{Svensson96a,
7733   author =       {M. Svensson and S. Humbel and R. D. J. Froes and T. Matsubara and S. Sieber and K. Morokuma},
7734   title =        {{ONIOM} A Multilayered Integrated {MO} + {MM} Method for Geometry Optimizations and Single Point Energy Predictions. A Test for {D}iels-{A}lder Reactions and {Pt(P(t-Bu)3)2} + {H}2 Oxidative Addition},
7735   journal =      BTjpc,
7736   year =         1996,
7737   volume =       100,
7738   pages =        19357
7739 }
7740
7741 @Article{Maseras96a,
7742   author =       {F. Maseras and K. Morokuma},
7743   title =        {{IMOMM: A New Ab Initio + Molecular Mechanics Geometry Optimization Scheme of Equilibrium Structures and Transition States}},
7744   journal =      BTjcc,
7745   year =         1995,
7746   volume =       16,
7747   pages =        {1170--1179}
7748 }
7749
7750 @Article{Mu2005a,
7751   author =       {Yuguang Mu and Phuong H. Nguyen and Gerhard Stock},
7752   title =        {Energy landscape of a small peptide revelaed by dihedral angle principal component analysis},
7753   journal =      BTprot,
7754   year =         2005,
7755   volume =       {58},
7756   pages =        {45--52}
7757 }
7758
7759 @Article{Jorgensen86a,
7760   author =       {W. L. Jorgensen86},
7761   title =        {Optimized intermolecular potential for liquid alcohols},
7762   journal =      BTjpc,
7763   year =         1986,
7764   volume =       90,
7765   pages =        {1276--1284}
7766 }
7767
7768 @Article{Shaw2005a,
7769   author =       {D. E. Shaw},
7770   title =        {A fast, scalable method for the parallel evaluation of distance-limited pairwise particle interactions},
7771   journal =      BTjcc,
7772   year =         2005,
7773   volume =       26,
7774   pages =        {1318--1328}}
7775
7776 @Article{Shaw2005,
7777   author =       {Kevin J. Bowers and Ron O. Dror and David E. Shaw},
7778   title =        {Overview  of neutral territory methods for the parallel evauluation of pairwise particle interactions},
7779   journal =      {J. Phys. Conf. Ser.},
7780   year =         2005,
7781   volume =       16,
7782   pages =        {300--304}
7783 }
7784
7785 @Article{Shaw2006,
7786   author =       {Kevin J. Bowers and Ron O. Dror and David E. Shaw},
7787   title =        {The midpoint method for parallelization of particle simulations},
7788   journal =      BTjcp,
7789   year =         2006,
7790   volume =       124,
7791   number =       18,
7792   pages =        {184109--184109}
7793 }
7794
7795 @Article{Shaw2007a,
7796   author =       {Kevin J. Bowers and Ron O. Dror and David E. Shaw},
7797   title =        {Zonal methods for the parallel execution of range-limited $N$-body simulations},
7798   journal =      BTjcomp,
7799   year =         2007,
7800   volume =       221,
7801   pages =        {303--329}
7802 }
7803
7804 @Article{Shaw2007b,
7805   author =       {Ross A. Lippert and  Kevin J. Bowers and Ron O. Dror and Michael P. Eastwood and Brent A. Gregersen and John L. Klepeis and Istvan Kolossvary  and D. E. Shaw},
7806   title =        {A common, avoidable source of error in molecular dynamics integrators},
7807   journal =      BTjcp,
7808   year =         2007,
7809   volume =       126,
7810   pages =        046101
7811 }
7812
7813 @Article{Shaw2008a,
7814   author =       {David E. Shaw and Martin M. Deneroff and Ron O. Dror and Jeffrey S. Kuskin and Richard H. Larson and John K. Salmon and Cliff Young and Brannon Batson and Kevin J. Bowers and Jack C. Chao and Michael P. Eastwood and Joseph Gagliardo and J.P. Grossman and C. Richard Ho and Douglas J. Ierardi and István Kolossváry and John L. Klepeis and Timothy Layman and Christine McLeavey and Mark A. Moraes and Rolf Mueller and Edward C. Priest and Yibing Shan and Jochen Spengler and Michael Theobald and Brian Towles and and Stanley C. Wang},
7815   title =        {Anton, A Special-Purpose Machine for Molecular Dynamics Simulation},
7816   journal =      {Communications of the ACM},
7817   year =         2008,
7818   volume =       51,
7819   number =       7,
7820   pages =        {91--97}}
7821
7822 @Article{Bush2006a,
7823    author  = {I. J. Bush and I. T. Todorov and W. Smith},
7824   title   = {A DAFT DL_POLY1 distributed memory adaptation of the smoothed particle mesh Ewald method},
7825   journal = {Comput. Phys. Commun.},
7826   volume  = {175},
7827   year    = {2006},
7828   pages   = {323-329},
7829   OPTabstract = {The Smoothed Particle Mesh Ewald method [U. Essmann, L. Perera, M.L.
7830 Berkowtz, T. Darden, H. Lee, L.G. Pedersen, J. Chem. Phys. 103 (1995)
7831 8577] for calculating long ranged forces in molecular simulation has
7832 been adapted for the parallel molecular dynamics code DL_POLY_3 [I.T.
7833 Todorov, W. Smith, Philos. Trans. Roy. Soc. London 362 (2004) 18351,
7834 making use of a novel 3D Fast Fourier Transform (DAFT) [ I.J. Bush, The
7835 Daresbury Advanced Fourier transform, Daresbury Laboratory, 19991 that
7836 perfectly matches the Domain Decomposition (DD) parallelisation
7837 strategy [W. Smith, Comput. Phys. Comm. 62 (1991) 229; M.R.S. Pinches,
7838 D. Tildesley, W. Smith, Mol. Sim. 6 (1991) 51; D. Rapaport, Comput.
7839 Phys. Comm. 62 (1991) 217] of the DL_POLY_3 code. In this article we
7840 describe software adaptations undertaken to import this functionality
7841 and provide a review of its performance. (C) 2006 Elsevier B.V. All
7842 rights reserved.
7843 0010-4655}
7844 }
7845
7846 @Article{Masella2006a,
7847    author  = {M. Masella},
7848   title   = {The multiple time step r-RESPA procedure and polarizable potentials based on induced dipole moments},
7849   journal = {Mol. Phys.},
7850   volume  = {104},
7851   year    = {2006},
7852   pages   = {415-428},
7853   OPTabstract = {In the present study, we present an accelerating scheme based on the
7854 reversible multiple time step r-RESPA method to be used in molecular
7855 dynamics simulations with polarizable potentials based on induced
7856 dipole moments. Even if the induced dipoles are estimated with an
7857 iterative self-consistent procedure, this scheme significantly reduces
7858 the CPU time needed to perform a molecular dynamics simulation, up to a
7859 factor 2, as compared to the Car-Parrinello method where additional
7860 dynamical variables are introduced for the treatment of the induced
7861 dipoles. The tests show that stable and reliable molecular dynamics
7862 trajectories can be generated with that scheme, and that the physical
7863 properties derived from the trajectories are equivalent to those
7864 computed with the classical all atom iterative approach and the
7865 Car-Parrinello one.
7866 0026-8976}
7867 }
7868
7869 @Article{Wang2005a,
7870    author  = {W. Wang and R. D. Skeel},
7871   title   = {Fast evaluation of polarizable forces},
7872   journal = {J. Chem. Phys.},
7873   volume  = {123},
7874   year    = {2005},
7875   pages   = {164107},
7876   OPTabstract = {Polarizability is considered to be the single most significant
7877 development in the next generation of force fields for biomolecular
7878 simulations. However, the self-consistent computation of induced atomic
7879 dipoles in a polarizable force field is expensive due to the cost of
7880 solving a large dense linear system at each step of a simulation. This
7881 article introduces methods that reduce the cost of computing the
7882 electrostatic energy and force of a polarizable model from about 7.5
7883 times the cost of computing those of a nonpolarizable model to less
7884 than twice the cost. This is probably sufficient for the routine use of
7885 polarizable forces in biomolecular simulations. The reduction in
7886 computing time is achieved by an efficient implementation of the
7887 particle-mesh Ewald method, an accurate and robust predictor based on
7888 least-squares fitting, and non-stationary iterative methods whose fast
7889 convergence is accelerated by a simple preconditioner. Furthermore,
7890 with these methods, the self-consistent approach with a larger timestep
7891 is shown to be faster than the extended Lagrangian approach. The use of
7892 dipole moments from previous timesteps to calculate an accurate initial
7893 guess for iterative methods leads to an energy drift, which can be made
7894 acceptably small. The use of a zero initial guess does not lead to
7895 perceptible energy drift if a reasonably strict convergence criterion
7896 for the iteration is imposed. (c) 2005 American Institute of Physics.
7897 0021-9606}
7898 }
7899
7900 @Article{Izaguirre2005a,
7901    author  = {J. A. Izaguirre and S. S. Hampton and T. Matthey},
7902   title   = {Parallel multigrid summation for the N-body problem},
7903   journal = {J. Parallel Distrib. Comput.},
7904   volume  = {65},
7905   year    = {2005},
7906   pages   = {949-962},
7907   OPTabstract = {An Theta(n) parallel multigrid summation method (MG) for the N-body
7908 problem is presented. The method was originally devised for vacuum
7909 boundary conditions. Here, it is extended to periodic boundary
7910 conditions and implemented in parallel using force decomposition and
7911 MPI. MG is based on a hierarchical decomposition of computational
7912 kernels on multiple grids. For low accuracy calculations, appropriate
7913 for molecular dynamics, a sequential implementation is as fast or
7914 faster than particle mesh Ewald (PME). Our parallel implementation is
7915 more scalable than PME. The method can be combined with multiple time
7916 stepping integrators to produce a powerful simulation protocol for
7917 simulation of biological molecules and other materials. The parallel
7918 implementation is tested on both a Linux cluster with Myrinet
7919 interconnect and a shared memory computer. It is available as
7920 open-source at http://protomol.sourceforge.net. An auxiliary tool
7921 allows the automatic selection of optimal parameters for MG, and is
7922 available at http://mdsimaid.cse.nd.edu. (c) 2005 Elsevier Inc. All
7923 rights reserved.
7924 0743-7315}
7925 }
7926
7927 @Article{Crocker2005a,
7928    author  = {M. S. Crocker and S. S. Hampton and T. Matthey and J. A. Izaguirre},
7929   title   = {MDSIMAID: Automatic parameter optimization in fast electrostatic algorithms},
7930   journal = {J. Comput. Chem.},
7931   volume  = {26},
7932   year    = {2005},
7933   pages   = {1021-1031},
7934   OPTabstract = {MDSIMAID is a recommender system that optimizes parallel Particle Mesh
7935 Ewald (PME) and both sequential and parallel multigrid (MG) summation
7936 fast electrostatic solvers. MDSIMAID optimizes the running time or
7937 parallel scalability of these methods within a given error tolerance.
7938 MDSIMAID performs a run time constrained search on the parameter space
7939 of each method starting from semiempirical performance models.
7940 Recommended parameters are presented to the user. MDSIMAID'S
7941 optimization of MG leads to configurations that are up to 14 times
7942 faster or 17 times more accurate than published recommendations.
7943 Optimization of PME can improve its parallel scalability, making it run
7944 twice as fast in parallel in our tests. MDSIMAID and its Python source
7945 code are accessible through a Web portal located at
7946 http://mdsimaid.cse.nd.edu. (c) 2005 Wiley Periodicals, Inc.
7947 0192-8651}
7948 }
7949
7950 @Article{Germain2005a,
7951    author  = {R. S. Germain and Y. Zhestkov and M. Eleftheriou and A. Rayshubskiy and F. Suits and T. J. C. Ward and B. G. Fitch},
7952   title   = {Early performance data on the Blue Matter molecular simulation framework},
7953   journal = {IBM J. Res. Dev.},
7954   volume  = {49},
7955   year    = {2005},
7956   pages   = {447-455},
7957   OPTabstract = {Blue Matter is the application framework being developed in conjunction
7958 with the scientific portion of the IBM Blue Gene(&REG;) project. We
7959 describe the parallel decomposition currently, being used to target the
7960 Blue Gene/L machine and discuss the application-based trace tools used
7961 to analyze the performance of the application. We also present the
7962 resuits of early performace studies, including a comparison of the
7963 performance of the Ewald and the particle-particle particle-mesh (P3ME)
7964 methods, compare the measured performance of some key collective
7965 operations with the limitations imposed by the hardware, and discuss
7966 some future directions for research.
7967 0018-8646}
7968 }
7969
7970 @Article{Peter2002a,
7971    author  = {C. Peter and W. F. van Gunsteren and P. H. Hunenberger},
7972   title   = {Solving the Poisson equation for solute-solvent systems using fast Fourier transforms},
7973   journal = {J. Chem. Phys.},
7974   volume  = {116},
7975   year    = {2002},
7976   pages   = {7434-7451},
7977   OPTabstract = {An iterative algorithm based on fast Fourier transforms is proposed to
7978 solve the Poisson equation for systems of heterogeneous permittivity
7979 (e.g., solute cavity in a solvent) under periodic boundary conditions.
7980 The method makes explicit use of the dipole-dipole interaction tensor,
7981 and is thus easily generalizable to arbitrary forms of electrostatic
7982 interactions (e.g., Coulomb's law with straight or smooth cutoff
7983 truncation). The convergence properties of the algorithm and the
7984 influence of various model parameters are investigated in detail, and a
7985 set of appropriate values for these parameters is determined. The
7986 algorithm is further tested by application to three types of systems (a
7987 single spherical ion, two spherical ions, and small biomolecules), and
7988 comparison with analytical results (single ion) and with results
7989 obtained using a finite-difference solver under periodic boundary
7990 conditions. The proposed algorithm performs very well in terms of
7991 accuracy and convergence properties, with an overall speed comparable
7992 in the current implementation to that of a typical finite-difference
7993 solver. Future developments and applications of the algorithm will
7994 include: (i) the assessment of periodicity- and cutoff-induced
7995 artifacts in explicit-solvent simulations; (ii) the design of new
7996 electrostatic schemes for explicit-solvent simulations mimicking more
7997 accurately bulk solution; (iii) a faster evaluation of solvation free
7998 energies based on continuum electrostatics in cases where
7999 periodicity-induced artifacts can be neglected. (C) 2002 American
8000 Institute of Physics.
8001 0021-9606}
8002 }
8003
8004 @Article{Beckers1998a,
8005    author  = {J. V. L. Beckers and C. P. Lowe and S. W. De Leeuw},
8006   title   = {An iterative PPPM method for simulating Coulombic systems on distributed memory parallel computers},
8007   journal = {Mol. Simul.},
8008   volume  = {20},
8009   year    = {1998},
8010   pages   = {369-383},
8011   OPTabstract = {We describe results obtained from a new implementation of Hockney's
8012 Particle-Particle Particle-Mesh (PPPM) method for evaluation of Coulomb
8013 energies and forces in simulations of charged particles. Rather than
8014 taking the usual approach, solving Poisson's equation by means of a
8015 Fourier transformation, we use an iterative Poisson solver. In a
8016 molecular dynamics (MD) simulation the solution from the previous
8017 time-step provides a good starting point for the next solution. This
8018 reduces the number of iterations per time-step to acceptable values.
8019 The iterative scheme has a complexity O(N), and, in contrast with the
8020 Fourier transform based approach, it is easily implemented on a
8021 parallel architecture with a minimum of communication overhead.
8022 We examine the origin of the errors in the algorithm and find that
8023 reasonable accuracies in the Coulomb interaction can best be attained
8024 by making the charge density profile as smooth as possible. This
8025 involves spreading the particle charges over a large number of grid
8026 points. Assigning these charges then becomes the most time consuming
8027 part of the algorithm. We show how we can then gain a considerable
8028 saving in computing time by employing a diffusion equation as a charge
8029 spreading mechanism.
8030 The effect of employing the algorithm with an accuracy less than that
8031 typically tolerated in an Ewald summation is studied by computing, from
8032 an MD simulation of silica, quantities that are sensitive to the long
8033 range part of the Coulomb interaction. These results are compared to
8034 full Ewald sum reference simulations and found to be within the
8035 statistical error.
8036 0892-7022}
8037 }
8038
8039 @Article{Meloni2007,
8040   author =       {Simone Meloni and Mario Rosati},
8041   title =        {Efficient partilce labeling in atomistic simulations},
8042   journal =      {J. Chem. Phys.},
8043   year =         {2007},
8044   volume =       126,
8045   pages =        121102
8046 }
8047
8048 @InProceedings{Clark91,
8049   author =       "T.W. Clark and J. Andrew McCammon and L. Ridgway  Scott",
8050   title =        "Parallel Molecular Dynamics",
8051   editor = "J. Dongarra {\em et al.}",
8052   booktitle ="Proc. Fifth SIAM Conf. on Parallel Proc. for Sci. Comp.",
8053   year =         1991,
8054   pages =        "338--344",
8055   publisher =    "SIAM",
8056   address =      "Philadelphia"
8057 }
8058
8059 @Article{Fitch03,
8060   author =       "B.G. Fitch and R.S. Germain and M. Mendell and  J. Pitera
8061                             and M. Pitman and A. Rayshubskiy and Y.  Sham and
8062                             F. Suits and W. Swope and T.J.C. Ward  and Y. Zhestkov
8063                              and R. Zhou",
8064   title =        "Blue Matter, an application framework for  molecular simulation on Blue Gene",
8065   journal =      "Journal of Parallel and Distributed Computing",
8066   volume = "63",
8067   year =         {2003},
8068   pages =        "759--773",
8069 }
8070
8071 @Article{Nelson96,
8072   author =       "M.T. Nelson and W. Humphrey and A. Gursoy and A.  Dalke
8073                            and L.V. Kalé and R.D. Skeel and K.  Schulten",
8074   title =        "NAMD: a Parallel, Object-Oriented Molecular  Dynamics Program",
8075   journal =      "International Journal of High Performance  Computing Applications",
8076   volume = "10",
8077   year =         {1996},
8078   pages =        "251--268",
8079 }
8080
8081 @Article{Jorgensen1996,
8082   author =       {W. L. Jorgensen and D. S. Maxwell and J. Tirado-Rives},
8083   title =        {Development and Testing of the OPLS All-Atom Force Field on Conformational Energetics and Properties of Organic Liquids},
8084   journal =      BTjacs,
8085   year =         1996,
8086   volume =       118,
8087   pages =        {11225--11236}
8088 }
8089
8090 @article{Kutzner2007a,
8091         author = {Carsten Kutzner and David van der Spoel and Martin Fechner and Erik
8092         Lindahl and Udo W. Schmitt and Bert L. de Groot and Helmut Grubmuller},
8093         title = {Speeding up parallel GROMACS on high-latency networks},
8094         journal = BTjcc,
8095         year = {2007},
8096         volume = {28},
8097         pages = {2075--2084},
8098
8099 }
8100
8101 @article{Rhee2004a,
8102         author = {Young Min Rhee and Eric J. Sorin and Guha Jayachandran and Erik Lindahl
8103         and Vijay S. Pande},
8104         title = {Simulations of the role of water in the protein- folding mechanism},
8105         journal = BTpnas,
8106         year = {2004},
8107         volume = {101},
8108         pages = {6456--6461},
8109
8110 }
8111
8112
8113 @Article{Hess2008a,
8114   author =       {B. Hess},
8115   title =        {{P-LINCS}: A parallel linear constraint solver for molecular simulation},
8116   journal =      BTjctc,
8117   year =         2007,
8118   volume =       4,
8119   pages =        {116--122}
8120 }
8121
8122 @Article{Harmandaris2007,
8123   author =       {Vagelis A. Harmandaris and Dirk Reith and Nico F. A. van der Vegt and Kurt Kremer},
8124   title =        {Comparison Between Coarse-Graining Models for Polymer Systems: Two Mapiing Schemes for Polystyrene},
8125   journal =      {Macromolecules},
8126   year =         2007,
8127   volume =       {208},
8128   pages =        {2109--2120}
8129 }
8130
8131 @Article{Liem1991,
8132   author =       {S. Y. Liem and D. Brown and J. H. R. Clarke},
8133   title =        {Molecular dynamics simulations on distributed memory machines},
8134   journal =      {Comput. Phys. Commun.},
8135   year =         1991,
8136   volume =       67,
8137   number =       2,
8138   pages =        {261--267}
8139 }
8140
8141 @Article{Long05,
8142   author =       {S. Long and E. B. Campbell and R. MacKinnon},
8143   title =        {Crystal Structure of a Mammalian Voltage-dependent Shaker Family K$^+$ Channel},
8144   journal =      {Science},
8145   year =         2005,
8146   volume =       309,
8147   pages =        {897--903}
8148 }
8149
8150 @Article{Holian95,
8151   author =       {Brad Lee Holian and Arthur F. Voter and Ramon Ravelo},
8152   title =        {{Thermostatted molecular dynamics: How to avoid the Toda demon hidden in Nos{\'e}-Hoover dynamics}},
8153   journal =      {Phys. Rev. E},
8154   year =         1995,
8155   volume =       52,
8156   number =       3,
8157   pages =        {2338--2347}
8158 }
8159
8160 @Article{Weerasinghe2003,
8161   author =       {Samantha Weerasinghe and Paul E. Smith},
8162   title =        {{A Kirkwood-Buff derived force field for sodium chloride in water}},
8163   journal =      BTjcp,
8164   year =         2003,
8165   volume =       119,
8166   number =       21,
8167   pages =        {11342--11349}
8168 }
8169
8170 @InProceedings{Bowers2006,
8171   author =       {Kevin J. Bowers and Edmond Chow and Huafeng Xu and Ron O. Dror and Michael P. Eastwood and Brent A. Gregersen and John L. Klepeis and Istvan Kolossvary and Mark A. Moraes and Federico D. Sacerdoti and John K. Salmon and and Yibing Shan and David E. Shaw},
8172   title =        {Scalable algorithms for molecular dynamics simulations on commodity clusters},
8173   booktitle =    {ACM/IEEE SC 2006 Conference (SC'06)},
8174   pages =        43,
8175   year =         2006,
8176 }
8177
8178 @Article{Phillips2005,
8179   author =       {James C. Phillips and Rosemary Braun and Wei Wang and James Gumbart and Emad Tajkhorshid and Elizabeth Villa and Christophe Chipot and Robert D. Skeel and Laxmikant Kal\'{e} and Klaus Schulten},
8180   title =        {Scalable molecular dynamics with NAMD},
8181   journal =      BTjcc,
8182   year =         2005,
8183   volume =       26,
8184   number =       16,
8185   pages =        {1781--1802}
8186 }
8187
8188 @Article{Case2005,
8189   author =       {D. A. Case and T. E. {Cheatham III} and T. Darden and H. Gohlke and R. Luo and K. M. Merz and Jr. and  A. Onufriev and C. Simmerling and B. Wang and R. Woods},
8190   title =        {The Amber biomolecular simulation programs},
8191   journal =      BTjcc,
8192   year =         2005,
8193   volume =       26,
8194   pages =        {1668--1688}
8195 }
8196
8197 @Article{Limbach06a,
8198   author = {Hans-J{\"o}rg Limbach and Axel Arnold and Bernward A. Mann and Christian Holm},
8199   title = {{ESPResSo} -- An Extensible Simulation Package for Research on Soft Matter Systems},
8200   journal = {Comput. Phys. Commun.},
8201   year = 2006,
8202   volume = 174,
8203   pages = {704--727},
8204   number = 9
8205 }
8206
8207 @Article{Lange2006a,
8208   author =       {O. E. Lange and L. V. Schafer and H. Grubmuller},
8209   title =        {{Flooding in GROMACS: Accelerated barrier crossings in molecular dynamics}},
8210   journal =      BTjcc,
8211   year =         2006,
8212   volume =       27,
8213   pages =        {1693--1702}}
8214
8215 @Article{Bussi2007a,
8216   author =       {G. Bussi and D. Donadio and M. Parrinello},
8217   title =        {Canonical sampling through velocity rescaling},
8218   journal =      BTjcp,
8219   year =         2007,
8220   volume =       126,
8221   pages =        014101
8222 }
8223
8224 @Article{Jarzynski1997a,
8225   AUTHOR = {Jarzynski, C.},
8226   TITLE = {Nonequilibrium equality for free energy differences},
8227   YEAR = 1997,
8228   JOURNAL = {Phys. Rev. Lett.},
8229   VOLUME = 78,
8230   NUMBER = 14,
8231   PAGES = {2690 - 2693},
8232   DATE = {APR 7}
8233 }
8234
8235 @Article{Hess2008b,
8236   author =       {B. Hess and C. Kutzner and D. van der Spoel and E. Lindahl},
8237   title =        {{GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation}},
8238   journal =      BTjctc,
8239   year =         2008,
8240   volume =       4,
8241   number =       3,
8242   pages =        {435--447}}
8243
8244 @article{Tuckerman1992a,
8245 author = {M. Tuckerman and B. J. Berne and G. J. Martyna},
8246 title = {Reversible multiple time scale molecular dynamics},
8247 publisher = {AIP},
8248 year = {1992},
8249 journal = BTjcp,
8250 volume = {97},
8251 number = {3},
8252 pages = {1990--2001},
8253 keywords = {PROPAGATOR; ALGORITHMS; SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS CALCULATIONS; REVERSIBLE PROCESSES; TIME DEPENDENCE; CLASSICAL MECHANICS; REVIEWS; SERIES EXPANSION; CARTESIAN COORDINATES; BOLTZMANNVLASOV EQUATION},
8254 url = {http://link.aip.org/link/?JCP/97/1990/1},
8255 doi = {10.1063/1.463137}
8256 }
8257
8258 @Article{Andersen1983a,
8259   author =       {Hans C. Andersen},
8260   title =        {{RATTLE}: A {``Velocity''} Version of the {SHAKE} Algorithm for Molecular Dynamics Calculations},
8261   journal =      BTjcomp,
8262   year =         1983,
8263   volume =       52,
8264   pages =        {24--34}}
8265
8266 @Article{Zhou2000,
8267   author =       {J. Zhou and S. Reich and B. R. Brooks},
8268   title =        {Elastic molecular dyanmics with self-consistent flexible constraints},
8269   journal =      BTjcp,
8270   year =         2000,
8271   volume =       112,
8272   pages =        {7919--7929}}
8273
8274 @Article{mackerell04,
8275   Author = {MacKerell, A. D., Jr. and Feig, M. and {Brooks III}, C. L.},
8276   Journal = BTjcc,
8277   Number = {11},
8278   Pages = {1400-15},
8279   Title = {Extending the treatment of backbone energetics in protein force fields: limitations of gas-phase quantum mechanics in reproducing protein conformational distributions in molecular dynamics simulations},
8280   Volume = {25},
8281   Year = {2004}}
8282
8283 @Article{mackerell98,
8284         Author = {MacKerell,, A. D. and Bashford, D. and Bellott and Dunbrack,, R. L. and Evanseck, J. D. and Field, M. J. and Fischer, S. and Gao, J. and Guo, H. and Ha, S. and Joseph-McCarthy, D. and Kuchnir, L. and Kuczera, K. and Lau, F. T. K. and Mattos, C. and Michnick, S. and Ngo, T. and Nguyen, D. T. and Prodhom, B. and Reiher, W. E. and Roux, B. and Schlenkrich, M. and Smith, J. C. and Stote, R. and Straub, J. and Watanabe, M. and Wiorkiewicz-Kuczera, J. and Yin, D. and Karplus, M.},
8285         Journal = BTjpcb,
8286         Number = {18},
8287         Pages = {3586--3616},
8288         Title = {All-Atom Empirical Potential for Molecular Modeling and Dynamics Studies of Proteins},
8289         Volume = {102},
8290         Year = {1998}}
8291
8292 @Article{foloppe00,
8293   author = {Foloppe, N. and MacKerell, A. D.},
8294   title = {{All-atom empirical force field for nucleic acids: I. Parameter optimization based on small molecule and condensed phase macromolecular target data}},
8295   journal = BTjcc,
8296   volume = {21},
8297   number = {2},
8298   pages = {86--104},
8299   year = {2000}
8300 }
8301
8302 @Article{feller00,
8303   author = {Feller, S. E. and MacKerell, A. D.},
8304   title = {An improved empirical potential energy function for molecular simulations of phospholipids},
8305   journal = BTjpcb,
8306   volume = {104},
8307   number = {31},
8308   pages = {7510--7515},
8309   year = {2000}
8310 }
8311
8312 @Article{Bjelkmar2010a,
8313   author =       {P{\"a}r Bjelkmar and Per Larsson and Michel A. Cuendet and Berk Hess and Erik Lindahl},
8314   title =        {Implementation of the CHARMM Force Field in GROMACS: Analysis of Protein Stability Effects from Correction Maps, Virtual Interaction Sites, and Water Models},
8315   journal =      BTjctc,
8316   year =         2010,
8317   volume =       6,
8318   number =       2,
8319   pages =        {459--466}}
8320
8321 @Article{Engin2010a,
8322   author =       {O. Engin, A. Villa, M. Sayar and B. Hess},
8323   title =        {Driving Forces for Adsorption of Amphiphilic Peptides to Air-Water Interface},
8324   journal =  BTjpcb,
8325   year =         2010}
8326
8327 @Article{Still97,
8328   author =       {Qiu, D. and Shenkin, P.S. and Hollinger, F.P. and Still, W.C},
8329   title =        {{The GB/SA Continuum Model for Solvation. A Fast Analytical Method for the Calculation of Approximate Born Radii}},
8330   journal =      BTjpca,
8331   year =         1997,
8332   volume =       101,
8333   pages =        {3005--3014}
8334 }
8335
8336 @Article{Truhlar96,
8337   author =       {Hawkins, D.G. and Cramer, C.J. and Truhlar, D.G.},
8338   title =        {{Parametrized Models of Aqueous Free Energies of Solvation Based on Pairwise Descreening of Solute Atomic Charges from a Dielectric Medium.}},
8339   journal =      BTjpc,
8340   year =         1996,
8341   volume =       100,
8342   pages     =    {19824--19839}
8343 }
8344
8345 @article{Case04,
8346    author = {Onufriev, A. and Bashford, D. and Case, D.A.},
8347    title = {Exploring protein native states and large-scale conformational changes with a modified {Generalized Born} model.},
8348    journal = BTprot,
8349    volume = 55,
8350    number = 2,
8351    year =  2004,
8352    pages    = {383--394}
8353 }
8354
8355 @article{Larsson10,
8356   title={{A High-Performance Parallel-Generalized Born Implementation Enabled by Tabulated Interaction Rescaling}},
8357   author={Larsson, P. and Lindahl, E.},
8358   journal= BTjcc,
8359   year = 2010,
8360   volume = 31,
8361   number = 14,
8362   pages = {2593--2600}
8363 }
8364
8365 @article{Karplus98,
8366         author = {Schaefer, M. and Bartels, C. and Karplus, M.},
8367         title = {Solution conformations and thermodynamics of structured peptides: molecular dynamics simulation with an implicit solvation model.},
8368         journal = BTjmb,
8369         volume = 284,
8370         number = 3,
8371         year = 1998,
8372         pages = {835--848}
8373 }
8374
8375 @article{Duan2003,
8376     author  = {Duan, Y. and Wu, C. and Chowdhury, S. and Lee, M. C. and Xiong, G. and Zhang, W. and Yang, R. and Cieplak, P. and Luo, R. and Lee, T. and Caldwell, J. and Wang, J. and Kollman, P.},
8377     title   = {{A Point-Charge Force Field for Molecular Mechanics Simulations of Proteins Based on Condensed-Phase Quantum Mechanical Calculations}},
8378     journal = BTjcc,
8379     volume  = {24},
8380     number  = {16},
8381     year    = {2003},
8382     pages   = {1999--2012}
8383 }
8384
8385 @article{Wang2000,
8386     author  = {Wang, J. and Cieplak, P. and Kollman, P. A.},
8387     title   = {{How Well Does a Restrained Electrostatic Potential (RESP) Model Perform in Calculating Conformational Energies of Organic and Biological Molecules?}},
8388     journal = BTjcc,
8389     volume  = {21},
8390     number  = {12},
8391     year    = {2000},
8392     pages   = {1049--1074}
8393 }
8394
8395 @article{Cornell1995,
8396     author  = {Cornell, W. D. and Cieplak, P. and Bayly, C. I. and Gould, I. R. and Merz, Jr., K. R. and Ferguson, D. M. and Spellmeyer, D. C. and Fox, T. and Caldwell, J. W. and Kollman, P. A.},
8397     title   = {{A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules}},
8398     journal = BTjacs,
8399     volume  = {117},
8400     number  = {19},
8401     year    = {1995},
8402     pages   = {5179--5197}
8403 }
8404
8405 @article{Kollman1996,
8406     author  = {Kollman, P. A.},
8407     title   = {{Advances and Continuing Challenges in Achieving Realistic and Predictive Simulations of the Properties of Organic and Biological Molecules}},
8408     journal = BTacr,
8409     volume  = 29,
8410     number  = 10,
8411     year    = 1996,
8412     pages   = {461--469}
8413 }
8414
8415 @article{Hornak2006,
8416     author  = {Hornak, V. and Abel, R. and Okur, A. and Strockbine, B. and Roitberg, A. and Simmerling, C.},
8417     title   = {{Comparison of Multiple Amber Force Fields and Development of Improved Protein Backbone Parameters}},
8418     journal = BTprot,
8419     volume  = 65,
8420     year    = 2006,
8421     pages   = {712--725}
8422 }
8423
8424 @article{Lindorff2010,
8425     author  = {Lindorff-Larsen, K. and Piana, S. and Palmo, K. and Maragakis, P. and Klepeis, J. L. and Dorr, R. O. and Shaw, D. E.},
8426     title   = {{Improved side-chain torsion potentials for the AMBER ff99SB protein force field}},
8427     journal = BTprot,
8428     volume  = 78,
8429     year    = 2010,
8430     pages   = {1950--1958}
8431 }
8432
8433 @article{Garcia2002,
8434     author  = {Garc{\'i}a, A. E. and Sanbonmatsu, K. Y.},
8435     title   = {$\alpha$-{Helical} stabilization by side chain shielding of backbone hydrogen bonds},
8436     journal = BTpnas,
8437     volume  = 99,
8438     number  = 5,
8439     year    = 2002,
8440     pages   = {2782--2787}
8441 }
8442
8443 @article{Bennett1976,
8444     author  = {Bennett, C. H.},
8445     title   = {{Efficient Estimation of Free Energy Differences from Monte Carlo Data}},
8446     journal = BTjcomp,
8447     volume  = 22,
8448     year    = 1976,
8449     pages   = {245-268}
8450 }
8451
8452 @Article{Kutzner2011,
8453   author    = {C. Kutzner and J. Czub and H. Grubm{\"u}ller},
8454   title     = {Keep it Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with {GROMACS}},
8455   journal   = BTjctc,
8456   volume    = 7,
8457   pages     = {1381--1393},
8458   year      = 2011
8459 }
8460
8461 @Article{DelleSite2007,
8462   title = {Some fundamental problems for an energy-conserving adaptive-resolution molecular dynamics scheme},
8463   volume = {76},
8464   journal =  BTpre,
8465   author = {L. {Delle Site}},
8466   year = {2007}
8467 }
8468
8469 @article{Praprotnik2005,
8470   title = {Adaptive resolution molecular-dynamics simulation: Changing the degrees of freedom on the fly},
8471   volume = {123},
8472   journal = BTJcp,
8473   author = {M. Praprotnik and L. {Delle Site} and K. Kremer},
8474   year = {2005},
8475   pages = {224106}
8476 }
8477
8478 @article{Praprotnik2008,
8479   title = {Multiscale Simulation of Soft Matter: From Scale Bridging to Adaptive Resolution},
8480   volume = {59},
8481   journal = BTarpc,
8482   author = {Matej Praprotnik and Luigi {Delle Site} and Kurt Kremer},
8483   year = {2008},
8484   pages = {545--571}
8485 }
8486
8487 @article{Praprotnik2011,
8488   title = {Statistical physics problems in adaptive resolution computer simulations of complex fluids},
8489   volume = {145},
8490   journal = {J. Stat. Phys.},
8491   author = {Matej Praprotnik and Simon Poblete and Kurt Kremer},
8492   year = {2011},
8493   pages = {946--966}
8494 }
8495
8496 @article{Junghans2010,
8497         title = {A reference implementation of the adaptive resolution scheme in {ESPResSo}},
8498         volume = {181},
8499         journal = BTcpc,
8500         author = {Junghans, Christoph and Poblete, S.},
8501         year = {2010},
8502         pages = {1449--1454}
8503 }
8504
8505 @article{Fritsch2012,
8506   author={S. Fritsch and C. Junghans and K. Kremer},
8507   title={Structure formation of toluene around C60: Implementation of the Adaptive Resolution Scheme (AdResS) into GROMACS},
8508   journal= BTjctc,
8509   year= {2012},
8510   volume = {8},
8511   pages = {398--403},
8512   OPTurl = {http://dx.doi.org/10.1063/1.463137}
8513 }
8514
8515 @article{Ruehle2009,
8516         title = {Versatile {Object-Oriented} Toolkit for {Coarse-Graining} Applications},
8517         volume = {5},
8518         url = {http://dx.doi.org/10.1021/ct900369w},
8519         number = {12},
8520         journal = BTjctc,
8521         author = {R{\"u}hle, Victor and Junghans, Christoph and Lukyanov, Alexander and Kremer, Kurt and Andrienko, Denis},
8522         year = {2009},
8523         pages = {3211--3223}
8524 }
8525
8526 @article{Poblete2010,
8527         title = {Coupling different levels of resolution in molecular simulations},
8528         volume = {132},
8529         journal = BTjcp,
8530         author = {Poblete, S. and Praprotnik, Matej and Kremer, Kurt and {Delle Site}, Luigi},
8531         year = {2010},
8532         pages = {114101}
8533 }
8534
8535 @article{Fritsch2012b,
8536         title = {Adaptive resolution molecular dynamics simulation through coupling to an internal particle reservoir},
8537         journal = BTprl,
8538         author = {Fritsch, S. and Poblete, S. and Junghans, C. and Ciccottii, G. and {Delle Site}, L. and Kremer, K.},
8539         year = {2012},
8540         volume = {108},
8541         pages = {170602}
8542 },
8543
8544 @article{wang_jpcb10,
8545   Author         = {Wang, Z.-J. and Deserno, M.},
8546   Title          = {A Systematically Coarse-Grained Solvent-Free Model for
8547                    Quantitative Phospholipid Bilayer Simulations},
8548   Journal        = BTjpcb,
8549   Volume         = {114},
8550   Number         = {34},
8551   Pages          = {11207-11220},
8552   year           = 2010
8553 }
8554
8555 @Article{Ballenegger2012,
8556   author =       {V. Ballenegger and J. J. Cerd{\`a} and C. Holm},
8557   title =        {How to Convert {SPME} to {P3M}: Influence Functions and Error Estimates},
8558   journal =      BTjctc,
8559   year =         2012,
8560   volume =       8,
8561   number =       3,
8562   pages =        {936–-947}
8563 }
8564
8565 @Article{Goga2012,
8566   author =       {N. Goga and A. J. Rzepiela and A. H. de Vries and S. J. Marrink and H. J. C. Berendsen},
8567   title =        {Efficient Algorithms for {Langevin} and {DPD} Dynamics},
8568   journal =      BTjctc,
8569   year =         2012,
8570   volume =       8,
8571   pages =        {3637--3649}
8572 }
8573
8574 @article {Oostenbrink2004,
8575   author = {Oostenbrink, Chris and Villa, Alessandra and Mark, Alan E. and Van Gunsteren, Wilfred F.},
8576   title = {A biomolecular force field based on the free enthalpy of hydration and solvation: The {GROMOS} force-field parameter sets {53A5} and {53A6}},
8577   journal = {Journal of Computational Chemistry},
8578   volume = {25},
8579   number = {13},
8580   pages = {1656--1676},
8581   year = {2004}
8582 }
8583
8584 @article{Pronk2013,
8585   author = {Pronk, Sander and P{\'a}ll, Szil{\'a}rd and Schulz, Roland and Larsson, Per and Bjelkmar, P{\"a}r and Apostolov, Rossen and Shirts, Michael R. and Smith, Jeremy C. and Kasson, Peter M. and van der Spoel, David and Hess, Berk and Lindahl, Erik},
8586   title = {{GROMACS} 4.5: a high-throughput and highly parallel open source molecular simulation toolkit},
8587   volume = {29},
8588   number = {7},
8589   pages = {845-854},
8590   year = {2013},
8591   doi = {10.1093/bioinformatics/btt055},
8592   abstract ={Motivation: Molecular simulation has historically been a low-throughput technique, but faster computers and increasing amounts of genomic and structural data are changing this by enabling large-scale automated simulation of, for instance, many conformers or mutants of biomolecules with or without a range of ligands. At the same time, advances in performance and scaling now make it possible to model complex biomolecular interaction and function in a manner directly testable by experiment. These applications share a need for fast and efficient software that can be deployed on massive scale in clusters, web servers, distributed computing or cloud resources.Results: Here, we present a range of new simulation algorithms and features developed during the past 4 years, leading up to the GROMACS 4.5 software package. The software now automatically handles wide classes of biomolecules, such as proteins, nucleic acids and lipids, and comes with all commonly used force fields for these molecules built-in. GROMACS supports several implicit solvent models, as well as new free-energy algorithms, and the software now uses multithreading for efficient parallelization even on low-end systems, including windows-based workstations. Together with hand-tuned assembly kernels and state-of-the-art parallelization, this provides extremely high performance and cost efficiency for high-throughput as well as massively parallel simulations.Availability: GROMACS is an open source and free software available from http://www.gromacs.org.Contact: erik.lindahl@scilifelab.seSupplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.},
8593   URL = {http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/7/845.abstract},
8594   eprint = {http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/7/845.full.pdf+html},
8595   journal = {Bioinformatics}
8596 }
8597
8598 @Article{Kutzner2011b,
8599   author    = {Kutzner, Carsten and Grubm{\"u}ller, Helmut and de Groot, Bert L and Zachariae, Ulrich},
8600   title     = {Computational electrophysiology: the molecular dynamics of ion channel permeation and selectivity in atomistic detail},
8601   journal   = BTbj,
8602   volume    = 101,
8603   pages     = {809--817},
8604   year      = 2011
8605 }
8606
8607 @Book{PaulingBond,
8608   author =  {L. Pauling},
8609   title =   {The nature of chemical bond},
8610   publisher =  {Cornell University Press},
8611   year =  1960,
8612   address = {Ithaca and New York}
8613 }
8614
8615 @Article{ScottScheragator1966,
8616   author = {Scott,R. A. and  Scheraga,H.A.},
8617   title =   {Conformational analysis of macromolecules},
8618   journal = {J. Chem. Phys.},
8619   volume = {44},
8620   pages = {3054--3069},
8621   year = {1966}
8622 }
8623
8624 @Article{BulacuGiessen2005,
8625   author = {Bulacu, Monica and van der Giessen, Erik},
8626   title = {Effect of bending and torsion rigidity on self-diffusion in polymer melts: A molecular-dynamics study},
8627   journal = {JCTC},
8628   volume = {9},
8629   number = {8},
8630   pages = {3282--3292},
8631   year = {2013}
8632 }
8633
8634
8635 @Article{MonicaGoga2013,
8636   author =  {Bulacu, M. and Goga, N. and Zhao, W. and Rossi, G. and  Monticelli, L. and  Periole, X. and Tieleman, D.P. and Marrink, S.J. },
8637   title = {Improved angle potentials for coarse-grained molecular dynamics simulations},
8638   journal = {J. Chem. Phys.},
8639   volume = {123},
8640   number = {11},
8641   year = {2005}
8642 }
8643
8644 @Article{BulacuGiessen2009,
8645   author = {Bulacu, Monica and van der Giessen, Erik},
8646   title = {Forced reptation revealed by chain pull-out simulations},
8647   journal = {J. Chem. Phys.},
8648   volume = {131},
8649   number = {6},
8650   year = {2009}
8651 }
8652
8653 @Article{BulacuGiessen2011,
8654   author = {Bulacu, Monica and van der Giessen, Erik},
8655   title = {Effects of pulling velocity and temperature revealed in polymer pull-out simulations},
8656   journal = {EPL},
8657   volume = {93},
8658   number = {6},
8659   year = {2011}
8660 }
8661
8662 @Article{Duin2001,
8663   author = {van Duin, A.C.T. and Dasgupta, S. and Lorant, F. and Goddard, W.A.},
8664   journal = {J. Phys. Chem. A},
8665   volume = {105},
8666   pages = {9396--9409},
8667   year = {2001}
8668 }
8669
8670 @Article{Basconi2013,
8671 title = {Effects of Temperature Control Algorithms on Transport Properties and Kinetics in Molecular Dynamics Simulations},
8672 author = {Joseph E. Basconi and Michael R. Shirts},
8673 journal = BTjctc,
8674 volume = {9},
8675 number = {7},
8676 pages = {2887--2899},
8677 year  = 2013
8678 }
8679
8680 @article {Mac2000,
8681 author = {MacKerell, Alexander D. and Banavali, Nilesh K.},
8682 title = {All-atom empirical force field for nucleic acids: {II.} Application to molecular dynamics simulations of {DNA} and {RNA} in solution},
8683 journal = BTjcc,
8684 volume = {21},
8685 number = {2},
8686 publisher = {John Wiley & Sons, Inc.},
8687 issn = {1096-987X},
8688 url = {http://dx.doi.org/10.1002/(SICI)1096-987X(20000130)21:2<105::AID-JCC3>3.0.CO;2-P},
8689 doi = {10.1002/(SICI)1096-987X(20000130)21:2<105::AID-JCC3>3.0.CO;2-P},
8690 pages = {105--120},
8691 keywords = {CHARMM, force field, molecular dynamics, parametrization, DNA, RNA},
8692 year = {2000},
8693 }