docs/man/gromacs.7.rst

   1 :orphan:
   2
   3 GROMACS
   4 =======
   5
   6 Description
   7 -----------
   8
   9 **GROMACS** is a full-featured suite of programs to perform molecular dynamics
  10 simulations - in other words, to simulate the behavior of systems with hundreds
  11 to millions of particles, using Newtonian equations of motion.
  12 It is primarily used for research on proteins, lipids, and polymers, but can be
  13 applied to a wide variety of chemical and biological research questions.
  14
  15 Synopsis
  16 --------
  17
  18 The following commands make up the GROMACS suite.  Please refer to their
  19 individual man pages for further details.
  20
  21 .. include:: bytopic.rst
  22
  23 Additional documentation
  24 ------------------------
  25
  26 Consult the manual at <http://www.gromacs.org> for an introduction to molecular
  27 dynamics in general and GROMACS in particular, as well as an overview of the
  28 individual programs.
  29
  30 References
  31 ----------
  32
  33 The development of GROMACS is mainly funded by academic research grants.
  34 To help us fund development, the authors humbly ask that you cite the GROMACS papers:
  35
  36 H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen.  **GROMACS: A message-passing
  37 parallel molecular dynamics implementation**.  Comp. Phys. Comm. *91*, 43-56 (1995)
  38
  39 Erik Lindahl, Berk Hess and David van der Spoel.  **GROMACS 3.0: A package for
  40 molecular simulation and trajectory analysis**.  J. Mol. Mod. *7*, 306-317 (2001)
  41
  42 B. Hess, C. Kutzner, D. van der Spoel, and E. Lindahl.  **GROMACS 4: Algorithms for
  43 Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation**.
  44 J. Chem. Theory Comput. *4*, 3, 435-447 (2008),
  45 <http://dx.doi.org/10.1021/ct700301q>
  46
  47 Authors
  48 -------
  49
  50 Current developers:
  51
  52 David van der Spoel <spoel@gromacs.org>
  53 Berk Hess <hess@gromacs.org>
  54 Erik Lindahl <lindahl@gromacs.org>
  55
  56 A full list of present and former contributors
  57 is available at <http://www.gromacs.org>
  58
  59 This manual page is largely based on the GROMACS online reference, and the text
  60 was prepared originally by Nicholas Breen <nbreen@ofb.net>.
  61
  62 Bugs
  63 ----
  64
  65 GROMACS has no major known bugs, but be warned that it stresses your CPU more
  66 than most software.  Systems with slightly flaky hardware may prove unreliable
  67 while running heavy-duty simulations.  If at all possible, please try to
  68 reproduce bugs on another machine before reporting them.