configure.ac

   1 #######################################################################
   2 # Process this file wth autoconf to produce a configure script.
   3 #######################################################################
   4
   5 AC_PREREQ(2.50)
   6
   7 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
   8 # between a build from official release and a build from git release branch on a
   9 # machine with no git.
  10 #
  11 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  12 AC_INIT(gromacs, 4.5.3-dev, [gmx-users@gromacs.org])
  13 AC_CONFIG_SRCDIR(src/gmxlib/3dview.c)
  14 AC_CONFIG_AUX_DIR(config)
  15 AC_CANONICAL_HOST
  16
  17 AM_INIT_AUTOMAKE(tar-ustar)
  18 AC_PREFIX_DEFAULT(/usr/local/gromacs)
  19
  20 AM_CONFIG_HEADER(src/config.h)
  21 dnl This is the version info according to the libtool versioning system.
  22 dnl It does *not* correspond to the release number.
  23 SHARED_VERSION_INFO="6:0:0"
  24 AC_SUBST(SHARED_VERSION_INFO)
  25
  26 AC_ENABLE_SHARED
  27 test "$enable_mpi" = "yes" && AC_DISABLE_SHARED
  28 PKG_CFLAGS=""
  29
  30 #######################################################################
  31 # Simple options and makefile variables
  32 #######################################################################
  33
  34 ### Single/Double
  35 AC_ARG_ENABLE(float,
  36              [AC_HELP_STRING([--disable-float],
  37                              [Use double instead of single precision])],, enable_float=yes)
  38
  39 AC_ARG_ENABLE(double,
  40              [AC_HELP_STRING([--enable-double],
  41                              [Same effect as --disable-float])],, enable_double=no)
  42 if test "$enable_double" = "yes"; then
  43    enable_float=no;
  44 fi
  45 if test "$enable_float" = "no"; then
  46   AC_DEFINE(GMX_DOUBLE,,[Compile in double precision])
  47   PKG_CFLAGS="$PKG_CFLAGS -DGMX_DOUBLE"
  48 fi
  49 AM_CONDITIONAL([GMX_DOUBLE],[test "$enable_float" = "no"])
  50
  51
  52
  53 ### Fortran or not
  54 AC_ARG_ENABLE(fortran,
  55              [AC_HELP_STRING([--enable-fortran],
  56                              [Use Fortran kernels])],,
  57 [case "${host_cpu}-${host_os}" in
  58   sparc*-solaris* | alpha*-* | rs6000*-aix* | powerpc*-aix* | mips*-irix*) enable_fortran=yes ;;
  59   *) enable_fortran=no ;;
  60  esac])
  61 # always use CC for linking:
  62 AC_SUBST(F77LINK,"\$(LINK)")
  63
  64 #On some systems GNU libtool's la files are more confusing for libtool than helpful due to the
  65 #hard coded paths/libs in the files. And for better linking we have pkg-config files (.pc).
  66 AC_ARG_ENABLE(la-files,
  67         [AS_HELP_STRING([--disable-la-files],[Do NOT install GNU libtool's la files])],,
  68         [enable_la_files=yes])
  69 AM_CONDITIONAL(NO_LA_FILES,[test "$enable_la_files" = no])
  70
  71
  72
  73
  74 ### MPI or not
  75 AC_ARG_ENABLE(mpi,
  76               [AC_HELP_STRING([--enable-mpi],
  77                               [Compile for parallel runs using MPI]
  78                               [(instead of threads)])],,enable_mpi=no)
  79
  80
  81 ### MPI environment
  82 AC_ARG_ENABLE(mpi-environment,
  83               [AC_HELP_STRING([--enable-mpi-environment=VAR],
  84                               [Only start parallel runs when VAR is set])],,
  85 [case "${host_cpu}" in
  86   mips*-irix*) enable_mpi_environment="MPI_ENVIRONMENT" ;;
  87   *) enable_mpi_environment=no ;;
  88 esac])
  89 if test "$enable_mpi_environment" != "no"; then
  90   AC_DEFINE_UNQUOTED(GMX_CHECK_MPI_ENV,"$enable_mpi_environment",[If defined, only start MPI runs when this variable is set])
  91 fi
  92
  93 ### MPI_IN_PLACE
  94 AC_ARG_ENABLE(mpi-in-place,
  95               [AC_HELP_STRING([--disable-mpi-in-place],
  96                               [Disable MPI_IN_PLACE. For MPI implementations]
  97                               [that have broken support for it ]
  98                               [(some versions of MPICH, for example).])],, enable_mpi_in_place=yes)
  99
 100
 101
 102 AC_ARG_ENABLE(debug,
 103               [AC_HELP_STRING([--enable-debug],
 104                               [Add -g to other command line arguments])],,enable_debug=no)
 105
 106 ### IA32 assembly code
 107 AC_ARG_ENABLE(ia32_sse,
 108               [AC_HELP_STRING([--disable-ia32-sse],
 109                               [Don't build SSE/SSE2 assembly loops on ia32])],,enable_ia32_sse=yes)
 110
 111 case "${host_cpu}-${host_vendor}" in
 112    i?86-*) ;;
 113    *) enable_ia32_sse=no ;;
 114 esac
 115
 116 ### AMD64 assembly code
 117 AC_ARG_ENABLE(x86_64_sse,
 118               [AC_HELP_STRING([--disable-x86-64-sse],
 119                               [Don't build SSE assembly loops on X86_64])],,enable_x86_64_sse=yes)
 120 case "${host_cpu}-${host_vendor}" in
 121    x86_64-* | amd64-*) ;;
 122    i?86-apple) ;;
 123    *) enable_x86_64_sse=no ;;
 124 esac
 125
 126
 127 ### Altivec on powerpc (motorola)
 128 AC_ARG_ENABLE(ppc_altivec,
 129               [AC_HELP_STRING([--disable-ppc-altivec],
 130                               [Don't build Altivec loops on PowerPC])],,enable_ppc_altivec=undef)
 131 # Power3/4/5 running AIX does not support altivec. We identify this with vendor=IBM.
 132 # IBM powerpc 970 boxes run linux, and have vendor=unknown.
 133 if test "$enable_ppc_altivec" = "undef"; then
 134   case "${host_cpu}-${host_vendor}" in
 135     ppc*-ibm* | powerpc*-ibm*) enable_ppc_altivec=no ;;
 136     ppc*-* | powerpc*-*) enable_ppc_altivec=yes ;;
 137     *) enable_ppc_altivec=no ;;
 138   esac
 139 fi
 140
 141 ###################################
 142 ## Detect buggy version of gcc
 143 ###################################
 144 AC_ARG_ENABLE(gcc41_check,
 145               [AC_HELP_STRING([--disable-gcc41-check],
 146                               [Disable the check for buggy gcc 4.1])],,enable_gcc41_check=yes)
 147
 148
 149
 150 ### ia64 assembly code
 151 AC_ARG_ENABLE(ia64_asm,
 152               [AC_HELP_STRING([--enable-ia64-asm],
 153                               [Build assembly loops on ia64])],,enable_ia64_asm=no)
 154 case "${host_cpu}" in
 155    ia64) ;;
 156    *) enable_ia64_asm=no ;;
 157 esac
 158
 159
 160 # IBM Power6-specific optimization
 161 AC_ARG_ENABLE(power6,
 162              [AC_HELP_STRING([--enable-power6],
 163                              [Use IBM Power6-specific F77 kernels])],,enable_power6=no)
 164 if test "$enable_power6" = "yes"; then
 165   AC_DEFINE(GMX_POWER6,,[Enable IBM Power6-specific F77 kernels])
 166 fi
 167
 168 AC_ARG_ENABLE(bluegene,
 169               [AC_HELP_STRING([--enable-bluegene],
 170                               [Build assembly intrinsics kernels on bluegene])],,enable_bluegene=no)
 171
 172
 173 ### Optimize for host cpu version
 174 AC_ARG_ENABLE(cpu-optimization,
 175               [AC_HELP_STRING([--disable-cpu-optimization],
 176                               [No detection or tuning flags for cpu version])],, enable_cpu_optimization=yes)
 177
 178
 179 ### Do software 1/sqrt(x)
 180 AC_ARG_ENABLE(software-invsqrt,
 181               [AC_HELP_STRING([--disable-software-invsqrt],
 182                               [No software 1/sqrt (disabled on sgi,ibm,ia64)])],,
 183 [case "${host_cpu}-${host_os}" in
 184   mips*-irix* | rs6000*-aix* | powerpc*-aix | powerpc*-none | ia64*-*) enable_software_invsqrt=no ;;
 185   *) enable_software_invsqrt=yes ;;
 186 esac])
 187 if test "$enable_software_invsqrt" = "yes"; then
 188   AC_DEFINE(GMX_SOFTWARE_INVSQRT,,[Use the GROMACS software 1/sqrt(x)])
 189   PKG_CFLAGS="$PKG_CFLAGS -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT"
 190 fi
 191 AM_CONDITIONAL([GMX_SOFTWARE_INVSQRT],[test "$enable_software_invsqrt" = "yes"])
 192
 193 AC_ARG_ENABLE(fahcore,
 194               [AC_HELP_STRING([--enable-fahcore],
 195                               [Create a library with mdrun functionality])],, enable_fahcore=no)
 196
 197
 198
 199 # The four options below used to improve code scheduling, but the newest CPUs can usually rearrange
 200 # instructions dynamically at runtime, so they might not make much difference now:
 201
 202
 203 AC_ARG_ENABLE(all-static,
 204               [AC_HELP_STRING([--enable-all-static],
 205                               [Make completely static binaries])],, enable_all_static=no)
 206 # Dont add the -all-static flag until after the compiler test.
 207
 208
 209 # FFT libraries - only use one...
 210 AC_ARG_WITH(fft,
 211             [AC_HELP_STRING([--with-fft=@<:@fftw3/fftw2/mkl(>=6.0)/fftpack@:>@],
 212                             [FFT library to use. fftw3 is default, fftpack built in.])],,
 213                              with_fft=fftw3)
 214
 215 AC_ARG_ENABLE(fftw-measure,
 216             [AC_HELP_STRING([--disable-fftw-measure],
 217                             [Dont optimize FFTs. This produces binary exactly]
 218                             [reproducible runs (as the -reprod flag to mdrun),]
 219                             [and if you are using FFTW on x86 and specified its]
 220                             [--enable-sse/sse2 flag (NOT default in FFTW!) the]
 221                             [kernels used are close-to-optimal anyway.])],,
 222                              enable_fftw_measure=yes)
 223
 224
 225 AC_ARG_ENABLE(threads,
 226               [AC_HELP_STRING([--disable-threads],
 227                               [Disable parallel runs using threads])],,enable_threads=yes)
 228
 229
 230 ### Use external BLAS/LAPACK libraries if the user wants to.
 231 ###
 232 AC_ARG_WITH(external_blas,
 233             [AC_HELP_STRING([--with-external-blas],
 234                             [Use system BLAS library (add to LIBS). Automatic on OS X.])],,
 235 [
 236 # default action - check if we are on OS X
 237 case "${host_vendor}-${host_os}" in
 238   apple-darwin*) with_external_blas="yes" ; extra_LDFLAGS="-framework Accelerate" ;;
 239   *)             with_external_blas="no"  ;;
 240 esac
 241 ])
 242 AM_CONDITIONAL([GMX_EXTERNAL_BLAS], [test "$with_external_blas" = "yes"])
 243
 244
 245 AC_ARG_WITH(external_lapack,
 246             [AC_HELP_STRING([--with-external-lapack],
 247                             [Use system LAPACK library (add to LIBS). Automatic on OS X.])],,
 248 [
 249 # default action - check if we are on OS X
 250 case "${host_vendor}-${host_os}" in
 251   apple-darwin*) with_external_lapack="yes" ; extra_LDFLAGS="-framework Accelerate" ;;
 252   *)             with_external_lapack="no"  ;;
 253 esac
 254 ])
 255 AM_CONDITIONAL([GMX_EXTERNAL_LAPACK], [test "$with_external_lapack" = "yes"])
 256
 257
 258
 259
 260 AC_ARG_WITH(qmmm_gaussian,
 261               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-gaussian],
 262                               [Use modified Gaussian0x for QM-MM (see website)])],,with_qmmm_gaussian=yes)
 263 if test "$with_qmmm_gaussian" = "yes"; then
 264   AC_DEFINE(GMX_QMMM_GAUSSIAN,,[Use (modified) Gaussian0x for QM-MM calculations])
 265 fi
 266
 267
 268 AC_ARG_WITH(qmmm_gamess,
 269               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-gamess],
 270                               [Use modified Gamess-UK for QM-MM (see website)])],,with_qmmm_gamess=no)
 271 if test "$with_qmmm_gamess" = "yes"; then
 272   AC_DEFINE(GMX_QMMM_GAMESS,,[Use (modified) Gamess-UK for QM-MM calculations])
 273 fi
 274
 275
 276 AC_ARG_WITH(qmmm_mopac,
 277               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-mopac],
 278                               [Use modified Mopac 7 for QM-MM (see website)])],,with_qmmm_mopac=no)
 279 if test "$with_qmmm_mopac" = "yes"; then
 280   AC_DEFINE(GMX_QMMM_MOPAC,,[Use (modified) Mopac 7 for QM-MM calculations])
 281 fi
 282
 283
 284 AC_ARG_WITH(qmmm_orca,
 285               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-orca],
 286                               [Use ORCA for QM-MM])],,with_qmmm_orca=no)
 287 if test "$with_qmmm_orca"="yes"; then
 288   AC_DEFINE(GMX_QMMM_ORCA,,[Use ORCA for QM-MM calculations])
 289 fi
 290
 291
 292 AC_ARG_WITH(dlopen,
 293             [AC_HELP_STRING([--without-dlopen],
 294                             [do not compile with dlopen, needed to read VMD]
 295                             [supported file formats])],,with_dlopen=yes)
 296
 297
 298
 299 ############################################################
 300 # Add some debug info: Who is building, and on what machine?
 301 ############################################################
 302 AC_DEFINE_UNQUOTED([BUILD_TIME],["`date`"],[Date and time for build])
 303 AC_DEFINE_UNQUOTED([BUILD_USER],["`whoami`@`hostname`"],[User doing build])
 304 AC_DEFINE_UNQUOTED([BUILD_MACHINE],["`uname -srm`"],[Hardware and OS version for build host])
 305
 306
 307 ############################################################
 308 # Checks for requirements for version information generation
 309 ############################################################
 310 generate_version=no
 311 if test -d $srcdir/.git ; then
 312     AC_CHECK_PROG(have_git, git, yes, no)
 313     if test "$have_git" = "yes" ; then
 314         AC_MSG_CHECKING(for a recent enough git)
 315         if git --git-dir=$srcdir/.git rev-list -n1 --pretty=format:%cd HEAD | grep "Mon\|Tue\|Wed\|Thu\|Fri\|Sat\|Sun" >/dev/null 2>&1; then
 316             AC_MSG_RESULT(yes)
 317             generate_version=yes
 318             AC_DEFINE(USE_VERSION_H,,[Use generated version info])
 319         else
 320             AC_MSG_RESULT(no)
 321         fi
 322     fi
 323     if test "$generate_version" = "no" ; then
 324         AC_MSG_WARN([No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.])
 325     fi
 326 fi
 327 AM_CONDITIONAL([USE_VERSION_H],[test "$generate_version" = "yes"])
 328
 329
 330 ############################################################
 331 # Checks for programs
 332 ############################################################
 333
 334 # normally we use the default compiler, but on alpha/linux we try the compaq ones first
 335 case "${host_cpu}-${host_os}" in
 336   alpha*-linux*)
 337     cc_names="ccc cc gcc"
 338     f77_names="fort f77 gfortran g77"
 339     ;;
 340   *)
 341     cc_names="cc icc xlc gcc"
 342     f77_names="f77 ifort xlf xlf77 cf77 fl32 gfortran g77 fort77 f90 xlf90 pgf77 cf77 fort fort77 pgf90"
 343     ;;
 344 esac
 345 # the (non-mpi) c compiler, which is also used for programs executed during build stage
 346 AC_PROG_CC( $cc_names )
 347 # Check for environment variable CC_FOR_BUILD before overwriting it
 348 if test -z "$CC_FOR_BUILD"; then
 349   CC_FOR_BUILD=$CC
 350 fi
 351
 352 if test "$enable_gcc41_check" = "yes"; then
 353     if $CC --version 2>&1 | grep 'gcc.* 4\.1' > /dev/null 2>&1; then
 354         AC_MSG_ERROR([Uh-oh. Your compilers appears to be GCC version 4.1, which unfortunately produces]
 355 [buggy code at high optimimzation levels. It would be a good idea to update or]
 356 [use a different compiler. If you are ABSOLUTELY sure what you are doing, you]
 357 [can override this check with --disable-gcc41-check.])
 358     fi
 359 fi
 360
 361
 362
 363 AC_SUBST(CC_FOR_BUILD)
 364
 365 if test "$enable_fortran" = "yes" -o "$enable_power6" = "yes"; then
 366   AC_PROG_F77( $f77_names )
 367   if test -z "$F77"; then
 368     AC_MSG_ERROR([No fortran compiler found])
 369   fi
 370 fi
 371
 372 AM_PROG_AS( $CC )
 373
 374 # if we are using mpi, also get an MPICC. We cannot set that in the PROG_CC macro
 375 # above, since autoconf checks that the created file can be executed. This would
 376 # fail on platforms where MPI executables can only be run through a batchqueue.
 377
 378 if test "$enable_mpi" = "yes"; then
 379   enable_threads="no"
 380   AC_CHECK_PROGS(MPICC, mpxlc mpicc mpcc hcc, $CC)
 381 # now change the normal cc to the MPI one - see the comment above.
 382   CC=$MPICC
 383   CXX=$MPICC
 384   AC_MSG_CHECKING([whether the MPI cc command works]) # be paranoid
 385   AC_TRY_LINK([#include <mpi.h>],[int argc; char **argv; MPI_Init(&argc,&argv);],
 386 AC_MSG_RESULT([yes]),AC_MSG_ERROR([Cannot compile and link MPI code with $CC]))
 387   AC_DEFINE(GMX_MPI,,[Make a parallel version of GROMACS using MPI])
 388   AC_DEFINE(GMX_LIB_MPI,,[Use a real MPI library])
 389   PKG_CFLAGS="$PKG_CFLAGS -DGMX_LIB_MPI"
 390
 391   if test "$enable_mpi_in_place" = "yes"; then
 392     # not all MPIs support MPI_IN_PLACE:
 393     AC_MSG_CHECKING([for MPI_IN_PLACE in collective operations])
 394     AC_TRY_COMPILE([
 395 #include <mpi.h>
 396 void test(void)
 397 {
 398     void *buf;
 399     MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, buf, 10, MPI_FLOAT, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
 400 }
 401     ],,[
 402         AC_MSG_RESULT([yes])
 403         AC_DEFINE(MPI_IN_PLACE_EXISTS,[],[MPI_IN_PLACE available for collective operations])
 404     ],[
 405         AC_MSG_RESULT([no])
 406     ])
 407   fi
 408
 409 # on the cray xt3 we have to tell autoconf that we
 410 # are actually cross-compiling even if the architecture
 411 # of host and target are the same. so we enforce
 412 # cross-compilation if __QK_USER__ is defined
 413   AC_MSG_CHECKING([for catamount])
 414   AC_TRY_COMPILE([
 415 #if defined __QK_USER__
 416 #else
 417 #error not catamount
 418 #endif
 419 ],,[
 420   AC_MSG_RESULT([yes])
 421   cross_compiling=yes
 422   AC_DEFINE(GMX_CRAY_XT3,[],[Enable special hacks for Cray XT3])
 423   PKG_CFLAGS="$PKG_CFLAGS -DGMX_CRAY_XT3"
 424   AC_DEFINE(GMX_NO_SYSTEM,[],[Ignore calls to system(3)])
 425   AC_DEFINE(GMX_NO_NICE,[],[Ignore calls to nice(3)])
 426   AC_DEFINE(GMX_BROKEN_CALLOC,[],[Don't use calloc(3)])
 427   extra_LDFLAGS="$extra_LDFLAGS -lgmalloc -lacml"
 428 ],[
 429   AC_MSG_RESULT([no])
 430 ])
 431 # end of "$enable_mpi" = "yes"
 432 fi
 433
 434
 435 AH_TEMPLATE([F77_OR_C_FUNC],
 436             [Set to F77_FUNC(name,NAME) if Fortran used, otherwise 'name' for C.])
 437 AH_TEMPLATE([F77_OR_C_FUNC_],
 438             [Set to F77_FUNC_(name,NAME) if Fortran used, otherwise 'name' for C.])
 439
 440
 441
 442 if test "$enable_fortran" = "yes" -o "$enable_power6" = "yes"; then
 443   AC_F77_LIBRARY_LDFLAGS
 444   AC_F77_WRAPPERS
 445   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC(name,NAME)],[F77_FUNC(name,NAME)])
 446   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC_(name,NAME)],[F77_FUNC_(name,NAME)])
 447 else
 448   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC(name,NAME)],[name])
 449   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC_(name,NAME)],[name])
 450 fi
 451
 452
 453
 454 AC_PROG_CPP
 455 # Needed by libtool scripts?
 456 AC_PROG_EGREP
 457 AC_PROG_LN_S
 458
 459 if test "$enable_cpu_optimization" = "yes"; then
 460   ACX_DETECT_GMXCPU
 461 else
 462   gmxcpu=""
 463 fi
 464 ACX_COMPILER_MAXOPT
 465
 466
 467 # We've postponed the threads check because we need to check with the right
 468 # compilers/flags
 469 SAVED_LIBS="$LIBS"
 470 if test "$enable_threads" = "yes"; then
 471   if test "$enable_mpi" = "yes"; then
 472     AC_MSG_ERROR([Cannot use both threads and MPI - yet.])
 473   fi
 474   if test "$with_fft" = "fftw2"; then
 475     AC_MSG_ERROR([fftw2 can't be used with threads. Use fftw3 or mkl.])
 476   fi
 477   if test "$enable_fortran" = "yes"; then
 478     AC_MSG_ERROR([FORTRAN is incompatible with threads and only provides a speed-up on certain IBM compilers. Use --disable-threads if you really want to use FORTRAN kernels.])
 479   fi
 480   AC_CHECK_HEADERS(unistd.h)
 481   AC_CHECK_HEADERS(sys/time.h)
 482   AC_CHECK_HEADERS(sched.h)
 483   AC_CHECK_FUNCS(sysconf)
 484
 485   # for now we just assume pthreads
 486   ACX_PTHREAD(,AC_MSG_ERROR([Cannot find POSIX threads - required for thread support using configure!]))
 487   LIBS="$PTHREAD_LIBS $LIBS"
 488   CFLAGS="$CFLAGS $PTHREAD_CFLAGS -I$srcdir/include"
 489   CXXFLAGS="$CXXFLAGS $PTHREAD_CFLAGS -I$srcdir/include"
 490   CC="$PTHREAD_CC "
 491   AC_DEFINE(THREAD_PTHREADS,,[Use pthreads for multithreading])
 492
 493   # profiling
 494   AC_ARG_ENABLE(tmpi-profiling,
 495               [AC_HELP_STRING([--enable-tmpi-profiling],
 496               [Enables profiling of thread_mpi calls and wait times])],,
 497               enable_tmpi_profiling=no)
 498   if test "x$enable_tmpi_profiling" = "xyes"; then
 499     AC_DEFINE(TMPI_PROFILE,,[Enable profiling for call and wait times])
 500   fi
 501
 502   # check the atomics
 503   AC_MSG_CHECKING(if atomic operations are supported)
 504   CFLAGS_RET="$CFLAGS"
 505   CXXFLAGS_RET="$CXXFLAGS"
 506   CFLAGS="$CFLAGS -I$srcdir/include -DTMPI_CHECK_ATOMICS"
 507   CXXFLAGS="$CXXFLAGS -I$srcdir/include -DTMPI_CHECK_ATOMICS"
 508   # this sets a variable 'tmpi_atomics' to 'yes' if there are atomics.
 509   AC_COMPILE_IFELSE([#include "thread_mpi/atomic.h" ],
 510                       [AC_MSG_RESULT(yes); tmpi_atomics=yes],
 511                       [AC_MSG_WARN(
 512 [No atomics.
 513
 514 This compiler+CPU combination doesn't have working atomics.
 515 Thread support will be unbearably slow: disable threads.
 516
 517 Atomics should work on all but the most obscure CPU+compiler combinations;
 518 if your system is not obscure -- like, for example, x86 with gcc --  please
 519 contact the developers.
 520 ]); tmpi_atomics=no])
 521   CFLAGS="$CFLAGS_RET"
 522   CXXFLAGS="$CXXFLAGS_RET"
 523
 524   AC_DEFINE(GMX_THREADS,,[Use threads for parallelization])
 525   PKG_CFLAGS="$PKG_CFLAGS -DGMX_THREADS"
 526   AC_DEFINE(GMX_MPI,,[Make a parallel version of GROMACS using MPI])
 527   AM_CONDITIONAL(THREAD_PARALLEL,true)
 528 else
 529   AM_CONDITIONAL(THREAD_PARALLEL,false)
 530 fi
 531 LIBS="$SAVED_LIBS"
 532
 533
 534
 535 #############
 536 # Check integer endian
 537 #############
 538 AC_C_BIGENDIAN([AC_DEFINE([GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN],,[Integer byte order is big endian.])],[],[
 539 AC_MSG_ERROR([Cannot determine endian in compiled output])])
 540 # Little endian implied if GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN not defined in source.
 541
 542 #############
 543 # Make sure size_t can hold pointers.
 544 # On some Nec machines, you reportedly need to specify a flag for size_t to be 64 bits wide.
 545 #############
 546 AC_MSG_CHECKING([that size_t can hold pointers])
 547 AC_TRY_COMPILE([
 548 #include <stdlib.h>
 549 #include <stddef.h>
 550 ],[int chk[sizeof(size_t)-sizeof(int *)+1];],AC_MSG_RESULT([yes]),[
 551    AC_MSG_ERROR([size_t is smaller than int*. Check if your compiler needs a flag to make it 64 bit.])])
 552
 553
 554 #############
 555 # Check that SIGUSR1 is defined
 556 #############
 557 AC_MSG_CHECKING([for SIGUSR1])
 558 AC_TRY_COMPILE([#include <signal.h>],[int i=SIGUSR1;],[
 559 AC_MSG_RESULT([yes])
 560 AC_DEFINE(HAVE_SIGUSR1,,[SIGUSR1 supported and defined])
 561 ],AC_MSG_RESULT([no]))
 562
 563 #############
 564 # Check if pipes are supported
 565 #############
 566 AC_MSG_CHECKING([for pipes])
 567 AC_TRY_COMPILE([#include <stdio.h>],[
 568 FILE *pipe=popen("/tmp/pipe","r");
 569 ],[
 570 AC_MSG_RESULT([yes])
 571 AC_DEFINE(HAVE_PIPES,,[Pipes (popen/pclose) supported])
 572 ],AC_MSG_RESULT([no]))
 573
 574
 575
 576 #############
 577 # Check floating-point format and endian
 578 #############
 579 ACX_FLOAT_FORMAT
 580
 581
 582 AC_PROG_INSTALL
 583 AC_PROG_LN_S
 584 AC_PROG_MAKE_SET
 585 AC_LIBTOOL_WIN32_DLL
 586 AC_LIBTOOL_DLOPEN
 587 AC_PROG_LIBTOOL
 588 AC_SYS_LARGEFILE
 589 #
 590 # Use our own version of AC_FUNC_FSEEKO from autoconf 2.63 instead
 591 # of the broken one we might get from autoconf 2.61.
 592 ACX_FUNC_FSEEKO_FIXED
 593
 594
 595
 596
 597 ############################################################################
 598 # Checks for libraries.
 599 ############################################################################
 600 #
 601 # Don't add math library for intel compilers
 602 if $CC -V 2>&1 | grep 'Intel Corporation' > /dev/null 2>&1; then
 603   AC_MSG_NOTICE([Using built-in math library with intel compiler])
 604 else
 605   AC_CHECK_LIB(m,sqrt,,AC_MSG_ERROR([No math library found]))
 606 fi
 607
 608 #####
 609 # Disable MASS support for now.
 610 #####
 611
 612 #save current LIBS
 613 SAVED_LIBS="$LIBS"
 614
 615 #set empty defaults
 616 PKG_FFT=""
 617 FFT_LIBS=""
 618 case "$with_fft" in
 619 fftw2)
 620   if test "$enable_float" = "yes"; then
 621     sizeof_real=4
 622   else
 623     sizeof_real=8
 624   fi
 625   ACX_CHECK_FFTW2(fftw,$sizeof_real)
 626   ACX_CHECK_FFTW2(rfftw,$sizeof_real)
 627   FFT_LIBS="-lfftw -lrfftw"
 628
 629   case ${ac_fftw_savedprefix} in
 630    d) AC_DEFINE(FFTW2_NAME_DFFTW,,[Use the d prefix on fftw2 includes]) ;;
 631    s) AC_DEFINE(FFTW2_NAME_SFFTW,,[Use the s prefix on fftw2 includes]) ;;
 632    *) AC_DEFINE(FFTW2_NAME_FFTW,,[Dont use any prefix on fftw2 includes]) ;;
 633   esac
 634
 635   AC_DEFINE(GMX_FFT_FFTW2,,[Use FFTW2 FFT library])
 636
 637   ;; #  end of fftw2 check
 638
 639 fftw3) # Much simpler check than fftw2
 640 # Check for header <fftw3.h> AC_CHECK_HEADERS doesnt work, since we must
 641 # use mpicc to get includes - cpp isnt always the same compiler.
 642 AC_MSG_CHECKING([for fftw3.h])
 643 AC_TRY_COMPILE([#include<fftw3.h>],,[
 644 # ok, look for library file too
 645 AC_MSG_RESULT(yes)
 646 if test "$enable_float" = "yes"; then
 647   AC_CHECK_LIB([fftw3f],main,,AC_MSG_ERROR([Cannot find fftw3f library]))
 648   PKG_FFT="fftw3f"
 649   FFT_LIBS="-lfftw3f"
 650 else
 651   AC_CHECK_LIB([fftw3],main,,AC_MSG_ERROR([Cannot find fftw3 library]))
 652   PKG_FFT="fftw3"
 653   FFT_LIBS="-lfftw3"
 654 fi
 655   AC_DEFINE(GMX_FFT_FFTW3,,[Use FFTW3 FFT library])
 656 ],[
 657 # not ok, echo a warning
 658 AC_MSG_ERROR(
 659 [Cannot find the default external FFT library (fftw3).
 660 Other alternatives are 'fftw2', or 'mkl' for Intel MKL.
 661 You are STRONGLY recommended to use one of these - fftw is free.
 662
 663 Use CPPFLAGS and LDFLAGS if the library is installed in a
 664 non-standard location. (see FAQ at http://www.gromacs.org)
 665
 666 If you dont care about performance you can also specify 'fftpack'
 667 to use a slower set of FFTs built into Gromacs.
 668 (Just install FFTW3 unless you really know what you are doing).
 669 ])
 670 ])
 671   ;;
 672
 673 mkl*)
 674 ###########
 675 # Intel Math Kernel Library version 6 and later.
 676 ##########
 677 AC_MSG_CHECKING([for mkl_dfti.h])
 678 AC_TRY_COMPILE([#include<mkl_dfti.h>],,AC_MSG_RESULT(yes),AC_MSG_ERROR([Cannot find mkl_dfti.h header from Intel Math Kernel Library>=6.0.]\
 679 ))
 680 ## Check for library
 681 #  AC_CHECK_LIB([guide],main,,AC_MSG_ERROR([Cannot find libguide (Intel MKL)]))
 682 #  AC_CHECK_LIB([mkl],DftiComputeForward,,
 683 #    AC_MSG_ERROR([Cannot find Intel Math Kernel Library >= 6.0]))
 684   # first check for older MKLs
 685   AC_CHECK_LIB([mkl],DftiComputeForward,,[have_mkl="no"])
 686   if test "$have_mkl" = "no"; then
 687     # we assume it's a new MKL
 688     LIBS="$LIBS -liomp5 -lmkl_sequential -lmkl_core"
 689     LMKL=" -liomp5 -lmkl_sequential -lmkl_core"
 690     AC_CHECK_LIB([mkl_intel_lp64],DftiComputeForward,,[have_mkl10_64="no"])
 691     FFT_LIBS="$LMKL -lmkl_intel_lp64"
 692     if test "$have_mkl10_64" = "no"; then
 693       AC_CHECK_LIB([mkl_intel],DftiComputeForward,,[have_mkl10_32="no"])
 694       FFT_LIBS="$LMKL -lmkl_intel"
 695       if test "$have_mkl10_32" = "no"; then
 696         AC_MSG_ERROR([Cannot find Intel Math Kernel Library >= 6.0])
 697       fi
 698     fi
 699   fi
 700   AC_DEFINE(GMX_FFT_MKL,,[Use Intel MKL FFT library])
 701   AC_SUBST(LMKL)
 702   ;;
 703
 704 fftpack | no)
 705   AC_MSG_WARN([The built-in FFTPACK routines are slow.
 706 Are you sure you don't want to use FFTW? It is free and much faster...])
 707   AC_DEFINE(GMX_FFT_FFTPACK,,[Use Built-in FFTPACK FFT library])
 708   ;;
 709 *)
 710   AC_MSG_ERROR([Unknown FFT library])
 711   ;;
 712 esac
 713 #restore LIBS from before fft check
 714 LIBS="$SAVED_LIBS"
 715
 716 #only fftw3 has support for pkg-config
 717 AC_SUBST(PKG_FFT)
 718 if test -z "${PKG_FFT}"; then
 719   AC_SUBST(PKG_FFT_LIBS,"$FFT_LIBS")
 720 else
 721   AC_SUBST(PKG_FFT_LIBS,"")
 722 fi
 723 #flag for Makefile
 724 AC_SUBST(FFT_LIBS)
 725
 726 if test "$enable_fftw_measure" != "yes"; then
 727    AC_DEFINE(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE,,[Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE FFT kernels)])
 728 fi
 729
 730 ######
 731 # check for xtc headers
 732 case "${host_os}" in
 733 cygwin* | mingw*)   # use our own xdr stuff for cygwin/mingw
 734   ;;
 735 *)
 736   AC_CHECK_HEADERS([rpc/rpc.h])
 737   AC_CHECK_HEADERS([rpc/xdr.h],,,
 738 [#if HAVE_RPC_RPC_H
 739 # include <rpc/rpc.h>
 740 #endif
 741 ])
 742   AC_CHECK_LIB(nsl,xdr_float)
 743   AC_TRY_LINK([
 744 #if HAVE_RPC_RPC_H
 745 #include<rpc/rpc.h>
 746 #else
 747 #error NO rpc.h header
 748 #endif
 749 #if HAVE_RPC_XDR_H
 750 #include<rpc/xdr.h>
 751 #else
 752 #error No xdr.h header
 753 #endif
 754 ],[ XDR *xd; float f; xdr_float(xd,&f);],[have_xdr="yes"])
 755
 756   if test "$have_xdr" != "yes"; then
 757     AC_DEFINE(GMX_INTERNAL_XDR,,[Use our own instead of system XDR libraries])
 758     PKG_CFLAGS="$PKG_CFLAGS -DGMX_INTERNAL_XDR"
 759     AC_MSG_WARN([Couldn't find XDR headers and/or libraries - using our own])
 760   fi
 761   ;;
 762 esac
 763
 764
 765 ########################################################################
 766 # Checks for header files and types
 767 ########################################################################
 768
 769 AC_CHECK_HEADERS([limits.h unistd.h],,AC_MSG_ERROR([Include headers not found]))
 770 AC_CHECK_HEADERS(unistd.h)
 771 AC_CHECK_HEADERS(sys/types.h)
 772 AC_CHECK_HEADERS(sys/time.h)
 773 AC_CHECK_HEADERS(dirent.h,,[AC_MSG_WARN(
 774 [
 775 ********************************************************************
 776 * WARNING! We could not find the header file dirent.h              *
 777 *                                                                  *
 778 * Without this header, we will not be able to scan directories for *
 779 * files, which completely breaks pdb2gmx. You will still be able   *
 780 * to run simulations, but you cannot prepare input data.           *
 781 * dirent.h is part of the POSIX 2001-1 standard, and should be     *
 782 * present on all UNIX-like systems, CygWin, and MinGW.             *
 783 ********************************************************************])])
 784 ## NOTE: On native windows we do not use configure.ac
 785 AC_CHECK_HEADERS(regex.h,,[AC_MSG_WARN(
 786 [No regex.h found.
 787 Regular expression matching in selections will be disabled.
 788 Selections still work, but the default groups can differ from
 789 those obtained with regular expressions enabled.
 790 Consider installing the regular expression library from GNU libc.])])
 791
 792
 793
 794 #####
 795 # Checks for additional and/or optional functions or libraries.
 796 #AC_FUNC_MALLOC
 797 AC_FUNC_MEMCMP
 798 AC_TYPE_SIGNAL
 799 AC_TYPE_OFF_T
 800 AC_FUNC_VPRINTF
 801 AM_WITH_DMALLOC
 802 AC_CHECK_FUNCS(strcasecmp)
 803 AC_CHECK_FUNCS(strdup)
 804 AC_CHECK_FUNCS(gettimeofday)
 805 AC_CHECK_FUNCS(cbrt)
 806 AC_CHECK_FUNCS(isnan)
 807 AC_CHECK_FUNCS(_isnan)
 808 AC_CHECK_FUNCS(isfinite)
 809 AC_CHECK_FUNCS(_isfinite)
 810 AC_CHECK_FUNCS(fsync)
 811 AC_CHECK_FUNCS(fileno)
 812
 813 # check for bool (must come late, since CFLAGS/includes might affect it)
 814 AC_CHECK_TYPES([bool])
 815 AC_SEARCH_LIBS(posix_memalign, c, AC_DEFINE(HAVE_POSIX_MEMALIGN, 1, Define to 1 if you have the posix_memalign function))
 816 AC_SEARCH_LIBS(memalign, c, AC_DEFINE(HAVE_MEMALIGN, 1, Define to 1 if you have the memalign function))
 817 AC_CHECK_FUNCS(_aligned_malloc)
 818 #AC_SEARCH_LIBS(_aligned_malloc, c, AC_DEFINE(HAVE__ALIGNED_MALLOC, 1, Define to 1 if you have the _aligned_malloc function))
 819
 820
 821
 822
 823
 824
 825 #############
 826 # Check integer sizes, set to zero if e.g. long long is not supported.
 827 # (Note: this must come *after* type checks for the corresponding types!)
 828 #############
 829 AC_CHECK_SIZEOF(int)
 830 AC_CHECK_SIZEOF(long int)
 831 AC_CHECK_SIZEOF(long long int)
 832 AC_CHECK_SIZEOF(off_t)
 833 AC_CHECK_SIZEOF(void*)
 834
 835
 836
 837 # Apple OS X is a bit strange/braindead in that it always reports itself as i386, both for
 838 # 32 and 64 bit builds (even with the 64 bit kernel!).
 839 #
 840 # To get the SSE support right we check for the size of void * that we detected above...
 841 case "${host_vendor}-${host_os}" in
 842   apple-darwin*)
 843   if test $ac_cv_sizeof_voidp = 8; then
 844      enable_ia32_sse=no;
 845   else
 846      enable_x86_64_sse=no;
 847   fi
 848   ;;
 849   *) ;;
 850 esac
 851
 852
 853
 854
 855 #####
 856 # Look for X
 857 AC_PATH_XTRA
 858 if test "$no_x" != "yes"; then
 859   AM_CONDITIONAL(USE_X11,true)
 860 else
 861   AM_CONDITIONAL(USE_X11,false)
 862 fi
 863
 864 # GNU Scientific Library or not
 865 AC_ARG_WITH(gsl,
 866  [AC_HELP_STRING([--with-gsl],[Link to the GNU scientific library, ]
 867                  [enables extra functions in analysis])],,with_gsl=no)
 868
 869 ######
 870 PKG_GSL=""
 871 GSL_LIBS=""
 872 if test "$with_gsl" = "yes"; then
 873   SAVED_LIBS="$LIBS"
 874   AC_CHECK_HEADERS([gsl/gsl_version.h],[
 875 # header found, check for libraries
 876   AC_CHECK_LIB(gslcblas,main,[
 877 # gslcblas library found, check main lib
 878   AC_CHECK_LIB(gsl,main,[
 879 # everything need for gsl found
 880   GSL_LIBS="-lgsl -lgslcblas"
 881 #gsl has pkg-config support
 882   PKG_GSL="gsl"
 883   AC_DEFINE(HAVE_LIBGSL,1,[Do we have libgsl])
 884   ],[:],[-lgslcblas])])])
 885   LIBS="$SAVED_LIBS"
 886 #
 887 fi
 888 AC_SUBST(PKG_GSL)
 889 AC_SUBST(GSL_LIBS)
 890
 891 AC_ARG_WITH(xml,
 892  [AC_HELP_STRING([--without-xml],[do not link to the xml2 library,]
 893                  [disallows the use of certain file formats])],,with_xml=yes)
 894
 895 #########
 896 # Check for libxml2, but it is optional, so dont stop
 897 # if it isnt there.
 898 PKG_XML=""
 899 XML_LIBS=""
 900 if test "$with_xml" = "yes"; then
 901    SAVED_LIBS="$LIBS"
 902    ac_save_CPPFLAGS="$CPPFLAGS"
 903    CPPFLAGS="$ac_save_CPPFLAGS -I/usr/include/libxml2"
 904    AC_CHECK_HEADERS([libxml/parser.h],AC_CHECK_LIB(xml2,main))
 905    if test "$ac_cv_lib_xml2_main" = "yes"; then
 906      INCLUDES="$INCLUDES -I/usr/include/libxml2"
 907      PKG_XML="libxml-2.0"
 908      XML_LIBS="-lxml2"
 909      if test "$enable_all_static" = "yes"; then
 910        LDFLAGS_RET=$LDFLAGS
 911        LDFLAGS="-static $LDFLAGS"
 912        LIBS_RET="$LIBS"
 913        LIBS="$LIBS -lz"
 914        AC_MSG_CHECKING(for broken libxml2)
 915        AC_TRY_RUN([
 916 #include <libxml/parser.h>
 917 main() {
 918   xmlInitParser();
 919   return 0;
 920 }],
 921        AC_MSG_RESULT([no]),[AC_MSG_RESULT([yes])
 922        AC_MSG_ERROR([Your libxml2 is broken for static linking, recompile it without threads or build gromacs without libxml])],[-lz])
 923        LDFLAGS=$LDFLAGS_RET
 924        LIBS="$LIBS_RET"
 925      fi
 926    fi
 927 # restore CPPFLAGS
 928    CPPFLAGS="$ac_save_CPPFLAGS"
 929    LIBS="$SAVED_LIBS"
 930 fi
 931 AC_SUBST(PKG_XML)
 932 AC_SUBST(XML_LIBS)
 933
 934 ####
 935 # And collect the f77 libs to the linker - on Solaris, f77 stuff must go first,
 936 # and we need -L/usr/ucblib to find libucb... (stupid OS)
 937 # On e.g. ibm the mass libraries must come before -lm...
 938 case "${host_cpu}-${host_os}" in
 939   *-solaris*)
 940     LIBS="$FLIBS $LIBS"
 941     LDFLAGS="$LDFLAGS -L/usr/ucblib"
 942     ;;
 943   *) LIBS="$LIBS $FLIBS" ;;
 944 esac
 945
 946
 947 # add the Accelerate framework if enabled above.
 948 # LDFLAGS might have been set in the CPU optimization, so we cant assign it directly before that.
 949 LDFLAGS="$LDFLAGS $extra_LDFLAGS"
 950
 951
 952
 953
 954
 955
 956 #####
 957 # Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
 958 AC_C_CONST
 959 AC_TYPE_SIZE_T
 960 AC_STRUCT_TM
 961 AC_C_INLINE
 962 AC_C_RESTRICT
 963
 964 # AC_TYPE_UID_T is broken on Mac OS X, so use generic tests instead
 965 AC_CHECK_TYPES([uid_t],[],[AC_DEFINE(uid_t, int, [Define to `int' if <sys/types.h> doesn't define.])],[[#include <sys/types.h>]])
 966 AC_CHECK_TYPES([gid_t],[],[AC_DEFINE(gid_t, int, [Define to `int' if <sys/types.h> doesn't define.])],[[#include <sys/types.h>]])
 967
 968 AC_CHECK_TYPES([sig_atomic_t],[],[AC_DEFINE(sig_atomic_t, int, [Define to `int' (and hope it's atomic) if <signal.h> doesn't define it.])],[[#include <signal.h>]])
 969
 970
 971
 972
 973 # Test stuff for ia32 and x86_64 assembly, and add objects/libraries.
 974 if test "$enable_ia32_sse" = "yes" -o "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
 975   AC_MSG_CHECKING([whether your compiler can handle assembly files (*.s)])
 976 #
 977 # Use 64-bit registers (rsp/rbp) on x86_64
 978 #
 979 if test "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
 980 cat > conftestasm.s << EOF
 981 checkasm:
 982         mov     %rsp, %rbp
 983         ret
 984 EOF
 985 else
 986 cat > conftestasm.s << EOF
 987 checkasm:
 988         movl    %esp, %ebp
 989         ret
 990 EOF
 991 fi
 992   if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftestasm.s); then
 993     if test -f conftestasm.o; then
 994       AC_MSG_RESULT([yes])
 995     else
 996       AC_MSG_RESULT([no])
 997       AC_MSG_ERROR([Upgrade your compiler (or disable assembly loops).])
 998     fi
 999   else
1000     AC_MSG_RESULT([no])
1001     AC_MSG_ERROR([Upgrade your compiler (or disable assembly loops).])
1002   fi
1003
1004 # ok, cc understands assembly.
1005 #
1006 # If we are using double precision we need SSE2
1007   if test "$enable_float" = "no"; then
1008 #   test SSE2 on ia32:
1009     if test "$enable_ia32_sse" = "yes"; then
1010       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports ia32 SSE2])
1011 cat > conftest.s << EOF
1012 checkasm:
1013         emms
1014         movapd 32(%esi,%edx,8),%xmm4
1015         emms
1016         ret
1017 EOF
1018       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
1019         AC_MSG_RESULT([yes])
1020       else
1021         AC_MSG_RESULT([no])
1022         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
1023       fi
1024       AC_DEFINE([GMX_IA32_SSE2],,[Double-precision SSE2 instructions on ia32])
1025     fi
1026 #   test SSE2 on X86_64:
1027     if test "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
1028       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports X86_64 SSE2])
1029 cat > conftest.s << EOF
1030 checkasm:
1031         emms
1032         movapd 32(%rsi,%rdx,8),%xmm4
1033         emms
1034         ret
1035 EOF
1036       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
1037         AC_MSG_RESULT([yes])
1038       else
1039         AC_MSG_RESULT([no])
1040         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
1041       fi
1042       AC_DEFINE([GMX_X86_64_SSE2],,[Double-precision SSE2 instructions on X86_64])
1043     fi
1044   else
1045 # end of double precision testing, now do single.
1046     if test "$enable_ia32_sse" = "yes"; then
1047       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports ia32 SSE])
1048 cat > conftest.s << EOF
1049 checkasm:
1050         emms
1051         movaps 32(%esi,%edx,8),%xmm4
1052         emms
1053         ret
1054 EOF
1055       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
1056         AC_MSG_RESULT([yes])
1057       else
1058         AC_MSG_RESULT([no])
1059         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
1060       fi
1061       AC_DEFINE([GMX_IA32_SSE],,[Single-precision SSE instructions on ia32])
1062     fi
1063 #   test SSE2 on X86_64:
1064     if test "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
1065       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports X86_64 SSE instructions])
1066 cat > conftest.s << EOF
1067 checkasm:
1068         emms
1069         movaps 32(%rsi,%rdx,8),%xmm4
1070         emms
1071         ret
1072 EOF
1073       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
1074         AC_MSG_RESULT([yes])
1075       else
1076         AC_MSG_RESULT([no])
1077         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
1078       fi
1079       AC_DEFINE([GMX_X86_64_SSE],,[Single-precision SSE instructions on X86_64])
1080     fi
1081   fi
1082 fi
1083
1084
1085 # Test stuff for ia64 assembly
1086 #
1087 # Nothing to test right now.
1088
1089
1090
1091
1092 #
1093 # Test altivec support.
1094 #
1095 if test "$enable_ppc_altivec" = "yes"; then
1096   if test "$enable_float" = "no"; then
1097     AC_MSG_WARN([PowerPC Altivec loops can only be used in single precision - disabling])
1098     enable_ppc_altivec=no
1099   else
1100     # On FSF (vanilla) GCC we must include altivec.h, and on apple we
1101     # should NOT do it after using -faltivec. Go figure...
1102     case "${host_os}" in
1103     darwin*)
1104         # do nothing on Apple systems
1105        ;;
1106     *)
1107         AC_CHECK_HEADERS([altivec.h])
1108        ;;
1109     esac
1110
1111     AC_MSG_CHECKING([whether the compiler supports altivec extensions])
1112     AC_TRY_COMPILE([],[
1113 #ifndef __VEC__
1114 choke_me
1115 #endif
1116 ],[
1117     AC_MSG_RESULT([yes])
1118     AC_DEFINE([GMX_PPC_ALTIVEC],,[Use PowerPC Altivec inner loops])],[
1119       AC_MSG_RESULT([no])
1120       AC_MSG_WARN([no altivec support found - On recent PowerPC CPUs]
1121 [you can get a huge performance gain by using an altivec-enabled compiler.]
1122 [On OS X, you need GCC>=3.3, or the IBM compilers. If you are using standard]
1123 [GCC, you need at least version 4.0])
1124       enable_ppc_altivec=no])
1125   fi
1126 fi
1127
1128 if test "$enable_ia64_asm" = "yes"; then
1129   AC_DEFINE(GMX_IA64_ASM,,[Use ia64 assembly tuned for Itanium2])
1130   AC_DEFINE(DISABLE_WATER_NLIST,,[Turn off all water neighborlist optimization])
1131   AC_DEFINE(DISABLE_WATERWATER_NLIST,,[Turn off water-water neighborlist optimization only])
1132 fi
1133
1134 if test "$enable_bluegene" = "yes"; then
1135   AC_DEFINE(GMX_BLUEGENE,,[Use assembly intrinsics kernels for BlueGene])
1136   AC_DEFINE_UNQUOTED(GMX_POWERPC_INVSQRT,,[Use the PowerPC hardware 1/sqrt(x)])
1137   PKG_CFLAGS="$PKG_CFLAGS -DGMX_POWERPC_INVSQRT"
1138 fi
1139
1140 if test "$enable_fortran" = "yes"; then
1141   AC_DEFINE(GMX_FORTRAN,,[Enable Fortran support])
1142 fi
1143
1144 ##
1145 # Add the appropriate assembly loops
1146 #
1147 AM_CONDITIONAL([GMX_IA32_SSE],[test "$enable_ia32_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "yes"])
1148 AM_CONDITIONAL([GMX_IA32_SSE2],[test "$enable_ia32_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "no"])
1149 AM_CONDITIONAL([GMX_X86_64_SSE],[test "$enable_x86_64_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "yes"])
1150 AM_CONDITIONAL([GMX_X86_64_SSE2],[test "$enable_x86_64_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "no"])
1151 AM_CONDITIONAL([GMX_FORTRAN],[test "$enable_fortran" = "yes"])
1152 AM_CONDITIONAL([GMX_PPC_ALTIVEC],[test "$enable_ppc_altivec" = "yes" -a "$enable_float" = "yes"])
1153 AM_CONDITIONAL([GMX_IA64_ASM],[test "$enable_ia64_asm" = "yes"])
1154 AM_CONDITIONAL([GMX_BLUEGENE],[test "$enable_bluegene" = "yes"])
1155 AM_CONDITIONAL([GMX_POWER6],[test "$enable_power6" = "yes"])
1156
1157
1158 #############
1159 # Check integer endian
1160 #############
1161 AC_C_BIGENDIAN([AC_DEFINE([GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN],,[Integer byte order is big endian.])],[],[
1162 AC_MSG_ERROR([Cannot determine endian in compiled output])])
1163 # Little endian implied if GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN not defined in source.
1164
1165
1166
1167 case "${host_cpu}" in
1168    i?86)
1169          # Check if inline assembly works
1170          AC_MSG_CHECKING(if the compiler supports gcc inline assembly)
1171       AC_TRY_LINK([],[float f;int i; asm("fld %1\nfistpl %0\n" : "=m" (*&i) : "f" (f));],[AC_MSG_RESULT(yes)
1172 AC_DEFINE(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM,,[Enable x86 gcc inline assembly])],[AC_MSG_RESULT(no)])
1173          # Check for MSVC inline assembly
1174      AC_MSG_CHECKING(if the compiler supports MSVC inline assembly)
1175       AC_TRY_LINK([],[float f;int i; _asm { fld f } ; _asm { fistpl i };],[AC_MSG_RESULT(yes)
1176 AC_DEFINE(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM,,[Enable x86 MSVC inline assembly])],[AC_MSG_RESULT(no)])
1177         ;;
1178    *) ;;
1179 esac
1180
1181
1182 ############
1183 # Check dlopen
1184 ###########
1185 if test "$with_dlopen" = "yes"; then
1186       AC_MSG_CHECKING(if dlopen supported)
1187       CFLAGS_RET=$CFLAGS
1188       #LDFLAGS="$lt_cv_dlopen_libs $LDFLAGS" #can't make the macro, which is getting lt_cv_dlopen_libs, to work
1189       LDFLAGS_RET=$LDFLAGS
1190       LIBS_RET=$LIBS
1191       if test "$enable_all_static" = "yes"; then  #make sure we test also whether it works static
1192          LDFLAGS="$LDFLAGS -static"
1193       fi
1194       CFLAGS="-I$srcdir/include -DGMX_DLOPEN $CFLAGS"
1195       LIBS="$DLOPEN_LIBS $LIBS"
1196       AC_TRY_LINK([#include "$srcdir/src/gmxlib/vmddlopen.c"],,[
1197         AC_MSG_RESULT([yes])
1198         AC_DEFINE(GMX_DLOPEN,,[Compile with dlopen])
1199         AC_SUBST(DLOPEN_LIBS)
1200       ],[
1201         AC_MSG_RESULT([no])
1202         AC_SUBST(DLOPEN_LIBS,"")
1203       ])
1204       CFLAGS=$CFLAGS_RET
1205       LIBS=$LIBS_RET
1206       LDFLAGS=$LDFLAGS_RET
1207 fi
1208
1209
1210
1211
1212 ########################################################################
1213 # Final output stage
1214 ########################################################################
1215 AS="$CC"
1216 AC_SUBST(ASFLAGS)
1217 AC_SUBST(AS)
1218 AC_SUBST(INCLUDES)          # should be automatic, but doesnt seem to be?
1219
1220 # To tell libraries apart, we use four versions of the name. For instance, libgmx:
1221 # libgmx                single prec, no mpi.
1222 # libgmx_d              double prec, no mpi.
1223 # libgmx_mpi            single prec, mpi.
1224 # libgmx_mpi_d          double prec, mpi.
1225 # However, the non-suffixed names are linked to the _mpi and/or _d suffixed
1226 # ones upon installation if that is the only version available.
1227
1228 AC_ARG_VAR(
1229   [LIBSUFFIX],
1230   [To tell libraries apart, a suffix can be used. This is normally done
1231    automatically during ./configure (_d|_mpi|_mpi_d). But with this
1232    variable you can overwrite it
1233   ]
1234 )
1235 if test -z "${LIBSUFFIX}" ; then
1236   if test "$enable_mpi" = "yes"; then
1237     LIBSUFFIX="_mpi"
1238   fi
1239   if test "$enable_float" = "no"; then
1240     LIBSUFFIX="${LIBSUFFIX}_d"
1241   fi
1242 fi
1243 AC_SUBST(LIBSUFFIX)
1244
1245 # Unless the user has explicitly requested a prefix/suffix/transform, we
1246 # use _d on double precision files. Don't add anything for mpi, but at the
1247 # end we tell the user it is possible and smart to do in some cases!
1248 if test "$program_transform_name" = "s,x,x,"; then
1249   name_transform_provided=no;
1250   if test "$enable_float" = "no"; then
1251     program_transform_name="s,\$\$,_d,"
1252   fi
1253 else
1254   name_transform_provided=yes;
1255 fi
1256
1257
1258 # Use a variable for RPM - this way it can be
1259 # overridden with make RPM=rpm3 rpm
1260 RPM=rpm
1261 AC_SUBST(RPM)
1262
1263 if test "$enable_fahcore" = "yes"; then
1264   CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I\$(top_srcdir)/../corewrap -include swindirect.h -DFULLINDIRECT -DUSE_FAH_XDR"
1265   if test "$enable_mpi" = "yes"; then
1266     CFLAGS="$CFLAGS -DMPI"
1267   fi
1268 fi
1269 AM_CONDITIONAL([GMX_FAHCORE],[test "$enable_fahcore" = "yes"])
1270
1271
1272 if test "$enable_all_static" = "yes"; then
1273   LDFLAGS="$LDFLAGS -all-static"
1274 fi
1275
1276 # we have asm source, so this is necessary for automake 1.6
1277 CCAS=$CC
1278 CCASFLAGS=$CFLAGS
1279
1280 AC_SUBST(CCAS)
1281 AC_SUBST(CCASFLAGS)
1282 AC_SUBST(PKG_CFLAGS)
1283
1284 AC_CONFIG_FILES([ Makefile ])
1285 AC_CONFIG_FILES([ src/Makefile ])
1286 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/Makefile ])
1287 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/libgmx${LIBSUFFIX}.pc:src/gmxlib/libgmx.pc.in ])
1288 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/gmx_blas/Makefile ])
1289 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/gmx_lapack/Makefile ])
1290 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/selection/Makefile ])
1291 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/statistics/Makefile ])
1292 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/trajana/Makefile ])
1293 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/thread_mpi/Makefile ])
1294 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/Makefile ])
1295 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_c/Makefile ])
1296 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia32_sse/Makefile ])
1297 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia32_sse2/Makefile ])
1298 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_x86_64_sse/Makefile ])
1299 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_x86_64_sse2/Makefile ])
1300 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ppc_altivec/Makefile ])
1301 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia64_single/Makefile ])
1302 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia64_double/Makefile ])
1303 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_bluegene/Makefile ])
1304 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_power6/Makefile ])
1305 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_f77_single/Makefile ])
1306 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_f77_double/Makefile ])
1307 AC_CONFIG_FILES([ include/Makefile ])
1308 AC_CONFIG_FILES([ include/types/Makefile ])
1309 AC_CONFIG_FILES([ include/thread_mpi/Makefile ])
1310 AC_CONFIG_FILES([ include/thread_mpi/atomic/Makefile ])
1311 AC_CONFIG_FILES([ src/mdlib/Makefile ])
1312 AC_CONFIG_FILES([ src/mdlib/libmd${LIBSUFFIX}.pc:src/mdlib/libmd.pc.in ])
1313 AC_CONFIG_FILES([ src/kernel/Makefile ])
1314 AC_CONFIG_FILES([ src/kernel/libgmxpreprocess${LIBSUFFIX}.pc:src/kernel/libgmxpreprocess.pc.in ])
1315 AC_CONFIG_FILES([ src/tools/Makefile ])
1316 AC_CONFIG_FILES([ src/tools/libgmxana${LIBSUFFIX}.pc:src/tools/libgmxana.pc.in ])
1317 AC_CONFIG_FILES([ src/ngmx/Makefile ])
1318 AC_CONFIG_FILES([ src/contrib/Makefile ])
1319 AC_CONFIG_FILES([ scripts/Makefile ])
1320 AC_CONFIG_FILES([ admin/Makefile ])
1321 AC_CONFIG_FILES([ share/Makefile ])
1322 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/Makefile ])
1323 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/gmxdemo/Makefile ])
1324 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/nmr1/Makefile ])
1325 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/nmr2/Makefile ])
1326 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/water/Makefile ])
1327 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/mixed/Makefile ])
1328 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/methanol/Makefile ])
1329 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/speptide/Makefile ])
1330 AC_CONFIG_FILES([ share/template/Makefile ])
1331 AC_CONFIG_FILES([ share/top/Makefile ])
1332 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gmx.ff/Makefile ])
1333 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gmx2.ff/Makefile ])
1334 AC_CONFIG_FILES([ share/top/encadv.ff/Makefile ])
1335 AC_CONFIG_FILES([ share/top/encads.ff/Makefile ])
1336 AC_CONFIG_FILES([ share/top/oplsaa.ff/Makefile ])
1337 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos43a1.ff/Makefile ])
1338 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos43a2.ff/Makefile ])
1339 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos45a3.ff/Makefile ])
1340 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos53a5.ff/Makefile ])
1341 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos53a6.ff/Makefile ])
1342 AC_CONFIG_FILES([ share/top/charmm27.ff/Makefile ])
1343 AC_CONFIG_FILES([ share/top/amber94.ff/Makefile ])
1344 AC_CONFIG_FILES([ share/top/amber96.ff/Makefile ])
1345 AC_CONFIG_FILES([ share/top/amberGS.ff/Makefile ])
1346 AC_CONFIG_FILES([ share/top/amber99.ff/Makefile ])
1347 AC_CONFIG_FILES([ share/top/amber99sb.ff/Makefile ])
1348 AC_CONFIG_FILES([ share/top/amber99sb-ildn.ff/Makefile ])
1349 AC_CONFIG_FILES([ share/top/amber03.ff/Makefile ])
1350 AC_CONFIG_FILES([ share/html/Makefile ])
1351 AC_CONFIG_FILES([ share/html/images/Makefile ])
1352 AC_CONFIG_FILES([ share/html/online/Makefile ])
1353 AC_CONFIG_FILES([ man/Makefile man/man1/Makefile man/man7/Makefile ])
1354 AC_CONFIG_FILES([ Doxyfile ])
1355 AC_OUTPUT
1356
1357
1358
1359
1360
1361
1362
1363 #########################################################
1364 # Echo some important info, to avoid stupid mistakes
1365 #
1366
1367 if test "$enable_float" = "no" -a "$name_transform_provided" = "no"; then
1368   echo ""
1369   echo "* You are compiling a double precision version of Gromacs -"
1370   echo "  program names will be suffixed with _d to avoid overwriting single"
1371   echo "  precision files. You can override it with --program-suffix"
1372 fi
1373
1374 if test "$name_transform_provided" = "no" -a "$enable_mpi" = "yes"; then
1375   echo ""
1376   echo "* Seems you are compiling with MPI support. You can install the MPI-"
1377   echo "  enabled programs with suffixed names to have both MPI and non-MPI"
1378   echo "  versions. This is useful e.g. on supercomputers where you usually"
1379   echo "  cannot run MPI-linked programs on the login node."
1380   echo "  Set a suffix with e.g. --program-suffix=_mpi (or _mpi_d for double)."
1381   echo "  You only need MPI for mdrun, so if you already have non-MPI stuff"
1382   echo "  installed you can issue make mdrun; make install-mdrun."
1383   echo ""
1384   echo "  WARNING:"
1385   echo "  There are known problems with some MPI implementations:"
1386   echo "             OpenMPI version < 1.4.1"
1387   echo "             MVAPICH2 version <= 1.4.1"
1388 fi
1389
1390 if test "$enable_shared" = "no"; then
1391   echo ""
1392   echo "* On most platforms you can save 10X space with dynamic libraries, although"
1393   echo "  the binaries might be less portable. Why not try --enable-shared ?"
1394 fi
1395
1396
1397 if test "$tmpi_atomics" = "no"; then
1398   echo ""
1399   echo "* This compiler+CPU combination doesn't have working atomic operations."
1400   echo "  Thread support will be unbearably slow: the default number of threads"
1401   echo "  is set to 1."
1402   echo "  Atomics should work on all but the most obscure CPU+compiler"
1403   echo "  combinations; if your system is not obscure (like, for example, x86"
1404   echo "  with gcc) please contact the developers."
1405   echo ""
1406 fi
1407
1408