cmake/gmxManageMPI.cmake

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   5 # David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6 # others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7 # directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34 #
  35 # Manage the MPI setup, assuming that CMAKE_C_COMPILER is an MPI
  36 # (wrapper) compiler.
  37 if(GMX_MPI)
  38   if(GMX_THREAD_MPI)
  39     message(STATUS "MPI is not compatible with thread-MPI. Disabling thread-MPI.")
  40     set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL
  41         "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" FORCE)
  42   endif(GMX_THREAD_MPI)
  43
  44   # Test the CMAKE_C_COMPILER for being an MPI (wrapper) compiler
  45   TRY_COMPILE(MPI_FOUND ${CMAKE_BINARY_DIR}
  46     "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestMPI.c"
  47     COMPILE_DEFINITIONS )
  48
  49   # If CMAKE_C_COMPILER is not a MPI wrapper. Try to find MPI using cmake module as fall-back.
  50   # cmake < 2.8.5 not recommended for fall-back because of unreliability (redmine #851)
  51   if(NOT MPI_FOUND)
  52       if(CMAKE_VERSION VERSION_LESS "2.8.5")
  53           set(MPI_PREFIX MPI)
  54       else()
  55           set(MPI_PREFIX MPI_C)
  56       endif()
  57       find_package(MPI)
  58       if(${${MPI_PREFIX}_FOUND})
  59         set(MPI_COMPILE_FLAGS ${${MPI_PREFIX}_COMPILE_FLAGS})
  60         set(MPI_LINKER_FLAGS ${${MPI_PREFIX}_LINK_FLAGS})
  61         include_directories(${${MPI_PREFIX}_INCLUDE_PATH})
  62         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${${MPI_PREFIX}_LIBRARIES})
  63       endif()
  64       set(MPI_FOUND ${${MPI_PREFIX}_FOUND})
  65   endif()
  66
  67   if(MPI_FOUND)
  68     include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
  69     if (GMX_MPI_IN_PLACE)
  70       gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
  71     endif()
  72
  73     # Find path of the mpi compilers
  74     if (${${MPI_PREFIX}_FOUND})
  75         get_filename_component(_mpi_c_compiler_path "${MPI_C_COMPILER}" PATH)
  76         get_filename_component(_mpiexec_path "${MPIEXEC}" PATH)
  77     else()
  78         get_filename_component(_cmake_c_compiler_path "${CMAKE_C_COMPILER}" PATH)
  79         get_filename_component(_cmake_cxx_compiler_path "${CMAKE_CXX_COMPILER}" PATH)
  80     endif()
  81
  82     # Test for and warn about unsuitable MPI versions
  83     #
  84     # Execute the ompi_info binary with the full path of the compiler wrapper
  85     # found, otherwise we run the risk of false positives.
  86     find_file(MPI_INFO_BIN ompi_info
  87               HINTS ${_mpi_c_compiler_path} ${_mpiexec_path}
  88                     ${_cmake_c_compiler_path} ${_cmake_cxx_compiler_path}
  89               NO_DEFAULT_PATH
  90               NO_SYSTEM_ENVIRONMENT_PATH
  91               NO_CMAKE_SYSTEM_PATH)
  92     if (MPI_INFO_BIN)
  93       exec_program(${MPI_INFO_BIN}
  94         ARGS -v ompi full
  95         OUTPUT_VARIABLE OPENMPI_TYPE
  96         RETURN_VALUE OPENMPI_EXEC_RETURN)
  97       if(OPENMPI_EXEC_RETURN EQUAL 0)
  98         string(REGEX REPLACE ".*Open MPI: \([0-9]+\\.[0-9]*\\.?[0-9]*\).*" "\\1" OPENMPI_VERSION ${OPENMPI_TYPE})
  99         if(OPENMPI_VERSION VERSION_LESS "1.4.1")
 100           MESSAGE(WARNING
 101              "CMake found OpenMPI version ${OPENMPI_VERSION} on your system. "
 102              "There are known problems with GROMACS and OpenMPI version < 1.4.1. "
 103              "Please consider updating your OpenMPI if your MPI wrapper compilers "
 104              "are using the above OpenMPI version.")
 105         endif()
 106         unset(OPENMPI_VERSION)
 107         unset(OPENMPI_TYPE)
 108         unset(OPENMPI_EXEC_RETURN)
 109       endif()
 110     endif()
 111     unset(MPI_INFO_BIN CACHE)
 112
 113     # Execute the mpiname binary with the full path of the compiler wrapper
 114     # found, otherwise we run the risk of false positives.
 115     find_file(MPINAME_BIN mpiname
 116               HINTS ${_mpi_c_compiler_path}
 117                     ${_cmake_c_compiler_path} ${_cmake_cxx_compiler_path}
 118               NO_DEFAULT_PATH
 119               NO_SYSTEM_ENVIRONMENT_PATH
 120               NO_CMAKE_SYSTEM_PATH)
 121     if (MPINAME_BIN)
 122       exec_program(${MPINAME_BIN}
 123         ARGS -n -v
 124         OUTPUT_VARIABLE MVAPICH2_TYPE
 125         RETURN_VALUE MVAPICH2_EXEC_RETURN)
 126       if(MVAPICH2_EXEC_RETURN EQUAL 0)
 127         string(REGEX MATCH "MVAPICH2" MVAPICH2_NAME ${MVAPICH2_TYPE})
 128         # Want to check for MVAPICH2 in case some other library supplies mpiname
 129         string(REGEX REPLACE "MVAPICH2 \([0-9]+\\.[0-9]*[a-z]?\\.?[0-9]*\)" "\\1" MVAPICH2_VERSION ${MVAPICH2_TYPE})
 130         if(${MVAPICH2_NAME} STREQUAL "MVAPICH2" AND MVAPICH2_VERSION VERSION_LESS "1.5")
 131           # This test works correctly even with 1.5a1
 132           MESSAGE(WARNING
 133              "CMake found MVAPICH2 version ${MVAPICH2_VERSION} on your system. "
 134              "There are known problems with GROMACS and MVAPICH2 version < 1.5. "
 135              "Please consider updating your MVAPICH2 if your MPI wrapper compilers "
 136              "are using the above MVAPICH2 version.")
 137        endif()
 138        unset(MVAPICH2_VERSION)
 139        unset(MVAPICH2_NAME)
 140        unset(MVAPICH2_TYPE)
 141        unset(MVAPICH2_EXEC_RETURN)
 142       endif()
 143     endif()
 144     unset(MPINAME_BIN CACHE)
 145
 146     # Using find_file() runs the CMake standard module
 147     # GetPrerequisites.cmake, which adds the file_cmd
 148     # variable to the top-level CMake namespace. This is
 149     # fixed in CMake 2.8.10. Meanwhile, clean up for it.
 150     if(CMAKE_VERSION VERSION_LESS "2.8.10")
 151         mark_as_advanced(file_cmd)
 152     endif()
 153
 154   else(MPI_FOUND)
 155     if (CMAKE_VERSION VERSION_LESS "2.8.5")
 156       message(FATAL_ERROR
 157         "MPI support requested, but no MPI compiler found. Either set the "
 158         "C-compiler (CMAKE_C_COMPILER) to the MPI compiler (often called mpicc), "
 159         "or use a newer cmake version (>=2.8.5) which has improved MPI detection.")
 160     else()
 161       message(FATAL_ERROR
 162         "MPI support requested, but no MPI compiler found. Either set the "
 163         "C-compiler (CMAKE_C_COMPILER) to the MPI compiler (often called mpicc), "
 164         "or set the variables reported missing for MPI_C above.")
 165     endif()
 166
 167   endif(MPI_FOUND)
 168
 169   include(gmxTestCatamount)
 170   gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
 171   if(GMX_CRAY_XT3)
 172     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_CRAY_XT3")
 173     set(GMX_NO_SYSTEM 1)
 174     set(GMX_NO_NICE 1)
 175   endif(GMX_CRAY_XT3)
 176
 177   set(GMX_LIB_MPI 1)
 178   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_LIB_MPI")
 179 endif(GMX_MPI)