api/nblib/tests/topology.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * This implements topology setup tests
  38  *
  39  * \author Victor Holanda <victor.holanda@cscs.ch>
  40  * \author Joe Jordan <ejjordan@kth.se>
  41  * \author Prashanth Kanduri <kanduri@cscs.ch>
  42  * \author Sebastian Keller <keller@cscs.ch>
  43  */
  44 #include <gmock/gmock.h>
  45 #include <gtest/gtest.h>
  46
  47 #include "gromacs/topology/exclusionblocks.h"
  48 #include "gromacs/utility/listoflists.h"
  49 #include "nblib/exception.h"
  50 #include "nblib/particletype.h"
  51 #include "nblib/sequencing.hpp"
  52 #include "nblib/tests/testsystems.h"
  53 #include "nblib/topology.h"
  54 #include "nblib/topologyhelpers.h"
  55 #include "nblib/particlesequencer.h"
  56
  57 namespace nblib
  58 {
  59 namespace test
  60 {
  61 namespace
  62 {
  63
  64 using ::testing::Eq;
  65 using ::testing::Pointwise;
  66
  67 //! Compares all element between two lists of lists
  68 //! Todo: unify this with the identical function in nbkernelsystem test make this a method
  69 //!       of ListOfLists<>
  70 template<typename T>
  71 void compareLists(const gmx::ListOfLists<T>& list, const std::vector<std::vector<T>>& v)
  72 {
  73     ASSERT_EQ(list.size(), v.size());
  74     for (std::size_t i = 0; i < list.size(); i++)
  75     {
  76         ASSERT_EQ(list[i].size(), v[i].size());
  77         EXPECT_THAT(list[i], Pointwise(Eq(), v[i]));
  78     }
  79 }
  80
  81 // This is defined in src/gromacs/mdtypes/forcerec.h but there is also a
  82 // legacy C6 macro defined there that conflicts with the nblib C6 type.
  83 // Todo: Once that C6 has been refactored into a regular function, this
  84 //       file can just include forcerec.h
  85 //! Macro to marks particles to have Van der Waals interactions
  86 #define SET_CGINFO_HAS_VDW(cgi) (cgi) = ((cgi) | (1 << 23))
  87
  88 TEST(NBlibTest, TopologyHasNumParticles)
  89 {
  90     WaterTopologyBuilder waters;
  91     Topology             watersTopology = waters.buildTopology(2);
  92     const int            test           = watersTopology.numParticles();
  93     const int            ref            = 6;
  94     EXPECT_EQ(ref, test);
  95 }
  96
  97 TEST(NBlibTest, TopologyHasCharges)
  98 {
  99     WaterTopologyBuilder     waters;
 100     Topology                 watersTopology = waters.buildTopology(2);
 101     const std::vector<real>& test           = watersTopology.getCharges();
 102     const std::vector<real>& ref = { Charges.at("Ow"), Charges.at("Hw"), Charges.at("Hw"),
 103                                      Charges.at("Ow"), Charges.at("Hw"), Charges.at("Hw") };
 104     EXPECT_EQ(ref, test);
 105 }
 106
 107 TEST(NBlibTest, TopologyHasMasses)
 108 {
 109     WaterTopologyBuilder waters;
 110     Topology             watersTopology = waters.buildTopology(2);
 111
 112     const Mass              refOwMass = waters.water().at("Ow").mass();
 113     const Mass              refHwMass = waters.water().at("H").mass();
 114     const std::vector<Mass> ref = { refOwMass, refHwMass, refHwMass, refOwMass, refHwMass, refHwMass };
 115     const std::vector<Mass> test = expandQuantity(watersTopology, &ParticleType::mass);
 116     EXPECT_EQ(ref, test);
 117 }
 118
 119 TEST(NBlibTest, TopologyHasParticleTypes)
 120 {
 121     WaterTopologyBuilder             waters;
 122     Topology                         watersTopology = waters.buildTopology(2);
 123     const std::vector<ParticleType>& test           = watersTopology.getParticleTypes();
 124     const ParticleType               refOw          = waters.water().at("Ow");
 125     const ParticleType               refHw          = waters.water().at("H");
 126     const std::vector<ParticleType>& ref            = { refOw, refHw };
 127     const std::vector<ParticleType>& ref2           = { refHw, refOw };
 128     EXPECT_TRUE(ref == test || ref2 == test);
 129 }
 130
 131 TEST(NBlibTest, TopologyHasParticleTypeIds)
 132 {
 133     WaterTopologyBuilder waters;
 134     Topology             watersTopology = waters.buildTopology(2);
 135
 136     const std::vector<int>&          testIds   = watersTopology.getParticleTypeIdOfAllParticles();
 137     const std::vector<ParticleType>& testTypes = watersTopology.getParticleTypes();
 138
 139     std::vector<ParticleType> testTypesExpanded;
 140     testTypesExpanded.reserve(testTypes.size());
 141     for (int i : testIds)
 142     {
 143         testTypesExpanded.push_back(testTypes[i]);
 144     }
 145
 146     const ParticleType              refOw = waters.water().at("Ow");
 147     const ParticleType              refHw = waters.water().at("H");
 148     const std::vector<ParticleType> ref   = { refOw, refHw, refHw, refOw, refHw, refHw };
 149
 150     EXPECT_TRUE(ref == testTypesExpanded);
 151 }
 152
 153 TEST(NBlibTest, TopologyThrowsIdenticalParticleType)
 154 {
 155     //! User error: Two different ParticleTypes with the same name
 156     ParticleType U235(ParticleTypeName("Uranium"), Mass(235));
 157     ParticleType U238(ParticleTypeName("Uranium"), Mass(238));
 158
 159     Molecule ud235(MoleculeName("UraniumDimer235"));
 160     ud235.addParticle(ParticleName("U1"), U235);
 161     ud235.addParticle(ParticleName("U2"), U235);
 162
 163     Molecule ud238(MoleculeName("UraniumDimer238"));
 164     ud238.addParticle(ParticleName("U1"), U238);
 165     ud238.addParticle(ParticleName("U2"), U238);
 166
 167     TopologyBuilder topologyBuilder;
 168     topologyBuilder.addMolecule(ud235, 1);
 169     EXPECT_THROW(topologyBuilder.addMolecule(ud238, 1), InputException);
 170 }
 171
 172 TEST(NBlibTest, TopologyHasExclusions)
 173 {
 174     WaterTopologyBuilder        waters;
 175     Topology                    watersTopology = waters.buildTopology(2);
 176     ExclusionLists<int>         exclusionLists = watersTopology.exclusionLists();
 177     const gmx::ListOfLists<int> testExclusions(std::move(exclusionLists.ListRanges),
 178                                                std::move(exclusionLists.ListElements));
 179
 180     const std::vector<std::vector<int>>& refExclusions = { { 0, 1, 2 }, { 0, 1, 2 }, { 0, 1, 2 },
 181                                                            { 3, 4, 5 }, { 3, 4, 5 }, { 3, 4, 5 } };
 182
 183     compareLists(testExclusions, refExclusions);
 184 }
 185
 186 TEST(NBlibTest, TopologyHasSequencing)
 187 {
 188     WaterTopologyBuilder waters;
 189     Topology             watersTopology = waters.buildTopology(2);
 190
 191     EXPECT_EQ(0, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen")));
 192     EXPECT_EQ(1, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1")));
 193     EXPECT_EQ(2, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2")));
 194     EXPECT_EQ(3, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen")));
 195     EXPECT_EQ(4, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1")));
 196     EXPECT_EQ(5, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2")));
 197 }
 198
 199 TEST(NBlibTest, TopologyCanAggregateBonds)
 200 {
 201     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 202     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 203
 204     std::vector<std::tuple<Molecule, int>> molecules{ std::make_tuple(water, 2),
 205                                                       std::make_tuple(methanol, 1) };
 206     std::vector<HarmonicBondType>          bonds;
 207     std::vector<size_t>                    bondsExpansion;
 208     std::tie(bondsExpansion, bonds) = detail::collectInteractions<HarmonicBondType>(molecules);
 209
 210     std::vector<HarmonicBondType> bondsTest;
 211     // use the expansionArray (bondsExpansion) to expand to the full list if bonds
 212     std::transform(begin(bondsExpansion),
 213                    end(bondsExpansion),
 214                    std::back_inserter(bondsTest),
 215                    [&bonds](size_t i) { return bonds[i]; });
 216
 217     std::vector<HarmonicBondType> waterBonds =
 218             pickType<HarmonicBondType>(water.interactionData()).interactionTypes_;
 219     std::vector<HarmonicBondType> methanolBonds =
 220             pickType<HarmonicBondType>(methanol.interactionData()).interactionTypes_;
 221
 222     std::vector<HarmonicBondType> bondsReference;
 223     std::copy(begin(waterBonds), end(waterBonds), std::back_inserter(bondsReference));
 224     std::copy(begin(waterBonds), end(waterBonds), std::back_inserter(bondsReference));
 225     std::copy(begin(methanolBonds), end(methanolBonds), std::back_inserter(bondsReference));
 226
 227     EXPECT_EQ(bondsTest, bondsReference);
 228 }
 229
 230 TEST(NBlibTest, TopologyCanSequencePairIDs)
 231 {
 232     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 233     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 234
 235     std::vector<std::tuple<Molecule, int>> molecules{ std::make_tuple(water, 2),
 236                                                       std::make_tuple(methanol, 1) };
 237     ParticleSequencer                      particleSequencer;
 238     particleSequencer.build(molecules);
 239     auto pairs = detail::sequenceIDs<HarmonicBondType>(molecules, particleSequencer);
 240
 241     int Ow1 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen"));
 242     int H11 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1"));
 243     int H12 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2"));
 244     int Ow2 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen"));
 245     int H21 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1"));
 246     int H22 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2"));
 247
 248     int Me  = particleSequencer(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("Me1"));
 249     int MeO = particleSequencer(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("O2"));
 250     int MeH = particleSequencer(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("H3"));
 251
 252     /// \cond DO_NOT_DOCUMENT
 253 #define SORT(i, j) (i < j) ? i : j, (i < j) ? j : i
 254
 255     std::vector<CoordinateIndex<HarmonicBondType>> pairs_reference{
 256         { SORT(Ow1, H11) }, { SORT(Ow1, H12) }, { SORT(Ow2, H21) },
 257         { SORT(Ow2, H22) }, { SORT(MeO, MeH) }, { SORT(MeO, Me) }
 258     };
 259 #undef SORT
 260     /// \endcond
 261
 262     EXPECT_EQ(pairs, pairs_reference);
 263 }
 264
 265 TEST(NBlibTest, TopologySequenceIdThrows)
 266 {
 267     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 268     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 269
 270     std::vector<std::tuple<Molecule, int>> molecules{ std::make_tuple(water, 2),
 271                                                       std::make_tuple(methanol, 1) };
 272     ParticleSequencer                      particleSequencer;
 273     particleSequencer.build(molecules);
 274     auto pairs = detail::sequenceIDs<HarmonicBondType>(molecules, particleSequencer);
 275
 276     // Input error: no particle called O-Atom in molecule "water"
 277     EXPECT_THROW(particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("O-Atom")),
 278                  InputException);
 279 }
 280
 281 TEST(NBlibTest, TopologyCanEliminateDuplicateBonds)
 282 {
 283     HarmonicBondType b1(1.0, 2.0);
 284     HarmonicBondType b2(1.1, 2.1);
 285     HarmonicBondType b3(1.2, 2.2);
 286
 287     // can be compressed to {b1,b2,b3} + {1,1,2,0,1,0,2,2}
 288     std::vector<HarmonicBondType> bonds{ b2, b2, b3, b1, b2, b1, b3, b3 };
 289
 290     // expected output
 291     std::vector<HarmonicBondType> uniqueBondsReference{ b1, b2, b3 };
 292     std::vector<size_t>           indicesReference{ 1, 1, 2, 0, 1, 0, 2, 2 };
 293
 294     std::tuple<std::vector<size_t>, std::vector<HarmonicBondType>> bondData =
 295             detail::eliminateDuplicateInteractions(bonds);
 296
 297     auto indices     = std::get<0>(bondData);
 298     auto uniqueBonds = std::get<1>(bondData);
 299
 300     EXPECT_EQ(uniqueBondsReference, uniqueBonds);
 301     EXPECT_EQ(indicesReference, indices);
 302 }
 303
 304 TEST(NBlibTest, TopologyListedInteractions)
 305 {
 306     // Todo: add angles to SpcMethanolTopologyBuilder and extend interactions_reference below to
 307     // Todo: include angles
 308
 309     Topology spcTopology = SpcMethanolTopologyBuilder{}.buildTopology(1, 2);
 310
 311     auto  interactionData = spcTopology.getInteractionData();
 312     auto& harmonicBonds   = pickType<HarmonicBondType>(interactionData);
 313
 314     auto& indices = harmonicBonds.indices;
 315     auto& bonds   = harmonicBonds.parameters;
 316
 317     std::map<std::tuple<int, int>, HarmonicBondType> interactions_test;
 318     for (auto& ituple : indices)
 319     {
 320         interactions_test[std::make_tuple(std::get<0>(ituple), std::get<1>(ituple))] =
 321                 bonds[std::get<2>(ituple)];
 322     }
 323
 324     // there should be 3 unique HarmonicBondType instances
 325     EXPECT_EQ(bonds.size(), 3);
 326     // and 6 interaction pairs (bonds)
 327     EXPECT_EQ(indices.size(), 6);
 328
 329     HarmonicBondType ohBond(1., 1.);
 330     HarmonicBondType ohBondMethanol(1.01, 1.02);
 331     HarmonicBondType ometBond(1.1, 1.2);
 332
 333     std::map<std::tuple<int, int>, HarmonicBondType> interactions_reference;
 334
 335     int Ow = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen"));
 336     int H1 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1"));
 337     int H2 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2"));
 338
 339     int Me1 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("Me1"));
 340     int MeO1 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("O2"));
 341     int MeH1 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("H3"));
 342
 343     int Me2 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 1, ResidueName("MeOH"), ParticleName("Me1"));
 344     int MeO2 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 1, ResidueName("MeOH"), ParticleName("O2"));
 345     int MeH2 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 1, ResidueName("MeOH"), ParticleName("H3"));
 346
 347     /// \cond DO_NOT_DOCUMENT
 348 #define SORT(i, j) (i < j) ? i : j, (i < j) ? j : i
 349     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(Ow, H1))]     = ohBond;
 350     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(Ow, H2))]     = ohBond;
 351     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(MeO1, MeH1))] = ohBondMethanol;
 352     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(MeO1, Me1))]  = ometBond;
 353     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(MeO2, MeH2))] = ohBondMethanol;
 354     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(MeO2, Me2))]  = ometBond;
 355 #undef SORT
 356     /// \endcond
 357
 358     EXPECT_TRUE(std::equal(
 359             begin(interactions_reference), end(interactions_reference), begin(interactions_test)));
 360 }
 361
 362 TEST(NBlibTest, TopologyListedInteractionsMultipleTypes)
 363 {
 364     // Todo: add an angle type here
 365
 366     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 367     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 368
 369     CubicBondType     testBond(1., 1., 1.);
 370     HarmonicAngleType testAngle(Degrees(1), 1);
 371
 372     water.addInteraction(ParticleName("H1"), ParticleName("H2"), testBond);
 373     water.addInteraction(ParticleName("H1"), ParticleName("Oxygen"), ParticleName("H2"), testAngle);
 374
 375     ParticleTypesInteractions nbInteractions;
 376     std::vector<std::string>  particleTypeNames = { "Ow", "H", "OMet", "CMet" };
 377     for (const auto& name : particleTypeNames)
 378     {
 379         nbInteractions.add(ParticleTypeName(name), C6(0), C12(0));
 380     }
 381
 382     TopologyBuilder topologyBuilder;
 383     topologyBuilder.addMolecule(water, 1);
 384     topologyBuilder.addMolecule(methanol, 1);
 385     topologyBuilder.addParticleTypesInteractions(nbInteractions);
 386
 387     Topology topology = topologyBuilder.buildTopology();
 388
 389     auto  interactionData   = topology.getInteractionData();
 390     auto& harmonicBonds     = pickType<HarmonicBondType>(interactionData);
 391     auto& cubicBonds        = pickType<CubicBondType>(interactionData);
 392     auto& angleInteractions = pickType<HarmonicAngleType>(interactionData);
 393
 394     HarmonicBondType              ohBond(1., 1.);
 395     HarmonicBondType              ohBondMethanol(1.01, 1.02);
 396     HarmonicBondType              ometBond(1.1, 1.2);
 397     std::vector<HarmonicBondType> harmonicBondsReference{ ohBond, ohBondMethanol, ometBond };
 398
 399     EXPECT_EQ(harmonicBonds.parameters, harmonicBondsReference);
 400
 401     int H1 = topology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1"));
 402     int H2 = topology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2"));
 403     int Ow = topology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen"));
 404
 405     int Me1 = topology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("Me1"));
 406     int MeO1 = topology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("O2"));
 407     int MeH1 = topology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("H3"));
 408
 409     std::vector<CubicBondType>                   cubicBondsReference{ testBond };
 410     std::vector<InteractionIndex<CubicBondType>> cubicIndicesReference{
 411         { std::min(H1, H2), std::max(H1, H2), 0 }
 412     };
 413     EXPECT_EQ(cubicBondsReference, cubicBonds.parameters);
 414     EXPECT_EQ(cubicIndicesReference, cubicBonds.indices);
 415
 416     HarmonicAngleType                                methanolAngle(Degrees(108.52), 397.5);
 417     std::vector<HarmonicAngleType>                   angleReference{ testAngle, methanolAngle };
 418     std::vector<InteractionIndex<HarmonicAngleType>> angleIndicesReference{
 419         { std::min(H1, H2), Ow, std::max(H1, H2), 0 }, { std::min(MeH1, MeO1), Me1, std::max(MeO1, MeH1), 1 }
 420     };
 421     EXPECT_EQ(angleReference, angleInteractions.parameters);
 422     EXPECT_EQ(angleIndicesReference, angleInteractions.indices);
 423 }
 424
 425 TEST(NBlibTest, TopologyInvalidParticleInInteractionThrows)
 426 {
 427     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 428     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 429
 430     HarmonicBondType testBond(1., 1.);
 431
 432     // Invalid input: no particle named "Iron" in molecule water
 433     water.addInteraction(ParticleName("H1"), ParticleName("Iron"), testBond);
 434
 435     ParticleTypesInteractions nbInteractions;
 436     std::vector<std::string>  particleTypeNames = { "Ow", "H", "OMet", "CMet" };
 437     for (const auto& name : particleTypeNames)
 438     {
 439         nbInteractions.add(ParticleTypeName(name), C6(0), C12(0));
 440     }
 441
 442     TopologyBuilder topologyBuilder;
 443     topologyBuilder.addMolecule(water, 1);
 444     topologyBuilder.addMolecule(methanol, 1);
 445     topologyBuilder.addParticleTypesInteractions(nbInteractions);
 446
 447     EXPECT_THROW(topologyBuilder.buildTopology(), InputException);
 448 }
 449
 450
 451 TEST(NBlibTest, toGmxExclusionBlockWorks)
 452 {
 453     std::vector<std::tuple<int, int>> testInput{ { 0, 0 }, { 0, 1 }, { 0, 2 }, { 1, 0 }, { 1, 1 },
 454                                                  { 1, 2 }, { 2, 0 }, { 2, 1 }, { 2, 2 } };
 455
 456     std::vector<gmx::ExclusionBlock> reference;
 457
 458     gmx::ExclusionBlock localBlock;
 459     localBlock.atomNumber.push_back(0);
 460     localBlock.atomNumber.push_back(1);
 461     localBlock.atomNumber.push_back(2);
 462
 463     reference.push_back(localBlock);
 464     reference.push_back(localBlock);
 465     reference.push_back(localBlock);
 466
 467     std::vector<gmx::ExclusionBlock> probe = toGmxExclusionBlock(testInput);
 468
 469     ASSERT_EQ(reference.size(), probe.size());
 470     for (size_t i = 0; i < reference.size(); ++i)
 471     {
 472         ASSERT_EQ(reference[i].atomNumber.size(), probe[i].atomNumber.size());
 473         for (size_t j = 0; j < reference[i].atomNumber.size(); ++j)
 474         {
 475             EXPECT_EQ(reference[i].atomNumber[j], probe[i].atomNumber[j]);
 476         }
 477     }
 478 }
 479
 480 } // namespace
 481 } // namespace test
 482 } // namespace nblib