api/nblib/tests/topology.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * This implements topology setup tests
  38  *
  39  * \author Victor Holanda <victor.holanda@cscs.ch>
  40  * \author Joe Jordan <ejjordan@kth.se>
  41  * \author Prashanth Kanduri <kanduri@cscs.ch>
  42  * \author Sebastian Keller <keller@cscs.ch>
  43  */
  44 #include <gmock/gmock.h>
  45 #include <gtest/gtest.h>
  46
  47 #include "gromacs/topology/exclusionblocks.h"
  48 #include "gromacs/utility/listoflists.h"
  49 #include "nblib/exception.h"
  50 #include "nblib/particletype.h"
  51 #include "nblib/sequencing.hpp"
  52 #include "nblib/tests/testsystems.h"
  53 #include "nblib/topology.h"
  54 #include "nblib/topologyhelpers.h"
  55 #include "nblib/particlesequencer.h"
  56
  57 namespace nblib
  58 {
  59 namespace test
  60 {
  61 namespace
  62 {
  63
  64 using ::testing::Eq;
  65 using ::testing::Pointwise;
  66
  67 //! Compares all element between two lists of lists
  68 //! Todo: unify this with the identical function in nbkernelsystem test make this a method
  69 //!       of ListOfLists<>
  70 template<typename T>
  71 void compareLists(const gmx::ListOfLists<T>& list, const std::vector<std::vector<T>>& v)
  72 {
  73     ASSERT_EQ(list.size(), v.size());
  74     for (std::size_t i = 0; i < list.size(); i++)
  75     {
  76         ASSERT_EQ(list[i].size(), v[i].size());
  77         EXPECT_THAT(list[i], Pointwise(Eq(), v[i]));
  78     }
  79 }
  80
  81 TEST(NBlibTest, TopologyHasNumParticles)
  82 {
  83     WaterTopologyBuilder waters;
  84     Topology             watersTopology = waters.buildTopology(2);
  85     const int            test           = watersTopology.numParticles();
  86     const int            ref            = 6;
  87     EXPECT_EQ(ref, test);
  88 }
  89
  90 TEST(NBlibTest, TopologyHasCharges)
  91 {
  92     WaterTopologyBuilder     waters;
  93     Topology                 watersTopology = waters.buildTopology(2);
  94     const std::vector<real>& test           = watersTopology.getCharges();
  95     const std::vector<real>& ref = { Charges.at("Ow"), Charges.at("Hw"), Charges.at("Hw"),
  96                                      Charges.at("Ow"), Charges.at("Hw"), Charges.at("Hw") };
  97     EXPECT_EQ(ref, test);
  98 }
  99
 100 TEST(NBlibTest, TopologyHasMasses)
 101 {
 102     WaterTopologyBuilder waters;
 103     Topology             watersTopology = waters.buildTopology(2);
 104
 105     const Mass              refOwMass = waters.water().at("Ow").mass();
 106     const Mass              refHwMass = waters.water().at("H").mass();
 107     const std::vector<Mass> ref = { refOwMass, refHwMass, refHwMass, refOwMass, refHwMass, refHwMass };
 108     const std::vector<Mass> test = expandQuantity(watersTopology, &ParticleType::mass);
 109     EXPECT_EQ(ref, test);
 110 }
 111
 112 TEST(NBlibTest, TopologyHasParticleTypes)
 113 {
 114     WaterTopologyBuilder             waters;
 115     Topology                         watersTopology = waters.buildTopology(2);
 116     const std::vector<ParticleType>& test           = watersTopology.getParticleTypes();
 117     const ParticleType               refOw          = waters.water().at("Ow");
 118     const ParticleType               refHw          = waters.water().at("H");
 119     const std::vector<ParticleType>& ref            = { refOw, refHw };
 120     const std::vector<ParticleType>& ref2           = { refHw, refOw };
 121     EXPECT_TRUE(ref == test || ref2 == test);
 122 }
 123
 124 TEST(NBlibTest, TopologyHasParticleTypeIds)
 125 {
 126     WaterTopologyBuilder waters;
 127     Topology             watersTopology = waters.buildTopology(2);
 128
 129     const std::vector<int>&          testIds   = watersTopology.getParticleTypeIdOfAllParticles();
 130     const std::vector<ParticleType>& testTypes = watersTopology.getParticleTypes();
 131
 132     std::vector<ParticleType> testTypesExpanded;
 133     testTypesExpanded.reserve(testTypes.size());
 134     for (int i : testIds)
 135     {
 136         testTypesExpanded.push_back(testTypes[i]);
 137     }
 138
 139     const ParticleType              refOw = waters.water().at("Ow");
 140     const ParticleType              refHw = waters.water().at("H");
 141     const std::vector<ParticleType> ref   = { refOw, refHw, refHw, refOw, refHw, refHw };
 142
 143     EXPECT_TRUE(ref == testTypesExpanded);
 144 }
 145
 146 TEST(NBlibTest, TopologyThrowsIdenticalParticleType)
 147 {
 148     //! User error: Two different ParticleTypes with the same name
 149     ParticleType U235(ParticleTypeName("Uranium"), Mass(235));
 150     ParticleType U238(ParticleTypeName("Uranium"), Mass(238));
 151
 152     Molecule ud235(MoleculeName("UraniumDimer235"));
 153     ud235.addParticle(ParticleName("U1"), U235);
 154     ud235.addParticle(ParticleName("U2"), U235);
 155
 156     Molecule ud238(MoleculeName("UraniumDimer238"));
 157     ud238.addParticle(ParticleName("U1"), U238);
 158     ud238.addParticle(ParticleName("U2"), U238);
 159
 160     TopologyBuilder topologyBuilder;
 161     topologyBuilder.addMolecule(ud235, 1);
 162     EXPECT_THROW(topologyBuilder.addMolecule(ud238, 1), InputException);
 163 }
 164
 165 TEST(NBlibTest, TopologyHasExclusions)
 166 {
 167     WaterTopologyBuilder        waters;
 168     Topology                    watersTopology = waters.buildTopology(2);
 169     ExclusionLists<int>         exclusionLists = watersTopology.exclusionLists();
 170     const gmx::ListOfLists<int> testExclusions(std::move(exclusionLists.ListRanges),
 171                                                std::move(exclusionLists.ListElements));
 172
 173     const std::vector<std::vector<int>>& refExclusions = { { 0, 1, 2 }, { 0, 1, 2 }, { 0, 1, 2 },
 174                                                            { 3, 4, 5 }, { 3, 4, 5 }, { 3, 4, 5 } };
 175
 176     compareLists(testExclusions, refExclusions);
 177 }
 178
 179 TEST(NBlibTest, TopologyHasSequencing)
 180 {
 181     WaterTopologyBuilder waters;
 182     Topology             watersTopology = waters.buildTopology(2);
 183
 184     EXPECT_EQ(0, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen")));
 185     EXPECT_EQ(1, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1")));
 186     EXPECT_EQ(2, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2")));
 187     EXPECT_EQ(3, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen")));
 188     EXPECT_EQ(4, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1")));
 189     EXPECT_EQ(5, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2")));
 190 }
 191
 192 TEST(NBlibTest, TopologyCanAggregateBonds)
 193 {
 194     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 195     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 196
 197     std::vector<std::tuple<Molecule, int>> molecules{ std::make_tuple(water, 2),
 198                                                       std::make_tuple(methanol, 1) };
 199     std::vector<HarmonicBondType>          bonds;
 200     std::vector<size_t>                    bondsExpansion;
 201     std::tie(bondsExpansion, bonds) = detail::collectInteractions<HarmonicBondType>(molecules);
 202
 203     std::vector<HarmonicBondType> bondsTest;
 204     // use the expansionArray (bondsExpansion) to expand to the full list if bonds
 205     std::transform(begin(bondsExpansion),
 206                    end(bondsExpansion),
 207                    std::back_inserter(bondsTest),
 208                    [&bonds](size_t i) { return bonds[i]; });
 209
 210     std::vector<HarmonicBondType> waterBonds =
 211             pickType<HarmonicBondType>(water.interactionData()).interactionTypes_;
 212     std::vector<HarmonicBondType> methanolBonds =
 213             pickType<HarmonicBondType>(methanol.interactionData()).interactionTypes_;
 214
 215     std::vector<HarmonicBondType> bondsReference;
 216     std::copy(begin(waterBonds), end(waterBonds), std::back_inserter(bondsReference));
 217     std::copy(begin(waterBonds), end(waterBonds), std::back_inserter(bondsReference));
 218     std::copy(begin(methanolBonds), end(methanolBonds), std::back_inserter(bondsReference));
 219
 220     EXPECT_EQ(bondsTest, bondsReference);
 221 }
 222
 223 TEST(NBlibTest, TopologyCanSequencePairIDs)
 224 {
 225     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 226     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 227
 228     std::vector<std::tuple<Molecule, int>> molecules{ std::make_tuple(water, 2),
 229                                                       std::make_tuple(methanol, 1) };
 230     ParticleSequencer                      particleSequencer;
 231     particleSequencer.build(molecules);
 232     auto pairs = detail::sequenceIDs<HarmonicBondType>(molecules, particleSequencer);
 233
 234     int Ow1 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen"));
 235     int H11 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1"));
 236     int H12 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2"));
 237     int Ow2 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen"));
 238     int H21 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1"));
 239     int H22 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2"));
 240
 241     int Me  = particleSequencer(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("Me1"));
 242     int MeO = particleSequencer(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("O2"));
 243     int MeH = particleSequencer(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("H3"));
 244
 245     /// \cond DO_NOT_DOCUMENT
 246 #define SORT(i, j) (i < j) ? i : j, (i < j) ? j : i
 247
 248     std::vector<CoordinateIndex<HarmonicBondType>> pairs_reference{
 249         { SORT(Ow1, H11) }, { SORT(Ow1, H12) }, { SORT(Ow2, H21) },
 250         { SORT(Ow2, H22) }, { SORT(MeO, MeH) }, { SORT(MeO, Me) }
 251     };
 252 #undef SORT
 253     /// \endcond
 254
 255     EXPECT_EQ(pairs, pairs_reference);
 256 }
 257
 258 TEST(NBlibTest, TopologySequenceIdThrows)
 259 {
 260     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 261     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 262
 263     std::vector<std::tuple<Molecule, int>> molecules{ std::make_tuple(water, 2),
 264                                                       std::make_tuple(methanol, 1) };
 265     ParticleSequencer                      particleSequencer;
 266     particleSequencer.build(molecules);
 267     auto pairs = detail::sequenceIDs<HarmonicBondType>(molecules, particleSequencer);
 268
 269     // Input error: no particle called O-Atom in molecule "water"
 270     EXPECT_THROW(particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("O-Atom")),
 271                  InputException);
 272 }
 273
 274 TEST(NBlibTest, TopologyCanEliminateDuplicateBonds)
 275 {
 276     HarmonicBondType b1(1.0, 2.0);
 277     HarmonicBondType b2(1.1, 2.1);
 278     HarmonicBondType b3(1.2, 2.2);
 279
 280     // can be compressed to {b1,b2,b3} + {1,1,2,0,1,0,2,2}
 281     std::vector<HarmonicBondType> bonds{ b2, b2, b3, b1, b2, b1, b3, b3 };
 282
 283     // expected output
 284     std::vector<HarmonicBondType> uniqueBondsReference{ b1, b2, b3 };
 285     std::vector<size_t>           indicesReference{ 1, 1, 2, 0, 1, 0, 2, 2 };
 286
 287     std::tuple<std::vector<size_t>, std::vector<HarmonicBondType>> bondData =
 288             detail::eliminateDuplicateInteractions(bonds);
 289
 290     auto indices     = std::get<0>(bondData);
 291     auto uniqueBonds = std::get<1>(bondData);
 292
 293     EXPECT_EQ(uniqueBondsReference, uniqueBonds);
 294     EXPECT_EQ(indicesReference, indices);
 295 }
 296
 297 TEST(NBlibTest, TopologyListedInteractions)
 298 {
 299     // Todo: add angles to SpcMethanolTopologyBuilder and extend interactions_reference below to
 300     // Todo: include angles
 301
 302     Topology spcTopology = SpcMethanolTopologyBuilder{}.buildTopology(1, 2);
 303
 304     auto  interactionData = spcTopology.getInteractionData();
 305     auto& harmonicBonds   = pickType<HarmonicBondType>(interactionData);
 306
 307     auto& indices = harmonicBonds.indices;
 308     auto& bonds   = harmonicBonds.parameters;
 309
 310     std::map<std::tuple<int, int>, HarmonicBondType> interactions_test;
 311     for (auto& ituple : indices)
 312     {
 313         interactions_test[std::make_tuple(std::get<0>(ituple), std::get<1>(ituple))] =
 314                 bonds[std::get<2>(ituple)];
 315     }
 316
 317     // there should be 3 unique HarmonicBondType instances
 318     EXPECT_EQ(bonds.size(), 3);
 319     // and 6 interaction pairs (bonds)
 320     EXPECT_EQ(indices.size(), 6);
 321
 322     HarmonicBondType ohBond(1., 1.);
 323     HarmonicBondType ohBondMethanol(1.01, 1.02);
 324     HarmonicBondType ometBond(1.1, 1.2);
 325
 326     std::map<std::tuple<int, int>, HarmonicBondType> interactions_reference;
 327
 328     int Ow = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen"));
 329     int H1 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1"));
 330     int H2 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2"));
 331
 332     int Me1 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("Me1"));
 333     int MeO1 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("O2"));
 334     int MeH1 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("H3"));
 335
 336     int Me2 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 1, ResidueName("MeOH"), ParticleName("Me1"));
 337     int MeO2 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 1, ResidueName("MeOH"), ParticleName("O2"));
 338     int MeH2 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 1, ResidueName("MeOH"), ParticleName("H3"));
 339
 340     /// \cond DO_NOT_DOCUMENT
 341 #define SORT(i, j) (i < j) ? i : j, (i < j) ? j : i
 342     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(Ow, H1))]     = ohBond;
 343     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(Ow, H2))]     = ohBond;
 344     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(MeO1, MeH1))] = ohBondMethanol;
 345     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(MeO1, Me1))]  = ometBond;
 346     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(MeO2, MeH2))] = ohBondMethanol;
 347     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(MeO2, Me2))]  = ometBond;
 348 #undef SORT
 349     /// \endcond
 350
 351     EXPECT_TRUE(std::equal(
 352             begin(interactions_reference), end(interactions_reference), begin(interactions_test)));
 353 }
 354
 355 TEST(NBlibTest, TopologyListedInteractionsMultipleTypes)
 356 {
 357     // Todo: add an angle type here
 358
 359     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 360     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 361
 362     CubicBondType testBond(1., 1., 1.);
 363     HarmonicAngle testAngle(Degrees(1), 1);
 364
 365     water.addInteraction(ParticleName("H1"), ParticleName("H2"), testBond);
 366     water.addInteraction(ParticleName("H1"), ParticleName("Oxygen"), ParticleName("H2"), testAngle);
 367
 368     ParticleTypesInteractions nbInteractions;
 369     std::vector<std::string>  particleTypeNames = { "Ow", "H", "OMet", "CMet" };
 370     for (const auto& name : particleTypeNames)
 371     {
 372         nbInteractions.add(ParticleTypeName(name), C6(0), C12(0));
 373     }
 374
 375     TopologyBuilder topologyBuilder;
 376     topologyBuilder.addMolecule(water, 1);
 377     topologyBuilder.addMolecule(methanol, 1);
 378     topologyBuilder.addParticleTypesInteractions(nbInteractions);
 379
 380     Topology topology = topologyBuilder.buildTopology();
 381
 382     auto  interactionData   = topology.getInteractionData();
 383     auto& harmonicBonds     = pickType<HarmonicBondType>(interactionData);
 384     auto& cubicBonds        = pickType<CubicBondType>(interactionData);
 385     auto& angleInteractions = pickType<HarmonicAngle>(interactionData);
 386
 387     HarmonicBondType              ohBond(1., 1.);
 388     HarmonicBondType              ohBondMethanol(1.01, 1.02);
 389     HarmonicBondType              ometBond(1.1, 1.2);
 390     std::vector<HarmonicBondType> harmonicBondsReference{ ohBond, ohBondMethanol, ometBond };
 391
 392     EXPECT_EQ(harmonicBonds.parameters, harmonicBondsReference);
 393
 394     int H1 = topology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1"));
 395     int H2 = topology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2"));
 396     int Ow = topology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen"));
 397
 398     int Me1 = topology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("Me1"));
 399     int MeO1 = topology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("O2"));
 400     int MeH1 = topology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("H3"));
 401
 402     std::vector<CubicBondType>                   cubicBondsReference{ testBond };
 403     std::vector<InteractionIndex<CubicBondType>> cubicIndicesReference{
 404         { std::min(H1, H2), std::max(H1, H2), 0 }
 405     };
 406     EXPECT_EQ(cubicBondsReference, cubicBonds.parameters);
 407     EXPECT_EQ(cubicIndicesReference, cubicBonds.indices);
 408
 409     HarmonicAngle                                methanolAngle(Degrees(108.52), 397.5);
 410     std::vector<HarmonicAngle>                   angleReference{ testAngle, methanolAngle };
 411     std::vector<InteractionIndex<HarmonicAngle>> angleIndicesReference{
 412         { std::min(H1, H2), Ow, std::max(H1, H2), 0 }, { std::min(MeH1, MeO1), Me1, std::max(MeO1, MeH1), 1 }
 413     };
 414     EXPECT_EQ(angleReference, angleInteractions.parameters);
 415     EXPECT_EQ(angleIndicesReference, angleInteractions.indices);
 416 }
 417
 418 TEST(NBlibTest, TopologyInvalidParticleInInteractionThrows)
 419 {
 420     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 421     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 422
 423     HarmonicBondType testBond(1., 1.);
 424
 425     // Invalid input: no particle named "Iron" in molecule water
 426     water.addInteraction(ParticleName("H1"), ParticleName("Iron"), testBond);
 427
 428     ParticleTypesInteractions nbInteractions;
 429     std::vector<std::string>  particleTypeNames = { "Ow", "H", "OMet", "CMet" };
 430     for (const auto& name : particleTypeNames)
 431     {
 432         nbInteractions.add(ParticleTypeName(name), C6(0), C12(0));
 433     }
 434
 435     TopologyBuilder topologyBuilder;
 436     topologyBuilder.addMolecule(water, 1);
 437     topologyBuilder.addMolecule(methanol, 1);
 438     topologyBuilder.addParticleTypesInteractions(nbInteractions);
 439
 440     EXPECT_THROW(topologyBuilder.buildTopology(), InputException);
 441 }
 442
 443
 444 TEST(NBlibTest, toGmxExclusionBlockWorks)
 445 {
 446     std::vector<std::tuple<int, int>> testInput{ { 0, 0 }, { 0, 1 }, { 0, 2 }, { 1, 0 }, { 1, 1 },
 447                                                  { 1, 2 }, { 2, 0 }, { 2, 1 }, { 2, 2 } };
 448
 449     std::vector<gmx::ExclusionBlock> reference;
 450
 451     gmx::ExclusionBlock localBlock;
 452     localBlock.atomNumber.push_back(0);
 453     localBlock.atomNumber.push_back(1);
 454     localBlock.atomNumber.push_back(2);
 455
 456     reference.push_back(localBlock);
 457     reference.push_back(localBlock);
 458     reference.push_back(localBlock);
 459
 460     std::vector<gmx::ExclusionBlock> probe = toGmxExclusionBlock(testInput);
 461
 462     ASSERT_EQ(reference.size(), probe.size());
 463     for (size_t i = 0; i < reference.size(); ++i)
 464     {
 465         ASSERT_EQ(reference[i].atomNumber.size(), probe[i].atomNumber.size());
 466         for (size_t j = 0; j < reference[i].atomNumber.size(); ++j)
 467         {
 468             EXPECT_EQ(reference[i].atomNumber[j], probe[i].atomNumber[j]);
 469         }
 470     }
 471 }
 472
 473 } // namespace
 474 } // namespace test
 475 } // namespace nblib