api/nblib/tests/topology.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * This implements topology setup tests
  38  *
  39  * \author Victor Holanda <victor.holanda@cscs.ch>
  40  * \author Joe Jordan <ejjordan@kth.se>
  41  * \author Prashanth Kanduri <kanduri@cscs.ch>
  42  * \author Sebastian Keller <keller@cscs.ch>
  43  */
  44 #include <gmock/gmock.h>
  45 #include <gtest/gtest.h>
  46
  47 #include "gromacs/topology/exclusionblocks.h"
  48 #include "nblib/exception.h"
  49 #include "nblib/particletype.h"
  50 #include "nblib/tests/testsystems.h"
  51 #include "nblib/topology.h"
  52
  53 namespace nblib
  54 {
  55 namespace test
  56 {
  57 namespace
  58 {
  59
  60 using ::testing::Eq;
  61 using ::testing::Pointwise;
  62
  63 //! Compares all element between two lists of lists
  64 //! Todo: unify this with the identical function in nbkernelsystem test make this a method
  65 //!       of ListOfLists<>
  66 template<typename T>
  67 void compareLists(const gmx::ListOfLists<T>& list, const std::vector<std::vector<T>>& v)
  68 {
  69     ASSERT_EQ(list.size(), v.size());
  70     for (std::size_t i = 0; i < list.size(); i++)
  71     {
  72         ASSERT_EQ(list[i].size(), v[i].size());
  73         EXPECT_THAT(list[i], Pointwise(Eq(), v[i]));
  74     }
  75 }
  76
  77 // This is defined in src/gromacs/mdtypes/forcerec.h but there is also a
  78 // legacy C6 macro defined there that conflicts with the nblib C6 type.
  79 // Todo: Once that C6 has been refactored into a regular function, this
  80 //       file can just include forcerec.h
  81 //! Macro to marks particles to have Van der Waals interactions
  82 #define SET_CGINFO_HAS_VDW(cgi) (cgi) = ((cgi) | (1 << 23))
  83
  84 TEST(NBlibTest, TopologyHasNumParticles)
  85 {
  86     WaterTopologyBuilder waters;
  87     Topology             watersTopology = waters.buildTopology(2);
  88     const int            test           = watersTopology.numParticles();
  89     const int            ref            = 6;
  90     EXPECT_EQ(ref, test);
  91 }
  92
  93 TEST(NBlibTest, TopologyHasCharges)
  94 {
  95     WaterTopologyBuilder     waters;
  96     Topology                 watersTopology = waters.buildTopology(2);
  97     const std::vector<real>& test           = watersTopology.getCharges();
  98     const std::vector<real>& ref = { Charges.at("Ow"), Charges.at("Hw"), Charges.at("Hw"),
  99                                      Charges.at("Ow"), Charges.at("Hw"), Charges.at("Hw") };
 100     EXPECT_EQ(ref, test);
 101 }
 102
 103 TEST(NBlibTest, TopologyHasMasses)
 104 {
 105     WaterTopologyBuilder waters;
 106     Topology             watersTopology = waters.buildTopology(2);
 107
 108     const Mass              refOwMass = waters.water().at("Ow").mass();
 109     const Mass              refHwMass = waters.water().at("H").mass();
 110     const std::vector<Mass> ref = { refOwMass, refHwMass, refHwMass, refOwMass, refHwMass, refHwMass };
 111     const std::vector<Mass> test = expandQuantity(watersTopology, &ParticleType::mass);
 112     EXPECT_EQ(ref, test);
 113 }
 114
 115 TEST(NBlibTest, TopologyHasParticleTypes)
 116 {
 117     WaterTopologyBuilder             waters;
 118     Topology                         watersTopology = waters.buildTopology(2);
 119     const std::vector<ParticleType>& test           = watersTopology.getParticleTypes();
 120     const ParticleType               refOw          = waters.water().at("Ow");
 121     const ParticleType               refHw          = waters.water().at("H");
 122     const std::vector<ParticleType>& ref            = { refOw, refHw };
 123     const std::vector<ParticleType>& ref2           = { refHw, refOw };
 124     EXPECT_TRUE(ref == test || ref2 == test);
 125 }
 126
 127 TEST(NBlibTest, TopologyHasParticleTypeIds)
 128 {
 129     WaterTopologyBuilder waters;
 130     Topology             watersTopology = waters.buildTopology(2);
 131
 132     const std::vector<int>&          testIds   = watersTopology.getParticleTypeIdOfAllParticles();
 133     const std::vector<ParticleType>& testTypes = watersTopology.getParticleTypes();
 134
 135     std::vector<ParticleType> testTypesExpanded;
 136     testTypesExpanded.reserve(testTypes.size());
 137     for (int i : testIds)
 138     {
 139         testTypesExpanded.push_back(testTypes[i]);
 140     }
 141
 142     const ParticleType              refOw = waters.water().at("Ow");
 143     const ParticleType              refHw = waters.water().at("H");
 144     const std::vector<ParticleType> ref   = { refOw, refHw, refHw, refOw, refHw, refHw };
 145
 146     EXPECT_TRUE(ref == testTypesExpanded);
 147 }
 148
 149 TEST(NBlibTest, TopologyThrowsIdenticalParticleType)
 150 {
 151     //! User error: Two different ParticleTypes with the same name
 152     ParticleType U235(ParticleTypeName("Uranium"), Mass(235));
 153     ParticleType U238(ParticleTypeName("Uranium"), Mass(238));
 154
 155     Molecule ud235(MoleculeName("UraniumDimer235"));
 156     ud235.addParticle(ParticleName("U1"), U235);
 157     ud235.addParticle(ParticleName("U2"), U235);
 158
 159     Molecule ud238(MoleculeName("UraniumDimer238"));
 160     ud238.addParticle(ParticleName("U1"), U238);
 161     ud238.addParticle(ParticleName("U2"), U238);
 162
 163     TopologyBuilder topologyBuilder;
 164     topologyBuilder.addMolecule(ud235, 1);
 165     EXPECT_THROW(topologyBuilder.addMolecule(ud238, 1), InputException);
 166 }
 167
 168 TEST(NBlibTest, TopologyHasExclusions)
 169 {
 170     WaterTopologyBuilder         waters;
 171     Topology                     watersTopology = waters.buildTopology(2);
 172     const gmx::ListOfLists<int>& testExclusions = watersTopology.getGmxExclusions();
 173
 174     const std::vector<std::vector<int>>& refExclusions = { { 0, 1, 2 }, { 0, 1, 2 }, { 0, 1, 2 },
 175                                                            { 3, 4, 5 }, { 3, 4, 5 }, { 3, 4, 5 } };
 176
 177     compareLists(testExclusions, refExclusions);
 178 }
 179
 180 TEST(NBlibTest, TopologyHasSequencing)
 181 {
 182     WaterTopologyBuilder waters;
 183     Topology             watersTopology = waters.buildTopology(2);
 184
 185     EXPECT_EQ(0, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen")));
 186     EXPECT_EQ(1, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1")));
 187     EXPECT_EQ(2, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2")));
 188     EXPECT_EQ(3, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen")));
 189     EXPECT_EQ(4, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1")));
 190     EXPECT_EQ(5, watersTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2")));
 191 }
 192
 193 TEST(NBlibTest, TopologyCanAggregateBonds)
 194 {
 195     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 196     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 197
 198     std::vector<std::tuple<Molecule, int>> molecules{ std::make_tuple(water, 2),
 199                                                       std::make_tuple(methanol, 1) };
 200     std::vector<HarmonicBondType>          bonds;
 201     std::vector<size_t>                    bondsExpansion;
 202     std::tie(bondsExpansion, bonds) = detail::collectInteractions<HarmonicBondType>(molecules);
 203
 204     std::vector<HarmonicBondType> bondsTest;
 205     // use the expansionArray (bondsExpansion) to expand to the full list if bonds
 206     std::transform(begin(bondsExpansion),
 207                    end(bondsExpansion),
 208                    std::back_inserter(bondsTest),
 209                    [&bonds](size_t i) { return bonds[i]; });
 210
 211     std::vector<HarmonicBondType> waterBonds =
 212             pickType<HarmonicBondType>(water.interactionData()).interactionTypes_;
 213     std::vector<HarmonicBondType> methanolBonds =
 214             pickType<HarmonicBondType>(methanol.interactionData()).interactionTypes_;
 215
 216     std::vector<HarmonicBondType> bondsReference;
 217     std::copy(begin(waterBonds), end(waterBonds), std::back_inserter(bondsReference));
 218     std::copy(begin(waterBonds), end(waterBonds), std::back_inserter(bondsReference));
 219     std::copy(begin(methanolBonds), end(methanolBonds), std::back_inserter(bondsReference));
 220
 221     EXPECT_EQ(bondsTest, bondsReference);
 222 }
 223
 224 TEST(NBlibTest, TopologyCanSequencePairIDs)
 225 {
 226     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 227     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 228
 229     std::vector<std::tuple<Molecule, int>> molecules{ std::make_tuple(water, 2),
 230                                                       std::make_tuple(methanol, 1) };
 231     detail::ParticleSequencer              particleSequencer;
 232     particleSequencer.build(molecules);
 233     auto pairs = detail::sequenceIDs<HarmonicBondType>(molecules, particleSequencer);
 234
 235     int Ow1 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen"));
 236     int H11 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1"));
 237     int H12 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2"));
 238     int Ow2 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen"));
 239     int H21 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1"));
 240     int H22 = particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 1, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2"));
 241
 242     int Me  = particleSequencer(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("Me1"));
 243     int MeO = particleSequencer(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("O2"));
 244     int MeH = particleSequencer(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("H3"));
 245
 246     /// \cond DO_NOT_DOCUMENT
 247 #define SORT(i, j) (i < j) ? i : j, (i < j) ? j : i
 248
 249     std::vector<CoordinateIndex<HarmonicBondType>> pairs_reference{
 250         { SORT(Ow1, H11) }, { SORT(Ow1, H12) }, { SORT(Ow2, H21) },
 251         { SORT(Ow2, H22) }, { SORT(MeO, MeH) }, { SORT(MeO, Me) }
 252     };
 253 #undef SORT
 254     /// \endcond
 255
 256     EXPECT_EQ(pairs, pairs_reference);
 257 }
 258
 259 TEST(NBlibTest, TopologySequenceIdThrows)
 260 {
 261     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 262     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 263
 264     std::vector<std::tuple<Molecule, int>> molecules{ std::make_tuple(water, 2),
 265                                                       std::make_tuple(methanol, 1) };
 266     detail::ParticleSequencer              particleSequencer;
 267     particleSequencer.build(molecules);
 268     auto pairs = detail::sequenceIDs<HarmonicBondType>(molecules, particleSequencer);
 269
 270     // Input error: no particle called O-Atom in molecule "water"
 271     EXPECT_THROW(particleSequencer(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("O-Atom")),
 272                  InputException);
 273 }
 274
 275 TEST(NBlibTest, TopologyCanEliminateDuplicateBonds)
 276 {
 277     HarmonicBondType b1(1.0, 2.0);
 278     HarmonicBondType b2(1.1, 2.1);
 279     HarmonicBondType b3(1.2, 2.2);
 280
 281     // can be compressed to {b1,b2,b3} + {1,1,2,0,1,0,2,2}
 282     std::vector<HarmonicBondType> bonds{ b2, b2, b3, b1, b2, b1, b3, b3 };
 283
 284     // expected output
 285     std::vector<HarmonicBondType> uniqueBondsReference{ b1, b2, b3 };
 286     std::vector<size_t>           indicesReference{ 1, 1, 2, 0, 1, 0, 2, 2 };
 287
 288     std::tuple<std::vector<size_t>, std::vector<HarmonicBondType>> bondData =
 289             detail::eliminateDuplicateInteractions(bonds);
 290
 291     auto indices     = std::get<0>(bondData);
 292     auto uniqueBonds = std::get<1>(bondData);
 293
 294     EXPECT_EQ(uniqueBondsReference, uniqueBonds);
 295     EXPECT_EQ(indicesReference, indices);
 296 }
 297
 298 TEST(NBlibTest, TopologyListedInteractions)
 299 {
 300     // Todo: add angles to SpcMethanolTopologyBuilder and extend interactions_reference below to
 301     // Todo: include angles
 302
 303     Topology spcTopology = SpcMethanolTopologyBuilder{}.buildTopology(1, 2);
 304
 305     auto  interactionData = spcTopology.getInteractionData();
 306     auto& harmonicBonds   = pickType<HarmonicBondType>(interactionData);
 307
 308     auto& indices = harmonicBonds.indices;
 309     auto& bonds   = harmonicBonds.parameters;
 310
 311     std::map<std::tuple<int, int>, HarmonicBondType> interactions_test;
 312     for (auto& ituple : indices)
 313     {
 314         interactions_test[std::make_tuple(std::get<0>(ituple), std::get<1>(ituple))] =
 315                 bonds[std::get<2>(ituple)];
 316     }
 317
 318     // there should be 3 unique HarmonicBondType instances
 319     EXPECT_EQ(bonds.size(), 3);
 320     // and 6 interaction pairs (bonds)
 321     EXPECT_EQ(indices.size(), 6);
 322
 323     HarmonicBondType ohBond(1., 1.);
 324     HarmonicBondType ohBondMethanol(1.01, 1.02);
 325     HarmonicBondType ometBond(1.1, 1.2);
 326
 327     std::map<std::tuple<int, int>, HarmonicBondType> interactions_reference;
 328
 329     int Ow = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen"));
 330     int H1 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1"));
 331     int H2 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2"));
 332
 333     int Me1 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("Me1"));
 334     int MeO1 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("O2"));
 335     int MeH1 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("H3"));
 336
 337     int Me2 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 1, ResidueName("MeOH"), ParticleName("Me1"));
 338     int MeO2 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 1, ResidueName("MeOH"), ParticleName("O2"));
 339     int MeH2 = spcTopology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 1, ResidueName("MeOH"), ParticleName("H3"));
 340
 341     /// \cond DO_NOT_DOCUMENT
 342 #define SORT(i, j) (i < j) ? i : j, (i < j) ? j : i
 343     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(Ow, H1))]     = ohBond;
 344     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(Ow, H2))]     = ohBond;
 345     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(MeO1, MeH1))] = ohBondMethanol;
 346     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(MeO1, Me1))]  = ometBond;
 347     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(MeO2, MeH2))] = ohBondMethanol;
 348     interactions_reference[std::make_tuple(SORT(MeO2, Me2))]  = ometBond;
 349 #undef SORT
 350     /// \endcond
 351
 352     EXPECT_TRUE(std::equal(
 353             begin(interactions_reference), end(interactions_reference), begin(interactions_test)));
 354 }
 355
 356 TEST(NBlibTest, TopologyListedInteractionsMultipleTypes)
 357 {
 358     // Todo: add an angle type here
 359
 360     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 361     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 362
 363     CubicBondType testBond(1., 1., 1.);
 364     DefaultAngle  testAngle(Degrees(1), 1);
 365
 366     water.addInteraction(ParticleName("H1"), ParticleName("H2"), testBond);
 367     water.addInteraction(ParticleName("H1"), ParticleName("Oxygen"), ParticleName("H2"), testAngle);
 368
 369     ParticleTypesInteractions nbInteractions;
 370     std::vector<std::string>  particleTypeNames = { "Ow", "H", "OMet", "CMet" };
 371     for (const auto& name : particleTypeNames)
 372     {
 373         nbInteractions.add(ParticleTypeName(name), C6(0), C12(0));
 374     }
 375
 376     TopologyBuilder topologyBuilder;
 377     topologyBuilder.addMolecule(water, 1);
 378     topologyBuilder.addMolecule(methanol, 1);
 379     topologyBuilder.addParticleTypesInteractions(nbInteractions);
 380
 381     Topology topology = topologyBuilder.buildTopology();
 382
 383     auto  interactionData   = topology.getInteractionData();
 384     auto& harmonicBonds     = pickType<HarmonicBondType>(interactionData);
 385     auto& cubicBonds        = pickType<CubicBondType>(interactionData);
 386     auto& angleInteractions = pickType<DefaultAngle>(interactionData);
 387
 388     HarmonicBondType              ohBond(1., 1.);
 389     HarmonicBondType              ohBondMethanol(1.01, 1.02);
 390     HarmonicBondType              ometBond(1.1, 1.2);
 391     std::vector<HarmonicBondType> harmonicBondsReference{ ohBond, ohBondMethanol, ometBond };
 392
 393     EXPECT_EQ(harmonicBonds.parameters, harmonicBondsReference);
 394
 395     int H1 = topology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H1"));
 396     int H2 = topology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("H2"));
 397     int Ow = topology.sequenceID(MoleculeName("SOL"), 0, ResidueName("SOL"), ParticleName("Oxygen"));
 398
 399     int Me1 = topology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("Me1"));
 400     int MeO1 = topology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("O2"));
 401     int MeH1 = topology.sequenceID(MoleculeName("MeOH"), 0, ResidueName("MeOH"), ParticleName("H3"));
 402
 403     std::vector<CubicBondType>                   cubicBondsReference{ testBond };
 404     std::vector<InteractionIndex<CubicBondType>> cubicIndicesReference{
 405         { std::min(H1, H2), std::max(H1, H2), 0 }
 406     };
 407     EXPECT_EQ(cubicBondsReference, cubicBonds.parameters);
 408     EXPECT_EQ(cubicIndicesReference, cubicBonds.indices);
 409
 410     DefaultAngle                                methanolAngle(Degrees(108.52), 397.5);
 411     std::vector<DefaultAngle>                   angleReference{ testAngle, methanolAngle };
 412     std::vector<InteractionIndex<DefaultAngle>> angleIndicesReference{
 413         { std::min(H1, H2), Ow, std::max(H1, H2), 0 }, { std::min(MeH1, MeO1), Me1, std::max(MeO1, MeH1), 1 }
 414     };
 415     EXPECT_EQ(angleReference, angleInteractions.parameters);
 416     EXPECT_EQ(angleIndicesReference, angleInteractions.indices);
 417 }
 418
 419 TEST(NBlibTest, TopologyInvalidParticleInInteractionThrows)
 420 {
 421     Molecule water    = WaterMoleculeBuilder{}.waterMolecule();
 422     Molecule methanol = MethanolMoleculeBuilder{}.methanolMolecule();
 423
 424     HarmonicBondType testBond(1., 1.);
 425
 426     // Invalid input: no particle named "Iron" in molecule water
 427     water.addInteraction(ParticleName("H1"), ParticleName("Iron"), testBond);
 428
 429     ParticleTypesInteractions nbInteractions;
 430     std::vector<std::string>  particleTypeNames = { "Ow", "H", "OMet", "CMet" };
 431     for (const auto& name : particleTypeNames)
 432     {
 433         nbInteractions.add(ParticleTypeName(name), C6(0), C12(0));
 434     }
 435
 436     TopologyBuilder topologyBuilder;
 437     topologyBuilder.addMolecule(water, 1);
 438     topologyBuilder.addMolecule(methanol, 1);
 439     topologyBuilder.addParticleTypesInteractions(nbInteractions);
 440
 441     EXPECT_THROW(topologyBuilder.buildTopology(), InputException);
 442 }
 443
 444
 445 TEST(NBlibTest, toGmxExclusionBlockWorks)
 446 {
 447     std::vector<std::tuple<int, int>> testInput{ { 0, 0 }, { 0, 1 }, { 0, 2 }, { 1, 0 }, { 1, 1 },
 448                                                  { 1, 2 }, { 2, 0 }, { 2, 1 }, { 2, 2 } };
 449
 450     std::vector<gmx::ExclusionBlock> reference;
 451
 452     gmx::ExclusionBlock localBlock;
 453     localBlock.atomNumber.push_back(0);
 454     localBlock.atomNumber.push_back(1);
 455     localBlock.atomNumber.push_back(2);
 456
 457     reference.push_back(localBlock);
 458     reference.push_back(localBlock);
 459     reference.push_back(localBlock);
 460
 461     std::vector<gmx::ExclusionBlock> probe = detail::toGmxExclusionBlock(testInput);
 462
 463     ASSERT_EQ(reference.size(), probe.size());
 464     for (size_t i = 0; i < reference.size(); ++i)
 465     {
 466         ASSERT_EQ(reference[i].atomNumber.size(), probe[i].atomNumber.size());
 467         for (size_t j = 0; j < reference[i].atomNumber.size(); ++j)
 468         {
 469             EXPECT_EQ(reference[i].atomNumber[j], probe[i].atomNumber[j]);
 470         }
 471     }
 472 }
 473
 474 } // namespace
 475 } // namespace test
 476 } // namespace nblib