api/nblib/samples/argon-forces-integration.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * This tests that sample code can run
  38  *
  39  * \author Victor Holanda <victor.holanda@cscs.ch>
  40  * \author Joe Jordan <ejjordan@kth.se>
  41  * \author Prashanth Kanduri <kanduri@cscs.ch>
  42  * \author Sebastian Keller <keller@cscs.ch>
  43  */
  44
  45 #include <cstdio>
  46
  47 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  48
  49 // The entire nblib public API can be included with a single header or individual components
  50 // can be included via their respective headers.
  51 #include "nblib/nblib.h"
  52
  53 // Main function to write the MD program.
  54 int main(); // Keep the compiler happy
  55
  56 int main()
  57 {
  58     // Create an argon particle with a name and a mass.
  59     nblib::ParticleType argonAtom(nblib::ParticleTypeName("Ar"), nblib::Mass(39.94800));
  60     // Create an argon molecule.
  61     nblib::Molecule argonMolecule(nblib::MoleculeName("AR"));
  62     // Add the argon particle to a molecule. The names are for bookkeeping and need not match.
  63     argonMolecule.addParticle(nblib::ParticleName("Argon"), argonAtom);
  64     // Define Lennard-Jones params for argon (parameters from gromos43A1).
  65     nblib::C6  ArC6{ 0.0062647225 };  // C6 parameter
  66     nblib::C12 ArC12{ 9.847044e-06 }; // C12 parameter
  67     // Holder for non-bonded interactions.
  68     nblib::ParticleTypesInteractions interactions;
  69     // Add non-bonded interactions for argon.
  70     interactions.add(argonAtom.name(), ArC6, ArC12);
  71     // The TopologyBuilder builds the Topology!
  72     nblib::TopologyBuilder topologyBuilder;
  73     // Number of Argon particles (molecules) in the system.
  74     int numParticles = 12;
  75     // Add the requested number of argon molecules to a topology.
  76     topologyBuilder.addMolecule(argonMolecule, numParticles);
  77     // Add the argon interactions to the topology.
  78     topologyBuilder.addParticleTypesInteractions(interactions);
  79     // Build the topology.
  80     nblib::Topology topology = topologyBuilder.buildTopology();
  81     // The system needs a bounding box. Only cubic and rectangular boxes are supported.
  82     nblib::Box box(6.05449);
  83     // User defined coordinates.
  84     std::vector<nblib::Vec3> coordinates = {
  85         { 0.794, 1.439, 0.610 }, { 1.397, 0.673, 1.916 }, { 0.659, 1.080, 0.573 },
  86         { 1.105, 0.090, 3.431 }, { 1.741, 1.291, 3.432 }, { 1.936, 1.441, 5.873 },
  87         { 0.960, 2.246, 1.659 }, { 0.382, 3.023, 2.793 }, { 0.053, 4.857, 4.242 },
  88         { 2.655, 5.057, 2.211 }, { 4.114, 0.737, 0.614 }, { 5.977, 5.104, 5.217 },
  89     };
  90     // User defined velocities.
  91     std::vector<nblib::Vec3> velocities = {
  92         { 0.0055, -0.1400, 0.2127 },   { 0.0930, -0.0160, -0.0086 }, { 0.1678, 0.2476, -0.0660 },
  93         { 0.1591, -0.0934, -0.0835 },  { -0.0317, 0.0573, 0.1453 },  { 0.0597, 0.0013, -0.0462 },
  94         { 0.0484, -0.0357, 0.0168 },   { 0.0530, 0.0295, -0.2694 },  { -0.0550, -0.0896, 0.0494 },
  95         { -0.0799, -0.2534, -0.0079 }, { 0.0436, -0.1557, 0.1849 },  { -0.0214, 0.0446, 0.0758 },
  96     };
  97     // Force buffer initialization for each particle.
  98     std::vector<nblib::Vec3> forces = {
  99         { 0.0000, 0.0000, 0.0000 }, { 0.0000, 0.0000, 0.0000 }, { 0.0000, 0.0000, 0.0000 },
 100         { 0.0000, 0.0000, 0.0000 }, { 0.0000, 0.0000, 0.0000 }, { 0.0000, 0.0000, 0.0000 },
 101         { 0.0000, 0.0000, 0.0000 }, { 0.0000, 0.0000, 0.0000 }, { 0.0000, 0.0000, 0.0000 },
 102         { 0.0000, 0.0000, 0.0000 }, { 0.0000, 0.0000, 0.0000 }, { 0.0000, 0.0000, 0.0000 },
 103     };
 104     // A simulation state contains all the molecular information about the system.
 105     nblib::SimulationState simState(coordinates, velocities, forces, box, topology);
 106     // Kernel options are flags needed for force calculation.
 107     nblib::NBKernelOptions options = nblib::NBKernelOptions();
 108     // Use a simple cutoff rule for Coulomb
 109     options.coulombType = nblib::CoulombType::Cutoff;
 110     // Some performance flags can be set a run time
 111     options.nbnxmSimd = nblib::SimdKernels::SimdNo;
 112     // The force calculator contains all the data needed to compute forces.
 113     nblib::ForceCalculator forceCalculator(simState, options);
 114     // Integration requires masses, positions, and forces
 115     nblib::LeapFrog integrator(simState.topology(), simState.box());
 116     // Print some diagnostic info
 117     printf("initial forces on particle 0: x %4f y %4f z %4f\n", forces[0][0], forces[0][1], forces[0][2]);
 118     // The forces are computed for the user
 119     gmx::ArrayRef<nblib::Vec3> userForces(simState.forces());
 120     forceCalculator.compute(simState.coordinates(), userForces);
 121     // Print some diagnostic info
 122     printf("  final forces on particle 0: x %4f y %4f z %4f\n",
 123            userForces[0][0],
 124            userForces[0][1],
 125            userForces[0][2]);
 126     // User may modify forces stored in simState.forces() if needed
 127     // Print some diagnostic info
 128     printf("initial position of particle 0: x %4f y %4f z %4f\n",
 129            simState.coordinates()[0][0],
 130            simState.coordinates()[0][1],
 131            simState.coordinates()[0][2]);
 132     // Integrate with a time step of 1 fs
 133     integrator.integrate(1.0, simState.coordinates(), simState.velocities(), simState.forces());
 134     // Print some diagnostic info
 135
 136     printf("  final position of particle 0: x %4f y %4f z %4f\n",
 137            simState.coordinates()[0][0],
 138            simState.coordinates()[0][1],
 139            simState.coordinates()[0][2]);
 140     return 0;
 141 }