api/nblib/particlesequencer.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements ParticleSequencer class
  38  *
  39  * \author Victor Holanda <victor.holanda@cscs.ch>
  40  * \author Joe Jordan <ejjordan@kth.se>
  41  * \author Prashanth Kanduri <kanduri@cscs.ch>
  42  * \author Sebastian Keller <keller@cscs.ch>
  43  * \author Artem Zhmurov <zhmurov@gmail.com>
  44  */
  45
  46 #include <algorithm>
  47
  48 #include "nblib/exception.h"
  49 #include "nblib/particlesequencer.h"
  50
  51 namespace nblib
  52 {
  53
  54 int ParticleSequencer::operator()(const MoleculeName& moleculeName,
  55                                   int                 moleculeNr,
  56                                   const ResidueName&  residueName,
  57                                   const ParticleName& particleName) const
  58 {
  59     try
  60     {
  61         return data_.at(moleculeName).at(moleculeNr).at(residueName).at(particleName);
  62     }
  63     catch (const std::out_of_range& outOfRange)
  64     {
  65         // TODO: use string format function once we have it
  66         if (moleculeName.value() == residueName.value())
  67         {
  68             printf("No particle %s in residue %s in molecule %s found\n",
  69                    particleName.value().c_str(),
  70                    residueName.value().c_str(),
  71                    moleculeName.value().c_str());
  72         }
  73         else
  74         {
  75             printf("No particle %s in molecule %s found\n",
  76                    particleName.value().c_str(),
  77                    moleculeName.value().c_str());
  78         }
  79
  80         throw InputException(outOfRange.what());
  81     }
  82 }
  83
  84 void ParticleSequencer::build(const std::vector<std::tuple<Molecule, int>>& moleculesList)
  85 {
  86     int currentID = 0;
  87     for (const auto& molNumberTuple : moleculesList)
  88     {
  89         const Molecule& molecule = std::get<0>(molNumberTuple);
  90         const size_t    numMols  = std::get<1>(molNumberTuple);
  91
  92         auto& moleculeMap = data_[molecule.name()];
  93
  94         for (size_t i = 0; i < numMols; ++i)
  95         {
  96             auto& moleculeNrMap = moleculeMap[i];
  97             for (int j = 0; j < molecule.numParticlesInMolecule(); ++j)
  98             {
  99                 moleculeNrMap[molecule.residueName(j)][molecule.particleName(j)] = currentID++;
 100             }
 101         }
 102     }
 103 }
 104
 105 } // namespace nblib