api/nblib/forcecalculator.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief Implements nblib ForceCalculator
  37  *
  38  * \author Victor Holanda <victor.holanda@cscs.ch>
  39  * \author Joe Jordan <ejjordan@kth.se>
  40  * \author Prashanth Kanduri <kanduri@cscs.ch>
  41  * \author Sebastian Keller <keller@cscs.ch>
  42  */
  43 #include "nblib/exception.h"
  44 #include "nblib/forcecalculator.h"
  45 #include "nblib/gmxcalculator.h"
  46 #include "nblib/gmxsetup.h"
  47 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  48
  49 namespace nblib
  50 {
  51
  52 ForceCalculator::~ForceCalculator() = default;
  53
  54 ForceCalculator::ForceCalculator(const SimulationState& system, const NBKernelOptions& options)
  55 {
  56     if (options.useGpu)
  57     {
  58         throw InputException("GPUs are not supported for force calculations yet.");
  59     }
  60     gmxForceCalculator_ = GmxSetupDirector::setupGmxForceCalculator(system, options);
  61 }
  62
  63 void ForceCalculator::compute(gmx::ArrayRef<const Vec3> coordinates, gmx::ArrayRef<Vec3> forces)
  64 {
  65     if (coordinates.size() != forces.size())
  66     {
  67         throw InputException("Coordinates array and force buffer size mismatch");
  68     }
  69
  70     gmxForceCalculator_->compute(coordinates, forces);
  71 }
  72
  73 void ForceCalculator::updatePairList(gmx::ArrayRef<const int64_t> particleInfoAllVdW,
  74                                      gmx::ArrayRef<Vec3>          coordinates,
  75                                      const Box&                   box)
  76 {
  77     gmxForceCalculator_->setParticlesOnGrid(particleInfoAllVdW, coordinates, box);
  78 }
  79
  80 } // namespace nblib