api/nblib/box.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements nblib simulation box
  38  *
  39  * \author Victor Holanda <victor.holanda@cscs.ch>
  40  * \author Joe Jordan <ejjordan@kth.se>
  41  * \author Prashanth Kanduri <kanduri@cscs.ch>
  42  * \author Sebastian Keller <keller@cscs.ch>
  43  */
  44 #include <cmath>
  45
  46 #include "nblib/box.h"
  47 #include "nblib/exception.h"
  48
  49 namespace nblib
  50 {
  51
  52 Box::Box(real l) : Box(l, l, l) {}
  53
  54 Box::Box(real x, real y, real z) : legacyMatrix_{ { 0 } }
  55 {
  56     if (std::isnan(x) || std::isinf(x) || std::isnan(y) || std::isinf(y) || std::isnan(z) || std::isinf(z))
  57     {
  58         throw InputException("Cannot have NaN or Inf box length.");
  59     }
  60
  61     legacyMatrix_[dimX][dimX] = x;
  62     legacyMatrix_[dimY][dimY] = y;
  63     legacyMatrix_[dimZ][dimZ] = z;
  64 }
  65
  66 bool operator==(const Box& rhs, const Box& lhs)
  67 {
  68     using real_ptr = const real*;
  69     return std::equal(real_ptr(rhs.legacyMatrix()),
  70                       real_ptr(rhs.legacyMatrix()) + dimSize * dimSize,
  71                       real_ptr(lhs.legacyMatrix()));
  72 }
  73
  74 } // namespace nblib