admin/programs.txt

   1 HEAD|Generating topologies and coordinates
   2 pdb2gmx|converts pdb files to topology and coordinate files
   3 g_x2top|generates a primitive topology from coordinates
   4 editconf|edits the box and writes subgroups
   5 genbox|solvates a system
   6 genion|generates mono atomic ions on energetically favorable positions
   7 genconf|multiplies a conformation in 'random' orientations
   8 genrestr|generates position restraints or distance restraints for index groups
   9 g_protonate|protonates structures
  10 END
  11
  12 HEAD|Running a simulation
  13 grompp|makes a run input file
  14 tpbconv|makes a run input file for restarting a crashed run
  15 mdrun|performs a simulation, do a normal mode analysis or an energy minimization
  16 END
  17
  18 HEAD|Viewing trajectories
  19 ngmx|displays a trajectory
  20 g_highway|X Window System gadget for highway simulations
  21 g_nmtraj|generate a virtual trajectory from an eigenvector
  22 END
  23
  24 HEAD|Processing energies
  25 g_energy|writes energies to xvg files and displays averages
  26 g_enemat|extracts an energy matrix from an energy file
  27 mdrun|with -rerun (re)calculates energies for trajectory frames
  28 END
  29
  30 HEAD|Converting files
  31 editconf|converts and manipulates structure files
  32 trjconv|converts and manipulates trajectory files
  33 trjcat|concatenates trajectory files
  34 eneconv|converts energy files
  35 xpm2ps|converts XPM matrices to encapsulated postscript (or XPM)
  36 g_sigeps|convert c6/12 or c6/cn combinations to and from sigma/epsilon
  37 END
  38
  39 HEAD|Tools
  40 make_ndx|makes index files
  41 mk_angndx|generates index files for g_angle
  42 gmxcheck|checks and compares files
  43 gmxdump|makes binary files human readable
  44 g_traj|plots x, v and f of selected atoms/groups (and more) from a trajectory
  45 g_analyze|analyzes data sets
  46 trjorder|orders molecules according to their distance to a group
  47 g_filter|frequency filters trajectories, useful for making smooth movies
  48 g_lie|free energy estimate from linear combinations
  49 g_dyndom|interpolate and extrapolate structure rotations
  50 g_morph|linear interpolation of conformations
  51 g_wham|weighted histogram analysis after umbrella sampling
  52 xpm2ps|convert XPM (XPixelMap) file to postscript
  53 g_sham|read/write xmgr and xvgr data sets
  54 g_spatial|calculates the spatial distribution function
  55 g_select|selects groups of atoms based on flexible textual selections
  56 g_tune_pme|time mdrun as a function of PME nodes to optimize settings
  57 END
  58
  59 HEAD|Distances between structures
  60 g_rms|calculates rmsd's with a reference structure and rmsd matrices
  61 g_confrms|fits two structures and calculates the rmsd
  62 g_cluster|clusters structures
  63 g_rmsf|calculates atomic fluctuations
  64 END
  65
  66 HEAD|Distances in structures over time
  67 g_mindist|calculates the minimum distance between two groups
  68 g_dist|calculates the distances between the centers of mass of two groups
  69 g_bond|calculates distances between atoms
  70 g_mdmat|calculates residue contact maps
  71 g_polystat|calculates static properties of polymers
  72 g_rmsdist|calculates atom pair distances averaged with power -2, -3 or -6
  73 END
  74
  75 HEAD|Mass distribution properties over time
  76 g_traj|plots x, v, f, box, temperature and rotational energy
  77 g_gyrate|calculates the radius of gyration
  78 g_msd|calculates mean square displacements
  79 g_polystat|calculates static properties of polymers
  80 g_rotacf|calculates the rotational correlation function for molecules
  81 g_rdf|calculates radial distribution functions
  82 g_rotmat|plots the rotation matrix for fitting to a reference structure
  83 g_vanhove|calculates Van Hove displacement functions
  84 END
  85
  86 HEAD|Analyzing bonded interactions
  87 g_bond|calculates bond length distributions
  88 mk_angndx|generates index files for g_angle
  89 g_angle|calculates distributions and correlations for angles and dihedrals
  90 g_dih|analyzes dihedral transitions
  91 END
  92
  93 HEAD|Structural properties
  94 g_hbond|computes and analyzes hydrogen bonds
  95 g_saltbr|computes salt bridges
  96 g_sas|computes solvent accessible surface area
  97 g_order|computes the order parameter per atom for carbon tails
  98 g_principal|calculates axes of inertia for a group of atoms
  99 g_rdf|calculates radial distribution functions
 100 g_sgangle|computes the angle and distance between two groups
 101 g_sorient|analyzes solvent orientation around solutes
 102 g_spol|analyzes solvent dipole orientation and polarization around solutes
 103 g_bundle|analyzes bundles of axes, e.g. helices
 104 g_disre|analyzes distance restraints
 105 g_clustsize|calculate size distributions of atomic clusters
 106 g_anadock|cluster structures from Autodock runs
 107 END
 108
 109 HEAD|Kinetic properties
 110 g_traj|plots x, v, f, box, temperature and rotational energy
 111 g_velacc|calculates velocity autocorrelation functions
 112 g_tcaf|calculates viscosities of liquids
 113 g_bar|calculates free energy difference estimates through Bennett's acceptance ratio
 114 g_current|calculate current autocorrelation function of system
 115 g_vanhove|compute Van Hove correlation function
 116 g_principal|calculate principal axes of inertion for a group of atoms
 117 END
 118
 119 HEAD|Electrostatic properties
 120 genion|generates mono atomic ions on energetically favorable positions
 121 g_potential|calculates the electrostatic potential across the box
 122 g_dipoles|computes the total dipole plus fluctuations
 123 g_dielectric|calculates frequency dependent dielectric constants
 124 g_current|calculates dielectric constants for charged systems
 125 g_spol|analyze dipoles around a solute
 126 END
 127
 128 HEAD|Protein specific analysis
 129 do_dssp|assigns secondary structure and calculates solvent accessible surface area
 130 g_chi|calculates everything you want to know about chi and other dihedrals
 131 g_helix|calculates basic properties of alpha helices
 132 g_helixorient|calculates local pitch/bending/rotation/orientation inside helices
 133 g_rama|computes Ramachandran plots
 134 g_xrama|shows animated Ramachandran plots
 135 g_wheel|plots helical wheels
 136 END
 137
 138 HEAD|Interfaces
 139 g_potential|calculates the electrostatic potential across the box
 140 g_density|calculates the density of the system
 141 g_densmap|calculates 2D planar or axial-radial density maps
 142 g_order|computes the order parameter per atom for carbon tails
 143 g_h2order|computes the orientation of water molecules
 144 g_bundle|analyzes bundles of axes, e.g. transmembrane helices
 145 g_membed|embeds a protein into a lipid bilayer
 146 END
 147
 148
 149 HEAD|Covariance analysis
 150 g_covar|calculates and diagonalizes the covariance matrix
 151 g_anaeig|analyzes the eigenvectors
 152 make_edi|generate input files for essential dynamics sampling
 153 END
 154
 155 HEAD|Normal modes
 156 grompp|makes a run input file
 157 mdrun|finds a potential energy minimum
 158 mdrun|calculates the Hessian
 159 g_nmeig|diagonalizes the Hessian
 160 g_nmtraj|generate oscillating trajectory of an eigenmode
 161 g_anaeig|analyzes the normal modes
 162 g_nmens|generates an ensemble of structures from the normal modes
 163 END