admin/programs.txt

   1 HEAD|Generating topologies and coordinates
   2 editconf|edits the box and writes subgroups
   3 g_protonate|protonates structures
   4 g_x2top|generates a primitive topology from coordinates
   5 genbox|solvates a system
   6 genconf|multiplies a conformation in 'random' orientations
   7 genion|generates mono atomic ions on energetically favorable positions
   8 genrestr|generates position restraints or distance restraints for index groups
   9 pdb2gmx|converts coordinate files to topology and FF-compliant coordinate files
  10 END
  11
  12 HEAD|Running a simulation
  13 grompp|makes a run input file
  14 mdrun|performs a simulation, do a normal mode analysis or an energy minimization
  15 tpbconv|makes a run input file for restarting a crashed run
  16 END
  17
  18 HEAD|Viewing trajectories
  19 g_nmtraj|generate a virtual trajectory from an eigenvector
  20 ngmx|displays a trajectory
  21 END
  22
  23 HEAD|Processing energies
  24 g_enemat|extracts an energy matrix from an energy file
  25 g_energy|writes energies to xvg files and displays averages
  26 mdrun|with -rerun (re)calculates energies for trajectory frames
  27 END
  28
  29 HEAD|Converting files
  30 editconf|converts and manipulates structure files
  31 eneconv|converts energy files
  32 g_sigeps|convert c6/12 or c6/cn combinations to and from sigma/epsilon
  33 trjcat|concatenates trajectory files
  34 trjconv|converts and manipulates trajectory files
  35 xpm2ps|converts XPM matrices to encapsulated postscript (or XPM)
  36 END
  37
  38 HEAD|Tools
  39 g_analyze|analyzes data sets
  40 g_dyndom|interpolate and extrapolate structure rotations
  41 g_filter|frequency filters trajectories, useful for making smooth movies
  42 g_lie|free energy estimate from linear combinations
  43 g_morph|linear interpolation of conformations
  44 g_pme_error|estimates the error of using PME with a given input file
  45 g_select|selects groups of atoms based on flexible textual selections
  46 g_sham|read/write xmgr and xvgr data sets
  47 g_spatial|calculates the spatial distribution function
  48 g_traj|plots x, v and f of selected atoms/groups (and more) from a trajectory
  49 g_tune_pme|time mdrun as a function of PME nodes to optimize settings
  50 g_wham|weighted histogram analysis after umbrella sampling
  51 gmxcheck|checks and compares files
  52 gmxdump|makes binary files human readable
  53 make_ndx|makes index files
  54 mk_angndx|generates index files for g_angle
  55 trjorder|orders molecules according to their distance to a group
  56 xpm2ps|convert XPM (XPixelMap) file to postscript
  57 END
  58
  59 HEAD|Distances between structures
  60 g_cluster|clusters structures
  61 g_confrms|fits two structures and calculates the rmsd
  62 g_rms|calculates rmsd's with a reference structure and rmsd matrices
  63 g_rmsf|calculates atomic fluctuations
  64 END
  65
  66 HEAD|Distances in structures over time
  67 g_bond|calculates distances between atoms
  68 g_dist|calculates the distances between the centers of mass of two groups
  69 g_mindist|calculates the minimum distance between two groups
  70 g_mdmat|calculates residue contact maps
  71 g_polystat|calculates static properties of polymers
  72 g_rmsdist|calculates atom pair distances averaged with power -2, -3 or -6
  73 END
  74
  75 HEAD|Mass distribution properties over time
  76 g_gyrate|calculates the radius of gyration
  77 g_msd|calculates mean square displacements
  78 g_polystat|calculates static properties of polymers
  79 g_rdf|calculates radial distribution functions
  80 g_rotacf|calculates the rotational correlation function for molecules
  81 g_rotmat|plots the rotation matrix for fitting to a reference structure
  82 g_sans|computes the small angle neutron scattering spectra
  83 g_saxs|computes the small angle X-Ray scattering spectra
  84 g_traj|plots x, v, f, box, temperature and rotational energy
  85 g_vanhove|calculates Van Hove displacement functions
  86 END
  87
  88 HEAD|Analyzing bonded interactions
  89 g_angle|calculates distributions and correlations for angles and dihedrals
  90 g_bond|calculates bond length distributions
  91 mk_angndx|generates index files for g_angle
  92 END
  93
  94 HEAD|Structural properties
  95 g_anadock|cluster structures from Autodock runs
  96 g_bundle|analyzes bundles of axes, e.g. helices
  97 g_clustsize|calculate size distributions of atomic clusters
  98 g_disre|analyzes distance restraints
  99 g_hbond|computes and analyzes hydrogen bonds
 100 g_order|computes the order parameter per atom for carbon tails
 101 g_principal|calculates axes of inertia for a group of atoms
 102 g_rdf|calculates radial distribution functions
 103 g_saltbr|computes salt bridges
 104 g_sas|computes solvent accessible surface area
 105 g_sgangle|computes the angle and distance between two groups
 106 g_sorient|analyzes solvent orientation around solutes
 107 g_spol|analyzes solvent dipole orientation and polarization around solutes
 108 END
 109
 110 HEAD|Kinetic properties
 111 g_bar|calculates free energy difference estimates through Bennett's acceptance ratio
 112 g_current|calculate current autocorrelation function of system
 113 g_dos|analyzes density of states and properties based on that
 114 g_dyecoupl|extracts dye dynamics from trajectories
 115 g_kinetics|analyzes kinetic constants from properties based on the Eyring model
 116 g_principal|calculate principal axes of inertion for a group of atoms
 117 g_tcaf|calculates viscosities of liquids
 118 g_traj|plots x, v, f, box, temperature and rotational energy
 119 g_vanhove|compute Van Hove correlation function
 120 g_velacc|calculates velocity autocorrelation functions
 121 END
 122
 123 HEAD|Electrostatic properties
 124 g_current|calculates dielectric constants for charged systems
 125 g_dielectric|calculates frequency dependent dielectric constants
 126 g_dipoles|computes the total dipole plus fluctuations
 127 g_potential|calculates the electrostatic potential across the box
 128 g_spol|analyze dipoles around a solute
 129 genion|generates mono atomic ions on energetically favorable positions
 130 END
 131
 132 HEAD|Protein-specific analysis
 133 do_dssp|assigns secondary structure and calculates solvent accessible surface area
 134 g_chi|calculates everything you want to know about chi and other dihedrals
 135 g_helix|calculates basic properties of alpha helices
 136 g_helixorient|calculates local pitch/bending/rotation/orientation inside helices
 137 g_rama|computes Ramachandran plots
 138 g_wheel|plots helical wheels
 139 g_xrama|shows animated Ramachandran plots
 140 END
 141
 142 HEAD|Interfaces
 143 g_bundle|analyzes bundles of axes, e.g. transmembrane helices
 144 g_density|calculates the density of the system
 145 g_densmap|calculates 2D planar or axial-radial density maps
 146 g_densorder|calculate surface fluctuations
 147 g_h2order|computes the orientation of water molecules
 148 g_hydorder|computes tetrahedrality parameters around a given atom
 149 g_order|computes the order parameter per atom for carbon tails
 150 g_membed|embeds a protein into a lipid bilayer
 151 g_potential|calculates the electrostatic potential across the box
 152 END
 153
 154
 155 HEAD|Covariance analysis
 156 g_anaeig|analyzes the eigenvectors
 157 g_covar|calculates and diagonalizes the covariance matrix
 158 make_edi|generate input files for essential dynamics sampling
 159 END
 160
 161 HEAD|Normal modes
 162 g_anaeig|analyzes the normal modes
 163 g_nmeig|diagonalizes the Hessian
 164 g_nmtraj|generate oscillating trajectory of an eigenmode
 165 g_nmens|generates an ensemble of structures from the normal modes
 166 grompp|makes a run input file
 167 mdrun|finds a potential energy minimum and calculates the Hessian
 168 END