admin/ci-scripts/build-and-test-sample_restraint-2020.sh

   1 #!/usr/bin/env bash
   2 #
   3 # Build and test the sample_restraint package distributed with GROMACS 2020.
   4 #
   5 # This script is intended to support automated GROMACS testing infrastructure,
   6 # and may be removed without notice.
   7 #
   8 # WARNING: This script assumes OpenMPI mpiexec. Syntax for launch wrappers from
   9 # other implementations will need different syntax, and we should get a
  10 # MPIRUNNER from the environment, or something.
  11
  12 # Make sure the script errors if any commands error.
  13 set -e
  14
  15 # TODO: We should be able to just use a $GMXAPI_0_1_SDIST or venv artifact...
  16 pushd python_packaging/src
  17   GMXTOOLCHAINDIR=$INSTALL_DIR/share/cmake/gromacs \
  18     python -m pip install \
  19         --no-cache-dir \
  20         --no-deps \
  21         --no-index \
  22         --no-build-isolation \
  23         .
  24 popd
  25
  26 . $INSTALL_DIR/bin/GMXRC
  27 pushd python_packaging/sample_restraint
  28   mkdir build
  29   pushd build
  30     # TODO: Update with respect to https://redmine.gromacs.org/issues/3133
  31     cmake .. \
  32              -DDOWNLOAD_GOOGLETEST=ON \
  33              -DGMXAPI_EXTENSION_DOWNLOAD_PYBIND=ON
  34     make
  35
  36     make test
  37     #TODO: Can we get ctest JUnitXML output here?
  38
  39     make install
  40   popd
  41
  42   python -m pytest $PWD/tests --junitxml=$PLUGIN_TEST_XML
  43
  44   # Note: Multiple pytest processes getting --junitxml output file argument
  45   # may cause problems, so we set the option on only one of the launched processes.
  46   # See also Multiple Instruction Multiple Data Model for OpenMPI mpirun:
  47   # https://www.open-mpi.org/doc/v3.0/man1/mpiexec.1.php
  48   PROGRAM=(`which python` -m mpi4py -m pytest \
  49           -p no:cacheprovider \
  50           $PWD/tests)
  51   # shellcheck disable=SC2068
  52   if [ -x `which mpiexec` ]; then
  53       PYTHONDONTWRITEBYTECODE=1 \
  54       mpiexec --allow-run-as-root \
  55         --mca opal_warn_on_missing_libcuda 0 \
  56         --mca orte_base_help_aggregate 0 \
  57         -n 1 ${PROGRAM[@]} --junitxml=$PLUGIN_MPI_TEST_XML : \
  58         -n 1 ${PROGRAM[@]}
  59   fi
  60 popd