admin/builds/gromacs.py

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 import os.path
  36
  37 # These are accessible later in the script, just like other
  38 # declared options, via e.g. context.opts.release.
  39 extra_options = {
  40     'mdrun-only': Option.simple,
  41     'static': Option.simple,
  42     'reference': Option.simple,
  43     'release': Option.simple,
  44     'release-with-assert': Option.simple,
  45     'release-with-debug-info': Option.simple,
  46     'asan': Option.simple,
  47     'tng' : Option.bool,
  48     'mkl': Option.simple,
  49     'fftpack': Option.simple,
  50     'double': Option.simple,
  51     'thread-mpi': Option.bool,
  52     'gpu': Option.bool,
  53     'opencl': Option.bool,
  54     'clang_cuda': Option.bool,
  55     'openmp': Option.bool,
  56     'nranks': Option.string,
  57     'npme': Option.string,
  58     'gpu_id': Option.string,
  59     'hwloc': Option.bool
  60 }
  61
  62 extra_projects = [Project.REGRESSIONTESTS]
  63
  64 def do_build(context):
  65     cmake_opts = dict()
  66     cmake_opts['GMX_COMPILER_WARNINGS'] = 'ON'
  67     cmake_opts['GMX_DEFAULT_SUFFIX'] = 'OFF'
  68     cmake_opts['CMAKE_BUILD_TYPE'] = 'Debug'
  69     cmake_opts['GMX_USE_RDTSCP'] = 'DETECT'
  70
  71     if context.opts.reference:
  72         cmake_opts['CMAKE_BUILD_TYPE'] = 'Reference'
  73     elif context.opts['release']:
  74         cmake_opts['CMAKE_BUILD_TYPE'] = 'Release'
  75     elif context.opts['release-with-assert']:
  76         cmake_opts['CMAKE_BUILD_TYPE'] = 'RelWithAssert'
  77     elif context.opts['release-with-debug-info']:
  78         cmake_opts['CMAKE_BUILD_TYPE'] = 'RelWithDebInfo'
  79     elif context.opts.asan:
  80         cmake_opts['CMAKE_BUILD_TYPE'] = 'ASAN'
  81     elif context.opts.tsan:
  82         cmake_opts['CMAKE_BUILD_TYPE'] = 'TSAN'
  83
  84     if context.opts.static:
  85         cmake_opts['BUILD_SHARED_LIBS'] = 'OFF'
  86
  87     if context.opts.phi:
  88         cmake_opts['CMAKE_TOOLCHAIN_FILE'] = 'Platform/XeonPhi'
  89
  90     if context.opts.double:
  91         cmake_opts['GMX_DOUBLE'] = 'ON'
  92
  93     if context.opts.simd is None:
  94         cmake_opts['GMX_SIMD'] = 'None'
  95     else:
  96         cmake_opts['GMX_SIMD'] = context.opts.simd
  97     if context.opts.gpu or context.opts.opencl:
  98         cmake_opts['GMX_GPU'] = 'ON'
  99         if context.opts.opencl:
 100             context.env.set_env_var('CUDA_PATH', context.env.cuda_root)
 101             context.env.set_env_var('AMDAPPSDKROOT', context.env.amdappsdk_root)
 102             cmake_opts['GMX_USE_OPENCL'] = 'ON'
 103         else:
 104             cmake_opts['CUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR'] = context.env.cuda_root
 105             if context.opts.clang_cuda:
 106                 cmake_opts['GMX_CLANG_CUDA'] = 'ON'
 107             else:
 108                 cmake_opts['CUDA_HOST_COMPILER'] = context.env.cuda_host_compiler
 109     else:
 110         cmake_opts['GMX_GPU'] = 'OFF'
 111     if context.opts.thread_mpi is False:
 112         cmake_opts['GMX_THREAD_MPI'] = 'OFF'
 113     if context.opts.mpi:
 114         cmake_opts['GMX_MPI'] = 'ON'
 115     if context.opts.openmp is False:
 116         cmake_opts['GMX_OPENMP'] = 'OFF'
 117     if context.opts.tng is False:
 118         cmake_opts['GMX_USE_TNG'] = 'OFF'
 119
 120     if context.opts.mkl:
 121         cmake_opts['GMX_FFT_LIBRARY'] = 'mkl'
 122     elif context.opts.fftpack:
 123         cmake_opts['GMX_FFT_LIBRARY'] = 'fftpack'
 124     if context.opts.mkl or context.opts.atlas:
 125         cmake_opts['GMX_EXTERNAL_BLAS'] = 'ON'
 126         cmake_opts['GMX_EXTERNAL_LAPACK'] = 'ON'
 127     if context.opts.clFFT:
 128         cmake_opts['GMX_EXTERNAL_CLFFT'] = 'ON'
 129         cmake_opts['clFFT_ROOT'] = context.env.clFFT_root
 130
 131     if context.opts.hwloc is False:
 132         cmake_opts['GMX_HWLOC'] = 'OFF'
 133
 134     if context.opts.x11:
 135         cmake_opts['GMX_X11'] = 'ON'
 136
 137     if context.opts.tidy:
 138         cmake_opts['GMX_CLANG_TIDY'] = 'ON'
 139         cmake_opts['CLANG_TIDY'] = context.env.cxx_compiler.replace("clang++", "clang-tidy")
 140
 141     # At least hwloc on Jenkins produces a massive amount of reports about
 142     # memory leaks, which cannot be reasonably suppressed because ASAN cannot
 143     # produce a reasonable stack trace for them.
 144     if context.opts.asan:
 145         cmake_opts['GMX_HWLOC'] = 'OFF'
 146
 147     regressiontests_path = context.workspace.get_project_dir(Project.REGRESSIONTESTS)
 148
 149     if context.job_type == JobType.RELEASE:
 150         cmake_opts['REGRESSIONTEST_PATH'] = regressiontests_path
 151     else:
 152         if context.opts.mdrun_only:
 153             cmake_opts['GMX_BUILD_MDRUN_ONLY'] = 'ON'
 154
 155     context.env.set_env_var('GMX_NO_TERM', '1')
 156
 157     context.run_cmake(cmake_opts)
 158     context.build_target(target=None, keep_going=True)
 159
 160     # TODO: Consider if it would be better to split this into a separate build
 161     # script, since it is somewhat different, even though it benefits from some
 162     # of the same build options.
 163     if context.job_type == JobType.RELEASE:
 164         context.build_target(target='check', keep_going=True)
 165         context.build_target(target='install')
 166         if context.opts.mdrun_only:
 167             context.workspace.clean_build_dir()
 168             cmake_opts['REGRESSIONTEST_PATH'] = None
 169             cmake_opts['GMX_BUILD_MDRUN_ONLY'] = 'ON'
 170             context.run_cmake(cmake_opts)
 171             context.build_target(target=None, keep_going=True)
 172             context.build_target(target='check', keep_going=True)
 173             context.build_target(target='install')
 174         gmxrc_cmd = '. ' + os.path.join(context.workspace.install_dir, 'bin', 'GMXRC')
 175         context.env.run_env_script(gmxrc_cmd)
 176         cmd = [os.path.join(regressiontests_path, 'gmxtest.pl'), '-nosuffix', 'all']
 177         if context.opts.mpi:
 178             cmd += ['-np', '1']
 179         if context.opts.double:
 180             cmd += ['-double']
 181         if context.opts.mdrun_only:
 182             cmd += ['-mdrun', 'mdrun']
 183         context.run_cmd(cmd, failure_message='Regression tests failed to execute')
 184         # TODO: Add testing for building the template.
 185         # TODO: Generalize the machinery here such that it can easily be used
 186         # also for non-release builds.
 187     else:
 188         context.build_target(target='tests', keep_going=True)
 189
 190         context.run_ctest(args=['--output-on-failure', '--label-exclude', 'SlowTest'], memcheck=context.opts.asan)
 191
 192         context.build_target(target='install')
 193         # TODO: Consider what could be tested about the installed binaries.
 194
 195         if not context.opts.mdrun_only:
 196             context.env.prepend_path_env(os.path.join(context.workspace.build_dir, 'bin'))
 197             context.chdir(regressiontests_path)
 198
 199             use_tmpi = not context.opts.mpi and context.opts.thread_mpi is not False
 200
 201             cmd = 'perl gmxtest.pl -mpirun mpirun -xml -nosuffix all'
 202
 203             # setting this stuff below is just a temporary solution,
 204             # it should all be passed as a proper the runconf from outside
 205             # The whole mechanism should be rethought in #1587.
 206             if context.opts.phi:
 207                 cmd += ' -ntomp 28'
 208             elif context.opts.openmp:
 209                 # OpenMP should always work when compiled in! Currently not set if
 210                 # not explicitly set
 211                 cmd += ' -ntomp 2'
 212
 213             if context.opts.gpu_id:
 214                 cmd += ' -gpu_id ' + context.opts.gpu_id
 215
 216             if context.opts.nranks:
 217                 nranks = context.opts.nranks
 218             else:
 219                 nranks = '2'
 220
 221             if context.opts.npme:
 222                 cmd += ' -npme ' + context.opts.npme
 223
 224             if context.opts.mpi:
 225                 cmd += ' -np ' + nranks
 226             elif use_tmpi:
 227                 cmd += ' -nt ' + nranks
 228             if context.opts.double:
 229                 cmd += ' -double'
 230             if context.opts.asan:
 231                 context.env.set_env_var('ASAN_OPTIONS', 'detect_leaks=0')
 232             context.run_cmd(cmd, shell=True, failure_message='Regression tests failed to execute')