admin/README.patches

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   2 To support special compiler and OS combinations like the Portland
   3 compilers on Linux/x86, Compaq compilers on Linux/Alpha, and enable
   4 shared libraries when using wrapper scripts like mpcc we are using
   5 a prerelease version of libtool (1.4b), and the libtool.m4 script has been
   6 patched and included at the end of acinclude.m4.
   7
   8 To be able to use fortran and assembly code in the libraries we
   9 unfortunately also have to use a prerelease version of automake (1.4h)
  10 To fix a problem with dependency tracking for Compaq Compilers on
  11 Linux/Alpha we have also patched the depcomp and depend.m4 files.
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  13 PLEASE NOTE - you do NOT have to install these programs to compile GROMACS.
  14 You NEVER have to install libtool, and autoconf/automake are only
  15 necessary for developers who change the Makefile.in's. You can find
  16 the software at ftp.gromacs.org/developers.
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  18 This file summarizes the patches/extensions we made so we can check it
  19 if we ever update the files in GROMACS:
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  22 *******************************************************************
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  24 A. Changes in automake-1.4h:
  25 1. m4/depend.m4 - This file is not directly included in GROMACS, but
  26    the macro AM_DEPENDENCIES is used when you run aclocal.
  27    The depmode is erroneously identified as gcc for ccc/linux. This
  28    compiler uses the same flags as gcc, but the resulting dependency
  29    file can't be included directly. Add a check where we try to
  30    include it in a makefile:
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  32 NB: This is now in the automake CVS!
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  34 m4/depend.m4:
  35 =====================================================================
  36     # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
  37     # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
  38     # This happens at least with the AIX C compiler.
  39     echo '#include "conftest.h"' > conftest.c
  40     echo 'int i;' > conftest.h
  41 +    echo 'include conftest.Po' > Makefile
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  43     case $depmode in
  44     nosideeffect)
  45       # after this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
  46       # only be used when explicitly requested
  47
  48     case $depmode in
  49     nosideeffect)
  50       # after this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
  51       # only be used when explicitly requested
  52       if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
  53         continue
  54       else
  55         break
  56       fi
  57       ;;
  58     none) break ;;
  59     esac
  60     # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
  61     # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
  62     # handle `-M -o', and we need to detect this.
  63     if depmode=$depmode \
  64        source=conftest.c object=conftest.o \
  65        depfile=conftest.Po tmpdepfile=conftest.TPo \
  66        $SHELL ./depcomp $depcc -c conftest.c -o conftest.o >/dev/null 2>&1 &&
  67 -       grep conftest.h conftest.Po > /dev/null 2>&1; then
  68 +       grep conftest.h conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
  69 +       ${MAKE-make} > /dev/null 2>&1; then
  70       am_cv_$1_dependencies_compiler_type=$depmode
  71       break
  72     fi
  73   done
  74 ==========================================================================
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  76 2. The generated dependencies are named file.o.d on tru64 unix, but
  77    just file.d at least on some version of ccc on Linux. Check for both
  78    extensions in depcomp:
  79
  80 NB: This is in the automake CVS now.
  81
  82 lib/depcomp: (also present in GROMACS as config/depcomp)
  83 ==========================================================================
  84 tru64)
  85    # The Tru64 AIX compiler uses -MD to generate dependencies as a side
  86    # effect.  `cc -MD -o foo.o ...' puts the dependencies into `foo.o.d'.
  87 +   # At least on Alpha/Redhat 6.1, Compaq CCC V6.2-504 seems to put
  88 +   # dependencies in `foo.d' instead, so we check for that too.
  89    # Subdirectories are respected.
  90
  91 -   tmpdepfile="$object.d"
  92 +   tmpdepfile1="$object.d"
  93 +   tmpdepfile2=`echo "$object" | sed -e 's/.o$/.d/'`
  94    if test "$libtool" = yes; then
  95       "$@" -Wc,-MD
  96    else
  97       "$@" -MD
  98    fi
  99
 100    stat=$?
 101    if test $stat -eq 0; then :
 102    else
 103 -      rm -f "$tmpdepfile"
 104 +      rm -f "$tmpdepfile1" "$tmpdepfile2"
 105          exit $stat
 106    fi
 107
 108 +   if test -f "$tmpdepfile1"; then
 109 +     tmpdepfile="$tmpdepfile1"
 110 +   else
 111 +     tmpdepfile="$tmpdepfile2"
 112 +   fi
 113 +
 114    if test -f "$tmpdepfile"; then
 115       sed -e "s,^.*\.[a-z]*:,$object:," < "$tmpdepfile" > "$depfile"
 116       # That's a space and a tab in the [].
 117       sed -e 's,^.*\.[a-z]*:[   ]*,,' -e 's,$,:,' < "$tmpdepfile" >> "$depfile"
 118    else
 119 ==================================================================
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 127 **********************************************************************
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 129 B. Changes in libtool-1.4b:
 130    All these changes should go in libtool.m4. This file is included
 131    in the GROMACS acinclude.m4 to make sure we use the right version.
 132
 133 1. I have implemented Fortran 77 support in libtool. This involves
 134    the AC_LIBTOOL_LANG_F77_CONFIG macro, and all supporting routines
 135    with "F77" in the name :-)
 136    Since a couple of f77 compilers (ibm xlf notably) dont accept -DPIC
 137    I also separated the compiler flag test into one for -fPIC and
 138    a separate one for -DPIC.
 139    I have changed echo to printf for the lt_simple.. variables, to
 140    get the fortran formatting right.
 141    I removed the --with-tags argument from _LT_AC_TAGCONFIG,
 142    to fix libtool always creating the F77 and CXX macros,
 143    and replaced it with a check for ac_cv_prog_**_g to determine
 144    whether we should use CXX and/or F77. Don't care about GCJ...
 145    To avoid AC_PROG_CXX always being expanded, I introduced the macro
 146    inside an always-false test in our configure.ac.
 147
 148 2. To support dynamic libraries on Alpha/Linux with the Compaq Compilers,
 149    I have added some flag specifications in the non-gcc compiler section
 150    of the AC_LIBTOOL_PROG_COMPILER_PIC macro. I added the linux*) case:
 151
 152 =============================================================
 153   irix5* | irix6*)
 154     _LT_AC_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
 155     # PIC (with -KPIC) is the default.
 156     _LT_AC_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-non_shared'
 157     ;;
 158
 159 +  linux*)
 160 +    # Check flags for non-gnu compilers on Linux
 161 +    case "$host_cpu" in
 162 +    alpha*)
 163 +      # The only non-gnu compiler on Linux/Alpha is the Compaq one:
 164 +      _LT_AC_TAGVAR(lt_prog_compiler_wl, $1)='-Wl,'
 165 +      _LT_AC_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-non_shared'
 166 +      ;;
 167 +    *)
 168 +      _LT_AC_TAGVAR(lt_prog_compiler_can_build_shared, $1)=no
 169 +      ;;
 170 +    esac
 171 +    ;;
 172
 173   newsos6)
 174     _LT_AC_TAGVAR(lt_prog_compiler_pic, $1)='-KPIC'
 175     _LT_AC_TAGVAR(lt_prog_compiler_static, $1)='-Bstatic'
 176     ;;
 177 ===============================================================
 178
 179 3. When we use the mpcc wrapper script for MPI compile on aix,
 180    the MPI library directory is added by the script, but the normal
 181    -blibpath option to the compiler overrides all -L flags, so the
 182    MPI dynamic libs are not found at runtime, although the libtool
 183    script thinks dynamic libraries work.
 184
 185    I have worked around this by trying to link a small program, and
 186    use dump -H to check for the libpath encoded in the executable.
 187    This default aix libpath is extended with $libdir, and encoded
 188    with -blibpath. (added AC_CHECK_AIX_LIBPATH, and four calls to it)
 189
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 191 *********************************************************************
 192
 193 C. Changes in config/config.guess:
 194
 195 The Portland compilers write "Linking:" on standard out, which
 196 fscked up the host detection completely... I work around this by
 197 discarding standard error too in a lot of places all over the file,
 198 e.g.:
 199
 200 $CC_FOR_BUILD $dummy.c -o $dummy 2>/dev/null >/dev/null
 201
 202 ********************************************************************
 203
 204 That's it. I've submitted all patches and extensions to
 205 automake/libtool mailing lists, so hopefully the next release will be
 206 easier if they are included in future versions :-)
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 208 Erik Lindahl <lindahl@gromacs.org>, 2001-07-17
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