CMakeLists.txt

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2009,2010,2011,2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 cmake_minimum_required(VERSION 2.8.8)
  36
  37 # CMake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  38 # This needs to be set before project() in order to pick up toolchain files
  39 list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/Platform)
  40
  41 project(Gromacs)
  42
  43 set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  44 set(CMAKE_ARCHIVE_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  45 set(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin)
  46
  47 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  48 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  49 #
  50 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  51 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  52 # machine with no git.
  53 #
  54 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  55 set(PROJECT_VERSION "5.0-beta2-dev")
  56 # The version number of the regressiontest tarball against which this
  57 # git branch can be tested. Normally, this will be the version of the
  58 # last patch release. Comment the next line out for branches leading
  59 # to a major/minor release.
  60 set(REGRESSIONTEST_VERSION "5.0-beta1")
  61 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  62     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  63 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  64 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  65     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  66 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  67 set(SOVERSION 8)
  68 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  69 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "5")
  70 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "0")
  71 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  72
  73 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  74 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  75 math(EXPR NUM_VERSION
  76     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  77 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  78     math(EXPR NUM_VERSION
  79          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  80 endif()
  81
  82 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  83 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  84 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  85 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  86 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  87 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  88
  89 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  90     set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  91 endif()
  92
  93 set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
  94 mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
  95
  96 include(gmxBuildTypeReference)
  97
  98 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  99     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference." FORCE)
 100     # Set the possible values of build type for cmake-gui
 101     set_property(CACHE CMAKE_BUILD_TYPE PROPERTY STRINGS "Debug" "Release"
 102         "MinSizeRel" "RelWithDebInfo")
 103 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
 104
 105 enable_language(C)
 106 enable_language(CXX)
 107
 108 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
 109 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
 110 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
 111 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
 112 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
 113 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/COPYING")
 114 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
 115 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES "\\\\.isreposource$;\\\\.git/;\\\\.gitignore$")
 116 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
 117 set(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/share/man/man1;share/man/man1;${CMAKE_BINARY_DIR}/share/man/man7;share/man/man7;${CMAKE_BINARY_DIR}/share/html/final;share/html")
 118 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
 119
 120 #must come after all cpack settings!
 121 include(CPack)
 122
 123 # Set a default valgrind suppression file.
 124 # This unfortunately needs to duplicate information from CTest to work as
 125 # expected...
 126 set(MEMORYCHECK_SUPPRESSIONS_FILE
 127     "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/legacy_and_external.supp"
 128     CACHE FILEPATH
 129     "File that contains suppressions for the memory checker")
 130 include(CTest)
 131
 132 set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY OFF)
 133 set(SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION OFF)
 134 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 135     set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY ON)
 136 endif()
 137 if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
 138     set(SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION ON)
 139 endif()
 140
 141 ########################################################################
 142 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
 143 ########################################################################
 144 if(CMAKE_HOST_UNIX)
 145     execute_process(COMMAND hostname
 146                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
 147                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 148     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
 149         message(WARNING "
 150             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 151             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 152             recommended to regenerate the cache!")
 153     endif()
 154     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 155             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 156 endif()
 157
 158 ########################################################################
 159 # User input options                                                   #
 160 ########################################################################
 161 include(gmxOptionUtilities)
 162
 163 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 164
 165 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 166 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 167 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 168 gmx_dependent_option(
 169     GMX_MPI_IN_PLACE
 170     "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined"
 171     ON
 172     GMX_MPI)
 173 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 174 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 175 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 176 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 177 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 178
 179 option(GMX_COOL_QUOTES "Enable Gromacs cool quotes" ON)
 180 mark_as_advanced(GMX_COOL_QUOTES)
 181 gmx_add_cache_dependency(GMX_COOL_QUOTES BOOL "NOT GMX_FAHCORE" OFF)
 182
 183 # decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection
 184 include(gmxManageGPU)
 185
 186 # Detect the architecture the compiler is targetting, detect
 187 # acceleration possibilities on that hardware, suggest an acceleration
 188 # to use if none is specified, and populate the cache option for CPU
 189 # accleration.
 190 include(gmxDetectTargetArchitecture)
 191 gmx_detect_target_architecture()
 192 include(gmxDetectAcceleration)
 193 gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION)
 194
 195 gmx_option_multichoice(
 196     GMX_CPU_ACCELERATION
 197     "Acceleration for CPU kernels and compiler optimization"
 198     "${GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION}"
 199     None SSE2 SSE4.1 AVX_128_FMA AVX_256 IBM_QPX Sparc64_HPC_ACE)
 200
 201 gmx_option_multichoice(
 202     GMX_FFT_LIBRARY
 203     "FFT library"
 204     "fftw3"
 205     fftw3 mkl "fftpack[built-in]")
 206 gmx_dependent_option(
 207     GMX_BUILD_OWN_FFTW
 208     "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack."
 209     OFF
 210     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
 211 gmx_dependent_option(
 212     GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 213     "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)"
 214     OFF
 215     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
 216 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 217 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 218
 219 gmx_option_multichoice(
 220     GMX_QMMM_PROGRAM
 221     "QM package for QM/MM"
 222     None
 223     none gaussian mopac gamess orca)
 224
 225 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 226 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 227 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 228 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 229
 230 option(GMX_GPU  "Enable GPU acceleration" ON)
 231 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 232
 233 option(GMX_GIT_VERSION_INFO "Generate git version information" ${SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY})
 234 mark_as_advanced(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 235
 236 if(UNIX)
 237     option(GMX_SYMLINK_OLD_BINARY_NAMES "Create symbolic links for pre-5.0 binary names" ON)
 238 endif()
 239 option(GMX_BUILD_MDRUN_ONLY "Build and install only the mdrun binary" OFF)
 240
 241 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 242 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 243
 244 option(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS "Don't automatically add suggested/required Compiler flags." OFF)
 245 mark_as_advanced(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
 246
 247 option(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE
 248        "Tune build for better code coverage metrics (e.g., disable asserts)"
 249        OFF)
 250 mark_as_advanced(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
 251
 252 ######################################################################
 253 # Compiler tests
 254 # These need to be done early (before further tests).
 255 #####################################################################
 256
 257 # Warn if C and C++ compilers do not match
 258 if(NOT "${CMAKE_C_COMPILER_ID}" STREQUAL "${CMAKE_CXX_COMPILER_ID}")
 259     message(WARNING "The ids of the C and C++ compilers do not match (respectively ${CMAKE_C_COMPILER_ID} and ${CMAKE_CXX_COMPILER_ID}). Note that mixing different C/C++ compilers can cause problems!")
 260 endif()
 261 if(NOT "${CMAKE_C_COMPILER_VERSION}" STREQUAL "${CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION}")
 262     message(WARNING "The versions of the C and C++ compilers do not match (respectively ${CMAKE_C_COMPILER_VERSION} and ${CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION}). Note that mixing different C/C++ compilers can cause problems!")
 263 endif()
 264
 265 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
 266 # are used with permission from CMake v2.8.9 so that GROMACS can detect
 267 # invalid options with the Intel Compilers.
 268 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
 269 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
 270 include(CheckCCompilerFlag)
 271 include(CheckCXXCompilerFlag)
 272
 273 ######################################################################
 274 # Detect OpenMP
 275 #####################################################################
 276 # The OpenMP detection must come before tests for other CFLAGS.
 277 include(gmxManageOpenMP)
 278
 279
 280
 281 include(gmxCFlags)
 282 gmx_c_flags()
 283
 284 # This variable should be used for additional compiler flags which are not
 285 # generated in gmxCFlags nor are acceleration or MPI related.
 286 set(EXTRA_C_FLAGS "")
 287 set(EXTRA_CXX_FLAGS "")
 288
 289 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 290 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 291 # on the affected files. This test must come after gmx_c_flags(), since we
 292 # only want to enable the workaround when using the -O3 flag.
 293 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 294 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 295
 296 # clang 3.0 is buggy for some unknown reason detected during adding
 297 # the SSE2 group kernels for GROMACS 4.6. If we ever work out what
 298 # that is, we should replace these tests with a compiler feature test,
 299 # update GROMACS Redmine task #1039 and perhaps report a clang bug.
 300 #
 301 # In the meantime, until we require CMake 2.8.10 we cannot rely on it to detect
 302 # the compiler version for us. So we need a manual check for clang 3.0.
 303 include(gmxDetectClang30)
 304 gmx_detect_clang_3_0(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 305 if(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 306     message(FATAL_ERROR "Your compiler is clang version 3.0, which is known to be buggy for GROMACS. Use a different compiler.")
 307 endif()
 308
 309 # clang <=3.2 contains a bug that causes incorrect code to be generated for the
 310 # vfmaddps instruction and therefore the bug is triggered with AVX_128_FMA.
 311 # (see: http://llvm.org/bugs/show_bug.cgi?id=15040).
 312 # We can work around this by not using the integrated assembler (except on OS X
 313 # which has an outdated assembler that does not support AVX instructions).
 314 if (${CMAKE_C_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND CMAKE_C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 315     set(GMX_USE_CLANG_C_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 316 endif()
 317 if (${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 318     set(GMX_USE_CLANG_CXX_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 319 endif()
 320
 321 if (CMAKE_C_COMPILER_ID STREQUAL "PGI")
 322     message(WARNING "All tested PGI compiler versions (up to 12.9.0) generate binaries which produce incorrect results, or even fail to compile Gromacs. Highly recommended to use a different compiler. If you choose to use PGI, make sure to run the regressiontests.")
 323 endif()
 324
 325 if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND CMAKE_C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "12.0.0")
 326     message(WARNING "Intel compilers before 12.0.0 are not routinely tested, so there may be problems. Version 11.1 with SSE4.1 is known to produce incorrect results. It is highly recommended to use a more up-to-date compiler. If you choose to use this version, make sure you run the regressiontests.")
 327 endif()
 328
 329 set(PKG_CFLAGS "")
 330 if(GMX_DOUBLE)
 331     add_definitions(-DGMX_DOUBLE)
 332     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 333 endif(GMX_DOUBLE)
 334 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 335   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 336 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 337
 338
 339
 340 ########################################################################
 341 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 342 ########################################################################
 343 include(CheckIncludeFiles)
 344 include(CheckIncludeFileCXX)
 345 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 346 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 347 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 348 check_include_files(time.h       HAVE_TIME_H)
 349 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 350 check_include_files(io.h         HAVE_IO_H)
 351 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 352
 353 check_include_files(regex.h      HAVE_POSIX_REGEX)
 354 check_include_file_cxx(regex     HAVE_CXX11_REGEX)
 355 # TODO: It could be nice to inform the user if no regex support is found,
 356 # as selections won't be fully functional.
 357
 358 include(CheckFunctionExists)
 359 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 360 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 361 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 362 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 363 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 364 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 365 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 366 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 367 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 368 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 369 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 370 check_function_exists(sched_getaffinity HAVE_SCHED_GETAFFINITY)
 371 check_function_exists(rsqrt             HAVE_RSQRT)
 372 check_function_exists(rsqrtf            HAVE_RSQRTF)
 373 check_function_exists(sqrtf             HAVE_SQRTF)
 374
 375 include(CheckLibraryExists)
 376 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 377 check_library_exists(rt clock_gettime "" HAVE_CLOCK_GETTIME)
 378
 379
 380 include(CheckTypeSize)
 381
 382 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 383 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 384 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 385 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 386 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 387
 388 include(TestBigEndian)
 389 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 390
 391 # Management of GROMACS options for specific toolchains should go
 392 # here. Because the initial settings for some of the main options have
 393 # already happened, but things like library detection and MPI compiler
 394 # feature detection have not, the docstrings for any over-rides of
 395 # GROMACS defaults or user settings will make sense. Also, any
 396 # toolchain-related reasons for choosing whether to detect various
 397 # things can be sorted out now, before the detection takes place.
 398 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES BlueGene)
 399     include(gmxManageBlueGene)
 400 endif()
 401
 402 ########################################################################
 403 #Process MPI settings
 404 ########################################################################
 405 include(gmxManageMPI)
 406
 407 ########################################################################
 408 # Shared/static library settings
 409 ########################################################################
 410 # Determine the defaults (this block has no effect if the variables have
 411 # already been set)
 412 if(APPLE OR CYGWIN OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux|.*BSD")
 413     # Maybe Solaris should be here? Patch this if you know!
 414     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 415 elseif(WIN32 OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "BlueGene")
 416     # Support for shared libs on native Windows is a bit new. Its
 417     # default might change later if/when we sort things out. Also,
 418     # Cray should go here. What variable value can detect it?
 419     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 420 else()
 421     if (NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS)
 422         message(STATUS "Defaulting to building static libraries")
 423     endif()
 424     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 425 endif()
 426 if (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 427     if (NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS AND SHARED_LIBS_DEFAULT)
 428         message("Searching for static libraries requested, so the GROMACS libraries will also be built statically (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 429     endif()
 430     set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 431 endif()
 432 set(GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DEFAULT OFF)
 433 if (WIN32 AND NOT CYGWIN AND NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 434     set(GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DEFAULT ON)
 435 endif()
 436
 437 # Declare the user-visible options
 438 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic e.g. with MPI, or on some HPC systems)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 439 if (UNIX)
 440     set(GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DESCRIPTION
 441         "When finding libraries prefer static archives (it will only work if static versions of external dependencies are available and found)")
 442 elseif (WIN32 AND NOT CYGWIN)
 443     set(GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DESCRIPTION
 444         "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)")
 445 endif()
 446 option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "${GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DESCRIPTION}"
 447        ${GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DEFAULT})
 448 mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 449
 450 # Act on the set values
 451 if (UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 452     if(BUILD_SHARED_LIBS)
 453         # Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 454         message(WARNING "Searching for static libraries requested, and building shared Gromacs libraries requested. This might cause problems linking later.")
 455     endif()
 456     # On Linux .a is the static library suffix, on Mac OS X .lib can also
 457     # be used, so we'll add both to the preference list.
 458     SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES ".lib;.a" ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 459 endif()
 460 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 461   if (NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 462       if(NOT GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 463           message(WARNING "Shared system libraries requested, and static Gromacs libraries requested.")
 464       endif()
 465   else()
 466       message(FATAL_ERROR "BUILD_SHARED_LIBS=ON not yet working for Windows in the master branch")
 467       if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 468           #this combination segfaults (illegal passing of file handles)
 469           message(FATAL_ERROR "Static system libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 470       endif()
 471       add_definitions(-DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY)
 472       set(PKG_CFLAGS "$PKG_CFLAGS -DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY")
 473   endif()
 474
 475   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 476       #Only setting Debug and Release flags. Others configurations are current not used.
 477       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 478       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 479       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 480       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 481   ENDIF()
 482   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 483     if(BUILD_SHARED_LIBS) #not sure why incremental building with shared libs doesn't work
 484         STRING(REPLACE "/INCREMENTAL:YES" "" CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS})
 485     endif()
 486   ENDIF()
 487 ENDIF()
 488
 489 ########################################################################
 490 # Find external packages                                               #
 491 ########################################################################
 492
 493 # Unconditionally find the package, as it is also required for unit tests
 494 find_package(LibXml2)
 495 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files (currently has no effect)" ${LIBXML2_FOUND})
 496 set(PKG_XML "")
 497 mark_as_advanced(GMX_XML)
 498 # Don't actually do anything, since libxml2 is currently not used by libgromacs
 499 #if(GMX_XML AND NOT LIBXML2_FOUND)
 500 #    message(FATAL_ERROR "libxml2 not found. Set GMX_XML=OFF to compile without XML support")
 501 #endif()
 502 #if(GMX_XML)
 503 #    include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 504 #    set(PKG_XML libxml-2.0)
 505 #    set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 506 #endif(GMX_XML)
 507
 508 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 509 if (GMX_GSL)
 510   find_package(GSL)
 511   set(PKG_GSL "")
 512   if(GSL_FOUND)
 513     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 514     set(PKG_GSL gsl)
 515     set(HAVE_LIBGSL 1)
 516   endif(GSL_FOUND)
 517 endif (GMX_GSL)
 518
 519 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 520 if (GMX_X11)
 521     find_package(X11)
 522     # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 523     if(NOT X11_FOUND)
 524         message(FATAL_ERROR
 525                 "X11 include files and/or libraries were not found. "
 526                 "Set GMX_X11=OFF to compile without X11 support. "
 527                 "gmx view will not be available.")
 528     endif()
 529     include_directories(${X11_INCLUDE_DIR})
 530 endif(GMX_X11)
 531
 532 include(ThreadMPI)
 533 set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 534 # Enable core threading facilities
 535 tmpi_enable_core("${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders")
 536 # Enable tMPI C++ support
 537 tmpi_enable_cxx()
 538 if(GMX_THREAD_MPI)
 539     # enable MPI functions
 540     tmpi_enable()
 541     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 542     set(GMX_MPI 1)
 543     set(MPI_IN_PLACE_EXISTS 1)
 544 endif(GMX_THREAD_MPI)
 545 tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC)
 546
 547 if(GMX_GPU)
 548     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 549     gmx_gpu_setup()
 550 endif(GMX_GPU)
 551
 552 if(CYGWIN)
 553     set(GMX_CYGWIN 1)
 554 endif(CYGWIN)
 555
 556 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 557     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 558     # This makes windows.h not declare min/max as macros that would break
 559     # C++ code using std::min/std::max.
 560     add_definitions(-DNOMINMAX)
 561 endif()
 562
 563 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 564 if(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 565     if (NOT SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY)
 566         message(FATAL_ERROR
 567             "Cannot generate git version information from source tree not under git. "
 568             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 569     endif ()
 570     # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 571     # found or the version is too small, we can't generate version information.
 572     find_package(Git)
 573
 574     if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION_STRING VERSION_LESS "1.5.3")
 575         message(FATAL_ERROR
 576             "No compatible git version found (>= 1.5.3 required). "
 577             "Won't be able to generate development version information. "
 578             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 579     endif()
 580 endif()
 581
 582 # Detect boost unless GMX_EXTERNAL_BOOST is explicitly OFF
 583 # Used for default if GMX_EXTERNAL_BOOST is not defined (first CMake pass)
 584 if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST OR GMX_EXTERNAL_BOOST)
 585     find_package(Boost 1.44.0)
 586     if(Boost_FOUND AND Boost_VERSION VERSION_LESS "104400")
 587         set(Boost_FOUND FALSE)
 588     endif()
 589     # Print the notification only on first run, when determining the default
 590     if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 591         message("Boost >= 1.44 not found. Using minimal internal version. "
 592                 "This may cause trouble if you plan on compiling/linking other "
 593                 "software that uses Boost against Gromacs.")
 594     endif()
 595 endif()
 596 option(GMX_EXTERNAL_BOOST "Use external Boost instead of minimal built-in version"
 597        ${Boost_FOUND})
 598 if(GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 599     message(FATAL_ERROR
 600         "Boost >= 1.44 not found. "
 601         "You can set GMX_EXTERNAL_BOOST=OFF to compile against minimal "
 602         "version of Boost included with Gromacs.")
 603 endif()
 604
 605 option(GMX_BUILD_UNITTESTS "Build unit tests with BUILD_TESTING (uses Google C++ Testing and Mocking Frameworks, requires libxml2)" ${LIBXML2_FOUND})
 606 mark_as_advanced(GMX_BUILD_UNITTESTS)
 607 gmx_add_cache_dependency(GMX_BUILD_UNITTESTS BOOL BUILD_TESTING OFF)
 608 if (GMX_BUILD_UNITTESTS AND NOT LIBXML2_FOUND)
 609     message(FATAL_ERROR
 610         "Cannot build unit tests without libxml2. "
 611         "Either set GMX_BUILD_UNITTESTS=OFF or tell CMake how to find libxml2.")
 612 endif()
 613
 614 ########################################################################
 615 # Generate development version info for cache
 616 ########################################################################
 617 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 618 # include(gmxGenerateVersionString)
 619
 620 ########################################################################
 621 # Our own GROMACS tests
 622 ########################################################################
 623
 624 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 625 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src)
 626 # Required for config.h, maybe should only be set in src/CMakeLists.txt
 627 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 628 # Required for gmx_header_config_gen.h to be found before installation
 629 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src/gromacs/utility)
 630 # Required for now to make old code compile
 631 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders)
 632
 633 include(gmxTestInlineASM)
 634 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 635
 636 include(gmxSetBuildInformation)
 637 gmx_set_build_information()
 638 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 639     set(HAVE_RDTSCP 1)
 640 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 641
 642 include(gmxTestFloatFormat)
 643 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 644                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 645                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 646
 647 include(gmxTestLargeFiles)
 648 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 649
 650 include(gmxTestSignal)
 651 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 652
 653 include(gmxTestInline)
 654 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 655
 656 include(gmxTestRestrict)
 657 gmx_test_restrict(RESTRICT_KEYWORD)
 658
 659 include(gmxTestPipes)
 660 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 661
 662 include(gmxTestIsfinite)
 663 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 664 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 665 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 666
 667 include(gmxTestCXX11)
 668 gmx_test_cxx11(GMX_CXX11 GMX_CXX11_FLAGS)
 669 if(CXX11_FLAG AND GMX_GPU)
 670     #FIXME: add proper solution for progate all but cxx11 flag
 671     set(CUDA_PROPAGATE_HOST_FLAGS no)
 672     message(WARNING "Please manually add compiler flags to CUDA_NVCC_FLAGS. Automatic propogation temporary not working.")
 673 endif()
 674
 675 include(gmxTestXDR)
 676 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 677 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 678     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 679 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 680
 681 # include avx test source, used if the AVX flags are set below
 682 include(gmxTestAVXMaskload)
 683
 684 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 685 #
 686 # Note that for the backward-compatible x86 SIMD architectures, the
 687 # GMX_CPU_ACCELERATION determines the maximum level of the instruction
 688 # set used (e.g. GMX_CPU_ACCLERATION=SSE4.1 implies
 689 # SSE2). Accordingly, there are a set of CMake variables
 690 # GMX_<arch>_<feature-set> that are exported to the C code to specify
 691 # CPU features that should be used. This means that the logic for
 692 # requiring such backward compatibility is all located here.
 693 if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 694     # nothing to do
 695     set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE "CPU acceleration disabled")
 696
 697 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 698
 699     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 700     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 701         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 702     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 703
 704     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 705     if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 706         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 707     endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 708
 709     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 710
 711     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 712     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 713
 714     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 715         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 716     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 717
 718     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE2 1)
 719     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 720     set(GMX_X86_SSE2 1)
 721     set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE
 722         "Enabling SSE2 Gromacs acceleration")
 723
 724 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 725
 726     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 727     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 728         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 729     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 730     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 731         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 732         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead first.
 733         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 734             GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 735             message(WARNING "Neither SSE4.1 or SSE2 seems to be supported by your Windows compiler. Something is likely broken.")
 736         else()
 737             message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance")
 738         endif()
 739     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 740
 741     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 742     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 743         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 744     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 745     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 746         message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance.")
 747         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 748         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 749         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 750             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 751         endif()
 752     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 753
 754     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 755     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 756
 757     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 758         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 759     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 760
 761     if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND CMAKE_C_COMPILER_VERSION VERSION_EQUAL "11.1")
 762         message(FATAL_ERROR "You are using Intel compiler version 11.1, and that compiler is known to produce incorrect results with SSE4.1 acceleration. You need to use another compiler (e.g. icc 12 or newer) or different acceleration (probably slower simulations).")
 763     endif()
 764
 765     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE4_1 1)
 766     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 767     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 768     set(GMX_X86_SSE2   1)
 769     set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE
 770         "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration")
 771
 772 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 773
 774     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 775
 776     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" ACCELERATION_C_FLAGS)
 777     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 778         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_C_FLAGS)
 779     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 780     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 781         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance) giving the -DGMX_CPU_ACCELERATION=SSE4.1 to cmake.")
 782     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 783
 784     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 785     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 786         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 787     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 788     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 789         message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance) giving the -DGMX_CPU_ACCELERATION=SSE4.1 to cmake.")
 790     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 791
 792     # Set the FMA4 flags (MSVC doesn't require any)
 793     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" AND NOT MSVC)
 794         GMX_TEST_CFLAG(GNU_FMA_CFLAG "-mfma4" ACCELERATION_C_FLAGS)
 795         if (NOT GNU_FMA_CFLAG)
 796             message(WARNING "No C FMA4 flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 797         endif(NOT GNU_FMA_CFLAG)
 798         GMX_TEST_CFLAG(GNU_XOP_CFLAG "-mxop" ACCELERATION_C_FLAGS)
 799         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 800         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_FMA_CXXFLAG "-mfma4" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 801         if (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 802             message(WARNING "No C++ FMA flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 803         endif (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 804         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_XOP_CXXFLAG "-mxop" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 805         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 806     endif()
 807
 808     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 809     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 810
 811     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 812         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 813     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 814
 815     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 816         try_compile(TEST_AVX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 817             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestAVX.c"
 818             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 819         if(NOT TEST_AVX)
 820             message(FATAL_ERROR "Cannot compile AVX intrinsics. Consider switching compiler.")
 821         endif()
 822     endif()
 823
 824     # GCC requires x86intrin.h for FMA support. MSVC 2010 requires intrin.h for FMA support.
 825     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 826     check_include_file(intrin.h HAVE_INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 827
 828     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 829     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 830     set(GMX_X86_SSE2   1)
 831
 832     # But just enable one of the choices internally...
 833     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 834         # We don't have the full compiler version string yet (BUILD_C_COMPILER),
 835         # so we can't distinguish vanilla and Apple clang, but catering for AMD
 836         # hackintoshes is not worth the effort.
 837         if (APPLE AND (${CMAKE_C_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang" OR
 838                     ${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang"))
 839             message(WARNING "Due to a known compiler bug, Clang up to version 3.2 (and Apple Clang up to version 4.1) produces incorrect code with AVX_128_FMA acceleration. As we can not work around this bug on OS X, you will have to select a different compiler or CPU acceleration.")
 840         endif()
 841
 842         if (GMX_USE_CLANG_C_FMA_BUG_WORKAROUND)
 843             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 844             message(STATUS "Clang ${CMAKE_C_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 845             set(EXTRA_C_FLAGS "${EXTRA_C_FLAGS} -no-integrated-as")
 846         endif()
 847         if (GMX_USE_CLANG_CXX_FMA_BUG_WORKAROUND)
 848             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 849             message(STATUS "Clang ${CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 850             set(EXTRA_CXX_FLAGS "${EXTRA_CXX_FLAGS} -no-integrated-as")
 851         endif()
 852
 853         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_128_FMA 1)
 854         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 855         set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE
 856             "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add)")
 857
 858     else()
 859         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 860         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_256 1)
 861         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 862         set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE
 863             "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration")
 864     endif()
 865
 866     # Unfortunately gcc-4.5.2 and gcc-4.6.0 has a bug where they use the wrong datatype for the formal
 867     # parameter of the mask for maskload/maskstore arguments. Check if this is present, since we can work around it.
 868     gmx_test_avx_gcc_maskload_bug(${ACCELERATION_C_FLAGS} GMX_X86_AVX_GCC_MASKLOAD_BUG)
 869
 870 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "IBM_QPX")
 871     try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 872         "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestQPX.c")
 873
 874     if (TEST_QPX)
 875         message(WARNING "IBM QPX acceleration was selected. This will work, but SIMD-accelerated kernels are only available for the Verlet cut-off scheme. The plain C kernels that are used for the group cut-off scheme kernels will be slow, so please consider using the Verlet cut-off scheme.")
 876         set(GMX_CPU_ACCELERATION_IBM_QPX 1)
 877     else()
 878         message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics. If you are compiling for BlueGene/Q with the XL compilers, use 'cmake .. -DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=Platform/BlueGeneQ-static-XL-C' to set up the tool chain.")
 879     endif()
 880 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SPARC64_HPC_ACE")
 881     set(GMX_CPU_ACCELERATION_SPARC64_HPC_ACE 1)
 882 else()
 883     gmx_invalid_option_value(GMX_CPU_ACCELERATION)
 884 endif()
 885 gmx_check_if_changed(ACCELERATION_CHANGED GMX_CPU_ACCELERATION)
 886 if (ACCELERATION_CHANGED AND DEFINED ACCELERATION_STATUS_MESSAGE)
 887     message(STATUS "${ACCELERATION_STATUS_MESSAGE}")
 888 endif()
 889
 890 # Process QM/MM Settings
 891 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 892     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 893 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 894     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 895 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 896     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 897 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 898     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 899 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 900     # nothing to do
 901 else()
 902     gmx_invalid_option_value(GMX_QMMM_PROGRAM)
 903 endif()
 904
 905 # Process FFT library settings
 906 set(PKG_FFT "")
 907 set(PKG_FFT_LIBS "")
 908 # Intel 11 and up makes life somewhat easy if you just want to use
 909 # all their stuff. It's not easy if you only want some of their
 910 # stuff...
 911 set(MKL_MANUALLY FALSE)
 912 if (GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL "MKL" AND
 913     NOT (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND CMAKE_C_COMPILER_VERSION VERSION_GREATER "11"))
 914     # The user will have to provide the set of magic libraries in
 915     # MKL_LIBRARIES (see below), which we cache (non-advanced), so that they
 916     # don't have to keep specifying it, and can easily see that
 917     # CMake is still using that information.
 918     set(MKL_MANUALLY TRUE)
 919 endif()
 920 set(MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION "Use full paths to library files, in the right order, and separated by semicolons.")
 921 gmx_dependent_cache_variable(
 922     MKL_LIBRARIES
 923     "List of libraries for linking to MKL. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}"
 924     STRING ""
 925     MKL_MANUALLY)
 926 gmx_dependent_cache_variable(
 927     MKL_INCLUDE_DIR
 928     "Path to mkl.h (non-inclusive)."
 929     PATH ""
 930     MKL_MANUALLY)
 931 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 932     if(GMX_DOUBLE)
 933         set(FFTW fftw)
 934     else()
 935         set(FFTW fftwf)
 936     endif()
 937
 938     if(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 939       add_subdirectory(src/contrib/fftw)
 940     else()
 941       find_package(FFTW COMPONENTS ${FFTW})
 942     endif()
 943
 944     string(TOUPPER "${FFTW}" FFTW)
 945     if(NOT ${FFTW}_FOUND)
 946       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for single-precision GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS). Either choose the right precision, choose another FFT(W) library (-DGMX_FFT_LIBRARY), enable the advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you (-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON) , or use the really slow GROMACS built-in fftpack library (-DGMX_FFT_LIBRARY=fftpack).")
 947     endif()
 948
 949     set(PKG_FFT "${${FFTW}_PKG}")
 950     include_directories(${${FFTW}_INCLUDE_DIRS})
 951     set(FFT_LIBRARIES ${${FFTW}_LIBRARIES})
 952     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 953
 954     if ((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND NOT ${FFTW}_HAVE_SIMD)
 955       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SIMD support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 956     endif()
 957
 958     if((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND ${FFTW}_HAVE_AVX)
 959         # If we're not doing CPU acceleration, we don't care about FFTW performance on x86 either
 960         message(WARNING "The FFTW library was compiled with --enable-avx to enable AVX SIMD instructions. That might sound like a good idea for your processor, but for FFTW versions up to 3.3.3, these are slower than the SSE/SSE2 SIMD instructions for the way GROMACS uses FFTs. Limitations in the way FFTW allows GROMACS to measure performance make it awkward for either GROMACS or FFTW to make the decision for you based on runtime performance. You should compile a different FFTW library with --enable-sse or --enable-sse2. If you have a more recent FFTW, you may like to compare the performance of GROMACS with FFTW libraries compiled with and without --enable-avx. However, the GROMACS developers do not really expect the FFTW AVX optimization to help, because the performance is limited by memory access, not computation.")
 961     endif()
 962
 963     set(FFT_STATUS_MESSAGE "Using external FFT library - FFTW3")
 964 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 965     # Intel 11 and up makes life somewhat easy if you just want to use
 966     # all their stuff. It's not easy if you only want some of their
 967     # stuff...
 968     if (NOT MKL_MANUALLY)
 969         # The next line takes care of everything for MKL
 970         if (WIN32)
 971             set(FFT_LINKER_FLAGS "/Qmkl=sequential")
 972         else()
 973             set(FFT_LINKER_FLAGS "-mkl=sequential")
 974         endif()
 975         # Some versions of icc require this in order that mkl.h can be
 976         # found at compile time.
 977         set(EXTRA_C_FLAGS "${EXTRA_C_FLAGS} ${FFT_LINKER_FLAGS}")
 978
 979         set(MKL_ERROR_MESSAGE "Make sure you have configured your compiler so that ${FFT_LINKER_FLAGS} will work.")
 980     else()
 981         include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 982         set(FFT_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}")
 983         set(MKL_ERROR_MESSAGE "The include path to mkl.h in MKL_INCLUDE_DIR, and the link libraries in MKL_LIBRARIES=${MKL_LIBRARIES} need to match what the MKL documentation says you need for your system. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
 984         # Convert the semi-colon separated list to a list of
 985         # command-line linker arguments so that code using our
 986         # pkgconfig setup can use it.
 987         string(REGEX REPLACE ";" " " PKG_FFT_LIBS "${MKL_LIBRARIES}")
 988     endif()
 989
 990     # Check MKL works. If we were in a non-global scope, we wouldn't
 991     # have to play nicely.
 992     set(old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
 993     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS}")
 994     set(old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
 995     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${FFT_LIBRARIES}")
 996
 997     check_function_exists(DftiCreateDescriptor TEST_MKL)
 998
 999     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
1000     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
1001
1002     if(NOT TEST_MKL)
1003         # Hack to help the user vary MKL settings until they work.
1004         # TODO Make this logic more useful.
1005         unset(TEST_MKL CACHE)
1006         message(FATAL_ERROR "Linking with MKL was requested, but was not successful. ${MKL_ERROR_MESSAGE}")
1007     endif()
1008
1009     # Set variables to signal that we have MKL available and should use it for FFTs.
1010     set(GMX_FFT_MKL 1)
1011     set(HAVE_LIBMKL 1)
1012
1013     set(FFT_STATUS_MESSAGE "Using external FFT library - Intel MKL")
1014 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
1015     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
1016     set(FFT_STATUS_MESSAGE "Using internal FFT library - fftpack")
1017 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1018     gmx_invalid_option_value(GMX_FFT_LIBRARY)
1019 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1020 gmx_check_if_changed(FFT_CHANGED GMX_FFT_LIBRARY)
1021 if (FFT_CHANGED)
1022     message(STATUS "${FFT_STATUS_MESSAGE}")
1023 endif()
1024
1025 # enable threaded fftw3 if we've found it
1026 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
1027     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
1028 endif()
1029
1030 include(gmxManageLinearAlgebraLibraries)
1031
1032 # Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins
1033 set(GMX_USE_PLUGINS OFF)
1034
1035 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
1036   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
1037     # Native Windows does not have, nor need dlopen
1038     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
1039     include(gmxTestdlopen)
1040     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
1041   endif()
1042
1043   # so, should we use plug-ins?
1044   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
1045     if(NOT VMD_QUIETLY)
1046       MESSAGE(STATUS
1047           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
1048           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
1049           "formats).")
1050     endif()
1051     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
1052       find_package(VMD)
1053     endif()
1054     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
1055     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
1056     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
1057   else()
1058     set(PKG_DL_LIBS)
1059   endif()
1060 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
1061 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1062
1063 # Link real-time library for POSIX timers. The check for clock_gettime
1064 # confirms the linkability of rt.
1065 if(HAVE_TIME_H AND HAVE_UNISTD_H AND HAVE_CLOCK_GETTIME)
1066     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES rt)
1067 endif()
1068
1069 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1070 if(HAVE_LIBM)
1071     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1072 endif(HAVE_LIBM)
1073 if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "BlueGene")
1074     check_library_exists(mass_simd atan2f4 "" HAVE_MASS_SIMD)
1075     if(HAVE_MASS_SIMD)
1076         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES mass_simd)
1077     else()
1078         message(FATAL_ERROR "Could not link to the SIMD version of the IBM MASS library. Please adjust your CMAKE_PREFIX_PATH to contain it")
1079     endif()
1080 endif()
1081
1082 if(GMX_FAHCORE)
1083   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1084       "Path to swindirect.h")
1085   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1086 endif(GMX_FAHCORE)
1087
1088 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1089 # these are set after everything else
1090 if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
1091     set(CMAKE_C_FLAGS "${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}")
1092     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}")
1093     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}")
1094     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}")
1095 else()
1096     message("Recommended flags which are not added because GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS=yes:")
1097     message("CMAKE_C_FLAGS: ${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${GMXC_CFLAGS}")
1098     message("CMAKE_C_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CFLAGS_RELEASE}")
1099     message("CMAKE_C_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CFLAGS_DEBUG}")
1100     message("CMAKE_CXX_FLAGS: ${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${GMXC_CXXFLAGS}")
1101     message("CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE}")
1102     message("CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CXXFLAGS_DEBUG}")
1103     message("CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1104     message("CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS: ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1105 endif()
1106
1107 if(NOT GMX_OPENMP)
1108     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
1109     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
1110     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
1111     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
1112 else()
1113     set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_LINKER_FLAGS})
1114     set(GMX_SHARED_LINKER_FLAGS ${GMX_SHARED_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS})
1115 endif()
1116 set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} ${OpenMP_C_FLAGS}")
1117
1118 ########################################################################
1119 # Specify install locations
1120 ########################################################################
1121 set(GMX_LIB_INSTALL_DIR lib CACHE STRING
1122     "Library installation directory (default: lib)")
1123 set(GMX_DATA_INSTALL_DIR gromacs CACHE STRING
1124     "Data installation directory under share/ (default: gromacs)")
1125 mark_as_advanced(GMX_LIB_INSTALL_DIR GMX_DATA_INSTALL_DIR)
1126
1127 set(LIB_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMX_LIB_INSTALL_DIR})
1128 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1129 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/${GMX_DATA_INSTALL_DIR})
1130 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1131 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1132
1133 set(GMXLIB_SEARCH_DIR share/${GMX_DATA_INSTALL_DIR}/top)
1134 set(GMXLIB_FALLBACK   ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1135
1136 ########################################################################
1137 # Set up binary and library suffixing
1138 ########################################################################
1139 option(
1140     GMX_DEFAULT_SUFFIX
1141     "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)"
1142     ON)
1143 gmx_dependent_cache_variable(
1144     GMX_BINARY_SUFFIX
1145     "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double)."
1146     STRING ""
1147     "NOT GMX_DEFAULT_SUFFIX")
1148 gmx_dependent_cache_variable(
1149     GMX_LIBS_SUFFIX
1150     "Suffix for GROMACS libraries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double)."
1151     STRING ""
1152     "NOT GMX_DEFAULT_SUFFIX")
1153 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1154   gmx_check_if_changed(SUFFIXES_CHANGED GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1155   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
1156   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
1157   if (GMX_LIB_MPI)
1158     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
1159     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
1160   endif()
1161   if (GMX_DOUBLE)
1162     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
1163     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
1164   endif(GMX_DOUBLE)
1165   if (SUFFIXES_CHANGED)
1166     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
1167     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
1168   endif ()
1169 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1170   gmx_check_if_changed(SUFFIXES_CHANGED
1171                        GMX_DEFAULT_SUFFIX GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
1172   if (SUFFIXES_CHANGED)
1173     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
1174     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
1175   endif ()
1176 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1177 if (GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1178     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mdrun${GMX_LIBS_SUFFIX}")
1179 endif ()
1180
1181 ##################################################################
1182 # Shared library settings
1183 ##################################################################
1184 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1185     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1186     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1187     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1188     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1189 else()
1190     if(CMAKE_SYSTEM_VERSION VERSION_GREATER 8.0) #rpath supported for >10.4
1191         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "@rpath")
1192         set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} "-Wl,-rpath,@executable_path/../lib")
1193     else()
1194         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${LIB_INSTALL_DIR}")
1195     endif()
1196 endif()
1197
1198 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
1199 #Simpler to always install.
1200 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
1201
1202 if(GMX_EXTERNAL_BOOST)
1203     include_directories(${Boost_INCLUDE_DIRS})
1204 else()
1205     include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost)
1206     # typeid not supported for minimal internal version
1207     # (would add significant amount of code)
1208     add_definitions(-DBOOST_NO_TYPEID)
1209     # TODO: Propagate the above settings to the installed CMakeFiles.txt template
1210     # (from share/template/)
1211     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DBOOST_NO_TYPEID -I${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost")
1212     if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1213         install(DIRECTORY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost/boost
1214                 DESTINATION ${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost
1215                 COMPONENT development)
1216     endif ()
1217 endif()
1218
1219 if (GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
1220     # Code heavy with asserts makes conditional coverage close to useless metric,
1221     # as by design most of the false branches are impossible to trigger in
1222     # correctly functioning code.  And the benefit of testing those that could
1223     # be triggered by using an API against its specification isn't usually
1224     # worth the effort.
1225     add_definitions(-DNDEBUG -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DGMX_DISABLE_ASSERTS)
1226 endif ()
1227
1228 if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1229     add_subdirectory(doxygen)
1230     add_subdirectory(share)
1231     add_subdirectory(scripts)
1232 endif ()
1233 add_subdirectory(src)
1234
1235 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
1236 # Don't bother the user after the first configure pass.
1237 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
1238     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
1239 endif()
1240 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
1241
1242 #######################
1243 ## uninstall target
1244 #######################
1245     CONFIGURE_FILE(
1246                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1247                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1248                    IMMEDIATE @ONLY)
1249 ###########################
1250 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1251                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1252                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1253 ###########################
1254
1255 ########################################################################
1256 # Tests                                                                #
1257 ########################################################################
1258
1259 IF(BUILD_TESTING)
1260     enable_testing()
1261     #"check" target builds and runs all tests
1262     add_custom_target(check COMMAND ${CMAKE_CTEST_COMMAND} --output-on-failure)
1263     add_dependencies(check tests)
1264     # TODO: This would be better within tests/CMakeLists.txt
1265     if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1266         #gmxtests target builds all binaries required for running gmxtest
1267         add_custom_target(gmxtests DEPENDS gmx links)
1268         add_dependencies(check gmxtests)
1269         add_subdirectory(tests)
1270     endif()
1271     #TODO: Add warning if NOT REGRESSIONTEST_PATH OR NOT GMX_XML that regression/unit tests are not run.
1272 ENDIF()
1273
1274 ########################################################################
1275 # Manual                                                               #
1276 ########################################################################
1277
1278 option(GMX_BUILD_MANUAL "Whether to try to configure to build the PDF manual" OFF)
1279 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANUAL)
1280 if(GMX_BUILD_MANUAL)
1281     # Make sure we only do detection of manual-building dependencies
1282     # when the user opted in for that.
1283     add_subdirectory(manual)
1284 endif()