CMakeLists.txt

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   5 # David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6 # others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7 # directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34 #
  35 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
  36 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
  37 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
  38
  39 # Allows CPack to act differently for normal tools and mdrun (e.g. because of MPI)
  40 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_TOOLS_DESCRIPTION "All GROMACS executable tools")
  41 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_MDRUN_DESCRIPTION "GROMACS executable for running simulations")
  42
  43 # CMake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  44 # This needs to be set before project() in order to pick up toolchain files
  45 list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/Platform)
  46
  47 project(Gromacs C)
  48 include(Dart)
  49 mark_as_advanced(DART_ROOT)
  50
  51 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  52 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  53 #
  54 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  55 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  56 # machine with no git.
  57 #
  58 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  59 set(PROJECT_VERSION "4.6.6-dev")
  60 # The version number of the regressiontest tarball against which this
  61 # git branch can be tested. Normally, this will be the version of the
  62 # last patch release. Comment the next line out for branches leading
  63 # to a major/minor release.
  64 set(REGRESSIONTEST_VERSION "4.6.5")
  65 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  66     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  67 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  68 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  69     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  70 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  71 set(SOVERSION 8)
  72 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  73 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
  74 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "6")
  75 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "1")
  76
  77 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  78 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  79 math(EXPR NUM_VERSION
  80     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  81 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  82     math(EXPR NUM_VERSION
  83          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  84 endif()
  85
  86 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  87 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  88 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  89 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  90 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  91 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  92
  93 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  94 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  95 endif()
  96
  97 include(gmxBuildTypeReference)
  98
  99 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
 100     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference." FORCE)
 101 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
 102
 103 enable_language(C)
 104
 105 set(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH OFF CACHE STRING "Use relative paths not absolute paths for cmake install. Has only an effect on cpack.")
 106 mark_as_advanced(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
 107
 108 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
 109 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
 110 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
 111 if (NOT GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
 112     set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
 113 endif()
 114 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
 115 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
 116 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/COPYING")
 117 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
 118 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES "\\\\.isreposource$;\\\\.git/;\\\\.gitignore$")
 119 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
 120 SET(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/man;man")
 121 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
 122
 123 #must come after all cpack settings!
 124 include(CPack)
 125
 126 ########################################################################
 127 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
 128 ########################################################################
 129 if(CMAKE_HOST_UNIX)
 130     execute_process(COMMAND hostname
 131                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
 132                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 133     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
 134         message(WARNING "
 135             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 136             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 137             recommended to regenerate the cache!")
 138     endif()
 139     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 140             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 141 endif()
 142
 143 ########################################################################
 144 # User input options - enable C++ - before any CXX flags are changed   #
 145 ########################################################################
 146
 147 # decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection
 148 include(gmxManageGPU)
 149
 150 option(GMX_FORCE_CXX "Enable C++ compilation even if not necessary" OFF)
 151 mark_as_advanced(GMX_FORCE_CXX)
 152
 153 option(GMX_COOL_QUOTES "Enable Gromacs cool quotes" ON)
 154 mark_as_advanced(GMX_COOL_QUOTES)
 155
 156 if(GMX_GPU OR GMX_FORCE_CXX OR GMX_OPENMM)
 157     enable_language(CXX)
 158 endif()
 159 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 160
 161 ########################################################################
 162 # User input options                                                   #
 163 ########################################################################
 164 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 165 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 166 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 167 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 168 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 169 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 170 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 171
 172 if(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION AND NOT CMAKE_CROSSCOMPILING)
 173     include(gmxDetectAcceleration)
 174     gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION)
 175 endif()
 176
 177 # Detect the architecture the compiler is targetting, detect
 178 # acceleration possibilities on that hardware, suggest an acceleration
 179 # to use if none is specified, and populate the cache option for CPU
 180 # accleration.
 181 include(gmxDetectTargetArchitecture)
 182 gmx_detect_target_architecture()
 183 include(gmxDetectAcceleration)
 184 gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION)
 185 set(GMX_CPU_ACCELERATION "@GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION@"
 186     CACHE STRING "Accelerated CPU kernels. Pick one of: None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, IBM_QPX, Sparc64_HPC_ACE")
 187
 188 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
 189     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
 190 option(GMX_BUILD_OWN_FFTW "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack." OFF)
 191 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 192 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 193        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
 194 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 195 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
 196     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
 197 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 198 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 199 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 200 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 201 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 202 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 203
 204 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 205
 206 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
 207 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
 208
 209 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
 210
 211 if(UNIX)
 212     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static archives (not available on non-*nix platforms and it will only work if static versions of external dependencies are available and found)!" OFF)
 213     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 214 endif()
 215
 216 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 217 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 218
 219 option(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS "Don't automatically add suggested/required Compiler flags." OFF)
 220 mark_as_advanced(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
 221
 222 ######################################################################
 223 # Compiler tests
 224 # These need to be done early (before further tests).
 225 #####################################################################
 226
 227 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
 228 # are used with permission from CMake v2.8.9 so that GROMACS can detect
 229 # invalid options with the Intel Compilers.
 230 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
 231 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
 232 include(CheckCCompilerFlag)
 233 if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 234     include(CheckCXXCompilerFlag)
 235 endif()
 236
 237 # Get compiler version information, needs to be done early as check that depend
 238 # on compiler verison follow below.
 239 include(gmxGetCompilerInfo)
 240 get_compiler_version()
 241
 242 # First exclude compilers known to not work with OpenMP although claim to support it:
 243 # gcc 4.2.1 and gcc-llvm 4.2.1 (also claims to be 4.2.1) on Mac OS X
 244 # This fixes redmine 900 and needs to run before OpenMP flags are set below.
 245 if (CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin" AND
 246     (CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND C_COMPILER_VERSION AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 4.3))
 247     message(STATUS "OpenMP multithreading not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled")
 248     set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 249         "OpenMP multithreading not not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled!" FORCE)
 250 endif()
 251
 252 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 253 if(GMX_OPENMP)
 254     find_package(OpenMP)
 255     if(OPENMP_FOUND)
 256         # CMake on Windows doesn't support linker flags passed to target_link_libraries
 257         # (i.e. it treats /openmp as \openmp library file). Also, no OpenMP linker flags are needed.
 258         if(NOT (WIN32 AND NOT CYGWIN))
 259             if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND GMX_PREFER_STATIC_OPENMP)
 260                 set(OpenMP_LINKER_FLAGS "-Wl,-static -lgomp -lrt -Wl,-Bdynamic -lpthread")
 261                 set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "")
 262             else()
 263                 # Only set a linker flag if the user didn't set them manually
 264                 if(NOT DEFINED OpenMP_LINKER_FLAGS)
 265                     set(OpenMP_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 266                 endif()
 267                 if(NOT DEFINED OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
 268                     set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 269                 endif()
 270             endif()
 271         endif()
 272     else(OPENMP_FOUND)
 273         message(WARNING
 274                 "The compiler you are using does not support OpenMP parallelism. This might hurt your performance a lot, in particular with GPUs. Try using a more recent version, or a different compiler. For now, we are proceeding by turning off OpenMP.")
 275         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Whether GROMACS will use OpenMP parallelism." FORCE)
 276     endif(OPENMP_FOUND)
 277 endif()
 278
 279
 280 include(gmxCFlags)
 281 gmx_c_flags()
 282
 283 # This variable should be used for additional compiler flags which are not
 284 # generated in gmxCFlags nor are acceleration or MPI related.
 285 set(EXTRA_C_FLAGS "")
 286
 287 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 288 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 289 # on the affected files.
 290 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 291 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 292
 293 # clang 3.0 is buggy for some unknown reason detected during adding
 294 # the SSE2 group kernels for GROMACS 4.6. If we ever work out what
 295 # that is, we should replace these tests with a compiler feature test,
 296 # update GROMACS Redmine task #1039 and perhaps report a clang bug.
 297 #
 298 # In the meantime, until we require CMake 2.8.10 we cannot rely on it to detect
 299 # the compiler version for us. So we need a manual check for clang 3.0.
 300 include(gmxDetectClang30)
 301 gmx_detect_clang_3_0(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 302 if(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 303     message(FATAL_ERROR "Your compiler is clang version 3.0, which is known to be buggy for GROMACS. Use a different compiler.")
 304 endif()
 305
 306 # clang <=3.2 contains a bug that causes incorrect code to be generated for the
 307 # vfmaddps instruction and therefore the bug is triggered with AVX_128_FMA.
 308 # (see: http://llvm.org/bugs/show_bug.cgi?id=15040).
 309 # We can work around this by not using the integrated assembler (except on OS X
 310 # which has an outdated assembler that does not support AVX instructions).
 311 if (${CMAKE_C_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 312     set(GMX_USE_CLANG_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 313 endif()
 314
 315 if (CMAKE_C_COMPILER_ID STREQUAL "PGI")
 316     message(WARNING "All tested PGI compiler versions (up to 12.9.0) generate binaries which produce incorrect results, or even fail to compile Gromacs. Highly recommended to use a different compiler. If you choose to use PGI, make sure to run the regressiontests.")
 317 endif()
 318
 319 if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "12.0.0")
 320     message(WARNING "Intel compilers before 12.0.0 are not routinely tested, so there may be problems. Version 11.1 with SSE4.1 is known to produce incorrect results. It is highly recommended to use a more up-to-date compiler. If you choose to use this version, make sure you run the regressiontests.")
 321 endif()
 322
 323 set(PKG_CFLAGS "")
 324 if(GMX_DOUBLE)
 325     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 326 endif(GMX_DOUBLE)
 327 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 328   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 329 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 330
 331
 332
 333 ########################################################################
 334 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 335 ########################################################################
 336 include(CheckIncludeFiles)
 337 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 338 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 339 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 340 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 341 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 342 check_include_files(direct.h     HAVE_DIRECT_H)
 343 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 344 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 345 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 346 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 347 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 348 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 349 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 350 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 351 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 352 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 353 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 354 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 355 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 356 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 357
 358 include(CheckFunctionExists)
 359 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 360 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 361 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 362 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 363 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 364 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 365 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 366 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 367 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 368 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 369 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 370 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 371 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 372 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 373 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 374 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 375 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 376 check_function_exists(sched_getaffinity HAVE_SCHED_GETAFFINITY)
 377 check_function_exists(rsqrt             HAVE_RSQRT)
 378 check_function_exists(rsqrtf            HAVE_RSQRTF)
 379 check_function_exists(sqrtf             HAVE_SQRTF)
 380
 381 include(CheckLibraryExists)
 382 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 383 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 384
 385
 386 include(CheckTypeSize)
 387
 388 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 389 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 390 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 391 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 392 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 393 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 394
 395 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 396     set(GMX_64_BIT TRUE)
 397 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 398     set(GMX_64_BIT FALSE)
 399 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 400
 401 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 402 check_type_size(uid_t uid_t)
 403 if(NOT uid_t)
 404   set(uid_t int)
 405 else(NOT uid_t)
 406   set(uid_t 0)
 407 endif(NOT uid_t)
 408
 409 check_type_size(gid_t gid_t)
 410 if(NOT gid_t)
 411   set(gid_t 1)
 412 else(NOT gid_t)
 413   set(gid_t 0)
 414 endif(NOT gid_t)
 415
 416 check_type_size(size_t size_t)
 417 if(NOT size_t)
 418   set(size_t int)
 419 else(NOT size_t)
 420   set(size_t 0)
 421 endif(NOT size_t)
 422
 423 check_type_size(off_t off_t)
 424 if(NOT off_t)
 425   set(off_t int)
 426 else(NOT off_t)
 427   set(off_t 0)
 428 endif(NOT off_t)
 429
 430 include(TestBigEndian)
 431 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 432
 433
 434 if(APPLE OR CYGWIN OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux|.*BSD")
 435     # Maybe Solaris should be here? Patch this if you know!
 436     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 437 elseif(WIN32 OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "BlueGene")
 438     # Support for shared libs on native Windows is a bit new. Its
 439     # default might change later if/when we sort things out. Also,
 440     # Cray should go here. What variable value can detect it?
 441     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 442 else()
 443     message(STATUS "Defaulting to building static libraries")
 444     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 445 endif()
 446
 447 # Management of GROMACS options for specific toolchains should go
 448 # here. Because the initial settings for some of the main options have
 449 # already happened, but things like library detection and MPI compiler
 450 # feature detection have not, the docstrings for any over-rides of
 451 # GROMACS defaults or user settings will make sense. Also, any
 452 # toolchain-related reasons for choosing whether to detect various
 453 # things can be sorted out now, before the detection takes place.
 454 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES BlueGene)
 455     include(gmxManageBlueGene)
 456 endif()
 457
 458 if(UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS AND SHARED_LIBS_DEFAULT)
 459     if(BUILD_SHARED_LIBS)
 460         # Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 461         message(WARNING "Searching for static libraries requested, and building shared Gromacs libraries requested. This might cause problems linking later.")
 462     elseif(NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS)
 463         # Change default to OFF. Don't warn if it's already off.
 464         message(WARNING "Searching for static libraries requested, so the GROMACS libraries will also be built statically (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 465         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 466     endif()
 467 endif()
 468
 469 # By now, all tool chains should have spoken up if they care about
 470 # the setting of SHARED_LIBS_DEFAULT.
 471 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic e.g. with MPI, or on some HPC systems)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 472
 473 ########################################################################
 474 #Process MPI settings
 475 ########################################################################
 476 include(gmxManageMPI)
 477
 478 ########################################################################
 479 # Find external packages                                               #
 480 ########################################################################
 481 if(UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 482     # On Linux .a is the static library suffix, on Mac OS X .lib can also
 483     # be used, so we'll add both to the preference list.
 484     SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES ".lib;.a" ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 485 endif()
 486
 487 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 488   if (NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 489       option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" ON)
 490       if(NOT GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 491           message(WARNING "Shared system libraries requested, and static Gromacs libraries requested.")
 492       endif()
 493   else()
 494       option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" OFF)
 495       if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 496           #this combination segfaults (illigal passing of file handles)
 497           message(FATAL_ERROR "Static system libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 498       endif()
 499       add_definitions(-DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY)
 500       set(PKG_CFLAGS "$PKG_CFLAGS -DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY")
 501   endif()
 502   mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 503
 504   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 505       #Only setting Debug and Release flags. Others configurations are current not used.
 506       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 507       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 508       if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 509           STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 510           STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 511       endif()
 512   ENDIF()
 513   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 514     if(BUILD_SHARED_LIBS) #not sure why incremental building with shared libs doesn't work
 515         STRING(REPLACE "/INCREMENTAL:YES" "" CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS})
 516     endif()
 517   ENDIF()
 518 ENDIF()
 519
 520 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 521 if (GMX_GSL)
 522   find_package(GSL)
 523   set(PKG_GSL "")
 524   if(GSL_FOUND)
 525     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 526     set(PKG_GSL gsl)
 527     set(HAVE_LIBGSL 1)
 528   endif(GSL_FOUND)
 529 endif (GMX_GSL)
 530
 531 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 532 if (GMX_X11)
 533     find_package(X11)
 534     # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 535     if(NOT X11_FOUND)
 536         message(WARNING "X11 include files and/or libraries were not found. Will not build the GROMACS X11-binaries, such as ngmx")
 537     endif()
 538 endif(GMX_X11)
 539
 540 include(ThreadMPI)
 541 set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 542 # Enable core threading facilities
 543 tmpi_enable_core("${CMAKE_SOURCE_DIR}/include")
 544 # Enable tMPI C++ support
 545 # tmpi_enable_cxx()
 546 if(GMX_THREAD_MPI)
 547     # enable MPI functions
 548     tmpi_enable()
 549     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 550     set(GMX_MPI 1)
 551 endif(GMX_THREAD_MPI)
 552 tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC)
 553
 554 if(GMX_GPU)
 555     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 556     gmx_gpu_setup()
 557 endif(GMX_GPU)
 558
 559 if(CYGWIN)
 560     set(GMX_CYGWIN 1)
 561 endif(CYGWIN)
 562
 563 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 564     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 565 endif()
 566
 567 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 568 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 569     if(USE_VERSION_H)
 570         # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 571         # found or the version is too small, we can't generate version information.
 572         find_package(Git)
 573
 574         # Find out the git version
 575         if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 576           execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 577             OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 578             OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 579           string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 580           set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 581           mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 582         endif()
 583
 584         if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 585           message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 586           set(USE_VERSION_H OFF)
 587         endif()
 588     endif()
 589 else()
 590     set(USE_VERSION_H OFF)
 591 endif()
 592
 593 ########################################################################
 594 # Generate development version info for cache
 595 ########################################################################
 596 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 597 # include(gmxGenerateVersionString)
 598
 599 ########################################################################
 600 # Our own GROMACS tests
 601 ########################################################################
 602
 603 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 604 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 605 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/include)
 606 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 607
 608 include(gmxTestInlineASM)
 609 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 610
 611 include(gmxSetBuildInformation)
 612 gmx_set_build_information()
 613 # Turn on RDTSCP if:
 614 # - the build system's CPU supports it
 615 # - the acceleration is set to AVX as all AVX-capable CPUs support AVX (which
 616 #   at this point means that the user set it).
 617 # Note: it's better to not use the later set value of GMX_CPU_ACCELERATION because
 618 # it reflects the system's capability of both compiling and running AVX code.
 619 # TODO: After merge with 5.0 one could implement a cache variable dependency
 620 # such that GMX_USE_RDTSCP can change if GMX_CPU_ACCELERATION is changed to AVX
 621 # after the first cmake pass.
 622 if (BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" OR GMX_CPU_ACCELERATION MATCHES "AVX")
 623     set(GMX_USE_RDTSCP_DEFAULT_VALUE ON)
 624 else()
 625     set(GMX_USE_RDTSCP_DEFAULT_VALUE OFF)
 626 endif()
 627 option(GMX_USE_RDTSCP "Use RDTSCP for better CPU-based timers (available on recent x86 CPUs; might need to be off when compiling for heterogeneous environments)" ${GMX_USE_RDTSCP_DEFAULT_VALUE})
 628 mark_as_advanced(GMX_USE_RDTSCP)
 629 if(GMX_USE_RDTSCP)
 630     # The timestep counter headers do not include config.h
 631     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 632 endif()
 633
 634 include(gmxTestFloatFormat)
 635 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 636                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 637                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 638
 639 include(gmxTestLargeFiles)
 640 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 641
 642 include(gmxTestSignal)
 643 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 644
 645 include(gmxTestInline)
 646 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 647
 648 include(gmxTestRestrict)
 649 gmx_test_restrict(RESTRICT_KEYWORD)
 650
 651 include(gmxTestPipes)
 652 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 653
 654 include(gmxTestIsfinite)
 655 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 656 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 657 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 658
 659 include(gmxTestXDR)
 660 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 661 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 662     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 663     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 664 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 665
 666 # include avx test source, used if the AVX flags are set below
 667 include(gmxTestAVXMaskload)
 668
 669 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 670 #
 671 # Note that for the backward-compatible x86 SIMD architectures, the
 672 # GMX_CPU_ACCELERATION determines the maximum level of the instruction
 673 # set used (e.g. GMX_CPU_ACCLERATION=SSE4.1 implies
 674 # SSE2). Accordingly, there are a set of CMake variables
 675 # GMX_<arch>_<feature-set> that are exported to the C code to specify
 676 # CPU features that should be used. This means that the logic for
 677 # requiring such backward compatibility is all located here.
 678 string(TOUPPER ${GMX_CPU_ACCELERATION} GMX_CPU_ACCELERATION)
 679 if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 680     # nothing to do
 681 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 682
 683     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 684     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 685         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 686     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 687
 688     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 689         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 690         if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 691             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 692         endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 693     endif()
 694
 695     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 696
 697     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 698     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 699
 700     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 701         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 702     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 703
 704     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE2 1)
 705     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 706     set(GMX_X86_SSE2 1)
 707     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 708       message(STATUS "Enabling SSE2 Gromacs acceleration")
 709     endif()
 710
 711 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 712
 713     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 714     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 715         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 716     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 717     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 718         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 719         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead first.
 720         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 721             GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 722             message(WARNING "Neither SSE4.1 or SSE2 seems to be supported by your Windows compiler. Something is likely broken.")
 723         else()
 724             message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance")
 725         endif()
 726     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 727
 728     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 729         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 730         if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 731             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 732         endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 733         if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 734             message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance.")
 735             # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 736             # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 737             if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 738                 GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 739             endif()
 740         endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 741     endif()
 742
 743     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 744     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 745
 746     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 747         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 748     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 749
 750     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE4_1 1)
 751     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 752     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 753     set(GMX_X86_SSE2   1)
 754     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 755       message(STATUS "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration")
 756     endif()
 757
 758     if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_EQUAL "11.1")
 759         message(FATAL_ERROR "You are using Intel compiler version 11.1, and that compiler is known to produce incorrect results with SSE4.1 acceleration. You need to use another compiler (e.g. icc 12 or newer) or different acceleration (probably slower simulations).")
 760     endif()
 761 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 762
 763     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 764
 765     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" ACCELERATION_C_FLAGS)
 766     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 767         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_C_FLAGS)
 768     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 769     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 770         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance) giving the -DGMX_CPU_ACCELERATION=SSE4.1 to cmake.")
 771     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 772
 773     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 774         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 775         if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 776             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 777         endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 778         if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 779             message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance) giving the -DGMX_CPU_ACCELERATION=SSE4.1 to cmake.")
 780         endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 781     endif()
 782
 783     # Set the FMA4 flags (MSVC doesn't require any)
 784     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" AND NOT MSVC)
 785         GMX_TEST_CFLAG(GNU_FMA_CFLAG "-mfma4" ACCELERATION_C_FLAGS)
 786         if (NOT GNU_FMA_CFLAG)
 787             message(WARNING "No C FMA4 flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 788         endif(NOT GNU_FMA_CFLAG)
 789         GMX_TEST_CFLAG(GNU_XOP_CFLAG "-mxop" ACCELERATION_C_FLAGS)
 790         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 791         if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 792             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_FMA_CXXFLAG "-mfma4" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 793             if (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 794                 message(WARNING "No C++ FMA flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 795             endif (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 796             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_XOP_CXXFLAG "-mxop" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 797             # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 798         endif()
 799     endif()
 800
 801     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 802     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 803
 804     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 805         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 806     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 807
 808     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 809         try_compile(TEST_AVX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 810             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestAVX.c"
 811             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 812         if(NOT TEST_AVX)
 813             message(FATAL_ERROR "Cannot compile AVX intrinsics. Consider switching compiler.")
 814         endif()
 815     endif()
 816
 817     # GCC requires x86intrin.h for FMA support. MSVC 2010 requires intrin.h for FMA support.
 818     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 819     check_include_file(intrin.h HAVE_INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 820
 821     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 822     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 823     set(GMX_X86_SSE2   1)
 824
 825     # But just enable one of the choices internally...
 826     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 827         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_128_FMA 1)
 828         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 829         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 830           message(STATUS "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add)")
 831         endif()
 832
 833         # We don't have the full compiler version string yet (BUILD_C_COMPILER),
 834         # so we can't distinguish vanilla and Apple clang, but catering for AMD
 835         # hackintoshes is not worth the effort.
 836         if (APPLE AND ${CMAKE_C_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang")
 837             message(WARNING "Due to a known compiler bug, Clang up to version 3.2 (and Apple Clang up to version 4.1) produces incorrect code with AVX_128_FMA acceleration. As we can not work around this bug on OS X, you will have to select a different compiler or CPU acceleration.")
 838         endif()
 839
 840         if (GMX_USE_CLANG_FMA_BUG_WORKAROUND)
 841             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 842             message(STATUS "Clang ${C_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 843             set(EXTRA_C_FLAGS "${EXTRA_C_FLAGS} -no-integrated-as")
 844         endif()
 845
 846     else()
 847         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 848         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_256 1)
 849         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 850         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 851           message(STATUS "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration")
 852         endif()
 853     endif()
 854
 855     # Unfortunately gcc-4.5.2 and gcc-4.6.0 has a bug where they use the wrong datatype for the formal
 856     # parameter of the mask for maskload/maskstore arguments. Check if this is present, since we can work around it.
 857     gmx_test_avx_gcc_maskload_bug(${ACCELERATION_C_FLAGS} GMX_X86_AVX_GCC_MASKLOAD_BUG)
 858
 859 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "IBM_QPX")
 860     try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 861         "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestQPX.c")
 862
 863     if (TEST_QPX)
 864         message(WARNING "IBM QPX acceleration was selected. This will work, but SIMD-accelerated kernels are only available for the Verlet cut-off scheme. The plain C kernels that are used for the group cut-off scheme kernels will be slow, so please consider using the Verlet cut-off scheme.")
 865         set(GMX_CPU_ACCELERATION_IBM_QPX 1)
 866     else()
 867         message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics. If you are compiling for BlueGene/Q with the XL compilers, use 'cmake .. -DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=Platform/BlueGeneQ-static-XL-C' to set up the tool chain.")
 868     endif()
 869 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SPARC64_HPC_ACE")
 870     set(GMX_CPU_ACCELERATION_SPARC64_HPC_ACE 1)
 871 else(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 872     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_CPU_ACCELERATION}. Pick one of None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, IBM_QPX, Sparc64_HPC_ACE")
 873 endif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 874 set(ACCELERATION_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 875
 876 # Process QM/MM Settings
 877 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} GMX_QMMM_PROGRAM)
 878 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 879     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 880 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 881     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 882 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 883     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 884 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 885     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 886 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 887     # nothing to do
 888 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 889     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 890 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 891
 892 # Process FFT library settings
 893 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
 894 set(PKG_FFT "")
 895 set(PKG_FFT_LIBS "")
 896 set(MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION "Use full paths to library files, in the right order, and separated by semicolons.")
 897 set(MKL_LIBRARIES "" CACHE STRING "List of libraries for linking to MKL. Only used with GMX_FFT_LIBRARY=mkl. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
 898 set(MKL_INCLUDE_DIR "" CACHE PATH "Path to mkl.h (non-inclusive). Only used with GMX_FFT_LIBRARY=mkl.")
 899 mark_as_advanced(FORCE MKL_LIBRARIES)
 900 mark_as_advanced(FORCE MKL_INCLUDE_DIR)
 901 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 902     if(GMX_DOUBLE)
 903         set(FFTW fftw)
 904     else()
 905         set(FFTW fftwf)
 906     endif()
 907
 908     if(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 909       add_subdirectory(src/contrib/fftw)
 910     else()
 911       find_package(FFTW COMPONENTS ${FFTW})
 912     endif()
 913
 914     string(TOUPPER "${FFTW}" FFTW)
 915     if(NOT ${FFTW}_FOUND)
 916       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for single-precision GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS). Either choose the right precision, choose another FFT(W) library (-DGMX_FFT_LIBRARY), enable the advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you (-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON) , or use the really slow GROMACS built-in fftpack library (-DGMX_FFT_LIBRARY=fftpack).")
 917     endif()
 918
 919     set(PKG_FFT "${${FFTW}_PKG}")
 920     include_directories(${${FFTW}_INCLUDE_DIRS})
 921     set(FFT_LIBRARIES ${${FFTW}_LIBRARIES})
 922     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 923
 924     if ((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND NOT ${FFTW}_HAVE_SIMD)
 925       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SIMD support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 926     endif()
 927
 928     if((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND ${FFTW}_HAVE_AVX)
 929         # If we're not doing CPU acceleration, we don't care about FFTW performance on x86 either
 930         message(WARNING "The FFTW library was compiled with --enable-avx to enable AVX SIMD instructions. That might sound like a good idea for your processor, but for FFTW versions up to 3.3.3, these are slower than the SSE/SSE2 SIMD instructions for the way GROMACS uses FFTs. Limitations in the way FFTW allows GROMACS to measure performance make it awkward for either GROMACS or FFTW to make the decision for you based on runtime performance. You should compile a different FFTW library with --enable-sse or --enable-sse2. If you have a more recent FFTW, you may like to compare the performance of GROMACS with FFTW libraries compiled with and without --enable-avx. However, the GROMACS developers do not really expect the FFTW AVX optimization to help, because the performance is limited by memory access, not computation.")
 931     endif()
 932
 933     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
 934         MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - FFTW3")
 935     endif()
 936 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 937     # Intel 11 and up makes life somewhat easy if you just want to use
 938     # all their stuff. It's not easy if you only want some of their
 939     # stuff...
 940     if (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_GREATER "11")
 941         # The next line takes care of everything for MKL
 942         if (WIN32)
 943             set(FFT_LINKER_FLAGS "/Qmkl=sequential")
 944         else()
 945             set(FFT_LINKER_FLAGS "-mkl=sequential")
 946         endif()
 947         # Some versions of icc require this in order that mkl.h can be
 948         # found at compile time.
 949         set(EXTRA_C_FLAGS "${EXTRA_C_FLAGS} ${FFT_LINKER_FLAGS}")
 950
 951         set(MKL_ERROR_MESSAGE "Make sure you have configured your compiler so that ${FFT_LINKER_FLAGS} will work.")
 952     else()
 953         # The user will have to provide the set of magic libraries in
 954         # MKL_LIBRARIES, which we cache (non-advanced), so that they
 955         # don't have to keep specifying it, and can easily see that
 956         # CMake is still using that information.
 957         set(MKL_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}" CACHE STRING "User-specified libraries for linking to MKL")
 958         mark_as_advanced(CLEAR MKL_LIBRARIES)
 959         include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 960         mark_as_advanced(CLEAR MKL_INCLUDE_DIR)
 961         set(FFT_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}")
 962         set(MKL_ERROR_MESSAGE "The include path to mkl.h in MKL_INCLUDE_DIR, and the link libraries in MKL_LIBRARIES=${MKL_LIBRARIES} need to match what the MKL documentation says you need for your system. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
 963         # Convert the semi-colon separated list to a list of
 964         # command-line linker arguments so that code using our
 965         # pkgconfig setup can use it.
 966         string(REGEX REPLACE ";" " " PKG_FFT_LIBS "${MKL_LIBRARIES}")
 967     endif()
 968
 969     # Check MKL works. If we were in a non-global scope, we wouldn't
 970     # have to play nicely.
 971     set(old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
 972     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS}")
 973     set(old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
 974     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${FFT_LIBRARIES}")
 975
 976     check_function_exists(DftiCreateDescriptor TEST_MKL)
 977
 978     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
 979     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
 980
 981     if(NOT TEST_MKL)
 982         # Hack to help the user vary MKL settings until they work.
 983         # TODO Make this logic more useful.
 984         unset(TEST_MKL CACHE)
 985         message(FATAL_ERROR "Linking with MKL was requested, but was not successful. ${MKL_ERROR_MESSAGE}")
 986     endif()
 987
 988     # Set variables to signal that we have MKL available and should use it for FFTs.
 989     set(GMX_FFT_MKL 1)
 990     set(HAVE_LIBMKL 1)
 991
 992     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
 993         MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 994     endif()
 995
 996 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 997 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 998 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 999 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
1000     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
1001     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
1002         MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
1003     endif()
1004 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1005     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
1006 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1007 set(GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE ${GMX_FFT_LIBRARY} CACHE INTERNAL "Previous value for GMX_FFT_LIBRARY, so that we can detect when it changes.")
1008
1009 # enable threaded fftw3 if we've found it
1010 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
1011     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
1012 endif()
1013
1014 include(gmxManageLinearAlgebraLibraries)
1015
1016 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
1017
1018 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
1019   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
1020     # Native Windows does not have, nor need dlopen
1021     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
1022     include(gmxTestdlopen)
1023     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
1024   endif()
1025
1026   # so, should we use plug-ins?
1027   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
1028     if(NOT VMD_QUIETLY)
1029       MESSAGE(STATUS
1030           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
1031           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
1032           "formats).")
1033     endif()
1034     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
1035       find_package(VMD)
1036     endif()
1037     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
1038     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
1039     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
1040   else()
1041     set(PKG_DL_LIBS)
1042   endif()
1043 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
1044 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1045
1046 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
1047     if(NOT CMAKE_CROSSCOMPILING)
1048         option(GMX_BUILD_MANPAGES "Build man pages" ON)
1049     else()
1050         message(STATUS "Building the man pages is not available when "
1051             "cross-compiling the developer version from git")
1052     endif()
1053 else()
1054     #make sure source package contains all man pages
1055     if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/man/man1/ngmx.1")
1056         message(FATAL_ERROR "Man pages are missing from source package.")
1057     endif()
1058 endif()
1059 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANPAGES)
1060
1061 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1062 if(HAVE_LIBM)
1063     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1064 endif(HAVE_LIBM)
1065 if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "BlueGene")
1066     check_library_exists(mass_simd atan2f4 "" HAVE_MASS_SIMD)
1067     if(HAVE_MASS_SIMD)
1068         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES mass_simd)
1069     else()
1070         message(FATAL_ERROR "Could not link to the SIMD version of the IBM MASS library. Please adjust your CMAKE_PREFIX_PATH to contain it")
1071     endif()
1072 endif()
1073
1074
1075 option(GMX_NACL "Configure for Native Client builds" OFF)
1076 if (GMX_NACL)
1077   list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES nosys)
1078   set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS "${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS} -lnosys")
1079   set(GMX_NO_NICE 1)
1080   set(GMX_NO_RENAME 1)
1081 endif()
1082 mark_as_advanced(GMX_NACL)
1083
1084 if(GMX_FAHCORE)
1085   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1086       "Path to swindirect.h")
1087   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1088   set_property(CACHE GMX_COOL_QUOTES PROPERTY VALUE OFF)
1089 endif(GMX_FAHCORE)
1090
1091 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1092 # these are set after everything else
1093 if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
1094     set(CMAKE_C_FLAGS "${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}")
1095     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}")
1096     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}")
1097     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}")
1098 else()
1099     message("Recommended flags which are not added because GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS=yes:")
1100     message("CMAKE_C_FLAGS: ${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${GMXC_CFLAGS}")
1101     message("CMAKE_C_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CFLAGS_RELEASE}")
1102     message("CMAKE_C_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CFLAGS_DEBUG}")
1103     if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1104         message("CMAKE_CXX_FLAGS: ${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMXC_CXXFLAGS}")
1105         message("CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE}")
1106         message("CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CXXFLAGS_DEBUG}")
1107     endif()
1108     message("CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1109     message("CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS: ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1110 endif()
1111
1112 if(NOT GMX_OPENMP)
1113     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
1114     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
1115     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
1116     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
1117     unset(OpenMP_LINKER_FLAGS CACHE)
1118     unset(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
1119 endif()
1120 set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} ${OpenMP_C_FLAGS}")
1121
1122 ######################################
1123 # Output compiler and CFLAGS used
1124 ######################################
1125 get_compiler_info(C BUILD_C_COMPILER BUILD_CFLAGS)
1126 if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1127     get_compiler_info(CXX BUILD_CXX_COMPILER BUILD_CXXFLAGS)
1128 endif ()
1129 if(GMX_GPU)
1130     get_cuda_compiler_info(CUDA_NVCC_COMPILER_INFO CUDA_NVCC_COMPILER_FLAGS)
1131 endif(GMX_GPU)
1132
1133
1134 ########################################################################
1135 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
1136 ########################################################################
1137 if (GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
1138     set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
1139     mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
1140 else()
1141     set(GMX_INSTALL_PREFIX "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/")
1142 endif()
1143
1144 if ( NOT DEFINED GMXLIB )
1145     set(GMXLIB lib)
1146 endif()
1147 set(LIB_INSTALL_DIR "${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMXLIB}")
1148 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1149 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/gromacs)
1150 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1151 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1152
1153 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1154
1155 ########################################################################
1156 # Set up binary and library suffixing
1157 ########################################################################
1158 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
1159 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
1160   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
1161 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1162   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
1163   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
1164   if (GMX_LIB_MPI)
1165     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
1166     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
1167   endif()
1168   if (GMX_DOUBLE)
1169     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
1170     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
1171   endif(GMX_DOUBLE)
1172   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
1173   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
1174     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
1175     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
1176   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
1177 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1178   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
1179   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
1180     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
1181     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
1182   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
1183 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1184 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1185
1186 ##################################################################
1187 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
1188 ##################################################################
1189 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1190     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1191     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1192     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1193     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1194 endif()
1195
1196 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
1197 #Simpler to always install.
1198 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
1199
1200 add_subdirectory(share)
1201 add_subdirectory(include)
1202 add_subdirectory(src)
1203 add_subdirectory(scripts)
1204
1205 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
1206 # Don't bother the user after the first configure pass.
1207 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
1208     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
1209     unset(CUDA_NOTFOUND_AUTO)
1210     unset(CUDA_NOTFOUND_MESSAGE)
1211 endif()
1212 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
1213
1214 #######################
1215 ## uninstall target
1216 #######################
1217     CONFIGURE_FILE(
1218                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1219                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1220                    IMMEDIATE @ONLY)
1221 ###########################
1222 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1223                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1224                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1225 ###########################
1226
1227 ########################################################################
1228 # Tests                                                                #
1229 ########################################################################
1230
1231 include(CTest)
1232 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
1233 #gmxtests target builds all binaries required for running gmxtest
1234 add_custom_target(gmxtests DEPENDS grompp mdrun pdb2gmx gmxcheck editconf)
1235 IF(BUILD_TESTING)
1236     enable_testing()
1237     add_subdirectory(tests)
1238     if(REGRESSIONTEST_PATH)
1239         #check target builds all to run tests and the runs tests
1240         add_custom_target(check COMMAND ${CMAKE_CTEST_COMMAND} --output-on-failure)
1241         add_dependencies(check gmxtests)
1242     else()
1243         add_custom_target(check COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E echo "WARNING: No tests are run. Running the tests requires either of the cmake variables REGRESSIONTEST_PATH or REGRESSIONTEST_DOWNLOAD to be set.")
1244     endif()
1245 ENDIF()
1246