CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
   2 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
   3 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
   4
   5 # Allows CPack to act differently for normal tools and mdrun (e.g. because of MPI)
   6 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_TOOLS_DESCRIPTION "All GROMACS executable tools")
   7 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_MDRUN_DESCRIPTION "GROMACS executable for running simulations")
   8
   9 # override bugs on OS X where Cmake picks gcc (GNU) for C instead of system default cc (Clang).
  10 if(APPLE)
  11     set(CMAKE_C_COMPILER_INIT "cc")
  12 endif(APPLE)
  13
  14 project(Gromacs C)
  15 include(Dart)
  16 mark_as_advanced(DART_ROOT)
  17
  18 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  19 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  20 #
  21 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  22 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  23 # machine with no git.
  24 #
  25 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  26 set(PROJECT_VERSION "4.6-dev")
  27 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  28     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  29 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  30 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  31     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  32 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  33 set(SOVERSION 6)
  34 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  35 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
  36 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "6")
  37 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  38
  39 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  40 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  41 math(EXPR NUM_VERSION
  42     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  43 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  44     math(EXPR NUM_VERSION
  45          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  46 endif()
  47
  48 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  49 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  50 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  51 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  52 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  53 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  54
  55 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  56 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  57
  58 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  59 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  60 endif()
  61
  62 include(gmxBuildTypeReference)
  63
  64 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  65     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference." FORCE)
  66 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  67
  68 enable_language(C)
  69
  70 set(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH OFF CACHE STRING "Use relative paths not absolute paths for cmake install. Has only an effect on cpack.")
  71 mark_as_advanced(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
  72
  73 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
  74 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  75 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  76 if (NOT GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
  77     set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
  78 endif()
  79 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  80 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  81 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/COPYING")
  82 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  83 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES "\\\\.isreposource$;\\\\.git$;\\\\.gitignore$")
  84 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
  85 SET(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/man;man")
  86 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
  87
  88 #must come after all cpack settings!
  89 include(CPack)
  90
  91 ########################################################################
  92 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
  93 ########################################################################
  94 if(CMAKE_HOST_UNIX)
  95     execute_process(COMMAND hostname
  96                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
  97                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
  98     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
  99         message(WARNING "
 100             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 101             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 102             recommended to regenerate the cache!")
 103     endif()
 104     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 105             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 106 endif()
 107
 108 ########################################################################
 109 # User input options - enable C++ - before any CXX flags are changed   #
 110 ########################################################################
 111
 112 # decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection
 113 include(gmxManageGPU)
 114
 115 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
 116 option(GMX_FORCE_CXX "Enable C++ compilation even if not necessary" OFF)
 117 mark_as_advanced(GMX_FORCE_CXX)
 118
 119 if(GMX_GPU OR GMX_OPENMM OR GMX_FORCE_CXX)
 120     enable_language(CXX)
 121 endif()
 122 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 123
 124 ########################################################################
 125 # Fix stupid flags on Windows
 126 ########################################################################
 127 SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 128 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 129   if (NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 130     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" ON)
 131     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 132     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 133   else()
 134     add_definitions(-DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY)
 135   endif()
 136
 137   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 138     #Only setting Debug and Release flags. Others configurations current not used.
 139     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 140     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 141     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 142     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 143     if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 144         STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 145         SET(CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 146         STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 147         SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 148     endif()
 149   ENDIF()
 150
 151   #Workaround for cmake bug 13174. Replace deprecated options.
 152   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 153     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 154     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 155   ENDIF()
 156   IF( CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 157     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 158     STRING(REPLACE /GX /EHsc CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 159     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 160
 161     STRING(REPLACE /GX /EHsc CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 162     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 163   ENDIF()
 164 ENDIF()
 165
 166
 167 ########################################################################
 168 # User input options                                                   #
 169 ########################################################################
 170 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 171 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 172 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 173 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 174 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 175 option(GMX_POWERPC_INVSQRT "Use PowerPC hardware 1/sqrt" OFF)
 176 mark_as_advanced(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 177 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 178 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 179
 180 include(gmxDetectAcceleration)
 181 if(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 182     if(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 183         set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "None")
 184     else(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 185         gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION)
 186     endif(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 187 endif(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 188
 189 set(GMX_CPU_ACCELERATION "@GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION@"
 190     CACHE STRING "Accelerated CPU kernels. Pick one of: None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, BlueGene, Power6, Fortran")
 191
 192 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
 193     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
 194 option(GMX_BUILD_OWN_FFTW "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack." OFF)
 195 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 196 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 197        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
 198 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 199 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
 200     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
 201 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 202 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 203 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 204 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 205 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 206 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 207
 208 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 209
 210 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
 211 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
 212
 213 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
 214
 215 if(UNIX)
 216     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static archives (not available on non-*nix platforms and it will only work if static versions of external dependencies are available and found)!" OFF)
 217     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 218 endif()
 219
 220 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 221 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 222
 223 ######################################################################
 224 # Compiler tests
 225 # These need to be done early (before further tests).
 226 #####################################################################
 227
 228 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
 229 # are used with permission from CMake v2.8.9 so that GROMACS can detect
 230 # invalid options with the Intel Compilers.
 231 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
 232 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
 233 include(CheckCCompilerFlag)
 234 if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 235     include(CheckCXXCompilerFlag)
 236 endif()
 237
 238 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 239 if(GMX_OPENMP)
 240     find_package(OpenMP)
 241     if(OPENMP_FOUND)
 242         # CMake on Windows doesn't support linker flags passed to target_link_libraries
 243         # (i.e. it treats /openmp as \openmp library file). Also, no OpenMP linker flags are needed.
 244         if(NOT (WIN32 AND NOT CYGWIN))
 245             if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND GMX_PREFER_STATIC_OPENMP)
 246                 set(OpenMP_LINKER_FLAGS "-Wl,-static -lgomp -lrt -Wl,-Bdynamic -lpthread")
 247                 set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "")
 248             else()
 249                 # Only set a linker flag if the user didn't set them manually
 250                 if(NOT DEFINED OpenMP_LINKER_FLAGS)
 251                     set(OpenMP_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 252                 endif()
 253                 if(NOT DEFINED OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
 254                     set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 255                 endif()
 256             endif()
 257         endif()
 258     else(OPENMP_FOUND)
 259         message(WARNING
 260                 "The compiler you are using does not support OpenMP parallelism. This might hurt your performance a lot, in particular with GPUs. Try using a more recent version, or a different compiler. For now, we are proceeding by turning off OpenMP.")
 261         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Whether GROMACS will use OpenMP parallelism." FORCE)
 262     endif(OPENMP_FOUND)
 263 endif()
 264
 265
 266 include(gmxCFlags)
 267 gmx_c_flags()
 268
 269 include(gmxGetCompilerInfo)
 270 get_compiler_version()
 271
 272 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 273 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 274 # on the affected files.
 275 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 276 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 277
 278 ########################################################################
 279 # Set up binary and library suffixing
 280 ########################################################################
 281 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 282 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
 283   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 284 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 285   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
 286   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
 287   if (GMX_MPI)
 288     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
 289     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
 290   endif(GMX_MPI)
 291   if (GMX_DOUBLE)
 292     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
 293     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
 294   endif(GMX_DOUBLE)
 295   if (GMX_OPENMM)
 296     set (GMX_BINARY_SUFFIX "-openmm")
 297     set (GMX_LIBS_SUFFIX "_openmm")
 298   endif(GMX_OPENMM)
 299   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 300   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 301     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 302     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 303   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 304 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 305   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 306   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 307     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 308     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 309   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 310 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 311 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 312
 313 set(PKG_CFLAGS "")
 314 if(GMX_DOUBLE)
 315     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 316 endif(GMX_DOUBLE)
 317 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 318   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 319 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 320 if(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 321   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_POWERPC_INVSQRT")
 322 endif(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 323
 324 ########################################################################
 325 #Process MPI settings
 326 ########################################################################
 327 include(gmxManageMPI)
 328
 329 #######################################################################
 330 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
 331 #######################################################################
 332 if(GMX_OPENMM)
 333     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
 334     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
 335     if(NOT ${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 336         message(STATUS "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to fftpack!")
 337         set(GMX_FFT_LIBRARY "fftpack" CACHE STRING
 338                 "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to  fftpack!" FORCE)
 339     endif()
 340     if(GMX_MPI)
 341         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
 342     endif(GMX_MPI)
 343     if(GMX_THREAD_MPI)
 344         message(STATUS "Thread-MPI not compatible with OpenMM, disabled!")
 345         set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL
 346                 "Thread-MPI not compatible with OpenMM build, disabled!" FORCE)
 347     endif(GMX_THREAD_MPI)
 348     if(GMX_OPENMP)
 349         message(STATUS "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled")
 350         set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 351             "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled!" FORCE)
 352     endif()
 353     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 354         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE STRING
 355                 "The OpenMM build does not need GROMACS software 1/sqrt!" FORCE)
 356     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 357     string(TOUPPER ${GMX_CPU_ACCELERATION} GMX_CPU_ACCELERATION)
 358     if(NOT GMX_CPU_ACCELERATION STREQUAL "NONE")
 359         message(STATUS "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!")
 360         set(GMX_CPU_ACCELERATION "None" CACHE STRING
 361             "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!" FORCE)
 362     endif()
 363     if(GMX_FAHCORE)
 364         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
 365     endif(GMX_FAHCORE)
 366     if(GMX_DOUBLE)
 367         message(FATAL_ERROR  "The OpenMM-build does not support double precision calculations!")
 368     endif()
 369     # mark as advanced the unused variables
 370     mark_as_advanced(FORCE GMX_CPU_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 371         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 372 else(GMX_OPENMM)
 373      mark_as_advanced(CLEAR GMX_CPU_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 374         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 375 endif(GMX_OPENMM)
 376
 377
 378 ########################################################################
 379 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 380 ########################################################################
 381 include(CheckIncludeFiles)
 382 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 383 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 384 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 385 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 386 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 387 check_include_files(direct.h     HAVE_DIRECT_H)
 388 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 389 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 390 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 391 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 392 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 393 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 394 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 395 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 396 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 397 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 398 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 399 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 400 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 401 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 402
 403 include(CheckFunctionExists)
 404 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 405 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 406 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 407 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 408 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 409 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 410 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 411 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 412 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 413 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 414 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 415 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 416 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 417 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 418 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 419 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 420 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 421 check_function_exists(sched_getaffinity HAVE_SCHED_GETAFFINITY)
 422 check_function_exists(rsqrt             HAVE_RSQRT)
 423 check_function_exists(rsqrtf            HAVE_RSQRTF)
 424 check_function_exists(sqrtf             HAVE_SQRTF)
 425
 426 include(CheckLibraryExists)
 427 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 428 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 429
 430
 431 include(CheckTypeSize)
 432
 433 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 434 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 435 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 436 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 437 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 438 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 439
 440 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 441     set(GMX_64_BIT TRUE)
 442 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 443     set(GMX_64_BIT FALSE)
 444 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 445
 446 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 447 check_type_size(uid_t uid_t)
 448 if(NOT uid_t)
 449   set(uid_t int)
 450 else(NOT uid_t)
 451   set(uid_t 0)
 452 endif(NOT uid_t)
 453
 454 check_type_size(gid_t gid_t)
 455 if(NOT gid_t)
 456   set(gid_t 1)
 457 else(NOT gid_t)
 458   set(gid_t 0)
 459 endif(NOT gid_t)
 460
 461 check_type_size(size_t size_t)
 462 if(NOT size_t)
 463   set(size_t int)
 464 else(NOT size_t)
 465   set(size_t 0)
 466 endif(NOT size_t)
 467
 468 check_type_size(off_t off_t)
 469 if(NOT off_t)
 470   set(off_t int)
 471 else(NOT off_t)
 472   set(off_t 0)
 473 endif(NOT off_t)
 474
 475 include(TestBigEndian)
 476 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 477
 478
 479
 480
 481 ########################################################################
 482 # Find external packages                                               #
 483 ########################################################################
 484 if(UNIX)
 485     if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 486         # On Linux .a is the static library suffix, on Mac OS X .lib can also
 487         # be used, so we'll add both to the preference list.
 488         SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES ".lib;.a" ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 489         if(SHARED_LIBS_DEFAULT)
 490             if(BUILD_SHARED_LIBS) #Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 491                 message(WARNING "Static libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 492             elseif(NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS) #Change default to OFF. Don't warn if it's already off.
 493                 message(WARNING "Static libraries requested, the GROMACS libraries will also be build static (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 494                 set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 495             endif()
 496         endif()
 497     endif()
 498 endif()
 499 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 500
 501 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 502 if (GMX_GSL)
 503   find_package(gsl)
 504   set(PKG_GSL "")
 505   if(GSL_FOUND)
 506     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 507     set(PKG_GSL gsl)
 508     set(HAVE_LIBGSL 1)
 509   endif(GSL_FOUND)
 510 endif (GMX_GSL)
 511
 512 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 513 if (GMX_X11)
 514         find_package(X11)
 515         # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 516         if(X11_FOUND)
 517         set(HAVE_X11 1)
 518         endif(X11_FOUND)
 519 endif(GMX_X11)
 520
 521 include(ThreadMPI)
 522 set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 523 if(GMX_THREAD_MPI)
 524     tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC)
 525     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 526     set(GMX_MPI 1)
 527 else(GMX_THREAD_MPI)
 528     tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC NOMPI)
 529 endif(GMX_THREAD_MPI)
 530
 531 if(GMX_OPENMM)
 532     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 533     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
 534     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 535     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 536         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 537     endif()
 538     find_package(OpenMM)
 539 endif(GMX_OPENMM)
 540
 541 if(GMX_GPU)
 542     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 543     gmx_gpu_setup()
 544 endif(GMX_GPU)
 545
 546 if(APPLE)
 547    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 548    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 549 endif(APPLE)
 550
 551 if(CYGWIN)
 552     set(GMX_CYGWIN 1)
 553 endif(CYGWIN)
 554
 555 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 556     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 557 endif()
 558
 559 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 560 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 561     if(USE_VERSION_H)
 562         # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 563         # found or the version is too small, we can't generate version information.
 564         find_package(Git)
 565
 566         # Find out the git version
 567         if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 568           execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 569             OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 570             OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 571           string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 572           set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 573           mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 574         endif()
 575
 576         if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 577           message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 578           set(USE_VERSION_H OFF)
 579         endif()
 580     endif()
 581 else()
 582     set(USE_VERSION_H OFF)
 583 endif()
 584
 585 ########################################################################
 586 # Generate development version info for cache
 587 ########################################################################
 588 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 589 # include(gmxGenerateVersionString)
 590
 591 ########################################################################
 592 # Our own GROMACS tests
 593 ########################################################################
 594
 595 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 596 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 597 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/include)
 598 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 599
 600 include(gmxTestInlineASM)
 601 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 602
 603 include(gmxSetBuildInformation)
 604 gmx_set_build_information()
 605 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 606     # The timestep counter headers do not include config.h
 607     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 608 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 609
 610 include(gmxTestFloatFormat)
 611 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 612                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 613                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 614
 615 include(gmxTestLargeFiles)
 616 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 617
 618 include(gmxTestSignal)
 619 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 620
 621 include(gmxTestInline)
 622 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 623
 624 include(gmxTestRestrict)
 625 gmx_test_restrict(RESTRICT_KEYWORD)
 626
 627 include(gmxTestPipes)
 628 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 629
 630 include(gmxTestIsfinite)
 631 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 632 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 633 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 634
 635 include(gmxTestXDR)
 636 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 637 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 638     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 639     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 640 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 641
 642 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 643 string(TOUPPER ${GMX_CPU_ACCELERATION} ${GMX_CPU_ACCELERATION})
 644 if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 645     # nothing to do
 646 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 647
 648     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" GROMACS_C_FLAGS)
 649     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG)
 650         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_C_FLAGS)
 651     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG)
 652
 653     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 654         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 655         if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG)
 656             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 657         endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG)
 658     endif()
 659
 660     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 661
 662     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 663     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 664
 665     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 666         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 667     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 668
 669     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE2 1)
 670     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 671     set(GMX_X86_SSE2 1)
 672     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 673       message(STATUS "Enabling SSE2 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 674     endif()
 675
 676 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 677
 678     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" GROMACS_C_FLAGS)
 679     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG)
 680         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" GROMACS_C_FLAGS)
 681     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG)
 682     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 683         message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or disable SSE4.1 for slightly lower performance.")
 684         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 685         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 686         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_C_FLAGS)
 687     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 688
 689     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 690         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" GROMACS_CXX_FLAG)
 691         if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG)
 692             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" GROMACS_CXX_FLAGS)
 693         endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG)
 694         if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 695             message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or disable SSE4.1 for slightly lower performance.")
 696             # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 697             # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 698             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 699         endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 700     endif()
 701
 702     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 703     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 704
 705     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 706         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 707     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 708
 709     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE4_1 1)
 710     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 711     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 712     set(GMX_X86_SSE2   1)
 713     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 714       message(STATUS "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 715     endif()
 716
 717 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 718
 719     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 720
 721     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" GROMACS_C_FLAGS)
 722     if (NOT GNU_AVX_CFLAG)
 723         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" GROMACS_C_FLAGS)
 724     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG)
 725     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 726         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 727     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 728
 729     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 730         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" GROMACS_CXX_FLAGS)
 731         if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG)
 732             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" GROMACS_CXX_FLAGS)
 733         endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG)
 734         if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 735             message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 736         endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 737     endif()
 738
 739     # Set the FMA4 flags (MSVC doesn't require any)
 740     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" AND NOT MSVC)
 741         GMX_TEST_CFLAG(GNU_FMA_CFLAG "-mfma4" GROMACS_C_FLAGS)
 742         if (NOT GNU_FMA_CFLAG)
 743             message(WARNING "No C FMA4 flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 744         endif(NOT GNU_FMA_CFLAG)
 745         GMX_TEST_CFLAG(GNU_XOP_CFLAG "-mxop" GROMACS_C_FLAGS)
 746         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 747         if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 748             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_FMA_CXXFLAG "-mfma4" GROMACS_CXX_FLAGS)
 749             if (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 750                 message(WARNING "No C++ FMA flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 751             endif (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 752             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_XOP_CXXFLAG "-mxop" GROMACS_CXX_FLAGS)
 753             # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 754         endif()
 755     endif()
 756
 757     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 758     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 759
 760     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 761         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 762     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 763
 764     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 765         try_compile(TEST_AVX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 766             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestAVX.c"
 767             COMPILE_DEFINITIONS "${GROMACS_C_FLAGS}")
 768         if(NOT TEST_AVX)
 769             message(FATAL_ERROR "Cannot compile AVX intrinsics. Consider switching compiler.")
 770         endif()
 771     endif()
 772
 773     # GCC requires x86intrin.h for FMA support. MSVC 2010 requires intrin.h for FMA support.
 774     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 775     check_include_file(intrin.h HAVE_INTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 776
 777     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 778     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 779     set(GMX_X86_SSE2   1)
 780
 781     # But just enable one of the choices internally...
 782     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 783         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_128_FMA 1)
 784         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 785         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 786           message(STATUS "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add), and it will help compiler optimization.")
 787         endif()
 788     else()
 789         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 790         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_256 1)
 791         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 792         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 793           message(STATUS "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 794         endif()
 795     endif()
 796
 797 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 798
 799 #    Fortran is temporarily disabled while we push in nbNxN kernels.
 800 #    We need to fake it a bit here to avoid jenkins build errors!
 801 #    add_definitions(-DGMX_FORTRAN)
 802
 803 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 804 # GMX_CPU_ACCELERATION=BlueGene should be set in the Toolchain-BlueGene?-???.cmake file
 805     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 806       message(STATUS "Configuring for BlueGene")
 807     endif()
 808     set(GMX_BLUEGENE 1)
 809     if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 810         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 811         set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 812     endif (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 813     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 814     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 815     set(GMX_X11 OFF CACHE BOOL "X11 not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 816     set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL "Thread-MPI not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 817     set(GMX_MPI ON CACHE BOOL "Use MPI on BlueGene" FORCE)
 818 # Access to /etc/passwd is not available on the back end of BlueGene,
 819 # despite being detected by CMake. This can cause linker warnings
 820 # about harmless things in src/gmxlib/string2.h.
 821     set(HAVE_PWD_H OFF)
 822 # The automatic testing for endianness does not work for the BlueGene cross-compiler
 823     set(GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER 1 CACHE INTERNAL "BlueGene has big endian FP byte order (by default)" FORCE)
 824     set(GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER 1 CACHE INTERNAL "BlueGene has big endian FP word order (by default)" FORCE)
 825 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 826     set(GMX_POWER6 1)
 827     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on Power6" FORCE)
 828     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on Power6" FORCE)
 829 else(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 830     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_CPU_ACCELERATION}. Pick one of None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, Fortran, BlueGene, Power6")
 831 endif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 832 set(ACCELERATION_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 833
 834 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 835     if (GMX_THREAD_MPI)
 836         message(FATAL_ERROR "FORTRAN/POWER6 is incompatible with thread-MPI and only provides a speed-up on certain IBM compilers. Disable FORTRAN (or threads if you really want to use FORTRAN kernels).")
 837     endif(GMX_THREAD_MPI)
 838     enable_language(Fortran)
 839     include(FortranCInterface)
 840     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 841     if(extra_under_score)
 842         set(extrasuffix "_")
 843     endif(extra_under_score)
 844     if(prefix)
 845       set(prefix "${prefix} ##")
 846     endif(prefix)
 847     if(suffix)
 848       set(suffix "## ${suffix}")
 849       if(extrasuffix)
 850         set(extrasuffix "${suffix}${extrasuffix}")
 851       endif(extrasuffix)
 852     else(suffix)
 853       if(extrasuffix)
 854         # Don't know if this is needed, but it can't hurt
 855         set(extrasuffix "## ${extrasuffix}")
 856       endif(extrasuffix)
 857     endif(suffix)
 858
 859     if(isupper)
 860         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} NAME ${suffix}")
 861         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} NAME ${extrasuffix}")
 862     else(isupper)
 863         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} name ${suffix}")
 864         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} name ${extrasuffix}")
 865     endif(isupper)
 866 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 867         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 868         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 869 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 870
 871 # Process QM/MM Settings
 872 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 873 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 874     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 875 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 876     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 877 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 878     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 879 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 880     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 881 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 882     # nothing to do
 883 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 884     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 885 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 886
 887 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 888 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 889 set(PKG_FFT "")
 890 set(PKG_FFT_LIBS "")
 891 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 892     if(GMX_DOUBLE)
 893         set(FFTW fftw)
 894     else()
 895         set(FFTW fftwf)
 896     endif()
 897
 898     if(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 899       add_subdirectory(src/contrib/fftw)
 900     else()
 901       find_package(FFTW COMPONENTS ${FFTW})
 902     endif()
 903
 904     string(TOUPPER "${FFTW}" FFTW)
 905     set(PKG_FFT "${${FFTW}_PKG}")
 906     include_directories(${${FFTW}_INCLUDE_DIRS})
 907     set(FFT_LIBRARIES ${${FFTW}_LIBRARIES})
 908     if(NOT ${FFTW}_FOUND)
 909       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for single-precision GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS). Either choose the right precision, choose another FFT(W) library, enable the advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you, or use the really slow GROMACS built-in fftpack library.")
 910     endif()
 911
 912     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 913
 914     if (NOT ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE" AND NOT ${FFTW}_HAVE_SIMD)
 915       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SIMD support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 916     endif()
 917
 918 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 919 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 920     find_package(MKL REQUIRED)
 921     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 922     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 923     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
 924
 925     set(GMX_FFT_MKL 1)
 926     set(HAVE_MKL 1)
 927
 928 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 929 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 930 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 931 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 932     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 933     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 934 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 935     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
 936 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 937
 938 # enable threaded fftw3 if we've found it
 939 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
 940     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
 941 endif()
 942
 943 set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 944 set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 945 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 946 if(NOT HAVE_MKL AND NOT ACCELERATE_FRAMEWORK)
 947   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 948     if (GMX_BLAS_USER)
 949         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
 950     else(GMX_BLAS_USER)
 951         set(BLAS_FIND_QUIETLY ON)
 952         find_package(BLAS)
 953         if (BLAS_FOUND)
 954           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
 955         else()
 956           MESSAGE(STATUS "Using internal BLAS library")
 957           set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in" FORCE)
 958         endif()
 959     endif(GMX_BLAS_USER)
 960   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 961   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 962     if (GMX_LAPACK_USER)
 963         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
 964     else(GMX_LAPACK_USER)
 965         set(LAPACK_FIND_QUIETLY ON)
 966         find_package(LAPACK)
 967         if (LAPACK_FOUND)
 968           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
 969         else()
 970           MESSAGE(STATUS "Using internal LAPACK library")
 971           set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in" FORCE)
 972         endif()
 973     endif(GMX_LAPACK_USER)
 974   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 975 endif()
 976 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 977 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 978
 979 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
 980
 981 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
 982   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
 983     # Native Windows does not have, nor need dlopen
 984     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
 985     include(gmxTestdlopen)
 986     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
 987   endif()
 988
 989   # so, should we use plug-ins?
 990   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
 991     if(NOT VMD_QUIETLY)
 992       MESSAGE(STATUS
 993           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
 994           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
 995           "formats).")
 996     endif()
 997     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
 998       find_package(VMD)
 999     endif()
1000     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
1001     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
1002     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
1003   else()
1004     set(PKG_DL_LIBS)
1005   endif()
1006 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
1007 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1008
1009 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
1010     if(NOT CMAKE_CROSSCOMPILING)
1011         option(GMX_BUILD_MANPAGES "Build man pages" ON)
1012     else()
1013         message(STATUS "Building the man pages is not available when "
1014             "cross-compiling the developer version from git")
1015     endif()
1016 else()
1017     #make sure source package contains all man pages
1018     if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/man/man1/ngmx.1")
1019         message(FATAL_ERROR "Man pages are missing from source package.")
1020     endif()
1021 endif()
1022 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANPAGES)
1023
1024 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1025 if(HAVE_LIBM)
1026     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1027 endif(HAVE_LIBM)
1028
1029 if(GMX_FAHCORE)
1030   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1031       "Path to swindirect.h")
1032   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1033 endif(GMX_FAHCORE)
1034
1035 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1036 # these are set after everything else
1037 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
1038     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
1039         FORCE)
1040     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
1041         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
1042     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1043         set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
1044             "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
1045     endif()
1046     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
1047         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
1048         CACHE STRING "Linker flags for creating executables" FORCE)
1049     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS
1050         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}"
1051         CACHE STRING "Linker flags for creating shared libraries" FORCE)
1052 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
1053
1054 if(NOT GMX_OPENMP)
1055     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
1056     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
1057     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
1058     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
1059     unset(OpenMP_LINKER_FLAGS CACHE)
1060     unset(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
1061 endif()
1062
1063 ######################################
1064 # Output compiler and CFLAGS used
1065 ######################################
1066 get_compiler_info(C BUILD_C_COMPILER BUILD_CFLAGS)
1067 if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1068     get_compiler_info(CXX BUILD_CXX_COMPILER BUILD_CXXFLAGS)
1069 endif ()
1070
1071 ########################################################################
1072 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
1073 ########################################################################
1074 if (GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
1075     set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
1076     mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
1077 else()
1078     set(GMX_INSTALL_PREFIX "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/")
1079 endif()
1080
1081 if ( NOT DEFINED GMXLIB )
1082     set(GMXLIB lib)
1083 endif()
1084 set(LIB_INSTALL_DIR "${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMXLIB}")
1085 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1086 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/gromacs)
1087 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1088 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1089
1090 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1091
1092 ##################################################################
1093 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
1094 ##################################################################
1095 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1096     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1097     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1098     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1099     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1100 endif()
1101
1102 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
1103 #Simpler to always install.
1104 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
1105
1106 add_subdirectory(share)
1107 add_subdirectory(include)
1108 add_subdirectory(src)
1109 add_subdirectory(scripts)
1110
1111 # issue GPU acceleration/CUDA-related warning or error if GMX_GPU was set
1112 # Auto and NVIDIA GPUs were detected.
1113 if (CUDA_NOTFOUND_AUTO AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
1114     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
1115     unset(CUDA_NOTFOUND_AUTO)
1116     unset(CUDA_NOTFOUND_MESSAGE)
1117 endif()
1118 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
1119
1120 #######################
1121 ## uninstall target
1122 #######################
1123     CONFIGURE_FILE(
1124                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1125                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1126                    IMMEDIATE @ONLY)
1127 ###########################
1128 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1129                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1130                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1131 ###########################
1132
1133 ########################################################################
1134 # Tests                                                                #
1135 ########################################################################
1136
1137 include(CTest)
1138 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
1139 IF(BUILD_TESTING)
1140         enable_testing()
1141         add_subdirectory(tests)
1142 ENDIF()
1143