Merge "Improved error message" into release-4-5-patches
[alexxy/gromacs.git] / CMakeLists.txt
1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
2
3 project(Gromacs)
4 include(Dart)
5 mark_as_advanced(DART_ROOT)
6
7 # PROJECT_VERSION should have the following structure: 
8 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
9 #
10 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish 
11 # between a build from official release and a build from git release branch on a 
12 # machine with no git. 
13 #
14 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
15 set(PROJECT_VERSION "4.5.5-dev")
16 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
17     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
18 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
19 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
20     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
21 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
22 set(SOVERSION 6)
23 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
24 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
25 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "5")
26 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "5")
27
28
29 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
30 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
31
32 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT)
33 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
34 endif()
35
36 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
37     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
38 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
39
40 enable_language(C)
41
42 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
43 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
44 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
45 set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
46 set(CPACK_INCLUDE_TOPLEVEL_DIRECTORY 0)
47 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
48 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
49 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallLicense.txt")
50 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
51
52 #must come after all cpack settings!
53 include(CPack)
54
55 ########################################################################
56 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
57 ########################################################################
58 if(CMAKE_HOST_UNIX)
59     execute_process(COMMAND hostname
60                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
61                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
62     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
63         message(WARNING "
64             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
65             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
66             recommended to regenerate the cache!")
67     endif()
68     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
69             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
70 endif()
71
72 ########################################################################
73 # Fix stupid flags on MSVC
74 ########################################################################
75 SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON) 
76 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
77     if (MSVC)
78       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
79       SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
80       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
81       SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
82     endif (MSVC)
83     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)        
84 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
85
86 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
87
88
89
90 ######################################################################
91 # compiler tests
92 # these need ot be done early (before further tests).
93 #####################################################################
94
95 include(CheckCCompilerFlag)
96 include(CheckCXXCompilerFlag)
97
98 include(gmxCFlags)
99 gmx_c_flags()
100
101 ########################################################################
102 # User input options                                                   #
103 ########################################################################
104 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
105 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
106 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (thread-based) version of GROMACS (cannot be combined with MPI yet)" ON)
107 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
108 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
109 option(GMX_POWERPC_INVSQRT "Use PowerPC hardware 1/sqrt" OFF)
110 mark_as_advanced(GMX_POWERPC_INVSQRT)
111 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
112 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
113 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
114 set(GMX_ACCELERATION "auto" 
115     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran")
116
117 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3" 
118     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
119 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE 
120        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
121 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
122 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none" 
123     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
124 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
125 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
126 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
127 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
128 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
129 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
130 mark_as_advanced(GMX_DLOPEN)
131
132
133 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
134 mark_as_advanced(GMX_IA32_ASM)
135 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
136 mark_as_advanced(GMX_X86_64_ASM)
137
138 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
139 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
140
141 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
142
143 if(UNIX AND NOT APPLE)
144     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer \".a\" static archives (NOTE: this is enabled only for UNIX (excluding APPLE) platforms but it might not always work!" OFF)
145     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
146 endif()
147
148 ########################################################################
149 # Set up binary and library suffixing 
150 ########################################################################
151 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
152 set(GMX_LIBS_SUFFIX "" 
153   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
154 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
155   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
156   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
157   if (GMX_MPI)
158     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
159     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
160   endif(GMX_MPI)
161   if (GMX_DOUBLE)
162     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
163     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
164   endif(GMX_DOUBLE)
165   if (GMX_OPENMM)
166     set (GMX_BINARY_SUFFIX "-gpu")
167     set (GMX_LIBS_SUFFIX "_gpu")
168   endif(GMX_OPENMM)
169   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
170   message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")    
171   message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"") 
172 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
173   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
174   message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")    
175   message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
176 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
177
178 set(PKG_CFLAGS "")
179 if(GMX_DOUBLE)
180     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
181 endif(GMX_DOUBLE)
182 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
183   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
184 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
185 if(GMX_POWERPC_INVSQRT)
186   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_POWERPC_INVSQRT")
187 endif(GMX_POWERPC_INVSQRT)
188
189 ########################################################################
190 #Process MPI settings
191 ########################################################################
192 include(CheckCSourceCompiles) # for gmxTestMPI_IN_PLACE
193 if(GMX_MPI)
194     if(GMX_THREADS)
195         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
196         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL 
197             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
198     endif(GMX_THREADS)
199     find_package(MPI)
200     if(MPI_FOUND)
201         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
202         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
203         
204         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
205         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
206         if(GMX_FAHCORE)
207             add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
208         endif(GMX_FAHCORE)
209         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
210         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
211             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
212         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
213
214         # test for unsuitable versions of OpenMPI
215         exec_program(${MPIEXEC}
216           ARGS --version
217           OUTPUT_VARIABLE MPI_TYPE
218           RETURN_VALUE MPI_EXEC_RETURN)
219         if(MPI_EXEC_RETURN EQUAL 0)
220           if(MPI_TYPE MATCHES "Open MPI|OpenRTE")
221             string(REGEX MATCH "[0-9]+\\.[0-9]*\\.?[0-9]*" MPI_VERSION ${MPI_TYPE})
222             if(MPI_VERSION VERSION_LESS "1.4.1")
223               MESSAGE(WARNING "
224             There are known problems with OpenMPI version < 1.4.1.
225             Please consider updating your OpenMPI.")
226             endif(MPI_VERSION VERSION_LESS "1.4.1")
227             unset(MPI_VERSION)
228           else(MPI_TYPE MATCHES "Open MPI|OpenRTE")
229             # This is not OpenMPI, so give the old generic warning message
230             MESSAGE(WARNING "
231             There are known problems with some MPI implementations:
232                      MVAPICH2 version <= 1.4.1
233             Please consider updating your MPI if applicable.")
234           endif(MPI_TYPE MATCHES "Open MPI|OpenRTE")
235           unset(MPI_TYPE)
236         endif(MPI_EXEC_RETURN EQUAL 0)
237     else(MPI_FOUND)
238         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
239     endif(MPI_FOUND)
240     include(gmxTestCatamount)
241     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
242     if(GMX_CRAY_XT3)
243         set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_CRAY_XT3")
244         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
245         set(GMX_NO_NICE 1)
246     endif(GMX_CRAY_XT3)
247     set(GMX_LIB_MPI 1)
248     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_LIB_MPI")
249 endif(GMX_MPI)
250
251
252 #######################################################################
253 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
254 #######################################################################
255 if(GMX_OPENMM)
256     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
257     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
258     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
259     if(NOT ${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
260         message(STATUS "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to fftpack!")
261         set(GMX_FFT_LIBRARY "fftpack" CACHE STRING 
262                 "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to  fftpack!" FORCE)
263     endif()
264     if(GMX_MPI)
265         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
266     endif(GMX_MPI)
267     if(GMX_THREADS)
268         message(STATUS "Threads are  not compatible with OpenMM build, disabled!")
269         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL 
270                 "Threads are not compatible with OpenMM build, disabled!" FORCE)
271     endif(GMX_THREADS)
272     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
273         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE STRING 
274                 "The OpenMM build does not need GROMACS software 1/sqrt!" FORCE)
275     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
276     string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} GMX_ACCELERATION)
277     if(NOT GMX_ACCELERATION STREQUAL "NONE")
278         message(STATUS "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!")     
279         set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING 
280                 "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!" FORCE)
281     endif()
282     if(GMX_FAHCORE)
283         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
284     endif(GMX_FAHCORE)
285     if(GMX_DOUBLE)
286         message(FATAL_ERROR  "The OpenMM-build does not support double precision calculations!")
287     endif()
288     # mark as advanced the unused variables
289     mark_as_advanced(FORCE GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY 
290         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREADS GMX_DOUBLE)
291 else(GMX_OPENMM)
292      mark_as_advanced(CLEAR GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY 
293         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREADS GMX_DOUBLE)   
294 endif(GMX_OPENMM)
295
296
297 ########################################################################
298 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
299 ########################################################################
300 include(CheckIncludeFiles)
301 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
302 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
303 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
304 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
305 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
306 check_include_files(direct.h     HAVE_DIRECT_H)
307 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
308 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
309 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
310 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
311 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
312 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
313 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
314 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
315 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
316 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
317 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
318 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
319 # SSE support
320 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
321 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
322 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
323 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
324 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
325
326
327 include(CheckFunctionExists)
328 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
329 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
330 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
331 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
332 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
333 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
334 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
335 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
336 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
337 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
338 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
339 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
340 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
341 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
342
343 include(CheckLibraryExists)
344 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
345 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
346
347
348 include(CheckTypeSize)
349
350 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
351 check_type_size("int"           SIZEOF_INT) 
352 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT) 
353 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT) 
354 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
355 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
356
357 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
358     set(GMX_64_BIT TRUE)
359 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
360     set(GMX_64_BIT FALSE)
361 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
362
363 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present 
364 check_type_size(uid_t uid_t)
365 if(NOT uid_t)
366   set(uid_t int)
367 else(NOT uid_t)
368   set(uid_t 0)
369 endif(NOT uid_t)
370
371 check_type_size(gid_t gid_t)
372 if(NOT gid_t)
373   set(gid_t 1)
374 else(NOT gid_t)
375   set(gid_t 0)
376 endif(NOT gid_t)
377
378 check_type_size(size_t size_t)
379 if(NOT size_t)
380   set(size_t int)
381 else(NOT size_t)
382   set(size_t 0)
383 endif(NOT size_t)
384
385 check_type_size(off_t off_t)
386 if(NOT off_t)
387   set(off_t int)
388 else(NOT off_t)
389   set(off_t 0)
390 endif(NOT off_t)
391
392 include(TestBigEndian)
393 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
394
395
396
397
398 ########################################################################
399 # Find external packages                                               #
400 ########################################################################
401 if(UNIX AND NOT APPLE)
402     if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
403         SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES .a ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
404         if(BUILD_SHARED_LIBS)
405             message(WARNING "Static libraries requested, the GROMACS libraries will also be build static (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
406             set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" FORCE)
407         endif()
408     endif()
409 endif()
410
411 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files" ON)
412 if (GMX_XML)
413   find_package(LibXml2)
414   set(PKG_XML "")
415   if(LIBXML2_FOUND)
416     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
417     set(PKG_XML libxml-2.0)
418     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
419     set(HAVE_LIBXML2 1)
420   endif(LIBXML2_FOUND)
421 endif(GMX_XML)
422
423 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
424 if (GMX_GSL)
425   find_package(gsl)
426   set(PKG_GSL "")
427   if(GSL_FOUND)
428     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
429     set(PKG_GSL gsl)
430     set(HAVE_LIBGSL 1)
431   endif(GSL_FOUND)
432 endif (GMX_GSL)
433
434 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
435 if (GMX_X11)
436         find_package(X11)
437         # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
438         if(X11_FOUND)
439         set(HAVE_X11 1)
440         endif(X11_FOUND)
441 endif(GMX_X11)
442
443 if(GMX_THREADS)
444     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREADS")
445     include(ThreadMPI)
446     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
447     set(GMX_MPI 1)
448     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
449     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
450         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
451     endif()
452 endif(GMX_THREADS)
453
454 if(GMX_OPENMM)
455     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
456     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
457     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
458     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")    
459         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
460     endif()
461     find_package(OpenMM) 
462 endif(GMX_OPENMM)
463
464 if(APPLE)
465    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
466    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
467 endif(APPLE)
468
469 if(CYGWIN)
470     set(GMX_CYGWIN 1)
471 endif(CYGWIN)
472
473 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
474 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
475     if(USE_VERSION_H)
476         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not 
477         # fund or the version is too small, we can't generate version information.
478         find_package(Git 1.5.1)
479         # this should at some point become VERSION_LESS
480         if(NOT Git_FOUND OR Git_VERSION STRLESS "1.5.1")
481             message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
482             set(USE_VERSION_H OFF)
483         endif()
484     endif()
485 else()
486     set(USE_VERSION_H OFF)
487 endif()
488
489 if (GMX_DLOPEN)
490     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS})
491     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
492 else(GMX_DLOPEN)
493     set(PKG_DL_LIBS)
494 endif (GMX_DLOPEN)
495
496 ########################################################################
497 # Generate development version info for cache
498 ########################################################################
499 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
500 # include(gmxGenerateVersionString)
501
502 ########################################################################
503 # Our own GROMACS tests
504 ########################################################################
505
506 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
507 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
508 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
509
510 include(gmxCheckBuildUserTime)
511 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
512
513 include(gmxTestFloatFormat)
514 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754 
515                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
516                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
517
518 include(gmxTestLargeFiles)
519 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
520 check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
521
522 include(gmxTestSignal)
523 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
524 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
525
526 include(gmxTestInline)
527 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
528
529 include(gmxTestRestrict)
530 gmx_test_inline(RESTRICT_KEYWORD)
531
532 include(gmxTestPipes)
533 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
534
535 include(gmxTestIsfinite)
536 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
537 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
538 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
539
540 include(gmxTestInlineASM)
541 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
542 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
543
544 # turn on SSE if supported with reasonable defaults.
545 if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
546   if(CMAKE_SYSTEM_PROCESSOR MATCHES "^(i.86|x86|x64|x86_64|AMD64|amd64)" OR CYGWIN)
547
548     set(GMX_ACCELERATION "SSE" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran" FORCE)
549     
550     # Determine the assembler/compiler to use
551   else()
552     set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran" FORCE)
553   endif()
554 endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
555
556 include(gmxTestXDR)
557 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
558 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
559     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
560     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
561 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
562
563 # Process nonbonded accelerated kernels settings
564 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
565 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
566   # nothing to do
567 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
568     
569     if (GMX_64_BIT)
570       set(GMX_X86_64_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for x86_64" FORCE)
571     else (GMX_64_BIT)
572       set(GMX_IA32_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for i386" FORCE)
573     endif (GMX_64_BIT)
574
575     if(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
576       option(GMX_ASM_USEASM-NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" ON)
577     else()
578       option(GMX_ASM_USEASM-NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" OFF)
579     endif()
580         mark_as_advanced(GMX_ASM_USEASM-NASM)
581
582     if (NOT GMX_64_BIT)
583         # for 32-bit compiles, we might need to turn on sse 
584         CHECK_C_COMPILER_FLAG("-msse2" XFLAGS_SSE)
585         if (XFLAGS_SSE)
586             set(GROMACS_C_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_C_FLAGS}")
587         endif (XFLAGS_SSE)
588         CHECK_CXX_COMPILER_FLAG("-msse2" XXFLAGS_SSE)
589         if (XXFLAGS_SSE)
590             set(GROMACS_CXX_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
591         endif (XXFLAGS_SSE)
592     endif (NOT GMX_64_BIT)
593
594     if(GMX_IA32_ASM)
595       if(GMX_DOUBLE)
596         set(GMX_IA32_SSE2 1)
597       else()
598        set(GMX_IA32_SSE 1)
599       endif()
600     elseif(GMX_X86_64_ASM)
601       if(GMX_DOUBLE)
602        set(GMX_X86_64_SSE2 1)
603       else()
604         set(GMX_X86_64_SSE 1)
605       endif()
606     endif()
607
608 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
609 #        set(GMX_SSE3 1)
610 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
611 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
612 #        set(GMX_SSE4_1 1)
613 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
614
615 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
616     set(GMX_FORTRAN 1)
617     #these are switch on by default sometimes
618     set(GMX_IA32_ASM 0)
619     set(GMX_GMX_X86_64_ASM 0)
620 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
621 # GMX_ACCELERATION=BlueGene should be set in the Toolchain-BlueGene?-???.cmake file
622     message(STATUS "Configuring for BlueGene")
623     set(GMX_BLUEGENE 1)
624     if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
625         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
626         set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
627     endif (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
628     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
629     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
630     set(GMX_X11 OFF CACHE BOOL "X11 not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
631     set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL "Threads not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
632     set(GMX_MPI ON CACHE BOOL "Use MPI on BlueGene" FORCE)
633 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
634     set(GMX_POWER6 1)
635     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on Power6" FORCE)
636     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on Power6" FORCE)
637 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
638     set(GMX_IA64_ASM 1)
639     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
640     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
641 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
642     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
643     if(HAVE_ALTIVEC_H)
644         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
645     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
646 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
647     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of auto, none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
648 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
649
650 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
651     if (GMX_THREADS)
652         message(FATAL_ERROR "FORTRAN/POWER6 is incompatible with threads and only provides a speed-up on certain IBM compilers. Disable FORTRAN (or threads if you really want to use FORTRAN kernels).")
653     endif(GMX_THREADS)
654     enable_language(Fortran)
655     include(FortranCInterface)
656     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
657     if(extra_under_score)
658         set(extrasuffix "_")
659     endif(extra_under_score)
660     if(prefix)
661       set(prefix "${prefix} ##")
662     endif(prefix)
663     if(suffix)
664       set(suffix "## ${suffix}")
665       if(extrasuffix)
666         set(extrasuffix "${suffix}${extrasuffix}")
667       endif(extrasuffix)
668     else(suffix)
669       if(extrasuffix)
670         # Don't know if this is needed, but it can't hurt
671         set(extrasuffix "## ${extrasuffix}")
672       endif(extrasuffix)
673     endif(suffix)
674
675     if(isupper)
676         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} NAME ${suffix}")
677         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} NAME ${extrasuffix}")
678     else(isupper)
679         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} name ${suffix}")
680         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} name ${extrasuffix}")
681     endif(isupper)
682 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
683         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
684         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
685 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
686
687 # Process QM/MM Settings
688 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
689 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
690     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
691 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
692     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
693 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
694     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
695 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
696     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
697 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
698     # nothing to do
699 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
700     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
701 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
702
703 # Process FFT library settings - if not OpenMM build 
704 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
705 set(PKG_FFT "")
706 set(PKG_FFT_LIBS "")
707 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
708 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
709     if(GMX_DOUBLE)
710         find_package(FFTW3 REQUIRED)
711                 include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
712         set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
713         set(PKG_FFT "fftw3")
714     else(GMX_DOUBLE)
715         find_package(FFTW3F REQUIRED)
716         include_directories(${FFTW3F_INCLUDE_DIR})
717         set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3F_LIBRARIES})
718         set(PKG_FFT "fftw3f")
719     endif(GMX_DOUBLE)
720
721     if(NOT FFTW3_FOUND AND NOT FFTW3F_FOUND)
722         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
723     endif(NOT FFTW3_FOUND AND NOT FFTW3F_FOUND)
724
725     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
726
727 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
728 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
729     if(GMX_DOUBLE)
730         find_package(FFTW2 REQUIRED)
731     else(GMX_DOUBLE)
732         find_package(FFTW2F REQUIRED)
733     endif(GMX_DOUBLE)
734
735     if(NOT FFTW2_FOUND)
736            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
737     endif(NOT FFTW2_FOUND)
738     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
739     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
740     set(PKG_FFT_LIBS ${FFTW2_LIBRARIES})
741
742     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
743         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
744     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
745         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
746     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
747         set(FFTW2_NAME_FFTW 1) 
748     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
749
750     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
751 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
752 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
753     find_package(MKL REQUIRED)
754     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
755     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
756     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
757
758     set(GMX_FFT_MKL 1)
759     set(HAVE_MKL 1)
760
761 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
762 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
763 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
764 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
765     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
766     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
767 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
768     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
769 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
770
771 # MKL has BLAS/LAPACK routines
772 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
773   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
774   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
775 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
776   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in") 
777   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in") 
778   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
779     #FindBLAS needs Fortran
780     enable_language(Fortran)
781     if (GMX_BLAS_USER)
782         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
783     else(GMX_BLAS_USER)
784         find_package(BLAS REQUIRED)
785         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
786     endif(GMX_BLAS_USER)
787   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
788   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
789     #FindLAPACK needs Fortran
790     enable_language(Fortran)
791         if (GMX_LAPACK_USER)
792         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
793         else(GMX_LAPACK_USER)
794         find_package(LAPACK REQUIRED)
795         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
796     endif(GMX_LAPACK_USER)
797   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
798 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
799 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
800 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
801
802 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
803 if(HAVE_LIBM)
804     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
805 endif(HAVE_LIBM)
806
807 if(GMX_FAHCORE)
808   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING 
809       "Path to swindirect.h")
810   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
811 endif(GMX_FAHCORE)
812
813 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
814 # these are set after everything else
815 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
816     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags" 
817         FORCE)
818     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING 
819         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
820     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING 
821         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
822     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS 
823         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}" 
824         CACHE STRING "Linker flags" FORCE) 
825 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
826
827 ########################################################################
828 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
829 ########################################################################
830 if ( DEFINED GMXLIB )
831     set(LIB_INSTALL_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${GMXLIB}")
832 else()
833     set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
834 endif()
835 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
836 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
837 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
838 set(INCL_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
839
840 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
841
842 ##################################################################
843 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
844 ##################################################################
845 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
846     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
847     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
848     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "${LIB_INSTALL_DIR}")
849     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
850 endif()
851
852 add_subdirectory(share)
853 add_subdirectory(include)
854 add_subdirectory(man)
855 add_subdirectory(src)
856 add_subdirectory(scripts)
857
858 #######################
859 ## uninstall target
860 #######################
861     CONFIGURE_FILE(
862                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
863                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
864                    IMMEDIATE @ONLY)
865 ###########################
866 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
867                   "${CMAKE_COMMAND}" -P 
868                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
869 ###########################
870
871
872 ########################################################################
873 # Tests                                                                #
874 ########################################################################
875
876 include(CTest)
877 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
878 IF(BUILD_TESTING)
879         enable_testing()
880         add_subdirectory(tests)
881 ENDIF()
882