CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
   2 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
   3 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
   4
   5 project(Gromacs)
   6 include(Dart)
   7 mark_as_advanced(DART_ROOT)
   8
   9 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  10 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  11 #
  12 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  13 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  14 # machine with no git.
  15 #
  16 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  17 set(PROJECT_VERSION "4.6-dev")
  18 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  19     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  20 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  21 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  22     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  23 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  24 set(SOVERSION 6)
  25 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  26 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
  27 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "6")
  28 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  29
  30
  31 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  32 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  33
  34 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT)
  35 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  36 endif()
  37
  38 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  39     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
  40 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  41
  42 enable_language(C)
  43
  44 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
  45 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  46 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  47 set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
  48 set(CPACK_INCLUDE_TOPLEVEL_DIRECTORY 0)
  49 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  50 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  51 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallLicense.txt")
  52 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  53
  54 #must come after all cpack settings!
  55 include(CPack)
  56
  57 ########################################################################
  58 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
  59 ########################################################################
  60 if(CMAKE_HOST_UNIX)
  61     execute_process(COMMAND hostname
  62                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
  63                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
  64     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
  65         message(WARNING "
  66             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
  67             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
  68             recommended to regenerate the cache!")
  69     endif()
  70     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
  71             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
  72 endif()
  73
  74 ########################################################################
  75 # Fix stupid flags on Windows
  76 ########################################################################
  77 SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
  78 IF( MSVC )
  79     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  80     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  81     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  82     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  83     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
  84 ENDIF()
  85
  86 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN AND CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
  87     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  88     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  89     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  90     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  91     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
  92 ENDIF()
  93
  94 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  95
  96 ########################################################################
  97 # User input options                                                   #
  98 ########################################################################
  99 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 100 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 101 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 102 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 103 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 104 option(GMX_POWERPC_INVSQRT "Use PowerPC hardware 1/sqrt" OFF)
 105 mark_as_advanced(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 106 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 107 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 108 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
 109 set(GMX_ACCELERATION "auto"
 110     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran")
 111
 112 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
 113     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
 114 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 115        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
 116 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 117 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
 118     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
 119 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 120 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 121 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 122 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 123 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 124 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 125 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 126
 127
 128 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
 129 mark_as_advanced(GMX_IA32_ASM)
 130 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
 131 mark_as_advanced(GMX_X86_64_ASM)
 132
 133 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based mutithreading. " ON)
 134
 135 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
 136 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
 137
 138 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
 139
 140 if(UNIX AND NOT APPLE)
 141     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer \".a\" static archives (NOTE: this is enabled only for UNIX (excluding APPLE) platforms but it might not always work!" OFF)
 142     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 143 endif()
 144
 145
 146 ######################################################################
 147 # compiler tests
 148 # these need ot be done early (before further tests).
 149 #####################################################################
 150
 151 # cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake are lifted from CMake git next
 152 # branch (proposed for v2.8.9) to be able to detect invalid options
 153 # with the Intel Compilers.
 154 # Remove these files from the source tree when a CMake version that
 155 # includes the features in question becomes required.
 156 include(CheckCCompilerFlag)
 157 include(CheckCXXCompilerFlag)
 158
 159 include(gmxCFlags)
 160 gmx_c_flags()
 161
 162
 163 ########################################################################
 164 # Set up binary and library suffixing
 165 ########################################################################
 166 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 167 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
 168   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 169 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 170   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
 171   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
 172   if (GMX_MPI)
 173     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
 174     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
 175   endif(GMX_MPI)
 176   if (GMX_DOUBLE)
 177     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
 178     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
 179   endif(GMX_DOUBLE)
 180   if (GMX_OPENMM)
 181     set (GMX_BINARY_SUFFIX "-gpu")
 182     set (GMX_LIBS_SUFFIX "_gpu")
 183   endif(GMX_OPENMM)
 184   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 185   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 186     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 187     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 188   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 189 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 190   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 191   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 192     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 193     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 194   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 195 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 196 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 197
 198 set(PKG_CFLAGS "")
 199 if(GMX_DOUBLE)
 200     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 201 endif(GMX_DOUBLE)
 202 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 203   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 204 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 205 if(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 206   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_POWERPC_INVSQRT")
 207 endif(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 208
 209 ########################################################################
 210 #Process MPI settings
 211 ########################################################################
 212 include(gmxManageMPI)
 213
 214 #######################################################################
 215 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
 216 #######################################################################
 217 if(GMX_OPENMM)
 218     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
 219     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
 220     if(NOT ${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 221         message(STATUS "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to fftpack!")
 222         set(GMX_FFT_LIBRARY "fftpack" CACHE STRING
 223                 "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to  fftpack!" FORCE)
 224     endif()
 225     if(GMX_MPI)
 226         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
 227     endif(GMX_MPI)
 228     if(GMX_THREAD_MPI)
 229         message(STATUS "Thread-MPI not compatible with OpenMM, disabled!")
 230         set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL
 231                 "Thread-MPI not compatible with OpenMM build, disabled!" FORCE)
 232     endif(GMX_THREAD_MPI)
 233     if(GMX_OPENMP)
 234         message(STATUS "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled")
 235         set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 236             "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled!" FORCE)
 237     endif()
 238     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 239         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE STRING
 240                 "The OpenMM build does not need GROMACS software 1/sqrt!" FORCE)
 241     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 242     string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} GMX_ACCELERATION)
 243     if(NOT GMX_ACCELERATION STREQUAL "NONE")
 244         message(STATUS "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!")
 245         set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING
 246                 "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!" FORCE)
 247     endif()
 248     if(GMX_FAHCORE)
 249         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
 250     endif(GMX_FAHCORE)
 251     if(GMX_DOUBLE)
 252         message(FATAL_ERROR  "The OpenMM-build does not support double precision calculations!")
 253     endif()
 254     # mark as advanced the unused variables
 255     mark_as_advanced(FORCE GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 256         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 257 else(GMX_OPENMM)
 258      mark_as_advanced(CLEAR GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 259         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 260 endif(GMX_OPENMM)
 261
 262
 263 ########################################################################
 264 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 265 ########################################################################
 266 include(CheckIncludeFiles)
 267 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 268 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 269 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 270 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 271 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 272 check_include_files(direct.h     HAVE_DIRECT_H)
 273 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 274 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 275 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 276 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 277 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 278 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 279 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 280 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 281 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 282 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 283 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 284 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 285 # SSE support
 286 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 287 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 288 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 289 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 290 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 291
 292
 293 include(CheckFunctionExists)
 294 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 295 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 296 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 297 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 298 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 299 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 300 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 301 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 302 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 303 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 304 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 305 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 306 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 307 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 308 check_function_exists(lstat             HAVE_LSTAT)
 309 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 310
 311 include(CheckLibraryExists)
 312 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 313 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 314
 315
 316 include(CheckTypeSize)
 317
 318 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 319 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 320 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 321 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 322 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 323 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 324
 325 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 326     set(GMX_64_BIT TRUE)
 327 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 328     set(GMX_64_BIT FALSE)
 329 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 330
 331 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 332 check_type_size(uid_t uid_t)
 333 if(NOT uid_t)
 334   set(uid_t int)
 335 else(NOT uid_t)
 336   set(uid_t 0)
 337 endif(NOT uid_t)
 338
 339 check_type_size(gid_t gid_t)
 340 if(NOT gid_t)
 341   set(gid_t 1)
 342 else(NOT gid_t)
 343   set(gid_t 0)
 344 endif(NOT gid_t)
 345
 346 check_type_size(size_t size_t)
 347 if(NOT size_t)
 348   set(size_t int)
 349 else(NOT size_t)
 350   set(size_t 0)
 351 endif(NOT size_t)
 352
 353 check_type_size(off_t off_t)
 354 if(NOT off_t)
 355   set(off_t int)
 356 else(NOT off_t)
 357   set(off_t 0)
 358 endif(NOT off_t)
 359
 360 include(TestBigEndian)
 361 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 362
 363
 364
 365
 366 ########################################################################
 367 # Find external packages                                               #
 368 ########################################################################
 369 if(UNIX AND NOT APPLE)
 370     if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 371         SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES .a ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 372         if(BUILD_SHARED_LIBS)
 373             message(WARNING "Static libraries requested, the GROMACS libraries will also be build static (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 374             set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" FORCE)
 375         endif()
 376     endif()
 377 endif()
 378
 379 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files" ON)
 380 if (GMX_XML)
 381   find_package(LibXml2)
 382   set(PKG_XML "")
 383   if(LIBXML2_FOUND)
 384     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 385     set(PKG_XML libxml-2.0)
 386     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 387     set(HAVE_LIBXML2 1)
 388   endif(LIBXML2_FOUND)
 389 endif(GMX_XML)
 390
 391 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 392 if (GMX_GSL)
 393   find_package(gsl)
 394   set(PKG_GSL "")
 395   if(GSL_FOUND)
 396     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 397     set(PKG_GSL gsl)
 398     set(HAVE_LIBGSL 1)
 399   endif(GSL_FOUND)
 400 endif (GMX_GSL)
 401
 402 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 403 if (GMX_X11)
 404         find_package(X11)
 405         # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 406         if(X11_FOUND)
 407         set(HAVE_X11 1)
 408         endif(X11_FOUND)
 409 endif(GMX_X11)
 410
 411 if(GMX_THREAD_MPI)
 412     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 413     include(ThreadMPI)
 414     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 415     set(GMX_MPI 1)
 416     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 417 endif(GMX_THREAD_MPI)
 418
 419 if(GMX_OPENMM)
 420     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 421     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
 422     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 423     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 424         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 425     endif()
 426     find_package(OpenMM)
 427 endif(GMX_OPENMM)
 428
 429 if(GMX_OPENMP)
 430     find_package(OpenMP REQUIRED)
 431     set(GROMACS_C_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS} ${GROMACS_C_FLAGS}")
 432     set(GROMACS_CXX_FLAGS "${OpenMP_CXX_FLAGS} ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
 433     add_definitions(-DGMX_OPENMP)
 434 endif()
 435
 436 if(APPLE)
 437    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 438    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 439 endif(APPLE)
 440
 441 if(CYGWIN)
 442     set(GMX_CYGWIN 1)
 443 endif(CYGWIN)
 444
 445 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 446     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 447 endif()
 448
 449 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 450 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 451     if(USE_VERSION_H)
 452         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not
 453         # found or the version is too small, we can't generate version information.
 454         find_package(Git)
 455
 456         # Find out the git version
 457         if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 458           execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 459             OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 460             OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 461           string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 462           set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 463           mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 464         endif()
 465
 466         if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.1")
 467           message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 468           set(USE_VERSION_H OFF)
 469         endif()
 470     endif()
 471 else()
 472     set(USE_VERSION_H OFF)
 473 endif()
 474
 475 ########################################################################
 476 # Generate development version info for cache
 477 ########################################################################
 478 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 479 # include(gmxGenerateVersionString)
 480
 481 ########################################################################
 482 # Our own GROMACS tests
 483 ########################################################################
 484
 485 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 486 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 487 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/include)
 488 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 489
 490 include(gmxCheckBuildUserTime)
 491 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 492
 493 include(gmxTestFloatFormat)
 494 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 495                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 496                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 497
 498 include(gmxTestLargeFiles)
 499 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 500 check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 501
 502 include(gmxTestSignal)
 503 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 504
 505 include(gmxTestInline)
 506 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 507
 508 include(gmxTestRestrict)
 509 gmx_test_inline(RESTRICT_KEYWORD)
 510
 511 include(gmxTestPipes)
 512 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 513
 514 include(gmxTestIsfinite)
 515 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 516 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 517 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 518
 519 include(gmxTestInlineASM)
 520 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 521 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 522
 523 # turn on SSE if supported with reasonable defaults.
 524 if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
 525   if(CMAKE_SYSTEM_PROCESSOR MATCHES "^(i.86|x86|x64|x86_64|AMD64|amd64)" OR CYGWIN)
 526
 527     set(GMX_ACCELERATION "SSE" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran" FORCE)
 528
 529     # Determine the assembler/compiler to use
 530   else()
 531     set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran" FORCE)
 532   endif()
 533 endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
 534
 535 include(gmxTestXDR)
 536 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 537 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 538     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 539     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 540 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 541
 542 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 543 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 544 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 545   # nothing to do
 546 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 547
 548     if (GMX_64_BIT)
 549       set(GMX_X86_64_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for x86_64" FORCE)
 550     else (GMX_64_BIT)
 551       set(GMX_IA32_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for i386" FORCE)
 552     endif (GMX_64_BIT)
 553
 554     if( WIN32 AND NOT CYGWIN )
 555       option(GMX_ASM_USEASM_NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" ON)
 556     else()
 557       option(GMX_ASM_USEASM_NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" OFF)
 558     endif()
 559         mark_as_advanced(GMX_ASM_USEASM_NASM)
 560
 561     if (NOT GMX_64_BIT)
 562         # for 32-bit compiles, we might need to turn on sse
 563         CHECK_C_COMPILER_FLAG("-msse2" XFLAGS_SSE)
 564         if (XFLAGS_SSE)
 565             set(GROMACS_C_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_C_FLAGS}")
 566         endif (XFLAGS_SSE)
 567         CHECK_CXX_COMPILER_FLAG("-msse2" XXFLAGS_SSE)
 568         if (XXFLAGS_SSE)
 569             set(GROMACS_CXX_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
 570         endif (XXFLAGS_SSE)
 571     endif (NOT GMX_64_BIT)
 572
 573     if(GMX_IA32_ASM)
 574       if(GMX_DOUBLE)
 575         set(GMX_IA32_SSE2 1)
 576       else()
 577        set(GMX_IA32_SSE 1)
 578       endif()
 579     elseif(GMX_X86_64_ASM)
 580       if(GMX_DOUBLE)
 581        set(GMX_X86_64_SSE2 1)
 582       else()
 583         set(GMX_X86_64_SSE 1)
 584       endif()
 585     endif()
 586
 587 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 588 #        set(GMX_SSE3 1)
 589 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 590 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 591 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 592 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 593
 594 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 595     set(GMX_FORTRAN 1)
 596     #these are switch on by default sometimes
 597     set(GMX_IA32_ASM 0)
 598     set(GMX_GMX_X86_64_ASM 0)
 599 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 600 # GMX_ACCELERATION=BlueGene should be set in the Toolchain-BlueGene?-???.cmake file
 601     message(STATUS "Configuring for BlueGene")
 602     set(GMX_BLUEGENE 1)
 603     if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 604         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 605         set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 606     endif (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 607     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 608     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 609     set(GMX_X11 OFF CACHE BOOL "X11 not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 610     set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL "Thread-MPI not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 611     set(GMX_MPI ON CACHE BOOL "Use MPI on BlueGene" FORCE)
 612 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 613     set(GMX_POWER6 1)
 614     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on Power6" FORCE)
 615     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on Power6" FORCE)
 616 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 617     set(GMX_IA64_ASM 1)
 618     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 619     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 620 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 621     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 622     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 623         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 624     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 625 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 626     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of auto, none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 627 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 628
 629 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 630     if (GMX_THREAD_MPI)
 631         message(FATAL_ERROR "FORTRAN/POWER6 is incompatible with thread-MPI and only provides a speed-up on certain IBM compilers. Disable FORTRAN (or threads if you really want to use FORTRAN kernels).")
 632     endif(GMX_THREAD_MPI)
 633     enable_language(Fortran)
 634     include(FortranCInterface)
 635     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 636     if(extra_under_score)
 637         set(extrasuffix "_")
 638     endif(extra_under_score)
 639     if(prefix)
 640       set(prefix "${prefix} ##")
 641     endif(prefix)
 642     if(suffix)
 643       set(suffix "## ${suffix}")
 644       if(extrasuffix)
 645         set(extrasuffix "${suffix}${extrasuffix}")
 646       endif(extrasuffix)
 647     else(suffix)
 648       if(extrasuffix)
 649         # Don't know if this is needed, but it can't hurt
 650         set(extrasuffix "## ${extrasuffix}")
 651       endif(extrasuffix)
 652     endif(suffix)
 653
 654     if(isupper)
 655         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} NAME ${suffix}")
 656         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} NAME ${extrasuffix}")
 657     else(isupper)
 658         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} name ${suffix}")
 659         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} name ${extrasuffix}")
 660     endif(isupper)
 661 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 662         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 663         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 664 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 665
 666 # Process QM/MM Settings
 667 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 668 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 669     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 670 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 671     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 672 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 673     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 674 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 675     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 676 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 677     # nothing to do
 678 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 679     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 680 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 681
 682 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 683 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 684 set(PKG_FFT "")
 685 set(PKG_FFT_LIBS "")
 686 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 687     if(GMX_DOUBLE)
 688         find_package(FFTW 3 COMPONENTS fftw)
 689     else(GMX_DOUBLE)
 690         find_package(FFTW 3 COMPONENTS fftwf)
 691     endif(GMX_DOUBLE)
 692     if(NOT FFTW_FOUND)
 693       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW3 (with correct precision - libfftw3f for single precision GROMACS or libfftw3 for double precision GROMACS). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 694     endif(NOT FFTW_FOUND)
 695     include_directories(${FFTW_INCLUDE_DIRS})
 696     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW_LIBRARIES})
 697     set(PKG_FFT "${FFTW_PKG}")
 698
 699     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 700
 701     if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE" AND NOT FFTW_HAVE_SSE)
 702       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SSE support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 703     endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE" AND NOT FFTW_HAVE_SSE)
 704
 705 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 706 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 707     find_package(MKL REQUIRED)
 708     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 709     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 710     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
 711
 712     set(GMX_FFT_MKL 1)
 713     set(HAVE_MKL 1)
 714
 715 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 716 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 717 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 718 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 719     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 720     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 721 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 722     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
 723 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 724
 725 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 726 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 727   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 728   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 729 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 730   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 731   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 732   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 733     #FindBLAS needs Fortran
 734     enable_language(Fortran)
 735     if (GMX_BLAS_USER)
 736         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
 737     else(GMX_BLAS_USER)
 738         find_package(BLAS REQUIRED)
 739         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
 740     endif(GMX_BLAS_USER)
 741   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 742   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 743     #FindLAPACK needs Fortran
 744     enable_language(Fortran)
 745         if (GMX_LAPACK_USER)
 746         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
 747         else(GMX_LAPACK_USER)
 748         find_package(LAPACK REQUIRED)
 749         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
 750     endif(GMX_LAPACK_USER)
 751   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 752 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 753 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 754 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 755
 756 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
 757 set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
 758 mark_as_advanced(GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
 759
 760 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
 761   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
 762     # Native Windows does not have, nor need dlopen
 763     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
 764     include(gmxTestdlopen)
 765     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
 766   endif()
 767
 768   find_package(VMD)
 769
 770   # Test for unsuitable versions of VMD
 771
 772   if(VMD_FOUND AND NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
 773     message(STATUS "Checking for suitable VMD version")
 774     exec_program(${VMD_EXECUTABLE}
 775       ARGS --help
 776       OUTPUT_VARIABLE VMD_HELP
 777       RETURN_VALUE VMD_EXEC_RETURN)
 778
 779     if(VMD_EXEC_RETURN EQUAL 0)
 780       # This is the accepted idiom for subexpression matching, unfortunately
 781       string(REGEX REPLACE ".*VMD for .*, version ([0-9]+\\.[0-9]*\\.?[0-9]*).*" "\\1" VMD_VERSION ${VMD_HELP})
 782       string(REGEX REPLACE ".*VMD for (.*), version .*" "\\1" VMD_ARCH ${VMD_HELP})
 783
 784       if(VMD_VERSION VERSION_LESS "1.8")
 785         MESSAGE(WARNING "Found VMD version ${VMD_VERSION}, but GROMACS needs at least 1.8")
 786         unset(VMD_EXECUTABLE)
 787         set(VMD_FOUND FALSE)
 788       else()
 789         message(STATUS "VMD version ${VMD_VERSION} is suitable")
 790         if(DEFINED ENV{VMDDIR})
 791           # This permits GROMACS to avoid hard-coding a fall-back
 792           # path that it can tell right now would be useless.
 793           set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH "$ENV{VMDDIR}/plugins/${VMD_ARCH}/molfile" CACHE PATH "Path to VMD plugins for molfile I/O")
 794         else()
 795           set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH "/usr/local/lib/vmd/plugins/*/molfile" CACHE PATH "Path to VMD plugins for molfile I/O")
 796         endif()
 797       endif()
 798
 799       # clean up
 800       unset(VMD_HELP)
 801       unset(VMD_VERSION)
 802       unset(VMD_ARCH)
 803     endif()
 804   endif()
 805
 806   # so, should we use plug-ins?
 807   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
 808     if (NOT VMD_QUIETLY)
 809       MESSAGE(STATUS "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file formats).")
 810     endif(NOT VMD_QUIETLY)
 811     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
 812     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
 813     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
 814   else()
 815     set(PKG_DL_LIBS)
 816   endif()
 817 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
 818 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 819
 820 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 821 if(HAVE_LIBM)
 822     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 823 endif(HAVE_LIBM)
 824
 825 if(GMX_FAHCORE)
 826   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 827       "Path to swindirect.h")
 828   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 829 endif(GMX_FAHCORE)
 830
 831 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 832 # these are set after everything else
 833 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 834     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
 835         FORCE)
 836     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
 837         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 838     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
 839         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 840     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
 841         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
 842         CACHE STRING "Linker flags" FORCE)
 843 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 844
 845 ########################################################################
 846 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 847 ########################################################################
 848 if ( DEFINED GMXLIB )
 849     set(LIB_INSTALL_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${GMXLIB}")
 850 else()
 851     set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 852 endif()
 853 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 854 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 855 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 856 set(INCL_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
 857
 858 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 859
 860 ##################################################################
 861 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
 862 ##################################################################
 863 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
 864     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
 865     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
 866     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "${LIB_INSTALL_DIR}")
 867     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
 868 endif()
 869
 870 add_subdirectory(share)
 871 add_subdirectory(include)
 872 add_subdirectory(man)
 873 add_subdirectory(src)
 874 add_subdirectory(scripts)
 875
 876 #######################
 877 ## uninstall target
 878 #######################
 879     CONFIGURE_FILE(
 880                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
 881                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
 882                    IMMEDIATE @ONLY)
 883 ###########################
 884 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
 885                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
 886                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
 887 ###########################
 888
 889
 890 ########################################################################
 891 # Tests                                                                #
 892 ########################################################################
 893
 894 include(CTest)
 895 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
 896 IF(BUILD_TESTING)
 897         enable_testing()
 898         add_subdirectory(tests)
 899 ENDIF()
 900