CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
   2
   3 project(Gromacs)
   4 include(Dart)
   5 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
   6 # VERSION[-dev-SUFFIX] where the VERSION can have any form and the suffix
   7 set(PROJECT_VERSION "4.5-beta4"
   8     CACHE STRING "Gromacs version string")
   9 set(SOVERSION 6)
  10
  11 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  12 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  13
  14 if(NOT CMAKE_INSTALL_PREFIX)
  15     set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "" FORCE)
  16 endif()
  17
  18 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  19     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
  20 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  21
  22 enable_language(C)
  23
  24 ########################################################################
  25 # Fix stupid flags on MSVC
  26 ########################################################################
  27 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  28     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  29     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  30     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  31     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  32 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  33
  34 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  35
  36 ######################################################################
  37 # compiler tests
  38 # these need ot be done early (before further tests).
  39 #####################################################################
  40
  41 include(CheckCCompilerFlag)
  42 include(CheckCXXCompilerFlag)
  43
  44 include(gmxCFlags)
  45 gmx_c_flags()
  46
  47 ########################################################################
  48 # User input options                                                   #
  49 ########################################################################
  50 option(GMX_DOUBLE "Use double precision" OFF)
  51 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
  52 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (threaded-based) version of GROMACS)" ON)
  53 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
  54 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
  55 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library" OFF)
  56 set(GMX_ACCELERATION "auto"
  57     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
  58
  59 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
  60     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
  61 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
  62        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
  63 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
  64     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
  65 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
  66 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI)" OFF)
  67 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
  68 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
  69 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
  70
  71
  72 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
  73 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
  74
  75 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
  76
  77 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default GROMACS suffixes" ON)
  78 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for doubule).")
  79 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
  80   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for mpi, _mpi_d for mpi and double).")
  81 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
  82   if (GMX_MPI)
  83     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
  84   endif(GMX_MPI)
  85   if (GMX_DOUBLE)
  86     set (GMX_BINARY_SUFFIX "_d")
  87     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
  88   endif(GMX_DOUBLE)
  89 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
  90
  91 set(PKG_CFLAGS "")
  92 if(GMX_DOUBLE)
  93   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
  94 endif(GMX_DOUBLE)
  95 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  96   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
  97 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  98
  99 ########################################################################
 100 #Process MPI settings
 101 ########################################################################
 102 if(GMX_MPI)
 103         MESSAGE(WARNING "
 104             There are known problems with some MPI implementations:
 105                      OpenMPI version < 1.4.1
 106                      MVAPICH2 version <= 1.4.1                               *")
 107     if(GMX_THREADS)
 108         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
 109         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL
 110             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
 111     endif(GMX_THREADS)
 112     find_package(MPI)
 113     if(MPI_FOUND)
 114         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
 115         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
 116
 117         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
 118         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
 119         add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
 120         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
 121         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
 122             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 123         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
 124     else(MPI_FOUND)
 125         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
 126     endif(MPI_FOUND)
 127     include(gmxTestCatamount)
 128     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
 129     if(GMX_CRAY_XT3)
 130         set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_CRAY_XT3")
 131         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
 132         set(GMX_NO_NICE 1)
 133     endif(GMX_CRAY_XT3)
 134     set(GMX_LIB_MPI 1)
 135     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_LIB_MPI")
 136 endif(GMX_MPI)
 137
 138
 139 #######################################################################
 140 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
 141 #######################################################################
 142 if(GMX_OPENMM)
 143     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
 144     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
 145     set (GMX_FFT_LIBRARY "fftpack")
 146     if(GMX_MPI)
 147         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
 148     endif(GMX_MPI)
 149     if(GMX_THREADS)
 150         message(STATUS "Threads not compatible with OpenMM build, disabled")
 151         set(GMX_THREADS OFF)
 152     endif(GMX_THREADS)
 153     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 154         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF)
 155     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 156     if(NOT GMX_ACCELERATION MATCHES "auto|none|None|NONE" OR NOT ${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "")
 157         message(WARNING "The OpenMM build does not support other acceleration modes!")
 158         set(GMX_ACCELERATION "none")
 159     endif()
 160     if(GMX_FAHCORE)
 161         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
 162     endif(GMX_FAHCORE)
 163 endif(GMX_OPENMM)
 164
 165
 166 ########################################################################
 167 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 168 ########################################################################
 169 include(CheckIncludeFiles)
 170 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 171 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 172 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 173 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 174 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 175 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 176 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 177 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 178 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 179 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 180 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 181 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 182 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 183 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 184 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 185 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 186 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 187 # SSE support
 188 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 189 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 190 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 191 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 192 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 193
 194
 195 include(CheckFunctionExists)
 196 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 197 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 198 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 199 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 200 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 201 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 202 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 203 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 204 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 205 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 206 check_function_exists(isfinite          HAVE_ISFINITE)
 207 check_function_exists(_isfinite         HAVE__ISFINITE)
 208 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 209 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 210 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 211 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 212
 213 include(CheckLibraryExists)
 214 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 215 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 216
 217
 218 include(CheckTypeSize)
 219
 220 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 221 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 222 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 223 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 224 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 225 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 226
 227 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 228     set(GMX_64_BIT TRUE)
 229 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 230     set(GMX_64_BIT FALSE)
 231 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 232
 233 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 234 check_type_size(uid_t uid_t)
 235 if(NOT uid_t)
 236   set(uid_t int)
 237 else(NOT uid_t)
 238   set(uid_t 0)
 239 endif(NOT uid_t)
 240
 241 check_type_size(gid_t gid_t)
 242 if(NOT gid_t)
 243   set(gid_t 1)
 244 else(NOT gid_t)
 245   set(gid_t 0)
 246 endif(NOT gid_t)
 247
 248 check_type_size(size_t size_t)
 249 if(NOT size_t)
 250   set(size_t int)
 251 else(NOT size_t)
 252   set(size_t 0)
 253 endif(NOT size_t)
 254
 255 check_type_size(off_t off_t)
 256 if(NOT off_t)
 257   set(off_t int)
 258 else(NOT off_t)
 259   set(off_t 0)
 260 endif(NOT off_t)
 261
 262 include(TestBigEndian)
 263 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 264
 265
 266
 267
 268 ########################################################################
 269 # Find external packages                                               #
 270 ########################################################################
 271
 272 find_package(LibXml2)
 273 set(PKG_XML "")
 274 if(LIBXML2_FOUND)
 275     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 276     set(PKG_XML libxml-2.0)
 277     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 278     set(HAVE_LIBXML2 1)
 279 endif(LIBXML2_FOUND)
 280
 281 find_package(X11)
 282 # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 283 if(X11_FOUND)
 284     set(HAVE_X11 1)
 285 endif(X11_FOUND)
 286
 287 if(GMX_THREADS)
 288     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREADS")
 289     include(ThreadMPI)
 290     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 291     set(GMX_MPI 1)
 292     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 293     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 294         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
 295     endif()
 296 endif(GMX_THREADS)
 297
 298 if(GMX_OPENMM)
 299     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 300     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
 301     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 302     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 303         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 304     endif()
 305     find_package(OpenMM)
 306 endif(GMX_OPENMM)
 307
 308 if(APPLE)
 309    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 310    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 311 endif(APPLE)
 312
 313 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 314 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 315     if(USE_VERSION_H)
 316         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not
 317         # fund or the version is too small, we can't generate version information.
 318         find_package(Git 1.5.1)
 319         # this should at some point become VERSION_LESS
 320         if(NOT Git_FOUND OR Git_VERSION STRLESS "1.5.1")
 321             message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 322         endif()
 323     endif()
 324 else()
 325     set(USE_VERSION_H OFF)
 326 endif()
 327
 328 if (GMX_DLOPEN)
 329     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS})
 330 endif (GMX_DLOPEN)
 331
 332 ########################################################################
 333 # Generate development version info for cache
 334 ########################################################################
 335 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 336 # include(gmxGenerateVersionString)
 337
 338 ########################################################################
 339 # Our own GROMACS tests
 340 ########################################################################
 341
 342 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 343 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 344 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 345
 346 include(gmxCheckBuildUserTime)
 347 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 348
 349 include(gmxTestFloatFormat)
 350 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 351                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 352                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 353
 354 include(gmxTestLargeFiles)
 355 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 356 check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 357
 358 include(gmxTestSignal)
 359 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
 360 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 361
 362 include(gmxTestInline)
 363 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 364
 365 include(gmxTestRestrict)
 366 gmx_test_inline(RESTRICT_KEYWORD)
 367
 368 include(gmxTestPipes)
 369 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 370
 371 include(gmxTestInlineASM)
 372 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 373 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 374
 375 # turn on SSE if supported with reasonable defaults.
 376 if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto")
 377   if(CMAKE_SYSTEM_PROCESSOR MATCHES "^(i.86|x86|x64|x86_64|AMD64|amd64)")
 378
 379     set(GMX_ACCELERATION "SSE" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec" FORCE)
 380
 381     if (GMX_64_BIT)
 382       set(GMX_X86_64_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for x86_64" FORCE)
 383     else (GMX_64_BIT)
 384       set(GMX_IA32_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for i386" FORCE)
 385     endif (GMX_64_BIT)
 386
 387     # Determine the assembler/compiler to use
 388   else()
 389     set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec" FORCE)
 390   endif()
 391 endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto")
 392
 393
 394 include(gmxTestXDR)
 395 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 396 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 397     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 398     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 399 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 400
 401 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 402     enable_language(Fortran)
 403     include(FortranCInterface)
 404     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 405     if(extra_under_score)
 406         set(extrasuffix "_")
 407     endif(extra_under_score)
 408
 409     if(isupper)
 410         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## NAME ## ${suffix}")
 411         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## NAME ## ${suffix}${extrasuffix}")
 412     else(isupper)
 413         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## name ## ${suffix}")
 414         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## name ## ${suffix}${extrasuffix}")
 415     endif(isupper)
 416 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 417         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 418         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 419 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 420
 421
 422 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 423 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 424 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 425   # nothing to do
 426 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 427
 428     if(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
 429       option(GMX_ASM_USEASM-NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" ON)
 430     else(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
 431       option(GMX_ASM_USEASM-NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" OFF)
 432     endif(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
 433     if (NOT GMX_64_BIT)
 434         # for 32-bit compiles, we might need to turn on sse
 435         CHECK_C_COMPILER_FLAG("-msse2" XFLAGS_SSE)
 436         if (XFLAGS_SSE)
 437             set(GROMACS_C_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_C_FLAGS}")
 438         endif (XFLAGS_SSE)
 439         CHECK_CXX_COMPILER_FLAG("-msse2" XXFLAGS_SSE)
 440         if (XXFLAGS_SSE)
 441             set(GROMACS_CXX_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
 442         endif (XXFLAGS_SSE)
 443     endif (NOT GMX_64_BIT)
 444
 445     if(GMX_IA32_ASM)
 446       if(GMX_DOUBLE)
 447         set(GMX_IA32_SSE2 1)
 448       else()
 449         set(GMX_IA32_SSE 1)
 450       endif()
 451     elseif(GMX_X86_64_ASM)
 452       if(GMX_DOUBLE)
 453         set(GMX_X86_64_SSE2 1)
 454       else()
 455         set(GMX_X86_64_SSE 1)
 456       endif()
 457     endif()
 458
 459 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 460 #        set(GMX_SSE3 1)
 461 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 462 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 463 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 464 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 465
 466 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 467     set(GMX_FORTRAN 1)
 468 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 469     set(GMX_BLUEGENE 1)
 470 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 471     set(GMX_POWER6 1)
 472 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 473     set(GMX_IA64_ASM 1)
 474     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 475     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 476 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 477     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 478     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 479         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 480     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 481 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 482     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 483 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 484
 485
 486
 487
 488
 489
 490
 491 # Process QM/MM Settings
 492 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 493 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 494     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 495 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 496     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 497 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 498     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 499 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 500     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 501 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 502     # nothing to do
 503 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 504     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 505 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 506
 507 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 508 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 509 set(PKG_FFT "")
 510 set(PKG_FFT_LIBS "")
 511 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 512 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
 513     if(GMX_DOUBLE)
 514         find_package(FFTW3 REQUIRED)
 515                 include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
 516         set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
 517         set(PKG_FFT "fftw3")
 518     else(GMX_DOUBLE)
 519         find_package(FFTW3F REQUIRED)
 520         include_directories(${FFTW3F_INCLUDE_DIR})
 521         set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3F_LIBRARIES})
 522         set(PKG_FFT "fftw3f")
 523     endif(GMX_DOUBLE)
 524
 525     if(NOT FFTW3_FOUND AND NOT FFTW3F_FOUND)
 526         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 527     endif(NOT FFTW3_FOUND AND NOT FFTW3F_FOUND)
 528
 529     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 530
 531 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 532 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
 533     if(GMX_DOUBLE)
 534         find_package(FFTW2 REQUIRED)
 535     else(GMX_DOUBLE)
 536         find_package(FFTW2F REQUIRED)
 537     endif(GMX_DOUBLE)
 538
 539     if(NOT FFTW2_FOUND)
 540            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 541     endif(NOT FFTW2_FOUND)
 542     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
 543     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
 544     set(PKG_FFT_LIBS ${FFTW2_LIBRARIES})
 545
 546     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 547         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
 548     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
 549         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
 550     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 551         set(FFTW2_NAME_FFTW 1)
 552     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 553
 554     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
 555 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 556 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 557     find_package(MKL REQUIRED)
 558     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 559     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 560     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
 561
 562     set(GMX_FFT_MKL 1)
 563     set(HAVE_MKL 1)
 564
 565 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 566 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 567 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 568 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 569     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 570     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 571 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 572     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
 573 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 574
 575 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 576 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 577   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 578   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 579 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 580   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 581   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 582 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 583
 584 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 585 if(HAVE_LIBM)
 586     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 587 endif(HAVE_LIBM)
 588
 589
 590
 591 if(GMX_FAHCORE)
 592   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 593       "Path to swindirect.h")
 594   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 595 endif(GMX_FAHCORE)
 596
 597 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 598 # these are set after everything else
 599 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 600     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
 601         FORCE)
 602     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
 603         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 604     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
 605         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 606     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
 607         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
 608         CACHE STRING "Linker flags" FORCE)
 609 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 610
 611 ########################################################################
 612 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 613 ########################################################################
 614 set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 615 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 616 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 617 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 618 set(INCL_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
 619
 620 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 621
 622
 623 add_subdirectory(share)
 624 add_subdirectory(include)
 625 add_subdirectory(man)
 626 add_subdirectory(src)
 627 add_subdirectory(scripts)
 628
 629 #######################
 630 ## uninstall target
 631 #######################
 632     CONFIGURE_FILE(
 633                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
 634                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
 635                    IMMEDIATE @ONLY)
 636 ###########################
 637 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
 638                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
 639                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
 640 ###########################
 641
 642
 643 ########################################################################
 644 # Tests                                                                #
 645 ########################################################################
 646
 647 enable_testing()
 648 add_test(TestBuildAll make)
 649
 650 add_subdirectory(tests)