CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
   2 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
   3 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
   4
   5 # override bugs on OS X where Cmake picks gcc (GNU) for C instead of system default cc (Clang).
   6 if(APPLE)
   7     set(CMAKE_C_COMPILER_INIT "cc")
   8 endif(APPLE)
   9
  10 project(Gromacs)
  11 include(Dart)
  12 mark_as_advanced(DART_ROOT)
  13
  14 set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  15 set(CMAKE_ARCHIVE_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  16 set(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin)
  17
  18 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  19 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  20 #
  21 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  22 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  23 # machine with no git.
  24 #
  25 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  26 set(PROJECT_VERSION "5.0-dev")
  27 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  28     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  29 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  30 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  31     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  32 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  33 set(SOVERSION 6)
  34 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  35 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "5")
  36 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "0")
  37 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  38
  39
  40 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  41 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  42
  43 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT)
  44 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  45 endif()
  46
  47 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  48     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
  49 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  50
  51 enable_language(C)
  52 enable_language(CXX)
  53
  54 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
  55 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  56 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  57 set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
  58 set(CPACK_INCLUDE_TOPLEVEL_DIRECTORY 0)
  59 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  60 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  61 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallLicense.txt")
  62 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  63 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES ".isreposource;.git;.gitignore")
  64 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
  65 SET(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/man;man")
  66
  67 #must come after all cpack settings!
  68 include(CPack)
  69
  70 ########################################################################
  71 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
  72 ########################################################################
  73 if(CMAKE_HOST_UNIX)
  74     execute_process(COMMAND hostname
  75                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
  76                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
  77     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
  78         message(WARNING "
  79             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
  80             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
  81             recommended to regenerate the cache!")
  82     endif()
  83     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
  84             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
  85 endif()
  86
  87 ########################################################################
  88 # Fix stupid flags on Windows
  89 ########################################################################
  90 SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
  91 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
  92   option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" ON)
  93   mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
  94   SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)  #is currently not working on Windows
  95   # This makes windows.h not declare min/max as macros that would break
  96   # C++ code using std::min/std::max.
  97   add_definitions(-DNOMINMAX)
  98
  99   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 100     #Only setting Debug and Release flags. Others configurations current not used.
 101     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 102     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 103     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 104     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 105     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 106     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 107     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 108     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 109   ENDIF()
 110
 111   #Workaround for cmake bug 13174. Replace deprecated options.
 112   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 113     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 114     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 115   ENDIF()
 116   IF( CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 117     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 118     STRING(REPLACE /GX /EHsc CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 119     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 120
 121     STRING(REPLACE /GX /EHsc CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 122     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 123   ENDIF()
 124 ENDIF()
 125
 126 ########################################################################
 127 # User input options                                                   #
 128 ########################################################################
 129 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 130 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 131 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 132 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 133 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 134 option(GMX_POWERPC_INVSQRT "Use PowerPC hardware 1/sqrt" OFF)
 135 mark_as_advanced(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 136 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 137 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 138 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
 139
 140 include(gmxDetectAcceleration)
 141 if(NOT DEFINED GMX_ACCELERATION)
 142     if(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 143         set(GMX_SUGGESTED_ACCELERATION "None")
 144     else(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 145         gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_ACCELERATION)
 146     endif(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 147 endif(NOT DEFINED GMX_ACCELERATION)
 148
 149 set(GMX_ACCELERATION "@GMX_SUGGESTED_ACCELERATION@"
 150     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, BlueGene, Power6, Fortran")
 151
 152 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
 153     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
 154 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 155        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
 156 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 157 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
 158     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
 159 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 160 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 161 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 162 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 163 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 164 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 165
 166 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based mutithreading. " ON)
 167
 168 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
 169 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
 170
 171 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
 172
 173 if(UNIX AND NOT APPLE)
 174     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer \".a\" static archives (NOTE: this is enabled only for UNIX (excluding APPLE) platforms but it might not always work!" OFF)
 175     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 176 endif()
 177
 178
 179 ######################################################################
 180 # compiler tests
 181 # these need ot be done early (before further tests).
 182 #####################################################################
 183
 184 # cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake are lifted from CMake git next
 185 # branch (proposed for v2.8.9) to be able to detect invalid options
 186 # with the Intel Compilers.
 187 # Remove these files from the source tree when a CMake version that
 188 # includes the features in question becomes required.
 189 include(CheckCCompilerFlag)
 190 include(CheckCXXCompilerFlag)
 191
 192 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 193 if(GMX_OPENMP)
 194     find_package(OpenMP)
 195     if(OPENMP_FOUND)
 196         set(GROMACS_C_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS} ${GROMACS_C_FLAGS}")
 197         set(GROMACS_CXX_FLAGS "${OpenMP_CXX_FLAGS} ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
 198     else(OPENMP_FOUND)
 199         message(WARNING
 200                 "Compiler not supporting OpenMP. This might hurt your performance a lot, "
 201                 "in particular with GPUs. Try using a different compiler (Intel is good on x86) "
 202                 "if you can - for now we are proceeding by turning off OpenMP.")
 203         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Compiler does not support OpenMP." FORCE)
 204     endif(OPENMP_FOUND)
 205 endif()
 206
 207
 208 include(gmxCFlags)
 209 gmx_c_flags()
 210
 211 ########################################################################
 212 # Set up binary and library suffixing
 213 ########################################################################
 214 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 215 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
 216   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 217 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 218   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
 219   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
 220   if (GMX_MPI)
 221     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
 222     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
 223   endif(GMX_MPI)
 224   if (GMX_DOUBLE)
 225     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
 226     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
 227   endif(GMX_DOUBLE)
 228   if (GMX_OPENMM)
 229     set (GMX_BINARY_SUFFIX "-openmm")
 230     set (GMX_LIBS_SUFFIX "_openmm")
 231   endif(GMX_OPENMM)
 232   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 233   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 234     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 235     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 236   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 237 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 238   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 239   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 240     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 241     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 242   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 243 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 244 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 245
 246 set(PKG_CFLAGS "")
 247 if(GMX_DOUBLE)
 248     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 249 endif(GMX_DOUBLE)
 250 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 251   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 252 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 253 if(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 254   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_POWERPC_INVSQRT")
 255 endif(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 256
 257 ########################################################################
 258 #Process MPI settings
 259 ########################################################################
 260 include(gmxManageMPI)
 261
 262 #######################################################################
 263 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
 264 #######################################################################
 265 if(GMX_OPENMM)
 266     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
 267     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
 268     if(NOT ${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 269         message(STATUS "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to fftpack!")
 270         set(GMX_FFT_LIBRARY "fftpack" CACHE STRING
 271                 "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to  fftpack!" FORCE)
 272     endif()
 273     if(GMX_MPI)
 274         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
 275     endif(GMX_MPI)
 276     if(GMX_THREAD_MPI)
 277         message(STATUS "Thread-MPI not compatible with OpenMM, disabled!")
 278         set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL
 279                 "Thread-MPI not compatible with OpenMM build, disabled!" FORCE)
 280     endif(GMX_THREAD_MPI)
 281     if(GMX_OPENMP)
 282         message(STATUS "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled")
 283         set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 284             "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled!" FORCE)
 285     endif()
 286     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 287         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE STRING
 288                 "The OpenMM build does not need GROMACS software 1/sqrt!" FORCE)
 289     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 290     string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} GMX_ACCELERATION)
 291     if(NOT GMX_ACCELERATION STREQUAL "NONE")
 292         message(STATUS "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!")
 293         set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING
 294                 "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!" FORCE)
 295     endif()
 296     if(GMX_FAHCORE)
 297         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
 298     endif(GMX_FAHCORE)
 299     if(GMX_DOUBLE)
 300         message(FATAL_ERROR  "The OpenMM-build does not support double precision calculations!")
 301     endif()
 302     # mark as advanced the unused variables
 303     mark_as_advanced(FORCE GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 304         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 305 else(GMX_OPENMM)
 306      mark_as_advanced(CLEAR GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 307         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 308 endif(GMX_OPENMM)
 309
 310
 311
 312
 313 ########################################################################
 314 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 315 ########################################################################
 316 include(CheckIncludeFiles)
 317 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 318 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 319 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 320 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 321 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 322 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 323 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 324 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 325
 326
 327 include(CheckFunctionExists)
 328 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 329 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 330 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 331 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 332 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 333 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 334 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 335 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 336 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 337 check_function_exists(lstat             HAVE_LSTAT)
 338 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 339
 340 include(CheckLibraryExists)
 341 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 342 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 343
 344
 345 include(CheckTypeSize)
 346
 347 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 348 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 349 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 350 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 351 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 352
 353 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 354     set(GMX_64_BIT TRUE)
 355 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 356     set(GMX_64_BIT FALSE)
 357 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 358
 359 include(TestBigEndian)
 360 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 361
 362
 363
 364
 365 ########################################################################
 366 # Find external packages                                               #
 367 ########################################################################
 368 if(UNIX AND NOT APPLE)
 369     if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 370         SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES .a ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 371         if(SHARED_LIBS_DEFAULT)
 372             if(BUILD_SHARED_LIBS) #Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 373                 message(WARNING "Static libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 374             elseif(NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS) #Change default to OFF. Don't warn if it's already off.
 375                 message(WARNING "Static libraries requested, the GROMACS libraries will also be build static (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 376                 set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 377             endif()
 378         endif()
 379     endif()
 380 endif()
 381 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 382
 383 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files" ON)
 384 if (GMX_XML)
 385   find_package(LibXml2)
 386   set(PKG_XML "")
 387   if(LIBXML2_FOUND)
 388     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 389     set(PKG_XML libxml-2.0)
 390     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 391   endif(LIBXML2_FOUND)
 392 endif(GMX_XML)
 393
 394 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 395 if (GMX_GSL)
 396   find_package(gsl)
 397   set(PKG_GSL "")
 398   if(GSL_FOUND)
 399     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 400     set(PKG_GSL gsl)
 401     set(HAVE_LIBGSL 1)
 402   endif(GSL_FOUND)
 403 endif (GMX_GSL)
 404
 405 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 406 if (GMX_X11)
 407         find_package(X11)
 408         # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 409         if(X11_FOUND)
 410         set(HAVE_X11 1)
 411         endif(X11_FOUND)
 412 endif(GMX_X11)
 413
 414 include(ThreadMPI)
 415 set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 416 if(GMX_THREAD_MPI)
 417     tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC CXX)
 418     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 419     set(GMX_MPI 1)
 420 else(GMX_THREAD_MPI)
 421     tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC CXX NOMPI)
 422 endif(GMX_THREAD_MPI)
 423
 424 if(GMX_OPENMM)
 425     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 426     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
 427     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 428     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 429         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 430     endif()
 431     find_package(OpenMM)
 432 endif(GMX_OPENMM)
 433
 434
 435 if(APPLE)
 436    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 437    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 438 endif(APPLE)
 439
 440 if(CYGWIN)
 441     set(GMX_CYGWIN 1)
 442 endif(CYGWIN)
 443
 444 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 445     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 446 endif()
 447
 448 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 449 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 450     if(USE_VERSION_H)
 451         # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 452         # found or the version is too small, we can't generate version information.
 453         find_package(Git)
 454
 455         # Find out the git version
 456         if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 457           execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 458             OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 459             OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 460           string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 461           set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 462           mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 463         endif()
 464
 465         if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 466           message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 467           set(USE_VERSION_H OFF)
 468         endif()
 469     endif()
 470 else()
 471     set(USE_VERSION_H OFF)
 472 endif()
 473
 474 option(GMX_INTERNAL_BOOST "Use minimal internal version of boost" OFF)
 475 if ( NOT GMX_INTERNAL_BOOST )
 476   find_package( Boost 1.36.0 )
 477 else ( NOT GMX_INTERNAL_BOOST )
 478   set (Boost_FOUND FALSE)
 479 endif( NOT GMX_INTERNAL_BOOST )
 480
 481 if(Boost_FOUND AND NOT Boost_VERSION VERSION_LESS "103600" )
 482   include_directories(${Boost_INCLUDE_DIRS})
 483 else()
 484   if(NOT BOOST_QUIETLY)
 485     message("Boost >= 1.36 not found. Using minimal internal version. Not recommended if GROMACS is used as library!")
 486   endif()
 487   include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost)
 488   add_definitions( -DBOOST_NO_TYPEID )  #TYPEID not supported for minimal internal version (would add significant more code)
 489   # TODO: Propagate the above settings to the installed CMakeFiles.txt template
 490   # (from share/template/)
 491   # TODO: Reorder stuff such that INCL_INSTALL_DIR could be used here
 492   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DBOOST_NO_TYPEID -I${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include/gromacs/external/boost")
 493   install(DIRECTORY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost/boost
 494           DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include/gromacs/external/boost
 495           COMPONENT development)
 496 endif()
 497 set(BOOST_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 498
 499 if (LIBXML2_FOUND)
 500     option(GMX_BUILD_UNITTESTS "Build unit tests with BUILD_TESTING (uses Google C++ Testing and Mocking Frameworks, requires libxml2)" ON)
 501 else (LIBXML2_FOUND)
 502     set(GMX_BUILD_UNITTESTS OFF)
 503 endif (LIBXML2_FOUND)
 504 mark_as_advanced(GMX_BUILD_UNITTESTS)
 505 set(MEMORYCHECK_SUPPRESSIONS_FILE ${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/legacy_and_external.supp)
 506
 507 find_package(Doxygen)
 508
 509 ########################################################################
 510 # Generate development version info for cache
 511 ########################################################################
 512 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 513 # include(gmxGenerateVersionString)
 514
 515 ########################################################################
 516 # Our own GROMACS tests
 517 ########################################################################
 518
 519 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 520 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src)
 521 # Required for config.h, maybe should only be set in src/CMakeLists.txt
 522 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 523 # Required for now to make old code compile
 524 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders)
 525
 526 include(gmxTestInlineASM)
 527 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 528
 529 include(gmxSetBuildInformation)
 530 gmx_set_build_information()
 531 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp")
 532     # The timestep counter headers do not include config.h
 533     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 534 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp")
 535
 536 include(gmxTestFloatFormat)
 537 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 538                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 539                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 540
 541 include(gmxTestLargeFiles)
 542 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 543 check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 544
 545 include(gmxTestSignal)
 546 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 547
 548 include(gmxTestInline)
 549 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 550
 551 include(gmxTestPipes)
 552 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 553
 554 include(gmxTestIsfinite)
 555 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 556 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 557 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 558
 559 include(gmxTestCXX11)
 560 gmx_test_cxx11(GMX_CXX11 CXX11_FLAG)
 561 set(GROMACS_CXX_FLAGS "${CXX11_FLAG} ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
 562
 563 include(gmxTestXDR)
 564 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 565 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 566     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 567     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 568 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 569
 570 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 571 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 572 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 573     # nothing to do
 574 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 575
 576     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" GROMACS_C_FLAGS)
 577     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG)
 578         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_C_FLAGS)
 579     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG)
 580
 581     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 582     if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG)
 583         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 584     endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG)
 585
 586     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 587
 588     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 589     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 590
 591     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 592         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 593     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 594
 595     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 596     set(GMX_X86_SSE2 1)
 597     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 598       message(STATUS "Enabling SSE2 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 599     endif()
 600
 601 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 602
 603     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" GROMACS_C_FLAGS)
 604     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG)
 605         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" GROMACS_C_FLAGS)
 606     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG)
 607     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 608         message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or disable SSE4.1 for slightly lower performance.")
 609         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 610         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 611         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_C_FLAGS)
 612     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 613
 614     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" GROMACS_CXX_FLAG)
 615     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG)
 616        GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" GROMACS_CXX_FLAGS)
 617     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG)
 618     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 619         message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or disable SSE4.1 for slightly lower performance.")
 620         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 621         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 622         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 623     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 624
 625     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 626     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 627
 628     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 629         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 630     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 631
 632     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 633     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 634     set(GMX_X86_SSE2   1)
 635     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 636       message(STATUS "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 637     endif()
 638
 639 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 640
 641     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 642
 643     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" GROMACS_C_FLAGS)
 644     if (NOT GNU_AVX_CFLAG)
 645         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" GROMACS_C_FLAGS)
 646     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG)
 647     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 648         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or disable AVX for much lower performance.")
 649     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 650
 651     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" GROMACS_CXX_FLAGS)
 652     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG)
 653        GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" GROMACS_CXX_FLAGS)
 654     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG)
 655     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 656        message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or disable AVX for much lower performance.")
 657     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 658
 659     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 660     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 661
 662     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 663         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 664     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 665
 666     # AMD says we should include x86intrin.h for FMA support, but MSVC seems to do fine without it, so don't require it.
 667     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 668
 669     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 670     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 671     set(GMX_X86_SSE2   1)
 672
 673     # But just enable one of the choices internally...
 674     if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 675         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 676         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 677           message(STATUS "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add), and it will help compiler optimization.")
 678         endif()
 679     else()
 680         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 681         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 682         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 683           message(STATUS "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 684         endif()
 685     endif()
 686
 687 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 688
 689 #    Fortran is temporarily disabled while we push in nbNxN kernels.
 690 #    We need to fake it a bit here to avoid jenkins build errors!
 691 #    add_definitions(-DGMX_FORTRAN)
 692
 693 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 694 # GMX_ACCELERATION=BlueGene should be set in the Toolchain-BlueGene?-???.cmake file
 695     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 696       message(STATUS "Configuring for BlueGene")
 697     endif()
 698     set(GMX_BLUEGENE 1)
 699     if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 700         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 701         set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 702     endif (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 703     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 704     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 705     set(GMX_X11 OFF CACHE BOOL "X11 not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 706     set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL "Thread-MPI not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 707     set(GMX_MPI ON CACHE BOOL "Use MPI on BlueGene" FORCE)
 708 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 709     set(GMX_POWER6 1)
 710     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on Power6" FORCE)
 711     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on Power6" FORCE)
 712 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 713     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, Fortran, BlueGene, Power6")
 714 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 715 set(ACCELERATION_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 716
 717 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 718     if (GMX_THREAD_MPI)
 719         message(FATAL_ERROR "FORTRAN/POWER6 is incompatible with thread-MPI and only provides a speed-up on certain IBM compilers. Disable FORTRAN (or threads if you really want to use FORTRAN kernels).")
 720     endif(GMX_THREAD_MPI)
 721     enable_language(Fortran)
 722     include(FortranCInterface)
 723     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 724     if(extra_under_score)
 725         set(extrasuffix "_")
 726     endif(extra_under_score)
 727     if(prefix)
 728       set(prefix "${prefix} ##")
 729     endif(prefix)
 730     if(suffix)
 731       set(suffix "## ${suffix}")
 732       if(extrasuffix)
 733         set(extrasuffix "${suffix}${extrasuffix}")
 734       endif(extrasuffix)
 735     else(suffix)
 736       if(extrasuffix)
 737         # Don't know if this is needed, but it can't hurt
 738         set(extrasuffix "## ${extrasuffix}")
 739       endif(extrasuffix)
 740     endif(suffix)
 741
 742     if(isupper)
 743         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} NAME ${suffix}")
 744         # The underscored versions are not currently used.
 745         #set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} NAME ${extrasuffix}")
 746     else(isupper)
 747         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} name ${suffix}")
 748         #set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} name ${extrasuffix}")
 749     endif(isupper)
 750 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 751         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 752         #set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 753 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 754
 755 # Process QM/MM Settings
 756 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 757 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 758     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 759 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 760     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 761 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 762     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 763 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 764     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 765 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 766     # nothing to do
 767 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 768     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 769 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 770
 771 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 772 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 773 set(PKG_FFT "")
 774 set(PKG_FFT_LIBS "")
 775 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 776     if(GMX_DOUBLE)
 777         find_package(FFTW 3 COMPONENTS fftw)
 778     else(GMX_DOUBLE)
 779         find_package(FFTW 3 COMPONENTS fftwf)
 780     endif(GMX_DOUBLE)
 781     if(NOT FFTW_FOUND)
 782       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW3 (with correct precision - libfftw3f for single precision GROMACS or libfftw3 for double precision GROMACS). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 783     endif(NOT FFTW_FOUND)
 784     include_directories(${FFTW_INCLUDE_DIRS})
 785     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW_LIBRARIES})
 786     set(PKG_FFT "${FFTW_PKG}")
 787
 788     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 789
 790     if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE" AND NOT FFTW_HAVE_SSE)
 791       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SSE support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 792     endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE" AND NOT FFTW_HAVE_SSE)
 793
 794 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 795 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 796     find_package(MKL REQUIRED)
 797     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 798     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 799     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
 800
 801     set(GMX_FFT_MKL 1)
 802     set(HAVE_MKL 1)
 803
 804 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 805 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 806 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 807 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 808     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 809     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 810 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 811     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
 812 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 813
 814 set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 815 set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 816 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 817 if(NOT HAVE_MKL AND NOT ACCELERATE_FRAMEWORK)
 818   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 819     if (GMX_BLAS_USER)
 820         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
 821     else(GMX_BLAS_USER)
 822         set(BLAS_FIND_QUIETLY ON)
 823         find_package(BLAS)
 824         if (BLAS_FOUND)
 825           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
 826         else()
 827           MESSAGE(STATUS "Using internal BLAS library")
 828           set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in" FORCE)
 829         endif()
 830     endif(GMX_BLAS_USER)
 831   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 832   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 833     if (GMX_LAPACK_USER)
 834         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
 835     else(GMX_LAPACK_USER)
 836         set(LAPACK_FIND_QUIETLY ON)
 837         find_package(LAPACK)
 838         if (LAPACK_FOUND)
 839           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
 840         else()
 841           MESSAGE(STATUS "Using internal LAPACK library")
 842           set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in" FORCE)
 843         endif()
 844     endif(GMX_LAPACK_USER)
 845   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 846 endif()
 847 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 848 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 849
 850 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
 851 set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
 852 mark_as_advanced(GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
 853
 854 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
 855   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
 856     # Native Windows does not have, nor need dlopen
 857     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
 858     include(gmxTestdlopen)
 859     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
 860   endif()
 861
 862   find_package(VMD)
 863
 864   # Test for unsuitable versions of VMD
 865
 866   if(VMD_FOUND AND NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
 867     message(STATUS "Checking for suitable VMD version")
 868     exec_program(${VMD_EXECUTABLE}
 869       ARGS --help
 870       OUTPUT_VARIABLE VMD_HELP
 871       RETURN_VALUE VMD_EXEC_RETURN)
 872
 873     if(VMD_EXEC_RETURN EQUAL 0)
 874       # This is the accepted idiom for subexpression matching, unfortunately
 875       string(REGEX REPLACE ".*VMD for .*, version ([0-9]+\\.[0-9]*\\.?[0-9]*).*" "\\1" VMD_VERSION ${VMD_HELP})
 876       string(REGEX REPLACE ".*VMD for (.*), version .*" "\\1" VMD_ARCH ${VMD_HELP})
 877
 878       if(VMD_VERSION VERSION_LESS "1.8")
 879         MESSAGE(WARNING "Found VMD version ${VMD_VERSION}, but GROMACS needs at least 1.8")
 880         unset(VMD_EXECUTABLE)
 881         set(VMD_FOUND FALSE)
 882       else()
 883         message(STATUS "VMD version ${VMD_VERSION} is suitable")
 884         if(DEFINED ENV{VMDDIR})
 885           # This permits GROMACS to avoid hard-coding a fall-back
 886           # path that it can tell right now would be useless.
 887           set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH "$ENV{VMDDIR}/plugins/${VMD_ARCH}/molfile" CACHE PATH "Path to VMD plugins for molfile I/O")
 888         else()
 889           set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH "/usr/local/lib/vmd/plugins/*/molfile" CACHE PATH "Path to VMD plugins for molfile I/O")
 890         endif()
 891       endif()
 892
 893       # clean up
 894       unset(VMD_HELP)
 895       unset(VMD_VERSION)
 896       unset(VMD_ARCH)
 897     endif()
 898   endif()
 899
 900   # so, should we use plug-ins?
 901   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
 902     if (NOT VMD_QUIETLY)
 903       MESSAGE(STATUS "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file formats).")
 904     endif(NOT VMD_QUIETLY)
 905     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
 906     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
 907     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
 908   else()
 909     set(PKG_DL_LIBS)
 910   endif()
 911 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
 912 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 913
 914 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
 915     if(NOT CMAKE_CROSSCOMPILING)
 916         option(GMX_BUILD_MANPAGES "Build man pages" ON)
 917     else()
 918         message(STATUS "Building the man pages is not available when "
 919             "cross-compiling the developer version from git")
 920     endif()
 921 else()
 922     #make sure source package contains all man pages
 923     if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/man/man1/ngmx.1")
 924         message(FATAL_ERROR "Man pages are missing from source package.")
 925     endif()
 926 endif()
 927 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANPAGES)
 928
 929 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 930 if(HAVE_LIBM)
 931     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 932 endif(HAVE_LIBM)
 933
 934 if(GMX_FAHCORE)
 935   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 936       "Path to swindirect.h")
 937   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 938 endif(GMX_FAHCORE)
 939
 940 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 941 # these are set after everything else
 942 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 943     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
 944         FORCE)
 945     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
 946         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 947     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
 948         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 949     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
 950         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
 951         CACHE STRING "Linker flags" FORCE)
 952 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 953
 954 ######################################
 955 # Output compiler and CFLAGS used
 956 ######################################
 957 execute_process(COMMAND ${CMAKE_C_COMPILER} --version RESULT_VARIABLE TMP_RESULT OUTPUT_VARIABLE CC_VERSION ERROR_VARIABLE CC_VERSION)
 958 #try executing just the compiler command if that failed...
 959 if(TMP_RESULT)
 960     execute_process(COMMAND ${CMAKE_C_COMPILER} RESULT_VARIABLE TMP_RESULT OUTPUT_VARIABLE CC_VERSION ERROR_VARIABLE CC_VERSION)
 961 endif()
 962 string(LENGTH "${CC_VERSION}" len)
 963 if(len)
 964     string(REGEX MATCH "[^\n]*" CC_VERSION "${CC_VERSION}")
 965 endif()
 966
 967 set(BUILD_COMPILER "@CMAKE_C_COMPILER@ @CMAKE_C_COMPILER_ID@ @CC_VERSION@")
 968 set(BUILD_CFLAGS "@CMAKE_C_FLAGS@")
 969 if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "Debug")
 970     set(BUILD_CFLAGS "@BUILD_CFLAGS@ @CMAKE_C_FLAGS_DEBUG@")
 971 elseif(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "Release")
 972     set(BUILD_CFLAGS "@BUILD_CFLAGS@ @CMAKE_C_FLAGS_RELEASE@")
 973 elseif(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "MinSizeRel")
 974     set(BUILD_CFLAGS "@BUILD_CFLAGS@ @CMAKE_C_FLAGS_MINSIZEREL@")
 975 elseif(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "RelWithDebInfo")
 976     set(BUILD_CFLAGS "@BUILD_CFLAGS@ @CMAKE_C_FLAGS_RELWITHDEBINFO@")
 977 endif()
 978
 979
 980 ########################################################################
 981 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 982 ########################################################################
 983 if ( DEFINED GMXLIB )
 984     set(LIB_INSTALL_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${GMXLIB}")
 985 else()
 986     set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 987 endif()
 988 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 989 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 990 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 991 set(INCL_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
 992
 993 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 994
 995 ##################################################################
 996 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
 997 ##################################################################
 998 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
 999     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1000     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1001     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "${LIB_INSTALL_DIR}")
1002     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1003 endif()
1004
1005 add_subdirectory(share)
1006 add_subdirectory(man)
1007 add_subdirectory(src)
1008 add_subdirectory(scripts)
1009
1010 #######################
1011 ## uninstall target
1012 #######################
1013     CONFIGURE_FILE(
1014                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1015                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1016                    IMMEDIATE @ONLY)
1017 ###########################
1018 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1019                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1020                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1021 ###########################
1022
1023 ########################################################################
1024 # Doxygen configuration
1025 ########################################################################
1026 if (DOXYGEN_FOUND)
1027     FILE(GLOB NB_KERNEL_DIRS src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_*/)
1028     LIST(REMOVE_ITEM NB_KERNEL_DIRS
1029          ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_c)
1030     FOREACH(NB_KERNEL_DIR ${NB_KERNEL_DIRS})
1031         SET(NB_KERNEL_DIRS_TO_IGNORE_IN_DOXYGEN
1032             "${NB_KERNEL_DIRS_TO_IGNORE_IN_DOXYGEN} \\\n                         ${NB_KERNEL_DIR}")
1033     ENDFOREACH(NB_KERNEL_DIR)
1034     CONFIGURE_FILE(${CMAKE_SOURCE_DIR}/Doxyfile-common.cmakein
1035                    ${CMAKE_BINARY_DIR}/Doxyfile-common)
1036     CONFIGURE_FILE(${CMAKE_SOURCE_DIR}/Doxyfile.cmakein
1037                    ${CMAKE_BINARY_DIR}/Doxyfile)
1038     CONFIGURE_FILE(${CMAKE_SOURCE_DIR}/Doxyfile-lib.cmakein
1039                    ${CMAKE_BINARY_DIR}/Doxyfile-lib)
1040     CONFIGURE_FILE(${CMAKE_SOURCE_DIR}/Doxyfile-user.cmakein
1041                    ${CMAKE_BINARY_DIR}/Doxyfile-user)
1042     add_custom_target(doc
1043       ${DOXYGEN_EXECUTABLE} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/Doxyfile
1044       WORKING_DIRECTORY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
1045       COMMENT "Generating full documentation with Doxygen" VERBATIM)
1046     add_custom_target(doc-user
1047       ${DOXYGEN_EXECUTABLE} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/Doxyfile-user
1048       WORKING_DIRECTORY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
1049       COMMENT "Generating user documentation with Doxygen" VERBATIM)
1050     add_custom_target(doc-lib
1051       ${DOXYGEN_EXECUTABLE} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/Doxyfile-lib
1052       WORKING_DIRECTORY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
1053       COMMENT "Generating libary documentation with Doxygen" VERBATIM)
1054 endif (DOXYGEN_FOUND)
1055
1056
1057 ########################################################################
1058 # Tests                                                                #
1059 ########################################################################
1060
1061 include(CTest)
1062 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
1063 IF(BUILD_TESTING)
1064     enable_testing()
1065     add_subdirectory(tests)
1066 ENDIF()
1067