CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
   2
   3 project(Gromacs)
   4 include(Dart)
   5 mark_as_advanced(DART_ROOT)
   6 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
   7 # VERSION[-dev-SUFFIX] where the VERSION can have any form and the suffix
   8 set(PROJECT_VERSION "4.5.1")
   9 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  10     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  11 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  12 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  13     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  14 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  15 set(SOVERSION 6)
  16 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  17 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
  18 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "5")
  19 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "1")
  20
  21
  22 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  23 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  24
  25 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT)
  26 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "" FORCE)
  27 endif()
  28
  29 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  30     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
  31 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  32
  33 enable_language(C)
  34
  35 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
  36 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  37 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  38 set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
  39 set(CPACK_INCLUDE_TOPLEVEL_DIRECTORY 0)
  40 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  41 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  42 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallLicense.txt")
  43 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  44
  45 #must come after all cpack settings!
  46 include(CPack)
  47
  48
  49 ########################################################################
  50 # Fix stupid flags on MSVC
  51 ########################################################################
  52 SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
  53 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  54     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  55     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  56     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  57     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  58     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
  59 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  60
  61 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  62
  63
  64
  65 ######################################################################
  66 # compiler tests
  67 # these need ot be done early (before further tests).
  68 #####################################################################
  69
  70 include(CheckCCompilerFlag)
  71 include(CheckCXXCompilerFlag)
  72
  73 include(gmxCFlags)
  74 gmx_c_flags()
  75
  76 ########################################################################
  77 # User input options                                                   #
  78 ########################################################################
  79 option(GMX_DOUBLE "Use double precision. Much slower, use only if needed!)" OFF)
  80 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
  81 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (thread-based) version of GROMACS)" ON)
  82 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
  83 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  84 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
  85 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
  86 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library" OFF)
  87 set(GMX_ACCELERATION "auto"
  88     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
  89
  90 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
  91     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
  92 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
  93        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
  94 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
  95 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
  96     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
  97 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
  98 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
  99 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 100 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 101 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 102 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
 103 mark_as_advanced(GMX_DLOPEN)
 104
 105
 106 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
 107 mark_as_advanced(GMX_IA32_ASM)
 108 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
 109 mark_as_advanced(GMX_X86_64_ASM)
 110
 111 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
 112 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
 113
 114 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default GROMACS suffixes" ON)
 115 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double).")
 116 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
 117   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for mpi, _mpi_d for mpi and double).")
 118 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 119   if (GMX_MPI)
 120     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
 121   endif(GMX_MPI)
 122   if (GMX_DOUBLE)
 123     set (GMX_BINARY_SUFFIX "_d")
 124     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
 125   endif(GMX_DOUBLE)
 126   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 127 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 128    mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 129 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 130
 131 set(PKG_CFLAGS "")
 132 if(GMX_DOUBLE)
 133   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 134 endif(GMX_DOUBLE)
 135 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 136   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 137 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 138
 139 ########################################################################
 140 #Process MPI settings
 141 ########################################################################
 142 if(GMX_MPI)
 143         MESSAGE(WARNING "
 144             There are known problems with some MPI implementations:
 145                      OpenMPI version < 1.4.1
 146                      MVAPICH2 version <= 1.4.1                               *")
 147     if(GMX_THREADS)
 148         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
 149         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL
 150             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
 151     endif(GMX_THREADS)
 152     find_package(MPI)
 153     if(MPI_FOUND)
 154         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
 155         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
 156
 157         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
 158         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
 159         add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
 160         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
 161         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
 162             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 163         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
 164     else(MPI_FOUND)
 165         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
 166     endif(MPI_FOUND)
 167     include(gmxTestCatamount)
 168     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
 169     if(GMX_CRAY_XT3)
 170         set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_CRAY_XT3")
 171         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
 172         set(GMX_NO_NICE 1)
 173     endif(GMX_CRAY_XT3)
 174     set(GMX_LIB_MPI 1)
 175     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_LIB_MPI")
 176 endif(GMX_MPI)
 177
 178
 179 #######################################################################
 180 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
 181 #######################################################################
 182 if(GMX_OPENMM)
 183     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
 184     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
 185     message(STATUS "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, using fftpack!")
 186     set (GMX_FFT_LIBRARY "fftpack" CACHE STRING
 187                 "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, using fftpack!" FORCE)
 188     if(GMX_MPI)
 189         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
 190     endif(GMX_MPI)
 191     if(GMX_THREADS)
 192         message(STATUS "Threads not compatible with OpenMM build, disabled!")
 193         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL
 194                 "Threads not compatible with OpenMM build, disabled!" FORCE)
 195     endif(GMX_THREADS)
 196     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 197         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF FORCE)
 198     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 199     if(NOT GMX_ACCELERATION MATCHES "^(none|None|NONE)")
 200         message(WARNING "CPU-based acceleration turned off, OpenMM does not support/need any!")
 201         unset(GMX_ACCELERATION CACHE)
 202         set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING
 203                 "CPU-based acceleration turned off, OpenMM does not support/need any!" FORCE)
 204     endif()
 205     if(GMX_FAHCORE)
 206         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
 207     endif(GMX_FAHCORE)
 208 endif(GMX_OPENMM)
 209
 210
 211 ########################################################################
 212 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 213 ########################################################################
 214 include(CheckIncludeFiles)
 215 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 216 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 217 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 218 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 219 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 220 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 221 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 222 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 223 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 224 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 225 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 226 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 227 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 228 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 229 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 230 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 231 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 232 # SSE support
 233 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 234 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 235 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 236 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 237 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 238
 239
 240 include(CheckFunctionExists)
 241 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 242 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 243 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 244 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 245 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 246 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 247 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 248 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 249 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 250 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 251 check_function_exists(isfinite          HAVE_ISFINITE)
 252 check_function_exists(_isfinite         HAVE__ISFINITE)
 253 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 254 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 255 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 256 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 257
 258 include(CheckLibraryExists)
 259 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 260 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 261
 262
 263 include(CheckTypeSize)
 264
 265 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 266 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 267 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 268 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 269 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 270 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 271
 272 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 273     set(GMX_64_BIT TRUE)
 274 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 275     set(GMX_64_BIT FALSE)
 276 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 277
 278 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 279 check_type_size(uid_t uid_t)
 280 if(NOT uid_t)
 281   set(uid_t int)
 282 else(NOT uid_t)
 283   set(uid_t 0)
 284 endif(NOT uid_t)
 285
 286 check_type_size(gid_t gid_t)
 287 if(NOT gid_t)
 288   set(gid_t 1)
 289 else(NOT gid_t)
 290   set(gid_t 0)
 291 endif(NOT gid_t)
 292
 293 check_type_size(size_t size_t)
 294 if(NOT size_t)
 295   set(size_t int)
 296 else(NOT size_t)
 297   set(size_t 0)
 298 endif(NOT size_t)
 299
 300 check_type_size(off_t off_t)
 301 if(NOT off_t)
 302   set(off_t int)
 303 else(NOT off_t)
 304   set(off_t 0)
 305 endif(NOT off_t)
 306
 307 include(TestBigEndian)
 308 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 309
 310
 311
 312
 313 ########################################################################
 314 # Find external packages                                               #
 315 ########################################################################
 316
 317 find_package(LibXml2)
 318 set(PKG_XML "")
 319 if(LIBXML2_FOUND)
 320     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 321     set(PKG_XML libxml-2.0)
 322     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 323     set(HAVE_LIBXML2 1)
 324 endif(LIBXML2_FOUND)
 325
 326 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 327 if (GMX_X11)
 328         find_package(X11)
 329         # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 330         if(X11_FOUND)
 331         set(HAVE_X11 1)
 332         endif(X11_FOUND)
 333 endif(GMX_X11)
 334
 335 if(GMX_THREADS)
 336     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREADS")
 337     include(ThreadMPI)
 338     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 339     set(GMX_MPI 1)
 340     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 341     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 342         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
 343     endif()
 344 endif(GMX_THREADS)
 345
 346 if(GMX_OPENMM)
 347     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 348     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
 349     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 350     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 351         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 352     endif()
 353     find_package(OpenMM)
 354 endif(GMX_OPENMM)
 355
 356 if(APPLE)
 357    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 358    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 359 endif(APPLE)
 360
 361 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 362 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 363     if(USE_VERSION_H)
 364         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not
 365         # fund or the version is too small, we can't generate version information.
 366         find_package(Git 1.5.1)
 367         # this should at some point become VERSION_LESS
 368         if(NOT Git_FOUND OR Git_VERSION STRLESS "1.5.1")
 369             message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 370         endif()
 371     endif()
 372 else()
 373     set(USE_VERSION_H OFF)
 374 endif()
 375
 376 if (GMX_DLOPEN)
 377     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS})
 378 endif (GMX_DLOPEN)
 379
 380 ########################################################################
 381 # Generate development version info for cache
 382 ########################################################################
 383 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 384 # include(gmxGenerateVersionString)
 385
 386 ########################################################################
 387 # Our own GROMACS tests
 388 ########################################################################
 389
 390 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 391 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 392 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 393
 394 include(gmxCheckBuildUserTime)
 395 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 396
 397 include(gmxTestFloatFormat)
 398 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 399                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 400                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 401
 402 include(gmxTestLargeFiles)
 403 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 404 check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 405
 406 include(gmxTestSignal)
 407 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
 408 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 409
 410 include(gmxTestInline)
 411 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 412
 413 include(gmxTestRestrict)
 414 gmx_test_inline(RESTRICT_KEYWORD)
 415
 416 include(gmxTestPipes)
 417 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 418
 419 include(gmxTestInlineASM)
 420 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 421 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 422
 423 # turn on SSE if supported with reasonable defaults.
 424 if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
 425   if(CMAKE_SYSTEM_PROCESSOR MATCHES "^(i.86|x86|x64|x86_64|AMD64|amd64)")
 426
 427     set(GMX_ACCELERATION "SSE" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec" FORCE)
 428
 429     if (GMX_64_BIT)
 430       set(GMX_X86_64_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for x86_64" FORCE)
 431     else (GMX_64_BIT)
 432       set(GMX_IA32_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for i386" FORCE)
 433     endif (GMX_64_BIT)
 434
 435     # Determine the assembler/compiler to use
 436   else()
 437     set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec" FORCE)
 438   endif()
 439 endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
 440
 441
 442 include(gmxTestXDR)
 443 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 444 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 445     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 446     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 447 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 448
 449 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 450     enable_language(Fortran)
 451     include(FortranCInterface)
 452     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 453     if(extra_under_score)
 454         set(extrasuffix "_")
 455     endif(extra_under_score)
 456
 457     if(isupper)
 458         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## NAME ## ${suffix}")
 459         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## NAME ## ${suffix}${extrasuffix}")
 460     else(isupper)
 461         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## name ## ${suffix}")
 462         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## name ## ${suffix}${extrasuffix}")
 463     endif(isupper)
 464 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 465         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 466         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 467 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 468
 469
 470 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 471 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 472 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 473   # nothing to do
 474 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 475
 476     if(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
 477       option(GMX_ASM_USEASM-NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" ON)
 478     else()
 479       option(GMX_ASM_USEASM-NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" OFF)
 480     endif()
 481         mark_as_advanced(GMX_ASM_USEASM-NASM)
 482
 483     if (NOT GMX_64_BIT)
 484         # for 32-bit compiles, we might need to turn on sse
 485         CHECK_C_COMPILER_FLAG("-msse2" XFLAGS_SSE)
 486         if (XFLAGS_SSE)
 487             set(GROMACS_C_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_C_FLAGS}")
 488         endif (XFLAGS_SSE)
 489         CHECK_CXX_COMPILER_FLAG("-msse2" XXFLAGS_SSE)
 490         if (XXFLAGS_SSE)
 491             set(GROMACS_CXX_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
 492         endif (XXFLAGS_SSE)
 493     endif (NOT GMX_64_BIT)
 494
 495     if(GMX_IA32_ASM)
 496       if(GMX_DOUBLE)
 497         set(GMX_IA32_SSE2 1)
 498       else()
 499         set(GMX_IA32_SSE 1)
 500       endif()
 501     elseif(GMX_X86_64_ASM)
 502       if(GMX_DOUBLE)
 503         set(GMX_X86_64_SSE2 1)
 504       else()
 505         set(GMX_X86_64_SSE 1)
 506       endif()
 507     endif()
 508
 509 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 510 #        set(GMX_SSE3 1)
 511 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 512 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 513 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 514 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 515
 516 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 517     set(GMX_FORTRAN 1)
 518 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 519     set(GMX_BLUEGENE 1)
 520 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 521     set(GMX_POWER6 1)
 522 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 523     set(GMX_IA64_ASM 1)
 524     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 525     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 526 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 527     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 528     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 529         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 530     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 531 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 532     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of auto, none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 533 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 534
 535
 536
 537
 538
 539
 540
 541 # Process QM/MM Settings
 542 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 543 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 544     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 545 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 546     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 547 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 548     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 549 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 550     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 551 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 552     # nothing to do
 553 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 554     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 555 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 556
 557 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 558 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 559 set(PKG_FFT "")
 560 set(PKG_FFT_LIBS "")
 561 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 562 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
 563     if(GMX_DOUBLE)
 564         find_package(FFTW3 REQUIRED)
 565                 include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
 566         set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
 567         set(PKG_FFT "fftw3")
 568     else(GMX_DOUBLE)
 569         find_package(FFTW3F REQUIRED)
 570         include_directories(${FFTW3F_INCLUDE_DIR})
 571         set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3F_LIBRARIES})
 572         set(PKG_FFT "fftw3f")
 573     endif(GMX_DOUBLE)
 574
 575     if(NOT FFTW3_FOUND AND NOT FFTW3F_FOUND)
 576         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 577     endif(NOT FFTW3_FOUND AND NOT FFTW3F_FOUND)
 578
 579     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 580
 581 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 582 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
 583     if(GMX_DOUBLE)
 584         find_package(FFTW2 REQUIRED)
 585     else(GMX_DOUBLE)
 586         find_package(FFTW2F REQUIRED)
 587     endif(GMX_DOUBLE)
 588
 589     if(NOT FFTW2_FOUND)
 590            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 591     endif(NOT FFTW2_FOUND)
 592     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
 593     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
 594     set(PKG_FFT_LIBS ${FFTW2_LIBRARIES})
 595
 596     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 597         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
 598     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
 599         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
 600     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 601         set(FFTW2_NAME_FFTW 1)
 602     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 603
 604     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
 605 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 606 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 607     find_package(MKL REQUIRED)
 608     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 609     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 610     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
 611
 612     set(GMX_FFT_MKL 1)
 613     set(HAVE_MKL 1)
 614
 615 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 616 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 617 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 618 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 619     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 620     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 621 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 622     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
 623 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 624
 625 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 626 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 627   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 628   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 629 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 630   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 631   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 632 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 633 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 634 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 635
 636 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 637 if(HAVE_LIBM)
 638     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 639 endif(HAVE_LIBM)
 640
 641
 642
 643 if(GMX_FAHCORE)
 644   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 645       "Path to swindirect.h")
 646   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 647 endif(GMX_FAHCORE)
 648
 649 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 650 # these are set after everything else
 651 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 652     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
 653         FORCE)
 654     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
 655         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 656     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
 657         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 658     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
 659         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
 660         CACHE STRING "Linker flags" FORCE)
 661 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 662
 663 ########################################################################
 664 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 665 ########################################################################
 666 set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 667 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 668 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 669 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 670 set(INCL_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
 671
 672 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 673
 674 ##################################################################
 675 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
 676 ##################################################################
 677 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
 678     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
 679     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH TRUE)
 680     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "${LIB_INSTALL_DIR}")
 681     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
 682 endif()
 683
 684 add_subdirectory(share)
 685 add_subdirectory(include)
 686 add_subdirectory(man)
 687 add_subdirectory(src)
 688 add_subdirectory(scripts)
 689
 690 #######################
 691 ## uninstall target
 692 #######################
 693     CONFIGURE_FILE(
 694                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
 695                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
 696                    IMMEDIATE @ONLY)
 697 ###########################
 698 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
 699                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
 700                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
 701 ###########################
 702
 703
 704 ########################################################################
 705 # Tests                                                                #
 706 ########################################################################
 707
 708 include(CTest)
 709 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
 710 IF(BUILD_TESTING)
 711         enable_testing()
 712         add_test(TestBuildAll make)
 713         add_subdirectory(tests)
 714 ENDIF()
 715