CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
   2
   3 project(Gromacs)
   4 include(Dart)
   5 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
   6 # VERSION[-dev-SUFFIX] where the VERSION can have any form and the suffix
   7 set(PROJECT_VERSION "4.0.99-dev-20100315"
   8     CACHE STRING "Gromacs version string")
   9
  10 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  11 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  12
  13 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  14     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
  15 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  16
  17 enable_language(C)
  18
  19
  20 ########################################################################
  21 # Fix stupid flags on MSVC
  22 ########################################################################
  23 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  24     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  25     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  26     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  27     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  28 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  29
  30 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  31
  32 ######################################################################
  33 # compiler tests
  34 # these need ot be done early (before further tests).
  35 #####################################################################
  36
  37 include(CheckCCompilerFlag)
  38 include(CheckCXXCompilerFlag)
  39
  40 # --- REMOVED as bugzilla 431 turned out to be a bug in GB
  41 # check for buggy GCC 4.1.x
  42 # include(gmxCheckGCCVersion)
  43
  44 include(gmxCFlags)
  45 gmx_c_flags()
  46
  47 ########################################################################
  48 # User input options                                                   #
  49 ########################################################################
  50 option(GMX_DOUBLE "Use double precision" OFF)
  51 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
  52 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (threaded-based) version of GROMACS)" ON)
  53 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
  54 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
  55 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library" OFF)
  56 set(GMX_ACCELERATION "auto"
  57     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
  58
  59 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
  60     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
  61 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
  62        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
  63 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
  64     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
  65 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
  66 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI)" OFF)
  67 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
  68 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
  69 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
  70
  71
  72 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
  73 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
  74 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
  75 option(GMX_DISABLE_GCC41_CHECK "Disable check for (buggy) gcc 4.1.x" OFF)
  76
  77 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries.")
  78
  79
  80
  81 ########################################################################
  82 #Process MPI settings
  83 ########################################################################
  84 if(GMX_MPI)
  85     if(GMX_THREADS)
  86         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
  87         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL
  88             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
  89     endif(GMX_THREADS)
  90     find_package(MPI)
  91     if(MPI_FOUND)
  92         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
  93         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
  94
  95         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
  96         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
  97         add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
  98         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
  99         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
 100             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 101         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
 102     else(MPI_FOUND)
 103         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
 104     endif(MPI_FOUND)
 105     include(gmxTestCatamount)
 106     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
 107     if(GMX_CRAY_XT3)
 108         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
 109         set(GMX_NO_NICE 1)
 110     endif(GMX_CRAY_XT3)
 111     set(GMX_LIB_MPI 1)
 112 endif(GMX_MPI)
 113
 114
 115 #######################################################################
 116 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
 117 #######################################################################
 118 if(GMX_OPENMM)
 119     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
 120     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
 121     set (GMX_FFT_LIBRARY "fftpack")
 122     if(GMX_MPI)
 123         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
 124     endif(GMX_MPI)
 125     if(GMX_THREADS)
 126         message(STATUS "Threads not compatible with OpenMM build, disabled")
 127         set(GMX_THREADS OFF)
 128     endif(GMX_THREADS)
 129     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 130         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF)
 131     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 132     if(NOT GMX_ACCELERATION MATCHES "auto|none|None|NONE" OR NOT ${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "")
 133         message(WARNING "The OpenMM build does not support other acceleration modes!")
 134         set(GMX_ACCELERATION "none")
 135     endif()
 136     if(GMX_FAHCORE)
 137         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
 138     endif(GMX_FAHCORE)
 139 endif(GMX_OPENMM)
 140
 141
 142
 143 ########################################################################
 144 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 145 ########################################################################
 146 include(CheckIncludeFiles)
 147 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 148 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 149 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 150 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 151 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 152 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 153 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 154 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 155 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 156 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 157 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 158 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 159 check_include_files(copyfile.h   HAVE_COPYFILE_H)
 160 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 161 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 162 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 163 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 164 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 165 # SSE support
 166 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 167 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 168 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 169 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 170 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 171
 172
 173 include(CheckFunctionExists)
 174 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 175 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 176 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 177 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 178 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 179 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 180 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 181 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 182 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 183 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 184 check_function_exists(isfinite          HAVE_ISFINITE)
 185 check_function_exists(_isfinite         HAVE__ISFINITE)
 186 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 187 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 188 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 189 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 190 check_function_exists(copyfile          HAVE_COPYFILE)
 191 # check_function_exists(CopyFile          HAVE_WIN_COPYFILE)
 192 # After large files? check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 193
 194 include(CheckLibraryExists)
 195 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 196 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 197
 198 include(CheckTypeSize)
 199 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 200 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 201 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 202 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 203 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 204 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 205
 206 if (SIZEOF_VOIDP LESS 8)
 207     set(GMX_64_BIT FALSE)
 208 else (SIZEOF_VOIDP LESS 8)
 209     set(GMX_64_BIT TRUE)
 210 endif (SIZEOF_VOIDP LESS 8)
 211
 212 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 213 check_type_size(uid_t uid_t)
 214 if(NOT uid_t)
 215   set(uid_t int)
 216 else(NOT uid_t)
 217   set(uid_t 0)
 218 endif(NOT uid_t)
 219
 220 check_type_size(gid_t gid_t)
 221 if(NOT gid_t)
 222   set(gid_t 1)
 223 else(NOT gid_t)
 224   set(gid_t 0)
 225 endif(NOT gid_t)
 226
 227 check_type_size(size_t size_t)
 228 if(NOT size_t)
 229   set(size_t int)
 230 else(NOT size_t)
 231   set(size_t 0)
 232 endif(NOT size_t)
 233
 234 check_type_size(off_t off_t)
 235 if(NOT off_t)
 236   set(off_t int)
 237 else(NOT off_t)
 238   set(off_t 0)
 239 endif(NOT off_t)
 240
 241 include(TestBigEndian)
 242 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 243
 244
 245
 246
 247 ########################################################################
 248 # Find external packages                                               #
 249 ########################################################################
 250
 251 find_package(LibXml2)
 252 set(PKG_XML "")
 253 if(LIBXML2_FOUND)
 254     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 255     set(PKG_XML libxml-2.0)
 256     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 257     set(HAVE_LIBXML2 1)
 258 endif(LIBXML2_FOUND)
 259
 260 find_package(gsl)
 261 set(PKG_GSL "")
 262 if(GSL_FOUND)
 263     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 264     set(PKG_GSL gsl)
 265     set(HAVE_LIBGSL 1)
 266 endif(GSL_FOUND)
 267
 268 find_package(X11)
 269 # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 270 if(X11_FOUND)
 271     set(HAVE_X11 1)
 272 endif(X11_FOUND)
 273
 274 if(GMX_THREADS)
 275     include(ThreadMPI)
 276     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 277     set(GMX_MPI 1)
 278     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 279     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 280         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
 281     endif()
 282 endif(GMX_THREADS)
 283
 284 if(GMX_OPENMM)
 285     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 286     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
 287     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 288     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 289         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 290     endif()
 291     find_package(OpenMM)
 292 endif(GMX_OPENMM)
 293
 294 if(APPLE)
 295    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 296    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 297 endif(APPLE)
 298
 299 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 300 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 301     if(USE_VERSION_H)
 302         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not
 303         # fund or the version is too small, we can't generate version information.
 304         find_package(Git 1.5.1)
 305         # this should at some point become VERSION_LESS
 306         if(NOT Git_FOUND OR Git_VERSION STRLESS "1.5.1")
 307             message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 308         endif()
 309     endif()
 310 else()
 311     set(USE_VERSION_H OFF)
 312 endif()
 313
 314 if (GMX_DLOPEN)
 315     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS})
 316 endif (GMX_DLOPEN)
 317
 318 ########################################################################
 319 # Generate development version info for cache
 320 ########################################################################
 321 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 322 # include(gmxGenerateVersionString)
 323
 324 ########################################################################
 325 # Our own GROMACS tests
 326 ########################################################################
 327
 328 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 329 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 330 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 331
 332 include(gmxCheckBuildUserTime)
 333 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 334
 335 include(gmxTestFloatFormat)
 336 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 337                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 338                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 339
 340 include(gmxTestLargeFiles)
 341 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 342
 343 include(gmxTestSignal)
 344 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
 345
 346 include(gmxTestInline)
 347 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 348
 349 include(gmxTestRestrict)
 350 gmx_test_inline(RESTRICT_KEYWORD)
 351
 352 include(gmxTestPipes)
 353 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 354
 355 include(gmxTestInlineASM)
 356 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 357 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 358
 359 # turn on SSE if supported with reasonable defaults.
 360 if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto")
 361     if (GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 362         set(GMX_ACCELERATION "SSE" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec" FORCE)
 363         if (GMX_64_BIT)
 364             set(GMX_X86_64_ASM ON CACHE BOOL
 365                 "Add SSE assembly files for x86_64" FORCE)
 366         else (GMX_64_BIT)
 367             set(GMX_IA32_ASM ON CACHE BOOL
 368                 "Add SSE assembly files for IA32" FORCE)
 369         endif (GMX_64_BIT)
 370     endif (GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 371 endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto")
 372
 373
 374
 375
 376 include(gmxTestXDR)
 377 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 378 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 379     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 380 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 381
 382 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 383     enable_language(Fortran)
 384     include(FortranCInterface)
 385     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 386     if(extra_under_score)
 387         set(extrasuffix "_")
 388     endif(extra_under_score)
 389
 390     if(isupper)
 391         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## NAME ## ${suffix}")
 392         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## NAME ## ${suffix}${extrasuffix}")
 393     else(isupper)
 394         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## name ## ${suffix}")
 395         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## name ## ${suffix}${extrasuffix}")
 396     endif(isupper)
 397 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 398         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 399         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 400 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 401
 402
 403 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 404 option(GMX_ASM_USECCOMPILER "Use C compiler for assembly" ON)
 405 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 406 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 407   # nothing to do
 408 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 409     if (NOT GMX_64_BIT)
 410         # for 32-bit compiles, we might need to turn on sse
 411         CHECK_C_COMPILER_FLAG("-msse2" XFLAGS_SSE)
 412         if (XFLAGS_SSE)
 413             set(GROMACS_C_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_C_FLAGS}")
 414         endif (XFLAGS_SSE)
 415         CHECK_CXX_COMPILER_FLAG("-msse2" XXFLAGS_SSE)
 416         if (XXFLAGS_SSE)
 417             set(GROMACS_CXX_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
 418         endif (XXFLAGS_SSE)
 419     endif (NOT GMX_64_BIT)
 420     if(HAVE_XMMINTRIN_H)
 421         if(GMX_IA32_ASM)
 422           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 423           set(GMX_IA32_SSE 1)
 424         else(GMX_IA32_ASM) #only use intrinsic if not using the ASM loops
 425           set(GMX_SSE 1)
 426         endif(GMX_IA32_ASM)
 427     endif(HAVE_XMMINTRIN_H)
 428     if(HAVE_EMMINTRIN_H)
 429         if(GMX_X86_64_ASM)
 430           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 431           set(GMX_X86_64_SSE 1)
 432         else(GMX_X86_64_ASM)  #only use intrinsic if not using the ASM loops
 433           if(NOT GMX_IA32_ASM)
 434             set(GMX_SSE2 1)
 435           endif(NOT GMX_IA32_ASM)
 436         endif(GMX_X86_64_ASM)
 437     endif(HAVE_EMMINTRIN_H)
 438 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 439 #        set(GMX_SSE3 1)
 440 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 441 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 442 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 443 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 444
 445 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 446     set(GMX_FORTRAN 1)
 447 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 448     set(GMX_BLUEGENE 1)
 449 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 450     set(GMX_POWER6 1)
 451 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 452     set(GMX_IA64_ASM 1)
 453     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 454     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 455 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 456     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 457     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 458         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 459     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 460 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 461     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 462 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 463
 464
 465
 466
 467
 468
 469
 470 # Process QM/MM Settings
 471 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 472 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 473     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 474 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 475     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 476 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 477     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 478 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 479     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 480 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 481     # nothing to do
 482 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 483     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 484 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 485
 486 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 487 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 488 set(PKG_FFT "")
 489 set(PKG_FFT_LIBS "")
 490 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 491 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
 492     if(GMX_DOUBLE)
 493         find_package(FFTW3 REQUIRED)
 494         set(PKG_FFT "fftw3")
 495     else(GMX_DOUBLE)
 496         find_package(FFTW3F REQUIRED)
 497         set(PKG_FFT "fftw3f")
 498     endif(GMX_DOUBLE)
 499
 500     if(NOT FFTW3_FOUND)
 501         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 502     endif(NOT FFTW3_FOUND)
 503
 504     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 505     include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
 506     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
 507
 508 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 509 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
 510     if(GMX_DOUBLE)
 511         find_package(FFTW2 REQUIRED)
 512     else(GMX_DOUBLE)
 513         find_package(FFTW2F REQUIRED)
 514     endif(GMX_DOUBLE)
 515
 516     if(NOT FFTW2_FOUND)
 517            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 518     endif(NOT FFTW2_FOUND)
 519     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
 520     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
 521     set(PKG_FFT_LIBS ${FFTW2_LIBRARIES})
 522
 523     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 524         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
 525     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
 526         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
 527     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 528         set(FFTW2_NAME_FFTW 1)
 529     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 530
 531     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
 532 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 533 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 534     find_package(MKL REQUIRED)
 535     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 536     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 537     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
 538
 539     set(GMX_FFT_MKL 1)
 540     set(HAVE_MKL 1)
 541
 542 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 543 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 544 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 545 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 546     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 547     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 548 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 549     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
 550 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 551
 552 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 553 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 554   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 555   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 556 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 557   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 558   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 559 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 560
 561 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 562 if(HAVE_LIBM)
 563     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 564 endif(HAVE_LIBM)
 565
 566
 567
 568 if(GMX_FAHCORE)
 569   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 570       "Path to swindirect.h")
 571   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 572 endif(GMX_FAHCORE)
 573
 574 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 575 # these are set after everything else
 576 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 577     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
 578         FORCE)
 579     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
 580         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 581     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
 582         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 583     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
 584         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
 585         CACHE STRING "Linker flags" FORCE)
 586 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 587
 588 ########################################################################
 589 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 590 ########################################################################
 591 set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 592 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 593 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 594 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 595 set(INCL_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
 596
 597 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 598
 599
 600 add_subdirectory(share)
 601 add_subdirectory(include)
 602 add_subdirectory(man)
 603
 604 add_subdirectory(src)
 605
 606 #######################
 607 ## uninstall target
 608 #######################
 609     CONFIGURE_FILE(
 610                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
 611                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
 612                    IMMEDIATE @ONLY)
 613 ###########################
 614 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
 615                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
 616                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
 617 ###########################
 618
 619
 620 ########################################################################
 621 # Tests                                                                #
 622 ########################################################################
 623
 624 enable_testing()
 625 add_test(TestBuildAll make)
 626
 627 add_subdirectory(tests)