CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
   2 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
   3 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
   4
   5 # CMake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
   6 # This needs to be set before project() in order to pick up toolchain files
   7 list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/Platform)
   8
   9 project(Gromacs)
  10
  11 set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  12 set(CMAKE_ARCHIVE_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  13 set(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin)
  14
  15 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  16 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  17 #
  18 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  19 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  20 # machine with no git.
  21 #
  22 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  23 set(PROJECT_VERSION "5.0-dev")
  24 # The version number of the regressiontest tarball against which this
  25 # git branch can be tested. Normally, this will be the version of the
  26 # last patch release. Comment the next line out for branches leading
  27 # to a major/minor release.
  28 set(REGRESSIONTEST_VERSION "4.6.2")
  29 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  30     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  31 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  32 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  33     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  34 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  35 set(SOVERSION 8)
  36 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  37 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "5")
  38 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "0")
  39 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  40
  41 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  42 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  43 math(EXPR NUM_VERSION
  44     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  45 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  46     math(EXPR NUM_VERSION
  47          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  48 endif()
  49
  50 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  51 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  52 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  53 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  54 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  55 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  56
  57 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  58     set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  59 endif()
  60
  61 set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
  62 mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
  63
  64 include(gmxBuildTypeReference)
  65
  66 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  67     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference." FORCE)
  68 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  69
  70 enable_language(C)
  71 enable_language(CXX)
  72
  73 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
  74 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  75 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  76 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  77 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  78 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/COPYING")
  79 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  80 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES "\\\\.isreposource$;\\\\.git/;\\\\.gitignore$")
  81 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
  82 set(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/share/man;share/man")
  83 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
  84
  85 #must come after all cpack settings!
  86 include(CPack)
  87
  88 # Set a default valgrind suppression file.
  89 # This unfortunately needs to duplicate information from CTest to work as
  90 # expected...
  91 set(MEMORYCHECK_SUPPRESSIONS_FILE
  92     "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/legacy_and_external.supp"
  93     CACHE FILEPATH
  94     "File that contains suppressions for the memory checker")
  95 include(CTest)
  96
  97 set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY OFF)
  98 set(SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION OFF)
  99 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 100     set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY ON)
 101 endif()
 102 if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
 103     set(SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION ON)
 104 endif()
 105
 106 ########################################################################
 107 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
 108 ########################################################################
 109 if(CMAKE_HOST_UNIX)
 110     execute_process(COMMAND hostname
 111                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
 112                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 113     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
 114         message(WARNING "
 115             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 116             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 117             recommended to regenerate the cache!")
 118     endif()
 119     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 120             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 121 endif()
 122
 123 ########################################################################
 124 # User input options                                                   #
 125 ########################################################################
 126 include(gmxOptionUtilities)
 127
 128 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 129
 130 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 131 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 132 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 133 gmx_dependent_option(
 134     GMX_MPI_IN_PLACE
 135     "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined"
 136     ON
 137     GMX_MPI)
 138 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 139 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 140 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 141 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 142 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 143
 144 option(GMX_COOL_QUOTES "Enable Gromacs cool quotes" ON)
 145 mark_as_advanced(GMX_COOL_QUOTES)
 146 gmx_add_cache_dependency(GMX_COOL_QUOTES BOOL "NOT GMX_FAHCORE" OFF)
 147
 148 # decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection
 149 include(gmxManageGPU)
 150
 151 include(gmxDetectAcceleration)
 152 if(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 153     if(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 154         if("${CMAKE_SYSTEM_NAME}" MATCHES "BlueGeneQ")
 155             set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "IBM_QPX")
 156         else()
 157             set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "None")
 158         endif()
 159     else(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 160         gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION)
 161     endif(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 162 endif(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 163
 164 gmx_option_multichoice(
 165     GMX_CPU_ACCELERATION
 166     "Acceleration for CPU kernels and compiler optimization"
 167     "${GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION}"
 168     None SSE2 SSE4.1 AVX_128_FMA AVX_256 IBM_QPX Sparc64_HPC_ACE)
 169
 170 gmx_option_multichoice(
 171     GMX_FFT_LIBRARY
 172     "FFT library"
 173     "fftw3"
 174     fftw3 mkl "fftpack[built-in]")
 175 gmx_dependent_option(
 176     GMX_BUILD_OWN_FFTW
 177     "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack."
 178     OFF
 179     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
 180 gmx_dependent_option(
 181     GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 182     "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)"
 183     OFF
 184     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
 185 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 186 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 187
 188 gmx_option_multichoice(
 189     GMX_QMMM_PROGRAM
 190     "QM package for QM/MM"
 191     None
 192     none gaussian mopac gamess orca)
 193
 194 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 195 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 196 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 197 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 198
 199 option(GMX_GPU  "Enable GPU acceleration" ON)
 200 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 201
 202 option(GMX_GIT_VERSION_INFO "Generate git version information" ${SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY})
 203 mark_as_advanced(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 204
 205 if(UNIX)
 206     option(GMX_SYMLINK_OLD_BINARY_NAMES "Create symbolic links for pre-5.0 binary names" ON)
 207 endif()
 208 option(GMX_BUILD_MDRUN_ONLY "Build and install only the mdrun binary" OFF)
 209
 210 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 211 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 212
 213 option(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS "Don't automatically add suggested/required Compiler flags." OFF)
 214 mark_as_advanced(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
 215
 216 option(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE
 217        "Tune build for better code coverage metrics (e.g., disable asserts)"
 218        OFF)
 219 mark_as_advanced(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
 220
 221 ######################################################################
 222 # Compiler tests
 223 # These need to be done early (before further tests).
 224 #####################################################################
 225
 226 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
 227 # are used with permission from CMake v2.8.9 so that GROMACS can detect
 228 # invalid options with the Intel Compilers.
 229 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
 230 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
 231 include(CheckCCompilerFlag)
 232 include(CheckCXXCompilerFlag)
 233
 234 # Get compiler version information, needs to be done early as check that depend
 235 # on compiler verison follow below.
 236 include(gmxGetCompilerInfo)
 237 get_compiler_version()
 238
 239 # First exclude compilers known to not work with OpenMP although claim to support it:
 240 # gcc 4.2.1 and gcc-llvm 4.2.1 (also claims to be 4.2.1) on Mac OS X
 241 # This fixes redmine 900 and needs to run before OpenMP flags are set below.
 242 if (CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin" AND
 243     (CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND C_COMPILER_VERSION AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 4.3))
 244     message(STATUS "OpenMP multithreading not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled")
 245     set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 246         "OpenMP multithreading not not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled!" FORCE)
 247 endif()
 248
 249 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 250 if(GMX_OPENMP)
 251     find_package(OpenMP)
 252     if(OPENMP_FOUND)
 253         # CMake on Windows doesn't support linker flags passed to target_link_libraries
 254         # (i.e. it treats /openmp as \openmp library file). Also, no OpenMP linker flags are needed.
 255         if(NOT (WIN32 AND NOT CYGWIN))
 256             if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND GMX_PREFER_STATIC_OPENMP AND NOT APPLE)
 257                 set(OpenMP_LINKER_FLAGS "-Wl,-static -lgomp -lrt -Wl,-Bdynamic -lpthread")
 258                 set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "")
 259             else()
 260                 # Only set a linker flag if the user didn't set them manually
 261                 if(NOT DEFINED OpenMP_LINKER_FLAGS)
 262                     set(OpenMP_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 263                 endif()
 264                 if(NOT DEFINED OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
 265                     set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 266                 endif()
 267             endif()
 268         endif()
 269     else(OPENMP_FOUND)
 270         message(WARNING
 271                 "The compiler you are using does not support OpenMP parallelism. This might hurt your performance a lot, in particular with GPUs. Try using a more recent version, or a different compiler. For now, we are proceeding by turning off OpenMP.")
 272         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Whether GROMACS will use OpenMP parallelism." FORCE)
 273     endif(OPENMP_FOUND)
 274 endif()
 275
 276
 277 include(gmxCFlags)
 278 gmx_c_flags()
 279
 280 # This variable should be used for additional compiler flags which are not
 281 # generated in gmxCFlags nor are acceleration or MPI related.
 282 set(EXTRA_C_FLAGS "")
 283 set(EXTRA_CXX_FLAGS "")
 284
 285 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 286 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 287 # on the affected files.
 288 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 289 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 290
 291 # clang 3.0 is buggy for some unknown reason detected during adding
 292 # the SSE2 group kernels for GROMACS 4.6. If we ever work out what
 293 # that is, we should replace these tests with a compiler feature test,
 294 # update GROMACS Redmine task #1039 and perhaps report a clang bug.
 295 #
 296 # In the meantime, until we require CMake 2.8.10 we cannot rely on it to detect
 297 # the compiler version for us. So we need a manual check for clang 3.0.
 298 include(gmxDetectClang30)
 299 gmx_detect_clang_3_0(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 300 if(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 301     message(FATAL_ERROR "Your compiler is clang version 3.0, which is known to be buggy for GROMACS. Use a different compiler.")
 302 endif()
 303
 304 # clang <=3.2 contains a bug that causes incorrect code to be generated for the
 305 # vfmaddps instruction and therefore the bug is triggered with AVX_128_FMA.
 306 # (see: http://llvm.org/bugs/show_bug.cgi?id=15040).
 307 # We can work around this by not using the integrated assembler (except on OS X
 308 # which has an outdated assembler that does not support AVX instructions).
 309 if (${CMAKE_C_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 310     set(GMX_USE_CLANG_C_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 311 endif()
 312 if (${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 313     set(GMX_USE_CLANG_CXX_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 314 endif()
 315
 316 if (CMAKE_C_COMPILER_ID STREQUAL "PGI")
 317     message(WARNING "All tested PGI compiler versions (up to 12.9.0) generate binaries which produce incorrect results, or even fail to compile Gromacs. Highly recommended to use a different compiler. If you choose to use PGI, make sure to run the regressiontests.")
 318 endif()
 319
 320 if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "12.0.0")
 321     message(WARNING "Intel compilers before 12.0.0 are not routinely tested, so there may be problems. Version 11.1 with SSE4.1 is known to produce incorrect results. It is highly recommended to use a more up-to-date compiler. If you choose to use this version, make sure you run the regressiontests.")
 322 endif()
 323
 324 set(PKG_CFLAGS "")
 325 if(GMX_DOUBLE)
 326     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 327 endif(GMX_DOUBLE)
 328 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 329   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 330 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 331
 332
 333
 334 ########################################################################
 335 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 336 ########################################################################
 337 include(CheckIncludeFiles)
 338 include(CheckIncludeFileCXX)
 339 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 340 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 341 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 342 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 343 check_include_files(io.h         HAVE_IO_H)
 344 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 345
 346 check_include_files(regex.h      HAVE_POSIX_REGEX)
 347 check_include_file_cxx(regex     HAVE_CXX11_REGEX)
 348 # TODO: It could be nice to inform the user if no regex support is found,
 349 # as selections won't be fully functional.
 350
 351 include(CheckFunctionExists)
 352 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 353 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 354 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 355 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 356 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 357 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 358 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 359 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 360 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 361 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 362 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 363 check_function_exists(sched_getaffinity HAVE_SCHED_GETAFFINITY)
 364 check_function_exists(rsqrt             HAVE_RSQRT)
 365 check_function_exists(rsqrtf            HAVE_RSQRTF)
 366 check_function_exists(sqrtf             HAVE_SQRTF)
 367
 368 include(CheckLibraryExists)
 369 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 370
 371
 372 include(CheckTypeSize)
 373
 374 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 375 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 376 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 377 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 378 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 379
 380 include(TestBigEndian)
 381 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 382
 383 # Management of GROMACS options for specific toolchains should go
 384 # here. Because the initial settings for some of the main options have
 385 # already happened, but things like library detection and MPI compiler
 386 # feature detection have not, the docstrings for any over-rides of
 387 # GROMACS defaults or user settings will make sense. Also, any
 388 # toolchain-related reasons for choosing whether to detect various
 389 # things can be sorted out now, before the detection takes place.
 390 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES BlueGene)
 391     include(gmxManageBlueGene)
 392 endif()
 393
 394 ########################################################################
 395 #Process MPI settings
 396 ########################################################################
 397 include(gmxManageMPI)
 398
 399 ########################################################################
 400 # Shared/static library settings
 401 ########################################################################
 402 # Determine the defaults (this block has no effect if the variables have
 403 # already been set)
 404 if(APPLE OR CYGWIN OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux|.*BSD")
 405     # Maybe Solaris should be here? Patch this if you know!
 406     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 407 elseif(WIN32 OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "BlueGene")
 408     # Support for shared libs on native Windows is a bit new. Its
 409     # default might change later if/when we sort things out. Also,
 410     # Cray should go here. What variable value can detect it?
 411     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 412 else()
 413     if (NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS)
 414         message(STATUS "Defaulting to building static libraries")
 415     endif()
 416     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 417 endif()
 418 if (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 419     if (NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS AND SHARED_LIBS_DEFAULT)
 420         message("Searching for static libraries requested, so the GROMACS libraries will also be built statically (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 421     endif()
 422     set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 423 endif()
 424 set(GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DEFAULT OFF)
 425 if (WIN32 AND NOT CYGWIN AND NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 426     set(GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DEFAULT ON)
 427 endif()
 428
 429 # Declare the user-visible options
 430 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic e.g. with MPI, or on some HPC systems)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 431 if (UNIX)
 432     set(GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DESCRIPTION
 433         "When finding libraries prefer static archives (it will only work if static versions of external dependencies are available and found)")
 434 elseif (WIN32 and NOT CYGWIN)
 435     set(GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DESCRIPTION
 436         "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)")
 437 endif()
 438 option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "${GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DESCRIPTION}"
 439        ${GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DEFAULT})
 440 mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 441
 442 # Act on the set values
 443 if (UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 444     if(BUILD_SHARED_LIBS)
 445         # Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 446         message(WARNING "Searching for static libraries requested, and building shared Gromacs libraries requested. This might cause problems linking later.")
 447     endif()
 448     # On Linux .a is the static library suffix, on Mac OS X .lib can also
 449     # be used, so we'll add both to the preference list.
 450     SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES ".lib;.a" ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 451 endif()
 452 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 453   if (NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 454       if(NOT GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 455           message(WARNING "Shared system libraries requested, and static Gromacs libraries requested.")
 456       endif()
 457   else()
 458       message(FATAL_ERROR "BUILD_SHARED_LIBS=ON not yet working for Windows in the master branch")
 459       if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 460           #this combination segfaults (illegal passing of file handles)
 461           message(FATAL_ERROR "Static system libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 462       endif()
 463       add_definitions(-DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY)
 464       set(PKG_CFLAGS "$PKG_CFLAGS -DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY")
 465   endif()
 466
 467   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 468       #Only setting Debug and Release flags. Others configurations are current not used.
 469       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 470       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 471       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 472       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 473   ENDIF()
 474   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 475     if(BUILD_SHARED_LIBS) #not sure why incremental building with shared libs doesn't work
 476         STRING(REPLACE "/INCREMENTAL:YES" "" CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS})
 477     endif()
 478   ENDIF()
 479 ENDIF()
 480
 481 ########################################################################
 482 # Find external packages                                               #
 483 ########################################################################
 484
 485 # Unconditionally find the package, as it is also required for unit tests
 486 find_package(LibXml2)
 487 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files (currently has no effect)" ${LIBXML2_FOUND})
 488 set(PKG_XML "")
 489 mark_as_advanced(GMX_XML)
 490 # Don't actually do anything, since libxml2 is currently not used by libgromacs
 491 #if(GMX_XML AND NOT LIBXML2_FOUND)
 492 #    message(FATAL_ERROR "libxml2 not found. Set GMX_XML=OFF to compile without XML support")
 493 #endif()
 494 #if(GMX_XML)
 495 #    include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 496 #    set(PKG_XML libxml-2.0)
 497 #    set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 498 #endif(GMX_XML)
 499
 500 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 501 if (GMX_GSL)
 502   find_package(GSL)
 503   set(PKG_GSL "")
 504   if(GSL_FOUND)
 505     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 506     set(PKG_GSL gsl)
 507     set(HAVE_LIBGSL 1)
 508   endif(GSL_FOUND)
 509 endif (GMX_GSL)
 510
 511 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 512 if (GMX_X11)
 513     find_package(X11)
 514     # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 515     if(NOT X11_FOUND)
 516         message(WARNING "X11 include files and/or libraries were not found. Will not build the GROMACS X11-binaries, such as ngmx")
 517     else()
 518         set(HAVE_X11 1)
 519         include_directories(${X11_INCLUDE_DIR})
 520     endif()
 521 endif(GMX_X11)
 522
 523 include(ThreadMPI)
 524 set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 525 # Enable core threading facilities
 526 tmpi_enable_core("${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders")
 527 # Enable tMPI C++ support
 528 tmpi_enable_cxx()
 529 if(GMX_THREAD_MPI)
 530     # enable MPI functions
 531     tmpi_enable()
 532     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 533     set(GMX_MPI 1)
 534 endif(GMX_THREAD_MPI)
 535 tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC)
 536
 537 if(GMX_GPU)
 538     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 539     gmx_gpu_setup()
 540 endif(GMX_GPU)
 541
 542 if(CYGWIN)
 543     set(GMX_CYGWIN 1)
 544 endif(CYGWIN)
 545
 546 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 547     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 548     # This makes windows.h not declare min/max as macros that would break
 549     # C++ code using std::min/std::max.
 550     add_definitions(-DNOMINMAX)
 551 endif()
 552
 553 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 554 if(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 555     if (NOT SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY)
 556         message(FATAL_ERROR
 557             "Cannot generate git version information from source tree not under git. "
 558             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 559     endif ()
 560     # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 561     # found or the version is too small, we can't generate version information.
 562     find_package(Git)
 563
 564     # Find out the git version
 565     if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 566       execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 567         OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 568         OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 569       string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 570       set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 571       mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 572     endif()
 573
 574     if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 575         message(FATAL_ERROR
 576             "No compatible git version found (>= 1.5.3 required). "
 577             "Won't be able to generate development version information. "
 578             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 579     endif()
 580 endif()
 581
 582 # Detect boost unless GMX_EXTERNAL_BOOST is explicitly OFF
 583 # Used for default if GMX_EXTERNAL_BOOST is not defined (first CMake pass)
 584 if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST OR GMX_EXTERNAL_BOOST)
 585     find_package(Boost 1.44.0)
 586     if(Boost_FOUND AND Boost_VERSION VERSION_LESS "104400")
 587         set(Boost_FOUND FALSE)
 588     endif()
 589     # Print the notification only on first run, when determining the default
 590     if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 591         message("Boost >= 1.44 not found. Using minimal internal version. "
 592                 "This may cause trouble if you plan on compiling/linking other "
 593                 "software that uses Boost against Gromacs.")
 594     endif()
 595 endif()
 596 option(GMX_EXTERNAL_BOOST "Use external Boost instead of minimal built-in version"
 597        ${Boost_FOUND})
 598 if(GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 599     message(FATAL_ERROR
 600         "Boost >= 1.44 not found. "
 601         "You can set GMX_EXTERNAL_BOOST=OFF to compile against minimal "
 602         "version of Boost included with Gromacs.")
 603 endif()
 604
 605 option(GMX_BUILD_UNITTESTS "Build unit tests with BUILD_TESTING (uses Google C++ Testing and Mocking Frameworks, requires libxml2)" ${LIBXML2_FOUND})
 606 mark_as_advanced(GMX_BUILD_UNITTESTS)
 607 gmx_add_cache_dependency(GMX_BUILD_UNITTESTS BOOL BUILD_TESTING OFF)
 608 if (GMX_BUILD_UNITTESTS AND NOT LIBXML2_FOUND)
 609     message(FATAL_ERROR
 610         "Cannot build unit tests without libxml2. "
 611         "Either set GMX_BUILD_UNITTESTS=OFF or tell CMake how to find libxml2.")
 612 endif()
 613
 614 ########################################################################
 615 # Generate development version info for cache
 616 ########################################################################
 617 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 618 # include(gmxGenerateVersionString)
 619
 620 ########################################################################
 621 # Our own GROMACS tests
 622 ########################################################################
 623
 624 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 625 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src)
 626 # Required for config.h, maybe should only be set in src/CMakeLists.txt
 627 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 628 # Required for gmx_header_config_gen.h to be found before installation
 629 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src/gromacs/utility)
 630 # Required for now to make old code compile
 631 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders)
 632
 633 include(gmxTestInlineASM)
 634 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 635
 636 include(gmxSetBuildInformation)
 637 gmx_set_build_information()
 638 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 639     # The timestep counter headers do not include config.h
 640     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 641 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 642
 643 include(gmxTestFloatFormat)
 644 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 645                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 646                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 647
 648 include(gmxTestLargeFiles)
 649 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 650
 651 include(gmxTestSignal)
 652 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 653
 654 include(gmxTestInline)
 655 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 656
 657 include(gmxTestRestrict)
 658 gmx_test_restrict(RESTRICT_KEYWORD)
 659
 660 include(gmxTestPipes)
 661 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 662
 663 include(gmxTestIsfinite)
 664 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 665 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 666 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 667
 668 include(gmxTestCXX11)
 669 gmx_test_cxx11(GMX_CXX11 GMX_CXX11_FLAGS)
 670 if(CXX11_FLAG AND GMX_GPU)
 671     #FIXME: add proper solution for progate all but cxx11 flag
 672     set(CUDA_PROPAGATE_HOST_FLAGS no)
 673     message(WARNING "Please manually add compiler flags to CUDA_NVCC_FLAGS. Automatic propogation temporary not working.")
 674 endif()
 675
 676 include(gmxTestXDR)
 677 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 678 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 679     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 680     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 681 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 682
 683 # include avx test source, used if the AVX flags are set below
 684 include(gmxTestAVXMaskload)
 685
 686 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 687 #
 688 # Note that for the backward-compatible x86 SIMD architectures, the
 689 # GMX_CPU_ACCELERATION determines the maximum level of the instruction
 690 # set used (e.g. GMX_CPU_ACCLERATION=SSE4.1 implies
 691 # SSE2). Accordingly, there are a set of CMake variables
 692 # GMX_<arch>_<feature-set> that are exported to the C code to specify
 693 # CPU features that should be used. This means that the logic for
 694 # requiring such backward compatibility is all located here.
 695 if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 696     # nothing to do
 697     set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE "CPU acceleration disabled")
 698
 699 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 700
 701     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 702     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 703         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 704     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 705
 706     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 707     if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 708         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 709     endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 710
 711     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 712
 713     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 714     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 715
 716     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 717         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 718     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 719
 720     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE2 1)
 721     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 722     set(GMX_X86_SSE2 1)
 723     set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE
 724         "Enabling SSE2 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 725
 726 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 727
 728     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 729     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 730         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 731     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 732     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 733         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 734         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead first.
 735         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 736             GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 737             message(WARNING "Neither SSE4.1 or SSE2 seems to be supported by your Windows compiler. Something is likely broken.")
 738         else()
 739             message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance")
 740         endif()
 741     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 742
 743     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 744     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 745         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 746     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 747     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 748         message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance.")
 749         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 750         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 751         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 752             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 753         endif()
 754     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 755
 756     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 757     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 758
 759     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 760         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 761     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 762
 763     if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_EQUAL "11.1")
 764         message(FATAL_ERROR "You are using Intel compiler version 11.1, and that compiler is known to produce incorrect results with SSE4.1 acceleration. You need to use another compiler (e.g. icc 12 or newer) or different acceleration (probably slower simulations).")
 765     endif()
 766
 767     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE4_1 1)
 768     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 769     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 770     set(GMX_X86_SSE2   1)
 771     set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE
 772         "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 773
 774 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 775
 776     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 777
 778     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" ACCELERATION_C_FLAGS)
 779     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 780         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_C_FLAGS)
 781     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 782     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 783         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance) giving the -DGMX_CPU_ACCELERATION=SSE4.1 to cmake.")
 784     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 785
 786     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 787     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 788         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 789     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 790     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 791         message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance) giving the -DGMX_CPU_ACCELERATION=SSE4.1 to cmake.")
 792     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 793
 794     # Set the FMA4 flags (MSVC doesn't require any)
 795     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" AND NOT MSVC)
 796         GMX_TEST_CFLAG(GNU_FMA_CFLAG "-mfma4" ACCELERATION_C_FLAGS)
 797         if (NOT GNU_FMA_CFLAG)
 798             message(WARNING "No C FMA4 flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 799         endif(NOT GNU_FMA_CFLAG)
 800         GMX_TEST_CFLAG(GNU_XOP_CFLAG "-mxop" ACCELERATION_C_FLAGS)
 801         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 802         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_FMA_CXXFLAG "-mfma4" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 803         if (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 804             message(WARNING "No C++ FMA flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 805         endif (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 806         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_XOP_CXXFLAG "-mxop" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 807         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 808     endif()
 809
 810     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 811     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 812
 813     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 814         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 815     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 816
 817     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 818         try_compile(TEST_AVX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 819             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestAVX.c"
 820             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 821         if(NOT TEST_AVX)
 822             message(FATAL_ERROR "Cannot compile AVX intrinsics. Consider switching compiler.")
 823         endif()
 824     endif()
 825
 826     # GCC requires x86intrin.h for FMA support. MSVC 2010 requires intrin.h for FMA support.
 827     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 828     check_include_file(intrin.h HAVE_INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 829
 830     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 831     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 832     set(GMX_X86_SSE2   1)
 833
 834     # But just enable one of the choices internally...
 835     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 836         # We don't have the full compiler version string yet (BUILD_C_COMPILER),
 837         # so we can't distinguish vanilla and Apple clang, but catering for AMD
 838         # hackintoshes is not worth the effort.
 839         if (APPLE AND (${CMAKE_C_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang" OR
 840                     ${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang"))
 841             message(WARNING "Due to a known compiler bug, Clang up to version 3.2 (and Apple Clang up to version 4.1) produces incorrect code with AVX_128_FMA acceleration. As we can not work around this bug on OS X, you will have to select a different compiler or CPU acceleration.")
 842         endif()
 843
 844         if (GMX_USE_CLANG_C_FMA_BUG_WORKAROUND)
 845             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 846             message(STATUS "Clang ${C_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 847             set(EXTRA_C_FLAGS "${EXTRA_C_FLAGS} -no-integrated-as")
 848         endif()
 849         if (GMX_USE_CLANG_CXX_FMA_BUG_WORKAROUND)
 850             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 851             message(STATUS "Clang ${CXX_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 852             set(EXTRA_CXX_FLAGS "${EXTRA_CXX_FLAGS} -no-integrated-as")
 853         endif()
 854
 855         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_128_FMA 1)
 856         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 857         set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE
 858             "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add), and it will help compiler optimization.")
 859
 860     else()
 861         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 862         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_256 1)
 863         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 864         set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE
 865             "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 866     endif()
 867
 868     # Unfortunately gcc-4.5.2 and gcc-4.6.0 has a bug where they use the wrong datatype for the formal
 869     # parameter of the mask for maskload/maskstore arguments. Check if this is present, since we can work around it.
 870     gmx_test_avx_gcc_maskload_bug(${ACCELERATION_C_FLAGS} GMX_X86_AVX_GCC_MASKLOAD_BUG)
 871
 872 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "IBM_QPX")
 873     # Used on BlueGene/Q
 874     if (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "XL")
 875         GMX_TEST_CFLAG(XLC_BLUEGENEQ_CFLAG "-qarch=qp -qtune=qp" ACCELERATION_C_FLAGS)
 876         try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 877             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestQPX.c"
 878             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 879         if(NOT TEST_QPX)
 880             message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics.")
 881         endif()
 882     endif()
 883     if (CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "XL")
 884         GMX_TEST_CXXFLAG(XLC_BLUEGENEQ_CXXFLAG "-qarch=qp -qtune=qp" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 885         try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 886             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestQPX.c"
 887             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS}")
 888         if(NOT TEST_QPX)
 889             message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics.")
 890         endif()
 891     endif()
 892
 893     if (TEST_QPX)
 894         message(WARNING "IBM QPX acceleration was selected and could be compiled, but the accelerated kernels are not yet available.")
 895         set(GMX_CPU_ACCELERATION_IBM_QPX 1)
 896     else()
 897         message(FATAL_ERROR "Cannot compile IBM QPX intrinsics without the XL compiler. If you are compiling for BlueGene/Q, use 'cmake .. -DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=BlueGeneQ-static-XL-C' to set up the tool chain.")
 898     endif()
 899 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SPARC64_HPC_ACE")
 900     set(GMX_CPU_ACCELERATION_SPARC64_HPC_ACE 1)
 901 else()
 902     gmx_invalid_option_value(GMX_CPU_ACCELERATION)
 903 endif()
 904 gmx_check_if_changed(ACCELERATION_CHANGED GMX_CPU_ACCELERATION)
 905 if (ACCELERATION_CHANGED AND DEFINED ACCELERATION_STATUS_MESSAGE)
 906     message(STATUS "${ACCELERATION_STATUS_MESSAGE}")
 907 endif()
 908
 909 # Process QM/MM Settings
 910 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 911     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 912 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 913     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 914 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 915     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 916 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 917     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 918 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 919     # nothing to do
 920 else()
 921     gmx_invalid_option_value(GMX_QMMM_PROGRAM)
 922 endif()
 923
 924 # Process FFT library settings
 925 set(PKG_FFT "")
 926 set(PKG_FFT_LIBS "")
 927 # Intel 11 and up makes life somewhat easy if you just want to use
 928 # all their stuff. It's not easy if you only want some of their
 929 # stuff...
 930 set(MKL_MANUALLY FALSE)
 931 if (GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL "MKL" AND
 932     NOT (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_GREATER "11"))
 933     # The user will have to provide the set of magic libraries in
 934     # MKL_LIBRARIES (see below), which we cache (non-advanced), so that they
 935     # don't have to keep specifying it, and can easily see that
 936     # CMake is still using that information.
 937     set(MKL_MANUALLY TRUE)
 938 endif()
 939 set(MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION "Use full paths to library files, in the right order, and separated by semicolons.")
 940 gmx_dependent_cache_variable(
 941     MKL_LIBRARIES
 942     "List of libraries for linking to MKL. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}"
 943     STRING ""
 944     MKL_MANUALLY)
 945 gmx_dependent_cache_variable(
 946     MKL_INCLUDE_DIR
 947     "Path to mkl.h (non-inclusive)."
 948     PATH ""
 949     MKL_MANUALLY)
 950 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 951     if(GMX_DOUBLE)
 952         set(FFTW fftw)
 953     else()
 954         set(FFTW fftwf)
 955     endif()
 956
 957     if(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 958       add_subdirectory(src/contrib/fftw)
 959     else()
 960       find_package(FFTW COMPONENTS ${FFTW})
 961     endif()
 962
 963     string(TOUPPER "${FFTW}" FFTW)
 964     if(NOT ${FFTW}_FOUND)
 965       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for single-precision GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS). Either choose the right precision, choose another FFT(W) library (-DGMX_FFT_LIBRARY), enable the advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you (-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON) , or use the really slow GROMACS built-in fftpack library (-DGMX_FFT_LIBRARY=fftpack).")
 966     endif()
 967
 968     set(PKG_FFT "${${FFTW}_PKG}")
 969     include_directories(${${FFTW}_INCLUDE_DIRS})
 970     set(FFT_LIBRARIES ${${FFTW}_LIBRARIES})
 971     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 972
 973     if ((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND NOT ${FFTW}_HAVE_SIMD)
 974       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SIMD support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 975     endif()
 976
 977     if((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND ${FFTW}_HAVE_AVX)
 978         # If we're not doing CPU acceleration, we don't care about FFTW performance on x86 either
 979         message(WARNING "The FFTW library was compiled with --enable-avx to enable AVX SIMD instructions. That might sound like a good idea for your processor, but for FFTW versions up to 3.3.3, these are slower than the SSE/SSE2 SIMD instructions for the way GROMACS uses FFTs. Limitations in the way FFTW allows GROMACS to measure performance make it awkward for either GROMACS or FFTW to make the decision for you based on runtime performance. You should compile a different FFTW library with --enable-sse or --enable-sse2. If you have a more recent FFTW, you may like to compare the performance of GROMACS with FFTW libraries compiled with and without --enable-avx. However, the GROMACS developers do not really expect the FFTW AVX optimization to help, because the performance is limited by memory access, not computation.")
 980     endif()
 981
 982     set(FFT_STATUS_MESSAGE "Using external FFT library - FFTW3")
 983 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 984     # Intel 11 and up makes life somewhat easy if you just want to use
 985     # all their stuff. It's not easy if you only want some of their
 986     # stuff...
 987     if (NOT MKL_MANUALLY)
 988         # The next line takes care of everything for MKL
 989         if (WIN32)
 990             set(FFT_LINKER_FLAGS "/Qmkl=sequential")
 991         else()
 992             set(FFT_LINKER_FLAGS "-mkl=sequential")
 993         endif()
 994         # Some versions of icc require this in order that mkl.h can be
 995         # found at compile time.
 996         set(EXTRA_C_FLAGS "${EXTRA_C_FLAGS} ${FFT_LINKER_FLAGS}")
 997
 998         set(MKL_ERROR_MESSAGE "Make sure you have configured your compiler so that ${FFT_LINKER_FLAGS} will work.")
 999     else()
1000         include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
1001         set(FFT_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}")
1002         set(MKL_ERROR_MESSAGE "The include path to mkl.h in MKL_INCLUDE_DIR, and the link libraries in MKL_LIBRARIES=${MKL_LIBRARIES} need to match what the MKL documentation says you need for your system. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
1003         # Convert the semi-colon separated list to a list of
1004         # command-line linker arguments so that code using our
1005         # pkgconfig setup can use it.
1006         string(REGEX REPLACE ";" " " PKG_FFT_LIBS "${MKL_LIBRARIES}")
1007     endif()
1008
1009     # Check MKL works. If we were in a non-global scope, we wouldn't
1010     # have to play nicely.
1011     set(old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
1012     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS}")
1013     set(old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
1014     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${FFT_LIBRARIES}")
1015
1016     check_function_exists(DftiCreateDescriptor TEST_MKL)
1017
1018     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
1019     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
1020
1021     if(NOT TEST_MKL)
1022         # Hack to help the user vary MKL settings until they work.
1023         # TODO Make this logic more useful.
1024         unset(TEST_MKL CACHE)
1025         message(FATAL_ERROR "Linking with MKL was requested, but was not successful. ${MKL_ERROR_MESSAGE}")
1026     endif()
1027
1028     # Set variables to signal that we have MKL available and should use it for FFTs.
1029     set(GMX_FFT_MKL 1)
1030     set(HAVE_LIBMKL 1)
1031
1032     set(FFT_STATUS_MESSAGE "Using external FFT library - Intel MKL")
1033 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
1034     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
1035     set(FFT_STATUS_MESSAGE "Using internal FFT library - fftpack")
1036 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1037     gmx_invalid_option_value(GMX_FFT_LIBRARY)
1038 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1039 gmx_check_if_changed(FFT_CHANGED GMX_FFT_LIBRARY)
1040 if (FFT_CHANGED)
1041     message(STATUS "${FFT_STATUS_MESSAGE}")
1042 endif()
1043
1044 # enable threaded fftw3 if we've found it
1045 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
1046     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
1047 endif()
1048
1049 include(gmxManageLinearAlgebraLibraries)
1050
1051 # Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins
1052 set(GMX_USE_PLUGINS OFF)
1053
1054 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
1055   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
1056     # Native Windows does not have, nor need dlopen
1057     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
1058     include(gmxTestdlopen)
1059     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
1060   endif()
1061
1062   # so, should we use plug-ins?
1063   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
1064     if(NOT VMD_QUIETLY)
1065       MESSAGE(STATUS
1066           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
1067           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
1068           "formats).")
1069     endif()
1070     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
1071       find_package(VMD)
1072     endif()
1073     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
1074     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
1075     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
1076   else()
1077     set(PKG_DL_LIBS)
1078   endif()
1079 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
1080 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1081
1082 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1083 if(HAVE_LIBM)
1084     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1085 endif(HAVE_LIBM)
1086
1087 if(GMX_FAHCORE)
1088   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1089       "Path to swindirect.h")
1090   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1091 endif(GMX_FAHCORE)
1092
1093 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1094 # these are set after everything else
1095 if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
1096     set(CMAKE_C_FLAGS "${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}")
1097     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}")
1098     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}")
1099     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}")
1100 else()
1101     message("Recommended flags which are not added because GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS=yes:")
1102     message("CMAKE_C_FLAGS: ${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${GMXC_CFLAGS}")
1103     message("CMAKE_C_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CFLAGS_RELEASE}")
1104     message("CMAKE_C_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CFLAGS_DEBUG}")
1105     message("CMAKE_CXX_FLAGS: ${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${GMXC_CXXFLAGS}")
1106     message("CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE}")
1107     message("CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CXXFLAGS_DEBUG}")
1108     message("CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1109     message("CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS: ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1110 endif()
1111
1112 if(NOT GMX_OPENMP)
1113     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
1114     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
1115     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
1116     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
1117 else()
1118     set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_LINKER_FLAGS})
1119     set(GMX_SHARED_LINKER_FLAGS ${GMX_SHARED_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS})
1120 endif()
1121 set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} ${OpenMP_C_FLAGS}")
1122
1123 ######################################
1124 # Output compiler and CFLAGS used
1125 ######################################
1126 get_compiler_info(C BUILD_C_COMPILER BUILD_CFLAGS)
1127 get_compiler_info(CXX BUILD_CXX_COMPILER BUILD_CXXFLAGS)
1128 if(GMX_GPU)
1129     get_cuda_compiler_info(CUDA_NVCC_COMPILER_INFO CUDA_NVCC_COMPILER_FLAGS)
1130 endif(GMX_GPU)
1131
1132 ########################################################################
1133 # Specify install locations
1134 ########################################################################
1135 set(GMX_LIB_INSTALL_DIR lib CACHE STRING
1136     "Library installation directory (default: lib)")
1137 set(GMX_DATA_INSTALL_DIR gromacs CACHE STRING
1138     "Data installation directory under share/ (default: gromacs)")
1139 mark_as_advanced(GMX_LIB_INSTALL_DIR GMX_DATA_INSTALL_DIR)
1140
1141 set(LIB_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMX_LIB_INSTALL_DIR})
1142 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1143 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/${GMX_DATA_INSTALL_DIR})
1144 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1145 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1146
1147 set(GMXLIB_SEARCH_DIR share/${GMX_DATA_INSTALL_DIR}/top)
1148 set(GMXLIB_FALLBACK   ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1149
1150 ########################################################################
1151 # Set up binary and library suffixing
1152 ########################################################################
1153 option(
1154     GMX_DEFAULT_SUFFIX
1155     "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)"
1156     ON)
1157 gmx_dependent_cache_variable(
1158     GMX_BINARY_SUFFIX
1159     "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double)."
1160     STRING ""
1161     "NOT GMX_DEFAULT_SUFFIX")
1162 gmx_dependent_cache_variable(
1163     GMX_LIBS_SUFFIX
1164     "Suffix for GROMACS libraries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double)."
1165     STRING ""
1166     "NOT GMX_DEFAULT_SUFFIX")
1167 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1168   gmx_check_if_changed(SUFFIXES_CHANGED GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1169   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
1170   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
1171   if (GMX_LIB_MPI)
1172     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
1173     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
1174   endif()
1175   if (GMX_DOUBLE)
1176     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
1177     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
1178   endif(GMX_DOUBLE)
1179   if (SUFFIXES_CHANGED)
1180     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
1181     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
1182   endif ()
1183 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1184   gmx_check_if_changed(SUFFIXES_CHANGED
1185                        GMX_DEFAULT_SUFFIX GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
1186   if (SUFFIXES_CHANGED)
1187     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
1188     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
1189   endif ()
1190 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1191 if (GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1192     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mdrun${GMX_LIBS_SUFFIX}")
1193 endif ()
1194
1195 ##################################################################
1196 # Shared library settings
1197 ##################################################################
1198 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1199     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1200     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1201     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1202     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1203 else()
1204     if(CMAKE_SYSTEM_VERSION VERSION_GREATER 8.0) #rpath supported for >10.4
1205         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "@rpath")
1206         set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} "-Wl,-rpath,@executable_path/../lib")
1207     else()
1208         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${LIB_INSTALL_DIR}")
1209     endif()
1210 endif()
1211
1212 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
1213 #Simpler to always install.
1214 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
1215
1216 if(GMX_EXTERNAL_BOOST)
1217     include_directories(${Boost_INCLUDE_DIRS})
1218 else()
1219     include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost)
1220     # typeid not supported for minimal internal version
1221     # (would add significant amount of code)
1222     add_definitions(-DBOOST_NO_TYPEID)
1223     # TODO: Propagate the above settings to the installed CMakeFiles.txt template
1224     # (from share/template/)
1225     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DBOOST_NO_TYPEID -I${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost")
1226     if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1227         install(DIRECTORY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost/boost
1228                 DESTINATION ${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost
1229                 COMPONENT development)
1230     endif ()
1231 endif()
1232
1233 if (GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
1234     # Code heavy with asserts makes conditional coverage close to useless metric,
1235     # as by design most of the false branches are impossible to trigger in
1236     # correctly functioning code.  And the benefit of testing those that could
1237     # be triggered by using an API against its specification isn't usually
1238     # worth the effort.
1239     add_definitions(-DNDEBUG -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DGMX_DISABLE_ASSERTS)
1240 endif ()
1241
1242 if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1243     add_subdirectory(doxygen)
1244     add_subdirectory(share)
1245     add_subdirectory(scripts)
1246 endif ()
1247 add_subdirectory(src)
1248
1249 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
1250 # Don't bother the user after the first configure pass.
1251 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
1252     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
1253 endif()
1254 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
1255
1256 #######################
1257 ## uninstall target
1258 #######################
1259     CONFIGURE_FILE(
1260                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1261                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1262                    IMMEDIATE @ONLY)
1263 ###########################
1264 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1265                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1266                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1267 ###########################
1268
1269 ########################################################################
1270 # Tests                                                                #
1271 ########################################################################
1272
1273 IF(BUILD_TESTING)
1274     enable_testing()
1275     #"check" target builds and runs all tests
1276     add_custom_target(check COMMAND ${CMAKE_CTEST_COMMAND} --output-on-failure)
1277     add_dependencies(check tests)
1278     # TODO: This would be better within tests/CMakeLists.txt
1279     if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1280         #gmxtests target builds all binaries required for running gmxtest
1281         add_custom_target(gmxtests DEPENDS gmx links)
1282         add_dependencies(check gmxtests)
1283         add_subdirectory(tests)
1284     endif()
1285     #TODO: Add warning if NOT REGRESSIONTEST_PATH OR NOT GMX_XML that regression/unit tests are not run.
1286 ENDIF()
1287
1288 ########################################################################
1289 # Manual                                                               #
1290 ########################################################################
1291
1292 option(GMX_BUILD_MANUAL "Whether to try to configure to build the PDF manual" OFF)
1293 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANUAL)
1294 if(GMX_BUILD_MANUAL)
1295     # Make sure we only do detection of manual-building dependencies
1296     # when the user opted in for that.
1297     add_subdirectory(manual)
1298 endif()