CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
   2 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
   3 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
   4
   5 # Allows CPack to act differently for normal tools and mdrun (e.g. because of MPI)
   6 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_TOOLS_DESCRIPTION "All GROMACS executable tools")
   7 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_MDRUN_DESCRIPTION "GROMACS executable for running simulations")
   8
   9 # override bugs on OS X where Cmake picks gcc (GNU) for C instead of system default cc (Clang).
  10 if(APPLE)
  11     set(CMAKE_C_COMPILER_INIT "cc")
  12 endif(APPLE)
  13
  14 project(Gromacs)
  15 include(Dart)
  16 mark_as_advanced(DART_ROOT)
  17
  18 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  19 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  20 #
  21 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  22 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  23 # machine with no git.
  24 #
  25 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  26 set(PROJECT_VERSION "4.6-dev")
  27 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  28     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  29 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  30 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  31     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  32 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  33 set(SOVERSION 6)
  34 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  35 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
  36 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "6")
  37 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  38
  39 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  40 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  41 math(EXPR NUM_VERSION
  42     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  43 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  44     math(EXPR NUM_VERSION
  45          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  46 endif()
  47
  48 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  49 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  50 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  51 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  52 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  53 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  54
  55 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  56 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  57
  58 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  59 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  60 endif()
  61
  62 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  63     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
  64 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  65
  66 enable_language(C)
  67
  68 set(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH OFF CACHE STRING "Use relative paths not absolute paths for cmake install. Has only an effect on cpack.")
  69 mark_as_advanced(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
  70
  71 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
  72 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  73 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  74 if (NOT GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
  75     set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
  76 endif()
  77 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  78 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  79 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallLicense.txt")
  80 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  81 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES ".isreposource;.git;.gitignore")
  82 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
  83 SET(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/man;man")
  84
  85 #must come after all cpack settings!
  86 include(CPack)
  87
  88 ########################################################################
  89 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
  90 ########################################################################
  91 if(CMAKE_HOST_UNIX)
  92     execute_process(COMMAND hostname
  93                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
  94                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
  95     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
  96         message(WARNING "
  97             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
  98             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
  99             recommended to regenerate the cache!")
 100     endif()
 101     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 102             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 103 endif()
 104
 105 ########################################################################
 106 # Fix stupid flags on Windows
 107 ########################################################################
 108 SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 109 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 110   option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" ON)
 111   mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 112   SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)  #is currently not working on Windows
 113
 114   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 115     #Only setting Debug and Release flags. Others configurations current not used.
 116     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 117     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 118     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 119     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 120     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 121     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 122     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 123     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 124   ENDIF()
 125
 126   #Workaround for cmake bug 13174. Replace deprecated options.
 127   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 128     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 129     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 130   ENDIF()
 131   IF( CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 132     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 133     STRING(REPLACE /GX /EHsc CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 134     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 135
 136     STRING(REPLACE /GX /EHsc CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 137     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 138   ENDIF()
 139 ENDIF()
 140
 141
 142 ########################################################################
 143 # User input options                                                   #
 144 ########################################################################
 145 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 146 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 147 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 148 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 149 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 150 option(GMX_POWERPC_INVSQRT "Use PowerPC hardware 1/sqrt" OFF)
 151 mark_as_advanced(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 152 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 153 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 154 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
 155
 156 include(gmxDetectAcceleration)
 157 if(NOT DEFINED GMX_ACCELERATION)
 158     if(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 159         set(GMX_SUGGESTED_ACCELERATION "None")
 160     else(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 161         gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_ACCELERATION)
 162     endif(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 163 endif(NOT DEFINED GMX_ACCELERATION)
 164
 165 set(GMX_ACCELERATION "@GMX_SUGGESTED_ACCELERATION@"
 166     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, BlueGene, Power6, Fortran")
 167
 168 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
 169     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
 170 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 171        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
 172 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 173 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
 174     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
 175 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 176 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 177 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 178 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 179 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 180 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 181
 182 option(GMX_GPU  "Enable GPU acceleration" ON)
 183 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 184
 185 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
 186 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
 187
 188 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
 189
 190 if(UNIX AND NOT APPLE)
 191     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer \".a\" static archives (NOTE: this is enabled only for UNIX (excluding APPLE) platforms but it might not always work!" OFF)
 192     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 193 endif()
 194
 195 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 196 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 197
 198 ######################################################################
 199 # compiler tests
 200 # these need ot be done early (before further tests).
 201 #####################################################################
 202
 203 # cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake are lifted from CMake git next
 204 # branch (proposed for v2.8.9) to be able to detect invalid options
 205 # with the Intel Compilers.
 206 # Remove these files from the source tree when a CMake version that
 207 # includes the features in question becomes required.
 208 include(CheckCCompilerFlag)
 209 include(CheckCXXCompilerFlag)
 210
 211 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 212 if(GMX_OPENMP)
 213     find_package(OpenMP)
 214     if(OPENMP_FOUND)
 215         #- only set linker flag, if user didn't set them manual
 216         #- cmake on windows doesn't support linker flags passed to target_link_libraries
 217         #  (cmake treats /openmp as \openmp library file) and no openmp linker flags are needed
 218         if(NOT (WIN32 AND NOT CYGWIN))
 219             if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND GMX_PREFER_STATIC_OPENMP)
 220                 set(OpenMP_LINKER_FLAGS "-Wl,-static -lgomp -lrt -Wl,-Bdynamic -lpthread")
 221                 set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "")
 222             else()
 223                 if(NOT DEFINED OpenMP_LINKER_FLAGS)
 224                     set(OpenMP_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 225                 endif()
 226                 if(NOT DEFINED OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
 227                     set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 228                 endif()
 229             endif()
 230         endif()
 231     else(OPENMP_FOUND)
 232         message(WARNING
 233                 "Compiler not supporting OpenMP. This might hurt your performance a lot, "
 234                 "in particular with GPUs. Try using a different compiler (Intel is good on x86) "
 235                 "if you can - for now we are proceeding by turning off OpenMP.")
 236         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Compiler does not support OpenMP." FORCE)
 237     endif(OPENMP_FOUND)
 238 endif()
 239
 240
 241 include(gmxCFlags)
 242 gmx_c_flags()
 243
 244 include(gmxGetCompilerVersion)
 245 get_compiler_version()
 246
 247 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 248 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 249 # on the affected files.
 250 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 251 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 252
 253 ########################################################################
 254 # Set up binary and library suffixing
 255 ########################################################################
 256 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 257 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
 258   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 259 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 260   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
 261   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
 262   if (GMX_MPI)
 263     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
 264     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
 265   endif(GMX_MPI)
 266   if (GMX_DOUBLE)
 267     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
 268     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
 269   endif(GMX_DOUBLE)
 270   if (GMX_OPENMM)
 271     set (GMX_BINARY_SUFFIX "-openmm")
 272     set (GMX_LIBS_SUFFIX "_openmm")
 273   endif(GMX_OPENMM)
 274   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 275   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 276     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 277     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 278   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 279 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 280   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 281   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 282     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 283     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 284   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 285 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 286 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 287
 288 set(PKG_CFLAGS "")
 289 if(GMX_DOUBLE)
 290     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 291 endif(GMX_DOUBLE)
 292 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 293   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 294 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 295 if(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 296   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_POWERPC_INVSQRT")
 297 endif(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 298
 299 ########################################################################
 300 #Process MPI settings
 301 ########################################################################
 302 include(gmxManageMPI)
 303
 304 #######################################################################
 305 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
 306 #######################################################################
 307 if(GMX_OPENMM)
 308     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
 309     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
 310     if(NOT ${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 311         message(STATUS "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to fftpack!")
 312         set(GMX_FFT_LIBRARY "fftpack" CACHE STRING
 313                 "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to  fftpack!" FORCE)
 314     endif()
 315     if(GMX_MPI)
 316         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
 317     endif(GMX_MPI)
 318     if(GMX_THREAD_MPI)
 319         message(STATUS "Thread-MPI not compatible with OpenMM, disabled!")
 320         set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL
 321                 "Thread-MPI not compatible with OpenMM build, disabled!" FORCE)
 322     endif(GMX_THREAD_MPI)
 323     if(GMX_OPENMP)
 324         message(STATUS "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled")
 325         set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 326             "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled!" FORCE)
 327     endif()
 328     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 329         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE STRING
 330                 "The OpenMM build does not need GROMACS software 1/sqrt!" FORCE)
 331     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 332     string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} GMX_ACCELERATION)
 333     if(NOT GMX_ACCELERATION STREQUAL "NONE")
 334         message(STATUS "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!")
 335         set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING
 336                 "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!" FORCE)
 337     endif()
 338     if(GMX_FAHCORE)
 339         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
 340     endif(GMX_FAHCORE)
 341     if(GMX_DOUBLE)
 342         message(FATAL_ERROR  "The OpenMM-build does not support double precision calculations!")
 343     endif()
 344     # mark as advanced the unused variables
 345     mark_as_advanced(FORCE GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 346         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 347 else(GMX_OPENMM)
 348      mark_as_advanced(CLEAR GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 349         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 350 endif(GMX_OPENMM)
 351
 352
 353 ########################################################################
 354 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 355 ########################################################################
 356 include(CheckIncludeFiles)
 357 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 358 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 359 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 360 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 361 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 362 check_include_files(direct.h     HAVE_DIRECT_H)
 363 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 364 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 365 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 366 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 367 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 368 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 369 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 370 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 371 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 372 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 373 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 374 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 375 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 376 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 377
 378 include(CheckFunctionExists)
 379 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 380 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 381 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 382 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 383 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 384 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 385 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 386 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 387 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 388 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 389 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 390 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 391 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 392 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 393 check_function_exists(lstat             HAVE_LSTAT)
 394 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 395 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 396 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 397
 398 include(CheckLibraryExists)
 399 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 400 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 401
 402
 403 include(CheckTypeSize)
 404
 405 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 406 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 407 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 408 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 409 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 410 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 411
 412 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 413     set(GMX_64_BIT TRUE)
 414 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 415     set(GMX_64_BIT FALSE)
 416 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 417
 418 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 419 check_type_size(uid_t uid_t)
 420 if(NOT uid_t)
 421   set(uid_t int)
 422 else(NOT uid_t)
 423   set(uid_t 0)
 424 endif(NOT uid_t)
 425
 426 check_type_size(gid_t gid_t)
 427 if(NOT gid_t)
 428   set(gid_t 1)
 429 else(NOT gid_t)
 430   set(gid_t 0)
 431 endif(NOT gid_t)
 432
 433 check_type_size(size_t size_t)
 434 if(NOT size_t)
 435   set(size_t int)
 436 else(NOT size_t)
 437   set(size_t 0)
 438 endif(NOT size_t)
 439
 440 check_type_size(off_t off_t)
 441 if(NOT off_t)
 442   set(off_t int)
 443 else(NOT off_t)
 444   set(off_t 0)
 445 endif(NOT off_t)
 446
 447 include(TestBigEndian)
 448 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 449
 450
 451
 452
 453 ########################################################################
 454 # Find external packages                                               #
 455 ########################################################################
 456 if(UNIX AND NOT APPLE)
 457     if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 458         SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES .a ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 459         if(SHARED_LIBS_DEFAULT)
 460             if(BUILD_SHARED_LIBS) #Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 461                 message(WARNING "Static libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 462             elseif(NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS) #Change default to OFF. Don't warn if it's already off.
 463                 message(WARNING "Static libraries requested, the GROMACS libraries will also be build static (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 464                 set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 465             endif()
 466         endif()
 467     endif()
 468 endif()
 469 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 470
 471 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files" ON)
 472 if (GMX_XML)
 473   find_package(LibXml2)
 474   set(PKG_XML "")
 475   if(LIBXML2_FOUND)
 476     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 477     set(PKG_XML libxml-2.0)
 478     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 479     set(HAVE_LIBXML2 1)
 480   endif(LIBXML2_FOUND)
 481 endif(GMX_XML)
 482
 483 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 484 if (GMX_GSL)
 485   find_package(gsl)
 486   set(PKG_GSL "")
 487   if(GSL_FOUND)
 488     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 489     set(PKG_GSL gsl)
 490     set(HAVE_LIBGSL 1)
 491   endif(GSL_FOUND)
 492 endif (GMX_GSL)
 493
 494 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 495 if (GMX_X11)
 496         find_package(X11)
 497         # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 498         if(X11_FOUND)
 499         set(HAVE_X11 1)
 500         endif(X11_FOUND)
 501 endif(GMX_X11)
 502
 503 if(GMX_THREAD_MPI)
 504     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 505     include(ThreadMPI)
 506     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 507     set(GMX_MPI 1)
 508     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 509 endif(GMX_THREAD_MPI)
 510
 511 if(GMX_OPENMM)
 512     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 513     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
 514     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 515     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 516         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 517     endif()
 518     find_package(OpenMM)
 519 endif(GMX_OPENMM)
 520
 521
 522 if(GMX_GPU)
 523     if(GMX_DOUBLE)
 524         message(WARNING "GPU acceleration is not available in double precision, disabled!")
 525         set(GMX_GPU OFF CACHE BOOL "Enable GPU acceleration" FORCE)
 526     endif()
 527
 528     # We support CUDA >=v3.2 on *nix, but <= v4.1 doesn't work with MSVC
 529     if(MSVC)
 530         find_package(CUDA 4.1)
 531     else()
 532         find_package(CUDA 3.2)
 533     endif()
 534
 535     if (NOT EXISTS ${CUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR})
 536         message(FATAL_ERROR "
 537     mdrun supports native GPU acceleration on NVIDIA hardware with compute
 538     capability >=2.0. This requires the NVIDIA CUDA library, which was not
 539     found; the location can be hinted by setting CUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR.
 540
 541     CPU or GPU acceleration can be selected at runtime, but if you are
 542     sure you can not make use of GPU acceleration, disable it by setting
 543     the CMake variable GMX_GPU=OFF.")
 544     endif()
 545
 546     if(NOT GMX_OPENMP)
 547         message(WARNING "
 548     In order to use GPU acceleration efficiently, mdrun requires OpenMP multithreding.
 549     Without OpenMP only a single CPU core per GPU can be used which is suboptimal.
 550     Note that with MPI multiple processes can be forced to use a single GPU, but this
 551     typically inefficient.")
 552     endif()
 553
 554     include(gmxManageNvccConfig)
 555
 556     # Check whether we can use atomic operations needed for polling wait for GPU
 557     # (to avoid the cudaStreamSynchronize + ECC bug).
 558     # With thread-MPI testing atomics has already been carried out, but without
 559     # thread-MPI we need to invoke the atomics test independently.
 560     if (NOT GMX_THREAD_MPI)
 561         set(TEST_TMPI_ATOMICS_ONLY ON CACHE INTERNAL
 562             "Test only the atomic operations of thread-MPI.")
 563         include(ThreadMPI)
 564     endif()
 565
 566     # we need this linker flag in case if we have ld >= 2.22 (typically with gcc 4.5+),
 567     # but it's too cumbersome to check the ld version and the flag should not hurt
 568     if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC)
 569         set(GROMACS_LINKER_FLAGS "-Wl,--add-needed ${GROMACS_LINKER_FLAGS}")
 570     endif()
 571
 572     # annoyingly enough, FindCUDA leaves a few variables behind as non-advanced
 573     mark_as_advanced(CUDA_BUILD_CUBIN CUDA_BUILD_EMULATION CUDA_SDK_ROOT_DIR CUDA_VERBOSE_BUILD)
 574 endif()
 575
 576 if(APPLE)
 577    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 578    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 579 endif(APPLE)
 580
 581 if(CYGWIN)
 582     set(GMX_CYGWIN 1)
 583 endif(CYGWIN)
 584
 585 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 586     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 587 endif()
 588
 589 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 590 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 591     if(USE_VERSION_H)
 592         # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 593         # found or the version is too small, we can't generate version information.
 594         find_package(Git)
 595
 596         # Find out the git version
 597         if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 598           execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 599             OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 600             OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 601           string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 602           set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 603           mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 604         endif()
 605
 606         if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 607           message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 608           set(USE_VERSION_H OFF)
 609         endif()
 610     endif()
 611 else()
 612     set(USE_VERSION_H OFF)
 613 endif()
 614
 615 ########################################################################
 616 # Generate development version info for cache
 617 ########################################################################
 618 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 619 # include(gmxGenerateVersionString)
 620
 621 ########################################################################
 622 # Our own GROMACS tests
 623 ########################################################################
 624
 625 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 626 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 627 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/include)
 628 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 629
 630 include(gmxTestInlineASM)
 631 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 632
 633 include(gmxSetBuildInformation)
 634 gmx_set_build_information()
 635 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp")
 636     # The timestep counter headers do not include config.h
 637     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 638 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp")
 639
 640 include(gmxTestFloatFormat)
 641 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 642                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 643                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 644
 645 include(gmxTestLargeFiles)
 646 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 647 check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 648
 649 include(gmxTestSignal)
 650 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 651
 652 include(gmxTestInline)
 653 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 654
 655 include(gmxTestRestrict)
 656 gmx_test_inline(RESTRICT_KEYWORD)
 657
 658 include(gmxTestPipes)
 659 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 660
 661 include(gmxTestIsfinite)
 662 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 663 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 664 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 665
 666 include(gmxTestXDR)
 667 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 668 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 669     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 670     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 671 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 672
 673 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 674 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 675 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 676     # nothing to do
 677 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 678
 679     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" GROMACS_C_FLAGS)
 680     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG)
 681         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_C_FLAGS)
 682     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG)
 683
 684     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 685     if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG)
 686         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 687     endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG)
 688
 689     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 690
 691     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 692     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 693
 694     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 695         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 696     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 697
 698     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 699     set(GMX_X86_SSE2 1)
 700     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 701       message(STATUS "Enabling SSE2 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 702     endif()
 703
 704 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 705
 706     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" GROMACS_C_FLAGS)
 707     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG)
 708         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" GROMACS_C_FLAGS)
 709     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG)
 710     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 711         message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or disable SSE4.1 for slightly lower performance.")
 712         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 713         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 714         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_C_FLAGS)
 715     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 716
 717     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" GROMACS_CXX_FLAG)
 718     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG)
 719        GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" GROMACS_CXX_FLAGS)
 720     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG)
 721     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 722         message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or disable SSE4.1 for slightly lower performance.")
 723         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 724         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 725         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 726     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 727
 728     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 729     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 730
 731     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 732         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 733     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 734
 735     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 736     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 737     set(GMX_X86_SSE2   1)
 738     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 739       message(STATUS "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 740     endif()
 741
 742 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 743
 744     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 745
 746     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" GROMACS_C_FLAGS)
 747     if (NOT GNU_AVX_CFLAG)
 748         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" GROMACS_C_FLAGS)
 749     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG)
 750     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 751         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or disable AVX for much lower performance.")
 752     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 753
 754     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" GROMACS_CXX_FLAGS)
 755     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG)
 756        GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" GROMACS_CXX_FLAGS)
 757     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG)
 758     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 759        message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or disable AVX for much lower performance.")
 760     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 761
 762     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 763     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 764
 765     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 766         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 767     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 768
 769     # AMD says we should include x86intrin.h for FMA support, but MSVC seems to do fine without it, so don't require it.
 770     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 771
 772     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 773     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 774     set(GMX_X86_SSE2   1)
 775
 776     # But just enable one of the choices internally...
 777     if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 778         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 779         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 780           message(STATUS "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add), and it will help compiler optimization.")
 781         endif()
 782     else()
 783         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 784         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 785         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 786           message(STATUS "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 787         endif()
 788     endif()
 789
 790 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 791
 792 #    Fortran is temporarily disabled while we push in nbNxN kernels.
 793 #    We need to fake it a bit here to avoid jenkins build errors!
 794 #    add_definitions(-DGMX_FORTRAN)
 795
 796 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 797 # GMX_ACCELERATION=BlueGene should be set in the Toolchain-BlueGene?-???.cmake file
 798     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 799       message(STATUS "Configuring for BlueGene")
 800     endif()
 801     set(GMX_BLUEGENE 1)
 802     if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 803         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 804         set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 805     endif (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 806     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 807     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 808     set(GMX_X11 OFF CACHE BOOL "X11 not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 809     set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL "Thread-MPI not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 810     set(GMX_MPI ON CACHE BOOL "Use MPI on BlueGene" FORCE)
 811 # Access to /etc/passwd is not available on the back end of BlueGene,
 812 # despite being detected by CMake. This can cause linker warnings
 813 # about harmless things in src/gmxlib/string2.h.
 814     set(HAVE_PWD_H OFF)
 815 # The automatic testing for endianness does not work for the BlueGene cross-compiler
 816     set(GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER 1 CACHE INTERNAL "BlueGene has big endian FP byte order (by default)" FORCE)
 817     set(GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER 1 CACHE INTERNAL "BlueGene has big endian FP word order (by default)" FORCE)
 818 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 819     set(GMX_POWER6 1)
 820     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on Power6" FORCE)
 821     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on Power6" FORCE)
 822 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 823     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, Fortran, BlueGene, Power6")
 824 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 825 set(ACCELERATION_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 826
 827 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 828     if (GMX_THREAD_MPI)
 829         message(FATAL_ERROR "FORTRAN/POWER6 is incompatible with thread-MPI and only provides a speed-up on certain IBM compilers. Disable FORTRAN (or threads if you really want to use FORTRAN kernels).")
 830     endif(GMX_THREAD_MPI)
 831     enable_language(Fortran)
 832     include(FortranCInterface)
 833     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 834     if(extra_under_score)
 835         set(extrasuffix "_")
 836     endif(extra_under_score)
 837     if(prefix)
 838       set(prefix "${prefix} ##")
 839     endif(prefix)
 840     if(suffix)
 841       set(suffix "## ${suffix}")
 842       if(extrasuffix)
 843         set(extrasuffix "${suffix}${extrasuffix}")
 844       endif(extrasuffix)
 845     else(suffix)
 846       if(extrasuffix)
 847         # Don't know if this is needed, but it can't hurt
 848         set(extrasuffix "## ${extrasuffix}")
 849       endif(extrasuffix)
 850     endif(suffix)
 851
 852     if(isupper)
 853         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} NAME ${suffix}")
 854         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} NAME ${extrasuffix}")
 855     else(isupper)
 856         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} name ${suffix}")
 857         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} name ${extrasuffix}")
 858     endif(isupper)
 859 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 860         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 861         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 862 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 863
 864 # Process QM/MM Settings
 865 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 866 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 867     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 868 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 869     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 870 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 871     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 872 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 873     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 874 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 875     # nothing to do
 876 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 877     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 878 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 879
 880 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 881 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 882 set(PKG_FFT "")
 883 set(PKG_FFT_LIBS "")
 884 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 885     if(GMX_DOUBLE)
 886         find_package(FFTW 3 COMPONENTS fftw)
 887     else(GMX_DOUBLE)
 888         find_package(FFTW 3 COMPONENTS fftwf)
 889     endif(GMX_DOUBLE)
 890     if(NOT FFTW_FOUND)
 891       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW3 (with correct precision - libfftw3f for single precision GROMACS or libfftw3 for double precision GROMACS). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 892     endif(NOT FFTW_FOUND)
 893     include_directories(${FFTW_INCLUDE_DIRS})
 894     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW_LIBRARIES})
 895     set(PKG_FFT "${FFTW_PKG}")
 896
 897     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 898
 899     if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE" AND NOT FFTW_HAVE_SSE)
 900       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SSE support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 901     endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE" AND NOT FFTW_HAVE_SSE)
 902
 903 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 904 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 905     find_package(MKL REQUIRED)
 906     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 907     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 908     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
 909
 910     set(GMX_FFT_MKL 1)
 911     set(HAVE_MKL 1)
 912
 913 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 914 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 915 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 916 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 917     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 918     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 919 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 920     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
 921 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 922
 923 # enable threaded fftw3 if we've found it
 924 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
 925     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
 926 endif()
 927
 928 set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 929 set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 930 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 931 if(NOT HAVE_MKL AND NOT ACCELERATE_FRAMEWORK)
 932   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 933     if (GMX_BLAS_USER)
 934         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
 935     else(GMX_BLAS_USER)
 936         set(BLAS_FIND_QUIETLY ON)
 937         find_package(BLAS)
 938         if (BLAS_FOUND)
 939           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
 940         else()
 941           MESSAGE(STATUS "Using internal BLAS library")
 942           set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in" FORCE)
 943         endif()
 944     endif(GMX_BLAS_USER)
 945   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 946   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 947     if (GMX_LAPACK_USER)
 948         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
 949     else(GMX_LAPACK_USER)
 950         set(LAPACK_FIND_QUIETLY ON)
 951         find_package(LAPACK)
 952         if (LAPACK_FOUND)
 953           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
 954         else()
 955           MESSAGE(STATUS "Using internal LAPACK library")
 956           set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in" FORCE)
 957         endif()
 958     endif(GMX_LAPACK_USER)
 959   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 960 endif()
 961 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 962 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 963
 964 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
 965
 966 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
 967   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
 968     # Native Windows does not have, nor need dlopen
 969     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
 970     include(gmxTestdlopen)
 971     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
 972   endif()
 973
 974   # so, should we use plug-ins?
 975   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
 976     if(NOT VMD_QUIETLY)
 977       MESSAGE(STATUS
 978           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
 979           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
 980           "formats).")
 981     endif()
 982     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
 983       find_package(VMD)
 984     endif()
 985     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
 986     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
 987     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
 988   else()
 989     set(PKG_DL_LIBS)
 990   endif()
 991 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
 992 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 993
 994 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
 995     if(NOT CMAKE_CROSSCOMPILING)
 996         option(GMX_BUILD_MANPAGES "Build man pages" ON)
 997     else()
 998         message(STATUS "Building the man pages is not available when "
 999             "cross-compiling the developer version from git")
1000     endif()
1001 else()
1002     #make sure source package contains all man pages
1003     if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/man/man1/ngmx.1")
1004         message(FATAL_ERROR "Man pages are missing from source package.")
1005     endif()
1006 endif()
1007 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANPAGES)
1008
1009 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1010 if(HAVE_LIBM)
1011     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1012 endif(HAVE_LIBM)
1013
1014 if(GMX_FAHCORE)
1015   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1016       "Path to swindirect.h")
1017   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1018 endif(GMX_FAHCORE)
1019
1020 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1021 # these are set after everything else
1022 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
1023     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
1024         FORCE)
1025     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
1026         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
1027     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
1028         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
1029     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
1030         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
1031         CACHE STRING "Linker flags for creating executables" FORCE)
1032     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS
1033         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}"
1034         CACHE STRING "Linker flags for creating shared libraries" FORCE)
1035 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
1036
1037 ######################################
1038 # Output compiler and CFLAGS used
1039 ######################################
1040 execute_process(COMMAND ${CMAKE_C_COMPILER} --version RESULT_VARIABLE TMP_RESULT OUTPUT_VARIABLE CC_VERSION ERROR_VARIABLE CC_VERSION)
1041 #try executing just the compiler command if that failed...
1042 if(TMP_RESULT)
1043     execute_process(COMMAND ${CMAKE_C_COMPILER} RESULT_VARIABLE TMP_RESULT OUTPUT_VARIABLE CC_VERSION ERROR_VARIABLE CC_VERSION)
1044 endif()
1045 string(LENGTH "${CC_VERSION}" len)
1046 if(len)
1047     string(REGEX MATCH "[^\n]*" CC_VERSION "${CC_VERSION}")
1048 endif()
1049
1050 set(BUILD_COMPILER "@CMAKE_C_COMPILER@ @CMAKE_C_COMPILER_ID@ @CC_VERSION@")
1051 set(BUILD_CFLAGS "@CMAKE_C_FLAGS@")
1052 if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "Debug")
1053     set(BUILD_CFLAGS "@BUILD_CFLAGS@ @CMAKE_C_FLAGS_DEBUG@")
1054 elseif(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "Release")
1055     set(BUILD_CFLAGS "@BUILD_CFLAGS@ @CMAKE_C_FLAGS_RELEASE@")
1056 elseif(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "MinSizeRel")
1057     set(BUILD_CFLAGS "@BUILD_CFLAGS@ @CMAKE_C_FLAGS_MINSIZEREL@")
1058 elseif(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "RelWithDebInfo")
1059     set(BUILD_CFLAGS "@BUILD_CFLAGS@ @CMAKE_C_FLAGS_RELWITHDEBINFO@")
1060 endif()
1061
1062
1063 ########################################################################
1064 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
1065 ########################################################################
1066 if (GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
1067     set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
1068     mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
1069 else()
1070     set(GMX_INSTALL_PREFIX "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/")
1071 endif()
1072
1073 if ( NOT DEFINED GMXLIB )
1074     set(GMXLIB lib)
1075 endif()
1076 set(LIB_INSTALL_DIR "${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMXLIB}")
1077 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1078 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/gromacs)
1079 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1080 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1081
1082 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1083
1084 ##################################################################
1085 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
1086 ##################################################################
1087 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1088     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1089     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1090     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1091     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1092 endif()
1093
1094 add_subdirectory(share)
1095 add_subdirectory(include)
1096 add_subdirectory(src)
1097 add_subdirectory(scripts)
1098
1099 #######################
1100 ## uninstall target
1101 #######################
1102     CONFIGURE_FILE(
1103                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1104                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1105                    IMMEDIATE @ONLY)
1106 ###########################
1107 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1108                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1109                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1110 ###########################
1111
1112
1113 ########################################################################
1114 # Tests                                                                #
1115 ########################################################################
1116
1117 include(CTest)
1118 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
1119 IF(BUILD_TESTING)
1120         enable_testing()
1121         add_subdirectory(tests)
1122 ENDIF()
1123