CMakeLists.txt

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2009,2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 cmake_minimum_required(VERSION 2.8.8)
  36 # When we require cmake >= 2.8.12, it will provide
  37 # CMAKE_MINIMUM_REQUIRED_VERSION automatically, but in the meantime we
  38 # need to set a variable, and it must have a different name.
  39 set(GMX_CMAKE_MINIMUM_REQUIRED_VERSION "2.8.8")
  40
  41 # CMake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  42 # This needs to be set before project() in order to pick up toolchain files
  43 list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/Platform)
  44
  45 project(Gromacs)
  46
  47 set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  48 set(CMAKE_ARCHIVE_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  49 set(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin)
  50
  51 # Set up common version variables, as well as general information about
  52 # the build tree (whether the build is from a source package or from a git
  53 # repository).  Also declares a few functions that will be used for generating
  54 # version info files later.
  55 include(gmxVersionInfo)
  56
  57 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  58     set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  59 endif()
  60
  61 include(gmxBuildTypeReference)
  62 include(gmxBuildTypeProfile)
  63 include(gmxBuildTypeTSAN)
  64 include(gmxBuildTypeASAN)
  65 include(gmxBuildTypeReleaseWithAssert)
  66
  67 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  68     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference RelWithAssert Profile." FORCE)
  69     # There's no need to offer a user the choice of ThreadSanitizer
  70     # Set the possible values of build type for cmake-gui
  71     set_property(CACHE CMAKE_BUILD_TYPE PROPERTY STRINGS "Debug" "Release"
  72         "MinSizeRel" "RelWithDebInfo" "Reference" "RelWithAssert" "Profile")
  73 endif()
  74 if(CMAKE_CONFIGURATION_TYPES)
  75     # Add appropriate GROMACS-specific build types for the Visual
  76     # Studio generator (Debug, Release, MinSizeRel and RelWithDebInfo
  77     # are already present by default).
  78     list(APPEND CMAKE_CONFIGURATION_TYPES "RelWithAssert" "Reference")
  79     list(REMOVE_DUPLICATES CMAKE_CONFIGURATION_TYPES)
  80     set(CMAKE_CONFIGURATION_TYPES "${CMAKE_CONFIGURATION_TYPES}" CACHE STRING
  81         "List of configuration types"
  82         FORCE)
  83 endif()
  84 set(build_types_with_explicit_flags RELEASE DEBUG RELWITHDEBUGINFO RELWITHASSERT MINSIZEREL PROFILE)
  85
  86 set(CPACK_PACKAGE_NAME "gromacs")
  87 set(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR ${GMX_VERSION_MAJOR})
  88 set(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR ${GMX_VERSION_MINOR})
  89 set(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH ${GMX_VERSION_PATCH})
  90 set(CPACK_PACKAGE_VERSION       ${GMX_VERSION_STRING})
  91 set(CPACK_SOURCE_PACKAGE_FILE_NAME "${CPACK_PACKAGE_NAME}-${CPACK_PACKAGE_VERSION}")
  92 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  93 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  94 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  95 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  96 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/COPYING")
  97 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  98 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES "\\\\.isreposource$;\\\\.git/;\\\\.gitignore$;\\\\.gitattributes;")
  99 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
 100 # CPack source archives include only the directories we list here.
 101 # This variable is a list of pairs of names of source and destination
 102 # directories. Most of these are used for content GROMACS generates as
 103 # part of the configuration or build.
 104 set(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/src/programs/completion;src/programs/completion;${CMAKE_BINARY_DIR}/share/man/man1;share/man/man1;${CMAKE_BINARY_DIR}/share/man/man7;share/man/man7;${CMAKE_BINARY_DIR}/share/html/final;share/html/final;${CMAKE_BINARY_DIR}/install-guide/final;/")
 105 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
 106 set(CPACK_GMX_BUILD_HELP "${GMX_BUILD_HELP}") #Works even though GMX_BUILD_HELP is defined later because it is off by default.
 107
 108 #must come after all cpack settings!
 109 include(CPack)
 110
 111 # Set a default valgrind suppression file.
 112 # This unfortunately needs to duplicate information from CTest to work as
 113 # expected...
 114 set(MEMORYCHECK_SUPPRESSIONS_FILE
 115     "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/legacy_and_external.supp"
 116     CACHE FILEPATH
 117     "File that contains suppressions for the memory checker")
 118 include(CTest)
 119
 120 # Variables that accumulate stuff influencing the installed headers
 121 set(INSTALLED_HEADER_INCLUDE_DIRS "")
 122 set(INSTALLED_HEADER_DEFINITIONS "")
 123
 124 ########################################################################
 125 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
 126 ########################################################################
 127 if(CMAKE_HOST_UNIX)
 128     execute_process(COMMAND hostname
 129                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
 130                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 131     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
 132         message(WARNING "
 133             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 134             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 135             recommended to regenerate the cache!")
 136     endif()
 137     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 138             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 139 endif()
 140
 141 ########################################################################
 142 # User input options                                                   #
 143 ########################################################################
 144 include(gmxOptionUtilities)
 145
 146 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 147
 148 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 149 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 150 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 151 gmx_dependent_option(
 152     GMX_MPI_IN_PLACE
 153     "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined"
 154     ON
 155     GMX_MPI)
 156 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 157 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 158 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 159 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 160 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 161
 162 option(GMX_COOL_QUOTES "Enable Gromacs cool quotes" ON)
 163 mark_as_advanced(GMX_COOL_QUOTES)
 164 gmx_add_cache_dependency(GMX_COOL_QUOTES BOOL "NOT GMX_FAHCORE" OFF)
 165
 166 # Decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection.
 167 # We support CUDA >=v4.0 on *nix, but <= v4.1 doesn't work with MSVC
 168 if(MSVC)
 169     set(REQUIRED_CUDA_VERSION 4.1)
 170 else()
 171     set(REQUIRED_CUDA_VERSION 4.0)
 172 endif()
 173 set(REQUIRED_CUDA_COMPUTE_CAPABILITY 2.0)
 174 include(gmxManageGPU)
 175
 176 # Detect the architecture the compiler is targetting, detect
 177 # SIMD instructions possibilities on that hardware, suggest SIMD instruction set
 178 # to use if none is specified, and populate the cache option for CPU
 179 # SIMD.
 180 include(gmxDetectTargetArchitecture)
 181 gmx_detect_target_architecture()
 182
 183 if(GMX_CPU_ACCELERATION)
 184     # Stay compatible with old Jenkins command line options for specific SIMD acceleration
 185     set(GMX_SIMD "${GMX_CPU_ACCELERATION}" CACHE STRING "SIMD instruction set level and compiler optimization" FORCE)
 186     message("You set GMX_CPU_ACCELERATION, which is deprecated, and will be removed in a later version of GROMACS. It is replaced by GMX_SIMD. For now, copying the value from GMX_CPU_ACCELERATION to GMX_SIMD.")
 187     # TODO remove all references to GMX_CPU_ACCELERATION in master branch
 188 endif()
 189
 190 if(NOT GMX_TARGET_MIC)
 191     include(gmxDetectSimd)
 192     gmx_detect_simd(GMX_SUGGESTED_SIMD)
 193 else()
 194     set(GMX_SUGGESTED_SIMD "None")
 195 endif()
 196
 197 gmx_option_multichoice(
 198     GMX_SIMD
 199     "SIMD instruction set for CPU kernels and compiler optimization"
 200     "${GMX_SUGGESTED_SIMD}"
 201     None SSE2 SSE4.1 AVX_128_FMA AVX_256 AVX2_256 IBM_QPX Sparc64_HPC_ACE Reference)
 202
 203 gmx_option_multichoice(
 204     GMX_FFT_LIBRARY
 205     "FFT library"
 206     "fftw3"
 207     fftw3 mkl "fftpack[built-in]")
 208 gmx_dependent_option(
 209     GMX_BUILD_OWN_FFTW
 210     "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack."
 211     OFF
 212     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
 213 gmx_dependent_option(
 214     GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 215     "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)"
 216     OFF
 217     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
 218 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 219 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 220
 221 gmx_option_multichoice(
 222     GMX_QMMM_PROGRAM
 223     "QM package for QM/MM"
 224     None
 225     none gaussian mopac gamess orca)
 226
 227 gmx_dependent_cache_variable(GMX_SIMD_REF_FLOAT_WIDTH  "Reference SIMD single precision width" STRING "4" "GMX_SIMD STREQUAL REFERENCE")
 228 gmx_dependent_cache_variable(GMX_SIMD_REF_DOUBLE_WIDTH "Reference SIMD double precision width" STRING "2" "GMX_SIMD STREQUAL REFERENCE")
 229
 230 # This should be moved to a separate NBNXN cmake module when that code is cleaned up and modularized
 231
 232 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 233 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 234 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 235 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 236
 237 option(GMX_GPU  "Enable GPU acceleration" ON)
 238 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 239
 240 option(GMX_USE_TNG "Use the TNG library for trajectory I/O" ON)
 241
 242 if(UNIX)
 243     option(GMX_SYMLINK_OLD_BINARY_NAMES "Create symbolic links for pre-5.0 binary names" ON)
 244 endif()
 245 option(GMX_BUILD_MDRUN_ONLY "Build and install only the mdrun binary" OFF)
 246
 247 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 248 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 249
 250 option(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS "Don't automatically add suggested/required Compiler flags." OFF)
 251 mark_as_advanced(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
 252
 253 option(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE
 254        "Tune build for better code coverage metrics (e.g., disable asserts)"
 255        OFF)
 256 mark_as_advanced(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
 257
 258
 259 ######################################################################
 260 # Detect OpenMP support
 261 ######################################################################
 262 # The OpenMP detection _must_ come before tests for other CFLAGS.
 263 include(gmxManageOpenMP)
 264
 265
 266
 267 ######################################################################
 268 # Compiler tests
 269 # These need to be done early (before further tests).
 270 #####################################################################
 271
 272 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
 273 # are used with permission from CMake v2.8.9 so that GROMACS can detect
 274 # invalid options with the Intel Compilers.
 275 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
 276 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
 277 include(CheckCCompilerFlag)
 278 include(CheckCXXCompilerFlag)
 279
 280
 281 include(gmxCFlags)
 282 gmx_c_flags()
 283
 284 # This variable should be used for additional compiler flags which are not
 285 # generated in gmxCFlags nor are SIMD or MPI related.
 286 set(EXTRA_C_FLAGS "")
 287 set(EXTRA_CXX_FLAGS "")
 288
 289 # Run through a number of tests for buggy compilers and other issues
 290 include(gmxTestCompilerProblems)
 291 gmx_test_compiler_problems()
 292 # GMX_SIMD will not be set automatically until the second
 293 # pass (which is not strictly guaranteed to occur), so putting this
 294 # check here among logically-related tests is inefficient, but the
 295 # potential loss is likely zero.
 296 if(GMX_SIMD STREQUAL "AVX_256"
 297         AND CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC
 298         AND (C_COMPILER_VERSION VERSION_EQUAL "4.6.1"
 299             OR CXX_COMPILER_VERSION VERSION_EQUAL "4.6.1"))
 300     message(FATAL_ERROR "gcc 4.6.1 has buggy support for AVX, and GROMACS mdrun will not work. If you want simulation performance, use a more recent compiler. Otherwise, use GMX_SIMD=SSE4.1")
 301     # See http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=49002
 302 endif()
 303
 304
 305 if(GMX_DOUBLE)
 306     add_definitions(-DGMX_DOUBLE)
 307     list(APPEND INSTALLED_HEADER_DEFINITIONS "-DGMX_DOUBLE")
 308 endif()
 309 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 310     list(APPEND INSTALLED_HEADER_DEFINITIONS "-DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 311 endif()
 312
 313 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 314     set(GMX_WSOCKLIB_PATH CACHE PATH "Path to winsock (wsock32.lib) library.")
 315     mark_as_advanced(GMX_WSOCKLIB_PATH)
 316     find_library(WSOCK32_LIBRARY NAMES wsock32 PATHS ${GMX_WSOCKLIB_PATH})
 317     if(WSOCK32_LIBRARY)
 318         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${WSOCK32_LIBRARY})
 319         add_definitions(-DGMX_HAVE_WINSOCK)
 320     else()
 321         message(STATUS "No winsock found. Cannot use interactive molecular dynamics (IMD).")
 322     endif(WSOCK32_LIBRARY)
 323 endif()
 324
 325
 326
 327 ########################################################################
 328 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 329 ########################################################################
 330 include(CheckIncludeFiles)
 331 include(CheckIncludeFileCXX)
 332 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 333 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 334 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 335 check_include_files(time.h       HAVE_TIME_H)
 336 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 337 check_include_files(io.h         HAVE_IO_H)
 338 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 339
 340 check_include_files(regex.h      HAVE_POSIX_REGEX)
 341 check_include_file_cxx(regex     HAVE_CXX11_REGEX)
 342 # TODO: It could be nice to inform the user if no regex support is found,
 343 # as selections won't be fully functional.
 344
 345 include(CheckFunctionExists)
 346 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 347 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 348 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 349 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 350 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 351 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 352 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 353 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 354 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 355 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 356 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 357 check_function_exists(sched_getaffinity HAVE_SCHED_GETAFFINITY)
 358 check_function_exists(rsqrt             HAVE_RSQRT)
 359 check_function_exists(rsqrtf            HAVE_RSQRTF)
 360 check_function_exists(sqrtf             HAVE_SQRTF)
 361
 362 include(CheckLibraryExists)
 363 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 364 check_library_exists(rt clock_gettime "" HAVE_CLOCK_GETTIME)
 365
 366 include(TestBigEndian)
 367 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 368
 369 # Management of GROMACS options for specific toolchains should go
 370 # here. Because the initial settings for some of the main options have
 371 # already happened, but things like library detection and MPI compiler
 372 # feature detection have not, the docstrings for any over-rides of
 373 # GROMACS defaults or user settings will make sense. Also, any
 374 # toolchain-related reasons for choosing whether to detect various
 375 # things can be sorted out now, before the detection takes place.
 376 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES BlueGene)
 377     include(gmxManageBlueGene)
 378 endif()
 379
 380 ########################################################################
 381 #Process MPI settings
 382 ########################################################################
 383 include(gmxManageMPI)
 384
 385
 386 ########################################################################
 387 #Process shared/static library settings
 388 ########################################################################
 389 include(gmxManageSharedLibraries)
 390
 391
 392 ########################################################################
 393 # Find external packages                                               #
 394 ########################################################################
 395
 396 # Unconditionally find the package, as it is also required for unit
 397 # tests. This exports LIBXML2_FOUND, which we should not use because
 398 # it does not tell us that linking will succeed. Instead, we test that
 399 # next.
 400 if(DEFINED LIBXML2_LIBRARIES)
 401   set(LibXml2_FIND_QUIETLY TRUE)
 402 endif()
 403 find_package(LibXml2)
 404 include(gmxTestLibXml2)
 405 gmx_test_libxml2(HAVE_LIBXML2)
 406 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files (currently has no effect)" ${HAVE_LIBXML2})
 407 set(PKG_XML "")
 408 mark_as_advanced(GMX_XML)
 409 # Don't actually do anything, since libxml2 is currently not used by libgromacs
 410 #if(GMX_XML AND NOT HAVE_LIBXML2)
 411 #    message(FATAL_ERROR "libxml2 not found. Set GMX_XML=OFF to compile without XML support")
 412 #endif()
 413 #if(GMX_XML)
 414 #    include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 415 #    set(PKG_XML libxml-2.0)
 416 #    set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 417 #endif()
 418
 419 option(GMX_EXTRAE "Add support for tracing using EXTRAE" OFF)
 420 mark_as_advanced(GMX_EXTRAE)
 421
 422 if (GMX_EXTRAE)
 423   find_package(EXTRAE)
 424   if(EXTRAE_FOUND)
 425     include_directories(${EXTRAE_INCLUDE_DIR})
 426     set(HAVE_EXTRAE 1)
 427   else()
 428     message(FATAL_ERROR "EXTRAE library was not found. Please add the correct path to CMAKE_PREFIX_PATH")
 429   endif()
 430 endif()
 431
 432 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 433 if (GMX_X11)
 434     find_package(X11)
 435     # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 436     if(NOT X11_FOUND)
 437         message(FATAL_ERROR
 438                 "X11 include files and/or libraries were not found. "
 439                 "Set GMX_X11=OFF to compile without X11 support. "
 440                 "gmx view will not be available.")
 441     endif()
 442     include_directories(${X11_INCLUDE_DIR})
 443 endif()
 444
 445 include(ThreadMPI)
 446 # Enable core threading facilities
 447 tmpi_enable_core("${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/thread_mpi/include")
 448 # Enable tMPI C++ support
 449 tmpi_enable_cxx()
 450 if(GMX_THREAD_MPI)
 451     # enable MPI functions
 452     tmpi_enable()
 453     set(GMX_MPI 1)
 454     set(MPI_IN_PLACE_EXISTS 1)
 455 endif()
 456 # If atomics are manually disabled a define is needed because atomics.h doesn't depend on config.h
 457 if (TMPI_ATOMICS_DISABLED)
 458    add_definitions(-DTMPI_ATOMICS_DISABLED)
 459 endif()
 460
 461 if(GMX_GPU)
 462     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 463     gmx_gpu_setup()
 464 endif()
 465
 466 if(CYGWIN)
 467     set(GMX_CYGWIN 1)
 468 endif()
 469
 470 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 471     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 472     # This makes windows.h not declare min/max as macros that would break
 473     # C++ code using std::min/std::max.
 474     add_definitions(-DNOMINMAX)
 475 endif()
 476
 477 # Detect boost unless GMX_EXTERNAL_BOOST is explicitly OFF
 478 # Used for default if GMX_EXTERNAL_BOOST is not defined (first CMake pass)
 479 if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST OR GMX_EXTERNAL_BOOST)
 480     find_package(Boost 1.44.0)
 481     if(Boost_FOUND AND Boost_VERSION VERSION_LESS "104400")
 482         set(Boost_FOUND FALSE)
 483     endif()
 484     # Print the notification only on first run, when determining the default
 485     if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 486         message("Boost >= 1.44 not found. Using minimal internal version. "
 487                 "This may cause trouble if you plan on compiling/linking other "
 488                 "software that uses Boost against Gromacs.")
 489     endif()
 490 endif()
 491 option(GMX_EXTERNAL_BOOST "Use external Boost instead of minimal built-in version"
 492        ${Boost_FOUND})
 493 if(GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 494     message(FATAL_ERROR
 495         "Boost >= 1.44 not found. "
 496         "You can set GMX_EXTERNAL_BOOST=OFF to compile against minimal "
 497         "version of Boost included with Gromacs.")
 498 endif()
 499
 500 if(NOT DEFINED GMX_BUILD_UNITTESTS AND NOT HAVE_LIBXML2)
 501     message(WARNING "libxml2 not found. Will build GROMACS without unit-tests. This is not recommended, because the unit-tests help to verify that GROMACS functions correctly. Most likely you are missing the libxml2-dev(el) package. After you installed it, set GMX_BUILD_UNITTESTS=ON.")
 502 endif()
 503 option(GMX_BUILD_UNITTESTS "Build unit tests with BUILD_TESTING (uses Google C++ Testing and Mocking Frameworks, requires libxml2)" ${HAVE_LIBXML2})
 504 mark_as_advanced(GMX_BUILD_UNITTESTS)
 505 gmx_add_cache_dependency(GMX_BUILD_UNITTESTS BOOL BUILD_TESTING OFF)
 506 if (GMX_BUILD_UNITTESTS AND NOT HAVE_LIBXML2)
 507     message(FATAL_ERROR
 508         "Cannot build unit tests without libxml2. "
 509         "Either set GMX_BUILD_UNITTESTS=OFF or tell CMake how to find a working version of libxml2.")
 510 endif()
 511
 512 ########################################################################
 513 # Our own GROMACS tests
 514 ########################################################################
 515
 516 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 517 include_directories(BEFORE ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src)
 518 include_directories(BEFORE ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/thread_mpi/include)
 519 # Required for config.h, maybe should only be set in src/CMakeLists.txt
 520 include_directories(BEFORE ${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 521 # Required for now to make old code compile
 522 include_directories(BEFORE ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders)
 523
 524 include(gmxTestInlineASM)
 525 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 526
 527 include(gmxSetBuildInformation)
 528 gmx_set_build_information()
 529 # Turn on RDTSCP if:
 530 # - the build system's CPU supports it
 531 # - the acceleration is set to AVX as all AVX-capable CPUs support AVX (which
 532 #   at this point means that the user set it).
 533 # Note: it's better to not use the later set value of GMX_SIMD because
 534 # it reflects the system's capability of both compiling and running AVX code.
 535 # TODO: After merge with 5.0 one could implement a cache variable dependency
 536 # such that GMX_USE_RDTSCP can change if GMX_SIMD is changed to AVX
 537 # after the first cmake pass.
 538 if (BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" OR GMX_SIMD MATCHES "AVX")
 539     set(GMX_USE_RDTSCP_DEFAULT_VALUE ON)
 540 else()
 541     set(GMX_USE_RDTSCP_DEFAULT_VALUE OFF)
 542 endif()
 543 option(GMX_USE_RDTSCP "Use RDTSCP for better CPU-based timers (available on recent x86 CPUs; might need to be off when compiling for heterogeneous environments)" ${GMX_USE_RDTSCP_DEFAULT_VALUE})
 544 mark_as_advanced(GMX_USE_RDTSCP)
 545 if(GMX_USE_RDTSCP)
 546     set(HAVE_RDTSCP 1)
 547 endif()
 548
 549 include(gmxTestFloatFormat)
 550 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 551                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 552                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 553
 554 include(gmxTestLargeFiles)
 555 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 556
 557 include(gmxTestSignal)
 558 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 559
 560 include(gmxTestPipes)
 561 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 562
 563 include(gmxTestIsfinite)
 564 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 565 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 566 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 567
 568 include(gmxTestCXX11)
 569 gmx_test_cxx11(GMX_CXX11_SUPPORTED GMX_CXX11_FLAGS)
 570 include(CMakeDependentOption)
 571 # nvcc does not support C++11 flags, so with GPUs we prefer to skip C++11 flags
 572 # entirely to keep the compilation environment uniform.
 573 cmake_dependent_option(GMX_CXX11
 574     "Use C++11 features"
 575     ON "GMX_CXX11_SUPPORTED AND NOT GMX_GPU" OFF)
 576 mark_as_advanced(GMX_CXX11)
 577 if(GMX_CXX11)
 578     set(EXTRA_CXX_FLAGS "${EXTRA_CXX_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS}")
 579 endif()
 580
 581
 582 include(gmxTestXDR)
 583 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 584 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 585     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 586 endif()
 587
 588
 589 ##################################################
 590 # Process SIMD instruction settings
 591 ##################################################
 592 # This checks what flags to add in order to
 593 # support the SIMD instructions we need, and sets
 594 # correct defines for the SIMD instructions supported.
 595 include(gmxTestSimd)
 596 gmx_test_simd()
 597
 598
 599 # Process QM/MM Settings
 600 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 601     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 602 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 603     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 604 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 605     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 606 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 607     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 608 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 609     # nothing to do
 610 else()
 611     gmx_invalid_option_value(GMX_QMMM_PROGRAM)
 612 endif()
 613
 614
 615 ##################################################
 616 # Process FFT library settings
 617 ##################################################
 618 include(gmxManageFFTLibraries)
 619
 620
 621 include(gmxManageLinearAlgebraLibraries)
 622
 623 # Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins
 624 set(GMX_USE_PLUGINS OFF)
 625
 626 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
 627   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
 628     # Native Windows does not have, nor need dlopen
 629     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
 630     include(gmxTestdlopen)
 631     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
 632   endif()
 633
 634   # so, should we use plug-ins?
 635   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
 636     if(NOT VMD_QUIETLY)
 637       MESSAGE(STATUS
 638           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
 639           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
 640           "formats).")
 641     endif()
 642     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
 643       find_package(VMD)
 644     endif()
 645     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
 646     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
 647     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
 648   else()
 649     set(PKG_DL_LIBS)
 650   endif()
 651 endif()
 652 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 653
 654 # Link real-time library for POSIX timers. The check for clock_gettime
 655 # confirms the linkability of rt.
 656 if(HAVE_TIME_H AND HAVE_UNISTD_H AND HAVE_CLOCK_GETTIME)
 657     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES rt)
 658 endif()
 659
 660 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 661 if(HAVE_LIBM)
 662     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 663 endif()
 664
 665 option(GMX_NACL "Configure for Native Client builds" OFF)
 666 if (GMX_NACL)
 667   list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES nosys)
 668   set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS "${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS} -lnosys")
 669   set(GMX_NO_NICE 1)
 670   set(GMX_NO_RENAME 1)
 671 endif()
 672 mark_as_advanced(GMX_NACL)
 673
 674 if(GMX_FAHCORE)
 675   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 676       "Path to swindirect.h")
 677   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 678 endif()
 679
 680 option(GMX_BUILD_HELP "Build man pages, HTML help, and completions automatically (requires that compiled binaries can be executed on the build host)" OFF)
 681 mark_as_advanced(GMX_BUILD_HELP)
 682 if (GMX_BUILD_HELP AND SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION AND
 683     "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" STREQUAL "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}")
 684
 685     message(FATAL_ERROR
 686         "Rebuilding HTML and man pages is not supported for in-source "
 687         "builds from a source distribution. "
 688         "Set GMX_BUILD_HELP=OFF or do an out-of-source build to proceed.")
 689 endif()
 690
 691 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 692 # these are set after everything else
 693 if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
 694     set(CMAKE_C_FLAGS "${SIMD_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}")
 695     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${SIMD_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}")
 696     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}")
 697     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}")
 698 else()
 699     message("Recommended flags which are not added because GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS=yes:")
 700     message("CMAKE_C_FLAGS: ${SIMD_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${GMXC_CFLAGS}")
 701     message("CMAKE_C_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CFLAGS_RELEASE}")
 702     message("CMAKE_C_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CFLAGS_DEBUG}")
 703     message("CMAKE_CXX_FLAGS: ${SIMD_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${GMXC_CXXFLAGS}")
 704     message("CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE}")
 705     message("CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CXXFLAGS_DEBUG}")
 706     message("CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
 707     message("CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS: ${MPI_LINKER_FLAGS}")
 708 endif()
 709
 710 if(NOT GMX_OPENMP)
 711     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
 712     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
 713     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
 714     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
 715 else()
 716     set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_LINKER_FLAGS})
 717     set(GMX_SHARED_LINKER_FLAGS ${GMX_SHARED_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS})
 718 endif()
 719
 720 ########################################################################
 721 # Specify install locations
 722 ########################################################################
 723 # Use GNUInstallDirs to set paths on multiarch systems.
 724 include(GNUInstallDirs)
 725
 726 # Customization for the installation tree paths.
 727 set(GMX_LIB_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_LIBDIR} CACHE STRING
 728     "Library installation directory (default: ${CMAKE_INSTALL_LIBDIR})")
 729 set(GMX_DATA_INSTALL_DIR gromacs CACHE STRING
 730     "Data installation directory under share/ (default: gromacs)")
 731 mark_as_advanced(GMX_LIB_INSTALL_DIR GMX_DATA_INSTALL_DIR)
 732
 733 # These variables are used internally to provide a central location for
 734 # customizing the install locations.
 735 set(LIB_INSTALL_DIR       ${GMX_LIB_INSTALL_DIR})
 736 set(BIN_INSTALL_DIR       bin)
 737 set(DATA_INSTALL_DIR      share/${GMX_DATA_INSTALL_DIR})
 738 set(MAN_INSTALL_DIR       share/man)
 739 # If the nesting level wrt. the installation root is changed,
 740 # gromacs-config.cmake.cmakein needs to be adapted.
 741 set(CMAKE_INSTALL_DIR     share/cmake)
 742 # TODO: Make GMXRC adapt if this is changed
 743 set(PKGCONFIG_INSTALL_DIR ${LIB_INSTALL_DIR}/pkgconfig)
 744 set(INCL_INSTALL_DIR      include)
 745
 746 # These variables get written into config.h for use in finding the data
 747 # directories.
 748 set(GMXLIB_SEARCH_DIR share/${GMX_DATA_INSTALL_DIR}/top)
 749 set(GMXLIB_FALLBACK   ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 750
 751 list(APPEND INSTALLED_HEADER_INCLUDE_DIRS ${INCL_INSTALL_DIR})
 752
 753 # Binary and library suffix options
 754 include(gmxManageSuffixes)
 755
 756 ################################################################
 757 # Shared library load path settings
 758 ################################################################
 759 # CMake supports RPATH on OS X only from 2.8.12 upwards.
 760 # CMAKE_SYSTEM_VERSION > 8.0 matches OS X 10.5 and above, where RPATH support
 761 # was added.
 762 if((NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin") OR
 763    ((CMAKE_SYSTEM_VERSION VERSION_GREATER 8.0) AND (NOT CMAKE_VERSION VERSION_LESS 2.8.12)))
 764     # The build folder always has bin/ and lib/; if we are also going to
 765     # install to lib/, then the installation RPATH works also in the build
 766     # tree.  This makes installation slightly faster (no need to rewrite the
 767     # RPATHs), and makes the binaries in the build tree relocatable.
 768     if(GMX_LIB_INSTALL_DIR STREQUAL "lib")
 769         set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH TRUE)
 770     endif()
 771     # Set the RPATH as relative to the executable location to make the
 772     # binaries relocatable.
 773     if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
 774         set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\$ORIGIN/../${GMX_LIB_INSTALL_DIR}")
 775     else()
 776         set(CMAKE_INSTALL_RPATH "@executable_path/../${GMX_LIB_INSTALL_DIR}")
 777     endif()
 778     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
 779     set(CMAKE_MACOSX_RPATH 1)
 780 else()
 781     # We are on Darwin/OSX, and CMake cannot handle RPATHs automatically.
 782     if(CMAKE_SYSTEM_VERSION VERSION_GREATER 8.0)
 783         # Set the RPATH options manually.
 784         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "@rpath")
 785         set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} "-Wl,-rpath,@executable_path/../${GMX_LIB_INSTALL_DIR}")
 786     else()
 787         # Use the old INSTALL_NAME_DIR mechanism if RPATH is not supported.
 788         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${LIB_INSTALL_DIR}")
 789     endif()
 790 endif()
 791
 792 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
 793 #Simpler to always install.
 794 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
 795
 796 if(GMX_EXTERNAL_BOOST)
 797     include_directories(${Boost_INCLUDE_DIRS})
 798     list(APPEND INSTALLED_HEADER_INCLUDE_DIRS ${Boost_INCLUDE_DIRS})
 799 else()
 800     include_directories(BEFORE ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost)
 801     list(APPEND INSTALLED_HEADER_INCLUDE_DIRS ${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost)
 802     list(APPEND INSTALLED_HEADED_DEFINITIONS "-DBOOST_NO_TYPEID")
 803     # typeid not supported for minimal internal version
 804     # (would add significant amount of code)
 805     add_definitions(-DBOOST_NO_TYPEID)
 806     if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
 807         install(DIRECTORY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost/boost
 808                 DESTINATION ${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost
 809                 COMPONENT development)
 810     endif()
 811 endif()
 812
 813 if (GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
 814     # Code heavy with asserts makes conditional coverage close to useless metric,
 815     # as by design most of the false branches are impossible to trigger in
 816     # correctly functioning code.  And the benefit of testing those that could
 817     # be triggered by using an API against its specification isn't usually
 818     # worth the effort.
 819     add_definitions(-DNDEBUG -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DGMX_DISABLE_ASSERTS)
 820 endif()
 821
 822 if (BUILD_TESTING)
 823     # "tests" target builds all the separate test binaries.
 824     add_custom_target(tests)
 825     # "run-ctest" is an internal target that actually runs the tests.
 826     # This is necessary to be able to add separate targets that execute as part
 827     # of 'make check', but are ensured to be executed after the actual tests.
 828     add_custom_target(run-ctest
 829                       COMMAND ${CMAKE_CTEST_COMMAND} --output-on-failure
 830                       COMMENT "Running all tests"
 831                       VERBATIM)
 832     add_dependencies(run-ctest tests)
 833     # "check" target builds and runs all tests.
 834     add_custom_target(check DEPENDS run-ctest)
 835 endif()
 836
 837 if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
 838     add_subdirectory(doxygen)
 839     add_subdirectory(install-guide)
 840     add_subdirectory(share)
 841     add_subdirectory(scripts)
 842 endif()
 843 add_subdirectory(src)
 844
 845 if (BUILD_TESTING)
 846     add_subdirectory(tests)
 847 endif()
 848
 849 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
 850 # Don't bother the user after the first configure pass.
 851 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
 852     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
 853 endif()
 854 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
 855
 856 #######################
 857 ## uninstall target
 858 #######################
 859 CONFIGURE_FILE(   "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
 860                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
 861                   IMMEDIATE @ONLY)
 862 ###########################
 863 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
 864                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
 865                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
 866 ###########################
 867 set_directory_properties(PROPERTIES
 868             ADDITIONAL_MAKE_CLEAN_FILES "install_manifest.txt")
 869
 870 ########################################################################
 871 # Manual                                                               #
 872 ########################################################################
 873
 874 option(GMX_BUILD_MANUAL "Whether to try to configure to build the PDF manual" OFF)
 875 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANUAL)
 876 if(GMX_BUILD_MANUAL)
 877     # Make sure we only do detection of manual-building dependencies
 878     # when the user opted in for that.
 879     add_subdirectory(manual)
 880 endif()