CMakeLists.txt

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   5 # David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6 # others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7 # directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34 #
  35 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
  36 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
  37 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
  38
  39 # Allows CPack to act differently for normal tools and mdrun (e.g. because of MPI)
  40 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_TOOLS_DESCRIPTION "All GROMACS executable tools")
  41 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_MDRUN_DESCRIPTION "GROMACS executable for running simulations")
  42
  43 # CMake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  44 # This needs to be set before project() in order to pick up toolchain files
  45 list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/Platform)
  46
  47 project(Gromacs C)
  48 include(Dart)
  49 mark_as_advanced(DART_ROOT)
  50
  51 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  52 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  53 #
  54 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  55 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  56 # machine with no git.
  57 #
  58 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  59 set(PROJECT_VERSION "4.6.2-dev")
  60 # The version number of the regressiontest tarball against which this
  61 # git branch can be tested. Normally, this will be the version of the
  62 # last patch release. Comment the next line out for branches leading
  63 # to a major/minor release.
  64 set(REGRESSIONTEST_VERSION "4.6.1")
  65 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  66     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  67 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  68 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  69     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  70 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  71 set(SOVERSION 8)
  72 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  73 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
  74 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "6")
  75 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "1")
  76
  77 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  78 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  79 math(EXPR NUM_VERSION
  80     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  81 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  82     math(EXPR NUM_VERSION
  83          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  84 endif()
  85
  86 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  87 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  88 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  89 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  90 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  91 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  92
  93 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  94 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  95 endif()
  96
  97 include(gmxBuildTypeReference)
  98
  99 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
 100     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference." FORCE)
 101 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
 102
 103 enable_language(C)
 104
 105 set(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH OFF CACHE STRING "Use relative paths not absolute paths for cmake install. Has only an effect on cpack.")
 106 mark_as_advanced(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
 107
 108 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
 109 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
 110 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
 111 if (NOT GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
 112     set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
 113 endif()
 114 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
 115 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
 116 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/COPYING")
 117 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
 118 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES "\\\\.isreposource$;\\\\.git/;\\\\.gitignore$")
 119 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
 120 SET(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/man;man")
 121 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
 122
 123 #must come after all cpack settings!
 124 include(CPack)
 125
 126 ########################################################################
 127 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
 128 ########################################################################
 129 if(CMAKE_HOST_UNIX)
 130     execute_process(COMMAND hostname
 131                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
 132                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 133     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
 134         message(WARNING "
 135             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 136             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 137             recommended to regenerate the cache!")
 138     endif()
 139     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 140             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 141 endif()
 142
 143 ########################################################################
 144 # User input options - enable C++ - before any CXX flags are changed   #
 145 ########################################################################
 146
 147 # decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection
 148 include(gmxManageGPU)
 149
 150 option(GMX_FORCE_CXX "Enable C++ compilation even if not necessary" OFF)
 151 mark_as_advanced(GMX_FORCE_CXX)
 152
 153 option(GMX_COOL_QUOTES "Enable Gromacs cool quotes" ON)
 154 mark_as_advanced(GMX_COOL_QUOTES)
 155
 156 if(GMX_GPU OR GMX_FORCE_CXX OR GMX_OPENMM)
 157     enable_language(CXX)
 158 endif()
 159 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 160
 161 ########################################################################
 162 # User input options                                                   #
 163 ########################################################################
 164 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 165 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 166 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 167 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 168 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 169 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 170 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 171
 172 include(gmxDetectAcceleration)
 173 if(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 174     if(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 175         if("${CMAKE_SYSTEM_NAME}" MATCHES "BlueGeneQ")
 176             set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "IBM_QPX")
 177         else()
 178             set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "None")
 179         endif()
 180     else(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 181         gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION)
 182     endif(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 183 endif(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 184
 185 set(GMX_CPU_ACCELERATION "@GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION@"
 186     CACHE STRING "Accelerated CPU kernels. Pick one of: None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, IBM_QPX, Sparc64_HPC_ACE")
 187
 188 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
 189     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
 190 option(GMX_BUILD_OWN_FFTW "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack." OFF)
 191 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 192 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 193        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
 194 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 195 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
 196     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
 197 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 198 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 199 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 200 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 201 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 202 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 203
 204 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 205
 206 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
 207 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
 208
 209 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
 210
 211 if(UNIX)
 212     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static archives (not available on non-*nix platforms and it will only work if static versions of external dependencies are available and found)!" OFF)
 213     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 214 endif()
 215
 216 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 217 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 218
 219 option(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS "Don't automatically add suggested/required Compiler flags." OFF)
 220 mark_as_advanced(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
 221
 222 ######################################################################
 223 # Compiler tests
 224 # These need to be done early (before further tests).
 225 #####################################################################
 226
 227 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
 228 # are used with permission from CMake v2.8.9 so that GROMACS can detect
 229 # invalid options with the Intel Compilers.
 230 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
 231 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
 232 include(CheckCCompilerFlag)
 233 if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 234     include(CheckCXXCompilerFlag)
 235 endif()
 236
 237 # Get compiler version information, needs to be done early as check that depend
 238 # on compiler verison follow below.
 239 include(gmxGetCompilerInfo)
 240 get_compiler_version()
 241
 242 # First exclude compilers known to not work with OpenMP although claim to support it:
 243 # gcc 4.2.1 and gcc-llvm 4.2.1 (also claims to be 4.2.1) on Mac OS X
 244 # This fixes redmine 900 and needs to run before OpenMP flags are set below.
 245 if (CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin" AND
 246     (CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND C_COMPILER_VERSION AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 4.3))
 247     message(STATUS "OpenMP multithreading not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled")
 248     set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 249         "OpenMP multithreading not not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled!" FORCE)
 250 endif()
 251
 252 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 253 if(GMX_OPENMP)
 254     find_package(OpenMP)
 255     if(OPENMP_FOUND)
 256         # CMake on Windows doesn't support linker flags passed to target_link_libraries
 257         # (i.e. it treats /openmp as \openmp library file). Also, no OpenMP linker flags are needed.
 258         if(NOT (WIN32 AND NOT CYGWIN))
 259             if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND GMX_PREFER_STATIC_OPENMP)
 260                 set(OpenMP_LINKER_FLAGS "-Wl,-static -lgomp -lrt -Wl,-Bdynamic -lpthread")
 261                 set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "")
 262             else()
 263                 # Only set a linker flag if the user didn't set them manually
 264                 if(NOT DEFINED OpenMP_LINKER_FLAGS)
 265                     set(OpenMP_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 266                 endif()
 267                 if(NOT DEFINED OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
 268                     set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 269                 endif()
 270             endif()
 271         endif()
 272     else(OPENMP_FOUND)
 273         message(WARNING
 274                 "The compiler you are using does not support OpenMP parallelism. This might hurt your performance a lot, in particular with GPUs. Try using a more recent version, or a different compiler. For now, we are proceeding by turning off OpenMP.")
 275         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Whether GROMACS will use OpenMP parallelism." FORCE)
 276     endif(OPENMP_FOUND)
 277 endif()
 278
 279
 280 include(gmxCFlags)
 281 gmx_c_flags()
 282
 283 # This variable should be used for additional compiler flags which are not
 284 # generated in gmxCFlags nor are acceleration or MPI related.
 285 set(EXTRA_C_FLAGS "")
 286
 287 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 288 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 289 # on the affected files.
 290 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 291 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 292
 293 # clang 3.0 is buggy for some unknown reason detected during adding
 294 # the SSE2 group kernels for GROMACS 4.6. If we ever work out what
 295 # that is, we should replace these tests with a compiler feature test,
 296 # update GROMACS Redmine task #1039 and perhaps report a clang bug.
 297 #
 298 # In the meantime, until we require CMake 2.8.10 we cannot rely on it to detect
 299 # the compiler version for us. So we need a manual check for clang 3.0.
 300 include(gmxDetectClang30)
 301 gmx_detect_clang_3_0(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 302 if(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 303     message(FATAL_ERROR "Your compiler is clang version 3.0, which is known to be buggy for GROMACS. Use a different compiler.")
 304 endif()
 305
 306 # clang <=3.2 contains a bug that causes incorrect code to be generated for the
 307 # vfmaddps instruction and therefore the bug is triggered with AVX_128_FMA.
 308 # (see: http://llvm.org/bugs/show_bug.cgi?id=15040).
 309 # We can work around this by not using the integrated assembler (except on OS X
 310 # which has an outdated assembler that does not support AVX instructions).
 311 if (${CMAKE_C_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 312     set(GMX_USE_CLANG_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 313 endif()
 314
 315 if (CMAKE_C_COMPILER_ID STREQUAL "PGI")
 316     message(WARNING "All tested PGI compiler versions (up to 12.9.0) generate binaries which produce incorrect results, or even fail to compile Gromacs. Highly recommended to use a different compiler. If you choose to use PGI, make sure to run the regressiontests.")
 317 endif()
 318
 319 if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "12.0.0")
 320     message(WARNING "Intel compilers before 12.0.0 are not routinely tested, so there may be problems. Version 11.1 with SSE4.1 is known to produce incorrect results. It is highly recommended to use a more up-to-date compiler. If you choose to use this version, make sure you run the regressiontests.")
 321 endif()
 322
 323 ########################################################################
 324 # Set up binary and library suffixing
 325 ########################################################################
 326 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 327 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
 328   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 329 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 330   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
 331   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
 332   if (GMX_MPI)
 333     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
 334     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
 335   endif(GMX_MPI)
 336   if (GMX_DOUBLE)
 337     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
 338     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
 339   endif(GMX_DOUBLE)
 340   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 341   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 342     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 343     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 344   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 345 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 346   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 347   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 348     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 349     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 350   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 351 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 352 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 353
 354 set(PKG_CFLAGS "")
 355 if(GMX_DOUBLE)
 356     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 357 endif(GMX_DOUBLE)
 358 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 359   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 360 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 361
 362
 363
 364 ########################################################################
 365 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 366 ########################################################################
 367 include(CheckIncludeFiles)
 368 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 369 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 370 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 371 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 372 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 373 check_include_files(direct.h     HAVE_DIRECT_H)
 374 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 375 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 376 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 377 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 378 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 379 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 380 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 381 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 382 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 383 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 384 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 385 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 386 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 387 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 388
 389 include(CheckFunctionExists)
 390 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 391 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 392 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 393 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 394 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 395 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 396 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 397 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 398 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 399 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 400 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 401 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 402 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 403 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 404 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 405 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 406 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 407 check_function_exists(sched_getaffinity HAVE_SCHED_GETAFFINITY)
 408 check_function_exists(rsqrt             HAVE_RSQRT)
 409 check_function_exists(rsqrtf            HAVE_RSQRTF)
 410 check_function_exists(sqrtf             HAVE_SQRTF)
 411
 412 include(CheckLibraryExists)
 413 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 414 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 415
 416
 417 include(CheckTypeSize)
 418
 419 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 420 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 421 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 422 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 423 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 424 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 425
 426 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 427     set(GMX_64_BIT TRUE)
 428 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 429     set(GMX_64_BIT FALSE)
 430 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 431
 432 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 433 check_type_size(uid_t uid_t)
 434 if(NOT uid_t)
 435   set(uid_t int)
 436 else(NOT uid_t)
 437   set(uid_t 0)
 438 endif(NOT uid_t)
 439
 440 check_type_size(gid_t gid_t)
 441 if(NOT gid_t)
 442   set(gid_t 1)
 443 else(NOT gid_t)
 444   set(gid_t 0)
 445 endif(NOT gid_t)
 446
 447 check_type_size(size_t size_t)
 448 if(NOT size_t)
 449   set(size_t int)
 450 else(NOT size_t)
 451   set(size_t 0)
 452 endif(NOT size_t)
 453
 454 check_type_size(off_t off_t)
 455 if(NOT off_t)
 456   set(off_t int)
 457 else(NOT off_t)
 458   set(off_t 0)
 459 endif(NOT off_t)
 460
 461 include(TestBigEndian)
 462 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 463
 464
 465 if(APPLE OR CYGWIN OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux|.*BSD")
 466     # Maybe Solaris should be here? Patch this if you know!
 467     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 468 elseif(WIN32 OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "BlueGene")
 469     # Support for shared libs on native Windows is a bit new. Its
 470     # default might change later if/when we sort things out. Also,
 471     # Cray should go here. What variable value can detect it?
 472     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 473 else()
 474     message(STATUS "Defaulting to building static libraries")
 475     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 476 endif()
 477
 478 # Management of GROMACS options for specific toolchains should go
 479 # here. Because the initial settings for some of the main options have
 480 # already happened, but things like library detection and MPI compiler
 481 # feature detection have not, the docstrings for any over-rides of
 482 # GROMACS defaults or user settings will make sense. Also, any
 483 # toolchain-related reasons for choosing whether to detect various
 484 # things can be sorted out now, before the detection takes place.
 485 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES BlueGene)
 486     include(gmxManageBlueGene)
 487 endif()
 488
 489 if(UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS AND SHARED_LIBS_DEFAULT)
 490     if(BUILD_SHARED_LIBS)
 491         # Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 492         message(WARNING "Searching for static libraries requested, and building shared Gromacs libraries requested. This might cause problems linking later.")
 493     elseif(NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS)
 494         # Change default to OFF. Don't warn if it's already off.
 495         message(WARNING "Searching for static libraries requested, so the GROMACS libraries will also be built statically (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 496         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 497     endif()
 498 endif()
 499
 500 # By now, all tool chains should have spoken up if they care about
 501 # the setting of SHARED_LIBS_DEFAULT.
 502 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic e.g. with MPI, or on some HPC systems)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 503
 504 ########################################################################
 505 #Process MPI settings
 506 ########################################################################
 507 include(gmxManageMPI)
 508
 509 ########################################################################
 510 # Find external packages                                               #
 511 ########################################################################
 512 if(UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 513     # On Linux .a is the static library suffix, on Mac OS X .lib can also
 514     # be used, so we'll add both to the preference list.
 515     SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES ".lib;.a" ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 516 endif()
 517
 518 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 519   if (NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 520       option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" ON)
 521       if(NOT GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 522           message(WARNING "Shared system libraries requested, and static Gromacs libraries requested.")
 523       endif()
 524   else()
 525       option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" OFF)
 526       if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 527           #this combination segfaults (illigal passing of file handles)
 528           message(FATAL_ERROR "Static system libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 529       endif()
 530       add_definitions(-DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY)
 531       set(PKG_CFLAGS "$PKG_CFLAGS -DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY")
 532   endif()
 533   mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 534
 535   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 536       #Only setting Debug and Release flags. Others configurations are current not used.
 537       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 538       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 539       if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 540           STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 541           STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 542       endif()
 543   ENDIF()
 544   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 545     if(BUILD_SHARED_LIBS) #not sure why incremental building with shared libs doesn't work
 546         STRING(REPLACE "/INCREMENTAL:YES" "" CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS})
 547     endif()
 548   ENDIF()
 549 ENDIF()
 550
 551 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 552 if (GMX_GSL)
 553   find_package(GSL)
 554   set(PKG_GSL "")
 555   if(GSL_FOUND)
 556     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 557     set(PKG_GSL gsl)
 558     set(HAVE_LIBGSL 1)
 559   endif(GSL_FOUND)
 560 endif (GMX_GSL)
 561
 562 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 563 if (GMX_X11)
 564     find_package(X11)
 565     # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 566     if(NOT X11_FOUND)
 567         message(WARNING "X11 include files and/or libraries were not found. Will not build the GROMACS X11-binaries, such as ngmx")
 568     endif()
 569 endif(GMX_X11)
 570
 571 include(ThreadMPI)
 572 set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 573 if(GMX_THREAD_MPI)
 574     tmpi_enable()
 575     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 576     set(GMX_MPI 1)
 577 endif(GMX_THREAD_MPI)
 578 tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC)
 579
 580 if(GMX_GPU)
 581     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 582     gmx_gpu_setup()
 583 endif(GMX_GPU)
 584
 585 if(APPLE)
 586    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 587    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 588 endif(APPLE)
 589
 590 if(CYGWIN)
 591     set(GMX_CYGWIN 1)
 592 endif(CYGWIN)
 593
 594 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 595     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 596 endif()
 597
 598 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 599 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 600     if(USE_VERSION_H)
 601         # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 602         # found or the version is too small, we can't generate version information.
 603         find_package(Git)
 604
 605         # Find out the git version
 606         if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 607           execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 608             OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 609             OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 610           string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 611           set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 612           mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 613         endif()
 614
 615         if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 616           message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 617           set(USE_VERSION_H OFF)
 618         endif()
 619     endif()
 620 else()
 621     set(USE_VERSION_H OFF)
 622 endif()
 623
 624 ########################################################################
 625 # Generate development version info for cache
 626 ########################################################################
 627 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 628 # include(gmxGenerateVersionString)
 629
 630 ########################################################################
 631 # Our own GROMACS tests
 632 ########################################################################
 633
 634 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 635 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 636 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/include)
 637 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 638
 639 include(gmxTestInlineASM)
 640 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 641
 642 include(gmxSetBuildInformation)
 643 gmx_set_build_information()
 644 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 645     # The timestep counter headers do not include config.h
 646     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 647 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 648
 649 include(gmxTestFloatFormat)
 650 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 651                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 652                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 653
 654 include(gmxTestLargeFiles)
 655 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 656
 657 include(gmxTestSignal)
 658 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 659
 660 include(gmxTestInline)
 661 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 662
 663 include(gmxTestRestrict)
 664 gmx_test_restrict(RESTRICT_KEYWORD)
 665
 666 include(gmxTestPipes)
 667 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 668
 669 include(gmxTestIsfinite)
 670 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 671 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 672 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 673
 674 include(gmxTestXDR)
 675 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 676 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 677     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 678     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 679 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 680
 681 # include avx test source, used if the AVX flags are set below
 682 include(gmxTestAVXMaskload)
 683
 684 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 685 #
 686 # Note that for the backward-compatible x86 SIMD architectures, the
 687 # GMX_CPU_ACCELERATION determines the maximum level of the instruction
 688 # set used (e.g. GMX_CPU_ACCLERATION=SSE4.1 implies
 689 # SSE2). Accordingly, there are a set of CMake variables
 690 # GMX_<arch>_<feature-set> that are exported to the C code to specify
 691 # CPU features that should be used. This means that the logic for
 692 # requiring such backward compatibility is all located here.
 693 string(TOUPPER ${GMX_CPU_ACCELERATION} GMX_CPU_ACCELERATION)
 694 if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 695     # nothing to do
 696 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 697
 698     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 699     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 700         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 701     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 702
 703     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 704         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 705         if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 706             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 707         endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 708     endif()
 709
 710     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 711
 712     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 713     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 714
 715     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 716         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 717     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 718
 719     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE2 1)
 720     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 721     set(GMX_X86_SSE2 1)
 722     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 723       message(STATUS "Enabling SSE2 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 724     endif()
 725
 726 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 727
 728     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 729     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 730         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 731     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 732     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 733         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 734         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead first.
 735         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 736             GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 737             message(WARNING "Neither SSE4.1 or SSE2 seems to be supported by your Windows compiler. Something is likely broken.")
 738         else()
 739             message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance")
 740         endif()
 741     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 742
 743     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 744         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 745         if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 746             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 747         endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 748         if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 749             message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance.")
 750             # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 751             # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 752             if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 753                 GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 754             endif()
 755         endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 756     endif()
 757
 758     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 759     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 760
 761     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 762         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 763     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 764
 765     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE4_1 1)
 766     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 767     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 768     set(GMX_X86_SSE2   1)
 769     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 770       message(STATUS "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 771     endif()
 772
 773     if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_EQUAL "11.1")
 774         message(FATAL_ERROR "You are using Intel compiler version 11.1, and that compiler is known to produce incorrect results with SSE4.1 acceleration. You need to use another compiler (e.g. icc 12 or newer) or different acceleration (probably slower simulations).")
 775     endif()
 776 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 777
 778     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 779
 780     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" ACCELERATION_C_FLAGS)
 781     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 782         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_C_FLAGS)
 783     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 784     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 785         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 786     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 787
 788     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 789         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 790         if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 791             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 792         endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 793         if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 794             message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 795         endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 796     endif()
 797
 798     # Set the FMA4 flags (MSVC doesn't require any)
 799     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" AND NOT MSVC)
 800         GMX_TEST_CFLAG(GNU_FMA_CFLAG "-mfma4" ACCELERATION_C_FLAGS)
 801         if (NOT GNU_FMA_CFLAG)
 802             message(WARNING "No C FMA4 flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 803         endif(NOT GNU_FMA_CFLAG)
 804         GMX_TEST_CFLAG(GNU_XOP_CFLAG "-mxop" ACCELERATION_C_FLAGS)
 805         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 806         if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 807             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_FMA_CXXFLAG "-mfma4" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 808             if (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 809                 message(WARNING "No C++ FMA flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 810             endif (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 811             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_XOP_CXXFLAG "-mxop" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 812             # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 813         endif()
 814     endif()
 815
 816     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 817     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 818
 819     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 820         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 821     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 822
 823     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 824         try_compile(TEST_AVX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 825             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestAVX.c"
 826             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 827         if(NOT TEST_AVX)
 828             message(FATAL_ERROR "Cannot compile AVX intrinsics. Consider switching compiler.")
 829         endif()
 830     endif()
 831
 832     # GCC requires x86intrin.h for FMA support. MSVC 2010 requires intrin.h for FMA support.
 833     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 834     check_include_file(intrin.h HAVE_INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 835
 836     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 837     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 838     set(GMX_X86_SSE2   1)
 839
 840     # But just enable one of the choices internally...
 841     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 842         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_128_FMA 1)
 843         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 844         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 845           message(STATUS "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add), and it will help compiler optimization.")
 846         endif()
 847
 848         # We don't have the full compiler version string yet (BUILD_C_COMPILER),
 849         # so we can't distinguish vanilla and Apple clang, but catering for AMD
 850         # hackintoshes is not worth the effort.
 851         if (APPLE AND ${CMAKE_C_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang")
 852             message(WARNING "Due to a known compiler bug, Clang up to version 3.2 (and Apple Clang up to version 4.1) produces incorrect code with AVX_128_FMA acceleration. As we can not work around this bug on OS X, you will have to select a different compiler or CPU acceleration.")
 853         endif()
 854
 855         if (GMX_USE_CLANG_FMA_BUG_WORKAROUND)
 856             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 857             message(STATUS "Clang ${C_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 858             set(EXTRA_C_FLAGS "${EXTRA_C_FLAGS} -no-integrated-as")
 859         endif()
 860
 861     else()
 862         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 863         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_256 1)
 864         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 865         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 866           message(STATUS "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 867         endif()
 868     endif()
 869
 870     # Unfortunately gcc-4.5.2 and gcc-4.6.0 has a bug where they use the wrong datatype for the formal
 871     # parameter of the mask for maskload/maskstore arguments. Check if this is present, since we can work around it.
 872     gmx_test_avx_gcc_maskload_bug(${ACCELERATION_C_FLAGS} GMX_X86_AVX_GCC_MASKLOAD_BUG)
 873
 874 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "IBM_QPX")
 875     # Used on BlueGene/Q
 876     if (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "XL")
 877         GMX_TEST_CFLAG(XLC_BLUEGENEQ_CFLAG "-qarch=qp -qtune=qp" ACCELERATION_C_FLAGS)
 878         try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 879             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestQPX.c"
 880             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 881         if(NOT TEST_QPX)
 882             message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics.")
 883         endif()
 884     endif()
 885     if (CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "XL" AND CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 886         GMX_TEST_CXXFLAG(XLC_BLUEGENEQ_CXXFLAG "-qarch=qp -qtune=qp" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 887         try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 888             "cmake/TestQPX.c"
 889             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS")
 890         if(NOT TEST_QPX)
 891             message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics.")
 892         endif()
 893     endif()
 894
 895     if (TEST_QPX)
 896         message(WARNING "IBM QPX acceleration was selected and could be compiled, but the accelerated kernels are not yet available.")
 897         set(GMX_CPU_ACCELERATION_IBM_QPX 1)
 898     else()
 899         message(FATAL_ERROR "Cannot compile IBM QPX intrinsics without the XL compiler. If you are compiling for BlueGene/Q, use 'cmake .. -DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=BlueGeneQ-static-XL-C' to set up the tool chain.")
 900     endif()
 901 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SPARC64_HPC_ACE")
 902     set(GMX_CPU_ACCELERATION_SPARC64_HPC_ACE 1)
 903 else(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 904     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_CPU_ACCELERATION}. Pick one of None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, IBM_QPX, Sparc64_HPC_ACE")
 905 endif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 906 set(ACCELERATION_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 907
 908 # Process QM/MM Settings
 909 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} GMX_QMMM_PROGRAM)
 910 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 911     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 912 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 913     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 914 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 915     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 916 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 917     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 918 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 919     # nothing to do
 920 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 921     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 922 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 923
 924 # Process FFT library settings
 925 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
 926 set(PKG_FFT "")
 927 set(PKG_FFT_LIBS "")
 928 set(MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION "Use full paths to library files, in the right order, and separated by semicolons.")
 929 set(MKL_LIBRARIES "" CACHE STRING "List of libraries for linking to MKL. Only used with GMX_FFT_LIBRARY=mkl. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
 930 set(MKL_INCLUDE_DIR "" CACHE PATH "Path to mkl.h (non-inclusive). Only used with GMX_FFT_LIBRARY=mkl.")
 931 mark_as_advanced(FORCE MKL_LIBRARIES)
 932 mark_as_advanced(FORCE MKL_INCLUDE_DIR)
 933 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 934     if(GMX_DOUBLE)
 935         set(FFTW fftw)
 936     else()
 937         set(FFTW fftwf)
 938     endif()
 939
 940     if(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 941       add_subdirectory(src/contrib/fftw)
 942     else()
 943       find_package(FFTW COMPONENTS ${FFTW})
 944     endif()
 945
 946     string(TOUPPER "${FFTW}" FFTW)
 947     set(PKG_FFT "${${FFTW}_PKG}")
 948     include_directories(${${FFTW}_INCLUDE_DIRS})
 949     set(FFT_LIBRARIES ${${FFTW}_LIBRARIES})
 950     if(NOT ${FFTW}_FOUND)
 951       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for single-precision GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS). Either choose the right precision, choose another FFT(W) library, enable the advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you, or use the really slow GROMACS built-in fftpack library.")
 952     endif()
 953
 954     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 955
 956     if ((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND NOT ${FFTW}_HAVE_SIMD)
 957       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SIMD support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 958     endif()
 959
 960     if((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND ${FFTW}_HAVE_AVX)
 961         # If we're not doing CPU acceleration, we don't care about FFTW performance on x86 either
 962         message(WARNING "The FFTW library was compiled with --enable-avx to enable AVX SIMD instructions. That might sound like a good idea for your processor, but for FFTW versions up to 3.3.3, these are slower than the SSE/SSE2 SIMD instructions for the way GROMACS uses FFTs. Limitations in the way FFTW allows GROMACS to measure performance make it awkward for either GROMACS or FFTW to make the decision for you based on runtime performance. You should compile a different FFTW library with --enable-sse or --enable-sse2. If you have a more recent FFTW, you may like to compare the performance of GROMACS with FFTW libraries compiled with and without --enable-avx. However, the GROMACS developers do not really expect the FFTW AVX optimization to help, because the performance is limited by memory access, not computation.")
 963     endif()
 964
 965     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
 966         MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - FFTW3")
 967     endif()
 968 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 969     # Intel 11 and up makes life somewhat easy if you just want to use
 970     # all their stuff. It's not easy if you only want some of their
 971     # stuff...
 972     if (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_GREATER "11")
 973         # The next line takes care of everything for MKL
 974         if (WIN32)
 975             set(FFT_LINKER_FLAGS "/Qmkl=sequential")
 976         else()
 977             set(FFT_LINKER_FLAGS "-mkl=sequential")
 978         endif()
 979         set(MKL_ERROR_MESSAGE "Make sure you have configured your compiler so that ${FFT_LINKER_FLAGS} will work.")
 980     else()
 981         # The user will have to provide the set of magic libraries in
 982         # MKL_LIBRARIES, which we cache (non-advanced), so that they
 983         # don't have to keep specifying it, and can easily see that
 984         # CMake is still using that information.
 985         set(MKL_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}" CACHE STRING "User-specified libraries for linking to MKL")
 986         mark_as_advanced(CLEAR MKL_LIBRARIES)
 987         include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 988         mark_as_advanced(CLEAR MKL_INCLUDE_DIR)
 989         set(FFT_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}")
 990         set(MKL_ERROR_MESSAGE "The include path to mkl.h in MKL_INCLUDE_DIR, and the link libraries in MKL_LIBRARIES=${MKL_LIBRARIES} need to match what the MKL documentation says you need for your system. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
 991         # Convert the semi-colon separated list to a list of
 992         # command-line linker arguments so that code using our
 993         # pkgconfig setup can use it.
 994         string(REGEX REPLACE ";" " " PKG_FFT_LIBS "${MKL_LIBRARIES}")
 995     endif()
 996
 997     # Check MKL works. If we were in a non-global scope, we wouldn't
 998     # have to play nicely.
 999     set(old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
1000     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS}")
1001     set(old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
1002     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${FFT_LIBRARIES}")
1003
1004     check_function_exists(DftiCreateDescriptor TEST_MKL)
1005
1006     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
1007     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
1008
1009     if(NOT TEST_MKL)
1010         # Hack to help the user vary MKL settings until they work.
1011         # TODO Make this logic more useful.
1012         unset(TEST_MKL CACHE)
1013         message(FATAL_ERROR "Linking with MKL was requested, but was not successful. ${MKL_ERROR_MESSAGE}")
1014     endif()
1015
1016     # Set variables to signal that we have MKL available and should use it for FFTs.
1017     set(GMX_FFT_MKL 1)
1018     set(HAVE_LIBMKL 1)
1019
1020     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
1021         MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
1022     endif()
1023
1024 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
1025 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
1026 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
1027 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
1028     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
1029     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
1030         MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
1031     endif()
1032 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1033     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
1034 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1035 set(GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE ${GMX_FFT_LIBRARY} CACHE INTERNAL "Previous value for GMX_FFT_LIBRARY, so that we can detect when it changes.")
1036
1037 # enable threaded fftw3 if we've found it
1038 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
1039     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
1040 endif()
1041
1042 set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
1043 set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
1044 # MKL has BLAS/LAPACK routines
1045 if(NOT HAVE_LIBMKL AND NOT ACCELERATE_FRAMEWORK)
1046   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1047     if (GMX_BLAS_USER)
1048         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
1049     else(GMX_BLAS_USER)
1050         set(BLAS_FIND_QUIETLY ON)
1051         find_package(BLAS)
1052         if (BLAS_FOUND)
1053           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
1054         else()
1055           MESSAGE(STATUS "Using internal BLAS library")
1056           set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in" FORCE)
1057         endif()
1058     endif(GMX_BLAS_USER)
1059   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1060   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1061     if (GMX_LAPACK_USER)
1062         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
1063     else(GMX_LAPACK_USER)
1064         set(LAPACK_FIND_QUIETLY ON)
1065         find_package(LAPACK)
1066         if (LAPACK_FOUND)
1067           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
1068         else()
1069           MESSAGE(STATUS "Using internal LAPACK library")
1070           set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in" FORCE)
1071         endif()
1072     endif(GMX_LAPACK_USER)
1073   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1074 endif()
1075 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1076 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1077
1078 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
1079
1080 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
1081   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
1082     # Native Windows does not have, nor need dlopen
1083     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
1084     include(gmxTestdlopen)
1085     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
1086   endif()
1087
1088   # so, should we use plug-ins?
1089   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
1090     if(NOT VMD_QUIETLY)
1091       MESSAGE(STATUS
1092           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
1093           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
1094           "formats).")
1095     endif()
1096     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
1097       find_package(VMD)
1098     endif()
1099     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
1100     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
1101     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
1102   else()
1103     set(PKG_DL_LIBS)
1104   endif()
1105 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
1106 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1107
1108 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
1109     if(NOT CMAKE_CROSSCOMPILING)
1110         option(GMX_BUILD_MANPAGES "Build man pages" ON)
1111     else()
1112         message(STATUS "Building the man pages is not available when "
1113             "cross-compiling the developer version from git")
1114     endif()
1115 else()
1116     #make sure source package contains all man pages
1117     if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/man/man1/ngmx.1")
1118         message(FATAL_ERROR "Man pages are missing from source package.")
1119     endif()
1120 endif()
1121 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANPAGES)
1122
1123 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1124 if(HAVE_LIBM)
1125     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1126 endif(HAVE_LIBM)
1127
1128 if(GMX_FAHCORE)
1129   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1130       "Path to swindirect.h")
1131   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1132   set_property(CACHE GMX_COOL_QUOTES VALUE OFF)
1133 endif(GMX_FAHCORE)
1134
1135 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1136 # these are set after everything else
1137 if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
1138     set(CMAKE_C_FLAGS "${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}")
1139     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}")
1140     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}")
1141     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}")
1142 else()
1143     message("Recommended flags which are not added because GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS=yes:")
1144     message("CMAKE_C_FLAGS: ${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${GMXC_CFLAGS}")
1145     message("CMAKE_C_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CFLAGS_RELEASE}")
1146     message("CMAKE_C_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CFLAGS_DEBUG}")
1147     if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1148         message("CMAKE_CXX_FLAGS: ${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMXC_CXXFLAGS}")
1149         message("CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE}")
1150         message("CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CXXFLAGS_DEBUG}")
1151     endif()
1152     message("CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1153     message("CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS: ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1154 endif()
1155
1156 if(NOT GMX_OPENMP)
1157     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
1158     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
1159     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
1160     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
1161     unset(OpenMP_LINKER_FLAGS CACHE)
1162     unset(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
1163 endif()
1164 set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} ${OpenMP_C_FLAGS}")
1165
1166 ######################################
1167 # Output compiler and CFLAGS used
1168 ######################################
1169 get_compiler_info(C BUILD_C_COMPILER BUILD_CFLAGS)
1170 if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1171     get_compiler_info(CXX BUILD_CXX_COMPILER BUILD_CXXFLAGS)
1172 endif ()
1173
1174 ########################################################################
1175 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
1176 ########################################################################
1177 if (GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
1178     set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
1179     mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
1180 else()
1181     set(GMX_INSTALL_PREFIX "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/")
1182 endif()
1183
1184 if ( NOT DEFINED GMXLIB )
1185     set(GMXLIB lib)
1186 endif()
1187 set(LIB_INSTALL_DIR "${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMXLIB}")
1188 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1189 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/gromacs)
1190 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1191 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1192
1193 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1194
1195 ##################################################################
1196 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
1197 ##################################################################
1198 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1199     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1200     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1201     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1202     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1203 endif()
1204
1205 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
1206 #Simpler to always install.
1207 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
1208
1209 add_subdirectory(share)
1210 add_subdirectory(include)
1211 add_subdirectory(src)
1212 add_subdirectory(scripts)
1213
1214 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
1215 # Don't bother the user after the first configure pass.
1216 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
1217     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
1218     unset(CUDA_NOTFOUND_AUTO)
1219     unset(CUDA_NOTFOUND_MESSAGE)
1220 endif()
1221 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
1222
1223 #######################
1224 ## uninstall target
1225 #######################
1226     CONFIGURE_FILE(
1227                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1228                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1229                    IMMEDIATE @ONLY)
1230 ###########################
1231 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1232                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1233                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1234 ###########################
1235
1236 ########################################################################
1237 # Tests                                                                #
1238 ########################################################################
1239
1240 include(CTest)
1241 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
1242 #gmxtests target builds all binaries required for running gmxtest
1243 add_custom_target(gmxtests DEPENDS grompp mdrun pdb2gmx gmxcheck editconf)
1244 IF(BUILD_TESTING)
1245     enable_testing()
1246     add_subdirectory(tests)
1247     if(REGRESSIONTEST_PATH)
1248         #check target builds all to run tests and the runs tests
1249         add_custom_target(check COMMAND ${CMAKE_CTEST_COMMAND} --output-on-failure)
1250         add_dependencies(check gmxtests)
1251     else()
1252         add_custom_target(check COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E echo "WARNING: No tests are run. Running the tests requires either of the cmake variables REGRESSIONTEST_PATH or REGRESSIONTEST_DOWNLOAD to be set.")
1253     endif()
1254 ENDIF()
1255