Merge remote-tracking branch 'gerrit/release-4-5-patches' into release-4-6
[alexxy/gromacs.git] / CMakeLists.txt
1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
2 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
3 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
4
5 project(Gromacs)
6 include(Dart)
7 mark_as_advanced(DART_ROOT)
8
9 # PROJECT_VERSION should have the following structure: 
10 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
11 #
12 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish 
13 # between a build from official release and a build from git release branch on a 
14 # machine with no git. 
15 #
16 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
17 set(PROJECT_VERSION "4.6-dev")
18 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
19     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
20 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
21 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
22     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
23 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
24 set(SOVERSION 6)
25 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
26 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
27 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "6")
28 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
29
30
31 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
32 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
33
34 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT)
35 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
36 endif()
37
38 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
39     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
40 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
41
42 enable_language(C)
43
44 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
45 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
46 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
47 set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
48 set(CPACK_INCLUDE_TOPLEVEL_DIRECTORY 0)
49 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
50 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
51 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallLicense.txt")
52 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
53
54 #must come after all cpack settings!
55 include(CPack)
56
57 ########################################################################
58 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
59 ########################################################################
60 if(CMAKE_HOST_UNIX)
61     execute_process(COMMAND hostname
62                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
63                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
64     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
65         message(WARNING "
66             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
67             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
68             recommended to regenerate the cache!")
69     endif()
70     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
71             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
72 endif()
73
74 ########################################################################
75 # Fix stupid flags on Windows
76 ########################################################################
77 SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON) 
78 IF( (CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio" OR CMAKE_GENERATOR MATCHES "NMake") AND MSVC )
79     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
80     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
81     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
82     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE) 
83     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)        
84 ENDIF()
85
86 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "NMake" AND CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel")
87     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
88     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
89     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
90     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE) 
91     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)        
92 ENDIF()
93
94 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
95
96
97
98 ######################################################################
99 # compiler tests
100 # these need ot be done early (before further tests).
101 #####################################################################
102
103 include(CheckCCompilerFlag)
104 include(CheckCXXCompilerFlag)
105
106 include(gmxCFlags)
107 gmx_c_flags()
108
109 ########################################################################
110 # User input options                                                   #
111 ########################################################################
112 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
113 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
114 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
115 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
116 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
117 option(GMX_POWERPC_INVSQRT "Use PowerPC hardware 1/sqrt" OFF)
118 mark_as_advanced(GMX_POWERPC_INVSQRT)
119 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
120 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
121 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
122 set(GMX_ACCELERATION "auto" 
123     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran")
124
125 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3" 
126     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
127 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE 
128        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
129 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
130 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none" 
131     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
132 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
133 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
134 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
135 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
136 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
137 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
138 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
139
140
141 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
142 mark_as_advanced(GMX_IA32_ASM)
143 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
144 mark_as_advanced(GMX_X86_64_ASM)
145
146 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based mutithreading. " ON)
147
148 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
149 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
150
151 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
152
153 if(UNIX AND NOT APPLE)
154     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer \".a\" static archives (NOTE: this is enabled only for UNIX (excluding APPLE) platforms but it might not always work!" OFF)
155     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
156 endif()
157
158 ########################################################################
159 # Set up binary and library suffixing 
160 ########################################################################
161 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
162 set(GMX_LIBS_SUFFIX "" 
163   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
164 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
165   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
166   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
167   if (GMX_MPI)
168     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
169     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
170   endif(GMX_MPI)
171   if (GMX_DOUBLE)
172     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
173     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
174   endif(GMX_DOUBLE)
175   if (GMX_OPENMM)
176     set (GMX_BINARY_SUFFIX "-gpu")
177     set (GMX_LIBS_SUFFIX "_gpu")
178   endif(GMX_OPENMM)
179   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
180   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
181     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
182     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
183   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
184 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
185   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
186   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
187     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
188     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
189   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
190 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
191 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
192
193 set(PKG_CFLAGS "")
194 if(GMX_DOUBLE)
195     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
196 endif(GMX_DOUBLE)
197 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
198   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
199 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
200 if(GMX_POWERPC_INVSQRT)
201   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_POWERPC_INVSQRT")
202 endif(GMX_POWERPC_INVSQRT)
203
204 ########################################################################
205 #Process MPI settings
206 ########################################################################
207 include(gmxManageMPI)
208
209 #######################################################################
210 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
211 #######################################################################
212 if(GMX_OPENMM)
213     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
214     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
215     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
216     if(NOT ${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
217         message(STATUS "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to fftpack!")
218         set(GMX_FFT_LIBRARY "fftpack" CACHE STRING 
219                 "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to  fftpack!" FORCE)
220     endif()
221     if(GMX_MPI)
222         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
223     endif(GMX_MPI)
224     if(GMX_THREAD_MPI)
225         message(STATUS "Thread-MPI not compatible with OpenMM, disabled!")
226         set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL
227                 "Thread-MPI not compatible with OpenMM build, disabled!" FORCE)
228     endif(GMX_THREAD_MPI)
229     if(GMX_OPENMP)
230         message(STATUS "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled")
231         set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
232             "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled!" FORCE)
233     endif()
234     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
235         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE STRING 
236                 "The OpenMM build does not need GROMACS software 1/sqrt!" FORCE)
237     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
238     string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} GMX_ACCELERATION)
239     if(NOT GMX_ACCELERATION STREQUAL "NONE")
240         message(STATUS "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!")     
241         set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING 
242                 "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!" FORCE)
243     endif()
244     if(GMX_FAHCORE)
245         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
246     endif(GMX_FAHCORE)
247     if(GMX_DOUBLE)
248         message(FATAL_ERROR  "The OpenMM-build does not support double precision calculations!")
249     endif()
250     # mark as advanced the unused variables
251     mark_as_advanced(FORCE GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY 
252         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
253 else(GMX_OPENMM)
254      mark_as_advanced(CLEAR GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY 
255         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
256 endif(GMX_OPENMM)
257
258
259 ########################################################################
260 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
261 ########################################################################
262 include(CheckIncludeFiles)
263 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
264 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
265 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
266 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
267 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
268 check_include_files(direct.h     HAVE_DIRECT_H)
269 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
270 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
271 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
272 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
273 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
274 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
275 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
276 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
277 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
278 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
279 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
280 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
281 # SSE support
282 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
283 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
284 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
285 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
286 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
287
288
289 include(CheckFunctionExists)
290 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
291 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
292 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
293 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
294 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
295 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
296 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
297 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
298 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
299 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
300 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
301 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
302 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
303 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
304
305 include(CheckLibraryExists)
306 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
307 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
308
309
310 include(CheckTypeSize)
311
312 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
313 check_type_size("int"           SIZEOF_INT) 
314 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT) 
315 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT) 
316 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
317 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
318
319 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
320     set(GMX_64_BIT TRUE)
321 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
322     set(GMX_64_BIT FALSE)
323 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
324
325 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present 
326 check_type_size(uid_t uid_t)
327 if(NOT uid_t)
328   set(uid_t int)
329 else(NOT uid_t)
330   set(uid_t 0)
331 endif(NOT uid_t)
332
333 check_type_size(gid_t gid_t)
334 if(NOT gid_t)
335   set(gid_t 1)
336 else(NOT gid_t)
337   set(gid_t 0)
338 endif(NOT gid_t)
339
340 check_type_size(size_t size_t)
341 if(NOT size_t)
342   set(size_t int)
343 else(NOT size_t)
344   set(size_t 0)
345 endif(NOT size_t)
346
347 check_type_size(off_t off_t)
348 if(NOT off_t)
349   set(off_t int)
350 else(NOT off_t)
351   set(off_t 0)
352 endif(NOT off_t)
353
354 include(TestBigEndian)
355 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
356
357
358
359
360 ########################################################################
361 # Find external packages                                               #
362 ########################################################################
363 if(UNIX AND NOT APPLE)
364     if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
365         SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES .a ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
366         if(BUILD_SHARED_LIBS)
367             message(WARNING "Static libraries requested, the GROMACS libraries will also be build static (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
368             set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" FORCE)
369         endif()
370     endif()
371 endif()
372
373 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files" ON)
374 if (GMX_XML)
375   find_package(LibXml2)
376   set(PKG_XML "")
377   if(LIBXML2_FOUND)
378     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
379     set(PKG_XML libxml-2.0)
380     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
381     set(HAVE_LIBXML2 1)
382   endif(LIBXML2_FOUND)
383 endif(GMX_XML)
384
385 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
386 if (GMX_GSL)
387   find_package(gsl)
388   set(PKG_GSL "")
389   if(GSL_FOUND)
390     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
391     set(PKG_GSL gsl)
392     set(HAVE_LIBGSL 1)
393   endif(GSL_FOUND)
394 endif (GMX_GSL)
395
396 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
397 if (GMX_X11)
398         find_package(X11)
399         # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
400         if(X11_FOUND)
401         set(HAVE_X11 1)
402         endif(X11_FOUND)
403 endif(GMX_X11)
404
405 if(GMX_THREAD_MPI)
406     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
407     include(ThreadMPI)
408     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
409     set(GMX_MPI 1)
410     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
411 endif(GMX_THREAD_MPI)
412
413 if(GMX_OPENMM)
414     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
415     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
416     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
417     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")    
418         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
419     endif()
420     find_package(OpenMM) 
421 endif(GMX_OPENMM)
422
423 if(GMX_OPENMP)
424     find_package(OpenMP REQUIRED)
425     set(GROMACS_C_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS} ${GROMACS_C_FLAGS}")
426     set(GROMACS_CXX_FLAGS "${OpenMP_CXX_FLAGS} ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
427     add_definitions(-DGMX_OPENMP)
428 endif()
429
430 if(APPLE)
431    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
432    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
433 endif(APPLE)
434
435 if(CYGWIN)
436     set(GMX_CYGWIN 1)
437 endif(CYGWIN)
438
439 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
440 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
441     if(USE_VERSION_H)
442         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not 
443         # found or the version is too small, we can't generate version information.
444         find_package(Git)
445
446         # Find out the git version
447         if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
448           execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
449             OUTPUT_VARIABLE _exec_out
450             OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
451           string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
452           set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
453           mark_as_advanced(GIT_VERSION)
454         endif()
455
456         if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.1")
457           message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
458           set(USE_VERSION_H OFF)
459         endif()
460     endif()
461 else()
462     set(USE_VERSION_H OFF)
463 endif()
464
465 ########################################################################
466 # Generate development version info for cache
467 ########################################################################
468 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
469 # include(gmxGenerateVersionString)
470
471 ########################################################################
472 # Our own GROMACS tests
473 ########################################################################
474
475 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
476 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
477 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
478
479 include(gmxCheckBuildUserTime)
480 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
481
482 include(gmxTestFloatFormat)
483 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754 
484                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
485                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
486
487 include(gmxTestLargeFiles)
488 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
489 check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
490
491 include(gmxTestSignal)
492 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
493
494 include(gmxTestInline)
495 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
496
497 include(gmxTestRestrict)
498 gmx_test_inline(RESTRICT_KEYWORD)
499
500 include(gmxTestPipes)
501 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
502
503 include(gmxTestIsfinite)
504 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
505 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
506 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
507
508 include(gmxTestInlineASM)
509 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
510 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
511
512 # turn on SSE if supported with reasonable defaults.
513 if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
514   if(CMAKE_SYSTEM_PROCESSOR MATCHES "^(i.86|x86|x64|x86_64|AMD64|amd64)" OR CYGWIN)
515
516     set(GMX_ACCELERATION "SSE" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran" FORCE)
517     
518     # Determine the assembler/compiler to use
519   else()
520     set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran" FORCE)
521   endif()
522 endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
523
524 include(gmxTestXDR)
525 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
526 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
527     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
528     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
529 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
530
531 # Process nonbonded accelerated kernels settings
532 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
533 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
534   # nothing to do
535 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
536     
537     if (GMX_64_BIT)
538       set(GMX_X86_64_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for x86_64" FORCE)
539     else (GMX_64_BIT)
540       set(GMX_IA32_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for i386" FORCE)
541     endif (GMX_64_BIT)
542
543     if(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio" OR CMAKE_GENERATOR MATCHES NMake )
544       option(GMX_ASM_USEASM_NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" ON)
545     else()
546       option(GMX_ASM_USEASM_NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" OFF)
547     endif()
548         mark_as_advanced(GMX_ASM_USEASM_NASM)
549
550     if (NOT GMX_64_BIT)
551         # for 32-bit compiles, we might need to turn on sse 
552         CHECK_C_COMPILER_FLAG("-msse2" XFLAGS_SSE)
553         if (XFLAGS_SSE)
554             set(GROMACS_C_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_C_FLAGS}")
555         endif (XFLAGS_SSE)
556         CHECK_CXX_COMPILER_FLAG("-msse2" XXFLAGS_SSE)
557         if (XXFLAGS_SSE)
558             set(GROMACS_CXX_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
559         endif (XXFLAGS_SSE)
560     endif (NOT GMX_64_BIT)
561
562     if(GMX_IA32_ASM)
563       if(GMX_DOUBLE)
564         set(GMX_IA32_SSE2 1)
565       else()
566        set(GMX_IA32_SSE 1)
567       endif()
568     elseif(GMX_X86_64_ASM)
569       if(GMX_DOUBLE)
570        set(GMX_X86_64_SSE2 1)
571       else()
572         set(GMX_X86_64_SSE 1)
573       endif()
574     endif()
575
576 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
577 #        set(GMX_SSE3 1)
578 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
579 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
580 #        set(GMX_SSE4_1 1)
581 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
582
583 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
584     set(GMX_FORTRAN 1)
585     #these are switch on by default sometimes
586     set(GMX_IA32_ASM 0)
587     set(GMX_GMX_X86_64_ASM 0)
588 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
589 # GMX_ACCELERATION=BlueGene should be set in the Toolchain-BlueGene?-???.cmake file
590     message(STATUS "Configuring for BlueGene")
591     set(GMX_BLUEGENE 1)
592     if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
593         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
594         set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
595     endif (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
596     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
597     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
598     set(GMX_X11 OFF CACHE BOOL "X11 not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
599     set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL "Thread-MPI not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
600     set(GMX_MPI ON CACHE BOOL "Use MPI on BlueGene" FORCE)
601 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
602     set(GMX_POWER6 1)
603     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on Power6" FORCE)
604     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on Power6" FORCE)
605 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
606     set(GMX_IA64_ASM 1)
607     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
608     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
609 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
610     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
611     if(HAVE_ALTIVEC_H)
612         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
613     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
614 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
615     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of auto, none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
616 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
617
618 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
619     if (GMX_THREAD_MPI)
620         message(FATAL_ERROR "FORTRAN/POWER6 is incompatible with thread-MPI and only provides a speed-up on certain IBM compilers. Disable FORTRAN (or threads if you really want to use FORTRAN kernels).")
621     endif(GMX_THREAD_MPI)
622     enable_language(Fortran)
623     include(FortranCInterface)
624     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
625     if(extra_under_score)
626         set(extrasuffix "_")
627     endif(extra_under_score)
628     if(prefix)
629       set(prefix "${prefix} ##")
630     endif(prefix)
631     if(suffix)
632       set(suffix "## ${suffix}")
633       if(extrasuffix)
634         set(extrasuffix "${suffix}${extrasuffix}")
635       endif(extrasuffix)
636     else(suffix)
637       if(extrasuffix)
638         # Don't know if this is needed, but it can't hurt
639         set(extrasuffix "## ${extrasuffix}")
640       endif(extrasuffix)
641     endif(suffix)
642
643     if(isupper)
644         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} NAME ${suffix}")
645         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} NAME ${extrasuffix}")
646     else(isupper)
647         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} name ${suffix}")
648         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} name ${extrasuffix}")
649     endif(isupper)
650 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
651         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
652         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
653 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
654
655 # Process QM/MM Settings
656 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
657 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
658     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
659 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
660     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
661 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
662     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
663 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
664     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
665 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
666     # nothing to do
667 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
668     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
669 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
670
671 # Process FFT library settings - if not OpenMM build 
672 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
673 set(PKG_FFT "")
674 set(PKG_FFT_LIBS "")
675 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
676     if(GMX_DOUBLE)
677         find_package(FFTW 3 COMPONENTS fftw)
678     else(GMX_DOUBLE)
679         find_package(FFTW 3 COMPONENTS fftwf)
680     endif(GMX_DOUBLE)
681     if(NOT FFTW_FOUND)
682       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW3 (with correct precision - libfftw3f for single precision GROMACS or libfftw3 for double precision GROMACS). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
683     endif(NOT FFTW_FOUND)
684     include_directories(${FFTW_INCLUDE_DIRS})
685     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW_LIBRARIES})
686     set(PKG_FFT "${FFTW_PKG}")
687
688     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
689
690 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
691 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
692     find_package(MKL REQUIRED)
693     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
694     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
695     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
696
697     set(GMX_FFT_MKL 1)
698     set(HAVE_MKL 1)
699
700 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
701 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
702 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
703 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
704     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
705     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
706 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
707     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
708 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
709
710 # MKL has BLAS/LAPACK routines
711 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
712   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
713   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
714 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
715   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in") 
716   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in") 
717   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
718     #FindBLAS needs Fortran
719     enable_language(Fortran)
720     if (GMX_BLAS_USER)
721         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
722     else(GMX_BLAS_USER)
723         find_package(BLAS REQUIRED)
724         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
725     endif(GMX_BLAS_USER)
726   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
727   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
728     #FindLAPACK needs Fortran
729     enable_language(Fortran)
730         if (GMX_LAPACK_USER)
731         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
732         else(GMX_LAPACK_USER)
733         find_package(LAPACK REQUIRED)
734         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
735     endif(GMX_LAPACK_USER)
736   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
737 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
738 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
739 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
740
741 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
742 set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
743 mark_as_advanced(GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
744
745 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
746   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
747     # Native Windows does not have, nor need dlopen
748     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
749     include(gmxTestdlopen)
750     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
751   endif()
752
753   find_package(VMD)
754
755   # Test for unsuitable versions of VMD
756
757   if(VMD_FOUND AND NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
758     message(STATUS "Checking for suitable VMD version")
759     exec_program(${VMD_EXECUTABLE}
760       ARGS --help
761       OUTPUT_VARIABLE VMD_HELP
762       RETURN_VALUE VMD_EXEC_RETURN)
763
764     if(VMD_EXEC_RETURN EQUAL 0)
765       # This is the accepted idiom for subexpression matching, unfortunately
766       string(REGEX REPLACE ".*VMD for .*, version ([0-9]+\\.[0-9]*\\.?[0-9]*).*" "\\1" VMD_VERSION ${VMD_HELP})
767       string(REGEX REPLACE ".*VMD for (.*), version .*" "\\1" VMD_ARCH ${VMD_HELP})
768
769       if(VMD_VERSION VERSION_LESS "1.8")
770         MESSAGE(WARNING "Found VMD version ${VMD_VERSION}, but GROMACS needs at least 1.8")
771         unset(VMD_EXECUTABLE)
772         set(VMD_FOUND FALSE)
773       else()
774         message(STATUS "VMD version ${VMD_VERSION} is suitable")
775         if(DEFINED ENV{VMDDIR})
776           # This permits GROMACS to avoid hard-coding a fall-back
777           # path that it can tell right now would be useless.
778           set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH "$ENV{VMDDIR}/plugins/${VMD_ARCH}/molfile" CACHE PATH "Path to VMD plugins for molfile I/O")
779         else()
780           set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH "/usr/local/lib/vmd/plugins/*/molfile" CACHE PATH "Path to VMD plugins for molfile I/O")
781         endif()
782       endif()
783
784       # clean up
785       unset(VMD_HELP)
786       unset(VMD_VERSION)
787       unset(VMD_ARCH)
788     endif()
789   endif()
790
791   # so, should we use plug-ins?
792   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
793     if (NOT VMD_QUIETLY)
794       MESSAGE(STATUS "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file formats).")
795     endif(NOT VMD_QUIETLY)
796     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
797     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
798     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
799   else()
800     set(PKG_DL_LIBS)
801   endif()
802 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
803 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
804
805 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
806 if(HAVE_LIBM)
807     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
808 endif(HAVE_LIBM)
809
810 if(GMX_FAHCORE)
811   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING 
812       "Path to swindirect.h")
813   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
814 endif(GMX_FAHCORE)
815
816 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
817 # these are set after everything else
818 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
819     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags" 
820         FORCE)
821     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING 
822         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
823     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING 
824         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
825     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS 
826         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}" 
827         CACHE STRING "Linker flags" FORCE) 
828 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
829
830 ########################################################################
831 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
832 ########################################################################
833 if ( DEFINED GMXLIB )
834     set(LIB_INSTALL_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${GMXLIB}")
835 else()
836     set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
837 endif()
838 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
839 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
840 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
841 set(INCL_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
842
843 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
844
845 ##################################################################
846 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
847 ##################################################################
848 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
849     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
850     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
851     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "${LIB_INSTALL_DIR}")
852     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
853 endif()
854
855 add_subdirectory(share)
856 add_subdirectory(include)
857 add_subdirectory(man)
858 add_subdirectory(src)
859 add_subdirectory(scripts)
860
861 #######################
862 ## uninstall target
863 #######################
864     CONFIGURE_FILE(
865                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
866                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
867                    IMMEDIATE @ONLY)
868 ###########################
869 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
870                   "${CMAKE_COMMAND}" -P 
871                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
872 ###########################
873
874
875 ########################################################################
876 # Tests                                                                #
877 ########################################################################
878
879 include(CTest)
880 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
881 IF(BUILD_TESTING)
882         enable_testing()
883         add_subdirectory(tests)
884 ENDIF()
885