CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
   2 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
   3 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
   4
   5 # CMake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
   6 # This needs to be set before project() in order to pick up toolchain files
   7 list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/Platform)
   8
   9 project(Gromacs)
  10 include(Dart)
  11 mark_as_advanced(DART_ROOT)
  12
  13 set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  14 set(CMAKE_ARCHIVE_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  15 set(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin)
  16
  17 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  18 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  19 #
  20 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  21 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  22 # machine with no git.
  23 #
  24 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  25 set(PROJECT_VERSION "5.0-dev")
  26 # The version number of the regressiontest tarball against which this
  27 # git branch can be tested. Normally, this will be the version of the
  28 # last patch release. Comment the next line out for branches leading
  29 # to a major/minor release.
  30 set(REGRESSIONTEST_VERSION "4.6.2")
  31 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  32     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  33 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  34 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  35     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  36 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  37 set(SOVERSION 8)
  38 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  39 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "5")
  40 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "0")
  41 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  42
  43 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  44 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  45 math(EXPR NUM_VERSION
  46     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  47 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  48     math(EXPR NUM_VERSION
  49          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  50 endif()
  51
  52 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  53 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  54 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  55 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  56 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  57 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  58
  59 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  60     set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  61 endif()
  62
  63 set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
  64 mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
  65
  66 include(gmxBuildTypeReference)
  67
  68 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  69     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference." FORCE)
  70 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  71
  72 enable_language(C)
  73 enable_language(CXX)
  74
  75 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
  76 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  77 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  78 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  79 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  80 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/COPYING")
  81 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  82 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES "\\\\.isreposource$;\\\\.git/;\\\\.gitignore$")
  83 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
  84 SET(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/man;man")
  85 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
  86
  87 #must come after all cpack settings!
  88 include(CPack)
  89
  90 set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY OFF)
  91 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
  92     set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY ON)
  93 endif()
  94
  95 ########################################################################
  96 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
  97 ########################################################################
  98 if(CMAKE_HOST_UNIX)
  99     execute_process(COMMAND hostname
 100                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
 101                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 102     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
 103         message(WARNING "
 104             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 105             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 106             recommended to regenerate the cache!")
 107     endif()
 108     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 109             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 110 endif()
 111
 112 ########################################################################
 113 # User input options                                                   #
 114 ########################################################################
 115 include(gmxOptionUtilities)
 116
 117 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 118
 119 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 120 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 121 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 122 gmx_dependent_option(
 123     GMX_MPI_IN_PLACE
 124     "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined"
 125     ON
 126     GMX_MPI)
 127 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 128 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 129 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 130 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 131 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 132
 133 option(GMX_COOL_QUOTES "Enable Gromacs cool quotes" ON)
 134 mark_as_advanced(GMX_COOL_QUOTES)
 135 gmx_add_cache_dependency(GMX_COOL_QUOTES BOOL "NOT GMX_FAHCORE" OFF)
 136
 137 # decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection
 138 include(gmxManageGPU)
 139
 140 include(gmxDetectAcceleration)
 141 set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "None")
 142 if(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 143     if(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 144         if("${CMAKE_SYSTEM_NAME}" MATCHES "BlueGeneQ")
 145             set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "IBM_QPX")
 146         else()
 147             set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "None")
 148         endif()
 149     else(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 150         gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION)
 151     endif(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 152 endif(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 153
 154 gmx_option_multichoice(
 155     GMX_CPU_ACCELERATION
 156     "Acceleration for CPU kernels and compiler optimization"
 157     "${GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION}"
 158     None SSE2 SSE4.1 AVX_128_FMA AVX_256 IBM_QPX Sparc64_HPC_ACE)
 159
 160 gmx_option_multichoice(
 161     GMX_FFT_LIBRARY
 162     "FFT library"
 163     "fftw3"
 164     fftw3 mkl "fftpack[built-in]")
 165 gmx_dependent_option(
 166     GMX_BUILD_OWN_FFTW
 167     "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack."
 168     OFF
 169     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
 170 gmx_dependent_option(
 171     GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 172     "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)"
 173     OFF
 174     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
 175 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 176 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 177
 178 gmx_option_multichoice(
 179     GMX_QMMM_PROGRAM
 180     "QM package for QM/MM"
 181     None
 182     none gaussian mopac gamess orca)
 183
 184 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 185 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 186 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 187 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 188
 189 option(GMX_GPU  "Enable GPU acceleration" ON)
 190 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 191
 192 option(GMX_GIT_VERSION_INFO "Generate git version information" ${SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY})
 193 mark_as_advanced(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 194
 195 if(UNIX)
 196     option(GMX_SYMLINK_OLD_BINARY_NAMES "Create symbolic links for pre-5.0 binary names" ON)
 197 endif()
 198 option(GMX_BUILD_MDRUN_ONLY "Build and install only the mdrun binary" OFF)
 199
 200 if(UNIX)
 201     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static archives (not available on non-*nix platforms and it will only work if static versions of external dependencies are available and found)!" OFF)
 202     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 203 endif()
 204
 205 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 206 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 207
 208 option(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS "Don't automatically add suggested/required Compiler flags." OFF)
 209 mark_as_advanced(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
 210
 211 option(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE
 212        "Tune build for better code coverage metrics (e.g., disable asserts)"
 213        OFF)
 214 mark_as_advanced(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
 215
 216 ######################################################################
 217 # Compiler tests
 218 # These need to be done early (before further tests).
 219 #####################################################################
 220
 221 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
 222 # are used with permission from CMake v2.8.9 so that GROMACS can detect
 223 # invalid options with the Intel Compilers.
 224 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
 225 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
 226 include(CheckCCompilerFlag)
 227 include(CheckCXXCompilerFlag)
 228
 229 # Get compiler version information, needs to be done early as check that depend
 230 # on compiler verison follow below.
 231 include(gmxGetCompilerInfo)
 232 get_compiler_version()
 233
 234 # First exclude compilers known to not work with OpenMP although claim to support it:
 235 # gcc 4.2.1 and gcc-llvm 4.2.1 (also claims to be 4.2.1) on Mac OS X
 236 # This fixes redmine 900 and needs to run before OpenMP flags are set below.
 237 if (CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin" AND
 238     (CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND C_COMPILER_VERSION AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 4.3))
 239     message(STATUS "OpenMP multithreading not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled")
 240     set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 241         "OpenMP multithreading not not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled!" FORCE)
 242 endif()
 243
 244 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 245 if(GMX_OPENMP)
 246     find_package(OpenMP)
 247     if(OPENMP_FOUND)
 248         # CMake on Windows doesn't support linker flags passed to target_link_libraries
 249         # (i.e. it treats /openmp as \openmp library file). Also, no OpenMP linker flags are needed.
 250         if(NOT (WIN32 AND NOT CYGWIN))
 251             if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND GMX_PREFER_STATIC_OPENMP AND NOT APPLE)
 252                 set(OpenMP_LINKER_FLAGS "-Wl,-static -lgomp -lrt -Wl,-Bdynamic -lpthread")
 253                 set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "")
 254             else()
 255                 # Only set a linker flag if the user didn't set them manually
 256                 if(NOT DEFINED OpenMP_LINKER_FLAGS)
 257                     set(OpenMP_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 258                 endif()
 259                 if(NOT DEFINED OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
 260                     set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 261                 endif()
 262             endif()
 263         endif()
 264     else(OPENMP_FOUND)
 265         message(WARNING
 266                 "The compiler you are using does not support OpenMP parallelism. This might hurt your performance a lot, in particular with GPUs. Try using a more recent version, or a different compiler. For now, we are proceeding by turning off OpenMP.")
 267         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Whether GROMACS will use OpenMP parallelism." FORCE)
 268     endif(OPENMP_FOUND)
 269 endif()
 270
 271
 272 include(gmxCFlags)
 273 gmx_c_flags()
 274
 275 # This variable should be used for additional compiler flags which are not
 276 # generated in gmxCFlags nor are acceleration or MPI related.
 277 set(EXTRA_C_FLAGS "")
 278 set(EXTRA_CXX_FLAGS "")
 279
 280 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 281 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 282 # on the affected files.
 283 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 284 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 285
 286 # clang 3.0 is buggy for some unknown reason detected during adding
 287 # the SSE2 group kernels for GROMACS 4.6. If we ever work out what
 288 # that is, we should replace these tests with a compiler feature test,
 289 # update GROMACS Redmine task #1039 and perhaps report a clang bug.
 290 #
 291 # In the meantime, until we require CMake 2.8.10 we cannot rely on it to detect
 292 # the compiler version for us. So we need a manual check for clang 3.0.
 293 include(gmxDetectClang30)
 294 gmx_detect_clang_3_0(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 295 if(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 296     message(FATAL_ERROR "Your compiler is clang version 3.0, which is known to be buggy for GROMACS. Use a different compiler.")
 297 endif()
 298
 299 # clang <=3.2 contains a bug that causes incorrect code to be generated for the
 300 # vfmaddps instruction and therefore the bug is triggered with AVX_128_FMA.
 301 # (see: http://llvm.org/bugs/show_bug.cgi?id=15040).
 302 # We can work around this by not using the integrated assembler (except on OS X
 303 # which has an outdated assembler that does not support AVX instructions).
 304 if (${CMAKE_C_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 305     set(GMX_USE_CLANG_C_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 306 endif()
 307 if (${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 308     set(GMX_USE_CLANG_CXX_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 309 endif()
 310
 311 if (CMAKE_C_COMPILER_ID STREQUAL "PGI")
 312     message(WARNING "All tested PGI compiler versions (up to 12.9.0) generate binaries which produce incorrect results, or even fail to compile Gromacs. Highly recommended to use a different compiler. If you choose to use PGI, make sure to run the regressiontests.")
 313 endif()
 314
 315 if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "12.0.0")
 316     message(WARNING "Intel compilers before 12.0.0 are not routinely tested, so there may be problems. Version 11.1 with SSE4.1 is known to produce incorrect results. It is highly recommended to use a more up-to-date compiler. If you choose to use this version, make sure you run the regressiontests.")
 317 endif()
 318
 319 set(PKG_CFLAGS "")
 320 if(GMX_DOUBLE)
 321     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 322 endif(GMX_DOUBLE)
 323 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 324   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 325 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 326
 327
 328
 329 ########################################################################
 330 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 331 ########################################################################
 332 include(CheckIncludeFiles)
 333 include(CheckIncludeFileCXX)
 334 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 335 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 336 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 337 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 338 check_include_files(io.h         HAVE_IO_H)
 339 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 340
 341 check_include_files(regex.h      HAVE_POSIX_REGEX)
 342 check_include_file_cxx(regex     HAVE_CXX11_REGEX)
 343 # TODO: It could be nice to inform the user if no regex support is found,
 344 # as selections won't be fully functional.
 345
 346 include(CheckFunctionExists)
 347 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 348 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 349 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 350 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 351 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 352 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 353 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 354 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 355 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 356 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 357 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 358 check_function_exists(sched_getaffinity HAVE_SCHED_GETAFFINITY)
 359 check_function_exists(rsqrt             HAVE_RSQRT)
 360 check_function_exists(rsqrtf            HAVE_RSQRTF)
 361 check_function_exists(sqrtf             HAVE_SQRTF)
 362
 363 include(CheckLibraryExists)
 364 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 365
 366
 367 include(CheckTypeSize)
 368
 369 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 370 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 371 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 372 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 373 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 374
 375 include(TestBigEndian)
 376 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 377
 378
 379 if(APPLE OR CYGWIN OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux|.*BSD")
 380     # Maybe Solaris should be here? Patch this if you know!
 381     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 382 elseif(WIN32 OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "BlueGene")
 383     # Support for shared libs on native Windows is a bit new. Its
 384     # default might change later if/when we sort things out. Also,
 385     # Cray should go here. What variable value can detect it?
 386     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 387 else()
 388     message(STATUS "Defaulting to building static libraries")
 389     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 390 endif()
 391
 392 # Management of GROMACS options for specific toolchains should go
 393 # here. Because the initial settings for some of the main options have
 394 # already happened, but things like library detection and MPI compiler
 395 # feature detection have not, the docstrings for any over-rides of
 396 # GROMACS defaults or user settings will make sense. Also, any
 397 # toolchain-related reasons for choosing whether to detect various
 398 # things can be sorted out now, before the detection takes place.
 399 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES BlueGene)
 400     include(gmxManageBlueGene)
 401 endif()
 402
 403 if(UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS AND SHARED_LIBS_DEFAULT)
 404     if(BUILD_SHARED_LIBS)
 405         # Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 406         message(WARNING "Searching for static libraries requested, and building shared Gromacs libraries requested. This might cause problems linking later.")
 407     elseif(NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS)
 408         # Change default to OFF. Don't warn if it's already off.
 409         message(WARNING "Searching for static libraries requested, so the GROMACS libraries will also be built statically (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 410         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 411     endif()
 412 endif()
 413
 414 # By now, all tool chains should have spoken up if they care about
 415 # the setting of SHARED_LIBS_DEFAULT.
 416 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic e.g. with MPI, or on some HPC systems)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 417
 418 ########################################################################
 419 #Process MPI settings
 420 ########################################################################
 421 include(gmxManageMPI)
 422
 423 ########################################################################
 424 # Find external packages                                               #
 425 ########################################################################
 426 if(UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 427     # On Linux .a is the static library suffix, on Mac OS X .lib can also
 428     # be used, so we'll add both to the preference list.
 429     SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES ".lib;.a" ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 430 endif()
 431
 432 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 433   # This makes windows.h not declare min/max as macros that would break
 434   # C++ code using std::min/std::max.
 435   add_definitions(-DNOMINMAX)
 436
 437   if (NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 438       option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" ON)
 439       if(NOT GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 440           message(WARNING "Shared system libraries requested, and static Gromacs libraries requested.")
 441       endif()
 442   else()
 443       message(FATAL_ERROR "BUILD_SHARED_LIBS not yet working for Windows in the master branch")
 444       option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" OFF)
 445       if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 446           #this combination segfaults (illigal passing of file handles)
 447           message(FATAL_ERROR "Static system libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 448       endif()
 449       add_definitions(-DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY)
 450       set(PKG_CFLAGS "$PKG_CFLAGS -DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY")
 451   endif()
 452   mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 453
 454   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 455       #Only setting Debug and Release flags. Others configurations are current not used.
 456       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 457       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 458       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 459       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 460   ENDIF()
 461   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 462     if(BUILD_SHARED_LIBS) #not sure why incremental building with shared libs doesn't work
 463         STRING(REPLACE "/INCREMENTAL:YES" "" CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS})
 464     endif()
 465   ENDIF()
 466 ENDIF()
 467
 468 # Unconditionally find the package, as it is also required for unit tests
 469 find_package(LibXml2)
 470 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files (currently has no effect)" ${LIBXML2_FOUND})
 471 set(PKG_XML "")
 472 mark_as_advanced(GMX_XML)
 473 # Don't actually do anything, since libxml2 is currently not used by libgromacs
 474 #if(GMX_XML AND NOT LIBXML2_FOUND)
 475 #    message(FATAL_ERROR "libxml2 not found. Set GMX_XML=OFF to compile without XML support")
 476 #endif()
 477 #if(GMX_XML)
 478 #    include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 479 #    set(PKG_XML libxml-2.0)
 480 #    set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 481 #endif(GMX_XML)
 482
 483 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 484 if (GMX_GSL)
 485   find_package(GSL)
 486   set(PKG_GSL "")
 487   if(GSL_FOUND)
 488     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 489     set(PKG_GSL gsl)
 490     set(HAVE_LIBGSL 1)
 491   endif(GSL_FOUND)
 492 endif (GMX_GSL)
 493
 494 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 495 if (GMX_X11)
 496     find_package(X11)
 497     # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 498     if(NOT X11_FOUND)
 499         message(WARNING "X11 include files and/or libraries were not found. Will not build the GROMACS X11-binaries, such as ngmx")
 500     else()
 501         set(HAVE_X11 1)
 502         include_directories(${X11_INCLUDE_DIR})
 503     endif()
 504 endif(GMX_X11)
 505
 506 include(ThreadMPI)
 507 set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 508 # Enable core threading facilities
 509 tmpi_enable_core("${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders")
 510 # Enable tMPI C++ support
 511 tmpi_enable_cxx()
 512 if(GMX_THREAD_MPI)
 513     # enable MPI functions
 514     tmpi_enable()
 515     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 516     set(GMX_MPI 1)
 517 endif(GMX_THREAD_MPI)
 518 tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC)
 519
 520 if(GMX_GPU)
 521     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 522     gmx_gpu_setup()
 523 endif(GMX_GPU)
 524
 525 if(CYGWIN)
 526     set(GMX_CYGWIN 1)
 527 endif(CYGWIN)
 528
 529 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 530     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 531 endif()
 532
 533 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 534 if(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 535     if (NOT SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY)
 536         message(FATAL_ERROR
 537             "Cannot generate git version information from source tree not under git. "
 538             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 539     endif ()
 540     # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 541     # found or the version is too small, we can't generate version information.
 542     find_package(Git)
 543
 544     # Find out the git version
 545     if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 546       execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 547         OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 548         OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 549       string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 550       set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 551       mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 552     endif()
 553
 554     if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 555         message(FATAL_ERROR
 556             "No compatible git version found (>= 1.5.3 required). "
 557             "Won't be able to generate development version information. "
 558             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 559     endif()
 560 endif()
 561
 562 # Detect boost unless GMX_EXTERNAL_BOOST is explicitly OFF
 563 # Used for default if GMX_EXTERNAL_BOOST is not defined (first CMake pass)
 564 if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST OR GMX_EXTERNAL_BOOST)
 565     find_package(Boost 1.44.0)
 566     if(Boost_FOUND AND Boost_VERSION VERSION_LESS "104400")
 567         set(Boost_FOUND FALSE)
 568     endif()
 569     # Print the notification only on first run, when determining the default
 570     if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 571         message("Boost >= 1.44 not found. Using minimal internal version. "
 572                 "This may cause trouble if you plan on compiling/linking other "
 573                 "software that uses Boost against Gromacs.")
 574     endif()
 575 endif()
 576 option(GMX_EXTERNAL_BOOST "Use external Boost instead of minimal built-in version"
 577        ${Boost_FOUND})
 578 if(GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 579     message(FATAL_ERROR
 580         "Boost >= 1.44 not found. "
 581         "You can set GMX_EXTERNAL_BOOST=OFF to compile against minimal "
 582         "version of Boost included with Gromacs.")
 583 endif()
 584
 585 option(GMX_BUILD_UNITTESTS "Build unit tests with BUILD_TESTING (uses Google C++ Testing and Mocking Frameworks, requires libxml2)" ${LIBXML2_FOUND})
 586 mark_as_advanced(GMX_BUILD_UNITTESTS)
 587 gmx_add_cache_dependency(GMX_BUILD_UNITTESTS BOOL BUILD_TESTING OFF)
 588 if (GMX_BUILD_UNITTESTS AND NOT LIBXML2_FOUND)
 589     message(FATAL_ERROR
 590         "Cannot build unit tests without libxml2. "
 591         "Either set GMX_BUILD_UNITTESTS=OFF or tell CMake how to find libxml2.")
 592 endif()
 593 set(MEMORYCHECK_SUPPRESSIONS_FILE ${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/legacy_and_external.supp)
 594
 595 ########################################################################
 596 # Generate development version info for cache
 597 ########################################################################
 598 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 599 # include(gmxGenerateVersionString)
 600
 601 ########################################################################
 602 # Our own GROMACS tests
 603 ########################################################################
 604
 605 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 606 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src)
 607 # Required for config.h, maybe should only be set in src/CMakeLists.txt
 608 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 609 # Required for gmx_header_config_gen.h to be found before installation
 610 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src/gromacs/utility)
 611 # Required for now to make old code compile
 612 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders)
 613
 614 include(gmxTestInlineASM)
 615 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 616
 617 include(gmxSetBuildInformation)
 618 gmx_set_build_information()
 619 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 620     # The timestep counter headers do not include config.h
 621     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 622 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 623
 624 include(gmxTestFloatFormat)
 625 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 626                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 627                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 628
 629 include(gmxTestLargeFiles)
 630 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 631
 632 include(gmxTestSignal)
 633 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 634
 635 include(gmxTestInline)
 636 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 637
 638 include(gmxTestRestrict)
 639 gmx_test_restrict(RESTRICT_KEYWORD)
 640
 641 include(gmxTestPipes)
 642 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 643
 644 include(gmxTestIsfinite)
 645 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 646 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 647 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 648
 649 include(gmxTestCXX11)
 650 gmx_test_cxx11(GMX_CXX11 GMX_CXX11_FLAGS)
 651 if(CXX11_FLAG AND GMX_GPU)
 652     #FIXME: add proper solution for progate all but cxx11 flag
 653     set(CUDA_PROPAGATE_HOST_FLAGS no)
 654     message(WARNING "Please manually add compiler flags to CUDA_NVCC_FLAGS. Automatic propogation temporary not working.")
 655 endif()
 656
 657 include(gmxTestXDR)
 658 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 659 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 660     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 661     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 662 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 663
 664 # include avx test source, used if the AVX flags are set below
 665 include(gmxTestAVXMaskload)
 666
 667 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 668 #
 669 # Note that for the backward-compatible x86 SIMD architectures, the
 670 # GMX_CPU_ACCELERATION determines the maximum level of the instruction
 671 # set used (e.g. GMX_CPU_ACCLERATION=SSE4.1 implies
 672 # SSE2). Accordingly, there are a set of CMake variables
 673 # GMX_<arch>_<feature-set> that are exported to the C code to specify
 674 # CPU features that should be used. This means that the logic for
 675 # requiring such backward compatibility is all located here.
 676 if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 677     # nothing to do
 678 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 679
 680     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 681     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 682         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 683     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 684
 685     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 686     if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 687         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 688     endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 689
 690     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 691
 692     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 693     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 694
 695     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 696         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 697     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 698
 699     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE2 1)
 700     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 701     set(GMX_X86_SSE2 1)
 702     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 703       message(STATUS "Enabling SSE2 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 704     endif()
 705
 706 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 707
 708     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 709     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 710         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 711     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 712     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 713         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 714         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead first.
 715         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 716             GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 717             message(WARNING "Neither SSE4.1 or SSE2 seems to be supported by your Windows compiler. Something is likely broken.")
 718         else()
 719             message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance")
 720         endif()
 721     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 722
 723     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 724     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 725         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 726     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 727     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 728         message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance.")
 729         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 730         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 731         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 732             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 733         endif()
 734     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 735
 736     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 737     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 738
 739     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 740         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 741     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 742
 743     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE4_1 1)
 744     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 745     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 746     set(GMX_X86_SSE2   1)
 747     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 748       message(STATUS "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 749     endif()
 750
 751     if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_EQUAL "11.1")
 752         message(FATAL_ERROR "You are using Intel compiler version 11.1, and that compiler is known to produce incorrect results with SSE4.1 acceleration. You need to use another compiler (e.g. icc 12 or newer) or different acceleration (probably slower simulations).")
 753     endif()
 754 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 755
 756     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 757
 758     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" ACCELERATION_C_FLAGS)
 759     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 760         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_C_FLAGS)
 761     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 762     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 763         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance) giving the -DGMX_CPU_ACCELERATION=SSE4.1 to cmake.")
 764     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 765
 766     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 767     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 768         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 769     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 770     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 771         message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance) giving the -DGMX_CPU_ACCELERATION=SSE4.1 to cmake.")
 772     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 773
 774     # Set the FMA4 flags (MSVC doesn't require any)
 775     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" AND NOT MSVC)
 776         GMX_TEST_CFLAG(GNU_FMA_CFLAG "-mfma4" ACCELERATION_C_FLAGS)
 777         if (NOT GNU_FMA_CFLAG)
 778             message(WARNING "No C FMA4 flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 779         endif(NOT GNU_FMA_CFLAG)
 780         GMX_TEST_CFLAG(GNU_XOP_CFLAG "-mxop" ACCELERATION_C_FLAGS)
 781         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 782         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_FMA_CXXFLAG "-mfma4" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 783         if (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 784             message(WARNING "No C++ FMA flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 785         endif (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 786         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_XOP_CXXFLAG "-mxop" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 787         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 788     endif()
 789
 790     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 791     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 792
 793     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 794         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 795     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 796
 797     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 798         try_compile(TEST_AVX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 799             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestAVX.c"
 800             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 801         if(NOT TEST_AVX)
 802             message(FATAL_ERROR "Cannot compile AVX intrinsics. Consider switching compiler.")
 803         endif()
 804     endif()
 805
 806     # GCC requires x86intrin.h for FMA support. MSVC 2010 requires intrin.h for FMA support.
 807     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 808     check_include_file(intrin.h HAVE_INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 809
 810     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 811     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 812     set(GMX_X86_SSE2   1)
 813
 814     # But just enable one of the choices internally...
 815     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 816         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_128_FMA 1)
 817         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 818         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 819           message(STATUS "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add), and it will help compiler optimization.")
 820         endif()
 821
 822         # We don't have the full compiler version string yet (BUILD_C_COMPILER),
 823         # so we can't distinguish vanilla and Apple clang, but catering for AMD
 824         # hackintoshes is not worth the effort.
 825         if (APPLE AND (${CMAKE_C_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang" OR
 826                     ${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang"))
 827             message(WARNING "Due to a known compiler bug, Clang up to version 3.2 (and Apple Clang up to version 4.1) produces incorrect code with AVX_128_FMA acceleration. As we can not work around this bug on OS X, you will have to select a different compiler or CPU acceleration.")
 828         endif()
 829
 830         if (GMX_USE_CLANG_C_FMA_BUG_WORKAROUND)
 831             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 832             message(STATUS "Clang ${C_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 833             set(EXTRA_C_FLAGS "${EXTRA_C_FLAGS} -no-integrated-as")
 834         endif()
 835         if (GMX_USE_CLANG_CXX_FMA_BUG_WORKAROUND)
 836             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 837             message(STATUS "Clang ${CXX_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 838             set(EXTRA_CXX_FLAGS "${EXTRA_CXX_FLAGS} -no-integrated-as")
 839         endif()
 840
 841     else()
 842         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 843         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_256 1)
 844         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 845         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 846           message(STATUS "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 847         endif()
 848     endif()
 849
 850     # Unfortunately gcc-4.5.2 and gcc-4.6.0 has a bug where they use the wrong datatype for the formal
 851     # parameter of the mask for maskload/maskstore arguments. Check if this is present, since we can work around it.
 852     gmx_test_avx_gcc_maskload_bug(${ACCELERATION_C_FLAGS} GMX_X86_AVX_GCC_MASKLOAD_BUG)
 853
 854 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "IBM_QPX")
 855     # Used on BlueGene/Q
 856     if (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "XL")
 857         GMX_TEST_CFLAG(XLC_BLUEGENEQ_CFLAG "-qarch=qp -qtune=qp" ACCELERATION_C_FLAGS)
 858         try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 859             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestQPX.c"
 860             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 861         if(NOT TEST_QPX)
 862             message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics.")
 863         endif()
 864     endif()
 865     if (CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "XL")
 866         GMX_TEST_CXXFLAG(XLC_BLUEGENEQ_CXXFLAG "-qarch=qp -qtune=qp" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 867         try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 868             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestQPX.c"
 869             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS}")
 870         if(NOT TEST_QPX)
 871             message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics.")
 872         endif()
 873     endif()
 874
 875     if (TEST_QPX)
 876         message(WARNING "IBM QPX acceleration was selected and could be compiled, but the accelerated kernels are not yet available.")
 877         set(GMX_CPU_ACCELERATION_IBM_QPX 1)
 878     else()
 879         message(FATAL_ERROR "Cannot compile IBM QPX intrinsics without the XL compiler. If you are compiling for BlueGene/Q, use 'cmake .. -DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=BlueGeneQ-static-XL-C' to set up the tool chain.")
 880     endif()
 881 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SPARC64_HPC_ACE")
 882     set(GMX_CPU_ACCELERATION_SPARC64_HPC_ACE 1)
 883 else()
 884     gmx_invalid_option_value(GMX_CPU_ACCELERATION)
 885 endif()
 886 set(ACCELERATION_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 887
 888 # Process QM/MM Settings
 889 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 890     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 891 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 892     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 893 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 894     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 895 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 896     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 897 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 898     # nothing to do
 899 else()
 900     gmx_invalid_option_value(GMX_QMMM_PROGRAM)
 901 endif()
 902
 903 # Process FFT library settings
 904 set(PKG_FFT "")
 905 set(PKG_FFT_LIBS "")
 906 # Intel 11 and up makes life somewhat easy if you just want to use
 907 # all their stuff. It's not easy if you only want some of their
 908 # stuff...
 909 set(MKL_MANUALLY FALSE)
 910 if (GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL "MKL" AND
 911     NOT (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_GREATER "11"))
 912     # The user will have to provide the set of magic libraries in
 913     # MKL_LIBRARIES (see below), which we cache (non-advanced), so that they
 914     # don't have to keep specifying it, and can easily see that
 915     # CMake is still using that information.
 916     set(MKL_MANUALLY TRUE)
 917 endif()
 918 set(MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION "Use full paths to library files, in the right order, and separated by semicolons.")
 919 gmx_dependent_cache_variable(
 920     MKL_LIBRARIES
 921     "List of libraries for linking to MKL. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}"
 922     STRING ""
 923     MKL_MANUALLY)
 924 gmx_dependent_cache_variable(
 925     MKL_INCLUDE_DIR
 926     "Path to mkl.h (non-inclusive)."
 927     PATH ""
 928     MKL_MANUALLY)
 929 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 930     if(GMX_DOUBLE)
 931         set(FFTW fftw)
 932     else()
 933         set(FFTW fftwf)
 934     endif()
 935
 936     if(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 937       add_subdirectory(src/contrib/fftw)
 938     else()
 939       find_package(FFTW COMPONENTS ${FFTW})
 940     endif()
 941
 942     string(TOUPPER "${FFTW}" FFTW)
 943     if(NOT ${FFTW}_FOUND)
 944       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for single-precision GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS). Either choose the right precision, choose another FFT(W) library (-DGMX_FFT_LIBRARY), enable the advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you (-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON) , or use the really slow GROMACS built-in fftpack library (-DGMX_FFT_LIBRARY=fftpack).")
 945     endif()
 946
 947     set(PKG_FFT "${${FFTW}_PKG}")
 948     include_directories(${${FFTW}_INCLUDE_DIRS})
 949     set(FFT_LIBRARIES ${${FFTW}_LIBRARIES})
 950     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 951
 952     if ((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND NOT ${FFTW}_HAVE_SIMD)
 953       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SIMD support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 954     endif()
 955
 956     if((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND ${FFTW}_HAVE_AVX)
 957         # If we're not doing CPU acceleration, we don't care about FFTW performance on x86 either
 958         message(WARNING "The FFTW library was compiled with --enable-avx to enable AVX SIMD instructions. That might sound like a good idea for your processor, but for FFTW versions up to 3.3.3, these are slower than the SSE/SSE2 SIMD instructions for the way GROMACS uses FFTs. Limitations in the way FFTW allows GROMACS to measure performance make it awkward for either GROMACS or FFTW to make the decision for you based on runtime performance. You should compile a different FFTW library with --enable-sse or --enable-sse2. If you have a more recent FFTW, you may like to compare the performance of GROMACS with FFTW libraries compiled with and without --enable-avx. However, the GROMACS developers do not really expect the FFTW AVX optimization to help, because the performance is limited by memory access, not computation.")
 959     endif()
 960
 961     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
 962         MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - FFTW3")
 963     endif()
 964 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 965     # Intel 11 and up makes life somewhat easy if you just want to use
 966     # all their stuff. It's not easy if you only want some of their
 967     # stuff...
 968     if (NOT MKL_MANUALLY)
 969         # The next line takes care of everything for MKL
 970         if (WIN32)
 971             set(FFT_LINKER_FLAGS "/Qmkl=sequential")
 972         else()
 973             set(FFT_LINKER_FLAGS "-mkl=sequential")
 974         endif()
 975         # Some versions of icc require this in order that mkl.h can be
 976         # found at compile time.
 977         set(EXTRA_C_FLAGS "${EXTRA_C_FLAGS} ${FFT_LINKER_FLAGS}")
 978
 979         set(MKL_ERROR_MESSAGE "Make sure you have configured your compiler so that ${FFT_LINKER_FLAGS} will work.")
 980     else()
 981         include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 982         set(FFT_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}")
 983         set(MKL_ERROR_MESSAGE "The include path to mkl.h in MKL_INCLUDE_DIR, and the link libraries in MKL_LIBRARIES=${MKL_LIBRARIES} need to match what the MKL documentation says you need for your system. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
 984         # Convert the semi-colon separated list to a list of
 985         # command-line linker arguments so that code using our
 986         # pkgconfig setup can use it.
 987         string(REGEX REPLACE ";" " " PKG_FFT_LIBS "${MKL_LIBRARIES}")
 988     endif()
 989
 990     # Check MKL works. If we were in a non-global scope, we wouldn't
 991     # have to play nicely.
 992     set(old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
 993     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS}")
 994     set(old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
 995     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${FFT_LIBRARIES}")
 996
 997     check_function_exists(DftiCreateDescriptor TEST_MKL)
 998
 999     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
1000     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
1001
1002     if(NOT TEST_MKL)
1003         # Hack to help the user vary MKL settings until they work.
1004         # TODO Make this logic more useful.
1005         unset(TEST_MKL CACHE)
1006         message(FATAL_ERROR "Linking with MKL was requested, but was not successful. ${MKL_ERROR_MESSAGE}")
1007     endif()
1008
1009     # Set variables to signal that we have MKL available and should use it for FFTs.
1010     set(GMX_FFT_MKL 1)
1011     set(HAVE_LIBMKL 1)
1012
1013     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
1014         MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
1015     endif()
1016 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
1017     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
1018     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
1019         MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
1020     endif()
1021 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1022     gmx_invalid_option_value(GMX_FFT_LIBRARY)
1023 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1024 set(GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE ${GMX_FFT_LIBRARY} CACHE INTERNAL "Previous value for GMX_FFT_LIBRARY, so that we can detect when it changes.")
1025
1026 # enable threaded fftw3 if we've found it
1027 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
1028     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
1029 endif()
1030
1031 include(gmxManageLinearAlgebraLibraries)
1032
1033 # Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins
1034 set(GMX_USE_PLUGINS OFF)
1035
1036 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
1037   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
1038     # Native Windows does not have, nor need dlopen
1039     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
1040     include(gmxTestdlopen)
1041     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
1042   endif()
1043
1044   # so, should we use plug-ins?
1045   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
1046     if(NOT VMD_QUIETLY)
1047       MESSAGE(STATUS
1048           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
1049           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
1050           "formats).")
1051     endif()
1052     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
1053       find_package(VMD)
1054     endif()
1055     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
1056     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
1057     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
1058   else()
1059     set(PKG_DL_LIBS)
1060   endif()
1061 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
1062 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1063
1064 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
1065     if(NOT CMAKE_CROSSCOMPILING)
1066         option(GMX_BUILD_MANPAGES "Build man pages" ON)
1067     else()
1068         message(STATUS "Building the man pages is not available when "
1069             "cross-compiling the developer version from git")
1070     endif()
1071 else()
1072     #make sure source package contains all man pages
1073     if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/man/man1/ngmx.1")
1074         message(FATAL_ERROR "Man pages are missing from source package.")
1075     endif()
1076 endif()
1077 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANPAGES)
1078
1079 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1080 if(HAVE_LIBM)
1081     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1082 endif(HAVE_LIBM)
1083
1084 if(GMX_FAHCORE)
1085   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1086       "Path to swindirect.h")
1087   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1088 endif(GMX_FAHCORE)
1089
1090 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1091 # these are set after everything else
1092 if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
1093     set(CMAKE_C_FLAGS "${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}")
1094     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}")
1095     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}")
1096     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}")
1097 else()
1098     message("Recommended flags which are not added because GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS=yes:")
1099     message("CMAKE_C_FLAGS: ${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${GMXC_CFLAGS}")
1100     message("CMAKE_C_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CFLAGS_RELEASE}")
1101     message("CMAKE_C_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CFLAGS_DEBUG}")
1102     message("CMAKE_CXX_FLAGS: ${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${GMXC_CXXFLAGS}")
1103     message("CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE}")
1104     message("CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CXXFLAGS_DEBUG}")
1105     message("CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1106     message("CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS: ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1107 endif()
1108
1109 if(NOT GMX_OPENMP)
1110     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
1111     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
1112     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
1113     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
1114 else()
1115     set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_LINKER_FLAGS})
1116     set(GMX_SHARED_LINKER_FLAGS ${GMX_SHARED_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS})
1117 endif()
1118 set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} ${OpenMP_C_FLAGS}")
1119
1120 ######################################
1121 # Output compiler and CFLAGS used
1122 ######################################
1123 get_compiler_info(C BUILD_C_COMPILER BUILD_CFLAGS)
1124 get_compiler_info(CXX BUILD_CXX_COMPILER BUILD_CXXFLAGS)
1125 if(GMX_GPU)
1126     get_cuda_compiler_info(CUDA_NVCC_COMPILER_INFO CUDA_NVCC_COMPILER_FLAGS)
1127 endif(GMX_GPU)
1128
1129 ########################################################################
1130 # Specify install locations
1131 ########################################################################
1132 if ( NOT DEFINED GMXLIB )
1133     set(GMXLIB lib)
1134 endif()
1135 set(LIB_INSTALL_DIR "${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMXLIB}")
1136 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1137 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/gromacs)
1138 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1139 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1140
1141 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1142
1143 ########################################################################
1144 # Set up binary and library suffixing
1145 ########################################################################
1146 option(
1147     GMX_DEFAULT_SUFFIX
1148     "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)"
1149     ON)
1150 gmx_dependent_cache_variable(
1151     GMX_BINARY_SUFFIX
1152     "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double)."
1153     STRING ""
1154     "NOT GMX_DEFAULT_SUFFIX")
1155 gmx_dependent_cache_variable(
1156     GMX_LIBS_SUFFIX
1157     "Suffix for GROMACS libraries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double)."
1158     STRING ""
1159     "NOT GMX_DEFAULT_SUFFIX")
1160 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1161   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
1162   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
1163   if (GMX_LIB_MPI)
1164     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
1165     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
1166   endif()
1167   if (GMX_DOUBLE)
1168     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
1169     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
1170   endif(GMX_DOUBLE)
1171   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
1172     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
1173     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
1174   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
1175 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1176   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
1177     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
1178     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
1179   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
1180 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1181 if (GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1182     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mdrun${GMX_LIBS_SUFFIX}")
1183 endif ()
1184 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1185
1186 ##################################################################
1187 # Shared library settings
1188 ##################################################################
1189 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1190     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1191     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1192     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1193     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1194 else()
1195     if(CMAKE_SYSTEM_VERSION VERSION_GREATER 8.0) #rpath supported for >10.4
1196         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "@rpath")
1197         set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} "-Wl,-rpath,@executable_path/../lib")
1198     else()
1199         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${LIB_INSTALL_DIR}")
1200     endif()
1201 endif()
1202
1203 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
1204 #Simpler to always install.
1205 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
1206
1207 if(GMX_EXTERNAL_BOOST)
1208     include_directories(${Boost_INCLUDE_DIRS})
1209 else()
1210     include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost)
1211     # typeid not supported for minimal internal version
1212     # (would add significant amount of code)
1213     add_definitions(-DBOOST_NO_TYPEID)
1214     # TODO: Propagate the above settings to the installed CMakeFiles.txt template
1215     # (from share/template/)
1216     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DBOOST_NO_TYPEID -I${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost")
1217     if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1218         install(DIRECTORY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost/boost
1219                 DESTINATION ${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost
1220                 COMPONENT development)
1221     endif ()
1222 endif()
1223
1224 if (GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
1225     # Code heavy with asserts makes conditional coverage close to useless metric,
1226     # as by design most of the false branches are impossible to trigger in
1227     # correctly functioning code.  And the benefit of testing those that could
1228     # be triggered by using an API against its specification isn't usually
1229     # worth the effort.
1230     add_definitions(-DNDEBUG -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DGMX_DISABLE_ASSERTS)
1231 endif ()
1232
1233 if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1234     add_subdirectory(doxygen)
1235     add_subdirectory(share)
1236     add_subdirectory(scripts)
1237 endif ()
1238 add_subdirectory(src)
1239
1240 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
1241 # Don't bother the user after the first configure pass.
1242 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
1243     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
1244 endif()
1245 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
1246
1247 #######################
1248 ## uninstall target
1249 #######################
1250     CONFIGURE_FILE(
1251                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1252                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1253                    IMMEDIATE @ONLY)
1254 ###########################
1255 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1256                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1257                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1258 ###########################
1259
1260 ########################################################################
1261 # Tests                                                                #
1262 ########################################################################
1263
1264 include(CTest)
1265 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
1266 IF(BUILD_TESTING)
1267     enable_testing()
1268     #"check" target builds and runs all tests
1269     add_custom_target(check COMMAND ${CMAKE_CTEST_COMMAND} --output-on-failure)
1270     add_dependencies(check tests)
1271     # TODO: This would be better within tests/CMakeLists.txt
1272     if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1273         #gmxtests target builds all binaries required for running gmxtest
1274         add_custom_target(gmxtests DEPENDS gmx links)
1275         add_dependencies(check gmxtests)
1276         add_subdirectory(tests)
1277     endif()
1278     #TODO: Add warning if NOT REGRESSIONTEST_PATH OR NOT GMX_XML that regression/unit tests are not run.
1279 ENDIF()
1280