CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
   2 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
   3 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
   4
   5 # Allows CPack to act differently for normal tools and mdrun (e.g. because of MPI)
   6 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_TOOLS_DESCRIPTION "All GROMACS executable tools")
   7 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_MDRUN_DESCRIPTION "GROMACS executable for running simulations")
   8
   9 # override bugs on OS X where Cmake picks gcc (GNU) for C instead of system default cc (Clang).
  10 if(APPLE)
  11     set(CMAKE_C_COMPILER_INIT "cc")
  12 endif(APPLE)
  13
  14 project(Gromacs C)
  15 include(Dart)
  16 mark_as_advanced(DART_ROOT)
  17
  18 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  19 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  20 #
  21 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  22 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  23 # machine with no git.
  24 #
  25 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  26 set(PROJECT_VERSION "4.6-dev")
  27 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  28     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  29 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  30 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  31     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  32 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  33 set(SOVERSION 6)
  34 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  35 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
  36 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "6")
  37 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  38
  39 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  40 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  41 math(EXPR NUM_VERSION
  42     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  43 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  44     math(EXPR NUM_VERSION
  45          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  46 endif()
  47
  48 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  49 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  50 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  51 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  52 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  53 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  54
  55 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  56 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  57
  58 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  59 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  60 endif()
  61
  62 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  63     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
  64 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  65
  66 enable_language(C)
  67
  68 set(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH OFF CACHE STRING "Use relative paths not absolute paths for cmake install. Has only an effect on cpack.")
  69 mark_as_advanced(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
  70
  71 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
  72 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  73 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  74 if (NOT GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
  75     set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
  76 endif()
  77 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  78 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  79 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallLicense.txt")
  80 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  81 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES ".isreposource;.git;.gitignore")
  82 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
  83 SET(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/man;man")
  84 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
  85
  86 #must come after all cpack settings!
  87 include(CPack)
  88
  89 ########################################################################
  90 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
  91 ########################################################################
  92 if(CMAKE_HOST_UNIX)
  93     execute_process(COMMAND hostname
  94                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
  95                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
  96     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
  97         message(WARNING "
  98             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
  99             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 100             recommended to regenerate the cache!")
 101     endif()
 102     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 103             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 104 endif()
 105
 106 ########################################################################
 107 # User input options - enable C++ - before any CXX flags are changed   #
 108 ########################################################################
 109 option(GMX_GPU  "Enable GPU acceleration" ON)
 110 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
 111 option(GMX_FORCE_CXX "Enable C++ compilation even if not necessary" OFF)
 112 mark_as_advanced(GMX_FORCE_CXX)
 113 if(GMX_GPU OR GMX_OPENMM OR GMX_FORCE_CXX)
 114     enable_language(CXX)
 115 endif()
 116
 117 ########################################################################
 118 # Fix stupid flags on Windows
 119 ########################################################################
 120 SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 121 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 122   option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" ON)
 123   mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 124   SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)  #is currently not working on Windows
 125
 126   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 127     #Only setting Debug and Release flags. Others configurations current not used.
 128     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 129     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 130     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 131     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 132     if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 133         STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 134         SET(CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 135         STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 136         SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 137     endif()
 138   ENDIF()
 139
 140   #Workaround for cmake bug 13174. Replace deprecated options.
 141   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 142     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 143     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 144   ENDIF()
 145   IF( CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 146     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 147     STRING(REPLACE /GX /EHsc CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 148     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 149
 150     STRING(REPLACE /GX /EHsc CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 151     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 152   ENDIF()
 153 ENDIF()
 154
 155
 156 ########################################################################
 157 # User input options                                                   #
 158 ########################################################################
 159 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 160 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 161 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 162 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 163 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 164 option(GMX_POWERPC_INVSQRT "Use PowerPC hardware 1/sqrt" OFF)
 165 mark_as_advanced(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 166 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 167 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 168
 169 include(gmxDetectAcceleration)
 170 if(NOT DEFINED GMX_ACCELERATION)
 171     if(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 172         set(GMX_SUGGESTED_ACCELERATION "None")
 173     else(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 174         gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_ACCELERATION)
 175     endif(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 176 endif(NOT DEFINED GMX_ACCELERATION)
 177
 178 set(GMX_ACCELERATION "@GMX_SUGGESTED_ACCELERATION@"
 179     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, BlueGene, Power6, Fortran")
 180
 181 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
 182     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
 183 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 184        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
 185 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 186 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
 187     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
 188 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 189 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 190 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 191 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 192 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 193 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 194
 195 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 196
 197 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
 198 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
 199
 200 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
 201
 202 if(UNIX)
 203     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer \".a\" static archives (NOTE: this is enabled only for UNIX platforms but it might not always work!" OFF)
 204     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 205 endif()
 206
 207 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 208 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 209
 210 ######################################################################
 211 # compiler tests
 212 # these need ot be done early (before further tests).
 213 #####################################################################
 214
 215 # cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake are lifted from CMake git next
 216 # branch (proposed for v2.8.9) to be able to detect invalid options
 217 # with the Intel Compilers.
 218 # Remove these files from the source tree when a CMake version that
 219 # includes the features in question becomes required.
 220 include(CheckCCompilerFlag)
 221 if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 222     include(CheckCXXCompilerFlag)
 223 endif()
 224
 225 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 226 if(GMX_OPENMP)
 227     find_package(OpenMP)
 228     if(OPENMP_FOUND)
 229         #- only set linker flag, if user didn't set them manual
 230         #- cmake on windows doesn't support linker flags passed to target_link_libraries
 231         #  (cmake treats /openmp as \openmp library file) and no openmp linker flags are needed
 232         if(NOT (WIN32 AND NOT CYGWIN))
 233             if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND GMX_PREFER_STATIC_OPENMP)
 234                 set(OpenMP_LINKER_FLAGS "-Wl,-static -lgomp -lrt -Wl,-Bdynamic -lpthread")
 235                 set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "")
 236             else()
 237                 if(NOT DEFINED OpenMP_LINKER_FLAGS)
 238                     set(OpenMP_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 239                 endif()
 240                 if(NOT DEFINED OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
 241                     set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 242                 endif()
 243             endif()
 244         endif()
 245     else(OPENMP_FOUND)
 246         message(WARNING
 247                 "Compiler not supporting OpenMP. This might hurt your performance a lot, "
 248                 "in particular with GPUs. Try using a different compiler (Intel is good on x86) "
 249                 "if you can - for now we are proceeding by turning off OpenMP.")
 250         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Compiler does not support OpenMP." FORCE)
 251     endif(OPENMP_FOUND)
 252 endif()
 253
 254
 255 include(gmxCFlags)
 256 gmx_c_flags()
 257
 258 include(gmxGetCompilerVersion)
 259 get_compiler_version()
 260
 261 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 262 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 263 # on the affected files.
 264 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 265 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 266
 267 ########################################################################
 268 # Set up binary and library suffixing
 269 ########################################################################
 270 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 271 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
 272   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 273 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 274   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
 275   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
 276   if (GMX_MPI)
 277     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
 278     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
 279   endif(GMX_MPI)
 280   if (GMX_DOUBLE)
 281     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
 282     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
 283   endif(GMX_DOUBLE)
 284   if (GMX_OPENMM)
 285     set (GMX_BINARY_SUFFIX "-openmm")
 286     set (GMX_LIBS_SUFFIX "_openmm")
 287   endif(GMX_OPENMM)
 288   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 289   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 290     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 291     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 292   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 293 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 294   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 295   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 296     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 297     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 298   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 299 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 300 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 301
 302 set(PKG_CFLAGS "")
 303 if(GMX_DOUBLE)
 304     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 305 endif(GMX_DOUBLE)
 306 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 307   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 308 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 309 if(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 310   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_POWERPC_INVSQRT")
 311 endif(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 312
 313 ########################################################################
 314 #Process MPI settings
 315 ########################################################################
 316 include(gmxManageMPI)
 317
 318 #######################################################################
 319 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
 320 #######################################################################
 321 if(GMX_OPENMM)
 322     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
 323     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
 324     if(NOT ${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 325         message(STATUS "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to fftpack!")
 326         set(GMX_FFT_LIBRARY "fftpack" CACHE STRING
 327                 "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to  fftpack!" FORCE)
 328     endif()
 329     if(GMX_MPI)
 330         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
 331     endif(GMX_MPI)
 332     if(GMX_THREAD_MPI)
 333         message(STATUS "Thread-MPI not compatible with OpenMM, disabled!")
 334         set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL
 335                 "Thread-MPI not compatible with OpenMM build, disabled!" FORCE)
 336     endif(GMX_THREAD_MPI)
 337     if(GMX_OPENMP)
 338         message(STATUS "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled")
 339         set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 340             "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled!" FORCE)
 341     endif()
 342     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 343         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE STRING
 344                 "The OpenMM build does not need GROMACS software 1/sqrt!" FORCE)
 345     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 346     string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} GMX_ACCELERATION)
 347     if(NOT GMX_ACCELERATION STREQUAL "NONE")
 348         message(STATUS "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!")
 349         set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING
 350                 "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!" FORCE)
 351     endif()
 352     if(GMX_FAHCORE)
 353         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
 354     endif(GMX_FAHCORE)
 355     if(GMX_DOUBLE)
 356         message(FATAL_ERROR  "The OpenMM-build does not support double precision calculations!")
 357     endif()
 358     # mark as advanced the unused variables
 359     mark_as_advanced(FORCE GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 360         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 361 else(GMX_OPENMM)
 362      mark_as_advanced(CLEAR GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 363         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 364 endif(GMX_OPENMM)
 365
 366
 367 ########################################################################
 368 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 369 ########################################################################
 370 include(CheckIncludeFiles)
 371 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 372 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 373 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 374 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 375 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 376 check_include_files(direct.h     HAVE_DIRECT_H)
 377 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 378 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 379 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 380 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 381 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 382 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 383 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 384 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 385 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 386 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 387 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 388 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 389 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 390 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 391
 392 include(CheckFunctionExists)
 393 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 394 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 395 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 396 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 397 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 398 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 399 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 400 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 401 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 402 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 403 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 404 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 405 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 406 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 407 check_function_exists(lstat             HAVE_LSTAT)
 408 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 409 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 410 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 411
 412 include(CheckLibraryExists)
 413 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 414 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 415
 416
 417 include(CheckTypeSize)
 418
 419 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 420 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 421 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 422 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 423 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 424 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 425
 426 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 427     set(GMX_64_BIT TRUE)
 428 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 429     set(GMX_64_BIT FALSE)
 430 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 431
 432 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 433 check_type_size(uid_t uid_t)
 434 if(NOT uid_t)
 435   set(uid_t int)
 436 else(NOT uid_t)
 437   set(uid_t 0)
 438 endif(NOT uid_t)
 439
 440 check_type_size(gid_t gid_t)
 441 if(NOT gid_t)
 442   set(gid_t 1)
 443 else(NOT gid_t)
 444   set(gid_t 0)
 445 endif(NOT gid_t)
 446
 447 check_type_size(size_t size_t)
 448 if(NOT size_t)
 449   set(size_t int)
 450 else(NOT size_t)
 451   set(size_t 0)
 452 endif(NOT size_t)
 453
 454 check_type_size(off_t off_t)
 455 if(NOT off_t)
 456   set(off_t int)
 457 else(NOT off_t)
 458   set(off_t 0)
 459 endif(NOT off_t)
 460
 461 include(TestBigEndian)
 462 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 463
 464
 465
 466
 467 ########################################################################
 468 # Find external packages                                               #
 469 ########################################################################
 470 if(UNIX)
 471     if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 472         SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES .a ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 473         if(SHARED_LIBS_DEFAULT)
 474             if(BUILD_SHARED_LIBS) #Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 475                 message(WARNING "Static libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 476             elseif(NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS) #Change default to OFF. Don't warn if it's already off.
 477                 message(WARNING "Static libraries requested, the GROMACS libraries will also be build static (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 478                 set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 479             endif()
 480         endif()
 481     endif()
 482 endif()
 483 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 484
 485 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files" ON)
 486 if (GMX_XML)
 487   find_package(LibXml2)
 488   set(PKG_XML "")
 489   if(LIBXML2_FOUND)
 490     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 491     set(PKG_XML libxml-2.0)
 492     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 493     set(HAVE_LIBXML2 1)
 494   endif(LIBXML2_FOUND)
 495 endif(GMX_XML)
 496
 497 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 498 if (GMX_GSL)
 499   find_package(gsl)
 500   set(PKG_GSL "")
 501   if(GSL_FOUND)
 502     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 503     set(PKG_GSL gsl)
 504     set(HAVE_LIBGSL 1)
 505   endif(GSL_FOUND)
 506 endif (GMX_GSL)
 507
 508 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 509 if (GMX_X11)
 510         find_package(X11)
 511         # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 512         if(X11_FOUND)
 513         set(HAVE_X11 1)
 514         endif(X11_FOUND)
 515 endif(GMX_X11)
 516
 517 if(GMX_THREAD_MPI)
 518     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 519     include(ThreadMPI)
 520     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 521     set(GMX_MPI 1)
 522     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 523 endif(GMX_THREAD_MPI)
 524
 525 if(GMX_OPENMM)
 526     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 527     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
 528     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 529     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 530         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 531     endif()
 532     find_package(OpenMM)
 533 endif(GMX_OPENMM)
 534
 535
 536 if(GMX_GPU)
 537     if(GMX_DOUBLE)
 538         message(WARNING "GPU acceleration is not available in double precision, disabled!")
 539         set(GMX_GPU OFF CACHE BOOL "Enable GPU acceleration" FORCE)
 540     endif()
 541 endif(GMX_GPU)
 542
 543 if(GMX_GPU)
 544
 545     # We support CUDA >=v3.2 on *nix, but <= v4.1 doesn't work with MSVC
 546     if(MSVC)
 547         find_package(CUDA 4.1)
 548     else()
 549         find_package(CUDA 3.2)
 550     endif()
 551
 552     if (NOT EXISTS ${CUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR})
 553         message(FATAL_ERROR "
 554     mdrun supports native GPU acceleration on NVIDIA hardware with compute
 555     capability >=2.0. This requires the NVIDIA CUDA library, which was not
 556     found; the location can be hinted by setting CUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR.
 557
 558     CPU or GPU acceleration can be selected at runtime, but if you are
 559     sure you can not make use of GPU acceleration, disable it by setting
 560     the CMake variable GMX_GPU=OFF.")
 561     endif()
 562
 563     if(NOT GMX_OPENMP)
 564         message(WARNING "
 565     In order to use GPU acceleration efficiently, mdrun requires OpenMP multithreding.
 566     Without OpenMP only a single CPU core per GPU can be used which is suboptimal.
 567     Note that with MPI multiple processes can be forced to use a single GPU, but this
 568     typically inefficient.")
 569     endif()
 570
 571     include(gmxManageNvccConfig)
 572
 573     # Check whether we can use atomic operations needed for polling wait for GPU
 574     # (to avoid the cudaStreamSynchronize + ECC bug).
 575     # With thread-MPI testing atomics has already been carried out, but without
 576     # thread-MPI we need to invoke the atomics test independently.
 577     if (NOT GMX_THREAD_MPI)
 578         set(TEST_TMPI_ATOMICS_ONLY ON CACHE INTERNAL
 579             "Test only the atomic operations of thread-MPI.")
 580         include(ThreadMPI)
 581     endif()
 582
 583     # we need this linker flag in case if we have ld >= 2.22 (typically with gcc 4.5+),
 584     # but it's too cumbersome to check the ld version and the flag should not hurt
 585     if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC)
 586         set(GROMACS_LINKER_FLAGS "-Wl,--add-needed ${GROMACS_LINKER_FLAGS}")
 587     endif()
 588
 589     # annoyingly enough, FindCUDA leaves a few variables behind as non-advanced
 590     mark_as_advanced(CUDA_BUILD_CUBIN CUDA_BUILD_EMULATION CUDA_SDK_ROOT_DIR CUDA_VERBOSE_BUILD)
 591 endif()
 592
 593 if(APPLE)
 594    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 595    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 596 endif(APPLE)
 597
 598 if(CYGWIN)
 599     set(GMX_CYGWIN 1)
 600 endif(CYGWIN)
 601
 602 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 603     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 604 endif()
 605
 606 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 607 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 608     if(USE_VERSION_H)
 609         # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 610         # found or the version is too small, we can't generate version information.
 611         find_package(Git)
 612
 613         # Find out the git version
 614         if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 615           execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 616             OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 617             OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 618           string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 619           set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 620           mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 621         endif()
 622
 623         if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 624           message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 625           set(USE_VERSION_H OFF)
 626         endif()
 627     endif()
 628 else()
 629     set(USE_VERSION_H OFF)
 630 endif()
 631
 632 ########################################################################
 633 # Generate development version info for cache
 634 ########################################################################
 635 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 636 # include(gmxGenerateVersionString)
 637
 638 ########################################################################
 639 # Our own GROMACS tests
 640 ########################################################################
 641
 642 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 643 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 644 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/include)
 645 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 646
 647 include(gmxTestInlineASM)
 648 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 649
 650 include(gmxSetBuildInformation)
 651 gmx_set_build_information()
 652 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp")
 653     # The timestep counter headers do not include config.h
 654     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 655 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp")
 656
 657 include(gmxTestFloatFormat)
 658 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 659                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 660                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 661
 662 include(gmxTestLargeFiles)
 663 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 664 check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 665
 666 include(gmxTestSignal)
 667 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 668
 669 include(gmxTestInline)
 670 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 671
 672 include(gmxTestRestrict)
 673 gmx_test_inline(RESTRICT_KEYWORD)
 674
 675 include(gmxTestPipes)
 676 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 677
 678 include(gmxTestIsfinite)
 679 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 680 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 681 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 682
 683 include(gmxTestXDR)
 684 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 685 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 686     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 687     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 688 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 689
 690 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 691 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 692 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 693     # nothing to do
 694 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 695
 696     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" GROMACS_C_FLAGS)
 697     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG)
 698         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_C_FLAGS)
 699     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG)
 700
 701     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 702         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 703         if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG)
 704             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 705         endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG)
 706     endif()
 707
 708     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 709
 710     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 711     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 712
 713     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 714         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 715     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 716
 717     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 718     set(GMX_X86_SSE2 1)
 719     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 720       message(STATUS "Enabling SSE2 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 721     endif()
 722
 723 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 724
 725     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" GROMACS_C_FLAGS)
 726     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG)
 727         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" GROMACS_C_FLAGS)
 728     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG)
 729     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 730         message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or disable SSE4.1 for slightly lower performance.")
 731         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 732         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 733         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_C_FLAGS)
 734     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 735
 736     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 737         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" GROMACS_CXX_FLAG)
 738         if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG)
 739             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" GROMACS_CXX_FLAGS)
 740         endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG)
 741         if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 742             message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or disable SSE4.1 for slightly lower performance.")
 743             # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 744             # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 745             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 746         endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 747     endif()
 748
 749     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 750     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 751
 752     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 753         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 754     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 755
 756     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 757     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 758     set(GMX_X86_SSE2   1)
 759     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 760       message(STATUS "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 761     endif()
 762
 763 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 764
 765     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 766
 767     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" GROMACS_C_FLAGS)
 768     if (NOT GNU_AVX_CFLAG)
 769         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" GROMACS_C_FLAGS)
 770     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG)
 771     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 772         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or disable AVX for much lower performance.")
 773     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 774
 775     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 776         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" GROMACS_CXX_FLAGS)
 777         if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG)
 778             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" GROMACS_CXX_FLAGS)
 779         endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG)
 780         if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 781             message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or disable AVX for much lower performance.")
 782         endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 783     endif()
 784
 785     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 786     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 787
 788     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 789         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 790     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 791
 792     # AMD says we should include x86intrin.h for FMA support, but MSVC seems to do fine without it, so don't require it.
 793     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 794
 795     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 796     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 797     set(GMX_X86_SSE2   1)
 798
 799     # But just enable one of the choices internally...
 800     if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 801         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 802         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 803           message(STATUS "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add), and it will help compiler optimization.")
 804         endif()
 805     else()
 806         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 807         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 808         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 809           message(STATUS "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 810         endif()
 811     endif()
 812
 813 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 814
 815 #    Fortran is temporarily disabled while we push in nbNxN kernels.
 816 #    We need to fake it a bit here to avoid jenkins build errors!
 817 #    add_definitions(-DGMX_FORTRAN)
 818
 819 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 820 # GMX_ACCELERATION=BlueGene should be set in the Toolchain-BlueGene?-???.cmake file
 821     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 822       message(STATUS "Configuring for BlueGene")
 823     endif()
 824     set(GMX_BLUEGENE 1)
 825     if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 826         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 827         set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 828     endif (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 829     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 830     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 831     set(GMX_X11 OFF CACHE BOOL "X11 not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 832     set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL "Thread-MPI not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 833     set(GMX_MPI ON CACHE BOOL "Use MPI on BlueGene" FORCE)
 834 # Access to /etc/passwd is not available on the back end of BlueGene,
 835 # despite being detected by CMake. This can cause linker warnings
 836 # about harmless things in src/gmxlib/string2.h.
 837     set(HAVE_PWD_H OFF)
 838 # The automatic testing for endianness does not work for the BlueGene cross-compiler
 839     set(GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER 1 CACHE INTERNAL "BlueGene has big endian FP byte order (by default)" FORCE)
 840     set(GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER 1 CACHE INTERNAL "BlueGene has big endian FP word order (by default)" FORCE)
 841 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 842     set(GMX_POWER6 1)
 843     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on Power6" FORCE)
 844     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on Power6" FORCE)
 845 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 846     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, Fortran, BlueGene, Power6")
 847 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 848 set(ACCELERATION_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 849
 850 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 851     if (GMX_THREAD_MPI)
 852         message(FATAL_ERROR "FORTRAN/POWER6 is incompatible with thread-MPI and only provides a speed-up on certain IBM compilers. Disable FORTRAN (or threads if you really want to use FORTRAN kernels).")
 853     endif(GMX_THREAD_MPI)
 854     enable_language(Fortran)
 855     include(FortranCInterface)
 856     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 857     if(extra_under_score)
 858         set(extrasuffix "_")
 859     endif(extra_under_score)
 860     if(prefix)
 861       set(prefix "${prefix} ##")
 862     endif(prefix)
 863     if(suffix)
 864       set(suffix "## ${suffix}")
 865       if(extrasuffix)
 866         set(extrasuffix "${suffix}${extrasuffix}")
 867       endif(extrasuffix)
 868     else(suffix)
 869       if(extrasuffix)
 870         # Don't know if this is needed, but it can't hurt
 871         set(extrasuffix "## ${extrasuffix}")
 872       endif(extrasuffix)
 873     endif(suffix)
 874
 875     if(isupper)
 876         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} NAME ${suffix}")
 877         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} NAME ${extrasuffix}")
 878     else(isupper)
 879         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} name ${suffix}")
 880         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} name ${extrasuffix}")
 881     endif(isupper)
 882 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 883         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 884         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 885 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 886
 887 # Process QM/MM Settings
 888 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 889 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 890     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 891 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 892     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 893 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 894     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 895 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 896     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 897 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 898     # nothing to do
 899 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 900     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 901 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 902
 903 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 904 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 905 set(PKG_FFT "")
 906 set(PKG_FFT_LIBS "")
 907 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 908     if(GMX_DOUBLE)
 909         find_package(FFTW 3 COMPONENTS fftw)
 910     else(GMX_DOUBLE)
 911         find_package(FFTW 3 COMPONENTS fftwf)
 912     endif(GMX_DOUBLE)
 913     if(NOT FFTW_FOUND)
 914       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW3 (with correct precision - libfftw3f for single precision GROMACS or libfftw3 for double precision GROMACS). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 915     endif(NOT FFTW_FOUND)
 916     include_directories(${FFTW_INCLUDE_DIRS})
 917     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW_LIBRARIES})
 918     set(PKG_FFT "${FFTW_PKG}")
 919
 920     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 921
 922     if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE" AND NOT FFTW_HAVE_SSE)
 923       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SSE support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 924     endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE" AND NOT FFTW_HAVE_SSE)
 925
 926 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 927 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 928     find_package(MKL REQUIRED)
 929     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 930     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 931     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
 932
 933     set(GMX_FFT_MKL 1)
 934     set(HAVE_MKL 1)
 935
 936 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 937 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 938 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 939 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 940     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 941     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 942 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 943     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
 944 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 945
 946 # enable threaded fftw3 if we've found it
 947 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
 948     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
 949 endif()
 950
 951 set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 952 set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 953 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 954 if(NOT HAVE_MKL AND NOT ACCELERATE_FRAMEWORK)
 955   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 956     if (GMX_BLAS_USER)
 957         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
 958     else(GMX_BLAS_USER)
 959         set(BLAS_FIND_QUIETLY ON)
 960         find_package(BLAS)
 961         if (BLAS_FOUND)
 962           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
 963         else()
 964           MESSAGE(STATUS "Using internal BLAS library")
 965           set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in" FORCE)
 966         endif()
 967     endif(GMX_BLAS_USER)
 968   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 969   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 970     if (GMX_LAPACK_USER)
 971         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
 972     else(GMX_LAPACK_USER)
 973         set(LAPACK_FIND_QUIETLY ON)
 974         find_package(LAPACK)
 975         if (LAPACK_FOUND)
 976           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
 977         else()
 978           MESSAGE(STATUS "Using internal LAPACK library")
 979           set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in" FORCE)
 980         endif()
 981     endif(GMX_LAPACK_USER)
 982   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 983 endif()
 984 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 985 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 986
 987 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
 988
 989 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
 990   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
 991     # Native Windows does not have, nor need dlopen
 992     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
 993     include(gmxTestdlopen)
 994     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
 995   endif()
 996
 997   # so, should we use plug-ins?
 998   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
 999     if(NOT VMD_QUIETLY)
1000       MESSAGE(STATUS
1001           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
1002           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
1003           "formats).")
1004     endif()
1005     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
1006       find_package(VMD)
1007     endif()
1008     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
1009     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
1010     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
1011   else()
1012     set(PKG_DL_LIBS)
1013   endif()
1014 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
1015 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1016
1017 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
1018     if(NOT CMAKE_CROSSCOMPILING)
1019         option(GMX_BUILD_MANPAGES "Build man pages" ON)
1020     else()
1021         message(STATUS "Building the man pages is not available when "
1022             "cross-compiling the developer version from git")
1023     endif()
1024 else()
1025     #make sure source package contains all man pages
1026     if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/man/man1/ngmx.1")
1027         message(FATAL_ERROR "Man pages are missing from source package.")
1028     endif()
1029 endif()
1030 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANPAGES)
1031
1032 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1033 if(HAVE_LIBM)
1034     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1035 endif(HAVE_LIBM)
1036
1037 if(GMX_FAHCORE)
1038   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1039       "Path to swindirect.h")
1040   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1041 endif(GMX_FAHCORE)
1042
1043 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1044 # these are set after everything else
1045 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
1046     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
1047         FORCE)
1048     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
1049         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
1050     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1051         set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
1052             "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
1053     endif()
1054     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
1055         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
1056         CACHE STRING "Linker flags for creating executables" FORCE)
1057     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS
1058         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}"
1059         CACHE STRING "Linker flags for creating shared libraries" FORCE)
1060 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
1061
1062 if(NOT GMX_OPENMP)
1063     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
1064     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
1065     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
1066     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
1067     unset(OpenMP_LINKER_FLAGS CACHE)
1068     unset(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
1069 endif()
1070 ######################################
1071 # Output compiler and CFLAGS used
1072 ######################################
1073 execute_process(COMMAND ${CMAKE_C_COMPILER} --version RESULT_VARIABLE TMP_RESULT OUTPUT_VARIABLE CC_VERSION ERROR_VARIABLE CC_VERSION)
1074 #try executing just the compiler command if that failed...
1075 if(TMP_RESULT)
1076     execute_process(COMMAND ${CMAKE_C_COMPILER} RESULT_VARIABLE TMP_RESULT OUTPUT_VARIABLE CC_VERSION ERROR_VARIABLE CC_VERSION)
1077 endif()
1078 string(LENGTH "${CC_VERSION}" len)
1079 if(len)
1080     string(REGEX MATCH "[^\n]*" CC_VERSION "${CC_VERSION}")
1081 endif()
1082
1083 set(BUILD_COMPILER "@CMAKE_C_COMPILER@ @CMAKE_C_COMPILER_ID@ @CC_VERSION@")
1084 set(BUILD_CFLAGS "@CMAKE_C_FLAGS@")
1085 if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "Debug")
1086     set(BUILD_CFLAGS "@BUILD_CFLAGS@ @CMAKE_C_FLAGS_DEBUG@")
1087 elseif(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "Release")
1088     set(BUILD_CFLAGS "@BUILD_CFLAGS@ @CMAKE_C_FLAGS_RELEASE@")
1089 elseif(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "MinSizeRel")
1090     set(BUILD_CFLAGS "@BUILD_CFLAGS@ @CMAKE_C_FLAGS_MINSIZEREL@")
1091 elseif(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "RelWithDebInfo")
1092     set(BUILD_CFLAGS "@BUILD_CFLAGS@ @CMAKE_C_FLAGS_RELWITHDEBINFO@")
1093 endif()
1094
1095
1096 ########################################################################
1097 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
1098 ########################################################################
1099 if (GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
1100     set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
1101     mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
1102 else()
1103     set(GMX_INSTALL_PREFIX "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/")
1104 endif()
1105
1106 if ( NOT DEFINED GMXLIB )
1107     set(GMXLIB lib)
1108 endif()
1109 set(LIB_INSTALL_DIR "${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMXLIB}")
1110 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1111 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/gromacs)
1112 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1113 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1114
1115 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1116
1117 ##################################################################
1118 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
1119 ##################################################################
1120 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1121     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1122     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1123     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1124     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1125 endif()
1126
1127 add_subdirectory(share)
1128 add_subdirectory(include)
1129 add_subdirectory(src)
1130 add_subdirectory(scripts)
1131
1132 #######################
1133 ## uninstall target
1134 #######################
1135     CONFIGURE_FILE(
1136                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1137                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1138                    IMMEDIATE @ONLY)
1139 ###########################
1140 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1141                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1142                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1143 ###########################
1144
1145
1146 ########################################################################
1147 # Tests                                                                #
1148 ########################################################################
1149
1150 include(CTest)
1151 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
1152 IF(BUILD_TESTING)
1153         enable_testing()
1154         add_subdirectory(tests)
1155 ENDIF()
1156