CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
   2 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
   3 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
   4
   5 # CMake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
   6 # This needs to be set before project() in order to pick up toolchain files
   7 list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/Platform)
   8
   9 project(Gromacs)
  10 include(Dart)
  11 mark_as_advanced(DART_ROOT)
  12
  13 set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  14 set(CMAKE_ARCHIVE_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  15 set(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin)
  16
  17 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  18 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  19 #
  20 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  21 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  22 # machine with no git.
  23 #
  24 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  25 set(PROJECT_VERSION "5.0-dev")
  26 # The version number of the regressiontest tarball against which this
  27 # git branch can be tested. Normally, this will be the version of the
  28 # last patch release. Comment the next line out for branches leading
  29 # to a major/minor release.
  30 set(REGRESSIONTEST_VERSION "4.6.2")
  31 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  32     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  33 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  34 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  35     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  36 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  37 set(SOVERSION 8)
  38 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  39 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "5")
  40 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "0")
  41 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  42
  43 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  44 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  45 math(EXPR NUM_VERSION
  46     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  47 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  48     math(EXPR NUM_VERSION
  49          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  50 endif()
  51
  52 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  53 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  54 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  55 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  56 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  57 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  58
  59 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  60     set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  61 endif()
  62
  63 set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
  64 mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
  65
  66 include(gmxBuildTypeReference)
  67
  68 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  69     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference." FORCE)
  70 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  71
  72 enable_language(C)
  73 enable_language(CXX)
  74
  75 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
  76 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  77 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  78 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  79 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  80 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/COPYING")
  81 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  82 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES "\\\\.isreposource$;\\\\.git/;\\\\.gitignore$")
  83 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
  84 SET(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/man;man")
  85 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
  86
  87 #must come after all cpack settings!
  88 include(CPack)
  89
  90 set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY OFF)
  91 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
  92     set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY ON)
  93 endif()
  94
  95 ########################################################################
  96 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
  97 ########################################################################
  98 if(CMAKE_HOST_UNIX)
  99     execute_process(COMMAND hostname
 100                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
 101                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 102     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
 103         message(WARNING "
 104             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 105             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 106             recommended to regenerate the cache!")
 107     endif()
 108     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 109             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 110 endif()
 111
 112 ########################################################################
 113 option(GMX_COOL_QUOTES "Enable Gromacs cool quotes" ON)
 114 mark_as_advanced(GMX_COOL_QUOTES)
 115
 116 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 117 # User input options                                                   #
 118 ########################################################################
 119 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 120 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 121 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 122 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 123 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 124 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 125 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 126
 127 # decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection
 128 include(gmxManageGPU)
 129
 130 # TODO: move OpenMM to contrib
 131 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
 132 mark_as_advanced(GMX_OPENMM)
 133
 134 include(gmxDetectAcceleration)
 135 if(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 136     if(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 137         if("${CMAKE_SYSTEM_NAME}" MATCHES "BlueGeneQ")
 138             set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "IBM_QPX")
 139         else()
 140             set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "None")
 141         endif()
 142     else(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 143         gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION)
 144     endif(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 145 endif(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 146
 147 set(GMX_CPU_ACCELERATION "@GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION@"
 148     CACHE STRING "Accelerated CPU kernels. Pick one of: None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, IBM_QPX, Sparc64_HPC_ACE")
 149
 150 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
 151     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
 152 option(GMX_BUILD_OWN_FFTW "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack." OFF)
 153 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 154 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 155        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
 156 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 157 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
 158     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
 159 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 160 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 161 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 162 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 163 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 164 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 165
 166 option(GMX_GPU  "Enable GPU acceleration" ON)
 167 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 168
 169 option(GMX_GIT_VERSION_INFO "Generate git version information" ${SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY})
 170 mark_as_advanced(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 171
 172 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
 173 if(UNIX)
 174     option(GMX_SYMLINK_OLD_BINARY_NAMES "Create symbolic links for pre-5.0 binary names" ON)
 175 endif()
 176
 177 if(UNIX)
 178     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static archives (not available on non-*nix platforms and it will only work if static versions of external dependencies are available and found)!" OFF)
 179     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 180 endif()
 181
 182 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 183 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 184
 185 option(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS "Don't automatically add suggested/required Compiler flags." OFF)
 186 mark_as_advanced(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
 187
 188 ######################################################################
 189 # Compiler tests
 190 # These need to be done early (before further tests).
 191 #####################################################################
 192
 193 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
 194 # are used with permission from CMake v2.8.9 so that GROMACS can detect
 195 # invalid options with the Intel Compilers.
 196 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
 197 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
 198 include(CheckCCompilerFlag)
 199 include(CheckCXXCompilerFlag)
 200
 201 # Get compiler version information, needs to be done early as check that depend
 202 # on compiler verison follow below.
 203 include(gmxGetCompilerInfo)
 204 get_compiler_version()
 205
 206 # First exclude compilers known to not work with OpenMP although claim to support it:
 207 # gcc 4.2.1 and gcc-llvm 4.2.1 (also claims to be 4.2.1) on Mac OS X
 208 # This fixes redmine 900 and needs to run before OpenMP flags are set below.
 209 if (CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin" AND
 210     (CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND C_COMPILER_VERSION AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 4.3))
 211     message(STATUS "OpenMP multithreading not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled")
 212     set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 213         "OpenMP multithreading not not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled!" FORCE)
 214 endif()
 215
 216 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 217 if(GMX_OPENMP)
 218     find_package(OpenMP)
 219     if(OPENMP_FOUND)
 220         # CMake on Windows doesn't support linker flags passed to target_link_libraries
 221         # (i.e. it treats /openmp as \openmp library file). Also, no OpenMP linker flags are needed.
 222         if(NOT (WIN32 AND NOT CYGWIN))
 223             if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND GMX_PREFER_STATIC_OPENMP AND NOT APPLE)
 224                 set(OpenMP_LINKER_FLAGS "-Wl,-static -lgomp -lrt -Wl,-Bdynamic -lpthread")
 225                 set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "")
 226             else()
 227                 # Only set a linker flag if the user didn't set them manually
 228                 if(NOT DEFINED OpenMP_LINKER_FLAGS)
 229                     set(OpenMP_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 230                 endif()
 231                 if(NOT DEFINED OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
 232                     set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 233                 endif()
 234             endif()
 235         endif()
 236     else(OPENMP_FOUND)
 237         message(WARNING
 238                 "The compiler you are using does not support OpenMP parallelism. This might hurt your performance a lot, in particular with GPUs. Try using a more recent version, or a different compiler. For now, we are proceeding by turning off OpenMP.")
 239         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Whether GROMACS will use OpenMP parallelism." FORCE)
 240     endif(OPENMP_FOUND)
 241 endif()
 242
 243
 244 include(gmxCFlags)
 245 gmx_c_flags()
 246
 247 # This variable should be used for additional compiler flags which are not
 248 # generated in gmxCFlags nor are acceleration or MPI related.
 249 set(EXTRA_C_FLAGS "")
 250 set(EXTRA_CXX_FLAGS "")
 251
 252 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 253 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 254 # on the affected files.
 255 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 256 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 257
 258 # clang 3.0 is buggy for some unknown reason detected during adding
 259 # the SSE2 group kernels for GROMACS 4.6. If we ever work out what
 260 # that is, we should replace these tests with a compiler feature test,
 261 # update GROMACS Redmine task #1039 and perhaps report a clang bug.
 262 #
 263 # In the meantime, until we require CMake 2.8.10 we cannot rely on it to detect
 264 # the compiler version for us. So we need a manual check for clang 3.0.
 265 include(gmxDetectClang30)
 266 gmx_detect_clang_3_0(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 267 if(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 268     message(FATAL_ERROR "Your compiler is clang version 3.0, which is known to be buggy for GROMACS. Use a different compiler.")
 269 endif()
 270
 271 # clang <=3.2 contains a bug that causes incorrect code to be generated for the
 272 # vfmaddps instruction and therefore the bug is triggered with AVX_128_FMA.
 273 # (see: http://llvm.org/bugs/show_bug.cgi?id=15040).
 274 # We can work around this by not using the integrated assembler (except on OS X
 275 # which has an outdated assembler that does not support AVX instructions).
 276 if (${CMAKE_C_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 277     set(GMX_USE_CLANG_C_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 278 endif()
 279 if (${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 280     set(GMX_USE_CLANG_CXX_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 281 endif()
 282
 283 if (CMAKE_C_COMPILER_ID STREQUAL "PGI")
 284     message(WARNING "All tested PGI compiler versions (up to 12.9.0) generate binaries which produce incorrect results, or even fail to compile Gromacs. Highly recommended to use a different compiler. If you choose to use PGI, make sure to run the regressiontests.")
 285 endif()
 286
 287 if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "12.0.0")
 288     message(WARNING "Intel compilers before 12.0.0 are not routinely tested, so there may be problems. Version 11.1 with SSE4.1 is known to produce incorrect results. It is highly recommended to use a more up-to-date compiler. If you choose to use this version, make sure you run the regressiontests.")
 289 endif()
 290
 291 ########################################################################
 292 # Set up binary and library suffixing
 293 ########################################################################
 294 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 295 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
 296   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 297 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 298   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
 299   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
 300   if (GMX_MPI)
 301     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
 302     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
 303   endif(GMX_MPI)
 304   if (GMX_DOUBLE)
 305     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
 306     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
 307   endif(GMX_DOUBLE)
 308   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 309   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 310     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 311     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 312   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 313 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 314   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 315   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 316     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 317     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 318   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 319 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 320 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 321
 322 set(PKG_CFLAGS "")
 323 if(GMX_DOUBLE)
 324     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 325 endif(GMX_DOUBLE)
 326 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 327   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 328 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 329
 330
 331
 332 ########################################################################
 333 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 334 ########################################################################
 335 include(CheckIncludeFiles)
 336 include(CheckIncludeFileCXX)
 337 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 338 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 339 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 340 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 341 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 342 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 343 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 344
 345 check_include_files(regex.h      HAVE_POSIX_REGEX)
 346 check_include_file_cxx(regex     HAVE_CXX11_REGEX)
 347 # TODO: It could be nice to inform the user if no regex support is found,
 348 # as selections won't be fully functional.
 349
 350 include(CheckFunctionExists)
 351 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 352 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 353 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 354 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 355 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 356 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 357 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 358 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 359 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 360 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 361 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 362 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 363 check_function_exists(sched_getaffinity HAVE_SCHED_GETAFFINITY)
 364 check_function_exists(rsqrt             HAVE_RSQRT)
 365 check_function_exists(rsqrtf            HAVE_RSQRTF)
 366 check_function_exists(sqrtf             HAVE_SQRTF)
 367
 368 include(CheckLibraryExists)
 369 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 370
 371
 372 include(CheckTypeSize)
 373
 374 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 375 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 376 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 377 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 378 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 379
 380 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 381     set(GMX_64_BIT TRUE)
 382 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 383     set(GMX_64_BIT FALSE)
 384 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 385
 386 include(TestBigEndian)
 387 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 388
 389
 390 if(APPLE OR CYGWIN OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux|.*BSD")
 391     # Maybe Solaris should be here? Patch this if you know!
 392     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 393 elseif(WIN32 OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "BlueGene")
 394     # Support for shared libs on native Windows is a bit new. Its
 395     # default might change later if/when we sort things out. Also,
 396     # Cray should go here. What variable value can detect it?
 397     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 398 else()
 399     message(STATUS "Defaulting to building static libraries")
 400     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 401 endif()
 402
 403 # Management of GROMACS options for specific toolchains should go
 404 # here. Because the initial settings for some of the main options have
 405 # already happened, but things like library detection and MPI compiler
 406 # feature detection have not, the docstrings for any over-rides of
 407 # GROMACS defaults or user settings will make sense. Also, any
 408 # toolchain-related reasons for choosing whether to detect various
 409 # things can be sorted out now, before the detection takes place.
 410 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES BlueGene)
 411     include(gmxManageBlueGene)
 412 endif()
 413
 414 if(UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS AND SHARED_LIBS_DEFAULT)
 415     if(BUILD_SHARED_LIBS)
 416         # Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 417         message(WARNING "Searching for static libraries requested, and building shared Gromacs libraries requested. This might cause problems linking later.")
 418     elseif(NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS)
 419         # Change default to OFF. Don't warn if it's already off.
 420         message(WARNING "Searching for static libraries requested, so the GROMACS libraries will also be built statically (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 421         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 422     endif()
 423 endif()
 424
 425 # By now, all tool chains should have spoken up if they care about
 426 # the setting of SHARED_LIBS_DEFAULT.
 427 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic e.g. with MPI, or on some HPC systems)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 428
 429 ########################################################################
 430 #Process MPI settings
 431 ########################################################################
 432 include(gmxManageMPI)
 433
 434 ########################################################################
 435 # Find external packages                                               #
 436 ########################################################################
 437 if(UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 438     # On Linux .a is the static library suffix, on Mac OS X .lib can also
 439     # be used, so we'll add both to the preference list.
 440     SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES ".lib;.a" ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 441 endif()
 442
 443 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 444   # This makes windows.h not declare min/max as macros that would break
 445   # C++ code using std::min/std::max.
 446   add_definitions(-DNOMINMAX)
 447
 448   if (NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 449       option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" ON)
 450       if(NOT GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 451           message(WARNING "Shared system libraries requested, and static Gromacs libraries requested.")
 452       endif()
 453   else()
 454       message(FATAL_ERROR "BUILD_SHARED_LIBS not yet working for Windows in the master branch")
 455       option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" OFF)
 456       if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 457           #this combination segfaults (illigal passing of file handles)
 458           message(FATAL_ERROR "Static system libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 459       endif()
 460       add_definitions(-DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY)
 461       set(PKG_CFLAGS "$PKG_CFLAGS -DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY")
 462   endif()
 463   mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 464
 465   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 466       #Only setting Debug and Release flags. Others configurations are current not used.
 467       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 468       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 469       if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 470           STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 471           STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 472       endif()
 473   ENDIF()
 474   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 475     if(BUILD_SHARED_LIBS) #not sure why incremental building with shared libs doesn't work
 476         STRING(REPLACE "/INCREMENTAL:YES" "" CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS})
 477     endif()
 478   ENDIF()
 479 ENDIF()
 480
 481 # Unconditionally find the package, as it is also required for unit tests
 482 find_package(LibXml2)
 483 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files (currently has no effect)" ${LIBXML2_FOUND})
 484 set(PKG_XML "")
 485 mark_as_advanced(GMX_XML)
 486 # Don't actually do anything, since libxml2 is currently not used by libgromacs
 487 #if(GMX_XML AND NOT LIBXML2_FOUND)
 488 #    message(FATAL_ERROR "libxml2 not found. Set GMX_XML=OFF to compile without XML support")
 489 #endif()
 490 #if(GMX_XML)
 491 #    include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 492 #    set(PKG_XML libxml-2.0)
 493 #    set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 494 #endif(GMX_XML)
 495
 496 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 497 if (GMX_GSL)
 498   find_package(GSL)
 499   set(PKG_GSL "")
 500   if(GSL_FOUND)
 501     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 502     set(PKG_GSL gsl)
 503     set(HAVE_LIBGSL 1)
 504   endif(GSL_FOUND)
 505 endif (GMX_GSL)
 506
 507 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 508 if (GMX_X11)
 509     find_package(X11)
 510     # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 511     if(NOT X11_FOUND)
 512         message(WARNING "X11 include files and/or libraries were not found. Will not build the GROMACS X11-binaries, such as ngmx")
 513     endif()
 514 endif(GMX_X11)
 515
 516 include(ThreadMPI)
 517 set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 518 # Enable core threading facilities
 519 tmpi_enable_core("${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders")
 520 # Enable tMPI C++ support
 521 tmpi_enable_cxx()
 522 if(GMX_THREAD_MPI)
 523     # enable MPI functions
 524     tmpi_enable()
 525     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 526     set(GMX_MPI 1)
 527 endif(GMX_THREAD_MPI)
 528 tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC)
 529
 530 if(GMX_GPU)
 531     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 532     gmx_gpu_setup()
 533 endif(GMX_GPU)
 534
 535 if(APPLE)
 536    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 537    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 538 endif(APPLE)
 539
 540 if(CYGWIN)
 541     set(GMX_CYGWIN 1)
 542 endif(CYGWIN)
 543
 544 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 545     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 546 endif()
 547
 548 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 549 if(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 550     if (NOT SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY)
 551         message(FATAL_ERROR
 552             "Cannot generate git version information from source tree not under git. "
 553             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 554     endif ()
 555     # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 556     # found or the version is too small, we can't generate version information.
 557     find_package(Git)
 558
 559     # Find out the git version
 560     if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 561       execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 562         OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 563         OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 564       string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 565       set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 566       mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 567     endif()
 568
 569     if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 570         message(FATAL_ERROR
 571             "No compatible git version found (>= 1.5.3 required). "
 572             "Won't be able to generate development version information. "
 573             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 574     endif()
 575 endif()
 576
 577 # Detect boost unless GMX_EXTERNAL_BOOST is explicitly OFF
 578 # Used for default if GMX_EXTERNAL_BOOST is not defined (first CMake pass)
 579 if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST OR GMX_EXTERNAL_BOOST)
 580     find_package(Boost 1.44.0)
 581     if(Boost_FOUND AND Boost_VERSION VERSION_LESS "104400")
 582         set(Boost_FOUND FALSE)
 583     endif()
 584     # Print the notification only on first run, when determining the default
 585     if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 586         message("Boost >= 1.44 not found. Using minimal internal version. "
 587                 "This may cause trouble if you plan on compiling/linking other "
 588                 "software that uses Boost against Gromacs.")
 589     endif()
 590 endif()
 591 option(GMX_EXTERNAL_BOOST "Use external Boost instead of minimal built-in version"
 592        ${Boost_FOUND})
 593 if(GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 594     message(FATAL_ERROR
 595         "Boost >= 1.44 not found. "
 596         "You can set GMX_EXTERNAL_BOOST=OFF to compile against minimal "
 597         "version of Boost included with Gromacs.")
 598 endif()
 599
 600 option(GMX_BUILD_UNITTESTS "Build unit tests with BUILD_TESTING (uses Google C++ Testing and Mocking Frameworks, requires libxml2)" ${LIBXML2_FOUND})
 601 mark_as_advanced(GMX_BUILD_UNITTESTS)
 602 if (GMX_BUILD_UNITTESTS AND NOT LIBXML2_FOUND)
 603     message(FATAL_ERROR
 604         "Cannot build unit tests without libxml2. "
 605         "Either set GMX_BUILD_UNITTESTS=OFF or tell CMake how to find libxml2.")
 606 endif()
 607 set(MEMORYCHECK_SUPPRESSIONS_FILE ${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/legacy_and_external.supp)
 608
 609 ########################################################################
 610 # Generate development version info for cache
 611 ########################################################################
 612 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 613 # include(gmxGenerateVersionString)
 614
 615 ########################################################################
 616 # Our own GROMACS tests
 617 ########################################################################
 618
 619 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 620 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src)
 621 # Required for config.h, maybe should only be set in src/CMakeLists.txt
 622 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 623 # Required for gmx_header_config_gen.h to be found before installation
 624 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src/gromacs/utility)
 625 # Required for now to make old code compile
 626 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders)
 627
 628 include(gmxTestInlineASM)
 629 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 630
 631 include(gmxSetBuildInformation)
 632 gmx_set_build_information()
 633 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 634     # The timestep counter headers do not include config.h
 635     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 636 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 637
 638 include(gmxTestFloatFormat)
 639 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 640                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 641                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 642
 643 include(gmxTestLargeFiles)
 644 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 645
 646 include(gmxTestSignal)
 647 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 648
 649 include(gmxTestInline)
 650 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 651
 652 include(gmxTestRestrict)
 653 gmx_test_restrict(RESTRICT_KEYWORD)
 654
 655 include(gmxTestPipes)
 656 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 657
 658 include(gmxTestIsfinite)
 659 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 660 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 661 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 662
 663 include(gmxTestCXX11)
 664 gmx_test_cxx11(GMX_CXX11 GMX_CXX11_FLAGS)
 665 if(CXX11_FLAG AND GMX_GPU)
 666     #FIXME: add proper solution for progate all but cxx11 flag
 667     set(CUDA_PROPAGATE_HOST_FLAGS no)
 668     message(WARNING "Please manually add compiler flags to CUDA_NVCC_FLAGS. Automatic propogation temporary not working.")
 669 endif()
 670
 671 include(gmxTestXDR)
 672 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 673 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 674     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 675     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 676 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 677
 678 # include avx test source, used if the AVX flags are set below
 679 include(gmxTestAVXMaskload)
 680
 681 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 682 #
 683 # Note that for the backward-compatible x86 SIMD architectures, the
 684 # GMX_CPU_ACCELERATION determines the maximum level of the instruction
 685 # set used (e.g. GMX_CPU_ACCLERATION=SSE4.1 implies
 686 # SSE2). Accordingly, there are a set of CMake variables
 687 # GMX_<arch>_<feature-set> that are exported to the C code to specify
 688 # CPU features that should be used. This means that the logic for
 689 # requiring such backward compatibility is all located here.
 690 string(TOUPPER ${GMX_CPU_ACCELERATION} GMX_CPU_ACCELERATION)
 691 if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 692     # nothing to do
 693 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 694
 695     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 696     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 697         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 698     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 699
 700     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 701     if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 702         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 703     endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 704
 705     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 706
 707     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 708     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 709
 710     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 711         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 712     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 713
 714     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE2 1)
 715     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 716     set(GMX_X86_SSE2 1)
 717     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 718       message(STATUS "Enabling SSE2 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 719     endif()
 720
 721 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 722
 723     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 724     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 725         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 726     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 727     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 728         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 729         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead first.
 730         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 731             GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 732             message(WARNING "Neither SSE4.1 or SSE2 seems to be supported by your Windows compiler. Something is likely broken.")
 733         else()
 734             message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance")
 735         endif()
 736     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 737
 738     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 739     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 740         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 741     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 742     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 743         message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance.")
 744         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 745         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 746         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 747             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 748         endif()
 749     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 750
 751     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 752     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 753
 754     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 755         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 756     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 757
 758     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE4_1 1)
 759     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 760     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 761     set(GMX_X86_SSE2   1)
 762     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 763       message(STATUS "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 764     endif()
 765
 766     if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_EQUAL "11.1")
 767         message(FATAL_ERROR "You are using Intel compiler version 11.1, and that compiler is known to produce incorrect results with SSE4.1 acceleration. You need to use another compiler (e.g. icc 12 or newer) or different acceleration (probably slower simulations).")
 768     endif()
 769 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 770
 771     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 772
 773     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" ACCELERATION_C_FLAGS)
 774     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 775         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_C_FLAGS)
 776     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 777     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 778         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 779     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 780
 781     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 782     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 783         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 784     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 785     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 786        message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 787     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 788
 789     # Set the FMA4 flags (MSVC doesn't require any)
 790     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" AND NOT MSVC)
 791         GMX_TEST_CFLAG(GNU_FMA_CFLAG "-mfma4" ACCELERATION_C_FLAGS)
 792         if (NOT GNU_FMA_CFLAG)
 793             message(WARNING "No C FMA4 flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 794         endif(NOT GNU_FMA_CFLAG)
 795         GMX_TEST_CFLAG(GNU_XOP_CFLAG "-mxop" ACCELERATION_C_FLAGS)
 796         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 797         if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 798             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_FMA_CXXFLAG "-mfma4" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 799             if (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 800                 message(WARNING "No C++ FMA flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 801             endif (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 802             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_XOP_CXXFLAG "-mxop" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 803             # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 804         endif()
 805     endif()
 806
 807     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 808     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 809
 810     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 811         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 812     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 813
 814     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 815         try_compile(TEST_AVX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 816             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestAVX.c"
 817             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 818         if(NOT TEST_AVX)
 819             message(FATAL_ERROR "Cannot compile AVX intrinsics. Consider switching compiler.")
 820         endif()
 821     endif()
 822
 823     # GCC requires x86intrin.h for FMA support. MSVC 2010 requires intrin.h for FMA support.
 824     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 825     check_include_file(intrin.h HAVE_INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 826
 827     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 828     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 829     set(GMX_X86_SSE2   1)
 830
 831     # But just enable one of the choices internally...
 832     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 833         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_128_FMA 1)
 834         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 835         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 836           message(STATUS "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add), and it will help compiler optimization.")
 837         endif()
 838
 839         # We don't have the full compiler version string yet (BUILD_C_COMPILER),
 840         # so we can't distinguish vanilla and Apple clang, but catering for AMD
 841         # hackintoshes is not worth the effort.
 842         if (APPLE AND (${CMAKE_C_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang" OR
 843                     ${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang"))
 844             message(WARNING "Due to a known compiler bug, Clang up to version 3.2 (and Apple Clang up to version 4.1) produces incorrect code with AVX_128_FMA acceleration. As we can not work around this bug on OS X, you will have to select a different compiler or CPU acceleration.")
 845         endif()
 846
 847         if (GMX_USE_CLANG_C_FMA_BUG_WORKAROUND)
 848             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 849             message(STATUS "Clang ${C_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 850             set(EXTRA_C_FLAGS "${EXTRA_C_FLAGS} -no-integrated-as")
 851         endif()
 852         if (GMX_USE_CLANG_CXX_FMA_BUG_WORKAROUND)
 853             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 854             message(STATUS "Clang ${CXX_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 855             set(EXTRA_CXX_FLAGS "${EXTRA_CXX_FLAGS} -no-integrated-as")
 856         endif()
 857
 858     else()
 859         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 860         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_256 1)
 861         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 862         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 863           message(STATUS "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 864         endif()
 865     endif()
 866
 867     # Unfortunately gcc-4.5.2 and gcc-4.6.0 has a bug where they use the wrong datatype for the formal
 868     # parameter of the mask for maskload/maskstore arguments. Check if this is present, since we can work around it.
 869     gmx_test_avx_gcc_maskload_bug(${ACCELERATION_C_FLAGS} GMX_X86_AVX_GCC_MASKLOAD_BUG)
 870
 871 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "IBM_QPX")
 872     # Used on BlueGene/Q
 873     if (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "XL")
 874         GMX_TEST_CFLAG(XLC_BLUEGENEQ_CFLAG "-qarch=qp -qtune=qp" ACCELERATION_C_FLAGS)
 875         try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 876             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestQPX.c"
 877             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 878         if(NOT TEST_QPX)
 879             message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics.")
 880         endif()
 881     endif()
 882     if (CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "XL" AND CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 883         GMX_TEST_CXXFLAG(XLC_BLUEGENEQ_CXXFLAG "-qarch=qp -qtune=qp" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 884         try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 885             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestQPX.c"
 886             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS}")
 887         if(NOT TEST_QPX)
 888             message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics.")
 889         endif()
 890     endif()
 891
 892     if (TEST_QPX)
 893         message(WARNING "IBM QPX acceleration was selected and could be compiled, but the accelerated kernels are not yet available.")
 894         set(GMX_CPU_ACCELERATION_IBM_QPX 1)
 895     else()
 896         message(FATAL_ERROR "Cannot compile IBM QPX intrinsics without the XL compiler. If you are compiling for BlueGene/Q, use 'cmake .. -DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=BlueGeneQ-static-XL-C' to set up the tool chain.")
 897     endif()
 898 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SPARC64_HPC_ACE")
 899     set(GMX_CPU_ACCELERATION_SPARC64_HPC_ACE 1)
 900 else(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 901     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_CPU_ACCELERATION}. Pick one of None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, IBM_QPX, Sparc64_HPC_ACE")
 902 endif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 903 set(ACCELERATION_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 904
 905 # Process QM/MM Settings
 906 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} GMX_QMMM_PROGRAM)
 907 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 908     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 909 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 910     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 911 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 912     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 913 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 914     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 915 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 916     # nothing to do
 917 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 918     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 919 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 920
 921 # Process FFT library settings
 922 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
 923 set(PKG_FFT "")
 924 set(PKG_FFT_LIBS "")
 925 set(MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION "Use full paths to library files, in the right order, and separated by semicolons.")
 926 set(MKL_LIBRARIES "" CACHE STRING "List of libraries for linking to MKL. Only used with GMX_FFT_LIBRARY=mkl. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
 927 set(MKL_INCLUDE_DIR "" CACHE PATH "Path to mkl.h (non-inclusive). Only used with GMX_FFT_LIBRARY=mkl.")
 928 mark_as_advanced(FORCE MKL_LIBRARIES)
 929 mark_as_advanced(FORCE MKL_INCLUDE_DIR)
 930 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 931     if(GMX_DOUBLE)
 932         set(FFTW fftw)
 933     else()
 934         set(FFTW fftwf)
 935     endif()
 936
 937     if(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 938       add_subdirectory(src/contrib/fftw)
 939     else()
 940       find_package(FFTW COMPONENTS ${FFTW})
 941     endif()
 942
 943     string(TOUPPER "${FFTW}" FFTW)
 944     set(PKG_FFT "${${FFTW}_PKG}")
 945     include_directories(${${FFTW}_INCLUDE_DIRS})
 946     set(FFT_LIBRARIES ${${FFTW}_LIBRARIES})
 947     if(NOT ${FFTW}_FOUND)
 948       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for single-precision GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS). Either choose the right precision, choose another FFT(W) library, enable the advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you, or use the really slow GROMACS built-in fftpack library.")
 949     endif()
 950
 951     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 952
 953     if ((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND NOT ${FFTW}_HAVE_SIMD)
 954       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SIMD support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 955     endif()
 956
 957     if((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND ${FFTW}_HAVE_AVX)
 958         # If we're not doing CPU acceleration, we don't care about FFTW performance on x86 either
 959         message(WARNING "The FFTW library was compiled with --enable-avx to enable AVX SIMD instructions. That might sound like a good idea for your processor, but for FFTW versions up to 3.3.3, these are slower than the SSE/SSE2 SIMD instructions for the way GROMACS uses FFTs. Limitations in the way FFTW allows GROMACS to measure performance make it awkward for either GROMACS or FFTW to make the decision for you based on runtime performance. You should compile a different FFTW library with --enable-sse or --enable-sse2. If you have a more recent FFTW, you may like to compare the performance of GROMACS with FFTW libraries compiled with and without --enable-avx. However, the GROMACS developers do not really expect the FFTW AVX optimization to help, because the performance is limited by memory access, not computation.")
 960     endif()
 961
 962     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
 963         MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - FFTW3")
 964     endif()
 965 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 966     # Intel 11 and up makes life somewhat easy if you just want to use
 967     # all their stuff. It's not easy if you only want some of their
 968     # stuff...
 969     if (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_GREATER "11")
 970         # The next line takes care of everything for MKL
 971         if (WIN32)
 972             set(FFT_LINKER_FLAGS "/Qmkl=sequential")
 973         else()
 974             set(FFT_LINKER_FLAGS "-mkl=sequential")
 975         endif()
 976         set(MKL_ERROR_MESSAGE "Make sure you have configured your compiler so that ${FFT_LINKER_FLAGS} will work.")
 977     else()
 978         # The user will have to provide the set of magic libraries in
 979         # MKL_LIBRARIES, which we cache (non-advanced), so that they
 980         # don't have to keep specifying it, and can easily see that
 981         # CMake is still using that information.
 982         set(MKL_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}" CACHE STRING "User-specified libraries for linking to MKL")
 983         mark_as_advanced(CLEAR MKL_LIBRARIES)
 984         include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 985         mark_as_advanced(CLEAR MKL_INCLUDE_DIR)
 986         set(FFT_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}")
 987         set(MKL_ERROR_MESSAGE "The include path to mkl.h in MKL_INCLUDE_DIR, and the link libraries in MKL_LIBRARIES=${MKL_LIBRARIES} need to match what the MKL documentation says you need for your system. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
 988         # Convert the semi-colon separated list to a list of
 989         # command-line linker arguments so that code using our
 990         # pkgconfig setup can use it.
 991         string(REGEX REPLACE ";" " " PKG_FFT_LIBS "${MKL_LIBRARIES}")
 992     endif()
 993
 994     # Check MKL works. If we were in a non-global scope, we wouldn't
 995     # have to play nicely.
 996     set(old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
 997     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS}")
 998     set(old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
 999     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${FFT_LIBRARIES}")
1000
1001     check_function_exists(DftiCreateDescriptor TEST_MKL)
1002
1003     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
1004     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
1005
1006     if(NOT TEST_MKL)
1007         # Hack to help the user vary MKL settings until they work.
1008         # TODO Make this logic more useful.
1009         unset(TEST_MKL CACHE)
1010         message(FATAL_ERROR "Linking with MKL was requested, but was not successful. ${MKL_ERROR_MESSAGE}")
1011     endif()
1012
1013     # Set variables to signal that we have MKL available and should use it for FFTs.
1014     set(GMX_FFT_MKL 1)
1015     set(HAVE_LIBMKL 1)
1016
1017     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
1018         MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
1019     endif()
1020
1021 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
1022 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
1023 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
1024 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
1025     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
1026     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
1027         MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
1028     endif()
1029 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1030     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
1031 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1032 set(GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE ${GMX_FFT_LIBRARY} CACHE INTERNAL "Previous value for GMX_FFT_LIBRARY, so that we can detect when it changes.")
1033
1034 # enable threaded fftw3 if we've found it
1035 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
1036     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
1037 endif()
1038
1039 set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
1040 set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
1041 # MKL has BLAS/LAPACK routines
1042 if(NOT HAVE_LIBMKL AND NOT ACCELERATE_FRAMEWORK)
1043   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1044     if (GMX_BLAS_USER)
1045         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
1046     else(GMX_BLAS_USER)
1047         set(BLAS_FIND_QUIETLY ON)
1048         find_package(BLAS)
1049         if (BLAS_FOUND)
1050           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
1051         else()
1052           MESSAGE(STATUS "Using internal BLAS library")
1053           set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in" FORCE)
1054         endif()
1055     endif(GMX_BLAS_USER)
1056   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1057   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1058     if (GMX_LAPACK_USER)
1059         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
1060     else(GMX_LAPACK_USER)
1061         set(LAPACK_FIND_QUIETLY ON)
1062         find_package(LAPACK)
1063         if (LAPACK_FOUND)
1064           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
1065         else()
1066           MESSAGE(STATUS "Using internal LAPACK library")
1067           set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in" FORCE)
1068         endif()
1069     endif(GMX_LAPACK_USER)
1070   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1071 endif()
1072 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1073 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1074
1075 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
1076
1077 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
1078   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
1079     # Native Windows does not have, nor need dlopen
1080     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
1081     include(gmxTestdlopen)
1082     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
1083   endif()
1084
1085   # so, should we use plug-ins?
1086   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
1087     if(NOT VMD_QUIETLY)
1088       MESSAGE(STATUS
1089           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
1090           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
1091           "formats).")
1092     endif()
1093     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
1094       find_package(VMD)
1095     endif()
1096     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
1097     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
1098     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
1099   else()
1100     set(PKG_DL_LIBS)
1101   endif()
1102 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
1103 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1104
1105 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
1106     if(NOT CMAKE_CROSSCOMPILING)
1107         option(GMX_BUILD_MANPAGES "Build man pages" ON)
1108     else()
1109         message(STATUS "Building the man pages is not available when "
1110             "cross-compiling the developer version from git")
1111     endif()
1112 else()
1113     #make sure source package contains all man pages
1114     if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/man/man1/ngmx.1")
1115         message(FATAL_ERROR "Man pages are missing from source package.")
1116     endif()
1117 endif()
1118 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANPAGES)
1119
1120 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1121 if(HAVE_LIBM)
1122     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1123 endif(HAVE_LIBM)
1124
1125 if(GMX_FAHCORE)
1126   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1127       "Path to swindirect.h")
1128   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1129   set_property(CACHE GMX_COOL_QUOTES PROPERTY VALUE OFF)
1130 endif(GMX_FAHCORE)
1131
1132 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1133 # these are set after everything else
1134 if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
1135     set(CMAKE_C_FLAGS "${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}")
1136     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}")
1137     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}")
1138     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}")
1139 else()
1140     message("Recommended flags which are not added because GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS=yes:")
1141     message("CMAKE_C_FLAGS: ${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${GMXC_CFLAGS}")
1142     message("CMAKE_C_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CFLAGS_RELEASE}")
1143     message("CMAKE_C_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CFLAGS_DEBUG}")
1144     message("CMAKE_CXX_FLAGS: ${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${GMXC_CXXFLAGS}")
1145     message("CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE}")
1146     message("CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CXXFLAGS_DEBUG}")
1147     message("CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1148     message("CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS: ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1149 endif()
1150
1151 if(NOT GMX_OPENMP)
1152     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
1153     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
1154     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
1155     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
1156 else()
1157     set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_LINKER_FLAGS})
1158     set(GMX_SHARED_LINKER_FLAGS ${GMX_SHARED_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS})
1159 endif()
1160 set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} ${OpenMP_C_FLAGS}")
1161
1162 ######################################
1163 # Output compiler and CFLAGS used
1164 ######################################
1165 get_compiler_info(C BUILD_C_COMPILER BUILD_CFLAGS)
1166 if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1167     get_compiler_info(CXX BUILD_CXX_COMPILER BUILD_CXXFLAGS)
1168 endif ()
1169
1170 ########################################################################
1171 # Specify install locations
1172 ########################################################################
1173 if ( NOT DEFINED GMXLIB )
1174     set(GMXLIB lib)
1175 endif()
1176 set(LIB_INSTALL_DIR "${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMXLIB}")
1177 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1178 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/gromacs)
1179 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1180 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1181
1182 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1183
1184 ##################################################################
1185 # Shared library settings
1186 ##################################################################
1187 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1188     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1189     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1190     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1191     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1192 else()
1193     if(CMAKE_SYSTEM_VERSION VERSION_GREATER 8.0) #rpath supported for >10.4
1194         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "@rpath")
1195         set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} "-Wl,-rpath,@executable_path/../lib")
1196     else()
1197         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${LIB_INSTALL_DIR}")
1198     endif()
1199 endif()
1200
1201 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
1202 #Simpler to always install.
1203 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
1204
1205 if(GMX_EXTERNAL_BOOST)
1206     include_directories(${Boost_INCLUDE_DIRS})
1207 else()
1208     include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost)
1209     # typeid not supported for minimal internal version
1210     # (would add significant amount of code)
1211     add_definitions(-DBOOST_NO_TYPEID)
1212     # TODO: Propagate the above settings to the installed CMakeFiles.txt template
1213     # (from share/template/)
1214     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DBOOST_NO_TYPEID -I${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost")
1215     install(DIRECTORY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost/boost
1216             DESTINATION ${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost
1217             COMPONENT development)
1218 endif()
1219
1220 add_subdirectory(doxygen)
1221 add_subdirectory(share)
1222 add_subdirectory(src)
1223 add_subdirectory(scripts)
1224
1225 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
1226 # Don't bother the user after the first configure pass.
1227 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
1228     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
1229     unset(CUDA_NOTFOUND_AUTO)
1230     unset(CUDA_NOTFOUND_MESSAGE)
1231 endif()
1232 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
1233
1234 #######################
1235 ## uninstall target
1236 #######################
1237     CONFIGURE_FILE(
1238                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1239                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1240                    IMMEDIATE @ONLY)
1241 ###########################
1242 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1243                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1244                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1245 ###########################
1246
1247 ########################################################################
1248 # Tests                                                                #
1249 ########################################################################
1250
1251 include(CTest)
1252 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
1253 #gmxtests target builds all binaries required for running gmxtest
1254 add_custom_target(gmxtests DEPENDS mdrun gmx links)
1255 IF(BUILD_TESTING)
1256     enable_testing()
1257     add_subdirectory(tests)
1258     #"check" target builds and runs all tests
1259     add_custom_target(check COMMAND ${CMAKE_CTEST_COMMAND} --output-on-failure)
1260     add_dependencies(check gmxtests tests)
1261     #TODO: Add warning if NOT REGRESSIONTEST_PATH OR NOT GMX_XML that regression/unit tests are not run.
1262 ENDIF()
1263