CMakeLists.txt

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2009,2010,2011,2012,2013 by the GROMACS development team.
   5 # Copyright (c) 2014,2015,2016,2017,2018 by the GROMACS development team.
   6 # Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   7 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10 #
  11 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14 # of the License, or (at your option) any later version.
  15 #
  16 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19 # Lesser General Public License for more details.
  20 #
  21 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22 # License along with GROMACS; if not, see
  23 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25 #
  26 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27 # consider that scientific software is very special. Version
  28 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  30 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32 # official version at http://www.gromacs.org.
  33 #
  34 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36
  37 cmake_minimum_required(VERSION 3.9.6)
  38 if(POLICY CMP0074) #3.12
  39     cmake_policy(SET CMP0074 NEW)
  40 endif()
  41 cmake_policy(SET CMP0068 NEW) # From CMake-3.9
  42
  43 # CMake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  44 # This needs to be set before project() in order to pick up toolchain files
  45 list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/Platform)
  46
  47 if(CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
  48     # Providing a default value >=10.9 helps to find modern C++ compatibility,
  49     # such as by defaulting to the Clang libc++ instead of libstdc++.
  50     set(CMAKE_OSX_DEPLOYMENT_TARGET 10.9 CACHE STRING
  51         "OS X deployment target affects default SDK version and compiler flags."
  52         FORCE)
  53     # By default, limit the binary architecture to a single 64-bit build.
  54     set(CMAKE_OSX_ARCHITECTURES x86_64 CACHE STRING
  55         "OS X architecture affects the compatibility of the (potentially fat) binaries produced."
  56         FORCE)
  57 endif()
  58
  59 project(Gromacs)
  60
  61 set(CMAKE_CXX_STANDARD 14)
  62 set(CMAKE_CXX_STANDARD_REQUIRED ON)
  63 set(CMAKE_CXX_EXTENSIONS OFF)
  64
  65 include(gmxManageCcache)
  66
  67 set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  68 set(CMAKE_ARCHIVE_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  69 set(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin)
  70
  71 find_package(LibStdCpp)
  72
  73 # Set up common version variables, as well as general information about
  74 # the build tree (whether the build is from a source package or from a git
  75 # repository).  Also declares a few functions that will be used for generating
  76 # version info files later.
  77 include(gmxBuildTreeInfo)
  78 include(gmxVersionInfo)
  79
  80 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  81     set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  82 endif()
  83 if("${CMAKE_INSTALL_PREFIX}" STREQUAL "${CMAKE_BINARY_DIR}")
  84     message(FATAL_ERROR "GROMACS cannot be installed into the build tree, choose a different location for CMAKE_INSTALL_PREFIX")
  85 endif()
  86
  87 include(gmxBuildTypeReference)
  88 include(gmxBuildTypeProfile)
  89 include(gmxBuildTypeTSAN)
  90 include(gmxBuildTypeASAN)
  91 include(gmxBuildTypeMSAN)
  92 include(gmxBuildTypeReleaseWithAssert)
  93
  94 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  95     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference RelWithAssert Profile TSAN ASAN MSAN." FORCE)
  96     # Set the possible values of build type for cmake-gui
  97     set_property(CACHE CMAKE_BUILD_TYPE PROPERTY STRINGS "Debug" "Release"
  98         "MinSizeRel" "RelWithDebInfo" "Reference" "RelWithAssert" "Profile" "TSAN" "ASAN" "MSAN")
  99 endif()
 100 if(CMAKE_CONFIGURATION_TYPES)
 101     # Add appropriate GROMACS-specific build types for the Visual
 102     # Studio generator (Debug, Release, MinSizeRel and RelWithDebInfo
 103     # are already present by default).
 104     list(APPEND CMAKE_CONFIGURATION_TYPES "RelWithAssert" "Reference")
 105     list(REMOVE_DUPLICATES CMAKE_CONFIGURATION_TYPES)
 106     set(CMAKE_CONFIGURATION_TYPES "${CMAKE_CONFIGURATION_TYPES}" CACHE STRING
 107         "List of configuration types"
 108         FORCE)
 109 endif()
 110 set(build_types_with_explicit_flags RELEASE DEBUG RELWITHDEBINFO RELWITHASSERT MINSIZEREL PROFILE)
 111
 112 set_property(GLOBAL PROPERTY FIND_LIBRARY_USE_LIB64_PATHS ON)
 113
 114 include(gmxCTestUtilities)
 115 gmx_ctest_init()
 116
 117 include(gmxCPackUtilities)
 118 gmx_cpack_init()
 119
 120 # Variables that accumulate stuff influencing the installed headers
 121 set(INSTALLED_HEADER_INCLUDE_DIRS "")
 122 set(INSTALLED_HEADER_DEFINITIONS "")
 123
 124 ########################################################################
 125 # Global non-cache variables for implementing the build system
 126 ########################################################################
 127
 128 # These variables collect libraries that GROMACS requires for
 129 # linking. They should be appended to with list(APPEND ${name}
 130 # new-library) calls. They are:
 131 #  - Libraries that are required for libgromacs (only)
 132 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES "")
 133 #  - Libraries that are required for all code in the repository
 134 set(GMX_COMMON_LIBRARIES "")
 135 #  - Libraries that all code linked against libgromacs needs
 136 #    (i.e., something that is exposed in installed headers).
 137 set(GMX_PUBLIC_LIBRARIES "")
 138
 139 ########################################################################
 140 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
 141 ########################################################################
 142 if(CMAKE_HOST_UNIX)
 143     execute_process(COMMAND hostname
 144                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
 145                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 146     # Only check for host name if not running in a CI environment, as the cache might
 147     # be reused there between different machines in different stages
 148     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}"
 149             AND NOT DEFINED ENV{CI_JOB_ID})
 150         message(WARNING "
 151             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 152             is being reused! This could lead to inconsistencies; therefore, it is
 153             recommended to regenerate the cache!")
 154     endif()
 155     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 156             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 157 endif()
 158
 159 ########################################################################
 160 # Detect architecture before setting options so we can alter defaults
 161 ########################################################################
 162 # Detect the architecture the compiler is targetting, detect
 163 # SIMD instructions possibilities on that hardware, suggest SIMD instruction set
 164 # to use if none is specified, and populate the cache option for CPU
 165 # SIMD.
 166 include(gmxDetectTargetArchitecture)
 167 gmx_detect_target_architecture()
 168
 169 ########################################################################
 170 # User input options                                                   #
 171 ########################################################################
 172 include(gmxOptionUtilities)
 173
 174 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 175
 176 # Fujitsu only has SIMD in double precision, so this will be faster
 177 gmx_set_boolean(GMX_DOUBLE_DEFAULT GMX_TARGET_FUJITSU_SPARC64)
 178 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" ${GMX_DOUBLE_DEFAULT})
 179 option(GMX_RELAXED_DOUBLE_PRECISION "Accept single precision 1/sqrt(x) when using Fujitsu HPC-ACE SIMD" OFF)
 180 mark_as_advanced(GMX_RELAXED_DOUBLE_PRECISION)
 181
 182 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 183 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 184 gmx_dependent_option(
 185     GMX_MPI_IN_PLACE
 186     "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined"
 187     ON
 188     GMX_MPI)
 189 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 190
 191 option(GMX_MIMIC "Enable MiMiC QM/MM interface (CPMD is required)" OFF)
 192
 193 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 194 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 195
 196 option(GMX_COOL_QUOTES "Enable GROMACS cool quotes" ON)
 197 mark_as_advanced(GMX_COOL_QUOTES)
 198 gmx_add_cache_dependency(GMX_COOL_QUOTES BOOL "NOT GMX_FAHCORE" OFF)
 199
 200 option(GMX_USE_OPENCL "Enable OpenCL acceleration" OFF)
 201
 202 option(GMX_INSTALL_LEGACY_API "Install legacy headers" OFF)
 203
 204 # The earliest version of the CUDA toolkit that supports c++14 is 9.0
 205 set(REQUIRED_CUDA_VERSION 9.0)
 206 set(REQUIRED_CUDA_COMPUTE_CAPABILITY 3.0)
 207
 208 # OpenCL required version: 1.2 or newer
 209 set(REQUIRED_OPENCL_MIN_VERSION_MAJOR 1)
 210 set(REQUIRED_OPENCL_MIN_VERSION_MINOR 2)
 211 set(REQUIRED_OPENCL_MIN_VERSION ${REQUIRED_OPENCL_MIN_VERSION_MAJOR}.${REQUIRED_OPENCL_MIN_VERSION_MINOR})
 212
 213 if(NOT GMX_USE_OPENCL)
 214     # CUDA detection is done only if GMX_USE_OPENCL is OFF.
 215     include(gmxManageGPU)
 216     set(GMX_USE_CUDA ${GMX_GPU})
 217     if(GMX_GPU)
 218         set(GMX_GPU_ACCELERATION_FRAMEWORK "GMX_GPU_CUDA")
 219     else()
 220         set(GMX_GPU_ACCELERATION_FRAMEWORK "GMX_GPU_NONE")
 221     endif()
 222 else()
 223     #Now the OpenCL path (for both AMD and NVIDIA)
 224     if(GMX_GPU)
 225         include(gmxManageOpenCL)
 226         set(GMX_GPU_ACCELERATION_FRAMEWORK "GMX_GPU_OPENCL")
 227     else()
 228         message(FATAL_ERROR "OpenCL requested but GPU option is not enabled (try -DGMX_GPU=on) ")
 229     endif()
 230 endif()
 231
 232 gmx_option_multichoice(
 233     GMX_SIMD
 234     "SIMD instruction set for CPU kernels and compiler optimization"
 235     "AUTO"
 236     AUTO None SSE2 SSE4.1 AVX_128_FMA AVX_256 AVX2_256 AVX2_128 AVX_512 AVX_512_KNL MIC ARM_NEON ARM_NEON_ASIMD IBM_VMX IBM_VSX Sparc64_HPC_ACE Reference)
 237
 238 if(GMX_TARGET_MIC)
 239     set(GMX_FFT_LIBRARY_DEFAULT "mkl")
 240 else()
 241     set(GMX_FFT_LIBRARY_DEFAULT "fftw3")
 242 endif()
 243
 244 gmx_option_multichoice(
 245     GMX_FFT_LIBRARY
 246     "FFT library"
 247     "${GMX_FFT_LIBRARY_DEFAULT}"
 248     fftw3 mkl "fftpack[built-in]")
 249 gmx_dependent_option(
 250     GMX_BUILD_OWN_FFTW
 251     "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack."
 252     OFF
 253     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
 254 gmx_dependent_option(
 255     GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 256     "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)"
 257     OFF
 258     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
 259 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 260 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 261
 262 gmx_option_multichoice(
 263     GMX_QMMM_PROGRAM
 264     "QM package for QM/MM"
 265     None
 266     none gaussian mopac gamess orca)
 267
 268 gmx_dependent_cache_variable(GMX_SIMD_REF_FLOAT_WIDTH  "Reference SIMD single precision width" STRING "4" "GMX_SIMD STREQUAL REFERENCE")
 269 gmx_dependent_cache_variable(GMX_SIMD_REF_DOUBLE_WIDTH "Reference SIMD double precision width" STRING "2" "GMX_SIMD STREQUAL REFERENCE")
 270
 271 # This should be moved to a separate NBNXN cmake module when that code is cleaned up and modularized
 272
 273 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 274 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 275
 276 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 277
 278 option(GMX_USE_TNG "Use the TNG library for trajectory I/O" ON)
 279
 280 option(GMX_BUILD_MDRUN_ONLY "Build and install only the mdrun binary" OFF)
 281
 282 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 283 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 284
 285 option(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS "Don't automatically add suggested/required Compiler flags." OFF)
 286 mark_as_advanced(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
 287
 288 option(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE
 289        "Tune build for better code coverage metrics (e.g., disable asserts)"
 290        OFF)
 291 mark_as_advanced(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
 292
 293 option(GMX_DEVELOPER_BUILD
 294     "Enable Developer convenience features: always build unit-tests"
 295     OFF)
 296 mark_as_advanced(GMX_DEVELOPER_BUILD)
 297
 298 gmx_set_boolean(GMX_COMPILER_WARNINGS_DEFAULT "NOT SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION")
 299 option(GMX_COMPILER_WARNINGS
 300     "Enable a default set of compiler warnings"
 301     ${GMX_COMPILER_WARNINGS_DEFAULT})
 302 mark_as_advanced(GMX_COMPILER_WARNINGS)
 303 # Always turn on compiler warnings with a developer build.
 304 gmx_add_cache_dependency(GMX_COMPILER_WARNINGS BOOL "NOT GMX_DEVELOPER_BUILD" ON)
 305
 306 option(GMX_BUILD_SHARED_EXE
 307     "Build exectuables as shared binaries. If not set, this disables rpath and dynamic linker flags in an attempt to build a static binary, but this may require setting up the toolchain properly and making appropriate libraries available."
 308     ON)
 309 mark_as_advanced(GMX_BUILD_SHARED_EXE)
 310
 311 option(GMX_PHYSICAL_VALIDATION
 312        "Include physical validation tests in ctest environment. These can then be called using 'make check-phys' or
 313        'make check-all'. Warning: Running the physical validation tests takes significantly more time than other tests!"
 314        OFF)
 315 mark_as_advanced(GMX_PHYSICAL_VALIDATION)
 316
 317 ######################################################################
 318 # Detect OpenMP support
 319 ######################################################################
 320 # The OpenMP detection _must_ come before tests for other CFLAGS.
 321 include(gmxManageOpenMP)
 322
 323
 324
 325 ######################################################################
 326 # Compiler tests
 327 # These need to be done early (before further tests).
 328 #####################################################################
 329
 330 include(gmxCFlags)
 331 gmx_c_flags()
 332
 333 # These variables should be used for CMake-style lists (ie. separated
 334 # by semicolons) of additional compiler flags which are not generated
 335 # in gmxCFlags nor are SIMD or MPI related.
 336 #
 337 # TODO These variables should be consolidated into
 338 # EXTRA_COMPILER_FLAGS so that we we don't perpetrate bugs where
 339 # things that work in C compilation (e.g. merging from old branches)
 340 # might not also work for C++ compilation.
 341 set(EXTRA_C_FLAGS "")
 342 set(EXTRA_CXX_FLAGS "")
 343
 344 # Run through a number of tests for buggy compilers and other issues
 345 include(gmxTestCompilerProblems)
 346 gmx_test_compiler_problems()
 347
 348 # Implement double-precision option. This is complicated because we
 349 # need installed headers to use the precision mode of the build that
 350 # produced the library, but cannot use config.h in that case. We also
 351 # want such variables to always have a definition, because #if is more
 352 # robust than #ifdef. So, we put this value on the compiler command
 353 # line in all cases.
 354 #
 355 # GMX_RELAXED_DOUBLE_PRECISION does not need to be handled here,
 356 # because no installed header needs it
 357 if(GMX_DOUBLE)
 358     set(GMX_DOUBLE_VALUE 1)
 359 else()
 360     set(GMX_DOUBLE_VALUE 0)
 361 endif()
 362 add_definitions(-DGMX_DOUBLE=${GMX_DOUBLE_VALUE})
 363 list(APPEND INSTALLED_HEADER_DEFINITIONS "-DGMX_DOUBLE=${GMX_DOUBLE_VALUE}")
 364
 365 option(GMX_IMD "Enable Interactive Molecular Dynamics (IMD) sessions, e.g. with VMD" ON)
 366 if(GMX_IMD AND WIN32)
 367     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES "wsock32")
 368 endif()
 369
 370
 371
 372 ########################################################################
 373 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 374 ########################################################################
 375 include(CheckIncludeFiles)
 376 include(CheckIncludeFileCXX)
 377 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 378 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 379 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 380 check_include_files(time.h       HAVE_TIME_H)
 381 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 382 check_include_files(io.h         HAVE_IO_H)
 383 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 384 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 385
 386 include(CheckCXXSymbolExists)
 387 check_cxx_symbol_exists(gettimeofday      sys/time.h   HAVE_GETTIMEOFDAY)
 388 check_cxx_symbol_exists(sysconf           unistd.h     HAVE_SYSCONF)
 389 check_cxx_symbol_exists(nice              unistd.h     HAVE_NICE)
 390 check_cxx_symbol_exists(fsync             unistd.h     HAVE_FSYNC)
 391 check_cxx_symbol_exists(_fileno           stdio.h      HAVE__FILENO)
 392 check_cxx_symbol_exists(fileno            stdio.h      HAVE_FILENO)
 393 check_cxx_symbol_exists(_commit           io.h         HAVE__COMMIT)
 394 check_cxx_symbol_exists(sigaction         signal.h     HAVE_SIGACTION)
 395
 396 # We cannot check for the __builtins as symbols, but check if code compiles
 397 check_cxx_source_compiles("int main(){ return __builtin_clz(1);}"   HAVE_BUILTIN_CLZ)
 398 check_cxx_source_compiles("int main(){ return __builtin_clzll(1);}" HAVE_BUILTIN_CLZLL)
 399 if(MSVC)
 400     check_cxx_source_compiles("#include <intrin.h>\n int main(){unsigned long r;unsigned long i=1;_BitScanReverse(&r,i);return r;}" HAVE_BITSCANREVERSE)
 401     check_cxx_source_compiles("#include <intrin.h>\n int main(){unsigned long r;unsigned __int64 i=1;_BitScanReverse(&r,i);return r;}" HAVE_BITSCANREVERSE64)
 402 elseif(CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "XL")
 403     check_cxx_source_compiles("int main(){ return __cntlz4(1);}" HAVE_CNTLZ4)
 404     check_cxx_source_compiles("int main(){ return __cntlz8(1);}" HAVE_CNTLZ8)
 405 endif()
 406
 407 include(CheckLibraryExists)
 408 find_library(HAVE_LIBM m)
 409 mark_as_advanced(HAVE_LIBM)
 410 check_library_exists(rt clock_gettime "" HAVE_CLOCK_GETTIME)
 411 check_library_exists(m feenableexcept "" HAVE_FEENABLEEXCEPT)
 412 check_library_exists(m fedisableexcept "" HAVE_FEDISABLEEXCEPT)
 413
 414 include(TestSchedAffinity)
 415 test_sched_affinity(HAVE_SCHED_AFFINITY)
 416
 417 # Aligned memory allocation. We need to check for both mm_malloc(),
 418 # posix_memalign(), memalign(), and on windows also _aligned_malloc()
 419 include(gmxTestMMMalloc)
 420 gmx_test_mm_malloc(HAVE__MM_MALLOC)
 421 check_cxx_symbol_exists(posix_memalign    stdlib.h     HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 422 check_cxx_symbol_exists(memalign          stdlib.h     HAVE_MEMALIGN)
 423 if(MSVC)
 424     # No need to waste time on this test on platforms where it will never be true
 425     check_cxx_symbol_exists(_aligned_malloc   stdlib.h     HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 426 endif()
 427
 428 include(TestBigEndian)
 429 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 430
 431 gmx_set_boolean(GMX_USE_NICE "HAVE_UNISTD_H AND HAVE_NICE")
 432
 433 # Management of GROMACS options for specific toolchains should go
 434 # here. Because the initial settings for some of the main options have
 435 # already happened, but things like library detection and MPI compiler
 436 # feature detection have not, the docstrings for any over-rides of
 437 # GROMACS defaults or user settings will make sense. Also, any
 438 # toolchain-related reasons for choosing whether to detect various
 439 # things can be sorted out now, before the detection takes place.
 440 if(GMX_TARGET_FUJITSU_SPARC64)
 441     include(gmxManageFujitsuSparc64)
 442 endif()
 443
 444 ########################################################################
 445 #Process MPI settings
 446 ########################################################################
 447 include(gmxManageMPI)
 448
 449 ########################################################################
 450 #Process MiMiC settings
 451 ########################################################################
 452 include(gmxManageMimic)
 453
 454 ########################################################################
 455 #Process shared/static library settings
 456 ########################################################################
 457 include(gmxManageSharedLibraries)
 458
 459
 460 ########################################################################
 461 # Find external packages                                               #
 462 ########################################################################
 463
 464 # Unconditionally find the package, as it is also required for unit
 465 # tests. This exports LIBXML2_FOUND, which we should not use because
 466 # it does not tell us that linking will succeed. Instead, we test that
 467 # next.
 468 #if(DEFINED LIBXML2_LIBRARIES)
 469 #  set(LibXml2_FIND_QUIETLY TRUE)
 470 #endif()
 471 #find_package(LibXml2)
 472 #include(gmxTestLibXml2)
 473 #gmx_test_libxml2(HAVE_LIBXML2)
 474 #option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files (currently has no effect)" ${HAVE_LIBXML2})
 475 #set(PKG_XML "")
 476 #mark_as_advanced(GMX_XML)
 477 # Don't actually do anything, since libxml2 is currently not used by libgromacs
 478 #if(GMX_XML AND NOT HAVE_LIBXML2)
 479 #    message(FATAL_ERROR "libxml2 not found. Set GMX_XML=OFF to compile without XML support")
 480 #endif()
 481 #if(GMX_XML)
 482 #    include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 483 #    set(PKG_XML libxml-2.0)
 484 #    set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 485 #endif()
 486
 487 gmx_option_trivalue(
 488     GMX_HWLOC
 489     "Use hwloc portable hardware locality library"
 490     "AUTO")
 491
 492 if (GMX_HWLOC)
 493     # Find quietly the second time.
 494     if (HWLOC_FIND_QUIETLY_AFTER_FIRST_RUN)
 495         set(HWLOC_FIND_QUIETLY TRUE)
 496     endif()
 497     find_package(HWLOC 1.5)
 498
 499     if (HWLOC_FOUND)
 500         if (HWLOC_LIBRARIES MATCHES ".a$")
 501             set(_STATIC_HWLOC TRUE)
 502         endif()
 503
 504         gmx_check_if_changed(HWLOC_FOUND_CHANGED HWLOC_FOUND)
 505         if (_STATIC_HWLOC AND HWLOC_FOUND_CHANGED AND NOT GMX_HWLOC_FORCE)
 506             message(STATUS "Static hwloc library found, will not attempt using it as it could lead to link-time errors. To use the detected library, manually set GMX_HWLOC=ON and you will likely have to pass appropriate linker flags too to satisfy the link-time dependencies of your hwloc library. Try \"pkg-config --libs --static hwloc\" for suggestions on what you will need.")
 507             set(GMX_USE_HWLOC OFF)
 508         else()
 509             set(GMX_USE_HWLOC ON)
 510         endif()
 511
 512         if (GMX_USE_HWLOC)
 513             include_directories(SYSTEM ${HWLOC_INCLUDE_DIRS})
 514             list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${HWLOC_LIBRARIES})
 515         endif()
 516     elseif(GMX_HWLOC_FORCE)
 517         message(FATAL_ERROR "HWLOC package support required, but not found.")
 518     endif()
 519
 520     set(HWLOC_FIND_QUIETLY_AFTER_FIRST_RUN TRUE CACHE INTERNAL "Be quiet during future attempts to find HWLOC")
 521 endif()
 522
 523 option(GMX_EXTERNAL_TINYXML2 "Use external TinyXML-2 instead of compiling the version bundled with GROMACS." OFF)
 524 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_TINYXML2)
 525 if(GMX_EXTERNAL_TINYXML2)
 526     # Find an external TinyXML-2 library.
 527     find_package(TinyXML-2 3.0.0)
 528     set(HAVE_TINYXML2 ${TinyXML2_FOUND})
 529     if(NOT HAVE_TINYXML2)
 530         message(FATAL_ERROR "External TinyXML-2 could not be found, please adjust your search paths")
 531     endif()
 532 endif()
 533
 534 option(GMX_EXTRAE "Add support for tracing using EXTRAE" OFF)
 535 mark_as_advanced(GMX_EXTRAE)
 536
 537 if (GMX_EXTRAE)
 538   find_package(EXTRAE)
 539   if(EXTRAE_FOUND)
 540     include_directories(SYSTEM ${EXTRAE_INCLUDE_DIR})
 541     set(HAVE_EXTRAE 1)
 542   else()
 543     message(FATAL_ERROR "EXTRAE library was not found. Please add the correct path to CMAKE_PREFIX_PATH")
 544   endif()
 545 endif()
 546
 547 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 548 if (GMX_X11)
 549     find_package(X11)
 550     # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 551     if(NOT X11_FOUND)
 552         message(FATAL_ERROR
 553                 "X11 include files and/or libraries were not found. "
 554                 "Set GMX_X11=OFF to compile without X11 support. "
 555                 "gmx view will not be available.")
 556     endif()
 557     include_directories(SYSTEM ${X11_INCLUDE_DIR})
 558 endif()
 559
 560 include(ThreadMPI)
 561 # Enable core threading facilities
 562 tmpi_enable_core("${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/thread_mpi/include")
 563 if(GMX_THREAD_MPI)
 564     # enable MPI functions
 565     tmpi_enable()
 566     set(MPI_IN_PLACE_EXISTS 1)
 567 endif()
 568 # If atomics are manually disabled a define is needed because atomics.h doesn't depend on config.h
 569 if (TMPI_ATOMICS_DISABLED)
 570    add_definitions(-DTMPI_ATOMICS_DISABLED)
 571 endif()
 572
 573 include(gmxManageTNG)
 574
 575 include(gmxManageLmfit)
 576
 577 if(GMX_GPU)
 578     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 579     gmx_gpu_setup()
 580     if (GMX_CLANG_CUDA)
 581         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_CUDA_CLANG_LINK_LIBS})
 582         link_directories("${GMX_CUDA_CLANG_LINK_DIRS}")
 583     endif()
 584 endif()
 585
 586 if(CYGWIN)
 587     set(GMX_CYGWIN 1)
 588 endif()
 589
 590 if(WIN32)
 591     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 592     # This makes windows.h not declare min/max as macros that would break
 593     # C++ code using std::min/std::max.
 594     add_definitions(-DNOMINMAX)
 595 endif()
 596
 597 option(GMX_BUILD_UNITTESTS "Build unit tests with BUILD_TESTING" ON)
 598 mark_as_advanced(GMX_BUILD_UNITTESTS)
 599 gmx_add_cache_dependency(GMX_BUILD_UNITTESTS BOOL BUILD_TESTING OFF)
 600
 601 ########################################################################
 602 # Our own GROMACS tests
 603 ########################################################################
 604
 605 include_directories(BEFORE ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src)
 606 # Required for config.h, maybe should only be set in src/CMakeLists.txt
 607 include_directories(BEFORE ${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 608
 609 include(gmxTestInlineASM)
 610 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 611
 612 include(gmxSetBuildInformation)
 613 gmx_set_build_information()
 614
 615 gmx_option_multichoice(
 616     GMX_USE_RDTSCP
 617     "Use low-latency RDTSCP instruction for CPU-based timers for mdrun execution; might need to be off when compiling for heterogeneous environments)"
 618     "AUTO"
 619     OFF ON AUTO DETECT)
 620 mark_as_advanced(GMX_USE_RDTSCP)
 621
 622 macro(gmx_check_rdtscp)
 623     if (CPU_DETECTION_FEATURES MATCHES "rdtscp")
 624         set(HAVE_RDTSCP 1)
 625         set(RDTSCP_DETECTION_MESSAGE " - detected on the build host")
 626     else()
 627         set(RDTSCP_DETECTION_MESSAGE " - not detected on the build host")
 628     endif()
 629 endmacro()
 630
 631 set(HAVE_RDTSCP 0)
 632 if (GMX_USE_RDTSCP STREQUAL "ON")
 633     set(HAVE_RDTSCP 1)
 634 elseif(GMX_USE_RDTSCP STREQUAL "DETECT")
 635     gmx_check_rdtscp()
 636 elseif(GMX_USE_RDTSCP STREQUAL "AUTO")
 637     # If the user specified automated SIMD selection, that the choice
 638     # is made based on detection on the build host. If so, then RDTSCP
 639     # should be chosen the same way.
 640     #
 641     # If the user specified an AVX SIMD level (e.g. when
 642     # cross-compiling GROMACS) then they will get our best guess, ie
 643     # that in practice AVX mostly correlates with rdtscp (and anyway
 644     # is only relevant in rather old x86 hardware).
 645     if (GMX_SIMD STREQUAL "AUTO")
 646         gmx_check_rdtscp()
 647     elseif (GMX_SIMD MATCHES "AVX")
 648         set(HAVE_RDTSCP 1)
 649     endif()
 650 endif()
 651 gmx_check_if_changed(HAVE_RDTSCP_CHANGED HAVE_RDTSCP)
 652 if (HAVE_RDTSCP_CHANGED)
 653     if (HAVE_RDTSCP)
 654         message(STATUS "Enabling RDTSCP support${RDTSCP_DETECTION_MESSAGE}")
 655     else()
 656         message(STATUS "Disabling RDTSCP support${RDTSCP_DETECTION_MESSAGE}")
 657     endif()
 658 endif()
 659
 660 include(gmxTestLargeFiles)
 661 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 662
 663 include(gmxTestSignal)
 664 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 665
 666 include(gmxTestPipes)
 667 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 668
 669 include(gmxTestXDR)
 670 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 671 # Darwin has system XDR, but it uses a three-argument flavour of
 672 # xdrproc_t that it guarantees will still work if you pass the normal
 673 # two-argument xdr filters, but gcc 8 warns about the cast necessary
 674 # to do that, so it's simpler to just use our own XDR library.
 675 #
 676 # TODO It would be better to craft a cmake test which fails if such
 677 # XDR operations cause warnings, and succeeds otherwise, because it is
 678 # generally preferable to use system libraries where possible.
 679 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR OR CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
 680     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 681 endif()
 682
 683
 684 ##################################################
 685 # Process SIMD instruction settings
 686 ##################################################
 687 # This checks what flags to add in order to
 688 # support the SIMD instructions we need, it sets
 689 # correct defines for the SIMD instructions supported,
 690 # and adds advanced options to control accuracy
 691 # for SIMD math operations.
 692 include(gmxManageSimd)
 693 gmx_manage_simd()
 694
 695 # Process QM/MM Settings
 696 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 697     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 698 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 699     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 700 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 701     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 702 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 703     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 704 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 705     # nothing to do
 706 else()
 707     gmx_invalid_option_value(GMX_QMMM_PROGRAM)
 708 endif()
 709
 710
 711 ##################################################
 712 # Process FFT library settings
 713 ##################################################
 714 include(gmxManageFFTLibraries)
 715
 716
 717 include(gmxManageLinearAlgebraLibraries)
 718
 719 include(gmxManagePluginSupport)
 720
 721 if (GMX_USE_PLUGINS)
 722     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
 723         find_package(VMD)
 724     endif()
 725 endif()
 726
 727 # Link real-time library for POSIX timers. The check for clock_gettime
 728 # confirms the linkability of rt.
 729 if(HAVE_TIME_H AND HAVE_UNISTD_H AND HAVE_CLOCK_GETTIME)
 730     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES rt)
 731 endif()
 732
 733 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 734 if (HAVE_LIBM)
 735     list(APPEND GMX_PUBLIC_LIBRARIES m)
 736 endif()
 737
 738 option(GMX_NACL "Configure for Native Client builds" OFF)
 739 if (GMX_NACL)
 740   list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES nosys)
 741   set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS "${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS} -lnosys")
 742   # TODO: Is this still necessary with the check for its presence?
 743   set(GMX_USE_NICE 0)
 744   set(GMX_NO_RENAME 1)
 745 endif()
 746 mark_as_advanced(GMX_NACL)
 747
 748 if(GMX_FAHCORE)
 749   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 750       "Path to swindirect.h")
 751   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 752 endif()
 753
 754 # Value of GMX_BUILD_HELP=AUTO tries to generate things, but will only
 755 # produce warnings if that fails.
 756 set(build_help_default AUTO)
 757 if (SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION OR CMAKE_CROSSCOMPILING)
 758     set(build_help_default OFF)
 759 endif()
 760 gmx_option_trivalue(GMX_BUILD_HELP "Build completions automatically (requires that compiled binaries can be executed on the build host) and install man pages if built (requires building the 'man' target manually)" ${build_help_default})
 761 mark_as_advanced(GMX_BUILD_HELP)
 762 if (GMX_BUILD_HELP AND SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION AND BUILD_IS_INSOURCE)
 763     message(FATAL_ERROR
 764         "Rebuilding shell completions or man pages is not supported for "
 765         "in-source builds from a source distribution. "
 766         "Set GMX_BUILD_HELP=OFF or do an out-of-source build to proceed.")
 767 endif()
 768
 769 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 770 # these are set after everything else
 771 if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
 772     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}")
 773     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}")
 774 else()
 775     message("Recommended flags which are not added because GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS=yes:")
 776     message("CMAKE_C_FLAGS: ${SIMD_C_FLAGS};${MPI_COMPILE_FLAGS};${EXTRA_C_FLAGS};${GMXC_CFLAGS}")
 777     foreach(build_type ${build_types_with_explicit_flags})
 778         message("CMAKE_C_FLAGS_${build_type}: ${GMXC_CFLAGS_${build_type}}")
 779     endforeach()
 780     message("CMAKE_CXX_FLAGS: ${SIMD_CXX_FLAGS};${MPI_COMPILE_FLAGS};${EXTRA_CXX_FLAGS};${GMXC_CXXFLAGS}")
 781     foreach(build_type ${build_types_with_explicit_flags})
 782         message("CMAKE_CXX_FLAGS_${build_type}: ${GMXC_CXXFLAGS_${build_type}}")
 783     endforeach()
 784     message("CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
 785     message("CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
 786 endif()
 787
 788 ########################################################################
 789 # Specify install locations
 790 ########################################################################
 791 # Use GNUInstallDirs to set paths on multiarch systems.
 792 include(GNUInstallDirs)
 793
 794 set(GMX_INSTALL_DATASUBDIR "gromacs" CACHE STRING "Subdirectory for GROMACS data under CMAKE_INSTALL_DATADIR")
 795 mark_as_advanced(GMX_INSTALL_DATASUBDIR)
 796
 797 # Internal convenience so we do not have to join two path segments in the code
 798 set(GMX_INSTALL_GMXDATADIR ${CMAKE_INSTALL_DATADIR}/${GMX_INSTALL_DATASUBDIR})
 799
 800 # If the nesting level wrt. the installation root is changed,
 801 # gromacs-config.cmake.cmakein needs to be adapted.
 802 set(GMX_INSTALL_CMAKEDIR  ${CMAKE_INSTALL_DATAROOTDIR}/cmake)
 803
 804 # TODO: Make GMXRC adapt if this is changed
 805 set(GMX_INSTALL_PKGCONFIGDIR ${CMAKE_INSTALL_LIBDIR}/pkgconfig)
 806 set(GMX_INSTALL_OCLDIR       ${GMX_INSTALL_GMXDATADIR}/opencl)
 807
 808 list(APPEND INSTALLED_HEADER_INCLUDE_DIRS ${CMAKE_INSTALL_INCLUDEDIR})
 809
 810 # Binary and library suffix options
 811 include(gmxManageSuffixes)
 812
 813 ################################################################
 814 # Shared library load path settings
 815 ################################################################
 816 if(NOT GMX_BUILD_SHARED_EXE)
 817     # No rpath
 818     set(CMAKE_SKIP_RPATH TRUE)
 819     set(CMAKE_EXE_LINK_DYNAMIC_C_FLAGS) # remove -Wl,-Bdynamic
 820     set(CMAKE_EXE_LINK_DYNAMIC_CXX_FLAGS)
 821 else()
 822     # The build folder always has bin/ and lib/; if we are also going to
 823     # install to lib/, then the installation RPATH works also in the build
 824     # tree.  This makes installation slightly faster (no need to rewrite the
 825     # RPATHs), and makes the binaries in the build tree relocatable.
 826     if(CMAKE_INSTALL_LIBDIR STREQUAL "lib")
 827         set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH TRUE)
 828         set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_NAME_DIR TRUE)
 829     endif()
 830     # Set the RPATH as relative to the executable location to make the
 831     # binaries relocatable.
 832     if(CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin") #Assume OS X >=10.5
 833         set(CMAKE_INSTALL_RPATH "@loader_path/../${CMAKE_INSTALL_LIBDIR}")
 834         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR ${CMAKE_INSTALL_RPATH})
 835     else()
 836         set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\$ORIGIN/../${CMAKE_INSTALL_LIBDIR}")
 837     endif()
 838     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
 839     set(CMAKE_MACOSX_RPATH 1)
 840 endif()
 841
 842 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
 843 #Simpler to always install.
 844 install(FILES COPYING DESTINATION ${GMX_INSTALL_GMXDATADIR} COMPONENT data)
 845
 846 if (GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
 847     # Code heavy with asserts makes conditional coverage close to useless metric,
 848     # as by design most of the false branches are impossible to trigger in
 849     # correctly functioning code.  And the benefit of testing those that could
 850     # be triggered by using an API against its specification isn't usually
 851     # worth the effort.
 852     add_definitions(-DNDEBUG -DGMX_DISABLE_ASSERTS)
 853 endif()
 854
 855 if (BUILD_TESTING)
 856     include(tests/CheckTarget.cmake)
 857 endif()
 858
 859 # TODO: Determine control flow and defaults for package installation and testing use cases.
 860 # Ref: http://redmine.gromacs.org/issues/2896
 861 option(GMX_PYTHON_PACKAGE "Configure gmxapi Python package" OFF)
 862 mark_as_advanced(GMX_PYTHON_PACKAGE)
 863
 864 if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
 865     # Note: Though only documented as an output variable, PYTHON_EXECUTABLE is
 866     # also effective as a CMake input variable to effectively hint the location
 867     # of the Python interpreter. This may be helpful in environments with both
 868     # Python 2 and Python 3 on the default PATH.
 869     # Ref: https://cmake.org/cmake/help/latest/module/FindPythonInterp.html
 870     if(FIND_PACKAGE_MESSAGE_DETAILS_PythonInterp)
 871         # Keep quiet on subsequent runs of cmake
 872         set(PythonInterp_FIND_QUIETLY ON)
 873     endif()
 874     # Older CMake versions might not search for Python newer than 3.7.
 875     set(Python_ADDITIONAL_VERSIONS 3.8)
 876     if(GMX_PYTHON_PACKAGE)
 877         find_package(PythonInterp 3.5 REQUIRED)
 878         # Note: PythonLibs will be found later by pybind11.
 879         # TODO: (issue #2998) When CMake >= 3.12 is required, update detection.
 880         # I.e.  find_package(Python3 3.5 COMPONENTS Interpreter Development REQUIRED)
 881     else()
 882         find_package(PythonInterp 3.5)
 883     endif()
 884     find_package(ImageMagick QUIET COMPONENTS convert)
 885     include(gmxTestImageMagick)
 886     GMX_TEST_IMAGEMAGICK(IMAGE_CONVERT_POSSIBLE)
 887     # TODO: Resolve circular dependency between docs, gromacs, and python_packaging
 888     add_subdirectory(docs)
 889     add_subdirectory(share)
 890     add_subdirectory(scripts)
 891 endif()
 892 add_subdirectory(src)
 893
 894 if (BUILD_TESTING)
 895     add_subdirectory(tests)
 896 endif()
 897
 898 if(GMX_PYTHON_PACKAGE AND NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
 899     add_subdirectory(python_packaging)
 900 endif()
 901
 902 gmx_cpack_write_config()
 903
 904 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
 905 # Don't bother the user after the first configure pass.
 906 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
 907     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
 908 endif()
 909 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
 910
 911 #######################
 912 ## uninstall target
 913 #######################
 914 CONFIGURE_FILE(   "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
 915                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
 916                   IMMEDIATE @ONLY)
 917 ###########################
 918 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
 919                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
 920                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
 921 ###########################
 922 set_directory_properties(PROPERTIES
 923             ADDITIONAL_MAKE_CLEAN_FILES "install_manifest.txt")