CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
   2 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
   3 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
   4
   5 # CMake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
   6 # This needs to be set before project() in order to pick up toolchain files
   7 list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/Platform)
   8
   9 project(Gromacs)
  10 include(Dart)
  11 mark_as_advanced(DART_ROOT)
  12
  13 set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  14 set(CMAKE_ARCHIVE_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  15 set(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin)
  16
  17 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  18 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  19 #
  20 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  21 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  22 # machine with no git.
  23 #
  24 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  25 set(PROJECT_VERSION "5.0-dev")
  26 # The version number of the regressiontest tarball against which this
  27 # git branch can be tested. Normally, this will be the version of the
  28 # last patch release. Comment the next line out for branches leading
  29 # to a major/minor release.
  30 set(REGRESSIONTEST_VERSION "4.6.2")
  31 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  32     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  33 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  34 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  35     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  36 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  37 set(SOVERSION 8)
  38 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  39 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "5")
  40 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "0")
  41 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  42
  43 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  44 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  45 math(EXPR NUM_VERSION
  46     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  47 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  48     math(EXPR NUM_VERSION
  49          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  50 endif()
  51
  52 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  53 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  54 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  55 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  56 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  57 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  58
  59 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  60     set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  61 endif()
  62
  63 set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
  64 mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
  65
  66 include(gmxBuildTypeReference)
  67
  68 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  69     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference." FORCE)
  70 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  71
  72 enable_language(C)
  73 enable_language(CXX)
  74
  75 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
  76 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  77 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  78 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  79 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  80 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/COPYING")
  81 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  82 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES "\\\\.isreposource$;\\\\.git/;\\\\.gitignore$")
  83 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
  84 SET(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/man;man")
  85 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
  86
  87 #must come after all cpack settings!
  88 include(CPack)
  89
  90 set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY OFF)
  91 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
  92     set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY ON)
  93 endif()
  94
  95 ########################################################################
  96 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
  97 ########################################################################
  98 if(CMAKE_HOST_UNIX)
  99     execute_process(COMMAND hostname
 100                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
 101                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 102     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
 103         message(WARNING "
 104             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 105             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 106             recommended to regenerate the cache!")
 107     endif()
 108     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 109             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 110 endif()
 111
 112 ########################################################################
 113 option(GMX_COOL_QUOTES "Enable Gromacs cool quotes" ON)
 114 mark_as_advanced(GMX_COOL_QUOTES)
 115
 116 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 117 # User input options                                                   #
 118 ########################################################################
 119 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 120 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 121 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 122 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 123 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 124 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 125 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 126
 127 # decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection
 128 include(gmxManageGPU)
 129
 130 # TODO: move OpenMM to contrib
 131 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
 132 mark_as_advanced(GMX_OPENMM)
 133
 134 include(gmxDetectAcceleration)
 135 if(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 136     if(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 137         if("${CMAKE_SYSTEM_NAME}" MATCHES "BlueGeneQ")
 138             set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "IBM_QPX")
 139         else()
 140             set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "None")
 141         endif()
 142     else(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 143         gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION)
 144     endif(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 145 endif(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 146
 147 set(GMX_CPU_ACCELERATION "@GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION@"
 148     CACHE STRING "Accelerated CPU kernels. Pick one of: None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, IBM_QPX, Sparc64_HPC_ACE")
 149
 150 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
 151     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
 152 option(GMX_BUILD_OWN_FFTW "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack." OFF)
 153 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 154 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 155        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
 156 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 157 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
 158     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
 159 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 160 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 161 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 162 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 163 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 164 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 165
 166 option(GMX_GPU  "Enable GPU acceleration" ON)
 167 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 168
 169 option(GMX_GIT_VERSION_INFO "Generate git version information" ${SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY})
 170 mark_as_advanced(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 171
 172 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
 173 if(UNIX)
 174     option(GMX_SYMLINK_OLD_BINARY_NAMES "Create symbolic links for pre-5.0 binary names" ON)
 175 endif()
 176
 177 if(UNIX)
 178     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static archives (not available on non-*nix platforms and it will only work if static versions of external dependencies are available and found)!" OFF)
 179     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 180 endif()
 181
 182 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 183 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 184
 185 option(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS "Don't automatically add suggested/required Compiler flags." OFF)
 186 mark_as_advanced(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
 187
 188 ######################################################################
 189 # Compiler tests
 190 # These need to be done early (before further tests).
 191 #####################################################################
 192
 193 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
 194 # are used with permission from CMake v2.8.9 so that GROMACS can detect
 195 # invalid options with the Intel Compilers.
 196 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
 197 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
 198 include(CheckCCompilerFlag)
 199 include(CheckCXXCompilerFlag)
 200
 201 # Get compiler version information, needs to be done early as check that depend
 202 # on compiler verison follow below.
 203 include(gmxGetCompilerInfo)
 204 get_compiler_version()
 205
 206 # First exclude compilers known to not work with OpenMP although claim to support it:
 207 # gcc 4.2.1 and gcc-llvm 4.2.1 (also claims to be 4.2.1) on Mac OS X
 208 # This fixes redmine 900 and needs to run before OpenMP flags are set below.
 209 if (CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin" AND
 210     (CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND C_COMPILER_VERSION AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 4.3))
 211     message(STATUS "OpenMP multithreading not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled")
 212     set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 213         "OpenMP multithreading not not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled!" FORCE)
 214 endif()
 215
 216 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 217 if(GMX_OPENMP)
 218     find_package(OpenMP)
 219     if(OPENMP_FOUND)
 220         # CMake on Windows doesn't support linker flags passed to target_link_libraries
 221         # (i.e. it treats /openmp as \openmp library file). Also, no OpenMP linker flags are needed.
 222         if(NOT (WIN32 AND NOT CYGWIN))
 223             if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND GMX_PREFER_STATIC_OPENMP AND NOT APPLE)
 224                 set(OpenMP_LINKER_FLAGS "-Wl,-static -lgomp -lrt -Wl,-Bdynamic -lpthread")
 225                 set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "")
 226             else()
 227                 # Only set a linker flag if the user didn't set them manually
 228                 if(NOT DEFINED OpenMP_LINKER_FLAGS)
 229                     set(OpenMP_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 230                 endif()
 231                 if(NOT DEFINED OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
 232                     set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 233                 endif()
 234             endif()
 235         endif()
 236     else(OPENMP_FOUND)
 237         message(WARNING
 238                 "The compiler you are using does not support OpenMP parallelism. This might hurt your performance a lot, in particular with GPUs. Try using a more recent version, or a different compiler. For now, we are proceeding by turning off OpenMP.")
 239         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Whether GROMACS will use OpenMP parallelism." FORCE)
 240     endif(OPENMP_FOUND)
 241 endif()
 242
 243
 244 include(gmxCFlags)
 245 gmx_c_flags()
 246
 247 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 248 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 249 # on the affected files.
 250 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 251 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 252
 253 # clang 3.0 is buggy for some unknown reason detected during adding
 254 # the SSE2 group kernels for GROMACS 4.6. If we ever work out what
 255 # that is, we should replace these tests with a compiler feature test,
 256 # update GROMACS Redmine task #1039 and perhaps report a clang bug.
 257 #
 258 # In the meantime, until we require CMake 2.8.10 we cannot rely on it to detect
 259 # the compiler version for us. So we need a manual check for clang 3.0.
 260 include(gmxDetectClang30)
 261 gmx_detect_clang_3_0(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 262 if(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 263     message(FATAL_ERROR "Your compiler is clang version 3.0, which is known to be buggy for GROMACS. Use a different compiler.")
 264 endif()
 265
 266 if (CMAKE_C_COMPILER_ID STREQUAL "PGI")
 267     message(WARNING "All tested PGI compiler versions (up to 12.9.0) generate binaries which produce incorrect results, or even fail to compile Gromacs. Highly recommended to use a different compiler. If you choose to use PGI, make sure to run the regressiontests.")
 268 endif()
 269
 270 if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "12.0.0")
 271     message(WARNING "Intel compilers before 12.0.0 are not routinely tested, so there may be problems. Version 11.1 with SSE4.1 is known to produce incorrect results. It is highly recommended to use a more up-to-date compiler. If you choose to use this version, make sure you run the regressiontests.")
 272 endif()
 273
 274 ########################################################################
 275 # Set up binary and library suffixing
 276 ########################################################################
 277 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 278 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
 279   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 280 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 281   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
 282   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
 283   if (GMX_MPI)
 284     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
 285     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
 286   endif(GMX_MPI)
 287   if (GMX_DOUBLE)
 288     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
 289     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
 290   endif(GMX_DOUBLE)
 291   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 292   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 293     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 294     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 295   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 296 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 297   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 298   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 299     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 300     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 301   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 302 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 303 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 304
 305 set(PKG_CFLAGS "")
 306 if(GMX_DOUBLE)
 307     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 308 endif(GMX_DOUBLE)
 309 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 310   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 311 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 312
 313
 314
 315 ########################################################################
 316 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 317 ########################################################################
 318 include(CheckIncludeFiles)
 319 include(CheckIncludeFileCXX)
 320 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 321 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 322 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 323 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 324 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 325 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 326 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 327
 328 check_include_files(regex.h      HAVE_POSIX_REGEX)
 329 check_include_file_cxx(regex     HAVE_CXX11_REGEX)
 330 # TODO: It could be nice to inform the user if no regex support is found,
 331 # as selections won't be fully functional.
 332
 333 include(CheckFunctionExists)
 334 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 335 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 336 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 337 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 338 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 339 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 340 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 341 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 342 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 343 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 344 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 345 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 346 check_function_exists(sched_getaffinity HAVE_SCHED_GETAFFINITY)
 347 check_function_exists(rsqrt             HAVE_RSQRT)
 348 check_function_exists(rsqrtf            HAVE_RSQRTF)
 349 check_function_exists(sqrtf             HAVE_SQRTF)
 350
 351 include(CheckLibraryExists)
 352 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 353 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 354
 355
 356 include(CheckTypeSize)
 357
 358 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 359 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 360 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 361 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 362 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 363
 364 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 365     set(GMX_64_BIT TRUE)
 366 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 367     set(GMX_64_BIT FALSE)
 368 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 369
 370 include(TestBigEndian)
 371 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 372
 373
 374 if(APPLE OR CYGWIN OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux|.*BSD")
 375     # Maybe Solaris should be here? Patch this if you know!
 376     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 377 elseif(WIN32 OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "BlueGene")
 378     # Support for shared libs on native Windows is a bit new. Its
 379     # default might change later if/when we sort things out. Also,
 380     # Cray should go here. What variable value can detect it?
 381     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 382 else()
 383     message(STATUS "Defaulting to building static libraries")
 384     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 385 endif()
 386
 387 # Management of GROMACS options for specific toolchains should go
 388 # here. Because the initial settings for some of the main options have
 389 # already happened, but things like library detection and MPI compiler
 390 # feature detection have not, the docstrings for any over-rides of
 391 # GROMACS defaults or user settings will make sense. Also, any
 392 # toolchain-related reasons for choosing whether to detect various
 393 # things can be sorted out now, before the detection takes place.
 394 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES BlueGene)
 395     include(gmxManageBlueGene)
 396 endif()
 397
 398 if(UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS AND SHARED_LIBS_DEFAULT)
 399     if(BUILD_SHARED_LIBS)
 400         # Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 401         message(WARNING "Searching for static libraries requested, and building shared Gromacs libraries requested. This might cause problems linking later.")
 402     elseif(NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS)
 403         # Change default to OFF. Don't warn if it's already off.
 404         message(WARNING "Searching for static libraries requested, so the GROMACS libraries will also be built statically (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 405         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 406     endif()
 407 endif()
 408
 409 # By now, all tool chains should have spoken up if they care about
 410 # the setting of SHARED_LIBS_DEFAULT.
 411 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic e.g. with MPI, or on some HPC systems)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 412
 413 ########################################################################
 414 #Process MPI settings
 415 ########################################################################
 416 include(gmxManageMPI)
 417
 418 ########################################################################
 419 # Find external packages                                               #
 420 ########################################################################
 421 if(UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 422     # On Linux .a is the static library suffix, on Mac OS X .lib can also
 423     # be used, so we'll add both to the preference list.
 424     SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES ".lib;.a" ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 425 endif()
 426
 427 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 428   # This makes windows.h not declare min/max as macros that would break
 429   # C++ code using std::min/std::max.
 430   add_definitions(-DNOMINMAX)
 431
 432   if (NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 433       option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" ON)
 434       if(NOT GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 435           message(WARNING "Shared system libraries requested, and static Gromacs libraries requested.")
 436       endif()
 437   else()
 438       message(FATAL_ERROR "BUILD_SHARED_LIBS not yet working for Windows in the master branch")
 439       option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" OFF)
 440       if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 441           #this combination segfaults (illigal passing of file handles)
 442           message(FATAL_ERROR "Static system libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 443       endif()
 444       add_definitions(-DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY)
 445       set(PKG_CFLAGS "$PKG_CFLAGS -DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY")
 446   endif()
 447   mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 448
 449   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 450       #Only setting Debug and Release flags. Others configurations are current not used.
 451       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 452       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 453       if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 454           STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 455           STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 456       endif()
 457   ENDIF()
 458   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 459     if(BUILD_SHARED_LIBS) #not sure why incremental building with shared libs doesn't work
 460         STRING(REPLACE "/INCREMENTAL:YES" "" CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS})
 461     endif()
 462   ENDIF()
 463 ENDIF()
 464
 465 # Unconditionally find the package, as it is also required for unit tests
 466 find_package(LibXml2)
 467 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files (currently has no effect)" ${LIBXML2_FOUND})
 468 set(PKG_XML "")
 469 mark_as_advanced(GMX_XML)
 470 # Don't actually do anything, since libxml2 is currently not used by libgromacs
 471 #if(GMX_XML AND NOT LIBXML2_FOUND)
 472 #    message(FATAL_ERROR "libxml2 not found. Set GMX_XML=OFF to compile without XML support")
 473 #endif()
 474 #if(GMX_XML)
 475 #    include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 476 #    set(PKG_XML libxml-2.0)
 477 #    set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 478 #endif(GMX_XML)
 479
 480 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 481 if (GMX_GSL)
 482   find_package(GSL)
 483   set(PKG_GSL "")
 484   if(GSL_FOUND)
 485     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 486     set(PKG_GSL gsl)
 487     set(HAVE_LIBGSL 1)
 488   endif(GSL_FOUND)
 489 endif (GMX_GSL)
 490
 491 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 492 if (GMX_X11)
 493     find_package(X11)
 494     # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 495     if(NOT X11_FOUND)
 496         message(WARNING "X11 include files and/or libraries were not found. Will not build the GROMACS X11-binaries, such as ngmx")
 497     endif()
 498 endif(GMX_X11)
 499
 500 include(ThreadMPI)
 501 set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 502 # Enable core threading facilities
 503 tmpi_enable_core("${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders")
 504 # Enable tMPI C++ support
 505 tmpi_enable_cxx()
 506 if(GMX_THREAD_MPI)
 507     # enable MPI functions
 508     tmpi_enable()
 509     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 510     set(GMX_MPI 1)
 511 endif(GMX_THREAD_MPI)
 512 tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC)
 513
 514 if(GMX_GPU)
 515     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 516     gmx_gpu_setup()
 517 endif(GMX_GPU)
 518
 519 if(APPLE)
 520    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 521    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 522 endif(APPLE)
 523
 524 if(CYGWIN)
 525     set(GMX_CYGWIN 1)
 526 endif(CYGWIN)
 527
 528 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 529     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 530 endif()
 531
 532 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 533 if(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 534     if (NOT SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY)
 535         message(FATAL_ERROR
 536             "Cannot generate git version information from source tree not under git. "
 537             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 538     endif ()
 539     # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 540     # found or the version is too small, we can't generate version information.
 541     find_package(Git)
 542
 543     # Find out the git version
 544     if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 545       execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 546         OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 547         OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 548       string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 549       set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 550       mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 551     endif()
 552
 553     if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 554         message(FATAL_ERROR
 555             "No compatible git version found (>= 1.5.3 required). "
 556             "Won't be able to generate development version information. "
 557             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 558     endif()
 559 endif()
 560
 561 # Detect boost unless GMX_EXTERNAL_BOOST is explicitly OFF
 562 # Used for default if GMX_EXTERNAL_BOOST is not defined (first CMake pass)
 563 if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST OR GMX_EXTERNAL_BOOST)
 564     find_package(Boost 1.44.0)
 565     if(Boost_FOUND AND Boost_VERSION VERSION_LESS "104400")
 566         set(Boost_FOUND FALSE)
 567     endif()
 568     # Print the notification only on first run, when determining the default
 569     if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 570         message("Boost >= 1.44 not found. Using minimal internal version. "
 571                 "This may cause trouble if you plan on compiling/linking other "
 572                 "software that uses Boost against Gromacs.")
 573     endif()
 574 endif()
 575 option(GMX_EXTERNAL_BOOST "Use external Boost instead of minimal built-in version"
 576        ${Boost_FOUND})
 577 if(GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 578     message(FATAL_ERROR
 579         "Boost >= 1.44 not found. "
 580         "You can set GMX_EXTERNAL_BOOST=OFF to compile against minimal "
 581         "version of Boost included with Gromacs.")
 582 endif()
 583
 584 option(GMX_BUILD_UNITTESTS "Build unit tests with BUILD_TESTING (uses Google C++ Testing and Mocking Frameworks, requires libxml2)" ${LIBXML2_FOUND})
 585 mark_as_advanced(GMX_BUILD_UNITTESTS)
 586 if (GMX_BUILD_UNITTESTS AND NOT LIBXML2_FOUND)
 587     message(FATAL_ERROR
 588         "Cannot build unit tests without libxml2. "
 589         "Either set GMX_BUILD_UNITTESTS=OFF or tell CMake how to find libxml2.")
 590 endif()
 591 set(MEMORYCHECK_SUPPRESSIONS_FILE ${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/legacy_and_external.supp)
 592
 593 ########################################################################
 594 # Generate development version info for cache
 595 ########################################################################
 596 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 597 # include(gmxGenerateVersionString)
 598
 599 ########################################################################
 600 # Our own GROMACS tests
 601 ########################################################################
 602
 603 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 604 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src)
 605 # Required for config.h, maybe should only be set in src/CMakeLists.txt
 606 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 607 # Required for gmx_header_config_gen.h to be found before installation
 608 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src/gromacs/utility)
 609 # Required for now to make old code compile
 610 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders)
 611
 612 include(gmxTestInlineASM)
 613 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 614
 615 include(gmxSetBuildInformation)
 616 gmx_set_build_information()
 617 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 618     # The timestep counter headers do not include config.h
 619     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 620 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 621
 622 include(gmxTestFloatFormat)
 623 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 624                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 625                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 626
 627 include(gmxTestLargeFiles)
 628 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 629
 630 include(gmxTestSignal)
 631 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 632
 633 include(gmxTestInline)
 634 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 635
 636 include(gmxTestRestrict)
 637 gmx_test_restrict(RESTRICT_KEYWORD)
 638
 639 include(gmxTestPipes)
 640 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 641
 642 include(gmxTestIsfinite)
 643 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 644 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 645 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 646
 647 include(gmxTestCXX11)
 648 gmx_test_cxx11(GMX_CXX11 GMX_CXX11_FLAGS)
 649 if(CXX11_FLAG AND GMX_GPU)
 650     #FIXME: add proper solution for progate all but cxx11 flag
 651     set(CUDA_PROPAGATE_HOST_FLAGS no)
 652     message(WARNING "Please manually add compiler flags to CUDA_NVCC_FLAGS. Automatic propogation temporary not working.")
 653 endif()
 654
 655 include(gmxTestXDR)
 656 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 657 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 658     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 659     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 660 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 661
 662 # include avx test source, used if the AVX flags are set below
 663 include(gmxTestAVXMaskload)
 664
 665 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 666 #
 667 # Note that for the backward-compatible x86 SIMD architectures, the
 668 # GMX_CPU_ACCELERATION determines the maximum level of the instruction
 669 # set used (e.g. GMX_CPU_ACCLERATION=SSE4.1 implies
 670 # SSE2). Accordingly, there are a set of CMake variables
 671 # GMX_<arch>_<feature-set> that are exported to the C code to specify
 672 # CPU features that should be used. This means that the logic for
 673 # requiring such backward compatibility is all located here.
 674 string(TOUPPER ${GMX_CPU_ACCELERATION} GMX_CPU_ACCELERATION)
 675 if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 676     # nothing to do
 677 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 678
 679     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 680     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 681         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 682     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 683
 684     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 685     if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 686         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 687     endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 688
 689     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 690
 691     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 692     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 693
 694     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 695         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 696     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 697
 698     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE2 1)
 699     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 700     set(GMX_X86_SSE2 1)
 701     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 702       message(STATUS "Enabling SSE2 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 703     endif()
 704
 705 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 706
 707     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 708     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 709         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 710     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 711     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 712         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 713         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead first.
 714         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 715             GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 716             message(WARNING "Neither SSE4.1 or SSE2 seems to be supported by your Windows compiler. Something is likely broken.")
 717         else()
 718             message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance")
 719         endif()
 720     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 721
 722     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 723     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 724         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 725     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 726     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 727         message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance.")
 728         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 729         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 730         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 731             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 732         endif()
 733     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 734
 735     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 736     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 737
 738     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 739         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 740     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 741
 742     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE4_1 1)
 743     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 744     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 745     set(GMX_X86_SSE2   1)
 746     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 747       message(STATUS "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 748     endif()
 749
 750     if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_EQUAL "11.1")
 751         message(FATAL_ERROR "You are using Intel compiler version 11.1, and that compiler is known to produce incorrect results with SSE4.1 acceleration. You need to use another compiler (e.g. icc 12 or newer) or different acceleration (probably slower simulations).")
 752     endif()
 753 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 754
 755     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 756
 757     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" ACCELERATION_C_FLAGS)
 758     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 759         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_C_FLAGS)
 760     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 761     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 762         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 763     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 764
 765     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 766     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 767         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 768     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 769     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 770        message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 771     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 772
 773     # Set the FMA4 flags (MSVC doesn't require any)
 774     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" AND NOT MSVC)
 775         if (${CMAKE_COMPILER_ID} MATCHES "Clang")
 776             message(FATAL_ERROR "Clang up to at least version 3.2 produces incorrect code for AVX_128_FMA. Sorry, but you will have to select a different compiler or acceleration.")
 777         endif()
 778         GMX_TEST_CFLAG(GNU_FMA_CFLAG "-mfma4" ACCELERATION_C_FLAGS)
 779         if (NOT GNU_FMA_CFLAG)
 780             message(WARNING "No C FMA4 flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 781         endif(NOT GNU_FMA_CFLAG)
 782         GMX_TEST_CFLAG(GNU_XOP_CFLAG "-mxop" ACCELERATION_C_FLAGS)
 783         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 784         if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 785             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_FMA_CXXFLAG "-mfma4" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 786             if (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 787                 message(WARNING "No C++ FMA flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 788             endif (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 789             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_XOP_CXXFLAG "-mxop" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 790             # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 791         endif()
 792     endif()
 793
 794     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 795     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 796
 797     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 798         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 799     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 800
 801     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 802         try_compile(TEST_AVX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 803             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestAVX.c"
 804             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 805         if(NOT TEST_AVX)
 806             message(FATAL_ERROR "Cannot compile AVX intrinsics. Consider switching compiler.")
 807         endif()
 808     endif()
 809
 810     # GCC requires x86intrin.h for FMA support. MSVC 2010 requires intrin.h for FMA support.
 811     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 812     check_include_file(intrin.h HAVE_INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 813
 814     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 815     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 816     set(GMX_X86_SSE2   1)
 817
 818     # But just enable one of the choices internally...
 819     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 820         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_128_FMA 1)
 821         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 822         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 823           message(STATUS "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add), and it will help compiler optimization.")
 824         endif()
 825     else()
 826         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 827         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_256 1)
 828         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 829         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 830           message(STATUS "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 831         endif()
 832     endif()
 833
 834     # Unfortunately gcc-4.5.2 and gcc-4.6.0 has a bug where they use the wrong datatype for the formal
 835     # parameter of the mask for maskload/maskstore arguments. Check if this is present, since we can work around it.
 836     gmx_test_avx_gcc_maskload_bug(${ACCELERATION_C_FLAGS} GMX_X86_AVX_GCC_MASKLOAD_BUG)
 837
 838 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "IBM_QPX")
 839     # Used on BlueGene/Q
 840     if (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "XL")
 841         GMX_TEST_CFLAG(XLC_BLUEGENEQ_CFLAG "-qarch=qp -qtune=qp" ACCELERATION_C_FLAGS)
 842         try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 843             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestQPX.c"
 844             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 845         if(NOT TEST_QPX)
 846             message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics.")
 847         endif()
 848     endif()
 849     if (CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "XL" AND CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 850         GMX_TEST_CXXFLAG(XLC_BLUEGENEQ_CXXFLAG "-qarch=qp -qtune=qp" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 851         try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 852             "cmake/TestQPX.c"
 853             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS")
 854         if(NOT TEST_QPX)
 855             message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics.")
 856         endif()
 857     endif()
 858
 859     if (TEST_QPX)
 860         message(WARNING "IBM QPX acceleration was selected and could be compiled, but the accelerated kernels are not yet available.")
 861         set(GMX_CPU_ACCELERATION_IBM_QPX 1)
 862     else()
 863         message(FATAL_ERROR "Cannot compile IBM QPX intrinsics without the XL compiler. If you are compiling for BlueGene/Q, use 'cmake .. -DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=BlueGeneQ-static-XL-C' to set up the tool chain.")
 864     endif()
 865 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SPARC64_HPC_ACE")
 866     set(GMX_CPU_ACCELERATION_SPARC64_HPC_ACE 1)
 867 else(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 868     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_CPU_ACCELERATION}. Pick one of None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, IBM_QPX, Sparc64_HPC_ACE")
 869 endif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 870 set(ACCELERATION_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 871
 872 # Process QM/MM Settings
 873 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} GMX_QMMM_PROGRAM)
 874 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 875     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 876 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 877     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 878 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 879     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 880 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 881     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 882 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 883     # nothing to do
 884 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 885     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 886 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 887
 888 # Process FFT library settings
 889 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
 890 set(PKG_FFT "")
 891 set(PKG_FFT_LIBS "")
 892 set(MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION "Use full paths to library files, in the right order, and separated by semicolons.")
 893 set(MKL_LIBRARIES "" CACHE STRING "List of libraries for linking to MKL. Only used with GMX_FFT_LIBRARY=mkl. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
 894 set(MKL_INCLUDE_DIR "" CACHE PATH "Path to mkl.h (non-inclusive). Only used with GMX_FFT_LIBRARY=mkl.")
 895 mark_as_advanced(FORCE MKL_LIBRARIES)
 896 mark_as_advanced(FORCE MKL_INCLUDE_DIR)
 897 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 898     if(GMX_DOUBLE)
 899         set(FFTW fftw)
 900     else()
 901         set(FFTW fftwf)
 902     endif()
 903
 904     if(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 905       add_subdirectory(src/contrib/fftw)
 906     else()
 907       find_package(FFTW COMPONENTS ${FFTW})
 908     endif()
 909
 910     string(TOUPPER "${FFTW}" FFTW)
 911     set(PKG_FFT "${${FFTW}_PKG}")
 912     include_directories(${${FFTW}_INCLUDE_DIRS})
 913     set(FFT_LIBRARIES ${${FFTW}_LIBRARIES})
 914     if(NOT ${FFTW}_FOUND)
 915       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for single-precision GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS). Either choose the right precision, choose another FFT(W) library, enable the advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you, or use the really slow GROMACS built-in fftpack library.")
 916     endif()
 917
 918     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 919
 920     if ((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND NOT ${FFTW}_HAVE_SIMD)
 921       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SIMD support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 922     endif()
 923
 924     if((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND ${FFTW}_HAVE_AVX)
 925         # If we're not doing CPU acceleration, we don't care about FFTW performance on x86 either
 926         message(WARNING "The FFTW library was compiled with --enable-avx to enable AVX SIMD instructions. That might sound like a good idea for your processor, but for FFTW versions up to 3.3.3, these are slower than the SSE/SSE2 SIMD instructions for the way GROMACS uses FFTs. Limitations in the way FFTW allows GROMACS to measure performance make it awkward for either GROMACS or FFTW to make the decision for you based on runtime performance. You should compile a different FFTW library with --enable-sse or --enable-sse2. If you have a more recent FFTW, you may like to compare the performance of GROMACS with FFTW libraries compiled with and without --enable-avx. However, the GROMACS developers do not really expect the FFTW AVX optimization to help, because the performance is limited by memory access, not computation.")
 927     endif()
 928
 929     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
 930         MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - FFTW3")
 931     endif()
 932 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 933     # Intel 11 and up makes life somewhat easy if you just want to use
 934     # all their stuff. It's not easy if you only want some of their
 935     # stuff...
 936     if (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_GREATER "11")
 937         # The next line takes care of everything for MKL
 938         if (WIN32)
 939             set(FFT_LINKER_FLAGS "/Qmkl=sequential")
 940         else()
 941             set(FFT_LINKER_FLAGS "-mkl=sequential")
 942         endif()
 943         set(MKL_ERROR_MESSAGE "Make sure you have configured your compiler so that ${FFT_LINKER_FLAGS} will work.")
 944     else()
 945         # The user will have to provide the set of magic libraries in
 946         # MKL_LIBRARIES, which we cache (non-advanced), so that they
 947         # don't have to keep specifying it, and can easily see that
 948         # CMake is still using that information.
 949         set(MKL_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}" CACHE STRING "User-specified libraries for linking to MKL")
 950         mark_as_advanced(CLEAR MKL_LIBRARIES)
 951         include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 952         mark_as_advanced(CLEAR MKL_INCLUDE_DIR)
 953         set(FFT_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}")
 954         set(MKL_ERROR_MESSAGE "The include path to mkl.h in MKL_INCLUDE_DIR, and the link libraries in MKL_LIBRARIES=${MKL_LIBRARIES} need to match what the MKL documentation says you need for your system. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
 955         # Convert the semi-colon separated list to a list of
 956         # command-line linker arguments so that code using our
 957         # pkgconfig setup can use it.
 958         string(REGEX REPLACE ";" " " PKG_FFT_LIBS "${MKL_LIBRARIES}")
 959     endif()
 960
 961     # Check MKL works. If we were in a non-global scope, we wouldn't
 962     # have to play nicely.
 963     set(old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
 964     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS}")
 965     set(old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
 966     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${FFT_LIBRARIES}")
 967
 968     check_function_exists(DftiCreateDescriptor TEST_MKL)
 969
 970     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
 971     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
 972
 973     if(NOT TEST_MKL)
 974         # Hack to help the user vary MKL settings until they work.
 975         # TODO Make this logic more useful.
 976         unset(TEST_MKL CACHE)
 977         message(FATAL_ERROR "Linking with MKL was requested, but was not successful. ${MKL_ERROR_MESSAGE}")
 978     endif()
 979
 980     # Set variables to signal that we have MKL available and should use it for FFTs.
 981     set(GMX_FFT_MKL 1)
 982     set(HAVE_LIBMKL 1)
 983
 984     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
 985         MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 986     endif()
 987
 988 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 989 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 990 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 991 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 992     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 993     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
 994         MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 995     endif()
 996 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 997     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
 998 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 999 set(GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE ${GMX_FFT_LIBRARY} CACHE INTERNAL "Previous value for GMX_FFT_LIBRARY, so that we can detect when it changes.")
1000
1001 # enable threaded fftw3 if we've found it
1002 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
1003     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
1004 endif()
1005
1006 set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
1007 set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
1008 # MKL has BLAS/LAPACK routines
1009 if(NOT HAVE_LIBMKL AND NOT ACCELERATE_FRAMEWORK)
1010   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1011     if (GMX_BLAS_USER)
1012         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
1013     else(GMX_BLAS_USER)
1014         set(BLAS_FIND_QUIETLY ON)
1015         find_package(BLAS)
1016         if (BLAS_FOUND)
1017           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
1018         else()
1019           MESSAGE(STATUS "Using internal BLAS library")
1020           set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in" FORCE)
1021         endif()
1022     endif(GMX_BLAS_USER)
1023   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1024   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1025     if (GMX_LAPACK_USER)
1026         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
1027     else(GMX_LAPACK_USER)
1028         set(LAPACK_FIND_QUIETLY ON)
1029         find_package(LAPACK)
1030         if (LAPACK_FOUND)
1031           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
1032         else()
1033           MESSAGE(STATUS "Using internal LAPACK library")
1034           set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in" FORCE)
1035         endif()
1036     endif(GMX_LAPACK_USER)
1037   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1038 endif()
1039 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1040 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1041
1042 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
1043
1044 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
1045   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
1046     # Native Windows does not have, nor need dlopen
1047     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
1048     include(gmxTestdlopen)
1049     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
1050   endif()
1051
1052   # so, should we use plug-ins?
1053   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
1054     if(NOT VMD_QUIETLY)
1055       MESSAGE(STATUS
1056           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
1057           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
1058           "formats).")
1059     endif()
1060     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
1061       find_package(VMD)
1062     endif()
1063     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
1064     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
1065     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
1066   else()
1067     set(PKG_DL_LIBS)
1068   endif()
1069 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
1070 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1071
1072 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
1073     if(NOT CMAKE_CROSSCOMPILING)
1074         option(GMX_BUILD_MANPAGES "Build man pages" ON)
1075     else()
1076         message(STATUS "Building the man pages is not available when "
1077             "cross-compiling the developer version from git")
1078     endif()
1079 else()
1080     #make sure source package contains all man pages
1081     if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/man/man1/ngmx.1")
1082         message(FATAL_ERROR "Man pages are missing from source package.")
1083     endif()
1084 endif()
1085 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANPAGES)
1086
1087 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1088 if(HAVE_LIBM)
1089     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1090 endif(HAVE_LIBM)
1091
1092 if(GMX_FAHCORE)
1093   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1094       "Path to swindirect.h")
1095   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1096   set_property(CACHE GMX_COOL_QUOTES VALUE OFF)
1097 endif(GMX_FAHCORE)
1098
1099 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1100 # these are set after everything else
1101 if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
1102     set(CMAKE_C_FLAGS "${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}")
1103     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}")
1104     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}")
1105     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}")
1106 else()
1107     message("Recommended flags which are not added because GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS=yes:")
1108     message("CMAKE_C_FLAGS: ${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMXC_CFLAGS}")
1109     message("CMAKE_C_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CFLAGS_RELEASE}")
1110     message("CMAKE_C_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CFLAGS_DEBUG}")
1111     message("CMAKE_CXX_FLAGS: ${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${GMXC_CXXFLAGS}")
1112     message("CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE}")
1113     message("CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CXXFLAGS_DEBUG}")
1114     message("CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1115     message("CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS: ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1116 endif()
1117
1118 if(NOT GMX_OPENMP)
1119     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
1120     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
1121     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
1122     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
1123 else()
1124     set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_LINKER_FLAGS})
1125     set(GMX_SHARED_LINKER_FLAGS ${GMX_SHARED_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS})
1126 endif()
1127 set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} ${OpenMP_C_FLAGS}")
1128
1129 ######################################
1130 # Output compiler and CFLAGS used
1131 ######################################
1132 get_compiler_info(C BUILD_C_COMPILER BUILD_CFLAGS)
1133 if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1134     get_compiler_info(CXX BUILD_CXX_COMPILER BUILD_CXXFLAGS)
1135 endif ()
1136
1137 ########################################################################
1138 # Specify install locations
1139 ########################################################################
1140 if ( NOT DEFINED GMXLIB )
1141     set(GMXLIB lib)
1142 endif()
1143 set(LIB_INSTALL_DIR "${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMXLIB}")
1144 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1145 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/gromacs)
1146 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1147 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1148
1149 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1150
1151 ##################################################################
1152 # Shared library settings
1153 ##################################################################
1154 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1155     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1156     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1157     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1158     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1159 else()
1160     if(CMAKE_SYSTEM_VERSION VERSION_GREATER 8.0) #rpath supported for >10.4
1161         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "@rpath")
1162         set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} "-Wl,-rpath,@executable_path/../lib")
1163     else()
1164         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${LIB_INSTALL_DIR}")
1165     endif()
1166 endif()
1167
1168 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
1169 #Simpler to always install.
1170 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
1171
1172 if(GMX_EXTERNAL_BOOST)
1173     include_directories(${Boost_INCLUDE_DIRS})
1174 else()
1175     include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost)
1176     # typeid not supported for minimal internal version
1177     # (would add significant amount of code)
1178     add_definitions(-DBOOST_NO_TYPEID)
1179     # TODO: Propagate the above settings to the installed CMakeFiles.txt template
1180     # (from share/template/)
1181     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DBOOST_NO_TYPEID -I${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost")
1182     install(DIRECTORY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost/boost
1183             DESTINATION ${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost
1184             COMPONENT development)
1185 endif()
1186
1187 add_subdirectory(doxygen)
1188 add_subdirectory(share)
1189 add_subdirectory(src)
1190 add_subdirectory(scripts)
1191
1192 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
1193 # Don't bother the user after the first configure pass.
1194 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
1195     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
1196     unset(CUDA_NOTFOUND_AUTO)
1197     unset(CUDA_NOTFOUND_MESSAGE)
1198 endif()
1199 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
1200
1201 #######################
1202 ## uninstall target
1203 #######################
1204     CONFIGURE_FILE(
1205                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1206                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1207                    IMMEDIATE @ONLY)
1208 ###########################
1209 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1210                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1211                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1212 ###########################
1213
1214 ########################################################################
1215 # Tests                                                                #
1216 ########################################################################
1217
1218 include(CTest)
1219 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
1220 #gmxtests target builds all binaries required for running gmxtest
1221 add_custom_target(gmxtests DEPENDS grompp mdrun pdb2gmx gmxcheck gmx links)
1222 IF(BUILD_TESTING)
1223     enable_testing()
1224     add_subdirectory(tests)
1225     #"check" target builds and runs all tests
1226     add_custom_target(check COMMAND ${CMAKE_CTEST_COMMAND} --output-on-failure)
1227     add_dependencies(check gmxtests tests)
1228     #TODO: Add warning if NOT REGRESSIONTEST_PATH OR NOT GMX_XML that regression/unit tests are not run.
1229 ENDIF()
1230