CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
   2 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
   3 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
   4
   5 # CMake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
   6 # This needs to be set before project() in order to pick up toolchain files
   7 list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/Platform)
   8
   9 project(Gromacs)
  10 include(Dart)
  11 mark_as_advanced(DART_ROOT)
  12
  13 set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  14 set(CMAKE_ARCHIVE_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  15 set(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin)
  16
  17 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  18 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  19 #
  20 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  21 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  22 # machine with no git.
  23 #
  24 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  25 set(PROJECT_VERSION "5.0-dev")
  26 # The version number of the regressiontest tarball against which this
  27 # git branch can be tested. Normally, this will be the version of the
  28 # last patch release. Comment the next line out for branches leading
  29 # to a major/minor release.
  30 set(REGRESSIONTEST_VERSION "4.6.2")
  31 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  32     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  33 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  34 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  35     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  36 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  37 set(SOVERSION 8)
  38 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  39 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "5")
  40 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "0")
  41 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  42
  43 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  44 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  45 math(EXPR NUM_VERSION
  46     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  47 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  48     math(EXPR NUM_VERSION
  49          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  50 endif()
  51
  52 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  53 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  54 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  55 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  56 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  57 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  58
  59 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  60     set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  61 endif()
  62
  63 set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
  64 mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
  65
  66 include(gmxBuildTypeReference)
  67
  68 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  69     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference." FORCE)
  70 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  71
  72 enable_language(C)
  73 enable_language(CXX)
  74
  75 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
  76 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  77 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  78 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  79 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  80 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/COPYING")
  81 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  82 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES "\\\\.isreposource$;\\\\.git/;\\\\.gitignore$")
  83 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
  84 SET(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/man;man")
  85 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
  86
  87 #must come after all cpack settings!
  88 include(CPack)
  89
  90 set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY OFF)
  91 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
  92     set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY ON)
  93 endif()
  94
  95 ########################################################################
  96 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
  97 ########################################################################
  98 if(CMAKE_HOST_UNIX)
  99     execute_process(COMMAND hostname
 100                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
 101                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 102     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
 103         message(WARNING "
 104             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 105             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 106             recommended to regenerate the cache!")
 107     endif()
 108     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 109             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 110 endif()
 111
 112 ########################################################################
 113 option(GMX_COOL_QUOTES "Enable Gromacs cool quotes" ON)
 114 mark_as_advanced(GMX_COOL_QUOTES)
 115
 116 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 117 # User input options                                                   #
 118 ########################################################################
 119 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 120 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 121 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 122 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 123 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 124 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 125 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 126
 127 # decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection
 128 include(gmxManageGPU)
 129
 130 # TODO: move OpenMM to contrib
 131 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
 132 mark_as_advanced(GMX_OPENMM)
 133
 134 include(gmxDetectAcceleration)
 135 if(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 136     if(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 137         if("${CMAKE_SYSTEM_NAME}" MATCHES "BlueGeneQ")
 138             set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "IBM_QPX")
 139         else()
 140             set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "None")
 141         endif()
 142     else(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 143         gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION)
 144     endif(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 145 endif(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 146
 147 set(GMX_CPU_ACCELERATION "@GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION@"
 148     CACHE STRING "Accelerated CPU kernels. Pick one of: None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, IBM_QPX, Sparc64_HPC_ACE")
 149
 150 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
 151     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
 152 option(GMX_BUILD_OWN_FFTW "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack." OFF)
 153 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 154 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 155        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
 156 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 157 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
 158     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
 159 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 160 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 161 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 162 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 163 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 164 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 165
 166 option(GMX_GPU  "Enable GPU acceleration" ON)
 167 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 168
 169 option(GMX_GIT_VERSION_INFO "Generate git version information" ${SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY})
 170 mark_as_advanced(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 171
 172 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
 173 if(UNIX)
 174     option(GMX_SYMLINK_OLD_BINARY_NAMES "Create symbolic links for pre-5.0 binary names" ON)
 175 endif()
 176
 177 if(UNIX)
 178     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static archives (not available on non-*nix platforms and it will only work if static versions of external dependencies are available and found)!" OFF)
 179     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 180 endif()
 181
 182 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 183 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 184
 185 option(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS "Don't automatically add suggested/required Compiler flags." OFF)
 186 mark_as_advanced(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
 187
 188 option(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE
 189        "Tune build for better code coverage metrics (e.g., disable asserts)"
 190        OFF)
 191 mark_as_advanced(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
 192
 193 ######################################################################
 194 # Compiler tests
 195 # These need to be done early (before further tests).
 196 #####################################################################
 197
 198 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
 199 # are used with permission from CMake v2.8.9 so that GROMACS can detect
 200 # invalid options with the Intel Compilers.
 201 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
 202 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
 203 include(CheckCCompilerFlag)
 204 include(CheckCXXCompilerFlag)
 205
 206 # Get compiler version information, needs to be done early as check that depend
 207 # on compiler verison follow below.
 208 include(gmxGetCompilerInfo)
 209 get_compiler_version()
 210
 211 # First exclude compilers known to not work with OpenMP although claim to support it:
 212 # gcc 4.2.1 and gcc-llvm 4.2.1 (also claims to be 4.2.1) on Mac OS X
 213 # This fixes redmine 900 and needs to run before OpenMP flags are set below.
 214 if (CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin" AND
 215     (CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND C_COMPILER_VERSION AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 4.3))
 216     message(STATUS "OpenMP multithreading not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled")
 217     set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 218         "OpenMP multithreading not not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled!" FORCE)
 219 endif()
 220
 221 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 222 if(GMX_OPENMP)
 223     find_package(OpenMP)
 224     if(OPENMP_FOUND)
 225         # CMake on Windows doesn't support linker flags passed to target_link_libraries
 226         # (i.e. it treats /openmp as \openmp library file). Also, no OpenMP linker flags are needed.
 227         if(NOT (WIN32 AND NOT CYGWIN))
 228             if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND GMX_PREFER_STATIC_OPENMP AND NOT APPLE)
 229                 set(OpenMP_LINKER_FLAGS "-Wl,-static -lgomp -lrt -Wl,-Bdynamic -lpthread")
 230                 set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "")
 231             else()
 232                 # Only set a linker flag if the user didn't set them manually
 233                 if(NOT DEFINED OpenMP_LINKER_FLAGS)
 234                     set(OpenMP_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 235                 endif()
 236                 if(NOT DEFINED OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
 237                     set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 238                 endif()
 239             endif()
 240         endif()
 241     else(OPENMP_FOUND)
 242         message(WARNING
 243                 "The compiler you are using does not support OpenMP parallelism. This might hurt your performance a lot, in particular with GPUs. Try using a more recent version, or a different compiler. For now, we are proceeding by turning off OpenMP.")
 244         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Whether GROMACS will use OpenMP parallelism." FORCE)
 245     endif(OPENMP_FOUND)
 246 endif()
 247
 248
 249 include(gmxCFlags)
 250 gmx_c_flags()
 251
 252 # This variable should be used for additional compiler flags which are not
 253 # generated in gmxCFlags nor are acceleration or MPI related.
 254 set(EXTRA_C_FLAGS "")
 255 set(EXTRA_CXX_FLAGS "")
 256
 257 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 258 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 259 # on the affected files.
 260 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 261 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 262
 263 # clang 3.0 is buggy for some unknown reason detected during adding
 264 # the SSE2 group kernels for GROMACS 4.6. If we ever work out what
 265 # that is, we should replace these tests with a compiler feature test,
 266 # update GROMACS Redmine task #1039 and perhaps report a clang bug.
 267 #
 268 # In the meantime, until we require CMake 2.8.10 we cannot rely on it to detect
 269 # the compiler version for us. So we need a manual check for clang 3.0.
 270 include(gmxDetectClang30)
 271 gmx_detect_clang_3_0(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 272 if(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 273     message(FATAL_ERROR "Your compiler is clang version 3.0, which is known to be buggy for GROMACS. Use a different compiler.")
 274 endif()
 275
 276 # clang <=3.2 contains a bug that causes incorrect code to be generated for the
 277 # vfmaddps instruction and therefore the bug is triggered with AVX_128_FMA.
 278 # (see: http://llvm.org/bugs/show_bug.cgi?id=15040).
 279 # We can work around this by not using the integrated assembler (except on OS X
 280 # which has an outdated assembler that does not support AVX instructions).
 281 if (${CMAKE_C_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 282     set(GMX_USE_CLANG_C_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 283 endif()
 284 if (${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 285     set(GMX_USE_CLANG_CXX_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 286 endif()
 287
 288 if (CMAKE_C_COMPILER_ID STREQUAL "PGI")
 289     message(WARNING "All tested PGI compiler versions (up to 12.9.0) generate binaries which produce incorrect results, or even fail to compile Gromacs. Highly recommended to use a different compiler. If you choose to use PGI, make sure to run the regressiontests.")
 290 endif()
 291
 292 if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "12.0.0")
 293     message(WARNING "Intel compilers before 12.0.0 are not routinely tested, so there may be problems. Version 11.1 with SSE4.1 is known to produce incorrect results. It is highly recommended to use a more up-to-date compiler. If you choose to use this version, make sure you run the regressiontests.")
 294 endif()
 295
 296 ########################################################################
 297 # Set up binary and library suffixing
 298 ########################################################################
 299 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 300 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
 301   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 302 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 303   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
 304   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
 305   if (GMX_MPI)
 306     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
 307     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
 308   endif(GMX_MPI)
 309   if (GMX_DOUBLE)
 310     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
 311     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
 312   endif(GMX_DOUBLE)
 313   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 314   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 315     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 316     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 317   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 318 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 319   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 320   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 321     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 322     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 323   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 324 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 325 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 326
 327 set(PKG_CFLAGS "")
 328 if(GMX_DOUBLE)
 329     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 330 endif(GMX_DOUBLE)
 331 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 332   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 333 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 334
 335
 336
 337 ########################################################################
 338 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 339 ########################################################################
 340 include(CheckIncludeFiles)
 341 include(CheckIncludeFileCXX)
 342 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 343 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 344 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 345 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 346 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 347 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 348 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 349
 350 check_include_files(regex.h      HAVE_POSIX_REGEX)
 351 check_include_file_cxx(regex     HAVE_CXX11_REGEX)
 352 # TODO: It could be nice to inform the user if no regex support is found,
 353 # as selections won't be fully functional.
 354
 355 include(CheckFunctionExists)
 356 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 357 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 358 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 359 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 360 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 361 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 362 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 363 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 364 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 365 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 366 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 367 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 368 check_function_exists(sched_getaffinity HAVE_SCHED_GETAFFINITY)
 369 check_function_exists(rsqrt             HAVE_RSQRT)
 370 check_function_exists(rsqrtf            HAVE_RSQRTF)
 371 check_function_exists(sqrtf             HAVE_SQRTF)
 372
 373 include(CheckLibraryExists)
 374 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 375
 376
 377 include(CheckTypeSize)
 378
 379 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 380 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 381 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 382 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 383 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 384
 385 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 386     set(GMX_64_BIT TRUE)
 387 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 388     set(GMX_64_BIT FALSE)
 389 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 390
 391 include(TestBigEndian)
 392 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 393
 394
 395 if(APPLE OR CYGWIN OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux|.*BSD")
 396     # Maybe Solaris should be here? Patch this if you know!
 397     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 398 elseif(WIN32 OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "BlueGene")
 399     # Support for shared libs on native Windows is a bit new. Its
 400     # default might change later if/when we sort things out. Also,
 401     # Cray should go here. What variable value can detect it?
 402     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 403 else()
 404     message(STATUS "Defaulting to building static libraries")
 405     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 406 endif()
 407
 408 # Management of GROMACS options for specific toolchains should go
 409 # here. Because the initial settings for some of the main options have
 410 # already happened, but things like library detection and MPI compiler
 411 # feature detection have not, the docstrings for any over-rides of
 412 # GROMACS defaults or user settings will make sense. Also, any
 413 # toolchain-related reasons for choosing whether to detect various
 414 # things can be sorted out now, before the detection takes place.
 415 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES BlueGene)
 416     include(gmxManageBlueGene)
 417 endif()
 418
 419 if(UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS AND SHARED_LIBS_DEFAULT)
 420     if(BUILD_SHARED_LIBS)
 421         # Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 422         message(WARNING "Searching for static libraries requested, and building shared Gromacs libraries requested. This might cause problems linking later.")
 423     elseif(NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS)
 424         # Change default to OFF. Don't warn if it's already off.
 425         message(WARNING "Searching for static libraries requested, so the GROMACS libraries will also be built statically (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 426         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 427     endif()
 428 endif()
 429
 430 # By now, all tool chains should have spoken up if they care about
 431 # the setting of SHARED_LIBS_DEFAULT.
 432 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic e.g. with MPI, or on some HPC systems)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 433
 434 ########################################################################
 435 #Process MPI settings
 436 ########################################################################
 437 include(gmxManageMPI)
 438
 439 ########################################################################
 440 # Find external packages                                               #
 441 ########################################################################
 442 if(UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 443     # On Linux .a is the static library suffix, on Mac OS X .lib can also
 444     # be used, so we'll add both to the preference list.
 445     SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES ".lib;.a" ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 446 endif()
 447
 448 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 449   # This makes windows.h not declare min/max as macros that would break
 450   # C++ code using std::min/std::max.
 451   add_definitions(-DNOMINMAX)
 452
 453   if (NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 454       option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" ON)
 455       if(NOT GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 456           message(WARNING "Shared system libraries requested, and static Gromacs libraries requested.")
 457       endif()
 458   else()
 459       message(FATAL_ERROR "BUILD_SHARED_LIBS not yet working for Windows in the master branch")
 460       option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" OFF)
 461       if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 462           #this combination segfaults (illigal passing of file handles)
 463           message(FATAL_ERROR "Static system libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 464       endif()
 465       add_definitions(-DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY)
 466       set(PKG_CFLAGS "$PKG_CFLAGS -DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY")
 467   endif()
 468   mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 469
 470   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 471       #Only setting Debug and Release flags. Others configurations are current not used.
 472       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 473       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 474       if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 475           STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 476           STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 477       endif()
 478   ENDIF()
 479   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 480     if(BUILD_SHARED_LIBS) #not sure why incremental building with shared libs doesn't work
 481         STRING(REPLACE "/INCREMENTAL:YES" "" CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS})
 482     endif()
 483   ENDIF()
 484 ENDIF()
 485
 486 # Unconditionally find the package, as it is also required for unit tests
 487 find_package(LibXml2)
 488 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files (currently has no effect)" ${LIBXML2_FOUND})
 489 set(PKG_XML "")
 490 mark_as_advanced(GMX_XML)
 491 # Don't actually do anything, since libxml2 is currently not used by libgromacs
 492 #if(GMX_XML AND NOT LIBXML2_FOUND)
 493 #    message(FATAL_ERROR "libxml2 not found. Set GMX_XML=OFF to compile without XML support")
 494 #endif()
 495 #if(GMX_XML)
 496 #    include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 497 #    set(PKG_XML libxml-2.0)
 498 #    set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 499 #endif(GMX_XML)
 500
 501 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 502 if (GMX_GSL)
 503   find_package(GSL)
 504   set(PKG_GSL "")
 505   if(GSL_FOUND)
 506     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 507     set(PKG_GSL gsl)
 508     set(HAVE_LIBGSL 1)
 509   endif(GSL_FOUND)
 510 endif (GMX_GSL)
 511
 512 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 513 if (GMX_X11)
 514     find_package(X11)
 515     # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 516     if(NOT X11_FOUND)
 517         message(WARNING "X11 include files and/or libraries were not found. Will not build the GROMACS X11-binaries, such as ngmx")
 518     endif()
 519 endif(GMX_X11)
 520
 521 include(ThreadMPI)
 522 set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 523 # Enable core threading facilities
 524 tmpi_enable_core("${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders")
 525 # Enable tMPI C++ support
 526 tmpi_enable_cxx()
 527 if(GMX_THREAD_MPI)
 528     # enable MPI functions
 529     tmpi_enable()
 530     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 531     set(GMX_MPI 1)
 532 endif(GMX_THREAD_MPI)
 533 tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC)
 534
 535 if(GMX_GPU)
 536     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 537     gmx_gpu_setup()
 538 endif(GMX_GPU)
 539
 540 if(APPLE)
 541    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 542    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 543 endif(APPLE)
 544
 545 if(CYGWIN)
 546     set(GMX_CYGWIN 1)
 547 endif(CYGWIN)
 548
 549 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 550     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 551 endif()
 552
 553 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 554 if(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 555     if (NOT SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY)
 556         message(FATAL_ERROR
 557             "Cannot generate git version information from source tree not under git. "
 558             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 559     endif ()
 560     # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 561     # found or the version is too small, we can't generate version information.
 562     find_package(Git)
 563
 564     # Find out the git version
 565     if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 566       execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 567         OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 568         OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 569       string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 570       set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 571       mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 572     endif()
 573
 574     if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 575         message(FATAL_ERROR
 576             "No compatible git version found (>= 1.5.3 required). "
 577             "Won't be able to generate development version information. "
 578             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 579     endif()
 580 endif()
 581
 582 # Detect boost unless GMX_EXTERNAL_BOOST is explicitly OFF
 583 # Used for default if GMX_EXTERNAL_BOOST is not defined (first CMake pass)
 584 if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST OR GMX_EXTERNAL_BOOST)
 585     find_package(Boost 1.44.0)
 586     if(Boost_FOUND AND Boost_VERSION VERSION_LESS "104400")
 587         set(Boost_FOUND FALSE)
 588     endif()
 589     # Print the notification only on first run, when determining the default
 590     if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 591         message("Boost >= 1.44 not found. Using minimal internal version. "
 592                 "This may cause trouble if you plan on compiling/linking other "
 593                 "software that uses Boost against Gromacs.")
 594     endif()
 595 endif()
 596 option(GMX_EXTERNAL_BOOST "Use external Boost instead of minimal built-in version"
 597        ${Boost_FOUND})
 598 if(GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 599     message(FATAL_ERROR
 600         "Boost >= 1.44 not found. "
 601         "You can set GMX_EXTERNAL_BOOST=OFF to compile against minimal "
 602         "version of Boost included with Gromacs.")
 603 endif()
 604
 605 option(GMX_BUILD_UNITTESTS "Build unit tests with BUILD_TESTING (uses Google C++ Testing and Mocking Frameworks, requires libxml2)" ${LIBXML2_FOUND})
 606 mark_as_advanced(GMX_BUILD_UNITTESTS)
 607 if (GMX_BUILD_UNITTESTS AND NOT LIBXML2_FOUND)
 608     message(FATAL_ERROR
 609         "Cannot build unit tests without libxml2. "
 610         "Either set GMX_BUILD_UNITTESTS=OFF or tell CMake how to find libxml2.")
 611 endif()
 612 set(MEMORYCHECK_SUPPRESSIONS_FILE ${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/legacy_and_external.supp)
 613
 614 ########################################################################
 615 # Generate development version info for cache
 616 ########################################################################
 617 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 618 # include(gmxGenerateVersionString)
 619
 620 ########################################################################
 621 # Our own GROMACS tests
 622 ########################################################################
 623
 624 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 625 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src)
 626 # Required for config.h, maybe should only be set in src/CMakeLists.txt
 627 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 628 # Required for gmx_header_config_gen.h to be found before installation
 629 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src/gromacs/utility)
 630 # Required for now to make old code compile
 631 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders)
 632
 633 include(gmxTestInlineASM)
 634 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 635
 636 include(gmxSetBuildInformation)
 637 gmx_set_build_information()
 638 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 639     # The timestep counter headers do not include config.h
 640     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 641 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 642
 643 include(gmxTestFloatFormat)
 644 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 645                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 646                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 647
 648 include(gmxTestLargeFiles)
 649 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 650
 651 include(gmxTestSignal)
 652 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 653
 654 include(gmxTestInline)
 655 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 656
 657 include(gmxTestRestrict)
 658 gmx_test_restrict(RESTRICT_KEYWORD)
 659
 660 include(gmxTestPipes)
 661 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 662
 663 include(gmxTestIsfinite)
 664 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 665 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 666 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 667
 668 include(gmxTestCXX11)
 669 gmx_test_cxx11(GMX_CXX11 GMX_CXX11_FLAGS)
 670 if(CXX11_FLAG AND GMX_GPU)
 671     #FIXME: add proper solution for progate all but cxx11 flag
 672     set(CUDA_PROPAGATE_HOST_FLAGS no)
 673     message(WARNING "Please manually add compiler flags to CUDA_NVCC_FLAGS. Automatic propogation temporary not working.")
 674 endif()
 675
 676 include(gmxTestXDR)
 677 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 678 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 679     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 680     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 681 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 682
 683 # include avx test source, used if the AVX flags are set below
 684 include(gmxTestAVXMaskload)
 685
 686 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 687 #
 688 # Note that for the backward-compatible x86 SIMD architectures, the
 689 # GMX_CPU_ACCELERATION determines the maximum level of the instruction
 690 # set used (e.g. GMX_CPU_ACCLERATION=SSE4.1 implies
 691 # SSE2). Accordingly, there are a set of CMake variables
 692 # GMX_<arch>_<feature-set> that are exported to the C code to specify
 693 # CPU features that should be used. This means that the logic for
 694 # requiring such backward compatibility is all located here.
 695 string(TOUPPER ${GMX_CPU_ACCELERATION} GMX_CPU_ACCELERATION)
 696 if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 697     # nothing to do
 698 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 699
 700     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 701     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 702         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 703     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 704
 705     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 706     if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 707         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 708     endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 709
 710     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 711
 712     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 713     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 714
 715     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 716         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 717     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 718
 719     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE2 1)
 720     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 721     set(GMX_X86_SSE2 1)
 722     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 723       message(STATUS "Enabling SSE2 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 724     endif()
 725
 726 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 727
 728     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 729     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 730         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 731     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 732     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 733         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 734         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead first.
 735         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 736             GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 737             message(WARNING "Neither SSE4.1 or SSE2 seems to be supported by your Windows compiler. Something is likely broken.")
 738         else()
 739             message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance")
 740         endif()
 741     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 742
 743     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 744     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 745         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 746     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 747     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 748         message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance.")
 749         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 750         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 751         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 752             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 753         endif()
 754     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 755
 756     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 757     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 758
 759     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 760         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 761     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 762
 763     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE4_1 1)
 764     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 765     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 766     set(GMX_X86_SSE2   1)
 767     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 768       message(STATUS "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 769     endif()
 770
 771     if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_EQUAL "11.1")
 772         message(FATAL_ERROR "You are using Intel compiler version 11.1, and that compiler is known to produce incorrect results with SSE4.1 acceleration. You need to use another compiler (e.g. icc 12 or newer) or different acceleration (probably slower simulations).")
 773     endif()
 774 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 775
 776     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 777
 778     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" ACCELERATION_C_FLAGS)
 779     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 780         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_C_FLAGS)
 781     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 782     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 783         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 784     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 785
 786     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 787     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 788         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 789     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 790     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 791        message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 792     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 793
 794     # Set the FMA4 flags (MSVC doesn't require any)
 795     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" AND NOT MSVC)
 796         GMX_TEST_CFLAG(GNU_FMA_CFLAG "-mfma4" ACCELERATION_C_FLAGS)
 797         if (NOT GNU_FMA_CFLAG)
 798             message(WARNING "No C FMA4 flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 799         endif(NOT GNU_FMA_CFLAG)
 800         GMX_TEST_CFLAG(GNU_XOP_CFLAG "-mxop" ACCELERATION_C_FLAGS)
 801         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 802         if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 803             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_FMA_CXXFLAG "-mfma4" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 804             if (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 805                 message(WARNING "No C++ FMA flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 806             endif (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 807             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_XOP_CXXFLAG "-mxop" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 808             # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 809         endif()
 810     endif()
 811
 812     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 813     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 814
 815     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 816         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 817     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 818
 819     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 820         try_compile(TEST_AVX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 821             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestAVX.c"
 822             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 823         if(NOT TEST_AVX)
 824             message(FATAL_ERROR "Cannot compile AVX intrinsics. Consider switching compiler.")
 825         endif()
 826     endif()
 827
 828     # GCC requires x86intrin.h for FMA support. MSVC 2010 requires intrin.h for FMA support.
 829     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 830     check_include_file(intrin.h HAVE_INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 831
 832     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 833     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 834     set(GMX_X86_SSE2   1)
 835
 836     # But just enable one of the choices internally...
 837     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 838         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_128_FMA 1)
 839         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 840         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 841           message(STATUS "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add), and it will help compiler optimization.")
 842         endif()
 843
 844         # We don't have the full compiler version string yet (BUILD_C_COMPILER),
 845         # so we can't distinguish vanilla and Apple clang, but catering for AMD
 846         # hackintoshes is not worth the effort.
 847         if (APPLE AND (${CMAKE_C_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang" OR
 848                     ${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang"))
 849             message(WARNING "Due to a known compiler bug, Clang up to version 3.2 (and Apple Clang up to version 4.1) produces incorrect code with AVX_128_FMA acceleration. As we can not work around this bug on OS X, you will have to select a different compiler or CPU acceleration.")
 850         endif()
 851
 852         if (GMX_USE_CLANG_C_FMA_BUG_WORKAROUND)
 853             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 854             message(STATUS "Clang ${C_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 855             set(EXTRA_C_FLAGS "${EXTRA_C_FLAGS} -no-integrated-as")
 856         endif()
 857         if (GMX_USE_CLANG_CXX_FMA_BUG_WORKAROUND)
 858             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 859             message(STATUS "Clang ${CXX_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 860             set(EXTRA_CXX_FLAGS "${EXTRA_CXX_FLAGS} -no-integrated-as")
 861         endif()
 862
 863     else()
 864         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 865         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_256 1)
 866         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 867         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 868           message(STATUS "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 869         endif()
 870     endif()
 871
 872     # Unfortunately gcc-4.5.2 and gcc-4.6.0 has a bug where they use the wrong datatype for the formal
 873     # parameter of the mask for maskload/maskstore arguments. Check if this is present, since we can work around it.
 874     gmx_test_avx_gcc_maskload_bug(${ACCELERATION_C_FLAGS} GMX_X86_AVX_GCC_MASKLOAD_BUG)
 875
 876 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "IBM_QPX")
 877     # Used on BlueGene/Q
 878     if (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "XL")
 879         GMX_TEST_CFLAG(XLC_BLUEGENEQ_CFLAG "-qarch=qp -qtune=qp" ACCELERATION_C_FLAGS)
 880         try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 881             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestQPX.c"
 882             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 883         if(NOT TEST_QPX)
 884             message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics.")
 885         endif()
 886     endif()
 887     if (CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "XL" AND CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 888         GMX_TEST_CXXFLAG(XLC_BLUEGENEQ_CXXFLAG "-qarch=qp -qtune=qp" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 889         try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 890             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestQPX.c"
 891             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS}")
 892         if(NOT TEST_QPX)
 893             message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics.")
 894         endif()
 895     endif()
 896
 897     if (TEST_QPX)
 898         message(WARNING "IBM QPX acceleration was selected and could be compiled, but the accelerated kernels are not yet available.")
 899         set(GMX_CPU_ACCELERATION_IBM_QPX 1)
 900     else()
 901         message(FATAL_ERROR "Cannot compile IBM QPX intrinsics without the XL compiler. If you are compiling for BlueGene/Q, use 'cmake .. -DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=BlueGeneQ-static-XL-C' to set up the tool chain.")
 902     endif()
 903 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SPARC64_HPC_ACE")
 904     set(GMX_CPU_ACCELERATION_SPARC64_HPC_ACE 1)
 905 else(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 906     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_CPU_ACCELERATION}. Pick one of None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, IBM_QPX, Sparc64_HPC_ACE")
 907 endif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 908 set(ACCELERATION_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 909
 910 # Process QM/MM Settings
 911 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} GMX_QMMM_PROGRAM)
 912 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 913     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 914 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 915     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 916 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 917     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 918 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 919     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 920 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 921     # nothing to do
 922 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 923     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 924 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 925
 926 # Process FFT library settings
 927 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
 928 set(PKG_FFT "")
 929 set(PKG_FFT_LIBS "")
 930 set(MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION "Use full paths to library files, in the right order, and separated by semicolons.")
 931 set(MKL_LIBRARIES "" CACHE STRING "List of libraries for linking to MKL. Only used with GMX_FFT_LIBRARY=mkl. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
 932 set(MKL_INCLUDE_DIR "" CACHE PATH "Path to mkl.h (non-inclusive). Only used with GMX_FFT_LIBRARY=mkl.")
 933 mark_as_advanced(FORCE MKL_LIBRARIES)
 934 mark_as_advanced(FORCE MKL_INCLUDE_DIR)
 935 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 936     if(GMX_DOUBLE)
 937         set(FFTW fftw)
 938     else()
 939         set(FFTW fftwf)
 940     endif()
 941
 942     if(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 943       add_subdirectory(src/contrib/fftw)
 944     else()
 945       find_package(FFTW COMPONENTS ${FFTW})
 946     endif()
 947
 948     string(TOUPPER "${FFTW}" FFTW)
 949     set(PKG_FFT "${${FFTW}_PKG}")
 950     include_directories(${${FFTW}_INCLUDE_DIRS})
 951     set(FFT_LIBRARIES ${${FFTW}_LIBRARIES})
 952     if(NOT ${FFTW}_FOUND)
 953       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for single-precision GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS). Either choose the right precision, choose another FFT(W) library, enable the advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you, or use the really slow GROMACS built-in fftpack library.")
 954     endif()
 955
 956     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 957
 958     if ((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND NOT ${FFTW}_HAVE_SIMD)
 959       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SIMD support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 960     endif()
 961
 962     if((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND ${FFTW}_HAVE_AVX)
 963         # If we're not doing CPU acceleration, we don't care about FFTW performance on x86 either
 964         message(WARNING "The FFTW library was compiled with --enable-avx to enable AVX SIMD instructions. That might sound like a good idea for your processor, but for FFTW versions up to 3.3.3, these are slower than the SSE/SSE2 SIMD instructions for the way GROMACS uses FFTs. Limitations in the way FFTW allows GROMACS to measure performance make it awkward for either GROMACS or FFTW to make the decision for you based on runtime performance. You should compile a different FFTW library with --enable-sse or --enable-sse2. If you have a more recent FFTW, you may like to compare the performance of GROMACS with FFTW libraries compiled with and without --enable-avx. However, the GROMACS developers do not really expect the FFTW AVX optimization to help, because the performance is limited by memory access, not computation.")
 965     endif()
 966
 967     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
 968         MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - FFTW3")
 969     endif()
 970 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 971     # Intel 11 and up makes life somewhat easy if you just want to use
 972     # all their stuff. It's not easy if you only want some of their
 973     # stuff...
 974     if (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_GREATER "11")
 975         # The next line takes care of everything for MKL
 976         if (WIN32)
 977             set(FFT_LINKER_FLAGS "/Qmkl=sequential")
 978         else()
 979             set(FFT_LINKER_FLAGS "-mkl=sequential")
 980         endif()
 981         set(MKL_ERROR_MESSAGE "Make sure you have configured your compiler so that ${FFT_LINKER_FLAGS} will work.")
 982     else()
 983         # The user will have to provide the set of magic libraries in
 984         # MKL_LIBRARIES, which we cache (non-advanced), so that they
 985         # don't have to keep specifying it, and can easily see that
 986         # CMake is still using that information.
 987         set(MKL_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}" CACHE STRING "User-specified libraries for linking to MKL")
 988         mark_as_advanced(CLEAR MKL_LIBRARIES)
 989         include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 990         mark_as_advanced(CLEAR MKL_INCLUDE_DIR)
 991         set(FFT_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}")
 992         set(MKL_ERROR_MESSAGE "The include path to mkl.h in MKL_INCLUDE_DIR, and the link libraries in MKL_LIBRARIES=${MKL_LIBRARIES} need to match what the MKL documentation says you need for your system. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
 993         # Convert the semi-colon separated list to a list of
 994         # command-line linker arguments so that code using our
 995         # pkgconfig setup can use it.
 996         string(REGEX REPLACE ";" " " PKG_FFT_LIBS "${MKL_LIBRARIES}")
 997     endif()
 998
 999     # Check MKL works. If we were in a non-global scope, we wouldn't
1000     # have to play nicely.
1001     set(old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
1002     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS}")
1003     set(old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
1004     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${FFT_LIBRARIES}")
1005
1006     check_function_exists(DftiCreateDescriptor TEST_MKL)
1007
1008     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
1009     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
1010
1011     if(NOT TEST_MKL)
1012         # Hack to help the user vary MKL settings until they work.
1013         # TODO Make this logic more useful.
1014         unset(TEST_MKL CACHE)
1015         message(FATAL_ERROR "Linking with MKL was requested, but was not successful. ${MKL_ERROR_MESSAGE}")
1016     endif()
1017
1018     # Set variables to signal that we have MKL available and should use it for FFTs.
1019     set(GMX_FFT_MKL 1)
1020     set(HAVE_LIBMKL 1)
1021
1022     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
1023         MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
1024     endif()
1025
1026 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
1027 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
1028 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
1029 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
1030     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
1031     if(NOT "${GMX_FFT_LIBRARY}" STREQUAL "${GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE}")
1032         MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
1033     endif()
1034 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1035     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
1036 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1037 set(GMX_FFT_LIBRARY_PREVIOUS_VALUE ${GMX_FFT_LIBRARY} CACHE INTERNAL "Previous value for GMX_FFT_LIBRARY, so that we can detect when it changes.")
1038
1039 # enable threaded fftw3 if we've found it
1040 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
1041     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
1042 endif()
1043
1044 set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
1045 set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
1046 # MKL has BLAS/LAPACK routines
1047 if(NOT HAVE_LIBMKL AND NOT ACCELERATE_FRAMEWORK)
1048   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1049     if (GMX_BLAS_USER)
1050         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
1051     else(GMX_BLAS_USER)
1052         set(BLAS_FIND_QUIETLY ON)
1053         find_package(BLAS)
1054         if (BLAS_FOUND)
1055           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
1056         else()
1057           MESSAGE(STATUS "Using internal BLAS library")
1058           set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in" FORCE)
1059         endif()
1060     endif(GMX_BLAS_USER)
1061   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1062   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1063     if (GMX_LAPACK_USER)
1064         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
1065     else(GMX_LAPACK_USER)
1066         set(LAPACK_FIND_QUIETLY ON)
1067         find_package(LAPACK)
1068         if (LAPACK_FOUND)
1069           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
1070         else()
1071           MESSAGE(STATUS "Using internal LAPACK library")
1072           set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in" FORCE)
1073         endif()
1074     endif(GMX_LAPACK_USER)
1075   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1076 endif()
1077 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
1078 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1079
1080 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
1081
1082 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
1083   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
1084     # Native Windows does not have, nor need dlopen
1085     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
1086     include(gmxTestdlopen)
1087     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
1088   endif()
1089
1090   # so, should we use plug-ins?
1091   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
1092     if(NOT VMD_QUIETLY)
1093       MESSAGE(STATUS
1094           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
1095           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
1096           "formats).")
1097     endif()
1098     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
1099       find_package(VMD)
1100     endif()
1101     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
1102     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
1103     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
1104   else()
1105     set(PKG_DL_LIBS)
1106   endif()
1107 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
1108 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1109
1110 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
1111     if(NOT CMAKE_CROSSCOMPILING)
1112         option(GMX_BUILD_MANPAGES "Build man pages" ON)
1113     else()
1114         message(STATUS "Building the man pages is not available when "
1115             "cross-compiling the developer version from git")
1116     endif()
1117 else()
1118     #make sure source package contains all man pages
1119     if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/man/man1/ngmx.1")
1120         message(FATAL_ERROR "Man pages are missing from source package.")
1121     endif()
1122 endif()
1123 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANPAGES)
1124
1125 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1126 if(HAVE_LIBM)
1127     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1128 endif(HAVE_LIBM)
1129
1130 if(GMX_FAHCORE)
1131   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1132       "Path to swindirect.h")
1133   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1134   set_property(CACHE GMX_COOL_QUOTES PROPERTY VALUE OFF)
1135 endif(GMX_FAHCORE)
1136
1137 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1138 # these are set after everything else
1139 if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
1140     set(CMAKE_C_FLAGS "${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}")
1141     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}")
1142     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}")
1143     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}")
1144 else()
1145     message("Recommended flags which are not added because GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS=yes:")
1146     message("CMAKE_C_FLAGS: ${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${GMXC_CFLAGS}")
1147     message("CMAKE_C_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CFLAGS_RELEASE}")
1148     message("CMAKE_C_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CFLAGS_DEBUG}")
1149     message("CMAKE_CXX_FLAGS: ${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${GMXC_CXXFLAGS}")
1150     message("CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE}")
1151     message("CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CXXFLAGS_DEBUG}")
1152     message("CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1153     message("CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS: ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1154 endif()
1155
1156 if(NOT GMX_OPENMP)
1157     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
1158     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
1159     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
1160     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
1161 else()
1162     set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_LINKER_FLAGS})
1163     set(GMX_SHARED_LINKER_FLAGS ${GMX_SHARED_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS})
1164 endif()
1165 set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} ${OpenMP_C_FLAGS}")
1166
1167 ######################################
1168 # Output compiler and CFLAGS used
1169 ######################################
1170 get_compiler_info(C BUILD_C_COMPILER BUILD_CFLAGS)
1171 if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1172     get_compiler_info(CXX BUILD_CXX_COMPILER BUILD_CXXFLAGS)
1173 endif ()
1174 if(GMX_GPU)
1175     get_cuda_compiler_info(CUDA_NVCC_COMPILER_INFO CUDA_NVCC_COMPILER_FLAGS)
1176 endif(GMX_GPU)
1177
1178
1179 ########################################################################
1180 # Specify install locations
1181 ########################################################################
1182 if ( NOT DEFINED GMXLIB )
1183     set(GMXLIB lib)
1184 endif()
1185 set(LIB_INSTALL_DIR "${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMXLIB}")
1186 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1187 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/gromacs)
1188 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1189 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1190
1191 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1192
1193 ##################################################################
1194 # Shared library settings
1195 ##################################################################
1196 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1197     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1198     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1199     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1200     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1201 else()
1202     if(CMAKE_SYSTEM_VERSION VERSION_GREATER 8.0) #rpath supported for >10.4
1203         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "@rpath")
1204         set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} "-Wl,-rpath,@executable_path/../lib")
1205     else()
1206         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${LIB_INSTALL_DIR}")
1207     endif()
1208 endif()
1209
1210 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
1211 #Simpler to always install.
1212 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
1213
1214 if(GMX_EXTERNAL_BOOST)
1215     include_directories(${Boost_INCLUDE_DIRS})
1216 else()
1217     include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost)
1218     # typeid not supported for minimal internal version
1219     # (would add significant amount of code)
1220     add_definitions(-DBOOST_NO_TYPEID)
1221     # TODO: Propagate the above settings to the installed CMakeFiles.txt template
1222     # (from share/template/)
1223     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DBOOST_NO_TYPEID -I${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost")
1224     install(DIRECTORY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost/boost
1225             DESTINATION ${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost
1226             COMPONENT development)
1227 endif()
1228
1229 if (GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
1230     # Code heavy with asserts makes conditional coverage close to useless metric,
1231     # as by design most of the false branches are impossible to trigger in
1232     # correctly functioning code.  And the benefit of testing those that could
1233     # be triggered by using an API against its specification isn't usually
1234     # worth the effort.
1235     add_definitions(-DNDEBUG -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DGMX_DISABLE_ASSERTS)
1236 endif ()
1237
1238 add_subdirectory(doxygen)
1239 add_subdirectory(share)
1240 add_subdirectory(src)
1241 add_subdirectory(scripts)
1242
1243 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
1244 # Don't bother the user after the first configure pass.
1245 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
1246     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
1247     unset(CUDA_NOTFOUND_AUTO)
1248     unset(CUDA_NOTFOUND_MESSAGE)
1249 endif()
1250 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
1251
1252 #######################
1253 ## uninstall target
1254 #######################
1255     CONFIGURE_FILE(
1256                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1257                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1258                    IMMEDIATE @ONLY)
1259 ###########################
1260 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1261                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1262                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1263 ###########################
1264
1265 ########################################################################
1266 # Tests                                                                #
1267 ########################################################################
1268
1269 include(CTest)
1270 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
1271 #gmxtests target builds all binaries required for running gmxtest
1272 add_custom_target(gmxtests DEPENDS mdrun gmx links)
1273 IF(BUILD_TESTING)
1274     enable_testing()
1275     add_subdirectory(tests)
1276     #"check" target builds and runs all tests
1277     add_custom_target(check COMMAND ${CMAKE_CTEST_COMMAND} --output-on-failure)
1278     add_dependencies(check gmxtests tests)
1279     #TODO: Add warning if NOT REGRESSIONTEST_PATH OR NOT GMX_XML that regression/unit tests are not run.
1280 ENDIF()
1281