CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
   2 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
   3 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
   4
   5 # CMake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
   6 # This needs to be set before project() in order to pick up toolchain files
   7 list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/Platform)
   8
   9 project(Gromacs)
  10
  11 set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  12 set(CMAKE_ARCHIVE_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
  13 set(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin)
  14
  15 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  16 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  17 #
  18 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  19 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  20 # machine with no git.
  21 #
  22 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  23 set(PROJECT_VERSION "5.0-dev")
  24 # The version number of the regressiontest tarball against which this
  25 # git branch can be tested. Normally, this will be the version of the
  26 # last patch release. Comment the next line out for branches leading
  27 # to a major/minor release.
  28 set(REGRESSIONTEST_VERSION "4.6.2")
  29 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  30     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  31 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  32 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  33     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  34 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  35 set(SOVERSION 8)
  36 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  37 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "5")
  38 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "0")
  39 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  40
  41 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  42 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  43 math(EXPR NUM_VERSION
  44     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  45 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  46     math(EXPR NUM_VERSION
  47          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  48 endif()
  49
  50 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  51 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  52 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  53 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  54 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  55 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  56
  57 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  58     set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  59 endif()
  60
  61 set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
  62 mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
  63
  64 include(gmxBuildTypeReference)
  65
  66 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  67     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference." FORCE)
  68 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  69
  70 enable_language(C)
  71 enable_language(CXX)
  72
  73 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
  74 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  75 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  76 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  77 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  78 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/COPYING")
  79 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  80 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES "\\\\.isreposource$;\\\\.git/;\\\\.gitignore$")
  81 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
  82 set(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/share/man;share/man")
  83 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
  84
  85 #must come after all cpack settings!
  86 include(CPack)
  87
  88 # Set a default valgrind suppression file.
  89 # This unfortunately needs to duplicate information from CTest to work as
  90 # expected...
  91 set(MEMORYCHECK_SUPPRESSIONS_FILE
  92     "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/legacy_and_external.supp"
  93     CACHE FILEPATH
  94     "File that contains suppressions for the memory checker")
  95 include(CTest)
  96
  97 set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY OFF)
  98 set(SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION OFF)
  99 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 100     set(SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY ON)
 101 endif()
 102 if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
 103     set(SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION ON)
 104 endif()
 105
 106 ########################################################################
 107 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
 108 ########################################################################
 109 if(CMAKE_HOST_UNIX)
 110     execute_process(COMMAND hostname
 111                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
 112                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 113     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
 114         message(WARNING "
 115             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 116             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 117             recommended to regenerate the cache!")
 118     endif()
 119     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 120             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 121 endif()
 122
 123 ########################################################################
 124 # User input options                                                   #
 125 ########################################################################
 126 include(gmxOptionUtilities)
 127
 128 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 129
 130 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 131 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 132 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 133 gmx_dependent_option(
 134     GMX_MPI_IN_PLACE
 135     "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined"
 136     ON
 137     GMX_MPI)
 138 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 139 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 140 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 141 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 142 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 143
 144 option(GMX_COOL_QUOTES "Enable Gromacs cool quotes" ON)
 145 mark_as_advanced(GMX_COOL_QUOTES)
 146 gmx_add_cache_dependency(GMX_COOL_QUOTES BOOL "NOT GMX_FAHCORE" OFF)
 147
 148 # decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection
 149 include(gmxManageGPU)
 150
 151 # Detect the architecture the compiler is targetting, detect
 152 # acceleration possibilities on that hardware, suggest an acceleration
 153 # to use if none is specified, and populate the cache option for CPU
 154 # accleration.
 155 include(gmxDetectTargetArchitecture)
 156 gmx_detect_target_architecture()
 157 include(gmxDetectAcceleration)
 158 gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION)
 159
 160 gmx_option_multichoice(
 161     GMX_CPU_ACCELERATION
 162     "Acceleration for CPU kernels and compiler optimization"
 163     "${GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION}"
 164     None SSE2 SSE4.1 AVX_128_FMA AVX_256 IBM_QPX Sparc64_HPC_ACE)
 165
 166 gmx_option_multichoice(
 167     GMX_FFT_LIBRARY
 168     "FFT library"
 169     "fftw3"
 170     fftw3 mkl "fftpack[built-in]")
 171 gmx_dependent_option(
 172     GMX_BUILD_OWN_FFTW
 173     "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack."
 174     OFF
 175     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
 176 gmx_dependent_option(
 177     GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 178     "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)"
 179     OFF
 180     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
 181 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 182 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 183
 184 gmx_option_multichoice(
 185     GMX_QMMM_PROGRAM
 186     "QM package for QM/MM"
 187     None
 188     none gaussian mopac gamess orca)
 189
 190 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 191 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 192 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 193 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 194
 195 option(GMX_GPU  "Enable GPU acceleration" ON)
 196 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 197
 198 option(GMX_GIT_VERSION_INFO "Generate git version information" ${SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY})
 199 mark_as_advanced(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 200
 201 if(UNIX)
 202     option(GMX_SYMLINK_OLD_BINARY_NAMES "Create symbolic links for pre-5.0 binary names" ON)
 203 endif()
 204 option(GMX_BUILD_MDRUN_ONLY "Build and install only the mdrun binary" OFF)
 205
 206 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 207 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 208
 209 option(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS "Don't automatically add suggested/required Compiler flags." OFF)
 210 mark_as_advanced(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
 211
 212 option(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE
 213        "Tune build for better code coverage metrics (e.g., disable asserts)"
 214        OFF)
 215 mark_as_advanced(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
 216
 217 ######################################################################
 218 # Compiler tests
 219 # These need to be done early (before further tests).
 220 #####################################################################
 221
 222 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
 223 # are used with permission from CMake v2.8.9 so that GROMACS can detect
 224 # invalid options with the Intel Compilers.
 225 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
 226 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
 227 include(CheckCCompilerFlag)
 228 include(CheckCXXCompilerFlag)
 229
 230 # Get compiler version information, needs to be done early as check that depend
 231 # on compiler verison follow below.
 232 include(gmxGetCompilerInfo)
 233 get_compiler_version()
 234
 235 # First exclude compilers known to not work with OpenMP although claim to support it:
 236 # gcc 4.2.1 and gcc-llvm 4.2.1 (also claims to be 4.2.1) on Mac OS X
 237 # This fixes redmine 900 and needs to run before OpenMP flags are set below.
 238 if (CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin" AND
 239     (CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND C_COMPILER_VERSION AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 4.3))
 240     message(STATUS "OpenMP multithreading not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled")
 241     set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 242         "OpenMP multithreading not not supported with gcc/llvm-gcc 4.2 on Mac OS X, disabled!" FORCE)
 243 endif()
 244
 245 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 246 if(GMX_OPENMP)
 247     find_package(OpenMP)
 248     if(OPENMP_FOUND)
 249         # CMake on Windows doesn't support linker flags passed to target_link_libraries
 250         # (i.e. it treats /openmp as \openmp library file). Also, no OpenMP linker flags are needed.
 251         if(NOT (WIN32 AND NOT CYGWIN))
 252             if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND GMX_PREFER_STATIC_OPENMP AND NOT APPLE)
 253                 set(OpenMP_LINKER_FLAGS "-Wl,-static -lgomp -lrt -Wl,-Bdynamic -lpthread")
 254                 set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "")
 255             else()
 256                 # Only set a linker flag if the user didn't set them manually
 257                 if(NOT DEFINED OpenMP_LINKER_FLAGS)
 258                     set(OpenMP_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 259                 endif()
 260                 if(NOT DEFINED OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
 261                     set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 262                 endif()
 263             endif()
 264         endif()
 265     else(OPENMP_FOUND)
 266         message(WARNING
 267                 "The compiler you are using does not support OpenMP parallelism. This might hurt your performance a lot, in particular with GPUs. Try using a more recent version, or a different compiler. For now, we are proceeding by turning off OpenMP.")
 268         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Whether GROMACS will use OpenMP parallelism." FORCE)
 269     endif(OPENMP_FOUND)
 270 endif()
 271
 272
 273 include(gmxCFlags)
 274 gmx_c_flags()
 275
 276 # This variable should be used for additional compiler flags which are not
 277 # generated in gmxCFlags nor are acceleration or MPI related.
 278 set(EXTRA_C_FLAGS "")
 279 set(EXTRA_CXX_FLAGS "")
 280
 281 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 282 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 283 # on the affected files.
 284 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 285 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 286
 287 # clang 3.0 is buggy for some unknown reason detected during adding
 288 # the SSE2 group kernels for GROMACS 4.6. If we ever work out what
 289 # that is, we should replace these tests with a compiler feature test,
 290 # update GROMACS Redmine task #1039 and perhaps report a clang bug.
 291 #
 292 # In the meantime, until we require CMake 2.8.10 we cannot rely on it to detect
 293 # the compiler version for us. So we need a manual check for clang 3.0.
 294 include(gmxDetectClang30)
 295 gmx_detect_clang_3_0(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 296 if(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 297     message(FATAL_ERROR "Your compiler is clang version 3.0, which is known to be buggy for GROMACS. Use a different compiler.")
 298 endif()
 299
 300 # clang <=3.2 contains a bug that causes incorrect code to be generated for the
 301 # vfmaddps instruction and therefore the bug is triggered with AVX_128_FMA.
 302 # (see: http://llvm.org/bugs/show_bug.cgi?id=15040).
 303 # We can work around this by not using the integrated assembler (except on OS X
 304 # which has an outdated assembler that does not support AVX instructions).
 305 if (${CMAKE_C_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 306     set(GMX_USE_CLANG_C_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 307 endif()
 308 if (${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} MATCHES "Clang" AND CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "3.3")
 309     set(GMX_USE_CLANG_CXX_FMA_BUG_WORKAROUND TRUE)
 310 endif()
 311
 312 if (CMAKE_C_COMPILER_ID STREQUAL "PGI")
 313     message(WARNING "All tested PGI compiler versions (up to 12.9.0) generate binaries which produce incorrect results, or even fail to compile Gromacs. Highly recommended to use a different compiler. If you choose to use PGI, make sure to run the regressiontests.")
 314 endif()
 315
 316 if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_LESS "12.0.0")
 317     message(WARNING "Intel compilers before 12.0.0 are not routinely tested, so there may be problems. Version 11.1 with SSE4.1 is known to produce incorrect results. It is highly recommended to use a more up-to-date compiler. If you choose to use this version, make sure you run the regressiontests.")
 318 endif()
 319
 320 set(PKG_CFLAGS "")
 321 if(GMX_DOUBLE)
 322     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 323 endif(GMX_DOUBLE)
 324 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 325   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 326 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 327
 328
 329
 330 ########################################################################
 331 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 332 ########################################################################
 333 include(CheckIncludeFiles)
 334 include(CheckIncludeFileCXX)
 335 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 336 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 337 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 338 check_include_files(time.h       HAVE_TIME_H)
 339 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 340 check_include_files(io.h         HAVE_IO_H)
 341 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 342
 343 check_include_files(regex.h      HAVE_POSIX_REGEX)
 344 check_include_file_cxx(regex     HAVE_CXX11_REGEX)
 345 # TODO: It could be nice to inform the user if no regex support is found,
 346 # as selections won't be fully functional.
 347
 348 include(CheckFunctionExists)
 349 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 350 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 351 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 352 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 353 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 354 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 355 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 356 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 357 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 358 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 359 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 360 check_function_exists(sched_getaffinity HAVE_SCHED_GETAFFINITY)
 361 check_function_exists(rsqrt             HAVE_RSQRT)
 362 check_function_exists(rsqrtf            HAVE_RSQRTF)
 363 check_function_exists(sqrtf             HAVE_SQRTF)
 364
 365 include(CheckLibraryExists)
 366 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 367 check_library_exists(rt clock_gettime "" HAVE_CLOCK_GETTIME)
 368
 369
 370 include(CheckTypeSize)
 371
 372 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 373 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 374 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 375 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 376 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 377
 378 include(TestBigEndian)
 379 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 380
 381 # Management of GROMACS options for specific toolchains should go
 382 # here. Because the initial settings for some of the main options have
 383 # already happened, but things like library detection and MPI compiler
 384 # feature detection have not, the docstrings for any over-rides of
 385 # GROMACS defaults or user settings will make sense. Also, any
 386 # toolchain-related reasons for choosing whether to detect various
 387 # things can be sorted out now, before the detection takes place.
 388 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES BlueGene)
 389     include(gmxManageBlueGene)
 390 endif()
 391
 392 ########################################################################
 393 #Process MPI settings
 394 ########################################################################
 395 include(gmxManageMPI)
 396
 397 ########################################################################
 398 # Shared/static library settings
 399 ########################################################################
 400 # Determine the defaults (this block has no effect if the variables have
 401 # already been set)
 402 if(APPLE OR CYGWIN OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux|.*BSD")
 403     # Maybe Solaris should be here? Patch this if you know!
 404     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 405 elseif(WIN32 OR ${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "BlueGene")
 406     # Support for shared libs on native Windows is a bit new. Its
 407     # default might change later if/when we sort things out. Also,
 408     # Cray should go here. What variable value can detect it?
 409     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 410 else()
 411     if (NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS)
 412         message(STATUS "Defaulting to building static libraries")
 413     endif()
 414     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 415 endif()
 416 if (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 417     if (NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS AND SHARED_LIBS_DEFAULT)
 418         message("Searching for static libraries requested, so the GROMACS libraries will also be built statically (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 419     endif()
 420     set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 421 endif()
 422 set(GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DEFAULT OFF)
 423 if (WIN32 AND NOT CYGWIN AND NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 424     set(GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DEFAULT ON)
 425 endif()
 426
 427 # Declare the user-visible options
 428 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic e.g. with MPI, or on some HPC systems)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 429 if (UNIX)
 430     set(GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DESCRIPTION
 431         "When finding libraries prefer static archives (it will only work if static versions of external dependencies are available and found)")
 432 elseif (WIN32 and NOT CYGWIN)
 433     set(GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DESCRIPTION
 434         "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)")
 435 endif()
 436 option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "${GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DESCRIPTION}"
 437        ${GMX_PREFER_STATIC_LIBS_DEFAULT})
 438 mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 439
 440 # Act on the set values
 441 if (UNIX AND GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 442     if(BUILD_SHARED_LIBS)
 443         # Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 444         message(WARNING "Searching for static libraries requested, and building shared Gromacs libraries requested. This might cause problems linking later.")
 445     endif()
 446     # On Linux .a is the static library suffix, on Mac OS X .lib can also
 447     # be used, so we'll add both to the preference list.
 448     SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES ".lib;.a" ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 449 endif()
 450 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 451   if (NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 452       if(NOT GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 453           message(WARNING "Shared system libraries requested, and static Gromacs libraries requested.")
 454       endif()
 455   else()
 456       message(FATAL_ERROR "BUILD_SHARED_LIBS=ON not yet working for Windows in the master branch")
 457       if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 458           #this combination segfaults (illegal passing of file handles)
 459           message(FATAL_ERROR "Static system libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 460       endif()
 461       add_definitions(-DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY)
 462       set(PKG_CFLAGS "$PKG_CFLAGS -DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY")
 463   endif()
 464
 465   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 466       #Only setting Debug and Release flags. Others configurations are current not used.
 467       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 468       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 469       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 470       STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 471   ENDIF()
 472   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 473     if(BUILD_SHARED_LIBS) #not sure why incremental building with shared libs doesn't work
 474         STRING(REPLACE "/INCREMENTAL:YES" "" CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS})
 475     endif()
 476   ENDIF()
 477 ENDIF()
 478
 479 ########################################################################
 480 # Find external packages                                               #
 481 ########################################################################
 482
 483 # Unconditionally find the package, as it is also required for unit tests
 484 find_package(LibXml2)
 485 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files (currently has no effect)" ${LIBXML2_FOUND})
 486 set(PKG_XML "")
 487 mark_as_advanced(GMX_XML)
 488 # Don't actually do anything, since libxml2 is currently not used by libgromacs
 489 #if(GMX_XML AND NOT LIBXML2_FOUND)
 490 #    message(FATAL_ERROR "libxml2 not found. Set GMX_XML=OFF to compile without XML support")
 491 #endif()
 492 #if(GMX_XML)
 493 #    include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 494 #    set(PKG_XML libxml-2.0)
 495 #    set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 496 #endif(GMX_XML)
 497
 498 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 499 if (GMX_GSL)
 500   find_package(GSL)
 501   set(PKG_GSL "")
 502   if(GSL_FOUND)
 503     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 504     set(PKG_GSL gsl)
 505     set(HAVE_LIBGSL 1)
 506   endif(GSL_FOUND)
 507 endif (GMX_GSL)
 508
 509 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 510 if (GMX_X11)
 511     find_package(X11)
 512     # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 513     if(NOT X11_FOUND)
 514         message(WARNING "X11 include files and/or libraries were not found. Will not build the GROMACS X11-binaries, such as ngmx")
 515     else()
 516         set(HAVE_X11 1)
 517         include_directories(${X11_INCLUDE_DIR})
 518     endif()
 519 endif(GMX_X11)
 520
 521 include(ThreadMPI)
 522 set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 523 # Enable core threading facilities
 524 tmpi_enable_core("${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders")
 525 # Enable tMPI C++ support
 526 tmpi_enable_cxx()
 527 if(GMX_THREAD_MPI)
 528     # enable MPI functions
 529     tmpi_enable()
 530     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 531     set(GMX_MPI 1)
 532 endif(GMX_THREAD_MPI)
 533 tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC)
 534
 535 if(GMX_GPU)
 536     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 537     gmx_gpu_setup()
 538 endif(GMX_GPU)
 539
 540 if(CYGWIN)
 541     set(GMX_CYGWIN 1)
 542 endif(CYGWIN)
 543
 544 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 545     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 546     # This makes windows.h not declare min/max as macros that would break
 547     # C++ code using std::min/std::max.
 548     add_definitions(-DNOMINMAX)
 549 endif()
 550
 551 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 552 if(GMX_GIT_VERSION_INFO)
 553     if (NOT SOURCE_IS_GIT_REPOSITORY)
 554         message(FATAL_ERROR
 555             "Cannot generate git version information from source tree not under git. "
 556             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 557     endif ()
 558     # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 559     # found or the version is too small, we can't generate version information.
 560     find_package(Git)
 561
 562     # Find out the git version
 563     if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 564       execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 565         OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 566         OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 567       string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 568       set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 569       mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 570     endif()
 571
 572     if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 573         message(FATAL_ERROR
 574             "No compatible git version found (>= 1.5.3 required). "
 575             "Won't be able to generate development version information. "
 576             "Set GMX_GIT_VERSION_INFO=OFF to proceed.")
 577     endif()
 578 endif()
 579
 580 # Detect boost unless GMX_EXTERNAL_BOOST is explicitly OFF
 581 # Used for default if GMX_EXTERNAL_BOOST is not defined (first CMake pass)
 582 if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST OR GMX_EXTERNAL_BOOST)
 583     find_package(Boost 1.44.0)
 584     if(Boost_FOUND AND Boost_VERSION VERSION_LESS "104400")
 585         set(Boost_FOUND FALSE)
 586     endif()
 587     # Print the notification only on first run, when determining the default
 588     if(NOT DEFINED GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 589         message("Boost >= 1.44 not found. Using minimal internal version. "
 590                 "This may cause trouble if you plan on compiling/linking other "
 591                 "software that uses Boost against Gromacs.")
 592     endif()
 593 endif()
 594 option(GMX_EXTERNAL_BOOST "Use external Boost instead of minimal built-in version"
 595        ${Boost_FOUND})
 596 if(GMX_EXTERNAL_BOOST AND NOT Boost_FOUND)
 597     message(FATAL_ERROR
 598         "Boost >= 1.44 not found. "
 599         "You can set GMX_EXTERNAL_BOOST=OFF to compile against minimal "
 600         "version of Boost included with Gromacs.")
 601 endif()
 602
 603 option(GMX_BUILD_UNITTESTS "Build unit tests with BUILD_TESTING (uses Google C++ Testing and Mocking Frameworks, requires libxml2)" ${LIBXML2_FOUND})
 604 mark_as_advanced(GMX_BUILD_UNITTESTS)
 605 gmx_add_cache_dependency(GMX_BUILD_UNITTESTS BOOL BUILD_TESTING OFF)
 606 if (GMX_BUILD_UNITTESTS AND NOT LIBXML2_FOUND)
 607     message(FATAL_ERROR
 608         "Cannot build unit tests without libxml2. "
 609         "Either set GMX_BUILD_UNITTESTS=OFF or tell CMake how to find libxml2.")
 610 endif()
 611
 612 ########################################################################
 613 # Generate development version info for cache
 614 ########################################################################
 615 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 616 # include(gmxGenerateVersionString)
 617
 618 ########################################################################
 619 # Our own GROMACS tests
 620 ########################################################################
 621
 622 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 623 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src)
 624 # Required for config.h, maybe should only be set in src/CMakeLists.txt
 625 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 626 # Required for gmx_header_config_gen.h to be found before installation
 627 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src/gromacs/utility)
 628 # Required for now to make old code compile
 629 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/gromacs/legacyheaders)
 630
 631 include(gmxTestInlineASM)
 632 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 633
 634 include(gmxSetBuildInformation)
 635 gmx_set_build_information()
 636 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 637     # The timestep counter headers do not include config.h
 638     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 639 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 640
 641 include(gmxTestFloatFormat)
 642 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 643                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 644                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 645
 646 include(gmxTestLargeFiles)
 647 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 648
 649 include(gmxTestSignal)
 650 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 651
 652 include(gmxTestInline)
 653 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 654
 655 include(gmxTestRestrict)
 656 gmx_test_restrict(RESTRICT_KEYWORD)
 657
 658 include(gmxTestPipes)
 659 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 660
 661 include(gmxTestIsfinite)
 662 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 663 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 664 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 665
 666 include(gmxTestCXX11)
 667 gmx_test_cxx11(GMX_CXX11 GMX_CXX11_FLAGS)
 668 if(CXX11_FLAG AND GMX_GPU)
 669     #FIXME: add proper solution for progate all but cxx11 flag
 670     set(CUDA_PROPAGATE_HOST_FLAGS no)
 671     message(WARNING "Please manually add compiler flags to CUDA_NVCC_FLAGS. Automatic propogation temporary not working.")
 672 endif()
 673
 674 include(gmxTestXDR)
 675 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 676 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 677     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 678     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 679 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 680
 681 # include avx test source, used if the AVX flags are set below
 682 include(gmxTestAVXMaskload)
 683
 684 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 685 #
 686 # Note that for the backward-compatible x86 SIMD architectures, the
 687 # GMX_CPU_ACCELERATION determines the maximum level of the instruction
 688 # set used (e.g. GMX_CPU_ACCLERATION=SSE4.1 implies
 689 # SSE2). Accordingly, there are a set of CMake variables
 690 # GMX_<arch>_<feature-set> that are exported to the C code to specify
 691 # CPU features that should be used. This means that the logic for
 692 # requiring such backward compatibility is all located here.
 693 if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 694     # nothing to do
 695     set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE "CPU acceleration disabled")
 696
 697 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 698
 699     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 700     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 701         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 702     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 703
 704     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 705     if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 706         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 707     endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 708
 709     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 710
 711     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 712     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 713
 714     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 715         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 716     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 717
 718     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE2 1)
 719     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 720     set(GMX_X86_SSE2 1)
 721     set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE
 722         "Enabling SSE2 Gromacs acceleration")
 723
 724 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 725
 726     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 727     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 728         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_C_FLAGS)
 729     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 730     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 731         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 732         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead first.
 733         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 734             GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_C_FLAGS)
 735             message(WARNING "Neither SSE4.1 or SSE2 seems to be supported by your Windows compiler. Something is likely broken.")
 736         else()
 737             message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance")
 738         endif()
 739     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 740
 741     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 742     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 743         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 744     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 745     if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 746         message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance.")
 747         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 748         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 749         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 750             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 751         endif()
 752     endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 753
 754     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 755     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 756
 757     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 758         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 759     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 760
 761     if(CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_EQUAL "11.1")
 762         message(FATAL_ERROR "You are using Intel compiler version 11.1, and that compiler is known to produce incorrect results with SSE4.1 acceleration. You need to use another compiler (e.g. icc 12 or newer) or different acceleration (probably slower simulations).")
 763     endif()
 764
 765     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE4_1 1)
 766     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 767     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 768     set(GMX_X86_SSE2   1)
 769     set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE
 770         "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration")
 771
 772 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 773
 774     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 775
 776     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" ACCELERATION_C_FLAGS)
 777     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 778         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_C_FLAGS)
 779     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 780     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 781         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance) giving the -DGMX_CPU_ACCELERATION=SSE4.1 to cmake.")
 782     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 783
 784     GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 785     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 786         GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 787     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 788     if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 789         message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance) giving the -DGMX_CPU_ACCELERATION=SSE4.1 to cmake.")
 790     endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 791
 792     # Set the FMA4 flags (MSVC doesn't require any)
 793     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" AND NOT MSVC)
 794         GMX_TEST_CFLAG(GNU_FMA_CFLAG "-mfma4" ACCELERATION_C_FLAGS)
 795         if (NOT GNU_FMA_CFLAG)
 796             message(WARNING "No C FMA4 flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 797         endif(NOT GNU_FMA_CFLAG)
 798         GMX_TEST_CFLAG(GNU_XOP_CFLAG "-mxop" ACCELERATION_C_FLAGS)
 799         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 800         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_FMA_CXXFLAG "-mfma4" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 801         if (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 802             message(WARNING "No C++ FMA flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 803         endif (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 804         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_XOP_CXXFLAG "-mxop" ACCELERATION_CXX_FLAGS)
 805         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 806     endif()
 807
 808     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 809     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 810
 811     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 812         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 813     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 814
 815     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 816         try_compile(TEST_AVX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 817             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestAVX.c"
 818             COMPILE_DEFINITIONS "${ACCELERATION_C_FLAGS}")
 819         if(NOT TEST_AVX)
 820             message(FATAL_ERROR "Cannot compile AVX intrinsics. Consider switching compiler.")
 821         endif()
 822     endif()
 823
 824     # GCC requires x86intrin.h for FMA support. MSVC 2010 requires intrin.h for FMA support.
 825     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 826     check_include_file(intrin.h HAVE_INTRIN_H ${ACCELERATION_C_FLAGS})
 827
 828     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 829     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 830     set(GMX_X86_SSE2   1)
 831
 832     # But just enable one of the choices internally...
 833     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 834         # We don't have the full compiler version string yet (BUILD_C_COMPILER),
 835         # so we can't distinguish vanilla and Apple clang, but catering for AMD
 836         # hackintoshes is not worth the effort.
 837         if (APPLE AND (${CMAKE_C_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang" OR
 838                     ${CMAKE_CXX_COMPILER_ID} STREQUAL "Clang"))
 839             message(WARNING "Due to a known compiler bug, Clang up to version 3.2 (and Apple Clang up to version 4.1) produces incorrect code with AVX_128_FMA acceleration. As we can not work around this bug on OS X, you will have to select a different compiler or CPU acceleration.")
 840         endif()
 841
 842         if (GMX_USE_CLANG_C_FMA_BUG_WORKAROUND)
 843             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 844             message(STATUS "Clang ${C_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 845             set(EXTRA_C_FLAGS "${EXTRA_C_FLAGS} -no-integrated-as")
 846         endif()
 847         if (GMX_USE_CLANG_CXX_FMA_BUG_WORKAROUND)
 848             # we assume that we have an external assembler that supports AVX
 849             message(STATUS "Clang ${CXX_COMPILER_VERSION} detected, enabling FMA bug workaround")
 850             set(EXTRA_CXX_FLAGS "${EXTRA_CXX_FLAGS} -no-integrated-as")
 851         endif()
 852
 853         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_128_FMA 1)
 854         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 855         set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE
 856             "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add)")
 857
 858     else()
 859         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 860         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_256 1)
 861         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 862         set(ACCELERATION_STATUS_MESSAGE
 863             "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration")
 864     endif()
 865
 866     # Unfortunately gcc-4.5.2 and gcc-4.6.0 has a bug where they use the wrong datatype for the formal
 867     # parameter of the mask for maskload/maskstore arguments. Check if this is present, since we can work around it.
 868     gmx_test_avx_gcc_maskload_bug(${ACCELERATION_C_FLAGS} GMX_X86_AVX_GCC_MASKLOAD_BUG)
 869
 870 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "IBM_QPX")
 871     try_compile(TEST_QPX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 872         "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestQPX.c")
 873
 874     if (TEST_QPX)
 875         message(WARNING "IBM QPX acceleration was selected. This will work, but SIMD-accelerated kernels are only available for the Verlet cut-off scheme. The plain C kernels that are used for the group cut-off scheme kernels will be slow, so please consider using the Verlet cut-off scheme.")
 876         set(GMX_CPU_ACCELERATION_IBM_QPX 1)
 877     else()
 878         message(FATAL_ERROR "Cannot compile the requested IBM QPX intrinsics. If you are compiling for BlueGene/Q with the XL compilers, use 'cmake .. -DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=Platform/BlueGeneQ-static-XL-C' to set up the tool chain.")
 879     endif()
 880 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SPARC64_HPC_ACE")
 881     set(GMX_CPU_ACCELERATION_SPARC64_HPC_ACE 1)
 882 else()
 883     gmx_invalid_option_value(GMX_CPU_ACCELERATION)
 884 endif()
 885 gmx_check_if_changed(ACCELERATION_CHANGED GMX_CPU_ACCELERATION)
 886 if (ACCELERATION_CHANGED AND DEFINED ACCELERATION_STATUS_MESSAGE)
 887     message(STATUS "${ACCELERATION_STATUS_MESSAGE}")
 888 endif()
 889
 890 # Process QM/MM Settings
 891 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 892     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 893 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 894     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 895 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 896     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 897 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 898     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 899 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 900     # nothing to do
 901 else()
 902     gmx_invalid_option_value(GMX_QMMM_PROGRAM)
 903 endif()
 904
 905 # Process FFT library settings
 906 set(PKG_FFT "")
 907 set(PKG_FFT_LIBS "")
 908 # Intel 11 and up makes life somewhat easy if you just want to use
 909 # all their stuff. It's not easy if you only want some of their
 910 # stuff...
 911 set(MKL_MANUALLY FALSE)
 912 if (GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL "MKL" AND
 913     NOT (CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND C_COMPILER_VERSION VERSION_GREATER "11"))
 914     # The user will have to provide the set of magic libraries in
 915     # MKL_LIBRARIES (see below), which we cache (non-advanced), so that they
 916     # don't have to keep specifying it, and can easily see that
 917     # CMake is still using that information.
 918     set(MKL_MANUALLY TRUE)
 919 endif()
 920 set(MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION "Use full paths to library files, in the right order, and separated by semicolons.")
 921 gmx_dependent_cache_variable(
 922     MKL_LIBRARIES
 923     "List of libraries for linking to MKL. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}"
 924     STRING ""
 925     MKL_MANUALLY)
 926 gmx_dependent_cache_variable(
 927     MKL_INCLUDE_DIR
 928     "Path to mkl.h (non-inclusive)."
 929     PATH ""
 930     MKL_MANUALLY)
 931 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 932     if(GMX_DOUBLE)
 933         set(FFTW fftw)
 934     else()
 935         set(FFTW fftwf)
 936     endif()
 937
 938     if(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 939       add_subdirectory(src/contrib/fftw)
 940     else()
 941       find_package(FFTW COMPONENTS ${FFTW})
 942     endif()
 943
 944     string(TOUPPER "${FFTW}" FFTW)
 945     if(NOT ${FFTW}_FOUND)
 946       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for single-precision GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS). Either choose the right precision, choose another FFT(W) library (-DGMX_FFT_LIBRARY), enable the advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you (-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON) , or use the really slow GROMACS built-in fftpack library (-DGMX_FFT_LIBRARY=fftpack).")
 947     endif()
 948
 949     set(PKG_FFT "${${FFTW}_PKG}")
 950     include_directories(${${FFTW}_INCLUDE_DIRS})
 951     set(FFT_LIBRARIES ${${FFTW}_LIBRARIES})
 952     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 953
 954     if ((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND NOT ${FFTW}_HAVE_SIMD)
 955       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SIMD support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 956     endif()
 957
 958     if((${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "SSE" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} MATCHES "AVX") AND ${FFTW}_HAVE_AVX)
 959         # If we're not doing CPU acceleration, we don't care about FFTW performance on x86 either
 960         message(WARNING "The FFTW library was compiled with --enable-avx to enable AVX SIMD instructions. That might sound like a good idea for your processor, but for FFTW versions up to 3.3.3, these are slower than the SSE/SSE2 SIMD instructions for the way GROMACS uses FFTs. Limitations in the way FFTW allows GROMACS to measure performance make it awkward for either GROMACS or FFTW to make the decision for you based on runtime performance. You should compile a different FFTW library with --enable-sse or --enable-sse2. If you have a more recent FFTW, you may like to compare the performance of GROMACS with FFTW libraries compiled with and without --enable-avx. However, the GROMACS developers do not really expect the FFTW AVX optimization to help, because the performance is limited by memory access, not computation.")
 961     endif()
 962
 963     set(FFT_STATUS_MESSAGE "Using external FFT library - FFTW3")
 964 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 965     # Intel 11 and up makes life somewhat easy if you just want to use
 966     # all their stuff. It's not easy if you only want some of their
 967     # stuff...
 968     if (NOT MKL_MANUALLY)
 969         # The next line takes care of everything for MKL
 970         if (WIN32)
 971             set(FFT_LINKER_FLAGS "/Qmkl=sequential")
 972         else()
 973             set(FFT_LINKER_FLAGS "-mkl=sequential")
 974         endif()
 975         # Some versions of icc require this in order that mkl.h can be
 976         # found at compile time.
 977         set(EXTRA_C_FLAGS "${EXTRA_C_FLAGS} ${FFT_LINKER_FLAGS}")
 978
 979         set(MKL_ERROR_MESSAGE "Make sure you have configured your compiler so that ${FFT_LINKER_FLAGS} will work.")
 980     else()
 981         include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 982         set(FFT_LIBRARIES "${MKL_LIBRARIES}")
 983         set(MKL_ERROR_MESSAGE "The include path to mkl.h in MKL_INCLUDE_DIR, and the link libraries in MKL_LIBRARIES=${MKL_LIBRARIES} need to match what the MKL documentation says you need for your system. ${MKL_LIBRARIES_FORMAT_DESCRIPTION}")
 984         # Convert the semi-colon separated list to a list of
 985         # command-line linker arguments so that code using our
 986         # pkgconfig setup can use it.
 987         string(REGEX REPLACE ";" " " PKG_FFT_LIBS "${MKL_LIBRARIES}")
 988     endif()
 989
 990     # Check MKL works. If we were in a non-global scope, we wouldn't
 991     # have to play nicely.
 992     set(old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
 993     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS}")
 994     set(old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
 995     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${FFT_LIBRARIES}")
 996
 997     check_function_exists(DftiCreateDescriptor TEST_MKL)
 998
 999     set(CMAKE_REQUIRED_FLAGS "${old_CMAKE_REQUIRED_FLAGS}")
1000     set(CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES "${old_CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES}")
1001
1002     if(NOT TEST_MKL)
1003         # Hack to help the user vary MKL settings until they work.
1004         # TODO Make this logic more useful.
1005         unset(TEST_MKL CACHE)
1006         message(FATAL_ERROR "Linking with MKL was requested, but was not successful. ${MKL_ERROR_MESSAGE}")
1007     endif()
1008
1009     # Set variables to signal that we have MKL available and should use it for FFTs.
1010     set(GMX_FFT_MKL 1)
1011     set(HAVE_LIBMKL 1)
1012
1013     set(FFT_STATUS_MESSAGE "Using external FFT library - Intel MKL")
1014 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
1015     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
1016     set(FFT_STATUS_MESSAGE "Using internal FFT library - fftpack")
1017 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1018     gmx_invalid_option_value(GMX_FFT_LIBRARY)
1019 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
1020 gmx_check_if_changed(FFT_CHANGED GMX_FFT_LIBRARY)
1021 if (FFT_CHANGED)
1022     message(STATUS "${FFT_STATUS_MESSAGE}")
1023 endif()
1024
1025 # enable threaded fftw3 if we've found it
1026 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
1027     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
1028 endif()
1029
1030 include(gmxManageLinearAlgebraLibraries)
1031
1032 # Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins
1033 set(GMX_USE_PLUGINS OFF)
1034
1035 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
1036   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
1037     # Native Windows does not have, nor need dlopen
1038     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
1039     include(gmxTestdlopen)
1040     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
1041   endif()
1042
1043   # so, should we use plug-ins?
1044   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
1045     if(NOT VMD_QUIETLY)
1046       MESSAGE(STATUS
1047           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
1048           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
1049           "formats).")
1050     endif()
1051     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
1052       find_package(VMD)
1053     endif()
1054     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
1055     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
1056     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
1057   else()
1058     set(PKG_DL_LIBS)
1059   endif()
1060 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
1061 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1062
1063 # Link real-time library for POSIX timers. The check for clock_gettime
1064 # confirms the linkability of rt.
1065 if(HAVE_TIME_H AND HAVE_UNISTD_H AND HAVE_CLOCK_GETTIME)
1066     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES rt)
1067 endif()
1068
1069 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1070 if(HAVE_LIBM)
1071     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1072 endif(HAVE_LIBM)
1073 if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "BlueGene")
1074     check_library_exists(mass_simd atan2f4 "" HAVE_MASS_SIMD)
1075     if(HAVE_MASS_SIMD)
1076         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES mass_simd)
1077     else()
1078         message(FATAL_ERROR "Could not link to the SIMD version of the IBM MASS library. Please adjust your CMAKE_PREFIX_PATH to contain it")
1079     endif()
1080 endif()
1081
1082 if(GMX_FAHCORE)
1083   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1084       "Path to swindirect.h")
1085   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1086 endif(GMX_FAHCORE)
1087
1088 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1089 # these are set after everything else
1090 if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
1091     set(CMAKE_C_FLAGS "${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}")
1092     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}")
1093     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}")
1094     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}")
1095 else()
1096     message("Recommended flags which are not added because GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS=yes:")
1097     message("CMAKE_C_FLAGS: ${ACCELERATION_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${GMXC_CFLAGS}")
1098     message("CMAKE_C_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CFLAGS_RELEASE}")
1099     message("CMAKE_C_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CFLAGS_DEBUG}")
1100     message("CMAKE_CXX_FLAGS: ${ACCELERATION_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${GMXC_CXXFLAGS}")
1101     message("CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE}")
1102     message("CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CXXFLAGS_DEBUG}")
1103     message("CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1104     message("CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS: ${MPI_LINKER_FLAGS}")
1105 endif()
1106
1107 if(NOT GMX_OPENMP)
1108     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
1109     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
1110     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
1111     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
1112 else()
1113     set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_LINKER_FLAGS})
1114     set(GMX_SHARED_LINKER_FLAGS ${GMX_SHARED_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS})
1115 endif()
1116 set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} ${OpenMP_C_FLAGS}")
1117
1118 ######################################
1119 # Output compiler and CFLAGS used
1120 ######################################
1121 get_compiler_info(C BUILD_C_COMPILER BUILD_CFLAGS)
1122 get_compiler_info(CXX BUILD_CXX_COMPILER BUILD_CXXFLAGS)
1123 if(GMX_GPU)
1124     get_cuda_compiler_info(CUDA_NVCC_COMPILER_INFO CUDA_NVCC_COMPILER_FLAGS)
1125 endif(GMX_GPU)
1126
1127 ########################################################################
1128 # Specify install locations
1129 ########################################################################
1130 set(GMX_LIB_INSTALL_DIR lib CACHE STRING
1131     "Library installation directory (default: lib)")
1132 set(GMX_DATA_INSTALL_DIR gromacs CACHE STRING
1133     "Data installation directory under share/ (default: gromacs)")
1134 mark_as_advanced(GMX_LIB_INSTALL_DIR GMX_DATA_INSTALL_DIR)
1135
1136 set(LIB_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMX_LIB_INSTALL_DIR})
1137 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1138 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/${GMX_DATA_INSTALL_DIR})
1139 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1140 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1141
1142 set(GMXLIB_SEARCH_DIR share/${GMX_DATA_INSTALL_DIR}/top)
1143 set(GMXLIB_FALLBACK   ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1144
1145 ########################################################################
1146 # Set up binary and library suffixing
1147 ########################################################################
1148 option(
1149     GMX_DEFAULT_SUFFIX
1150     "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)"
1151     ON)
1152 gmx_dependent_cache_variable(
1153     GMX_BINARY_SUFFIX
1154     "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double)."
1155     STRING ""
1156     "NOT GMX_DEFAULT_SUFFIX")
1157 gmx_dependent_cache_variable(
1158     GMX_LIBS_SUFFIX
1159     "Suffix for GROMACS libraries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double)."
1160     STRING ""
1161     "NOT GMX_DEFAULT_SUFFIX")
1162 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1163   gmx_check_if_changed(SUFFIXES_CHANGED GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1164   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
1165   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
1166   if (GMX_LIB_MPI)
1167     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
1168     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
1169   endif()
1170   if (GMX_DOUBLE)
1171     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
1172     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
1173   endif(GMX_DOUBLE)
1174   if (SUFFIXES_CHANGED)
1175     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
1176     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
1177   endif ()
1178 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1179   gmx_check_if_changed(SUFFIXES_CHANGED
1180                        GMX_DEFAULT_SUFFIX GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
1181   if (SUFFIXES_CHANGED)
1182     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
1183     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
1184   endif ()
1185 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
1186 if (GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1187     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mdrun${GMX_LIBS_SUFFIX}")
1188 endif ()
1189
1190 ##################################################################
1191 # Shared library settings
1192 ##################################################################
1193 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1194     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1195     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1196     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1197     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1198 else()
1199     if(CMAKE_SYSTEM_VERSION VERSION_GREATER 8.0) #rpath supported for >10.4
1200         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "@rpath")
1201         set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} "-Wl,-rpath,@executable_path/../lib")
1202     else()
1203         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${LIB_INSTALL_DIR}")
1204     endif()
1205 endif()
1206
1207 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
1208 #Simpler to always install.
1209 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
1210
1211 if(GMX_EXTERNAL_BOOST)
1212     include_directories(${Boost_INCLUDE_DIRS})
1213 else()
1214     include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost)
1215     # typeid not supported for minimal internal version
1216     # (would add significant amount of code)
1217     add_definitions(-DBOOST_NO_TYPEID)
1218     # TODO: Propagate the above settings to the installed CMakeFiles.txt template
1219     # (from share/template/)
1220     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DBOOST_NO_TYPEID -I${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost")
1221     if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1222         install(DIRECTORY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/boost/boost
1223                 DESTINATION ${INCL_INSTALL_DIR}/gromacs/external/boost
1224                 COMPONENT development)
1225     endif ()
1226 endif()
1227
1228 if (GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
1229     # Code heavy with asserts makes conditional coverage close to useless metric,
1230     # as by design most of the false branches are impossible to trigger in
1231     # correctly functioning code.  And the benefit of testing those that could
1232     # be triggered by using an API against its specification isn't usually
1233     # worth the effort.
1234     add_definitions(-DNDEBUG -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DGMX_DISABLE_ASSERTS)
1235 endif ()
1236
1237 if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1238     add_subdirectory(doxygen)
1239     add_subdirectory(share)
1240     add_subdirectory(scripts)
1241 endif ()
1242 add_subdirectory(src)
1243
1244 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
1245 # Don't bother the user after the first configure pass.
1246 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
1247     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
1248 endif()
1249 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
1250
1251 #######################
1252 ## uninstall target
1253 #######################
1254     CONFIGURE_FILE(
1255                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1256                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1257                    IMMEDIATE @ONLY)
1258 ###########################
1259 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1260                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1261                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1262 ###########################
1263
1264 ########################################################################
1265 # Tests                                                                #
1266 ########################################################################
1267
1268 IF(BUILD_TESTING)
1269     enable_testing()
1270     #"check" target builds and runs all tests
1271     add_custom_target(check COMMAND ${CMAKE_CTEST_COMMAND} --output-on-failure)
1272     add_dependencies(check tests)
1273     # TODO: This would be better within tests/CMakeLists.txt
1274     if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
1275         #gmxtests target builds all binaries required for running gmxtest
1276         add_custom_target(gmxtests DEPENDS gmx links)
1277         add_dependencies(check gmxtests)
1278         add_subdirectory(tests)
1279     endif()
1280     #TODO: Add warning if NOT REGRESSIONTEST_PATH OR NOT GMX_XML that regression/unit tests are not run.
1281 ENDIF()
1282
1283 ########################################################################
1284 # Manual                                                               #
1285 ########################################################################
1286
1287 option(GMX_BUILD_MANUAL "Whether to try to configure to build the PDF manual" OFF)
1288 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANUAL)
1289 if(GMX_BUILD_MANUAL)
1290     # Make sure we only do detection of manual-building dependencies
1291     # when the user opted in for that.
1292     add_subdirectory(manual)
1293 endif()