CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
   2 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
   3 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
   4
   5 project(Gromacs)
   6 include(Dart)
   7 mark_as_advanced(DART_ROOT)
   8
   9 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  10 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  11 #
  12 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  13 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  14 # machine with no git.
  15 #
  16 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  17 set(PROJECT_VERSION "4.6-dev")
  18 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  19     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  20 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  21 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  22     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  23 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  24 set(SOVERSION 6)
  25 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  26 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
  27 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "6")
  28 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  29
  30
  31 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  32 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  33
  34 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT)
  35 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  36 endif()
  37
  38 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  39     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
  40 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  41
  42 enable_language(C)
  43
  44 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
  45 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
  46 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
  47 set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
  48 set(CPACK_INCLUDE_TOPLEVEL_DIRECTORY 0)
  49 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
  50 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
  51 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallLicense.txt")
  52 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
  53
  54 #must come after all cpack settings!
  55 include(CPack)
  56
  57 ########################################################################
  58 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
  59 ########################################################################
  60 if(CMAKE_HOST_UNIX)
  61     execute_process(COMMAND hostname
  62                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
  63                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
  64     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
  65         message(WARNING "
  66             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
  67             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
  68             recommended to regenerate the cache!")
  69     endif()
  70     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
  71             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
  72 endif()
  73
  74 ########################################################################
  75 # Fix stupid flags on Windows
  76 ########################################################################
  77 SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
  78 IF( (CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio" OR CMAKE_GENERATOR MATCHES "NMake") AND MSVC )
  79     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  80     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  81     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  82     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  83     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
  84 ENDIF()
  85
  86 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "NMake" AND CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel")
  87     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  88     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  89     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  90     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  91     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
  92 ENDIF()
  93
  94 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  95
  96 ########################################################################
  97 # User input options                                                   #
  98 ########################################################################
  99 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 100 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 101 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 102 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 103 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 104 option(GMX_POWERPC_INVSQRT "Use PowerPC hardware 1/sqrt" OFF)
 105 mark_as_advanced(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 106 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 107 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 108 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
 109 set(GMX_ACCELERATION "auto"
 110     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran")
 111
 112 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
 113     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
 114 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 115        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
 116 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 117 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
 118     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
 119 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 120 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 121 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 122 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 123 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 124 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 125 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 126
 127
 128 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
 129 mark_as_advanced(GMX_IA32_ASM)
 130 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
 131 mark_as_advanced(GMX_X86_64_ASM)
 132
 133 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based mutithreading. " ON)
 134
 135 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
 136 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
 137
 138 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
 139
 140 if(UNIX AND NOT APPLE)
 141     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer \".a\" static archives (NOTE: this is enabled only for UNIX (excluding APPLE) platforms but it might not always work!" OFF)
 142     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 143 endif()
 144
 145
 146 ######################################################################
 147 # compiler tests
 148 # these need ot be done early (before further tests).
 149 #####################################################################
 150
 151 # cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake are lifted from CMake git next
 152 # branch (proposed for v2.8.9) to be able to detect invalid options
 153 # with the Intel Compilers.
 154 # Remove these files from the source tree when a CMake version that
 155 # includes the features in question becomes required.
 156 include(CheckCCompilerFlag)
 157 include(CheckCXXCompilerFlag)
 158
 159 include(gmxCFlags)
 160 gmx_c_flags()
 161
 162
 163 ########################################################################
 164 # Set up binary and library suffixing
 165 ########################################################################
 166 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 167 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
 168   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 169 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 170   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
 171   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
 172   if (GMX_MPI)
 173     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
 174     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
 175   endif(GMX_MPI)
 176   if (GMX_DOUBLE)
 177     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
 178     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
 179   endif(GMX_DOUBLE)
 180   if (GMX_OPENMM)
 181     set (GMX_BINARY_SUFFIX "-gpu")
 182     set (GMX_LIBS_SUFFIX "_gpu")
 183   endif(GMX_OPENMM)
 184   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 185   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 186     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 187     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 188   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 189 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 190   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 191   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 192     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 193     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 194   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 195 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 196 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 197
 198 set(PKG_CFLAGS "")
 199 if(GMX_DOUBLE)
 200     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 201 endif(GMX_DOUBLE)
 202 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 203   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 204 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 205 if(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 206   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_POWERPC_INVSQRT")
 207 endif(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 208
 209 ########################################################################
 210 #Process MPI settings
 211 ########################################################################
 212 include(gmxManageMPI)
 213
 214 #######################################################################
 215 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
 216 #######################################################################
 217 if(GMX_OPENMM)
 218     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
 219     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
 220     if(NOT ${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 221         message(STATUS "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to fftpack!")
 222         set(GMX_FFT_LIBRARY "fftpack" CACHE STRING
 223                 "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to  fftpack!" FORCE)
 224     endif()
 225     if(GMX_MPI)
 226         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
 227     endif(GMX_MPI)
 228     if(GMX_THREAD_MPI)
 229         message(STATUS "Thread-MPI not compatible with OpenMM, disabled!")
 230         set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL
 231                 "Thread-MPI not compatible with OpenMM build, disabled!" FORCE)
 232     endif(GMX_THREAD_MPI)
 233     if(GMX_OPENMP)
 234         message(STATUS "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled")
 235         set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 236             "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled!" FORCE)
 237     endif()
 238     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 239         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE STRING
 240                 "The OpenMM build does not need GROMACS software 1/sqrt!" FORCE)
 241     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 242     string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} GMX_ACCELERATION)
 243     if(NOT GMX_ACCELERATION STREQUAL "NONE")
 244         message(STATUS "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!")
 245         set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING
 246                 "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!" FORCE)
 247     endif()
 248     if(GMX_FAHCORE)
 249         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
 250     endif(GMX_FAHCORE)
 251     if(GMX_DOUBLE)
 252         message(FATAL_ERROR  "The OpenMM-build does not support double precision calculations!")
 253     endif()
 254     # mark as advanced the unused variables
 255     mark_as_advanced(FORCE GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 256         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 257 else(GMX_OPENMM)
 258      mark_as_advanced(CLEAR GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 259         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 260 endif(GMX_OPENMM)
 261
 262
 263 ########################################################################
 264 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 265 ########################################################################
 266 include(CheckIncludeFiles)
 267 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 268 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 269 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 270 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 271 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 272 check_include_files(direct.h     HAVE_DIRECT_H)
 273 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 274 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 275 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 276 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 277 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 278 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 279 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 280 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 281 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 282 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 283 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 284 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 285 # SSE support
 286 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 287 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 288 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 289 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 290 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 291
 292
 293 include(CheckFunctionExists)
 294 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 295 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 296 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 297 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 298 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 299 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 300 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 301 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 302 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 303 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 304 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 305 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 306 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 307 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 308 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 309
 310 include(CheckLibraryExists)
 311 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 312 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 313
 314
 315 include(CheckTypeSize)
 316
 317 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 318 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 319 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 320 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 321 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 322 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 323
 324 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 325     set(GMX_64_BIT TRUE)
 326 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 327     set(GMX_64_BIT FALSE)
 328 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 329
 330 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 331 check_type_size(uid_t uid_t)
 332 if(NOT uid_t)
 333   set(uid_t int)
 334 else(NOT uid_t)
 335   set(uid_t 0)
 336 endif(NOT uid_t)
 337
 338 check_type_size(gid_t gid_t)
 339 if(NOT gid_t)
 340   set(gid_t 1)
 341 else(NOT gid_t)
 342   set(gid_t 0)
 343 endif(NOT gid_t)
 344
 345 check_type_size(size_t size_t)
 346 if(NOT size_t)
 347   set(size_t int)
 348 else(NOT size_t)
 349   set(size_t 0)
 350 endif(NOT size_t)
 351
 352 check_type_size(off_t off_t)
 353 if(NOT off_t)
 354   set(off_t int)
 355 else(NOT off_t)
 356   set(off_t 0)
 357 endif(NOT off_t)
 358
 359 include(TestBigEndian)
 360 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 361
 362
 363
 364
 365 ########################################################################
 366 # Find external packages                                               #
 367 ########################################################################
 368 if(UNIX AND NOT APPLE)
 369     if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 370         SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES .a ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 371         if(BUILD_SHARED_LIBS)
 372             message(WARNING "Static libraries requested, the GROMACS libraries will also be build static (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 373             set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" FORCE)
 374         endif()
 375     endif()
 376 endif()
 377
 378 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files" ON)
 379 if (GMX_XML)
 380   find_package(LibXml2)
 381   set(PKG_XML "")
 382   if(LIBXML2_FOUND)
 383     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 384     set(PKG_XML libxml-2.0)
 385     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 386     set(HAVE_LIBXML2 1)
 387   endif(LIBXML2_FOUND)
 388 endif(GMX_XML)
 389
 390 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 391 if (GMX_GSL)
 392   find_package(gsl)
 393   set(PKG_GSL "")
 394   if(GSL_FOUND)
 395     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 396     set(PKG_GSL gsl)
 397     set(HAVE_LIBGSL 1)
 398   endif(GSL_FOUND)
 399 endif (GMX_GSL)
 400
 401 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 402 if (GMX_X11)
 403         find_package(X11)
 404         # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 405         if(X11_FOUND)
 406         set(HAVE_X11 1)
 407         endif(X11_FOUND)
 408 endif(GMX_X11)
 409
 410 if(GMX_THREAD_MPI)
 411     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 412     include(ThreadMPI)
 413     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 414     set(GMX_MPI 1)
 415     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 416 endif(GMX_THREAD_MPI)
 417
 418 if(GMX_OPENMM)
 419     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 420     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
 421     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 422     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 423         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 424     endif()
 425     find_package(OpenMM)
 426 endif(GMX_OPENMM)
 427
 428 if(GMX_OPENMP)
 429     find_package(OpenMP REQUIRED)
 430     set(GROMACS_C_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS} ${GROMACS_C_FLAGS}")
 431     set(GROMACS_CXX_FLAGS "${OpenMP_CXX_FLAGS} ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
 432     add_definitions(-DGMX_OPENMP)
 433 endif()
 434
 435 if(APPLE)
 436    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 437    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 438 endif(APPLE)
 439
 440 if(CYGWIN)
 441     set(GMX_CYGWIN 1)
 442 endif(CYGWIN)
 443
 444 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 445     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 446 endif()
 447
 448 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 449 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 450     if(USE_VERSION_H)
 451         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not
 452         # found or the version is too small, we can't generate version information.
 453         find_package(Git)
 454
 455         # Find out the git version
 456         if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 457           execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 458             OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 459             OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 460           string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 461           set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 462           mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 463         endif()
 464
 465         if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.1")
 466           message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 467           set(USE_VERSION_H OFF)
 468         endif()
 469     endif()
 470 else()
 471     set(USE_VERSION_H OFF)
 472 endif()
 473
 474 ########################################################################
 475 # Generate development version info for cache
 476 ########################################################################
 477 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 478 # include(gmxGenerateVersionString)
 479
 480 ########################################################################
 481 # Our own GROMACS tests
 482 ########################################################################
 483
 484 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 485 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 486 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/include)
 487 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 488
 489 include(gmxCheckBuildUserTime)
 490 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 491
 492 include(gmxTestFloatFormat)
 493 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 494                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 495                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 496
 497 include(gmxTestLargeFiles)
 498 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 499 check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 500
 501 include(gmxTestSignal)
 502 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 503
 504 include(gmxTestInline)
 505 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 506
 507 include(gmxTestRestrict)
 508 gmx_test_inline(RESTRICT_KEYWORD)
 509
 510 include(gmxTestPipes)
 511 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 512
 513 include(gmxTestIsfinite)
 514 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 515 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 516 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 517
 518 include(gmxTestInlineASM)
 519 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 520 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 521
 522 # turn on SSE if supported with reasonable defaults.
 523 if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
 524   if(CMAKE_SYSTEM_PROCESSOR MATCHES "^(i.86|x86|x64|x86_64|AMD64|amd64)" OR CYGWIN)
 525
 526     set(GMX_ACCELERATION "SSE" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran" FORCE)
 527
 528     # Determine the assembler/compiler to use
 529   else()
 530     set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran" FORCE)
 531   endif()
 532 endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
 533
 534 include(gmxTestXDR)
 535 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 536 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 537     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 538     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 539 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 540
 541 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 542 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 543 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 544   # nothing to do
 545 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 546
 547     if (GMX_64_BIT)
 548       set(GMX_X86_64_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for x86_64" FORCE)
 549     else (GMX_64_BIT)
 550       set(GMX_IA32_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for i386" FORCE)
 551     endif (GMX_64_BIT)
 552
 553     if(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio" OR CMAKE_GENERATOR MATCHES NMake )
 554       option(GMX_ASM_USEASM_NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" ON)
 555     else()
 556       option(GMX_ASM_USEASM_NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" OFF)
 557     endif()
 558         mark_as_advanced(GMX_ASM_USEASM_NASM)
 559
 560     if (NOT GMX_64_BIT)
 561         # for 32-bit compiles, we might need to turn on sse
 562         CHECK_C_COMPILER_FLAG("-msse2" XFLAGS_SSE)
 563         if (XFLAGS_SSE)
 564             set(GROMACS_C_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_C_FLAGS}")
 565         endif (XFLAGS_SSE)
 566         CHECK_CXX_COMPILER_FLAG("-msse2" XXFLAGS_SSE)
 567         if (XXFLAGS_SSE)
 568             set(GROMACS_CXX_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
 569         endif (XXFLAGS_SSE)
 570     endif (NOT GMX_64_BIT)
 571
 572     if(GMX_IA32_ASM)
 573       if(GMX_DOUBLE)
 574         set(GMX_IA32_SSE2 1)
 575       else()
 576        set(GMX_IA32_SSE 1)
 577       endif()
 578     elseif(GMX_X86_64_ASM)
 579       if(GMX_DOUBLE)
 580        set(GMX_X86_64_SSE2 1)
 581       else()
 582         set(GMX_X86_64_SSE 1)
 583       endif()
 584     endif()
 585
 586 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 587 #        set(GMX_SSE3 1)
 588 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 589 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 590 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 591 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 592
 593 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 594     set(GMX_FORTRAN 1)
 595     #these are switch on by default sometimes
 596     set(GMX_IA32_ASM 0)
 597     set(GMX_GMX_X86_64_ASM 0)
 598 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 599 # GMX_ACCELERATION=BlueGene should be set in the Toolchain-BlueGene?-???.cmake file
 600     message(STATUS "Configuring for BlueGene")
 601     set(GMX_BLUEGENE 1)
 602     if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 603         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 604         set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 605     endif (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 606     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 607     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 608     set(GMX_X11 OFF CACHE BOOL "X11 not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 609     set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL "Thread-MPI not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 610     set(GMX_MPI ON CACHE BOOL "Use MPI on BlueGene" FORCE)
 611 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 612     set(GMX_POWER6 1)
 613     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on Power6" FORCE)
 614     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on Power6" FORCE)
 615 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 616     set(GMX_IA64_ASM 1)
 617     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 618     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 619 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 620     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 621     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 622         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 623     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 624 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 625     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of auto, none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 626 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 627
 628 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 629     if (GMX_THREAD_MPI)
 630         message(FATAL_ERROR "FORTRAN/POWER6 is incompatible with thread-MPI and only provides a speed-up on certain IBM compilers. Disable FORTRAN (or threads if you really want to use FORTRAN kernels).")
 631     endif(GMX_THREAD_MPI)
 632     enable_language(Fortran)
 633     include(FortranCInterface)
 634     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 635     if(extra_under_score)
 636         set(extrasuffix "_")
 637     endif(extra_under_score)
 638     if(prefix)
 639       set(prefix "${prefix} ##")
 640     endif(prefix)
 641     if(suffix)
 642       set(suffix "## ${suffix}")
 643       if(extrasuffix)
 644         set(extrasuffix "${suffix}${extrasuffix}")
 645       endif(extrasuffix)
 646     else(suffix)
 647       if(extrasuffix)
 648         # Don't know if this is needed, but it can't hurt
 649         set(extrasuffix "## ${extrasuffix}")
 650       endif(extrasuffix)
 651     endif(suffix)
 652
 653     if(isupper)
 654         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} NAME ${suffix}")
 655         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} NAME ${extrasuffix}")
 656     else(isupper)
 657         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} name ${suffix}")
 658         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} name ${extrasuffix}")
 659     endif(isupper)
 660 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 661         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 662         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 663 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 664
 665 # Process QM/MM Settings
 666 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 667 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 668     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 669 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 670     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 671 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 672     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 673 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 674     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 675 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 676     # nothing to do
 677 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 678     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 679 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 680
 681 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 682 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 683 set(PKG_FFT "")
 684 set(PKG_FFT_LIBS "")
 685 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 686     if(GMX_DOUBLE)
 687         find_package(FFTW 3 COMPONENTS fftw)
 688     else(GMX_DOUBLE)
 689         find_package(FFTW 3 COMPONENTS fftwf)
 690     endif(GMX_DOUBLE)
 691     if(NOT FFTW_FOUND)
 692       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW3 (with correct precision - libfftw3f for single precision GROMACS or libfftw3 for double precision GROMACS). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 693     endif(NOT FFTW_FOUND)
 694     include_directories(${FFTW_INCLUDE_DIRS})
 695     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW_LIBRARIES})
 696     set(PKG_FFT "${FFTW_PKG}")
 697
 698     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 699
 700     if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE" AND NOT FFTW_HAVE_SSE)
 701       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SSE support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 702     endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE" AND NOT FFTW_HAVE_SSE)
 703
 704 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 705 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 706     find_package(MKL REQUIRED)
 707     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 708     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 709     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
 710
 711     set(GMX_FFT_MKL 1)
 712     set(HAVE_MKL 1)
 713
 714 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 715 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 716 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 717 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 718     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 719     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 720 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 721     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
 722 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 723
 724 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 725 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 726   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 727   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 728 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 729   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 730   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 731   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 732     #FindBLAS needs Fortran
 733     enable_language(Fortran)
 734     if (GMX_BLAS_USER)
 735         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
 736     else(GMX_BLAS_USER)
 737         find_package(BLAS REQUIRED)
 738         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
 739     endif(GMX_BLAS_USER)
 740   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 741   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 742     #FindLAPACK needs Fortran
 743     enable_language(Fortran)
 744         if (GMX_LAPACK_USER)
 745         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
 746         else(GMX_LAPACK_USER)
 747         find_package(LAPACK REQUIRED)
 748         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
 749     endif(GMX_LAPACK_USER)
 750   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 751 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 752 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 753 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 754
 755 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
 756 set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
 757 mark_as_advanced(GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
 758
 759 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
 760   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
 761     # Native Windows does not have, nor need dlopen
 762     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
 763     include(gmxTestdlopen)
 764     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
 765   endif()
 766
 767   find_package(VMD)
 768
 769   # Test for unsuitable versions of VMD
 770
 771   if(VMD_FOUND AND NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
 772     message(STATUS "Checking for suitable VMD version")
 773     exec_program(${VMD_EXECUTABLE}
 774       ARGS --help
 775       OUTPUT_VARIABLE VMD_HELP
 776       RETURN_VALUE VMD_EXEC_RETURN)
 777
 778     if(VMD_EXEC_RETURN EQUAL 0)
 779       # This is the accepted idiom for subexpression matching, unfortunately
 780       string(REGEX REPLACE ".*VMD for .*, version ([0-9]+\\.[0-9]*\\.?[0-9]*).*" "\\1" VMD_VERSION ${VMD_HELP})
 781       string(REGEX REPLACE ".*VMD for (.*), version .*" "\\1" VMD_ARCH ${VMD_HELP})
 782
 783       if(VMD_VERSION VERSION_LESS "1.8")
 784         MESSAGE(WARNING "Found VMD version ${VMD_VERSION}, but GROMACS needs at least 1.8")
 785         unset(VMD_EXECUTABLE)
 786         set(VMD_FOUND FALSE)
 787       else()
 788         message(STATUS "VMD version ${VMD_VERSION} is suitable")
 789         if(DEFINED ENV{VMDDIR})
 790           # This permits GROMACS to avoid hard-coding a fall-back
 791           # path that it can tell right now would be useless.
 792           set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH "$ENV{VMDDIR}/plugins/${VMD_ARCH}/molfile" CACHE PATH "Path to VMD plugins for molfile I/O")
 793         else()
 794           set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH "/usr/local/lib/vmd/plugins/*/molfile" CACHE PATH "Path to VMD plugins for molfile I/O")
 795         endif()
 796       endif()
 797
 798       # clean up
 799       unset(VMD_HELP)
 800       unset(VMD_VERSION)
 801       unset(VMD_ARCH)
 802     endif()
 803   endif()
 804
 805   # so, should we use plug-ins?
 806   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
 807     if (NOT VMD_QUIETLY)
 808       MESSAGE(STATUS "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file formats).")
 809     endif(NOT VMD_QUIETLY)
 810     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
 811     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
 812     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
 813   else()
 814     set(PKG_DL_LIBS)
 815   endif()
 816 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
 817 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 818
 819 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 820 if(HAVE_LIBM)
 821     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 822 endif(HAVE_LIBM)
 823
 824 if(GMX_FAHCORE)
 825   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 826       "Path to swindirect.h")
 827   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 828 endif(GMX_FAHCORE)
 829
 830 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 831 # these are set after everything else
 832 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 833     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
 834         FORCE)
 835     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
 836         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 837     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
 838         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
 839     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
 840         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
 841         CACHE STRING "Linker flags" FORCE)
 842 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
 843
 844 ########################################################################
 845 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 846 ########################################################################
 847 if ( DEFINED GMXLIB )
 848     set(LIB_INSTALL_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${GMXLIB}")
 849 else()
 850     set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 851 endif()
 852 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 853 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 854 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 855 set(INCL_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
 856
 857 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 858
 859 ##################################################################
 860 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
 861 ##################################################################
 862 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
 863     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
 864     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
 865     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "${LIB_INSTALL_DIR}")
 866     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
 867 endif()
 868
 869 add_subdirectory(share)
 870 add_subdirectory(include)
 871 add_subdirectory(man)
 872 add_subdirectory(src)
 873 add_subdirectory(scripts)
 874
 875 #######################
 876 ## uninstall target
 877 #######################
 878     CONFIGURE_FILE(
 879                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
 880                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
 881                    IMMEDIATE @ONLY)
 882 ###########################
 883 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
 884                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
 885                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
 886 ###########################
 887
 888
 889 ########################################################################
 890 # Tests                                                                #
 891 ########################################################################
 892
 893 include(CTest)
 894 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
 895 IF(BUILD_TESTING)
 896         enable_testing()
 897         add_subdirectory(tests)
 898 ENDIF()
 899